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Color Code:    mir sequence   mir* sequence   predicted mir*   mutation

let-7   chr2L:18467942-18468060
Species Sequence
dm2 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTAATTA-CACATCATACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAC
Sim1 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTAATTA-CACATCATACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAC
Sec1 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTAATTA-CACATCATACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAC
Yak2 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTAATTA-CACATCATACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAC
Ere2 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTAATTA-CACATCATACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAC
Ana3 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGCAACTA-AGAATCGTACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACAAT
dp4 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTACTT--CAGATCGTACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAT
Per1 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTACTT--CAGATCGTACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAT
Wil1 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTAATTATTCAATCATACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAT
Vir3 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTATTTA-TAGAGCATACTATACAGCGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACAAT
Moj3 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTACTTA-TAGACCATACTATACAGCGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAT
Gri2 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTATCTA-TCTACCATACTATACAGCTTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAT

miR-1002   chr2L:13747588-13747717
Species Sequence
dm2 G-------AAATTATATATTTAAGTAGTGGATACAAAGGGCGATTTG---------ATATAAAAGTGTCGCAT-TGTATGACCTACTTAACTAGCTGATTTTGT
Sim1 G-------AAATTATATATTTAAGTAGTGGATACAAAAGGCGATTTG---------ATATAAAAGTATCGCAT-TGTATGGCCTACTTAACTAGCTGATTTTGT
Sec1 G-------AAATTATATATTTAAGTAGTGGATACAAAAGGCGATTTG---------ATATAAAAGTATCGCAT-TGTATGGCCTACTTAACTAGCTGATTTTGT
Yak2 a-------aaattatatatttaaGTAGTGGATACAAAAGGCGATT-G---------ATATAAAAATGTCGCAT-TGTATGGCCTACTTAACTAGCTGATTTTGT
Ere2 A-------AAATTATATATCTAAGTAGTGGATACAAACGGCGATTTG---------GTATAAAAATGTCGCAT-TGTATGACCTGCTTAACTAGCTGATTTTGT
Ana3 TGCAAACTAAATCATGTGTTTAAGTAGGCAATACAT-GGGCGACTAA---------ATAAAATATACTCGCAA-TGTATAGCCTACATAACTAGTTGATTTT--
Wil1 A-------AAATGTTACACTTAAGTAGTTAATACAA-TGGCGATTCGTATTCCATTGTACA------TCGCAT-TGTGTGAGTTACTTTGTTGAGAGATTTT--
Vir3 A-------AAATTTGTCATTTAAGTAGGTCACACAATG-CGATGCAA---------GAAAA---AACTCGCCCTTGTATTAACTACTTAAGCGTTCAATTTTCA
Gri2 A-------AAATTTAACACTTAAGTAGTTGATACAAGGGCGAGTTTC---------ATAAA---GTATCGCAT-TGTGTGACCTACTTGAATGAGAGATTTTTA

miR-11   chr3R:17448198-17448313
Species Sequence
dm2 AGGCGC---ACTTGTCAAGAACTTTCTCTGTGACCCGCGT----G----------TACTTAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGTGCGA-AATC
Sim1 AGGCGC---ACTTGTCAAGAACTTTCTCTGTGACCCGCGT----G----------TACTTAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGTGCGA-AATC
Sec1 AGGCGC---ACTTGTCAAGAACTTTCTCTGTGACCCGCGT----G----------TACTTAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGTGCGA-AATC
Yak2 AGGCGC---ACTTGTCAAGAACTTTCTCTGTGACCTGCGT----G----------TACTTAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGCGA-AATC
Ere2 AGGCGC---ACTTGCCAAGAACTTTCTCTGTGACCTGCGT----G----------TACTGAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGCGG-AATC
Ana3 AGGCGC---ACTTGCCAAGAACTCTCTCTGTGACTTGTGTCCTTT----------TTTTCGAAACTCACATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGAGCGGGAATC
dp4 AGGCCC---TCTTGTCAAGAACTTATTCTGTGACCTGCGT----GA---------CATTT---AGCCACATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGTGA-ACTC
Per1 AGGCTC---TCTTGTCAAGAACTTATTCTGTGACCTGCGT----GA---------CATTT---AGCCACATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGTGA-ACTC
Wil1 AGAAGCCCTTCTTGTCAAGATCTCTCTCTGTGACCTGCGT----GAGATTTATCATATATGAAAACCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGTGA-GCTA
Vir3 AAGCGC---ACTTATCAAGAACTTTTTCTGTGACTTGCGT----GAACTCT----TATATGCAAACCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTTAGCGCGC-ACTT
Moj3 AAGCGC---ACTTAACAAGAACTTTTTCTGTGACCTGCGT----GAATTCC----TATATGCAAACCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTTAGCGCGC-ACTT
Gri2 AAGCCC---ACTCGTCAAGAACTCTCTCTGTGACTTGCGT----GAACTTT----CATGTGAAAATCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGCGC--TTT

miR-137   chr2R:11580096-11580227
Species Sequence
dm2 TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-AAATCCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Sim1 TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-AAATCCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Sec1 TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-AAATCCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Yak2 TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-ACATCCAA--TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Ere2 TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-ACATCCAA--TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Ana3 TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACGTG-AAATGCGAAATGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCAGAGAGATT
dp4 TCTTCAACGGCCACGTGTATACTCATAGCTATAACCTG-ATATCCGAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTTAACAAGATT
Per1 TCTTCAACGGCCACGTGTATACTCATAGCTATAACCTG-ATATCCGAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTTAACAAGATT
Wil1 ==TTTAATGGCCACGTGTATTCTTATAGCTGTAACCTG-TTATACAAAATGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTT-AACTAGATT
Vir3 TCTGAAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTGTACAATCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTT-AACAAGATT
Moj3 TCGGCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACTGGTACAATCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTT-AGCCAGATT
Gri2 TCTGAAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTGAACAATCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTT-AACAAGATT

miR-13a   chr3R:11243243-11243358
Species Sequence
dm2 A-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGACTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATC--G
Sim1 G-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGACTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATC--T
Sec1 G-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGACTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATC--T
Yak2 A-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGCCTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATC--T
Ere2 A-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGACTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATT--T
Ana3 G-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-CTGTGAAATGTTG-CCATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGGGA--ATCG-T
dp4 ----------CTTACGTAACCCATCAAACGG-TTGTGAAATGTTG-CATTTAT---CAAATCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGTGG--AATGGC
Per1 ----------CTTACGTAACCCATCAAACGG-TTGTGAAATGTTG-CATTTAT---CAAATCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGTGG--AATGGC
Wil1 GATGGAATTTCTTACGTAACTCTTCAAGGGGGTTGTGAAATGTTG-CCATTTTATTCAACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGAGTATT--C
Vir3 A-------TTCTTGCGTAACTCTTCAAGGGG-TTGTGAAATGTTG-CCGTTAT---CAAGTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATT--G
Moj3 A-------TTCTTGCGTAACTCTTCAAGGGG-TTGTGAAATGTAG-CCATTAT---CAAGTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGTGA--ATT--G
Gri2 A-------TTCTTGCGTAACTCTTCAAGGGG-TTGTGAAATGTGG-GTATTAT---CAAGTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATT--G

miR-13b-1   chr3R:11243109-11243217
Species Sequence
dm2 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CAC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Sim1 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Sec1 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Yak2 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Ere2 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Ana3 TCTTATACCATGTCGTTAAAAGGCTTGTGACCTTATGT---ATTTCGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
dp4 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGACCTTATGT---ACT-CTTGAATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTACAGAAA
Per1 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGACCTTATGT---ACT-CTTGAATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTACAGAAA
Wil1 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGACTTTATGTTGTGTC-TCT-ATTCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Vir3 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGCCTGTGACCTTATGT---ATT-TTA-TATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Moj3 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTCTGTGACCGTATGT---ATT-CAC-TATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Gri2 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGCTTGTGACCTTATGT---ATT-TTA-TATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA

miR-13b-2   chrX:8936430-8936540
Species Sequence
dm2 CTGTCTATTAACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGTTG-GACAG-CC
Sim1 CTGTCTATCAACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGTTG-GGCAG-CC
Sec1 CTGTCTATCAACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGTTG-GGCAG-CC
Yak2 CTGTCTAGTAACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGCTG-----G-CC
Ere2 CTGTCTATTAGCGCGTCAAAGTGACTGTGAACTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGTTG-----G-GC
Ana3 CTGTTTCCCAGCGCGTCGAAATGACTGTGACTTATGCGTATTTG-----ATG-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGTG-GACAG-TG
dp4 CTGCACATTTACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGTTTTTG-----ATC-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATG-TGCAGTCC
Per1 CTGCACATTTACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGTTTTTG-----ATC-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATG-TGCAGTCC
Wil1 ATGTCCATGGTCGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTTAACCGGTCAGAAAT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTCGATG-GGCAT-AC
Vir3 CTCCATATTGGCGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTTGTTGCA-----TTTGCCATTCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATGTGGCAG-CC
Moj3 CTCCATATTTGCGCGTCAAATTGACTGTGAGCTATGTTTATGAG-----ATTA----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATGTGGCAG-CC
Gri2 CTCCATATTGGCGCGTCAAATTGACTGTGAGCTATGTTGTTGCA-----GTTGTAATTCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATGTGGCAG-CC

miR-193   chr3L:21507834-21507982
Species Sequence
dm2 CCCTTATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Sim1 CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Sec1 CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Yak2 CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Ere2 CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTACATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Ana3 CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATTGCCATATTCATAAATTCTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
dp4 CACCCATTATAGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATACAGCCGTATTAATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Per1 CACCCATTATAGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATACAGCCGTATTAATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Wil1 CGCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTACAAGTCAAAAATTTATTATCATCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Vir3 CTCCCATTATA-TTGAGACTTAGTAGGCCAGTAGAAGATTTACGATACATATATATA-TCAATAA----CTGCTGATCTAAAAAATCCCAACTATAATGAGGGCA
Moj3 CCCTCATTATAGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGATAAATAT---TA-TCATAAGTTCTCTACTGGCCTACTAAGTCTCAA-TATAATGGGAGTA
Gri2 CCCTCATTATAGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGATAAAGACCTTTA-TCGTAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-TATAATGGGAGTA

miR-219   chr3L:17280244-17280384
Species Sequence
dm2 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Sim1 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Sec1 AATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Yak2 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Ere2 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Ana3 AATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-ATTCAAATACTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATACG
dp4 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATCCAATACTCAAGGGTTGTGACTGGACATCGCGGCTCGAAATAAG
Per1 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATCCAATACTCAAGGGTTGTGACTGGACATCGCGGCTCGAAATAAG
Wil1 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TTTCAAATACTCAAGGGTTGCATCTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Vir3 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TTTCAAATACTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATGAG
Moj3 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGATTTTTAAATACTCAAGGGTTGCATCTGGGCATCGCGGCTCGAAATGAG
Gri2 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TTTCAAAAACTCAAGGGTTGCATCTGGGCATCGCGGCTCGAAATGAG

miR-279   chr3R:25041286-25041426
Species Sequence
dm2 ACTACTGTTTTTAGTGGGTGGGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Sim1 ACTGCTGTTTTTAGTGGGTGGGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Sec1 ACTGCTGTTTTTAGTGGGTGGGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Yak2 ACTACTGTTTTTAGTGGGTGAGGGTCCAGTGCTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Ere2 ACTACTGTTTTTAGTGGGTGGGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Ana3 ACTACTGTTTTTAGTGGGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTCT---GTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
dp4 ACTACTGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Per1 ACTACTGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Wil1 actactGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-AAATAT-TTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Vir3 ACTACTGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATTCGTTTTTTCAAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAACAACGGTAGTTC
Moj3 ACTACTGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GTTTGCTTAAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAAAAACGGTAGTTC
Gri2 ATTACTGTTTTTAGTGGGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GTTTATTT--GTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAAAAACGGTAGTTC

miR-286   chr2R:15176264-15176404
Species Sequence
dm2 TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCAAA-GAAA-------GGTTTCGAT--TAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Sim1 TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCCAAAGAAA-------GGTTTCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Sec1 TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCCAA-TAAA-------GGTTTCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Yak2 TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCAAA--AGA-------GGTTTCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Ere2 TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCAAA--GAA-------GGTTTCGAT--CGAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Ana3 TTAAAATTGAATGGCGATTGTCGGTATGGTCGCTTTTTCACA--AAAAA--ATTGGTTACCAA--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
dp4 TTAAAATTAAATGGCGATTGTCGGTTTGGTCGCTTTTTACCA----G-------GGTTCCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAGAA
Per1 TTAAAATTAAATGGCGATTGTCGGTTTGGTCGCTTTTTACCA----G-------GGTTCCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAGAA
Wil1 TTAAAATTGAATGGCGATTGTCGGTATAGTCTCTTTTTCCAA--AAATCTTGTTTGTTTTTGC--CAATCTA-ATAAGAAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Vir3 TTAAAATTAAATGGCGATTGTCGGTATGGTCGCTTTTTCAAA--CAA-------TATACCA----TTATCTATAT---AAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Moj3 ttaaaattaaatGGCGATTGTCGGTATGGTCTCTTTTTCAAC--ATA-------TACACCAAA--CATTCTATAT---AAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Gri2 TTAAAATTAAATGGCGATTGTCGGTATGGTCGCTTTTG-AAC--CTA-------AACTCTATATACAATATATAT---AAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA

miR-2a-1   chr2L:19565805-19565921
Species Sequence
dm2 ATTCATGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Sim1 ATTCATGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Sec1 ATTCATGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Yak2 ATTCACGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Ere2 ATTCATGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATA-TC----AGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Ana3 ATTCCTGCTGGGCTCACAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CATTTTGCCCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTTATGTA
dp4 ATTCATGCTGGGCTCACAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TT-----GCTTTGCCCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTCGGCGTAATGTA
Per1 ATTCATGCTGGGCTCACAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TT-----GCTTTGCCCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTCGGCGTAATGTA
Wil1 ATTCATGCTGAGCTCACAAAGTGGTTGTGAAATGCATTATT----TGCTTTATCCAGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTCTGCGTAATGTG
Vir3 ATTCATGCTGCGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-T--GAAAGCTTTGCGCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTC
Moj3 ATTCATGCTGAGCTCTCAAAGAGGCTGTGAAATGCATT-TT-GAAAGCTTTGCGAG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Gri2 ATTCATGCTGCGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TTTGAAAGCTTTGCGCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA

miR-2b-1   chr2L:8258595-8258712
Species Sequence
dm2 AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCAGTGACATGTTG------TCAACAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGCGGTTTTTC
Sim1 AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCGGTGACATGTTG------TCAACAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGCGGTTTTTC
Sec1 AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCGGTGACATGTTG------TCAACAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGTGGTTTTTC
Yak2 AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCGGTGACATGTTG------TCAACAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGCGGTTTTTC
Ere2 AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCGGTGACATGTTG------TCAGCAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGCGGTTTTTC
Ana3 GGAACTGCGACCCTCCTTAAAGTGGCGGTGACATGTAG------CTTTCA-TATTCATATCACAGCTTTGCTTTCAGGAGCGTTGAGGTTTCTC
dp4 AAAGCTGCGACGCTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGACACGATGCTC-
Per1 AATGCTGCGACGCTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGACACGATGCTC-

miR-2c   chr3R:11243445-11243587
Species Sequence
dm2 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Sim1 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Sec1 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Yak2 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Ere2 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Ana3 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGA--GATATTTCTGCATTTGAAGTGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATA
dp4 TTACTTTCAGTGTCATCAAAAATGGCTGAAGAAAGATATATTTGCATTTGAAGCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Per1 TTACTTTCAGTGTCATCAAAAATGGCTGAAGAAAGATATATTTGCATTTGAAGCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Wil1 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTTTGCATTTGAAGCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Vir3 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGA-GAATGATATATCTGCAATTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAAAG
Moj3 TTACTTTCAGTGTCATCAAAAAGGGCTGA-GAATGATATTTCTGTAATTGAATTGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCACTGCGAAG
Gri2 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGA-GAATGATATATCTGCAATTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAAAG

miR-3   chr2R:15176437-15176546
Species Sequence
dm2 GTCCCGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTTATGTTTCAA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCCTGGCCA
Sim1 GTCCCGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTTATGTTCCAA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCCTGGCCA
Sec1 GTCCCGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTTATGTTTCAA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCCTGGCCA
Yak2 GTCCTGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTCATGTTTCCA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCTTGGCCA
Ere2 GTCCTGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTTATGTTTCTA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCCTGGCCA
Ana3 GCTACGATCTTGGGACGCATTTTGTGCAGTTATGCACCAAAAATAT---------ATC-------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAGGATCTTGGCCA
dp4 GCAACGATCCTGGGATGCATTTTGTGCAGTTATGTCTACG-----TG----ATCATCCT------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAGGATTGCAGCCC
Per1 GCAACGATCCTGGGATGCATTTTGTGCAGTTATGTCTACG-----TG----ATCATCCT------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAGGATTGCAGCCC
Wil1 ACCATGATTTTGGGATGCATTTTGTGCAGTTATGTCTTCA-----TGTGATAATTCTCT------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCATAATTTTGGTAA
Vir3 GCTCTGCTTTTGGGATGCATTTTGTGCGGTTATGTCTGCC----------------TCCAAAACCCATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAAATTGTGGCTA
Moj3 GCTCTACTTTTGGGATGCATTTTGTGCAG--ATGTCTAAC-----G---------ATTGGAAACCCATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAAATTGGGGCAA
Gri2 GCTCTGCTTTTGGGATGCATTCTGTACAGTAATGT-TGAC-----T---------CTTGTAAAACCATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAAATTGTGGCAA

miR-306   chr2L:16694312-16694437
Species Sequence
dm2 CCAC-TCGATGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTTGACAT---T-TTGGGGGTCACTCTGTGCCTGTGC-----TGCCAGTGGGAC
Sec1 CCAC-TCGATGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCCTTTGACAT---T-TTGGGGGTCACTCTGTGCCTGTGC-----TGCCAGTGGGAC
Yak2 CCAC-TCGGTGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTTGACAT---T-TTGGGGGTCACTCTGTGCCTGTGC-----TGCCAGTAGGAC
Ere2 CCAC-TCGGTGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTTGACAT---T-TTGGGGGTCACTCTGTGCCTGTGC-----TGCCAGTGGGAC
Ana3 CCAC-TTGGTAGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCATTTGACAT---T-TTGGGAGCCACTTTGTGCCTGGGC-----CATCAGTGCGAC
dp4 ACACTTTGCCGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTCGACAT---C-TTGAGAGTCTCTCTGTGCCTGCAC-----TGGCGGTGGTGC
Per1 ACACTTTGCCGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTCGACAT---C-TTGAGAGTCTCTCTGTGCCTGCAC-----TGGCGGTGGTGC
Wil1 TGCC-TAAACAGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------AGAATAT-ATATAGAC-TTGAGAGACGCTCTGTACCTAGACTGTTGTGTCTGCGGAAT
Vir3 ACAC-CCCGCTGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAATCATCTATTGCTTTGCATAC---C-TTGAGGGTCGCTCTGTGCCTGTGC-----CGCCTGTGCTGC
Moj3 ACAC-GCTGCAGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAATCACATATTGCTTTGCATAC---T-TTGAGGGTCGCTCTGTGCCTGTGC-----CGCCCGTGTTGC
Gri2 ACAC-GTTGCTGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAATTCAACATTGTATTGCACGC---CTTTGAGGGTCGCTCTGTGCCTGTGT-----TGCACGTGTTGC

miR-309   chr2R:15176548-15176657
Species Sequence
dm2 ATAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCAAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Sim1 ACAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCAAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Sec1 ACAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCAAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Yak2 ACAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCTGTTTTGCCA----------------ATTTCCTAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Ere2 ACAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCTAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Ana3 TCA--------TTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCTAGC--------AGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCTATAAAAAA
dp4 ACT-------ATTATACGATAAACTTTGTTCAGTTTTGCCA----------------ACTTGCTTGC--------AGCACTGGGTGAAGTTTGTCTTATAATCCC--ACAGT
Per1 ACT-------ATTATACGATAAACTTTGTTCAGTTTTGCCA----------------ACTTGCTTGC--------AGCACTGGGTGAAGTTTGTCTTATAATCCC--ACAGT
Wil1 TAA------TATTATATGATAAACTTTGTTCAGTTTTGCAATCAAAAAATCAAGAAAATTCCTTAGC--------ATCACTGGGTGAAGTTTGTCTTATAATCTT--TAAAC
Vir3 ACAA----ATATTATATGGTAAACTTTGTTCAGTTTTGCCA----------------GGCTCT-TTTTGTGCG-CATCACTGGGTGAAGTTTGTCGTATAATCGC--AAAAA
Moj3 AGAACAGAATATTATAAGGTAAACTTTGTTCAGTTTTGCCG----------------GGTTCTATGTTGTGCG-CATCACTGGGTGAAGTTTGTCGTATAATCG---AAACG
Gri2 ATTA-----CATTATATGGCAAACCTTGTTCAGTTTTGACA----------------ACTTTGTTTCTGTGCATCATCACTGGGTGAAGTTTGTCGTATAATCG---AAATG

miR-310   chr2R:16098594-16098723
Species Sequence
dm2 A------TAAACATTTGCAGGGC-GGGTCGTGTGTCAGTGTATTTATATCTTAGC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGGCCTTTAAATGTC-------------CAATG
Sim1 A------TAAACATTTGCAGGAC-GGGTCGTGTGTCAGTATATTTACTTCTTAGC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGGCCTTTAAATGTC-------------CAATG
Sec1 A------TAAACATTTGCAGGAC-GGGTCGTGTGTCAGTGTATTTACTTCTTAAC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGGCCTTTAAATGTC-------------CAATG
Yak2 A------CAAACATTTGCAGGAC-GGGTCGTGTGGCAGTGTATTGATTTCTTAGC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGCCCTTTAAATGTC-------------CAGTG
Ere2 A------CAAATATTTGCAGGAC-GGGTCGTGTGTCAATGTATTGATCTCTTAGC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGCCCTTTAAATGTC-------------CAGTG
Ana3 A------TAAACACTTGCAGGAC-GGGGAGCGTGACAATATATATATTTTATAAACAT----------------A--------------TATTGCACACCTCCCGGCCTATAAGTGTA--------------AATG
dp4 A------CCAACATTTGTGCGTCTAAGATCTGTG-CAGTATATACATACATAGAA--T----------------A---------CAAAATATTGCAGACTTCTCAGACTACAAATGTG-------------AACTG
Per1 A------CCAACATTTGTTCGTCTAAGTTCTGTG-CAGTATATACATACATAGTT--T----------------A---------AAAAATATTGCACACTTCTCAGACTACAAATGTG-------------AACTG
Wil1 AAATTTTCAAACATTCTTTGGAC--GGACTTGTC-AAATATGTTTGGATATAAAA--TTCAACAATTGGACAACA--------------TATTGATCAAAACCGGGCCAAAAATTGTTGGAAAATTCTTCAAAGTT
Vir3 G------TAATCATTTTTAGGCC-GTGCTCTGTGTGAATATGTT-----TTTAAC--T----------------A--------TAATCATATTGCACATCTCCCGGCCTATAAGTG-T-------------AGATG
Moj3 G------TATCCATTTTTAGGCC-GTGCTATGTGACAATATGTA-----TTTAAA--T----------------TGT----ATTTATCATATTGCACATCTCCCGGCCTACAAGTG-T-------------AAATG
Gri2 -----------------CAGGAT-GGAAGCTGTGACAATATGTAGG--TTTTAAT--T----------------AATTTATATTTCATATATTGCACACCTCCCGGCCTATAAATG====================

miR-311   chr2R:16098719-16098843
Species Sequence
dm2 TAGAT-----CATTTTTCGGACGGTATATGGGTTAATATTTCATTTG------------T--CGAATATATTGCACATTCACCGGCCTGAAA---------------------A----TA-------TCAAGAA
Sim1 TAGAT-----CATTTTTCGGACGGTATATGAGTCAATATTTTTTTTT------------TTTCGAATATATTGCACATTCACCGGCCTGAAA---------------------A----TA-------TCAAGAA
Sec1 TAGAT-----AATTTTTCGGACGGTATATGAGTCAATGTTTTCTTTT------------T--CGAATATATTGCACATTCACCGGCCTGAAA---------------------A----TA-------TCAAGAA
Yak2 TAGAT-----AGTTTTGCGGACGGTATCTGCGTCAATATTTCCTTGT------------T--AGAATATATTGCACATTCACCGGCCTGAAA---------------------A----TA-------TCAAGGA
Ere2 TAGAT-----AGTTTTTCGGACGGTATCTGCGTCAATATTTCCTTGT------------T--AGAATATATTGCACATTCACCGGCCTGAAA---------------------A----TA-------TCAAGGA
Ana3 CAGAT-----TATCTTCAGGACGGTATTTGTGTCAATATGG-ATATT------------T--CAAACATATTGCACTTATACCGGCCTGATG---------------------A----TC-------TCCGGCG
dp4 TTGAT--------TTGTAGGCCGTGGTTCTTGCAAATACGG---ATT------------C--ATAACGTATTGCACTAGCCCCGGTCCAAAA---------------------AACAATA-------GCAA-CG
Vir3 TCCGCATGACCATTTTAAGGACGGTATTTGTGACAATATGTGCAGTT-AAATCAATTTGT--TTAGCATATTGCACATCTCCCGGCCTAAAAATGAACCGTGCTCTCTTCGATA----TA-------TGGAACA
Moj3 TCAGC-TG--CGTTTGCAGGACGGTATTTGTGACAATATGAATTATTGAAATCAATTTAT--TCAGCATATTGCACATCTCCCGGCCTATAAAACAGTTGTGAGCCCGTCGATT----TAAATGATTTGTGTAT

miR-312   chr2R:16098898-16099004
Species Sequence
dm2 TTTGAAGCGATTTGGTTCGTCACAAGGGCAATTCTGCATTTTT---TAACTAGTATTGCACTTGAGACGGCCTGATTACTTTAAAAC
Sim1 TTTAAAGCGTTTTGGTTCGTCACAAGGGCAATTCTGCATTTTT---AAACTTGTATTGCACTTGAGACGGCCGAATTACTTTAAAAA
Sec1 TTTAAAGCGTTTTGGTTCGTCACAAGGGCAATTCTGCATTTTT---AAACTTGTATTGCACTTGAGACGGCCGAATTACTTTAAAAA
Yak2 TTTGAAGCGCTTCGGTTCGTCCCAGGAGCAATTCTGCACTATTA--AAGCTAGTATTGCACTTGAGACGGCCGGATTACTTTTAAAC
Ere2 TTTGAAGCGCTTCGGTTCGTACCAGGAGCAATTCTGCATTTTTTTTAAGCTAGTATTGCACTTGAGACGGCCGGATTACTTTTAAAC

miR-313   chr2R:16099032-16099143
Species Sequence
dm2 CCAACAATT---TTCTGCTGCGGATGGGGGCAGTACTGTTTTTTT-----AACATTGAGTATTGCACTTTTCACAGCCCG-----AAAATGTTAGCAA
Sim1 CCAACAATT---TTCTGCTGCGCATTGGGGCACTACTGTTTTTTT-----TAAATTGAGTATTGCACTTTTCACAGCCTT-----AAAATGTTAGCAA
Sec1 CCAACAATT---TTCTGCTGCGCATTGGGGCACTACTGTTTTTTT-----TTAATTGAGTATTGCACTTTTCACAGCCTT-----AAAATGTTAGCAA
Yak2 CCAACAATT---TTCGGCTGTGGATTGGGCTAGTACTGTGATTTT-----AGCATTAAGTATTGCACATTCCCCAGCCTG-----AAAGTGTTAGTAA
Ere2 CCAACAATT---TTCGGCTGTGGAGTGGGCTAGTACTGTGATTTT-----AACATTGAGTATTGCACATTCCCCAGCCTG-----AAAGTGTTTGCAT
Ana3 TCAGCATTT---CCAGACTGTGGTTTGGGCAGATACTAC-ATTTT-----AGGATC-AGTATTGCACATTCCCCAGCCTG-----GAAACGCTTGCGA
Per1 TGGATACCT---TCAAGCTGGGGGATGGG-CAATACTGTGTTGTA-----TTTGAACAGTATTGCACACCCACTGGCCTG-----AAAGTGCCTACTG
Wil1 TCCAAATTTAGTTCTGGCTGCGGTTTGTGCAAATTACTT-ATTTT-----TTTGTAAAGTATTGCACAACCTACAGCCTGGCACTAAATGGAGAAAAA
Vir3 =======TT---TTCGGCTGTGGTCAGTGTCAATTCTTTTTTTTTATTTTTACA---AGTATTGCACTTTTCACGGCCGG-----AAAAAT--TGAGA
Moj3 TTCGT--TT---TCCGGTTGTGAATTGTGTCAATTCTTTTTATTT-----TACA---AGTATTGCACTTTTCACGGCCGG-----AAAAAGGATAAAA

miR-314   chr3L:11746938-11747068
Species Sequence
dm2 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAACTTACCTAGTTGAG----GAAAA-CTCCCATG-TCGGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAATTCGC
Sim1 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAAA-GTCCCGTG-TCGGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAATTCGC
Sec1 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAAA-GTCCCGTG-TCGGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAATTCGC
Yak2 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAAA-ACCCCATG-TCGGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAATTCGC
Ere2 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAGA-ATCCCATG-TCGGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAATTCGC
Ana3 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAAA-AT--CAGT-TTGGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAATTCGC
dp4 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAAA-CTCCGAAA-T-GGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAAATCGC
Per1 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAAA-CTCCGAAA-T-GGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAAATCGC
Wil1 CGTACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAAA-ATTCAATG-TTGGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAATTCGC
Vir3 CGTGCTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTT-GAATGTACCTGGTTGAG----GAACGAATTCAACGTTTGGATTTTGTTGCCTTTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACCGGTTCAC
Moj3 CGGGCTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTCGTCGAGCGAAAAGCGAATTCATTG-TTGGATTTTGTTGCTCTTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCAACCAGTTCGC
Gri2 CCAGCTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTGGCTAAG----GAAAG----------TTGGATTT------CCTAGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCAGCGGGTTCGC

miR-315   chr3L:18826209-18826333
Species Sequence
dm2 ACACTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTCATTG-TTTACC---AGTTGGCTTTCGAGCAATAATTGAAACCAGATAAGTGATC
Sim1 ACACTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTTATTG-TTTACC---AGTTGGCTTTCGAGCAATAATTGAAACCAGATAAGTGATC
Sec1 ACACTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTTATTG---TACC---AGTTGGCTTTCGAGCAATAATTGAAACCAGATAAGTGATC
Yak2 ACACTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTTACTA-TTTAAC---AGCTGGCTTTCGAGCAATAATTGAAACCAGATAAGTGATC
Ere2 ACACTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCC-TATTA-TCTAAC---AGCTGGCTTTCGAGCAATAATTGAAACCAGATAAGTGATC
Ana3 ACACTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTTATAA-ATTATT---AGCTGGCTTTCGAGCAATAATTGAAACCAAATAAGTGATC
dp4 ACACTTATCTATTTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTTATAA-TTAACC---AGTTGGCTTTCGAGCAATTATCAAAGCCAAATAAGTGATC
Per1 ACACTTATCTATTTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTTATAA-TTAACC---AGTTGGCTTTCGAGCAATTATCAAAGCCAAATAAGTGATC
Wil1 ACACTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTCATTACTTTATC---AGTTGGCTTTCGAGCAATAATTGAAACCAAATAAGTGAGC
Vir3 ACGCCTATATCATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTGC--A-TTCAAT---ACTTGGCTTTCGAGTAATAATCGAAACCAAATAAGCGATC
Moj3 ACCCTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCGTA--A-TTTAACTTAACATGGCTTTCGAGTAATAATCGAAACCAAATAAGGCATC
Gri2 ACGCTCATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCTTTC--A-CTTGAC---ACTTGGCTTTCGAGTAATAATCGAAACCAAATAAGCGATC

miR-318   chr3R:6234003-6234111
Species Sequence
dm2 TTTCAGTTTATGGGATACACACAGTTCAGTTTTGTCACAC-TT-CAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATGAGAGCGAAAT
Sim1 TTTCAGTTTATGGGATACACACAGTTCAGTTTTGTCACAC-TT-TAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATGAGAGCGAAAT
Sec1 TTTCAGTTTATGGGATACACACAGTTCAGTTTTGTCACAC-TT-CAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATGAGAGCGAAAT
Yak2 TTTCAGTTTATGGGATACACACAGTTCAGTTTTGTCGCAC-TA-CAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATGAGAGCGAAAT
Ere2 TTTCAGTTTATGGGATACACACAGTTCAGTTTTGTCACAC-TT-CAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATGAGAGCGAAAT
Ana3 TTTCAATTTGTGGGATACACACGGTTCAGTTGTGTCACTT-TTGCGAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATAAGACTGAAAT
dp4 TTTCAATTTATGGGATGCACCAAGTTCAGTTTTGTCACAT-TT-CGAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATAAGAGCGAAAT
Per1 TTTCAATTTATGGGATGCACCAAGTTCAGTTTTGTCACAT-TT-CGAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATAAGAGCGAAAT
Vir3 TTTCAATTTATGGGATACACCAAGTTCAGTTTTGTCAGATGTC-CAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATAAGAGTGAAAT
Moj3 TTTCAATTTATGGGATACACTAAGTTCAGTTTTGTCAGATGTC-CAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATAAGAGCGAAAT
Gri2 TTTCAATTTATGGGATACACCAAGTTCAGTTTTGTCAGATGTC-CAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATAAGAGCGAAAT

miR-375   chr2L:857521-857652
Species Sequence
dm2 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATGCAAACTGTG---A------TC--------------ATCCCGAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGTCCG
Sim1 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATGCAAACTGTG---A------TC--------------ATCCCGAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGTCCG
Sec1 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATGCAAACTGTG---A------TC--------------ATCCCGAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGTCCG
Yak2 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATGCAAACTGTG---A------T----------------GCCTAGTAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGTCCG
Ere2 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATGCAAACTGTG---A------T----------------GCCTAGTAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGTCCG
Ana3 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATTCAAACTGTG---A------TCGC-----------AATGCTAGAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGTCCG
dp4 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAGGGGAATTCAAACTGTG---A------TCGC-----------AATGCAAAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGCCTC
Per1 AGGCAGCGAATTACTTGGGCCAGGGGAATGCAAACTGTG---A------TCGC-----------AATGCAAAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGCCTC
Wil1 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATTCAAACTGTG---AATTATTTCAA-----------AATGCAAAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGTCCG
Vir3 GGGCAGCAAATTACTTGGGCCAAGGGAATGCAAACTGTC---A------ACGC-----------ATTGCAATAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGCCCA
Moj3 GGGCTGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATGCAAACTGTTCGAA------AAGC-----------ATTGCAAAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGCCCG
Gri2 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGTGGATGTAAACTGTG---A------AAGCGCATTTTGCATATAACAAAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGCCCG

miR-6-1   chr2R:15175845-15175967
Species Sequence
dm2 CCTTTAATGTAGAGGGAATAGTTGCTGTGC-TGTAAGTTAATATACCATATCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAG-TG
Sim1 CCTTTAAAGTAGAGGGAATAGTTGCTGTGC-TGTAAGTTTATATACCGTATCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAGGCA
Sec1 CCTTTAAAGTAGAGGGAATAGTTGCTGTGC-TGTAAGTTAATATACCATATCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAGGCA
Yak2 CCTTTAACGTAGAGGGAATAGTTGCTGTGC-TGTAAGTTAATAACAAATATCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAG-TG
Ere2 CCTTTAAAGTAGAGGGAATAGTTGCCGTGC-TGTAAGTTAATATATCATATCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAG-TG
Ana3 CCTTTAAAGTAGAGAGAATAGTGGCTGTGC-TGTAAGTTT-----CAAAATCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGCACCTAAAG-TG
dp4 CCTTTGAAGTAGAGAGAATAGTTGCTGTGC-TATATGTCCTTCGACTCTAT--ATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAG-TG
Per1 CCTTTGAAGTAGAGAGAATAGTTGCTGTGC-TATATGTCCTTCGACTCTAT--ATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAG-TG
Wil1 CCTTTAAAGTAGAGAGAATAGTTGCTGTGT-TTTATGCCCTTT--TCAATTTCATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTGCCTAAAG-TG
Vir3 CCTTTAAAGTAGAGAGAATAGACGCTGTGC-TGTATGTTT-TGCGTATGGTCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTGAAG-CG
Moj3 CCTTTAAAGTAGAGAGAATAGATGCTGTGAGTATATCTGT-TGCAT-----TTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAT-GG
Gri2 CCTTTAATGTAAAGAGAATAGATGCTGTGC-TGTATGTTG-AACGTATTGTCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCAAAAG-TG

miR-6-2   chr2R:15175711-15175825
Species Sequence
dm2 G-TTTTT--AACCCAAGGGAACTTCTGCTGCTGATATAT------TATT----------GA------------AAAA-----CT----------ACTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCACGGCC
Sim1 G-TTTTT--AACCCCAGGGAACTTCTGCTGCTGATATAT------TATT----------GA------------AAAA-----CT----------CCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCACGGCC
Sec1 G-TTTTT--AACCCCAGGGAACTTCTGCTGCTGATATAT------TATT----------GA------------AAAA-----CT----------CCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCACGGCC
Yak2 G-TTTTT--AACCGCAGGGAACCTCTGCTGCTGATATAT------TATT----------GA------------GAAA-----CT----------TCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCACGGCC
Ere2 G-TTTTT--AACCCCAGGGAACCTCTGCTGCTGATATAT------TATT----------GA-------------AAA-----CT----------CCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCACGGCC
Ana3 G-GTGTT--AGCCCCAGGGAACTGTTGCTGCTGATATAT------TATTCTCCCAAAAAAA------------AAAT-----CA----------CCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGCTGCACCGAC
dp4 G-TGTCCCCAACCGCAGGGAACCGCTGCTGCTGATATAT------TATC----------CACCCATCT---TTGACA-----TT----------TCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCACGGCC
Per1 G-TGTCCCCAACCGCAGGGAACCGCTGCTGCTGATATAT------TATC----------CACCCATCT---TTGACA-----TT----------TCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCACGGCC
Wil1 ====TTT--AACCGCAGGGAACTGTCGCTGCTGatatatatatattatt----------gttatatataatttaaaaatGATTT----------TCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTTTACGATC
Vir3 G-CTTTT--AACCGCAGGGAACTGCTGCTGCTGATATAC------TGTA----------TA--------------GA-----TTATATCGAT--TCCATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCATCGCA
Moj3 GATTTTT--AACCGCAGGGAACTGCTGCTGCTGATATAC------TATA----------TG--------------TA-----TT-TGTCAGTACTCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCATCGCA
Gri2 G-CTTTT--AACCACAGGGAACTGCTGCTGCTGATATAC------AAC-----------CA--------------TA-----TT-TATACACG-ACTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCATCGCC

miR-6-3   chr2R:15175558-15175678
Species Sequence
dm2 TGTACAAAAAGAAGGGAACGGTTGCTGATGATGTAGTTTGAAAC-TCT----CACAATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTGGCAATC
Sim1 TGTACAAAAAGAAGGGAACGGTTGCTGATGATGTAGTTCGAAAC-TCT----CACAATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTGGCAATC
Sec1 TGTACAAAAAGAAGGGAACGGTTGCTGATGATGTAGTTCGAAAC-TCT----CACAATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTGGCAATC
Yak2 TGTTCAAAAAGAAGGGAACGGTTGCTGATGATGTAGTTCGAAAC-TCT----CTCAATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTATTTGGCAATC
Ere2 TGTTCAAAAAGAAGGGAACGGTGGCTGATGATGTAGTTCGAAAC-TCT----CACAATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTGCCAATC
Ana3 TGTTCAAAAAGAAGGGAACGGTCGCTGCTGATGTAGTT----AT-TCG----CATCATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTGCCAATC
dp4 TGTTCAAAAAGAAGGGAACGGTTGCTGCTGATGTAGTTCAAGTT-TTG----CACAATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTGCCAATC
Per1 TGTTCAAAAAGAAGGGAACGGTTGCTGCTGATGTAGTTCAAGTT-TCG----CACAATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTGCCAATC
Wil1 TGTTTAAAAAGAAGGGAACGGTTGCTGTTGATGTAGTATACCAT-TTTGTTTAACAAT--ATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTAACAATC
Vir3 TGTTTAAAAGGAAGAGAACGTTCGCTGTTGATGTAGTCGACCTT-TGT----ACT-CTTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTAGCAATT
Moj3 TGCTTAAAGAGAAGAGAACGTTCGCTGTTGATGTAGTCGAATTCATTT----AAT-CTTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTAACAATT
Gri2 TGTTTAAAAGGAAGAGAACGCTCGCTGCTGATGTAGTTCATGAT-TCA----AATATTTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTATCAATG

miR-92b   chr3R:21477099-21477239
Species Sequence
dm2 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCAGTGCTTATTTGTTGCATTTTCGAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAATGAGTGTCGC
Sim1 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCAGTGCTTATTTGTTGCCTTTTCGAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCGC
Sec1 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCAGTGCTTATTTGTTGCCTTTTCGAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCGC
Yak2 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCAGTGCTTATTTGTTGCCTTTTCGAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCGC
Ere2 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCAGTGCTTATTTGTTGCCTTTTCGAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCGC
Ana3 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCGGTGCTTATTTGTTAC-TTTTGGAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCAA
dp4 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCAGTGCTTATTTGTCGTTGTTTGAAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGAGAGTGTCGC
Per1 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCAGTGCTTATTTGTCGTTGTTTGAAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGAGAGTGTCGC
Wil1 GTCACCGTCAACTGTGCTGTTGATGTAAATGTAATTTGTGTATCTTAACTGTGTGCGGAAATTGTATCTTTAAAAATACGTCACATGATGTAGACCGTGCCTGGTGCTTATTTGTTGCTATTTAAATATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTAAGTGTCG-
Vir3 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGTCGTGCCTGGTGCTTATTTGTTGTTATGCGAAAATCCAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCGC
Moj3 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGTCGTGCCTGGTGCTTATTTGTTGTTATGCGAAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCGC
Gri2 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGTCGTGCCTGGTGCTTATTTGTTGTTATGTGAAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCGC

miR-932   chr2L:6902041-6902172
Species Sequence
dm2 GTTTTGAAGTTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTGTGTT----TCATTATTTACTGCAAGCGCTGCGGATTTGGCAACTTTGACGACC
Sim1 GTTTTGAAGTTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTGTGTT----TAATTATTTACTGCAAGCGCTGCGGATTTGGCAACTTTGACGACC
Sec1 GTTTTGAAGTTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTGTGTT----TAATTATTTACTGCAAGCGCTGCGGATTTGGCAACTTTGACGACC
Yak2 GCTTTGAAGTTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTGTGCT----TAATTATTTACTGCAAGCGCTGCGGATTTGGCAACTTTGACGACC
Ere2 GTTTTGAAGTTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTGTCTT----TACTTATTTACTGCAAGCGCTGCGGATTTGGCAACTTTGACGACC
Ana3 GTTTCGAGACTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTGTTTT----TAAACTACAACTGCATGCTCTGCGGACTTGGCAGATTTGAAGACC
dp4 GTGTCGTGGCTCTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTTTAATATAATTATCAACAACTGCAAGCGCTGTGGACTTGGCAGCTCCGATAGCC
Per1 GTGTCGTGGCTCTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTTTAATATAATTATCAACAACTGCAAGCGCTGTGGACTTGGCAGCTCCGATAGCC
Wil1 GCATTGTAGCTATCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTTGGTA----CTAGAAAATACTGCAAGCGCTGCGGACTTGCTAACTCTGATG---
Vir3 GCAGCGAAACTCTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTTGATT----TTAGGAATTACTGCAAGCGCTGCAGAATTGGCAGCTCCGCTGACC
Moj3 GCTGCGTAACTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTTGATT----TAAGGAATTACTGCAAGCGCTGCAGAATTGGCAGCTCCGTTGACC
Gri2 GCAATGTAACTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTTGATT----TAAGCAACTACTGCATGCCCTGCAGAATTGGCAGCTCTGTTGACC

miR-954   chr4:646355-646482
Species Sequence
dm2 AACACAAGATTTTCTGGGTGTTGCGTTGTGTGTACCTGTGTACAGGCGTATTCACATGCAACATCCCTTACATCTTGCT-----------TGA
Sim1 AACACAAGAATTTCTGCGCGTAGAGTTTTGTGTACATGTGTACGTGCGTATTCACATCCAACATCCCTGACGTCTTGCT-----------TGA
Sec1 AACACAAGAATTTCTGCGCGTAGAGTTTTGTGTACATGTGTACGTGCGTATTTACATCCAACATCCCTGACGTCTTGCT-----------TGA
Yak2 AACACAAGATATTCTACGCGTTGTGTTTTG--------------------TGTACATGCAACATCCCTGACGTCTTGCG-----------CGA
Ere2 AACACAAGATATTCTGCGCGTTGTGTTTTG---ACAT----------GTATGTACATGCAAC--------CGTTATGCGTTCCAAGGACCCTA
Ana3 --------=====================================================================================
dp4 =============================================================================================
Per1 =============================================================================================
Wil1 --------=====================================================================================
Vir3 =============================================================================================
Moj3 ATTAGAAG=====================================================================================
Gri2 =============================================================================================

miR-955   chr3L:3282566-3282703
Species Sequence
dm2 GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCC---TGTGTTTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGAACGGTAGAGATGGTACGCTTA
Sim1 GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCC---TGTGTTTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGCACGGTAGAGATGGTACGCTTA
Sec1 GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCC---TGTGTTTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGCA---GAGAGATGGTACGCTTA
Yak2 GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAAGTTTGAGTGTCC---TGTGTGTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGAACGGTAGAGATGGTACGCTTA
Ere2 GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCT---TGTGTGTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGAACGGTAGAGATGGTACGCTTA
Ana3 GCTCATCAGCTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCT---AAT-TTTTAACCATTCGCATTCAACCTTTGGACGGTAGAGATGGTCAGTGAG
Wil1 GTTGGCTGGCTCCATCGTGCTTAGGTTTGAGTGTCTTCGTTTGTTTTCTCTAATGGCATTCAACCTTGGAGCGATAGAGACGGCCAATCGA
Vir3 GTTAGCTAGCTCCATCGTGCACAGGTTTGAGTGTT----TGAGTTTTTCCTAGTGGCATTCAACCTTTGAACGGTAGAGATGGCCAACTGA
Moj3 GTTAGCGAGCTCCATCGTGCACAGGTTTGAGTGTT----TGTGTTTGG-CTAGTCGCATTCAGCCTTTGAACGGTAGAGATGGCCAACTGA
Gri2 GTTGGCGAACTCCATCGTGCACGGGTTTGAGTGTC----TGAGTTTGC-CAAGTGGCATTCAGCCCCTGGACGCTAGAGATGGCCAACTGA

miR-960   chr2L:5641042-5641175
Species Sequence
dm2 TGTACCACATTCTGAGTATTCCAGATTGCATAGC---------TTTGTGCTACTATTGCTATACGGTCTGGGACACTTTTAACATGGTATCAA
Sim1 TGTACCACATTCAGAGTATTCCAGGTTGCATAGC---------TTTGTGCTACTATTGCTGTACGATCTGGGACACTTTTAACATGGTATCAA
Sec1 TGTACCACATTCTGAGTATTCCAGATTGCATAGC---------TTTGTGCTACTATTGCTGTACGATCTGGGAGACTTTTAACATGGTATCAA
Yak2 TGTACCAGATTCTGAGTATTCCTGATTGCATAGC---------TTTGGCCTTTGATTGCTATACGGTCTGGGACACTTTTAACGTGGTATCAA
Ere2 TGTGCCAGATTCAGAGTATTCCAGATTGCATAGC---------TTTGGGCTTTGATTGCTATACGGTCTGGGACACTTTAAACGTGGCATC-A
dp4 tgtgCTATATTCTGAGTATTGCCTCCTGTTGTAGTTGTGGAATATTGAAATATCA--ACTATACGGTTCGGAATCCTCTAAATATGGCAGC-C
Per1 TGTTCTATATTCTGAGTATTGCCTCCTGTTGTAGTTGTGGAATATTGAAATATCA--ACTATACGGTTCGGAATCCTCTAAATATGGCAGC-C
Wil1 TATGCTAAATTCTGAGTATTCCTGATTGCATAGT---------GTGTATTTGATACTACTATACGGTCGGGGAAACTTTTAACATGGC-CCAA
Moj3 CATGC-----TTTGAGTATTCCTTATTGCATAGT---------TTACATATA--ATTACTATACAGTCTGGAGCACTTAAAGTTGGGCATAGA
Gri2 TATGCTAAATTCCAAGTATTCCTTATTGCATAGT---------TTATAATTG--AATACTATACAATCTGGCGTTCTTAGAATTTGTCATAAG

miR-962   chr2L:5641277-5641409
Species Sequence
dm2 GGCA-CTCAGGCTATAAGGTAGAGAAATTGATGCTGTC---------------TACACTATTCAGACTTCAGTTTCATTACCTTTCAATTTGTTTGCCC
Sim1 GGCG-CTCAGGCTATAAGGTAGAGAAATTGATGTTGTC---------------TACACTATTCAGACTTCAGTTTCATTGCCTTTCAATTTGTTTGCCC
Sec1 GGCA-TTCAGGCTATAAGGTAGAGAAATTGATGTTGTC---------------TACACTATTCAGACTTCAGTTTCATTGCCTTTCAATTTGTTTGCCC
Yak2 GGCA-CACAAGCTATAAGGTAGAGAAATTGTTGTCTTC---------------CACACTATTCAGACATCAGTTTAACTATCTTTCAATTTGTTTGCCC
Ere2 GGCA-CTCAAGCTATAAGGTAGAAAAATTGTTGTCTTC---------------CACACTATTCGGACTGCAGTTTAACTATCTTTCAATTTGTTTGCCC
Ana3 GGCA-CTCAAGCTATAAGGTAGAGAAAATAATGTCTTC---------------GTCTCCAAATAGACATCAATTTCCCTAGCTTGCATTTTGCCTGCCC
dp4 AGCA-GTCGTGTTTTAAGGTACAGACTTTGAGTCTATT-------------------CTA----GGCATCAATTTTCGTATCTTTTAATTCGTCTGGCG
Per1 AGCA-GTCGTGTTTTAAGGTACAGACTTTGAGTCTATT-------------------CTA----GGCATCAATTTTCGTATCTTTTAATTCGTCTGCCG
Wil1 GACC-CTCAAGTTATAAGGTAGAGAAAATGTTGTCTTTATATTTG------TAACAATTGTTAAGACATCACTTTCACTAGCTTTCAATTTGTCTGCTC
Vir3 GGCGCCTCAAATTATAAGGTAGAGAAATTGTTGTCTACTTTACATATGGT------------GAGACATCAA-TTCACTAGCTTTCAATTTGTACGCCC
Moj3 AGCG-CTCAAGTTATAAGGTAGAGATATTGTTGTCTTTTTGCATATAGCACTCTGTTATG-AAAGACATCAA-TTCACTAGCTTTCAATTTGTACGCTT
Gri2 AGCT-CTCAGATTATAAGGTAGAGATTTTGTTGTCTTC-----TATTATA-----------AAAGACATCAA-TTCACTAGCTTTCAATTTGTATGCTC

miR-963   chr2L:5641969-5642098
Species Sequence
dm2 GTCTAATCTAAAACAAGGTAAATATCAGGTTGTTTCCTGTATTC---GATCGAAACATCTGTATATACCTTTGTTCCGATT-GGACAAAA
Sim1 GTCTAATCTAAAACAAGGTAAATATCAGGTTGTTTCCTGTATTA---GATCGAAACATCTGTATATACCTTTGATCCGGTT-GGACAAAA
Sec1 GTCTAATCTAAAACAAGGTAAATATCAGGTTGTTTCCTGTATTA---GATAGAAACATCTGTATATACCTTTGATCCGGTT-GGACAAAA
Yak2 GTCTAATCTAAAACAAGGTACATATCAGGTTGTTTCCTATATTGGATGATCGAAACATCTGTATATACCTTTGTTCCGAAT-GGACGAAA
Ere2 GTCTAATCTAAAACAAGGTACATATCAGGTTGTTTCCTGTATTGGATGATCGAAACATCTGTATATACCTTTGTTCCGAAT-GGACGAAA
Ana3 ATTTAATCTAAAACAAGGTACATATCTGGTTGTTTCCTATATTCAAAGTTTGAAACATCTGTATCTACCTTTGTTTCGATT-AAACTAAA
Wil1 TTCTAGTCTAAAACAAGGTACATATCAGGTTGTTTCGTATATTTGAAGCCTGAAACATCTGTATCTACCTTTGTTTCGAATAGGACTAAA
Vir3 ATCTAATCTGAAACAAGGTACATATCAGAGTGTTTCTTAAATTTGATTATTGAAACCTCTGTATATACCTTTCATTGGATT-AAACTGAT
Moj3 GTCTAATCTAAAACAAGGTACATATCAGAGTGTTTCCCGTATTCGAGTTTTGAAACCTCTGTATATACCTTTCATTAGATT-CAACCGAA
Gri2 GTCTAATCCAAAACAAGGTACATATTAGAGCGTTTCCTATCTTTGAGTATTGAAACCTCTGTATATACC-TTCATTCGATT-CGACTGAT

miR-964   chr2L:5642081-5642221
Species Sequence
dm2 GTCCAACTTGCCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTT-----AT------GTTTTTGATGTTTAAGTTAAAAGCCTCTGTTCTAAGACAATTTGATGA
Sim1 GTCCAACTTGCCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTT-----GT------GTTTTTAATGTTTAAGTTAAAAGCCACTGTTCTAAGACAATTTGATGA
Sec1 GTCCAACTTGCCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTT-----GT------GTTTTTAATGTTTAAGTTAAAAGCCACTGTTCTAAGACAATTTGATGA
Yak2 GTCCCACTTGTCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTT-----AT------GTATATCATGTATAAGTTAAGAACCTTTATTCTAAGACAATTCGACTA
Ere2 GTCCCACTTGTCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTT-----GT------GTGTGTTATGCTTAAGTTAAGAGCCTTTATTCTAAGTCAATTCGACTG
Ana3 GTCAAACTTGTTTTAGAATAGGGGAGCTTAACTT-----ATTGGAGAGTTGATA----TTAAGTTAAGATCCCTAATTCTAAGATAATGTGACCA
dp4 GCCAAAACTATCTTAGATCGAAGGTTCCTGGCTT-----AC------AGGGATTTGATGTAAGTTAAGAACCTCCGCTCTAAGCTAGTATGGCTA
Per1 GCCAAAATTATCTTAGATCGAAGGTTCCTGGCTT-----AC------AGGGATTTGATGTAAGTTAAGAACCTCCGCTCTAAGCTAGTATGGCTA
Wil1 GTCAAACTTGTCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTT-----AT------ATTGTTTTGCTTAAAGTTAAGAGCCTCAATTCTAAGATAATGCGACTA
Vir3 GTTTAACTTATCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTTT----GT------ATG---AACATTTAAGCTAAGAGCCTCAATTCTTAGATAATGCGACTA
Moj3 GTTCAACTTATCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTTA----AT------CTG---AACACTCAAGCTAAGAGCCTCGATTCTTCGATAATGCGACTA
Gri2 GTCAAACTTATCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTTTTATCAT------ATT---AGCGCTCGAGCTAAGATCCTCAATTCTTGGATAAGGCGACTA

miR-970   chrX:12470252-12470387
Species Sequence
dm2 GGCATCTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATTTGGTAGCTGTAATG--ATTT-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATAACCGTTGTC--TA
Sim1 GGCATCTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATTTGGTAGCTGAATTG--ATTT-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATAACCGATGTC--TA
Sec1 GGCATCTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATTTGGTAGCTGAATTG--ATTT-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATAACCGATGTC--TA
Yak2 GGCATCTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATTTGGTAGCTGTAATG--ATTT-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATAACCGATGTC----
Ere2 GGCATCCGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATTTGGTAGCTGTAATG--ATTT-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATAACCGATGTC--TA
Ana3 GGCATTTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATTTGGTAGCTGATATC--GAAA-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATAATCGATGTCCTTA
dp4 GGCATCTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATCTGGTAGCTGTACCC--TTTT-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATGACCGATGCC--CA
Per1 GGCATCTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATCTGGTAGCTGTACCC--TTTT-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATGACCGATGCC--CA
Wil1 GGCATTTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATTTGGTAGCTGCACTA--AAATTTCAATAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATGACCGATGTC--TT
Vir3 GACGTCTGTTGTAGCCAGCGGATGTTTTATTTGGTAGTTGCGCTT--TATT-----AAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATAACAGTGCCG--TT
Moj3 GACGTCTGTTGTAGCCAGCGGATGTTTTATTTGGTAGTTGTATTT--TATA-----AAGTCTATCATAAGACACACGCGGCTATAACAGAACTG--TT
Gri2 GACGTCTGTTGTAGCCTGCGTATGTTTTATTTGGTAGTTGTAACTAAAATC-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATCACAGTTCCG--TT

miR-971   chrX:12895988-12896124
Species Sequence
dm2 CTGGCATCGCTCGCTGTAAATTGTAATCATCAAAGCGT----TTTC--TCAGAGCCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGTGCCAGTCC
Sec1 CTGGCATCGCTCGCTGTAAATTGTAATCATCAAAGCGT----TTTC--TCAGAGCCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGTGCCAGTCC
Yak2 CTGGCATCGCTCGCTGTAAATTGTAATCATCAAAGCGT----TTTC--TCAGAGCCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGTGCCAGTCC
Ere2 CTGGCATCGCCCGCTGTAAATTGTAATCATCAAAGCGT----TTTC--TCAGAGCCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGTGCCAGTCC
Ana3 CTGGCATCGTTCACTGTAAATTGTAACCATCAAAGCGT----TTTTTATCAGAGCCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGAGCCAGCTG
dp4 ACCCCATCGCTCGCTGTAAATTGTAATGGCCAAAGCTT----TTTTGTTGGTAGCAGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGTG=======
Per1 ACCCCATCGCTCGCTGTAAATTGTAATGGCCAAAGCTT----TTTTGTTGGTAGCAGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGTG=======
Wil1 CCCAATACGCTCGCTGTAAATTGTAGCAATCAAAGCGTTGCCTTTT--GCCTCACAGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGTG--AGTTT
Vir3 -------CGCCCGCTGTAAAATGTAATCATCAGAGCGT----CC----TCTCAACCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGCGACGGCCC
Moj3 -------CGACCGCTGTAAATTGTAATCATCAAAGCGT----CT----GCTAAATCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGCGCGGCGCTCG
Gri2 -------CGCCCGCTGTAATATGTAATCATCAAAGCGT----GTA---TTTTACTCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGCGACGGCCA

miR-973   chrX:19385444-19385585
Species Sequence
dm2 GTCGACTTTTCGTGGTTGGTGGTTGAACTTCGATTTTAAGTA-----TTTAAATAAAA-----TGAAATCTGTTCATTCTCCGACACAAGAAGTTCACGCAA
Sim1 GTATACTTTTCCGGGTTGGTGGTTGAACTTCGATTTTAAGCA-----TTTAAATAAGA-----T-AAATCTGTTCATTCTTCGACCCAAAAAGTTCACGTGA
Sec1 GTATACTTTTCGGGGTTGGTGGTTGAACTTCGATTTTAGGTA-----TTTAAATAAGA-----T-AAATCTGTTCATTCTTCGACCCAAAAAGTTCACGTGA
Ere2 GTCGACTTTTCGTGGTTGGTGGCTGAACTTAGATTTTGAGTA-----TTCAAATAAAA-----T-AAATCTGTTCATTCCTCGACACAAGAAGTTGACGTGC
Ana3 ACCGACTCCTCGTGTTTGGCGATTGAACCTGGATTTTTAATT-----TTCGAGTACGA-----G-AAATCTGTTCATTCCTCGACACTAGTAGTTGGCGCGA
Wil1 ATGGCCTTTTCGTGTTTGGTGATTGAACTTGGATTTTGTTCTATATACATATATAAAAATATGT-AAATCTGTTCATTCCTCGACACTAGAAGTTCATGTCA
Vir3 ATTCACTTTTCGTGTTCGATGTTTGAACTTGGATTTTTTTTA-----TAT-----ACA-----C-AAATCTGTTCATTCCTCGACACTAGAAGTTTGCGTCA
Moj3 TTTCACTTTTCGTGTTCGATGTTTGAACTTGGATTTTTAAAA-----TATG---AAAA-----G-AAATCTGTTCATTCCTCGACACTAAGAGTTTA-----

miR-974   chrX:19385594-19385735
Species Sequence
dm2 GTCATGTCCTCCAAGCGAGCAAAGAAGTAGTATTTGTG---TTTCCAAGAGCAAATATAACTTCATTGGAA-GCTAAGTGGATTTGCCC--A
Sim1 GTCGTGTCCTCCAAGCGAGCAAAGAAGTGGTATTTGCG---TTTCCAAGAACAAATATAACTTCTTTGAAA-GCTAGGTGGATTTGCCC--A
Sec1 GTCGTGTCCTCCAAGCGAGCAAAGAAGTAGTATTTGCG---TTTCCAAGAACAAATATAACTTCTTTGAAA-GCTAGGTGGATTTGCCC--A
Ere2 GGCATGTCCTCCAAGCGAGCAAAGAAGTAGTATTTGTG---TTCCAAAAGTCAAATATAACTTTTTTGGAA-GCTACGGGGATTTGCCC--A
Ana3 GTCATCTCCTCTAAGCGAGCAAAGAAGTAGTATTTGTTTGCTTTTAATGGTCAAATATAACTTTTTTGGAA-GCTACGAGGAGTTGTCC---
Wil1 GCCATATCCTCTAAGCGAGCAAGAAAGTGGTATTTGTC---TTTGGAAATTCAAATATAACTTTTTTGGAA-GCTACAAGGCAATGTCCA-C
Vir3 GGCATTCCCTCTGAGCGAGCAGAGAAGTATTATTTGCG---AATCTGATATCAAATAAGACTTTTTTGGTTCGCTATGAGGTATTGTTCATA
Moj3 GGCATTCCCTCTGAGCGAGCAGAGAAGTATT-TTTGCG---CATCTGATATCAAATAAAACTTTTTTGGTT-GCTGCGAGGTATTGTTGAAA

miR-977   chrX:19392938-19393077
Species Sequence
dm2 CAAG----GTATGCTTTAGATAACTCGAATATCACATC-------TTCA--GTGTTCGAAATCTGATGAGAT-ATTCACGTTGTCTAAATCATGTTTTG--T
Sim1 CAAG----GTATGGTTTAGATAACTCGAATATCACATT-------TTCA--GTGTTCGATATCTGATGAGAT-ATTCACGTTGTCTAAACCATGGTTTGTTT
Sec1 CAAG----GTATGGTTTAGATAACTCGAATATCACATC-------TTCA--GTGTTCGATATCTGGTGAGAT-ATTCACGTTGTCTAAACCATGGTTTG--T
Yak2 CAAG----GTATGGCCTAGATAACACGGGTATCACATC-------TTTA-TGCATTCGATATCTGGTGAGAT-ATTCACGTTGTCTAAACCATGTTTTG--T
Ere2 CAAG----GTATGGCCTAGATAACTCGGGTATCACATC-------TTTA-TGCATTCGATATCTGGTGAGATAATTCACGTTGTCTAAACCATGTTTTG--T
Ana3 CGAG----GTTCGGCCTCGATCACGAGAACGTCGCATC-------TTAGTTACATTT-CCATATGATGAGAT-ATTCACGTCGTCGAAACCGTGTCTCGGCT
Wil1 ---------TACAATTTCAATAACGTAGATATCGCATCGTTTTTTTTTACCATATTTGATAAGAGATGAGAT-ATTCACGTTGTTGAAG-------TTG--T
Vir3 CTGGCCCAGCCCAGTTGCGATTGCGCGGACATCTCATC-------GTATAAACATTCGATAACCAACGAGAT-ATTCACGTTATCGAGA--CTGAGACG--T
Moj3 CTGGCCCAGCCCGGTTCCGATTGCGCGGACATCTCATC-------GTCTGACCATTCGATAACCGATGAGAT-ATTCACGTTATCGAGA=============

miR-980   chrX:136973-137111
Species Sequence
dm2 TGATTGTATGTCAGTTTTTCATTTGGCCTGGCTAGCTTACTCCTTTTTAAATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTAATTGCA
Sim1 TGATTGTATGTCAGTTTTTCATTTGGCGTGGCTAGCTCACTACTTTTTTAATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTAATTGCA
Sec1 TGATTGTATGTCAGTTTTTCATTTGGCGTGGCTAGCTCACTACTTTTTTAATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTAATTGCA
Yak2 TGATTGTATGTCAGTTTTTCATTTGGCGTGCCTAGCTTAGCTTTTTTTAAATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTAATTGCA
Ere2 TGATTGTATGTCAGTTTTTCATTTGGCGTGCCTAGCTTACCTCTTTTTAAATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTAATTGTA
Ana3 AATTTGTATGTCAGCCTCTCATTTGGCCTGCCTAGCTGACTTTAAATT-AATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTGATTGCG
dp4 AAATTGAATGTGAGTCTCTCACATGGCTGGTCTAGCTGACTTGTTTCT-AATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTTTTTGTA
Per1 AAATTGTATGTGAGTCTCTCACATGGCTGGTCTAGCTGACTTGTTTCT-AATACTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTTTTTGTA
Vir3 GCATTGCATGTGAGTCCCTCATTTGGCAGGTTTAGCTGCTTTT-AATACGATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTGATTGTT
Moj3 GCATTGCATGTGAGTCCCTCATTTGGTGCGCTTAGCTGTTTTTCAATTTGATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTGTTTGTA
Gri2 GCATTACATGTGAGTCCCTCATTTGGCGGACTTAGCTGCTTTTCAATTTGATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTGATTGTA

miR-981   chrX:1644996-1645133
Species Sequence
dm2 CCTCACTGAAGTCGGGTTTCGTTAGCAGCGGGCTGTTTTAATAAATTC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAA
Sim1 CCTCACTGAAGTCGGGTTTCGTTAGCAGCGGGCTGTTTTAATAAATTC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAA
Sec1 CCTCACTGAAGTCGGGTTTCGTTAGCAGCGGGCTGTTTTAATAAATTC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAA
Yak2 CCTCACTGAAGTCGGGTTTCGTTAGCAGCGGGCTGTTTTAAAAAATTC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAA
Ere2 CCTCACTGAAGTCGGGTTTCGTTAGCAGCGGGCTGTTTTAATAAATTC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAA
Ana3 CCTCACTGAAGCCGGGTTTCGTTAACAGCGGGCTGTCATTTCGAAATC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAA
dp4 CCACATTGAAATCGGGTTTCGTTAACAGCGGGCTGTTATGAATAAATC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAG
Per1 CCACATTGAAATCGGGTTTCGTTAACAGCGGGCTGTTATGAATAAATC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAG
Wil1 CCACACTGAAATCGGGTTTCGCTAGCAGCGGACTGTCATGATAAATGTGAAAAACAAACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATCATGTGTCGGAC
Vir3 CTACATTGAACTCAGATTTCGTCAGCAGCGGGCTGTGATGATTAT--G--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATACTGTGT-GGAG
Moj3 CTACATTGAACTCAGGTTTCGTTAGCAACGGGCTGTGATGATTAAAAG--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTATGT-GGAG
Gri2 CCACATTGAGCTCGGGTTTCGTCAGCAGCGGGCTGTGATGACTAAA-A--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATACTGTGT-GGAG

miR-986   chr2R:3956774-3956914
Species Sequence
dm2 TGA-------AATTACCCATCTCGAATAGCGTTGTGACTGA-G--GTAACTGCGCATCGAATCTACTCAGCGGCGAGGCTATTCAAGTAAGGTTATTT-TGG
Sim1 TGA-------AATTACCCATCTCGAATAGCGTTGTGACTGA-G--GTAACTGCGCATCGAATCTACTCAGCGGCGAGGCTATTCAAGTAAGGTTGTTT-TGG
Sec1 TGA-------AATTACCCATCTCGAATAGCGTTGTGACTGA-G--GTAACTGCGCATCGAATCTACTCAGCGGCGAGGCTATTCCAGTAAGGTTGTTT-TGG
Yak2 TAA-------AATTACCCATCTCGAATAGCGTTGTGACTGA-G--GTAACTGCGCATCGTATCTACTCAGCGGCGAAGCTATTCCAGTAAGGTTATTT-TGG
Ere2 TAA-------GATTACCCATCTCGAATAGCGTTGTGACTGA-G--GTAACTGCGCATCGAATCTACTCAGCGGCAAGGCTATTCCAGTAAGGTTATTT-TGG
Ana3 CAA-------AATGACTCATCTCGAATAGCGTTGTGACTGATG--GTATTTAAATATAAA------TCCGAGACAATGCTATTCTTGTAAAGTCATCT-TGA
dp4 TGA-------AACAACCCGTCTCGAATAGCGTTGTGACTGA-----TGACTGCATTTGTAATTTTCTCAGCGGCAGTGCTATTCCAGTTGGGTTGTTT-GCG
Per1 TGA-------AACAACCCGTCTCGAATAGCGTTGTGACTGA-----TGACTGCATTTGTAATTTTCTCAGCGGCAGTGCTATTCCAGTTGGGTTGTTT-GCG
Wil1 TTA-------AATGCCCAATCTCGAATAGCGTTGTAACTGA-----TGATTGTG-ATATGAGAGAGTCAGCCACTATGCTATACGAGGTGGGGCATTTGTGG
Vir3 TAAATGGCTAATTGTCTTCTCTCGAATAGCATTATGGCTGATG--ACAATT----CTGGAATAACATCAGTTGAAATGCCATTCGGGTTAAGGCACTT-GAG
Moj3 TAACTGGCTAATTGCCTTCTCTCGAATTGCATTATGGCCGATGACACAATT----CTGCAAAATCATCAGTTGGAATGCCATTCGGGTCAAGGCATTT-ACG
Gri2 TGAATGGCTTATTGCCTTTTCTCGAATTGCATTGTGACTGATG--AAAATT-----TAGAAATTCATCAGTTAAAATGCCATTCGAGTTAAGGCACTT----

miR-995   chr3R:16561624-16561754
Species Sequence
dm2 CTGCACCCCGCAGCCCGAATTATGTGGGAGCTGCGCCGT----TTCC-----------GTAATC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTACAGG-----------------A
Sim1 CTGTACCCCGCAGCCCGAATTATGTGGGAGCTGCGCCGT----TTCC-----------AAAGTC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTGCAGG-----------------A
Sec1 CTGTACCCCGCAGCCCGAATTATGTGGGAGCTGCGCCGT----TTCC-----------GAAGTC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTGCAGG-----------------A
Yak2 CTGCACCCCGCAGCCCGAATTATGTGGGAGCTGCGCCGT----TTCT-----------AAAATC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTGCAGG-----------------A
Ere2 CTGCACCCCGCAGCCCGAATTATGTGGGAGCTGCGCTGT----TTTC-----------AGGATC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTGCAGG-----------------A
Ana3 CTGTCCTACGCAGCCCGGATTCTGTGGGAGCTGCGCCGT----TCTT-----------TCTATC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTGCAGG-----------------G
dp4 CTGCACAACGCAGCCCGGATTCTGTGTGTGCTGCGCTGT--GTTCTT-----------AAAAGC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTGCGTGGTCAGCC-----------------A
Per1 CTGCACAACGCAGCCCGGATTCTGTGTGTGCTGCGCTGT--GTTCTT-----------AAAAGC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTGCGTGGTCAGCC-----------------A
Wil1 CTTCACCAAGCAGCCCGGATTCTGCGAGTGCTGCGCTAC----AACA-----------AGAACTAAGACGTAGCACCACATGATTCGGCTTCATGGTGAAGT-----------------A
Vir3 CTGTACAACGAAGCCCGGATACTGTGTGTGTTGCGCTGT----TTAG------------AGGTA----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTGCACGCAACTGCAACAGA--GGG
Moj3 CTGAACTACGAAGCCCGGGTTTTGTGTGTGCCGCGCTGT----TTTG------------A-GTA----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTGGTAGTACAGGCTCATTCAACAAATTAGG
Gri2 CTGTACAGTGAAGCCCGGATTCTGTGTGTGCTGCGTTTGCTGATTTGCCATACACATAAATATA----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTGCTAGCAACTCCA---------T

miR-9b   chr2L:16694652-16694783
Species Sequence
dm2 CATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTTTATGTATATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTCTG
Sec1 CATATTATTTGGTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTG--TATAAGTATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTCTG
Yak2 CATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTGTTTATGTGTTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTCTG
Ere2 CATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTG--TATGTGTTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTG
Ana3 CACATTATTTGTTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTCTC---ATATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTG
dp4 CACATTATTTGATCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTATATCAAAGATCCATAGAGCTTTATCACCAAAACCCAAATGGTTTTTG
Per1 CACATTATTTGATCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTATATCAAAGATCCATAGAGCTTTATCACCAAAACCCAAATGGTTTTTG
Wil1 CATATTATTTGGTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTATGAGCATAATCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTG
Vir3 CATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTG--CGCGTATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTG
Moj3 CATATTATTTGTTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTG--CGCGTATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTCTTTG
Gri2 CATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTCTATGGTGTG--CGCATAATCCACAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTG