PHAST

Command-line documentation for PHAST utilities.

•  all_dists

•  base_evolve

•  chooseLines

•  clean_genes

•  consEntropy

•  convert_coords

•  display_rate_matrix

•  dless

•  dlessP

•  dmTranslateToRealigned

•  dmcompare

•  dmcondition

•  dmotif

•  dmsample

•  dmsimulate

•  draw_tree

•  eval_predictions

•  exoniphy

•  hmm_train

•  hmm_tweak

•  hmm_view

•  indelFit

•  indelHistory

•  maf_parse

•  makeHKY

•  modFreqs

•  msa_diff

•  msa_split

•  msa_view

•  pbsDecode

•  pbsEncode

•  pbsScoreMatrix

•  pbsTrain

•  phast

•  phastBias

•  phastCons

•  phastMotif

•  phastOdds

•  phyloBoot

•  phyloFit

•  phyloP

•  prequel

•  refeature

•  stringiphy

•  treeGen

•  tree_doctor