Genes with perfect conservation in mir* across 12 orthologs (n = 31 ) (showing only valid orthologous sequences)


Color Code:    mir sequence   mir* sequence   predicted mir*   mutation

bantam   chr3L:625719-625840
Species Sequence
dm2 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Sim1 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Sec1 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Yak2 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Ere2 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Ana3 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTTATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
dp4 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTTATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Per1 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTTATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Wil1 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Vir3 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TATTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Moj3 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTGTTTTTTTATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Gri2 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCAGACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT

miR-10-3p   chr3R:2635207-2635324
Species Sequence
dm2 TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Sim1 TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Sec1 TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Yak2 TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGTTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Ere2 TGCTCTACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Ana3 TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGTTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
dp4 TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTACATTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Per1 TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTACATTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Wil1 TGTTCTACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGTTTTTAAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTAAGTGGTTCAAT
Vir3 TGTTCCACGTCCACCCTGTAGATCCGAATTTGTTGTACACTAGTTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTCTGTGGCTCATT
Moj3 TGTTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTGTACCATAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTATGTGGCTCATT
Gri2 TGTTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTGTACACTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGCTCAAT

miR-100   chr2L:18467342-18467482
Species Sequence
dm2 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Sim1 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Sec1 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Yak2 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Ere2 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Ana3 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTTTATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
dp4 ACCATTAACAGAAACCCGTAATTCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Per1 ACCATTAACAGAAACCCGTAATTCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Wil1 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Vir3 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Moj3 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Gri2 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTTTATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA

miR-125   chr2L:18468223-18468373
Species Sequence
dm2 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Sim1 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Sec1 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Yak2 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Ere2 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Ana3 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
dp4 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Per1 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Wil1 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Vir3 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Moj3 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Gri2 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT

miR-190   chr3L:8545725-8545865
Species Sequence
dm2 ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTTCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACCCTCG
Sim1 ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTATCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACCCTCG
Sec1 ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTTCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACCCTCG
Yak2 ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTTCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACCCTCG
Ere2 ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTTCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTAGCCTTCG
Ana3 ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACTCTCG
dp4 GGGATTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAGAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATACCCG
Per1 GGGATTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAGAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATACCCG
Wil1 ATGGTCCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATCGTCG
Vir3 ATGATTCCAGTAAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATTGTTG
Moj3 ACGATTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATCGCTT
Gri2 ATGATTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATTGTTG

miR-210.2   chrX:17962135-17962275
Species Sequence
dm2 GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Sim1 GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Sec1 GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Yak2 GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Ere2 GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Ana3 GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
dp4 GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGATTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Per1 GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGATTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Wil1 GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Vir3 GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTC--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGACCA
Moj3 GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTC--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGATGCCA
Gri2 GGAGCTTATTGGAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGATTCAAAAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGACCA

miR-263a   chr2L:11953389-11953523
Species Sequence
dm2 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTAATTTTTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Sim1 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTAATTTTTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Sec1 CTCGACACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTAATTTTTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Yak2 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTACTTTTTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Ere2 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTACTTTTGATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Ana3 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTAATTTCTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGATT
dp4 CCCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGT-TTTTCAATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGACT
Per1 CCCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGT-TTTTCAATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGACT
Wil1 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTTTTTATTTAACACACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGATT
Vir3 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTTTTTATAACACG--CCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGA-T
Moj3 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTTTTTCTAACACG--CCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGA-T
Gri2 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTTATTTTAACACG--CCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGA-T

miR-276a   chr3L:10339154-10339292
Species Sequence
dm2 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Sim1 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Sec1 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Yak2 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Ere2 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Ana3 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTAACA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCTAA
dp4 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCATA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Per1 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCATA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Wil1 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TTTAATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Vir3 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CAATTT--ATATACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Moj3 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CAATTT--AAATACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Gri2 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--AAATTT--AAATACTCATAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA

miR-276b   chr3L:10293711-10293850
Species Sequence
dm2 CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCCTATATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Sim1 CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCC--TATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Sec1 CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCC--TATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Yak2 CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCC--TATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Ere2 CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCC--TATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Ana3 CTATTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCC--ACTTAAACT--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
dp4 CTCTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCC-GTATC----CAAAGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Per1 CTCTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCC-GTATC----CAAAGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Wil1 CTATTTACCATAAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCA--AATTGCAAT--AATCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Vir3 CTATATACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCA--AATTGCAAT--AATCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Moj3 CTATATACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCA--AATTGCAAT--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Gri2 CTATTTACCATTAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCA--AATTGCAAT--AATCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC

miR-277   chr3R:5925723-5925863
Species Sequence
dm2 GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCT-G-AAGCATGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Sim1 GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCC-A-AAGCATGTAAATGCATTATTTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Sec1 GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCT-G-AAGCATGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Yak2 GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCT-G-AAGCATGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Ere2 GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCT-G-AAGCATGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Ana3 GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-G-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
dp4 GGTTTTGGGTTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-G-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Per1 GGTTTTGGGTTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-G-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Wil1 GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAAATTTCTAA-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Vir3 AGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-GAAAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Moj3 AGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-G-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Gri2 AGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-GAAAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA

miR-281-1   chr2R:7686259-7686389
Species Sequence
dm2 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AAACTATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Sim1 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AAAGCATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Sec1 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AAACCATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Yak2 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AATTCATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Ere2 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AAACCATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Ana3 GAATACGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--ATACCT----ATAACACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
dp4 GAATAGGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCAAC--GTACCAATT--TAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Per1 GAATAGGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCAAC--GTACCAATT--TAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Wil1 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAGTTAAACGATTT--TAAAACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATGATATTCGAC
Vir3 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--TAACAAATG--TAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATGATATTCGAC
Moj3 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--TAAAGATTG--TAAAACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATGATATTCGAC
Gri2 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--TATAAATTT--TAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATGATATTCGAC

miR-2a-2   chr2L:19565398-19565510
Species Sequence
dm2 TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Sim1 TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Sec1 TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Yak2 TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Ere2 TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Ana3 TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
dp4 TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Per1 TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Wil1 TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Vir3 TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCGACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Moj3 TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCGACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Gri2 TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCGACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC

miR-2b-2   chr2L:19566090-19566213
Species Sequence
dm2 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Sim1 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Sec1 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Yak2 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTCTGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Ere2 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Ana3 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCAATG-CTCA
dp4 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA
Per1 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA
Wil1 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCAATGGCTCA
Vir3 agaATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTACTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA
Moj3 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGC-TTTTTCTGCCTACTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA
Gri2 agaATTGTGTCCTTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTACTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA

miR-307   chr2R:5133043-5133171
Species Sequence
dm2 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Sim1 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Sec1 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Yak2 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Ere2 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Ana3 TTGTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
dp4 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Per1 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Wil1 T-GCCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTTATAATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Vir3 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTAGTT-CGATTTGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Moj3 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATTCGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Gri2 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATTTGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA

miR-31a   chr2R:13298637-13298769
Species Sequence
dm2 CCGTTGGT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTGAAAAGCGATTTTGAAGAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-GTTCAATGGAA
Sim1 CCGTTGGT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTGAAAAGCGATTTTGAAGAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-GTTCAATGGAA
Sec1 CCGTTGGT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTGAAAAGCGATTTTGAAGAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-GTTCAATGGAA
Yak2 CTGTTGGT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTGAAAAGCGATTTTGAAGATCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-GTTCAATGGAA
Ere2 CCGTTGGT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTGAAAAGCGCTTTTAAAGAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-GTTCAATGGAA
Ana3 CTGTTGTT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTGGAAAACGAATTTTGAGAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-GTTCAATGGAA
dp4 CTGTTGGT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGAAGTTGAAAAGCGATCTTTGAGAACGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-ATTCAATGGAA
Per1 CTGTTGGT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGAAGTTGAAAAGCGATCTTTGAGAACGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-ATTCAATGGAA
Wil1 CTGTTTTTCGAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGAT------AATATTTTTAGAAAAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTTTATTCAATAGAG
Vir3 CTGTTGTT-CAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTTGAAAGCGCATTTTTATAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-ATTCAATGGAA
Moj3 CTATTGTT-GAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTTCAAAGCGCATTGC-ATAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-ATTCAATGGAA
Gri2 CTGTTGGT-GAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTTGAAAGCGCATCTT-ATAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-ATTCAATGGAA

miR-31b   chrX:8838506-8838673
Species Sequence
dm2 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAGCGGATCGAA----------CATTTTATCGTCCGAAAA----AATGTGATTATTTTT-----GAAAA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTACTTTG
Sim1 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAGCGGATCGAG----------CCTCTTATCGTCCGAAAA----AATGTGATTATTTTT-----GAAAA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTACTTTG
Sec1 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAGCGGATCGAG----------CCTCTTATCGTCCGAAAA----AATGTGATTATTTTT-----GAAAA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTACTTTG
Yak2 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAGCGGATCGAG----------CCTTTGATCGTCCGAAAA----AATGTGAATATTTTT-----TAAAA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTACTTTG
Ere2 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAGCGGATCGAG----------CCTCTTATCGTCCGAAAA----AATGTGAATATTTTT-----GAAAA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTACTTTG
Ana3 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAGAGGATCGAG----------CGAGTCATCGACCGAGAC----GAA----------TT-----CCAAA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTACATTACTTTG
dp4 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CA-----------------------------------AAAAG----AAGATGA-----TTT-----GAAAT--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTCATTTG
Per1 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CA-----------------------------------AAAAG----AAGATGA-----TTT-----GAAAT--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTCATTTG
Wil1 AACTAGTGGATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAAAGTCACACAAAATCATAAAATGTTTGCCGTTTTGTTATTGTTGTG----AATTTTATTGATTTC-----AAAAATTACGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTAGTTTG
Vir3 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAAA--GTCATA------------------AATCCAGAATTTCTATTTTGTGTATTTTTATTGAGTACA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTCATTTG
Moj3 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAAAT-ATCATA-----------------GAATCCAGAATTTATATTTTGTGTATTTT-ATTGAGTACA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTCATTTG
Gri2 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGACAG-CACAAG--ATCACA------------------AATCAAGAAACTTTATTTTGTGTATTTTTATTGAGTACA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTCATTTG

miR-34   chr3R:5926637-5926776
Species Sequence
dm2 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCC-AATT--ATTGCC--GTTGA-CAATTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAA
Sim1 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCC-AATT--ATTGCC--GTTGA-CAATTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAA
Sec1 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCC-AATT--ATTGCC--GTTGA-CAATTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAA
Yak2 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCC-AATT--ATTGCC--GTTGA-CAATTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAA
Ere2 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCC-AATC--ATTGCT--TGTGA-CAACTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAA
Ana3 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCT-GGTG--CTCGTT--GGCAATTAATTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAG
dp4 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCCAAAAT--ATTGCC--TTTGA-CCATTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCCAT
Per1 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCCAAAAT--ATTGCC--TTTGA-CCATTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCCAT
Wil1 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCC-AATTAAATTGCCAAAACAA-TAAACCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAGGCCAT
Vir3 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTGGCC-AATT-------------GA-CAAATCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAT
Moj3 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTGGCC-ACTT-------------GA-AAAATCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAT
Gri2 GGCTATGCGCTTTGGCAGTG-GGTTAGCTGGTTGTGTGGCC-AACT-------------GA-CAAATCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAT

miR-4   chr2R:15176131-15176252
Species Sequence
dm2 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGATTTTTCCGGTCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Sim1 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGACTTTTCCGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Sec1 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGACTTTTCCGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Yak2 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGACTTTTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Ere2 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGACTTTTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Ana3 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGACTTCTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
dp4 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGATTTCTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Per1 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGATTTCTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Wil1 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGATTTCTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Vir3 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGATTTCTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Moj3 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGATTTCTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Gri2 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGATTTCTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC

miR-5   chr2R:15176000-15176109
Species Sequence
dm2 GG-CCATTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGAGTT-GTTTCC-T---AACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAACGCATGTTTAA
Sim1 GG-CCATTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGAGTT-GTTCCC-----AACATATCACAGTGATTTTCCTTTATATCGCATGTTAAA
Sec1 GG-CCATTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGAGTT-GTTCCC-G---AACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAACGCATGTTTAA
Yak2 GG-CCGTTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-ATTCCC-T---AACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAACGCATGTACAA
Ere2 GG-CCGTTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-GTTCCC-T---AACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAACGCATGTAAAA
Ana3 GA-CCATTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-TATCCC-TCGTTACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAACGCATGC-AGT
dp4 GGGCCATACGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-AATTCA-CCGTTACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAGCGCATGT-CTG
Per1 GGGCCATACGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-AATTCA-CCGTTACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAGCGCATGT-CTG
Wil1 GG-CCATTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTTAGATTCA-CCGTTATATATCACAGTGATTTTCCTTTATAGCGCATGCATGT
Vir3 GG-TCATGCTCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-CATTAA-CCGTTACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAGCGCGTGC----
Moj3 GG-CCATGCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-AATCGA-CCGTTACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAGCGCGTGC----
Gri2 GG-TCACTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-CATTAAATCGTTACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAGCGCGTGC----

miR-8   chr2R:12346274-12346401
Species Sequence
dm2 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTTT-ATAACTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Sim1 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTTT-ATAACTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Sec1 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTTT-AAAACTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Yak2 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTTT-ATAACTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Ere2 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTTT-ATAACTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Ana3 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTCTGATAACTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
dp4 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTAG-ATACCTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Per1 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTAG-ATACCTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Wil1 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATTTTGTAC----TATAG-ATATCTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Vir3 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATT-----CTTGATTTAA-ATAATTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Moj3 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATT-----CCTGTTTTAA-ATAACTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Gri2 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATT-----CTTGATTTAA-ATAATTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT

miR-87   chr2L:9950397-9950536
Species Sequence
dm2 AACACATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGCTGCCA-TTATGGCCAACGATCC-GGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATGTGTTTA
Sim1 GGCACATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGCTGCCA-TCATGGCCAACGATCC-GGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATGTGTTTA
Sec1 GGCACATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGCTGCCA-TCATGGCCAACGATCC-GGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATGTGTTTA
Yak2 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTTACAA-TTATGGTCTTCGATCC-GGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTTTA
Ere2 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTTGCCA-TTATGGCCTACGATCC-GGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTTTA
Ana3 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTTACCG-ATATGGCACAGAATCC-GGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTTAA
dp4 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTAGCCA-TAATGGTCTTTCATCCCGGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTTAA
Per1 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTAGCCA-TAATGGTCTTTCATCCCGGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTTAA
Wil1 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTTACCAATTGTGATCTTCATTTCCGGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTGAC
Vir3 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTTACAA-TTGAGACATCTAAATCCGGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGT---
Moj3 GGCATCTTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTTACAA-TTGTCACATCCAAATCCGGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTAGC
Gri2 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTTACCA-TTGTGACATCCAAATCCGGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTAGC

miR-929   chr3R:121070-121198
Species Sequence
dm2 CTGGTGGAGCTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCC-TTTA-ATGAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAGCTGCAAAGGA
Sim1 CTGGTGAAGCTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCC-TTTA-ATGAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAGCTACAAAGGA
Sec1 CTGGTGAAGCTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCC-TTTA-ATGAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAGCTACAAAGGA
Yak2 CTGGTGAAGCTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCC-TTTA-ATGAACGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAGCTACAAAGGA
Ere2 CTGGTGAAGCTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCC-TTCC-ATAAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAGCTACAAAGGA
Ana3 CTGGCGCAGTTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCCTTTTA-ACGAGAGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAATTACAAAGGA
dp4 CTGCAGCAGTTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCCTTTTA-TTGAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAATTACCAAGGA
Per1 CTGCAGCAGTTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCCTTTTA-TTGAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAATTACCAAGGA
Wil1 CTGCGGCAGTTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCC-TTTATATAAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAATTACAAAGGA
Vir3 CTGCCGCAGTTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCC-TTTC-ACGAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAATTACAAAGGA
Moj3 CTCATGCAGTTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCCTTTTT-TTTAACGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAATTTCAGAGGA
Gri2 CTGCTGCAGTTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCCTTTTA-ACGAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAGTTACAAAGGA

miR-958   chr3L:22603109-22603241
Species Sequence
dm2 GTGTCTATGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTTAATTCA-ATCTGCTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAA-CACCCG
Sim1 GTGTCTTTGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTCAATTCA-ATCTGCTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAA-CACCCG
Sec1 GTGTCTTTGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTCAATTCA-ATCTGCTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAA-CACCCG
Yak2 GTGTCTTTGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTTAACTCA-ATCTGCTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAA-CACCCG
Ere2 GTGGCTTTGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTCCATTCA-ATCTGCTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAA-CACCCG
Ana3 GGGTTTTTAGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACAGGTTCC-TTTA-ACCCACTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGAGAAA-CACCCG
dp4 GTGTATTTGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTCCATTCA-ATCCGCTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAAACACCCG
Per1 GTGTATTTGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTCCATTCA-ATCCGCTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAAACACCCG
Wil1 GTGTCTTTGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTCCCTTTACAACCGGTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-AAAGCACCCG
Vir3 GTGGAT-TGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTACAATTCA-ACCTAGTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAAACACCAG
Moj3 GTGGAT-TGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTACCATTTG-ACCGAGTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAAGCACCAG
Gri2 GTGGAT-TGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTAACATTCG-ACATGGTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAAACACCAG

miR-969   chrX:17958273-17958407
Species Sequence
dm2 TGTCCTACGTCCGAGTTCCACTAAGCAAGTTTTGAGATCGT-TTTAAAAACAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTTCGTGGGATGGA
Sim1 TGTCCTACGTCCGAGTTCCACTAAGCAAGTTTTGAGATCGT-TTTAAAAACAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTTCGTGGGATGGA
Sec1 TGTCCTACGTCCGAGTTCCACTAAGCAAGTTTTGAGATCGT-TTTAAAAACAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTTCGTGGGATGGA
Yak2 TGTCCTACGTCCGAGTTCCACTAAGCAAGTTTTGAGATCGT-TTTAAAAACAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTTTGTGGGATGGT
Ere2 TGTCCTACGTCCGAGTTCCACTAAGCAAGTTTTGAGATCGT-TTTAAAAACAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTTCGTGGGATGGA
Ana3 TGTTTTACGTGCGAGTTCCACTAAGCAAGTTTTGAGAATTT-TTTAAAAACAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTCCGTGGGGCAGA
dp4 TGTTCTACGTGCGAGTTCCACCATGCAAGTTTTGAG--CGTATATGAATCCAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTGCGTGG======
Per1 TGTTCTACGTGCGAGTTCCACCATGCAAGTTTTGAG--CGTATATGAATCCAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTGCGTGG======
Wil1 TGTCCTACGCATGAGTTCCACTAAGCAAGTTTTGGGCATAT-TTCAAAAACAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTCTGTGTGACAGA
Vir3 TGCCCTACGCACGAGTTCCACTAATCAAGTTTTGAGCGGAT-TCGAAAGTCGAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTCCGTGGGGCGG-
Moj3 TGTCCTACGAGCGAGTTCCACTAATCAAGTTTTGAGTG--T-TCGAAAATCAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTCTGTGTGGCAC-
Gri2 TGCCACACTTACGAGTTCCACTATTCAAGTTTTGAGCGTAT-TTGAAA-TCAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTGTGTGCGTTGCG

miR-987   chr2R:4824815-4824949
Species Sequence
dm2 TTGGACTGTGTTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTG-CATTCGAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTGAA
Sim1 TTGGACTGTGTTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTG-CATTCGAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTGAA
Sec1 TTGGACTGTGTTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTG-CATTCGAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTGAA
Yak2 TTGGACTGTGTTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTG-CATTCGAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTGAA
Ere2 TTGGACTGTGTTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTG-CATTCGAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTGAA
Ana3 TTGGACTGTGCTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTG-TATTCGAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTCGAA
dp4 TTGGACTGTGCTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTA-TATTCAAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTAAA
Per1 TTGGACTGTGCTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTA-TATTCAAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTAAA
Wil1 TTGAACTGTGCTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTA-TATTCAAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTGAA
Vir3 TTGAACTGTGCTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTT-TATTCAAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTAAA
Moj3 TTGAACTGTGCTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTTATATCTAAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTAAA
Gri2 TTGAACTGTGCTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTT-TATTCAAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTAAA

miR-993   chr3R:2602034-2602193
Species Sequence
dm2 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTAAATGGCG-TTCGGCACATTGTCGGACTGCTGGCTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Sim1 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTAAATGGCG-TTCGGCGCATTGTCGGATTGCTGGCTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Sec1 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTAAATGGCGTTTCGGCGCATTGTCGGATTGCTGGCTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Yak2 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTAAATGGCG-TTCGACGCATTGTCGGATTGCTGGCTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Ere2 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTAAATGGCG-TTCGACGC-TTGTCGGATTGCTGGCTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Ana3 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTATATTGCG-TTCGATGCATTGTCGGACTGCTGGCTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
dp4 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTATATTGCG-CCCGATGTATTTTCGAGTGTTTGTGTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Per1 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTATATTGCG-CTCGATGTATTTTCGAGTGTTTGTGTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Wil1 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTGTTTTAAAGTGCA-TT----------TCCGATGCCATTGTCAATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Vir3 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTATAGTGCA-T-----------TCAAATGCCATTCTCAATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Moj3 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTATAGTGCA-T-----------ACGAATGCCATTGTCAATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Gri2 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTTTAGTGCA-T-----------TCAAATGCCATTGTCAATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA

miR-994   chr3R:6233838-6233969
Species Sequence
dm2 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACCC-A--AGAA-TTTTTC--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Sim1 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACCC-A--TGCA-TTTTTC--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Sec1 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACCC-A--TGAT-TTTTTC--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Yak2 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACCC-A--AGAA-TTTTTC--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Ere2 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACCC-A--TGAA-TTGTTC--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Ana3 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACCC-T--CGAAGTCATTC--CCATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
dp4 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTAACAT-A--CAAA-TCCTTT--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Per1 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTAACATAA--CAAA-TCCTTT--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Wil1 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTAATT-ATTCAAA-TCTTTG--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Vir3 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACAT-T--AGAA-GCTTTC--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Moj3 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACAT-T--TCAA-CCTATT--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Gri2 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACAT-T--TGAA-ACTCTCTTACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA

miR-996   chr3R:25042885-25043022
Species Sequence
dm2 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TGGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Sim1 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TGGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Sec1 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TGGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Yak2 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TGGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Ere2 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TGGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Ana3 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TGTTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
dp4 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TTGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Per1 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TTGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Wil1 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGGTTTGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Vir3 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TTGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Moj3 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TTGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Gri2 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TTGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT

miR-998   chr3R:17447580-17447763
Species Sequence
dm2 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCG---------------CT---------CCAG---GGCAAATT--GTTCATTTTGAAATTGAAATTCTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Sim1 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCG---------------CT---------CCAG---GGCCAATT--GTTCATTTTGAAATTGAAATTCTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Sec1 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCG---------------CT---------CCAG---GGCCAATT--GTTCATTTTGAAATTGAAATTCTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Yak2 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCG---------------CT---------CCAG---GGCCAATT--GTTCATTTTGAAATTGAAATTCTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Ere2 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCG---------------CT---------CCAG---GGCCAATT--GTTCATTTTGAAATTGAAATTCTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Ana3 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCTGCTGCTGCTGCTGCTCT---------CCAGTTTGGCCAATTTTGTTAATTTTGAAATTGAAATTTTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
dp4 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCA--------------TTT---------CCAG---GGCCAATT--GTTAATTTTGCGATTGAAATTTTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Per1 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCA--------------TTT---------CCAG---GGCCAATT--GTTAATTTTGCGATTGAAATTTTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Wil1 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCG---------------CTGCTTTAAACCTGG---GGCCAATT--GTTCATTTTGAAATTGAAATTTTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Vir3 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCAGTG----CACTG--ACCG---------------TT---------GCAGA--GGGCAATT--GTTCAAATTGAAATTGAAATTTTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Moj3 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCAGTG----CACTGTAACCG---------------TT---------GCAGA--GGGCAATT--GTTCAAATTGAAATTGAAATTTTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAGTTT
Gri2 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCAGTG----CACTG--ACCG---------------TT---------GCAGA--GGGCAATT--GTTCATTTTGAAATTGAAATTTTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT

miR-9a   chr3L:19530369-19530487
Species Sequence
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Sim1 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
Sec1 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
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Ere2 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
Ana3 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
dp4 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
Per1 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
Wil1 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATACATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
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Gri2 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGTGTCT

miR-iab-4-5p   chr3R:12681976-12682084
Species Sequence
dm2 GCGACCTCGTAAACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGAGAGCA
Sim1 GCGACCTCGTAAACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGATAGCA
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Wil1 GCAACTTCGTATACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATGCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGATGAAACA
Vir3 GCAACTTCGTATACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGGAAACA
Moj3 GCAACTTCGTATACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGGAAACA
Gri2 GCAACTTCGTATACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGGAAACA