mir-1001   chr3L:3282566-3282703  (( B || C || D))   miR-955

Species	Fold	Sequence
dm2	41	GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCC---TGTGTTTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGAACGGTAGAGATGGTACGCTTA
Sim1	47	GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCC---TGTGTTTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGCACGGTAGAGATGGTACGCTTA
Sec1	36	GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCC---TGTGTTTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGCA---GAGAGATGGTACGCTTA
Yak2	41	GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAAGTTTGAGTGTCC---TGTGTGTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGAACGGTAGAGATGGTACGCTTA
Ere2	47	GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCT---TGTGTGTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGAACGGTAGAGATGGTACGCTTA
Ana3	51	GCTCATCAGCTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCT---AAT-TTTTAACCATTCGCATTCAACCTTTGGACGGTAGAGATGGTCAGTGAG
Wil1	66	GTTGGCTGGCTCCATCGTGCTTAGGTTTGAGTGTCTTCGTTTGTTTTCTCTAATGGCATTCAACCTTGGAGCGATAGAGACGGCCAATCGA
Vir3	53	GTTAGCTAGCTCCATCGTGCACAGGTTTGAGTGTT----TGAGTTTTTCCTAGTGGCATTCAACCTTTGAACGGTAGAGATGGCCAACTGA
Moj3	35	GTTAGCGAGCTCCATCGTGCACAGGTTTGAGTGTT----TGTGTTTGG-CTAGTCGCATTCAGCCTTTGAACGGTAGAGATGGCCAACTGA
Gri2	35	GTTGGCGAACTCCATCGTGCACGGGTTTGAGTGTC----TGAGTTTGC-CAAGTGGCATTCAGCCCCTGGACGCTAGAGATGGCCAACTGA

---

mir-1006   chr3L:22452016-22452152  (( B || C || D))   miR-957

Species	Fold	Sequence
dm2	40	TCCACAATAGACCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTGGGGAG---TT-CTATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GAGGC
Sim1	23	TCCACAATAGACCTTAATTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTGGGGAG---TT-CTATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GAGGC
Sec1	40	TCCACAATAGACCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTGGGGAG---TT-CTATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GAGGC
Yak2	40	TCCACAATAGACCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTGGGGAG---TT-ATATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GAGGC
Ere2	40	TCCACAATAGACCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTGGGGAG---TT-CTATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GAGGC
Ana3	46	CCTACAATGGCCCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCAGGGGAG---TT-CTATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GAGGC
dp4	59	TCCACAATGGACCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTGGGGAG---TTGATATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GCGGC
Per1	59	TCCACAATGGACCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTGGGGAG---TTGATATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GCGGC
Wil1	53	TCCGCAATGGACCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTTAGGAAGTTTT-CTATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAATTGTTGTGAT
Vir3	51	CCCACAATGGTTCTTAGTTTTAGACGTGTTTTGGTGTGCTTGA-AG---TT-TTGTTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCGATTGT-GAGGT
Moj3	55	CCCACAATGGATCTTAGTTTTAGACGTGTTTTGGTGTGCTTGGGAG---TT-TTGTTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAATTGT-GAGGC
Gri2	55	CCCACAATGGATCTTAGTTTTAGACGTGTTTTGGTGTGCTTGGGAG---TT-TTGTTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAATTGT-GTGGT

---

mir-1016   chr2L:214287-214424  (( B || C || D))   candidate-2

Species	Fold	Sequence
dm2	53	GCTCATGGCTGCTGCCGGGCCAACTCTTGGCGGATTAACTGGTGCATCCGGAGGAGCGGGCTCCGGCAAGAGCCAGGCGCAG
Sim1	62	GCTTATGGCTGCTGCCGGACCAACTCTTGGCGGATTAAGTGGTGCATCCGGAGGAGCGGGATCCGGCAAGAGCCAGGCGCAG
Sec1	62	GCTTATGGCTGCTGCCGGACCAACTCTTGGCGGATTAAGTGGTGCATCCGGAGGAGCGGGATCCGGCAAGAGCCAGGCGCAG
Yak2	53	GCTCATGGCTGCTGCCGGGCCAACTCTTGGCGGATTAGGTGGTGCATCCGGAGGAGCGGGCTCCGGCAAGAGCCAGGCGCAG
Ere2	62	GCTCATGGCTGCTGCCGGACCATCTCTTGGCGGATTAAGTGGTGCATCCGGAGGAGCGGGCTCCGGCAAGAGCCAGGCGCAG
Ana3	26	GCTGATGGCTGCTGCCGGACCATCGCTTGGAGGACTGACAGGCAGTTCCGGAGCGGCGGGATCCAGCAAGAACCAAGGCCAG
dp4	54	GCTCATGGCTGCTGCTGGGCCAACCCTGGGGGGCCTCACAGGCACCTCGGGCGG---GGGTTCCGGCAAGAGTCAGTCGCAG
Per1	54	GCTCATGGCTGCTGCTGGGCCAACCCTGGGGGGCCTCACAGGCACCTCGGGCGG---GGGTTCCGGCAAGAGTCAGTCGCAG
Wil1	60	GCTCATGGCTGCTGCCGGGCCAACATTGGGTGGCCTAACGGGCAACTCTGGTGC---TGGATCCGGCAAGAGCCAGTCGCAG
Vir3	35	GCTCATGGCTGCTGCGGGACCAACGCTCGGCGGCCTTACAGGCAGCACGAGCGC---GGGCACCGGCAAGAGCCAGTCGCAG
Moj3	48	GCTCATGGCTGCTGCTGGACCAACGCTTGGCGGCCTCACAGGCAGCACAAACGC---GGGCACCGGCAAGAGCCAGTCGCAG
Gri2	48	GCTCATGGCTGCTGCGGGTCCAACGCTCGGCGGCCTAACCGGCAGCTCGGGCCT---CGGCACCGGCAAGAGCCAGTCGCAG

---

mir-1027   chrX:19385068-19385199  (( B || C || D))   miR-972

Species	Fold	Sequence
dm2	49	TAGGGAAATTGCTAAATATTTTTTTTGTATAAATAACTTTT---AACTTTTGTACAATACG-AATATTTAGGCATTTCTCAAATC
Sim1	32	TAGTG-AATTGCTAAATATTTTCTTTGTATAAATGACTTTT---AACATTTGTACAATATT-AATATTTAAACATTTCTCGAATC
Sec1	31	TAGTG-AATTGCtaaatattttctttgtataaataactttt---aatatttgtacaatatt-aatatttaaaCATTTCTCGAATC
Yak2	-99	=====================================================================================
Ere2	36	TAGTGAAATTGTTAAATATTTACTTTGTATAAATGACCTTCATAAACATTTATACAATTTCAAATATTTTGCCATTTCTCAATCC
Ana3	-99	=====================================================================================
dp4	-99	=====================================================================================
Per1	-99	=====================================================================================
Wil1	42	TAAGATTC-TACTTCTT--GCTAGCTTATTTTGTAAACTAATG--------------AATAATTAAATGACAATGAAAACGAAGT
Vir3	33	TAATAATAGGAACTGCTTCAGATATTTTGTTTGCAGTGTCTTAGCTTTTGTTTTATGATGTTTTATATATTCCG-AATATTAAAG
Moj3	-99	=====================================================================================
Gri2	-99	=====================================================================================

---

mir-1050   chr2R:16100042-16100178  (( B || C || D))   miR-991

Species	Fold	Sequence
dm2	40	CAGTTTCAGGCTTTTCCCAACTACACCTATTAATACATATTTTAACGTCCTATTAAAGTTGTAGTTTGGAAAGTTTTGGTTTTGCA
Sim1	40	CAGTTTCAGGCTTTTCCCAACTACATCTATTAATATTTATTTTAACGTCGTATTAAAGTTGAAGTTTGGAAAATTTTGGTTTTGCA
Sec1	36	CAGTTTCAGTCTTTTCCCAACTACATCTATTAATACTTATTTTAACGTCGTATTAAAGTTGAAGTTTGGAAAATTTTGGTTTTGCA
Yak2	42	CAGTTTCAAGCTTTTCCCCACTCCTTGCTTTAATACTTATTTTAACGTCGTATTAAAGCCAGAGTTTGGAAAGTTTTGATTCTGCA
Ere2	41	CAGCTTCAAGCTTTTCCCCACTCCTTGCTTTAGTACTTATTTTAATGTCGTATTAAAGCCAGAGTTTGGAAAGTTTTGATTCTGCT
Ana3	27	AACAC-TGCCGAATTGGAGACAACTTGGCTGGAAT--CAATCCATTCATTCTTTTCAATTTTGGCAGCCGACGGGGTAAGACCTCC
dp4	-16	--TAT-TACAGGA-CACG-----GTTTTTCAGATTAACCAGCAGTTTGTACAT----TTATTTATC------------------TA
Per1	-99	======================================================================================
Wil1	-99	======================================================================================
Vir3	-99	======================================================================================
Moj3	-99	======================================================================================
Gri2	-99	======================================================================================

---

mirtron-10   chr3R:27579225-27579333  (( B || C || D))   mir-1014

Species	Fold	Sequence
dm2	25	CCTTTTCTCAAGGTATAATGGAAATAGAT----TTTAATCGCAGGCGCGTCAGTGGTTGAATTAAAATTCATTTTCATTTGCAGTTACTGGATACA
Sim1	12	CCTTCTCCCAAGGTATAATGGAAATAGAT----TTTAATCGCTGGCGCGTCAGTGGTTGAATTAAAATTCATTTTCATTTGCAGTTACCGGATACA
Sec1	12	CCTTCTCCCAAGGTATAATGGAAATAGAT----TTTAATCGCTGGCGCGTCAGTGGTTGAATTAAAATTCATTTTCATTTGCAGTTACCGGATACA
Yak2	8	CCTTTTCCCAAGGTATAATGGAAATAGAT----TTTAATCGCAGGCGCGTCAGTGGTTGAATTAAAATTCATTTTCATTTGCAGTCACCGGATACA
Ere2	15	CCTTTTCGCAAGGTATAATGGAAATAGAT----TTTAATCGCAGGCGCGTCAGTGGTTGAATTAAAATTCATTTTCATTTGCAGTCACCGGATACA
Ana3	17	CATTCTCCCAAGGTATAATGAAAATTGAT----TTTAATCACACGGATCGGAGTGGCAAAATTAAAATTCATTTTCATTTGCAGTCACGGGATACA
dp4	25	CCTTCTCCCAAGGTACAATGGAAATAGAT----TTTAATCGGGTTTCGTTTGGCGGTGAAATTAAAATTCATTTTCATTTACAGTGACCGGCATCA
Per1	25	CCTTCTCCCAAGGTACAATGGAAATAGAT----TTTAATCGTGTTTCGTTTGGCGGTGAAATTAAAATTCATTTTCATTTACAGTGACCGGCATCA
Wil1	15	CTTTTTCTCAAGGTAAAGTACTAATAGATAAGATTAAAGCAC-----------TTTTAAGGACGCAATTTGTATACCTATGCAGTGACTGGCTTTA
Vir3	5	CATTCTCTCAAGGTATGT---ACATATTT----TTAAA------------------TTTAACCAGTATTTACTTTTGTTCACAGTGACCGGCATAA
Moj3	14	CCTTCTCTCAAGGTAAGT---GCTT--TGAC----TTAGCTCTCTG------------------------CTTTCGTTTCATCCA----------C
Gri2	25	CCTTTTCACAGGGTATGCAGAGCTTGATTAT----TTGA-CATTTTACACat------tataaataaattatatatatatataCATATGTTATTGC

---

mirtron-11   chr2L:4343675-4343776  (( B || C || D))   mir-1005

Species	Fold	Sequence
dm2	49	CCATTCTGACCTGTGAGTTGATCGATTTCGAGGTTTTGGCACACGAATATAATCTGGAATCTTTAATTCGCAGTTCCCACCGAAA
Sim1	59	CCATTCTGACCTGTGAGTTGATCGATTTCGAGTTTTTGGC-CACAAATATAATCTGGAATCTTTAATTCGCAGTTCCCACCGAAA
Sec1	59	CCATTCTGACCTGTGAGTTGATCGATTTCGAGGTTTTGGCACACAAATGTAATCTGGAATCTTTAATTCGCAGTTCCCACCGAAA
Yak2	49	CCATTCTGACCTGTGAGTTGATCGATTTCGAGGTTTTGGCAGCCAAAAATAATCTGGAATCTTTAATTCGCAGTTCCCACCGAAA
Ere2	49	CCATTCTGACCTGTGAGTTCATCGATTTCGAGG-TTTGCCAGCCAAAAATAATCTGGAATCTTTAATTCGCAGTTCCCACCGAAA
Ana3	20	CGGTTTTGACTTGTAA--GAACCAAAACTACTT---TCTGT---ATCAAAG-----------CCAGA--------AACTAATCGT
dp4	12	CCATTTTGACATGTAA--G------------TG---TCCATATCCTCGAGGCTCctgcaatgcactg--------caatgcac--
Per1	12	CCATTTTGACATGTAA--G------------TG---TCCATATCCTCGAGGCTCctgcaatgcactg--------caatgcac--
Wil1	6	CAATTCTATCATGTAA--G------------TTAAAACGAT---T---AAGTAATTTCA---CACTT--------ACATATAT--
Vir3	40	TGGTATTGACCTGTAAGT--------------================================================-----
Moj3	16	CCATATTGCTCTGCG-----------------================================================-----
Gri2	9	CCATTCTGACATGTAA-----------------CCACTGAT---CCTGATCCTTGATTG---CACTGCCCATTTTGAATG-----

---

mirtron-12   chr2L:3767601-3767709  (( B || C || D))   mir-1004

Species	Fold	Sequence
dm2	38	GCTGGACAAAAGGT-TGGGGGACATTGATCTCGGAG--------ACGGCGGTTTAACTGATCCAT--TCTCTCACATCACT--TCCCTCACAGTGCACGGTGCTT
Sim1	34	GCTGGACAAGAGGT-TGGGGGACATTGATCTCGGAG--------ACGGCGGTTTAACTGATCCAT--TCTCTCACATCACT--TCCCTCACAGTGCGCGGTGCTT
Sec1	35	GCTGGACAAGAGGT-TGGGGGACATTGATCTCTGAG--------ACGGCGGTTTAACTGATCCAT--TCTCTCACATCACT--TCCCTCACAGTGCGCGGTGCTT
Yak2	13	GCTGGACAAGAGGT-TGGGGGACATTGATCTCGGAG--------ACGGCGGTTTAACTGATCCAT--TCTCTCACATCACT--TCCCTCACAGTGCGCGATGTTT
Ere2	9	GCTGGACAAGAGGT-TGGGGGACATTGATCTCGGAG--------ACGGCGGTTTAACTGATCCAA--TCTCTCACATCACT--TCCCTCACAGTGCGCGGTGCTT
Ana3	-6	GCTGGACAAGAGGT-GA--GATAACACGTTCTAACCAACTGATAT--GAA----------ACTACGAATGT----TTTTATCGCTGTCGATTCGAACGA--TCTC
dp4	27	GCTGGACAAGAGGTGTGTGGGATACTGATTTTAGAG--AAAAAAAAAACCATTAACGTGAGGCTTCGTTTCTCACATCATTTTCCCCTCACAGTGCCCGGTGCCT
Per1	27	GCTGGACAAGAGGTGTGTGGGATACTGATTTTAGAG----AAAAATAACCATTAACGTGAGGCTTCGTTTCTCACATCATTTTCCCCTCACAGTGCCCGGTGCCT
Wil1	12	GTTGGATAAAAGGT--GGGGTACAACAACAACAAAAATACGAATATAATGGTAAACTCTCTCTCT--CATCTCTTATCATTTTCTCCTCACAGTGCGCGTTCACT
Vir3	18	GCTGGACAAAAGGT-TG--GGGCAC------------ATTGATCTTCAAGAAACTCACAGCCAGCTCATTT----ACTCACT--------------CTC--TCTC
Moj3	17	GCTGGACAAGAGGT----------A------------ATTGATC--------ACTCcta------tctctg----tctctct--------------ttc--tctt
Gri2	10	GCTGGACAAAAGGT-AGGAGAGCAC------------ATTGATCTTGAAGAAACTTGCAGAAAACTCTCTAATACTCTCACT--------------CCA--TTTC

---

mirtron-13   chr2L:16720703-16720807  (( B || C || D))   mir-1006

Species	Fold	Sequence
dm2	11	ACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Sim1	11	ACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Sec1	11	ACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Yak2	11	ACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Ere2	11	ACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Ana3	6	ACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTCCAATACCAG
dp4	11	ACTTTCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGTGTAAATTGTTTGTG--CCAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Per1	11	ACTTTCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGTGTAAATTGTTTGTG--CCAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Wil1	23	ATTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCCTAAATTGTTTTGTGTACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATATCAA
Vir3	11	ACTTTCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATATGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Moj3	11	ACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGTGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Gri2	11	ATTTCCAAGTGAGTTTGAAATTGAAATGTGTAAATTGTTTGGT--CCAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG

---

mirtron-14   chr3R:26617337-26617438  (( B || C || D))   mir-1013

Species	Fold	Sequence
dm2	33	GTGCTGGAGAGGTGAGTTTCGTACACTTAATTAATAGGATCGGCCGTTAATAAAAGTATGCCGAACTCGCAGGCGACGGATG
Sim1	33	GTGCTGGAGAGGTGAGTTTCGTACACTTAATTAATAGGATCGGCCGTTAATAAAAGTATGCCGAACTCGCAGGCGACGGATG
Sec1	33	GTGCTGGAGAGGTGAGTTTCGTACACTTAATTAATAGGATCGGCCGTTAATAAAAGTTTGCCGAACTCGCAGGCGACGGATG
Yak2	33	GTGCTGGAGAGGTGAGTTTCGTACACTTAATTAATTGGGACGGCCGTTAATAAAAGTATGCCGAACTCGCAGGCGACGGATG
Ere2	37	GTGCTGGAGAGGTGAGTTTCGTACACTTAATTAATTGGAGCGGCCGTTAATAAAAGTATGCCGAACTCGCAGGCGACGGATG
Ana3	-5	GTGCTGGAGAGGTAATCTTTGAATAATTATCTGTGAGTTGTGGCATCTAAT--------------GATTGTT-----ATCTT
dp4	-6	GTGCTGGAGCGGTAAGTCC----------ATGAATTGCATCCCCCTTTGATTATTCTTTAATCTGGAAATCCCTGTGATCCC
Per1	-6	GTGCTGGAGCGGTAAGTCC----------ATGAATTGCATCCCCCTTTGATTATTCTTTAATCTGGAAATCCCTGTGATCCC
Wil1	5	GTATTAGAAAGGTATAATGAATAAACCAATTTGAATAGCAAACCATTAAAT--------------CAATTTCCTTTTTTGTC
Vir3	26	GTGCTGGAGAGGTCAGCTG----------CTTGATAACCATTT--GTAAAT--------------GT----AACTCGTTTGA
Moj3	9	GTGCTGGAGAGGT==========================================================AATTCCTTTGT
Gri2	-12	GTGCTGGAAAGGTAATCTT----------CTTAAATATTATTTTCGCTAAT--------------GCTATTACTCGCTTTGA

---

mirtron-15   chr3R:16679006-16679100  (( B || C || D))   mir-1011

Species	Fold	Sequence
dm2	24	CTGACCGTGCACGTGAGTTTTTGAGCCAGGAATATAGTTCTTATTATTGGTTCAAATCGCTCGCAGAATCCACCCTGG
Sim1	24	CTGACCGTGCACGTGAGTTTTTGAGCCAGGAATATAGT----T--------CT-TAT-----TAT-TGGTTCAAATCG
Sec1	24	CTGACCGTGCACGTGAGTTTTTGAGCCAGGAATATAGT----T--------CT-TAT-----TAT-TGGTTCAAATCG
Yak2	23	CTGACCGTGCATGTGAGTTTTTGAGCCAGGAATATAAT----T--------CT-TAT-----TAT-TGGTTCAAATCG
Ere2	24	CTGACCGTCCACGTGAGTTTTTGAGCCATGAATATAAT----T--------CT-TAT-----TAT-TGGTTCAAATCG
Ana3	18	GTGACGGTGCATGTGAGTCTTTGAACCAGGAATATAAT----T--------TG-TAT----ATAT-TGGTTCAAATCG
dp4	18	GTGACGATGCATGTGAGATTTTGAATCTAATATATAATATAAT--------CCGTACGTGTATATATGGTTCAAATTA
Per1	14	GTGACGATGCATGTGAGATTTTGAATCTAATATATAATATAAT--------CT-TACATGTATATATGGTTCAAATAA
Wil1	20	CTGACCGTACATGTGAGTCTTTGAATCAGGAATATATTAT--C--------AT-TAT----ATAT-TGGTTCGAAATG
Vir3	25	GTCACGGTGCATGTGAGTCATTGAACCAGGAATATATG----TATGTAATTCT-TAT----ATAT-TGGTTCAAATTT
Moj3	18	GTGACAGTGCATGTGAGTCTTTGAGCCAGGAATATATG----TTCAT----CT-TAT-----TAT-TGGTTCAAATCT
Gri2	20	GTCACTGAGCATGTGAGTCTTTGAGCCAGGAATATAAT----T--------GT-TAT----ATAT-TGGTTCAAACAA

---

mirtron-16   chr3R:24819391-24819491  (( B || C || D))   

Species	Fold	Sequence
dm2	26	AAACCCAGGTAGGTTTACAATATATTTAATTTAAGCGTGCTACAACTACTTGAATTGTTCACCTACAGAATGATGAAGA
Sim1	29	AAGCCCAGGTGGGTTTAC--AATTTATTCAATTTAAGCATGCTCCAACTAC-TTGAATTGTTCACCCACAGAATGATGA
Sec1	29	AAGCCCAGGTGGGTTTAC--AATTTATTTAATTTAAGCATGCTCCAACTAC-TTGAATTGTTCACCCACAGAATGATGA
Yak2	19	AAGCCCAGGTGCGTTTAC--AATTTATTTCATTTAAACATACTGCAACTAC-TTGAATGGCTCACCCACAGAATGATGA
Ere2	-6	AAGCCCAGGTGGGTTTAC--AATTCAATTCATTTAAGCATGTTTCAACTAC-TTGATTGACTCACCCGCAGAATGATGA
Ana3	31	AAGCCAAGGTAGGTTTTCTTGATTTTCTTTGTGAAAGTGTGttttaaatttattttttattttatCATTAGAATGATGA
dp4	10	AAACCAAGGTAAGTGCCT--ACGAGGATTCTTTAGAGGGTCTCTTGACT-T-ACGCTCTGTCTTCCCTTAGAATGATGA
Per1	17	AAACCAAGGTAAGTGCCT--AAGAGGATTCTTTAGAGGGTCTCTTGACT-T-ACGCTCTGTCTTCCCTTAGAATGATGA
Wil1	13	GCGTCT--GCGGGGACAG--AAGTCAC---------GCATGCTCAAGCTAT-ATGATAAGGT--CCACAAAAATATTGT
Vir3	0	AAACCCAGGTATTTATTA--GAC----------CTTTTGCAATGGCA---T-TTGCTTTTCTTTTCTGCAGAATGATGA
Moj3	9	AAGCCAAGGTAGCTGTGT--GAT=================================ATTCCATCCATTCAGAATGATGA
Gri2	27	AAACCGAGGTATGTTTCA--AT-----------TAATTGCACTCGCAACAC-TTGCTTTCTTCATTTGCAGAATGTTGA

---

mirtron-17   chr2R:7504450-7504549  (( B || C || D))   

Species	Fold	Sequence
dm2	47	ACCCCAGGTGGCGTAAGTAAGCAGGCGGTGACGGAGTTCCGTATCCGGAGTAACCCCACGTAAACTTACAGCCGCAGATGTCA
Sim1	47	ACCCCAGGTGGCGTAAGTAAGCAGGCGGCGACGGAGTTCCGTATCCGGAGTAACCCCACGTAAACTTACAGCCGCAGATGTCA
Sec1	47	ACCCCAGGTGGCGTAAGTAAGCAGGCGGAGACGGAGTTCCGTATCCGGAGTAACCCCACGTAAACTTACAGCCGCAGATGTCA
Yak2	7	GCCCCAGGTGGCGTAAGTAAGCGGGCGGCGACAGAGTTCCGTATCCGGAGTAACCTAACTTAAACTTACAGCCACAGATGTCA
Ere2	41	GCCCCAGGTGGCGTAAGTAAGCGGGCGGCGACAGAGTTCCGTATCCGGAGTAACCCAACTTAAACTTACAGCCACAGATGTCA
Ana3	-13	CTCCCAGGTGGCGTAAGTAAGC-----------GGAC-----AAC-------------AGTC----CAGAA--AT-------C
dp4	23	CTCCCAGGTGACGTAAGTAGG------------GGGC-----AAC-------------GG------CGGTG--TA-------C
Per1	23	CTCCCAGGTGACGTAAGTAGG------------GGGC-----AAC-------------GG------CGGTG--TA-------C
Wil1	-6	GTCCCACGTCCCGTAAGTAGGCTAGACCATTTGAAGC-----AACCGGTAAGAGTTTAGA------CAAAG--TCTATTGAGC
Vir3	21	AACTCAGGTGACGTAAGTAAGG-----------ATGC-----AAA-------------GAGCCGACCAGGC--TA-------C
Moj3	23	AACACAGGTGACGTAAGTAAGG-----------ATGCCCATAAAG-------------GAGGCA--CAGGC---A-------C
Gri2	16	AACTCAGGTGACGTAAGTAAGG-----------ACGC-----AGC-------------AAGACAG-CAAGCAGCA-------C

---

mirtron-18   chrX:2082363-2082457  (( B || C || D))   

Species	Fold	Sequence
dm2	16	ACAGCATTATTGGTGAGTGGTGCTTCT----TGTGCACACGTGCTATAGCCTAAGAACT--------CCTC-----TTCGCAGATCTCAAGGTCG
Sim1	7	ACAGCATTATTGGTGAGTGGTTCTTC-----CGTGCTCACGTGCCATAGCCTAAGAACT--------TCTT-----TTCGCAGATCTCAAAGTCG
Sec1	6	ACAGCATTATTGGTGAGTGGTTCTTC-----TGTGCTCACGTGCCATAGCCTAAGAACT--------TCTT-----TTCGCAGATCTCAAAGTCG
Yak2	15	ACAGCATTATCGGTGAGTTGTTCTTCT----TGCGGCCTCGTCCCATAGCCTAAGAACT--------CTTC-----TTTGCAGATCTCAAGGTCG
Ere2	15	ACAGCATTATTGGTGAGTTTTACTTAT----TGTGGCCTCGTCCCATTGCCTAAGAACT--------CTTC-----TTCGCAGATCTCAAGGTCG
Ana3	20	ACAGCATTATTGGTATGTATATCCTTT----GGTTTAATCCTCTGAAGCCTTATGGAATGTGTCCTCTTTC-----TTTGAAGATCTCAAGGTCG
dp4	22	ACAGTATCATTGGTGAGTCGCACAGCTCCACTGTCGGTTTGTTC---AACTTACTCGTT--------CCTCGGCTGCTTGCAGATCTCAAGGTTG
Per1	22	ACAGTATCATTGGT=================================================================================
Wil1	-2	ACAGTATAATTGGTAAGCGATCCCGTTGAATCC-----------------------CGGCCAACCATT-----CCATCCATCTAA----------
Vir3	5	ACAGCATTATTGGTAAGCATGCCCAGC-----------------------------AACATGTCCATAG----CCCT-AACCCAA----------
Moj3	42	ATAGCATTATAGGTAGGCGAAGCGCAT-----------------------------AGCATATATA-------CCAT-GTTTCTA----------
Gri2	-19	ACAGCATTATTGGTACGTAAAAAAAATATATATATGCCATAGGGTTTGCTCGAGAAAatatatgtatgggtatacat-atgtcgatatatatata

---

mirtron-19   chr2L:16674158-16674266  (( B || C || D))   

Species	Fold	Sequence
dm2	53	AAGCACGTCATCGTAAGCATTGCAAAA---TG--TAGTTGTTAAATTCGCTCTTCAATCATTAACAACATTTACAATGTTTGCAGGCTGTCAACGT
Sim1	21	AAGCACGTCATCGTAAGCATTGCAAAA---TA--TAGTTGTTAAATTCGCTCTTCAATTATTTAC--------TATTGATTGCAGGCTGTCAACGT
Sec1	26	AAGCATGTTATCGTAAGCATTGCAAAA---TA--TAGTTCTTAAATTCGCTCTTCAATTATTTAC--------TATTGATTGCAGGCTGTCAACGT
Yak2	15	AAGCACGTCATCGTAAGCTTTGCTATA---TATGTAGATGTGAATTTCGAGCTTCAATTCTTTTC--------TATTCTCTTCAGGCTGTCAATGT
Ere2	-20	AAGCACGTTATTGTAAGC-------TGCGCCATA---TAGT---------TCG----TAAATTCGAGCTTCAATTATGTTC--------TATTCTC
Ana3	-4	AAGCAAGTGATTGTAAG---------ATGTAAAC---TCTTAGACCCTCCTAACTGCTA----CAAGCT--AATACTTTTG--------CTTTGAA
dp4	28	AAGCAGCTGATAGTGAGT-------ACTGGAAGCATTTA-----------TATCTCTGGAAAGCACT----AATTCTTTTT--------TTAATCT
Per1	28	AAGCAGCTGATAGTGAGTACTGGAAGCATTTA--TATCTCTGGAAAGCACT----AATTCTTTTT--------TGAATCTTCTAGGCTGTCGAATT
Wil1	13	AAAGAAGTGATTGTAGGTGTCAATGATTTCAAAC---TAACA--------TCAATTTTTTATTAACGTCTTTATTTTTTCC--------TATT---
Vir3	-99	================================================================================================
Moj3	-99	================================================================================================
Gri2	-99	================================================================================================

---

mirtron-8   chrX:21107040-21107145  (( B || C || D))   mir-1007

Species	Fold	Sequence
dm2	55	AATCTGTACAGTGTAAGCAGTGTTTGAACTCGATC--T-TGGTT--CTTGGAC------TCT-------TGATAAGCTCAATTAACTGTTTGCAGCGGACGGGATC
Sim1	42	AATCTGTACAGTGTAAGCAGTGTTTGAACTCGATC--T-TGGTT--CTTGGAC------TCT-------TGATAAGCTCAATTAACTGTTTGCAGCGGACGGCATC
Sec1	42	AATCTGTACAGTGTAAGCAGTGTTTGAACTCGATC--T-TGGTT--CTTGGAC------TCT-------TGATAAGCTCAATTAACTGTTTGCAGCGGACGGCATC
Yak2	62	AATCTGTTCAGTGTAAGCAGTGTTTGAACTCGATC--T-AGGAT--CTTGGAC------TCT-------TGATAAGCTCAATTAACTGTTTGCAGCGGACGGCATC
Ere2	62	AATCTGTTCAGTGTAAGCAGTGTTTGAACTCGATC--T-GGGAT--CTTGGAC------TCT-------TGATAAGCTCAATTAACTGTTTGCAGCGGACGGCATC
Ana3	46	AATCCGTACAGTGTAAGCAGTGTTTGAACTCGATC--T-TGGAA--T---AGC------TCC-------CGATAAGCTCAATTAACTGTTTGCAGCCGATGGCATC
dp4	21	AATCGATACAGTGTAAGCAGCGATTGA--TCAATCaat-tgaat--c---gaa------tcgaatcgaatGATAAACTCCATTAACTGTTTGCAGCCGATGGCATC
Per1	21	AATCGATACAGTGTAAGCAGCGATTGA--TCAATCaat-tgaat--c---gaa------tcgaatcgaatGATAAACTCCATTAACTGTTTGCAGCCGATGGCATC
Wil1	-16	AATCCATGCAATGTGAGT--TTTTTGATTT---TC--T-TGTTT------AAT------TTC-------GAAAAACTTTAATCGACTGTATTCTATCAGCTGATGG
Vir3	13	AATCAATGAAATGTAAGCAGTGCTTGAGCTTATTC--TCTGGCTTCATTTGAC--CATTTTC-------TGATAAGCTCAATTAACTGTTTGCAGCGGATGCCGCC
Moj3	39	AGTCCATGAAATGTAAGCAGTGTTTGAACTAAATC--TCTGGCT--ACTTGGC--CGTATAT-------TGATAAGCTCAACTAACTGTTTGCAGCGGACACCTAT
Gri2	46	AATCAATACAATGTAAGCAGTGTTTGAACTGAATA--TCTGGTT--ATCCGACTTCATATAC-------TGATAAGCTCAATTCACTGTTTGCAGCGGATGGCGTC

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mirtron-9   chrX:21108929-21109041  (( B || C || D))   

Species	Fold	Sequence
dm2	40	TCACTAAGGTAAGTGACTATGCCGGGATTGTGGTTATTGAACTTAGCGTCTCCACTCACGGCATTTCATTCACTTGCAGTACATCACCGC
Sim1	40	TCACCAAGGTAAGTGACTATGCCGGGATTGTGGTTATTATACTTAGCGTCTCCACTCACGGCATTTCATTCACTTGCAGTACATCACCGC
Sec1	40	TCACCAAGGTAAGTGACTATGCCGGGATTGTGGTTATTATACTTAGAGTCTCCACTCACGGCATTTCATTCACTTGCAGTACATCACCGC
Yak2	40	TCACCAAGGTAAGTGACAATGCCGGGATTGTGGTTATTGAAAATACCTTCTCCACTCACGGCATTATATTCACTTGCAGTACATCACCGC
Ere2	40	TCACCAAGGTAAGTGACAGTGCCGGGATTGTGGTTATTAAAAATACCTTCTCCACTCACGGCATTTCATTCACTTGCAGTACATCACCGC
Ana3	1	TTACAAAGGTAAGT==========================================ATCCAAGTT-ATTTCCTTC--AATTTTCAGTTCA
dp4	39	TCACAAAGGTAAGTGGCTATGCCGCGACGGG----ATTGAACCTCTCATCTCTTCTCACGGCATATCAATCACTTGCAGTACATCACCGC
Per1	39	TCACAAAGGTAAGTGGCTATGCCGCGACGGG----ATTGAACCTCTCATCTCTTCTCACGGCATATCAATCACTTGCAGTACATCACCGC
Wil1	21	TTACCAAGGTGAGT==========================================-----------TTTGTTTT--T-CTTACAGTACA
Vir3	8	TTACCAAGGTAAGC--------------------------------------CTCTTCTCACGAC-ATCCCTTAATCC-CTTGCAGTACG
Moj3	13	TAACCAGGGTAAGTGCTCA-GCTGCtattataataatacaattttaatt-----------------atttCGTCG--C-CTTACAGTACA
Gri2	13	TTACTAAGGTA---TGTTC-GATGATTTTGGTTTTTTTTGGCTTTACTTTCACCGTTTACACGACAATTTCATCC--T-TTTGCAGTACG

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