Conservation for all genes listed in Ruby 2007. n = 131 (showing only valid orthologous sequences)

Color Code:    mir sequence   mir* sequence   predicted mir*   mutation

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bantam   chr3L:625719-625840

Species	Sequence
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Yak2	TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
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Gri2	TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCAGACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT

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let-7   chr2L:18467942-18468060

Species	Sequence
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Wil1	TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTAATTATTCAATCATACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAT
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miR-1   chr2L:20475013-20475144

Species	Sequence
dm2	CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGT-TA-TATTCAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCG
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Ana3	CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGTATA-ATATCAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCA
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Per1	CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGTATA-ACATAAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCA
Wil1	CTCTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGTATATTAAATAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGTC
Vir3	CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTACATTCAATAGTATT-CAAATAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCG
Moj3	CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGTATT-TATATAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCG
Gri2	CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGTATA-TAAATAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCG

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miR-10-3p   chr3R:2635207-2635324

Species	Sequence
dm2	TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
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dp4	TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTACATTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Per1	TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTACATTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Wil1	TGTTCTACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGTTTTTAAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTAAGTGGTTCAAT
Vir3	TGTTCCACGTCCACCCTGTAGATCCGAATTTGTTGTACACTAGTTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTCTGTGGCTCATT
Moj3	TGTTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTGTACCATAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTATGTGGCTCATT
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miR-100   chr2L:18467342-18467482

Species	Sequence
dm2	ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
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Wil1	ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
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Moj3	ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Gri2	ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTTTATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA

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miR-1000   chr3R:21414560-21414700

Species	Sequence
dm2	CGCTTGCCATTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTAACACTATATTATA--GTTTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTC
Sim1	CGCTTGCCATTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTTACACTATATTATA--GTTTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTC
Sec1	CGCTTGCCATTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTAACACTATATTATA--GTTTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTC
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Ana3	CGCTTGCCGATGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTAATTCTATACTATATAGCTTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTC
dp4	CGCTTGCCATTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTAA--CTTAATTATA--GCCTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGCC
Per1	CGCTTGCCATTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTAA--CTTAATTATA--GCCTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGCC
Wil1	-GCTTGCCAGTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATAGTAA--CATATTCATT--TCGTACTGCTGAGCCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTC
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miR-1001   chr3R:23468167-23468297

Species	Sequence
dm2	CTGGCCTGTCCCTGGGTAAACTCCCAAGGATCAGGTGGAGATTGAATCCCGATCCTTGGGTTTCTGCTCTCGGGCAAGGTCAGT
Sim1	CTGGCCTGTCCCTGGGTAAACTCCCAAGGATCAGGTGGAGATTGAATCCCGATCCTTGGGTTTCTGCTCTCGGGCAAGGTCAGC
Sec1	CTGGCCTGTCCCTGGGTAAACTCCCAAGGATCAGGTGGAGATTGAATCCCGATCCTTGGGATTCTGCTCTCGGGCAAGGTCAGC
Yak2	CTGGCCTGTCCCTGGGTAAACTCCCAATGATCCGGTGTACATTGAATTCGGATCCTTGGGTTTGAGCCCAAGGACAAGGACAGT
Ere2	CTGGCCTGTCCCTGGGCAAACTCCCAATGATGCGGTGTACATAGAATCCCGATCCTTGGGCTTCTGCCCACGGGCAAGGACAGT

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miR-1002   chr2L:13747588-13747717

Species	Sequence
dm2	G-------AAATTATATATTTAAGTAGTGGATACAAAGGGCGATTTG---------ATATAAAAGTGTCGCAT-TGTATGACCTACTTAACTAGCTGATTTTGT
Sim1	G-------AAATTATATATTTAAGTAGTGGATACAAAAGGCGATTTG---------ATATAAAAGTATCGCAT-TGTATGGCCTACTTAACTAGCTGATTTTGT
Sec1	G-------AAATTATATATTTAAGTAGTGGATACAAAAGGCGATTTG---------ATATAAAAGTATCGCAT-TGTATGGCCTACTTAACTAGCTGATTTTGT
Yak2	a-------aaattatatatttaaGTAGTGGATACAAAAGGCGATT-G---------ATATAAAAATGTCGCAT-TGTATGGCCTACTTAACTAGCTGATTTTGT
Ere2	A-------AAATTATATATCTAAGTAGTGGATACAAACGGCGATTTG---------GTATAAAAATGTCGCAT-TGTATGACCTGCTTAACTAGCTGATTTTGT
Ana3	TGCAAACTAAATCATGTGTTTAAGTAGGCAATACAT-GGGCGACTAA---------ATAAAATATACTCGCAA-TGTATAGCCTACATAACTAGTTGATTTT--
Wil1	A-------AAATGTTACACTTAAGTAGTTAATACAA-TGGCGATTCGTATTCCATTGTACA------TCGCAT-TGTGTGAGTTACTTTGTTGAGAGATTTT--
Vir3	A-------AAATTTGTCATTTAAGTAGGTCACACAATG-CGATGCAA---------GAAAA---AACTCGCCCTTGTATTAACTACTTAAGCGTTCAATTTTCA
Gri2	A-------AAATTTAACACTTAAGTAGTTGATACAAGGGCGAGTTTC---------ATAAA---GTATCGCAT-TGTGTGACCTACTTGAATGAGAGATTTTTA

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miR-11   chr3R:17448198-17448313

Species	Sequence
dm2	AGGCGC---ACTTGTCAAGAACTTTCTCTGTGACCCGCGT----G----------TACTTAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGTGCGA-AATC
Sim1	AGGCGC---ACTTGTCAAGAACTTTCTCTGTGACCCGCGT----G----------TACTTAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGTGCGA-AATC
Sec1	AGGCGC---ACTTGTCAAGAACTTTCTCTGTGACCCGCGT----G----------TACTTAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGTGCGA-AATC
Yak2	AGGCGC---ACTTGTCAAGAACTTTCTCTGTGACCTGCGT----G----------TACTTAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGCGA-AATC
Ere2	AGGCGC---ACTTGCCAAGAACTTTCTCTGTGACCTGCGT----G----------TACTGAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGCGG-AATC
Ana3	AGGCGC---ACTTGCCAAGAACTCTCTCTGTGACTTGTGTCCTTT----------TTTTCGAAACTCACATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGAGCGGGAATC
dp4	AGGCCC---TCTTGTCAAGAACTTATTCTGTGACCTGCGT----GA---------CATTT---AGCCACATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGTGA-ACTC
Per1	AGGCTC---TCTTGTCAAGAACTTATTCTGTGACCTGCGT----GA---------CATTT---AGCCACATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGTGA-ACTC
Wil1	AGAAGCCCTTCTTGTCAAGATCTCTCTCTGTGACCTGCGT----GAGATTTATCATATATGAAAACCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGTGA-GCTA
Vir3	AAGCGC---ACTTATCAAGAACTTTTTCTGTGACTTGCGT----GAACTCT----TATATGCAAACCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTTAGCGCGC-ACTT
Moj3	AAGCGC---ACTTAACAAGAACTTTTTCTGTGACCTGCGT----GAATTCC----TATATGCAAACCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTTAGCGCGC-ACTT
Gri2	AAGCCC---ACTCGTCAAGAACTCTCTCTGTGACTTGCGT----GAACTTT----CATGTGAAAATCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGCGC--TTT

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miR-12   chrX:15343389-15343503

Species	Sequence
dm2	CGTCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCTTAAATCCAACAACCAGTACTTATGTCATACTACGCCGTGCACGGATC
Sim1	CGTCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCTGAAATCCAACAACCAGTACTTGTGTCATACTACGCCGTGCACGGATC
Sec1	CGTCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCTGAAATCCAACAACCAGTACTTGTGTCATACTACGCCGTGCACGGATC
Ere2	CGTCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCTTAAAACCAACAACCAGTACTTATGTCATACTACGCCGTGCACGGATC
Ana3	CGTCTGTACGGCTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCTTTAATCCAACAACCAGTACTTATGTCATACTACGCCGTGCACCGATC
dp4	CGTCTGTACGGCTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCTTTAAATCCAACAACCAGTACTTATGTTATACTACGCCGTGCACTGATC
Per1	CGTCTGTACGGCTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCTTTAAATCCAACAACCAGTACTTATGTTATACTACGCCGTGCACTGATC
Wil1	CGCCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCTTTAATCCAACAACCAGTACTTATGTCATACTACGCCGTGCACGGATC
Vir3	cGTCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCATTTAACTAACAACCAGTACTTATGTCATACTACGCCGTGCAGTGGGC
Moj3	CGTCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCAATTAACTAACAACCAGTACTTATGTCATACTACGCCGTGCAGTGGGC
Gri2	CGTCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCATTTAACCAACAACCAGTACTTATGTCATACTACGCCGTGCAGTGGGC

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miR-124   chr2L:17562278-17562418

Species	Sequence
dm2	CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCCACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGCA
Sim1	CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCCACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGCA
Sec1	CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCCACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGCA
Yak2	CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCCACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGCA
Ere2	CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCCACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGCA
Ana3	CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCGACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGAA
dp4	CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCGACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGGACGAA
Per1	CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCGACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGGACGAA
Wil1	CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGCAGGCCTATATGTTATTTGACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGAA
Vir3	CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTCTATGAATTTTGACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGAA
Moj3	CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTCTATGAATTTTGACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGAA
Gri2	CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTCTATGTTTTTTGACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGAA

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miR-125   chr2L:18468223-18468373

Species	Sequence
dm2	TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Sim1	TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Sec1	TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Yak2	TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Ere2	TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Ana3	TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
dp4	TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Per1	TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Wil1	TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Vir3	TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Moj3	TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Gri2	TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT

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miR-133   chr2L:20604189-20604327

Species	Sequence
dm2	AAC-ACTGTGTGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTG-TT-TTTCAAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCCAGTGGTTG
Sim1	AAC-GCTGTGTGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTG-TT-TTTTAAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCCAGTGGTTG
Sec1	AAC-GCTGTGTGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTG-TT-TTTTAAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCCAGTGGTTG
Yak2	AAC-GCTGTGTGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTGTTT-TTCCAAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCCAGTGGTTG
Ere2	AAC-GCTGTGTGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTG-TT-TTCCTAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCCAGTGGTTG
Ana3	AAC-GCTGTATGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTATCT-TTTCAAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAG-CAGTGGTTG
dp4	AACGGCTGTATGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTATTT-TATCAAGTATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAT-CAGTGGTTG
Per1	AACGGCTGTATGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTATTT-TATCAAGTATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAT-CAGTGGTTG
Wil1	AAC-ACTGAATGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTATTTATTTGAAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAG-CAGTGGTTG
Vir3	AAC-GCTGTGTGTAGTTGGTTGACATCGGGTCAGATCTATTT-CTGAAAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAG-CAGTGGTTG
Moj3	AAC-GCTGTGTGTAGTTGGTTGACATCGGGTCAGATCTGTTT-TT-CGAGAATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAG-CAGTGGTTG
Gri2	AAC-GCTGTATGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTATTT-ATTCGAGTATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAG-CAGTGGTTG

---

miR-137   chr2R:11580096-11580227

Species	Sequence
dm2	TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-AAATCCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Sim1	TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-AAATCCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Sec1	TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-AAATCCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Yak2	TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-ACATCCAA--TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Ere2	TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-ACATCCAA--TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Ana3	TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACGTG-AAATGCGAAATGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCAGAGAGATT
dp4	TCTTCAACGGCCACGTGTATACTCATAGCTATAACCTG-ATATCCGAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTTAACAAGATT
Per1	TCTTCAACGGCCACGTGTATACTCATAGCTATAACCTG-ATATCCGAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTTAACAAGATT
Wil1	==TTTAATGGCCACGTGTATTCTTATAGCTGTAACCTG-TTATACAAAATGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTT-AACTAGATT
Vir3	TCTGAAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTGTACAATCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTT-AACAAGATT
Moj3	TCGGCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACTGGTACAATCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTT-AGCCAGATT
Gri2	TCTGAAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTGAACAATCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTT-AACAAGATT

---

miR-13a   chr3R:11243243-11243358

Species	Sequence
dm2	A-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGACTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATC--G
Sim1	G-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGACTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATC--T
Sec1	G-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGACTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATC--T
Yak2	A-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGCCTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATC--T
Ere2	A-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGACTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATT--T
Ana3	G-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-CTGTGAAATGTTG-CCATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGGGA--ATCG-T
dp4	----------CTTACGTAACCCATCAAACGG-TTGTGAAATGTTG-CATTTAT---CAAATCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGTGG--AATGGC
Per1	----------CTTACGTAACCCATCAAACGG-TTGTGAAATGTTG-CATTTAT---CAAATCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGTGG--AATGGC
Wil1	GATGGAATTTCTTACGTAACTCTTCAAGGGGGTTGTGAAATGTTG-CCATTTTATTCAACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGAGTATT--C
Vir3	A-------TTCTTGCGTAACTCTTCAAGGGG-TTGTGAAATGTTG-CCGTTAT---CAAGTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATT--G
Moj3	A-------TTCTTGCGTAACTCTTCAAGGGG-TTGTGAAATGTAG-CCATTAT---CAAGTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGTGA--ATT--G
Gri2	A-------TTCTTGCGTAACTCTTCAAGGGG-TTGTGAAATGTGG-GTATTAT---CAAGTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATT--G

---

miR-13b-1   chr3R:11243109-11243217

Species	Sequence
dm2	TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CAC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Sim1	TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Sec1	TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Yak2	TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Ere2	TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Ana3	TCTTATACCATGTCGTTAAAAGGCTTGTGACCTTATGT---ATTTCGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
dp4	TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGACCTTATGT---ACT-CTTGAATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTACAGAAA
Per1	TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGACCTTATGT---ACT-CTTGAATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTACAGAAA
Wil1	TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGACTTTATGTTGTGTC-TCT-ATTCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Vir3	TCTTATACCATGTCGTTAAAATGCCTGTGACCTTATGT---ATT-TTA-TATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Moj3	TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTCTGTGACCGTATGT---ATT-CAC-TATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Gri2	TCTTATACCATGTCGTTAAAATGCTTGTGACCTTATGT---ATT-TTA-TATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA

---

miR-13b-2   chrX:8936430-8936540

Species	Sequence
dm2	CTGTCTATTAACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGTTG-GACAG-CC
Sim1	CTGTCTATCAACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGTTG-GGCAG-CC
Sec1	CTGTCTATCAACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGTTG-GGCAG-CC
Yak2	CTGTCTAGTAACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGCTG-----G-CC
Ere2	CTGTCTATTAGCGCGTCAAAGTGACTGTGAACTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGTTG-----G-GC
Ana3	CTGTTTCCCAGCGCGTCGAAATGACTGTGACTTATGCGTATTTG-----ATG-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGTG-GACAG-TG
dp4	CTGCACATTTACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGTTTTTG-----ATC-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATG-TGCAGTCC
Per1	CTGCACATTTACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGTTTTTG-----ATC-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATG-TGCAGTCC
Wil1	ATGTCCATGGTCGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTTAACCGGTCAGAAAT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTCGATG-GGCAT-AC
Vir3	CTCCATATTGGCGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTTGTTGCA-----TTTGCCATTCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATGTGGCAG-CC
Moj3	CTCCATATTTGCGCGTCAAATTGACTGTGAGCTATGTTTATGAG-----ATTA----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATGTGGCAG-CC
Gri2	CTCCATATTGGCGCGTCAAATTGACTGTGAGCTATGTTGTTGCA-----GTTGTAATTCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATGTGGCAG-CC

---

miR-14   chr2R:5065554-5065657

Species	Sequence
dm2	TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTATTAAATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Sim1	TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTATTAAATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Sec1	TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTATTAAATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Yak2	TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTATTAAATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Ere2	TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTATTAAATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Ana3	TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTATTAAATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
dp4	TGCATTC-ATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTTTGAAGTAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Per1	TGCATTC-ATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTTTGAAGTAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Wil1	TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGAGGACTCACTGTGCTTTTTATATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Vir3	TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTTTTATATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Moj3	TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGATTTTTATATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Gri2	TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTTTTATATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG

---

miR-184   chr2R:8845288-8845428

Species	Sequence
dm2	GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCTCGCCCCGTGTGCACTTAAAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Sim1	GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCTCGCCCCGTGTGCATTTAAAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Sec1	GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCTCGCCCCGTGTGCATTTAAAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Yak2	GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCTCGCCCCGTGTGCATT-GAAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Ere2	GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCTCGCCCCGTGTGCATTTAAAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Ana3	GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCGCGCCCCGTGTGCATAATGAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
dp4	GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCGCGCCCCGTGTGCATTAAAAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Per1	GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCGCGCCCCGTGTGCATTAAAAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Wil1	GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCGCGCCCCGTGTGCATATCTAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Vir3	GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCGCGCCCCGTGTGCATATCTAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Moj3	GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCGCGCCCCGTGTGCATATCTATACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Gri2	GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCTCGCCCCGTGTGGATAACTATACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA

---

miR-190   chr3L:8545725-8545865

Species	Sequence
dm2	ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTTCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACCCTCG
Sim1	ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTATCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACCCTCG
Sec1	ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTTCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACCCTCG
Yak2	ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTTCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACCCTCG
Ere2	ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTTCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTAGCCTTCG
Ana3	ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACTCTCG
dp4	GGGATTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAGAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATACCCG
Per1	GGGATTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAGAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATACCCG
Wil1	ATGGTCCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATCGTCG
Vir3	ATGATTCCAGTAAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATTGTTG
Moj3	ACGATTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATCGCTT
Gri2	ATGATTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATTGTTG

---

miR-193   chr3L:21507834-21507982

Species	Sequence
dm2	CCCTTATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Sim1	CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Sec1	CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Yak2	CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Ere2	CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTACATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Ana3	CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATTGCCATATTCATAAATTCTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
dp4	CACCCATTATAGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATACAGCCGTATTAATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Per1	CACCCATTATAGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATACAGCCGTATTAATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Wil1	CGCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTACAAGTCAAAAATTTATTATCATCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Vir3	CTCCCATTATA-TTGAGACTTAGTAGGCCAGTAGAAGATTTACGATACATATATATA-TCAATAA----CTGCTGATCTAAAAAATCCCAACTATAATGAGGGCA
Moj3	CCCTCATTATAGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGATAAATAT---TA-TCATAAGTTCTCTACTGGCCTACTAAGTCTCAA-TATAATGGGAGTA
Gri2	CCCTCATTATAGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGATAAAGACCTTTA-TCGTAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-TATAATGGGAGTA

---

miR-210.2   chrX:17962135-17962275

Species	Sequence
dm2	GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Sim1	GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Sec1	GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Yak2	GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Ere2	GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Ana3	GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
dp4	GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGATTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Per1	GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGATTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Wil1	GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Vir3	GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTC--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGACCA
Moj3	GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTC--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGATGCCA
Gri2	GGAGCTTATTGGAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGATTCAAAAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGACCA

---

miR-219   chr3L:17280244-17280384

Species	Sequence
dm2	GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Sim1	GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Sec1	AATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Yak2	GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Ere2	GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Ana3	AATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-ATTCAAATACTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATACG
dp4	GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATCCAATACTCAAGGGTTGTGACTGGACATCGCGGCTCGAAATAAG
Per1	GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATCCAATACTCAAGGGTTGTGACTGGACATCGCGGCTCGAAATAAG
Wil1	GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TTTCAAATACTCAAGGGTTGCATCTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Vir3	GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TTTCAAATACTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATGAG
Moj3	GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGATTTTTAAATACTCAAGGGTTGCATCTGGGCATCGCGGCTCGAAATGAG
Gri2	GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TTTCAAAAACTCAAGGGTTGCATCTGGGCATCGCGGCTCGAAATGAG

---

miR-252   chr3R:9289920-9290053

Species	Sequence
dm2	AAGTTCGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCGAGT
Sim1	AAGTTCGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCGAGT
Sec1	AAGTTCGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCGAGT
Yak2	AAGTTCGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCGAGT
Ere2	AAGTTCGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCGAGT
Ana3	GAAGTCGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCGAGT
dp4	CGGTTTGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCG-GT
Per1	CGGTTTGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCG-GT
Wil1	AGATTTGCTTTACTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTTGGTTCGTGTCCGTAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGACGACT
Vir3	====TTGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTTGTGTCCGCAATGCCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGACTAGT
Moj3	====TTGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGGTTGTGTCCGCAATGCCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATCAAAGCGACGAGT
Gri2	----TTGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTTGTGTCCGCAATGCCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAGGCGACGAAT

---

miR-263a   chr2L:11953389-11953523

Species	Sequence
dm2	CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTAATTTTTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Sim1	CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTAATTTTTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Sec1	CTCGACACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTAATTTTTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Yak2	CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTACTTTTTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Ere2	CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTACTTTTGATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Ana3	CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTAATTTCTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGATT
dp4	CCCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGT-TTTTCAATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGACT
Per1	CCCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGT-TTTTCAATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGACT
Wil1	CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTTTTTATTTAACACACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGATT
Vir3	CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTTTTTATAACACG--CCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGA-T
Moj3	CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTTTTTCTAACACG--CCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGA-T
Gri2	CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTTATTTTAACACG--CCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGA-T

---

miR-263b   chr3L:15808644-15808774

Species	Sequence
dm2	CTGACTTTGAGTCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGACTTT-AT----TATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAACTTAAAAACCGGC
Sim1	CTGACTTTGAGTCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGACTTG-AT----TATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAACTTAAAAACCGGC
Sec1	CTGACTTTGAGTCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGACTTG-AT----TATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAACTTAAAAACCGGC
Yak2	CTGACTTTGAGTCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGACTTT-AT----TATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAATTTAATCAACGGC
Ere2	--GACTTTGAGTCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGATTTT-AT----TATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAATTTAATCAACAGC
Ana3	CTGTCTTTGAATCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGATTTT-AT----TATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAATTGAAATAATGGC
dp4	CTGGCATTGGCTCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGGTTTCCAT---ATATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAATCGAATGTTCGGC
Per1	CTGGCATTGGCTCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGGTTTTCAT---ATATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCCCAAAATCGAATGTTCGGC
Wil1	CTCACAATGCATCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGATTCTTATTCGATATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAATCTAATGTTTGAG
Vir3	CTGCCATTTCATCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTCGATTAC-AT--AATATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAATGTAATGTG----
Gri2	CTGCCATTACATCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGGTTAT-AT--AATATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAACTGTAATGTG----

---

miR-274   chr3L:11630844-11630984

Species	Sequence
dm2	TTGCAGTTTCGTTTTGTGACCGACACTAACGGGTAATTGTTTGGCCG------------C-CAGGA----------------T--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATTATGAAATTGCAGC
Sec1	TTGCAGTTTCGTTTTGTGACCGACACTAACGGGTAATTGTTTGATCA------------C-CAGGA----------------T--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATCATGAAATTGCAGC
Yak2	TTGCAGTTTCGTTTTGTGACCGACACTAACGGGTAATTGTTTGGTCG------------C-CAGGA----------------T--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATCATGAAATTGCAGC
Ere2	TTGCAGTTTCGTTTTGTGACCGACACTAACGGGTAATTGTTTGGCCG------------C-CAGGA----------------T--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATCATGAAATTGCAGC
Ana3	TTGCAGTTTCGTTTTGTGACCGACACTAACGGGTATTTTACAGGACA------------TACAGGA----------------T--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATCCTGAAATTGCAGC
dp4	CTGCAGTTTCATTTTGTGACCGACACTAACGGGTAA-TGGCTGGCCG--------------CAGGA----------------C--TACTCGTTTTTGCGATCAC-AATACTGAAATTGCAGC
Per1	CTGCAGTTTCATTTTGTGACCGACACTAACGGGTAA-TGGCTGGCCG--------------CAGGA----------------C--TACTCGTTTTTGCGATCAC-AATACTGAAATTGCAGC
Wil1	TTGCAGTTTCATTTTGTGACCGACACTAACGGGTAG-TAACGGGTTA------------A-CAAAGTCGTTTTTCTGGCCTTT--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATTCTGAAATTGCAGC
Vir3	TTGCAGTTTCGGTTTGTGACCGACACTAACGGGTAGTT---GGGGCA-CCTCGAATAC-G-CTGTT----------------T--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATTCTGAAATTGCAAC
Moj3	TTGCAGTTTCGGTTTGTGACCGACACTAACGGGTAGTT---GAGGCA-TCTCGTATTC-G-CTGTT----------------TTATACTCGTTTTTGCGATCACAAATTCTGAAATTGCAAC
Gri2	TTGCAGTTTCGGTTTGTGACCGACACTAACGGGTAGTTAA-AGGGCATCCTCGCATTCTG-CTGGC----------------T--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATTCTGAAATTGCAAC

---

miR-275   chr2L:7425774-7425912

Species	Sequence
dm2	TCTCCTACCTTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTTTTATAT---ACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGGC-AGA
Sim1	TCTCCTACCTTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTTTTATAT---ACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGGC-AGA
Sec1	TCTCCTACCTTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTTGTTTTTTATAT---ACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGGC-AGA
Yak2	TCTCCTACCTTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTTTTATAT---ACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGCC-AGA
Ere2	TCTCCTACCTTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTTTTATAT---ACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGCC-AGA
Ana3	TCTCCTACCTTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTTT--GCA---ACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGGC-AGA
dp4	TCTCCTACCATGCGCGCTAATCAGAGACCGGGGCTGGTTTTTTCACT---GCAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGCT-AGA
Per1	TCTCCTACCATGCGCGCTAATCAGAGACCGGGGCTGGTTTTTTCACT---GCAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGCT-AGA
Wil1	TCTCTTACCTTGCGCGCTAATCAGTGACCAGGGCTGATTTATTCAAT---ACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTTTT-AGA
Vir3	TCTTTTACCGTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTTGGTTATCCCACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGGCCAGA
Moj3	TCTTTTACCGTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTCGATTATCTCACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGGCTAGA
Gri2	TCGTTTACCGCGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTTGATTATCCCACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGGCCAGA

---

miR-276a   chr3L:10339154-10339292

Species	Sequence
dm2	GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Sim1	GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Sec1	GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Yak2	GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Ere2	GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Ana3	GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTAACA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCTAA
dp4	GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCATA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Per1	GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCATA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Wil1	GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TTTAATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Vir3	GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CAATTT--ATATACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Moj3	GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CAATTT--AAATACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Gri2	GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--AAATTT--AAATACTCATAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA

---

miR-276b   chr3L:10293711-10293850

Species	Sequence
dm2	CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCCTATATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Sim1	CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCC--TATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Sec1	CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCC--TATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Yak2	CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCC--TATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Ere2	CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCC--TATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Ana3	CTATTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCC--ACTTAAACT--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
dp4	CTCTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCC-GTATC----CAAAGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Per1	CTCTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCC-GTATC----CAAAGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Wil1	CTATTTACCATAAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCA--AATTGCAAT--AATCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Vir3	CTATATACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCA--AATTGCAAT--AATCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Moj3	CTATATACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCA--AATTGCAAT--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Gri2	CTATTTACCATTAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCA--AATTGCAAT--AATCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC

---

miR-277   chr3R:5925723-5925863

Species	Sequence
dm2	GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCT-G-AAGCATGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Sim1	GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCC-A-AAGCATGTAAATGCATTATTTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Sec1	GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCT-G-AAGCATGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Yak2	GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCT-G-AAGCATGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Ere2	GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCT-G-AAGCATGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Ana3	GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-G-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
dp4	GGTTTTGGGTTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-G-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Per1	GGTTTTGGGTTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-G-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Wil1	GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAAATTTCTAA-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Vir3	AGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-GAAAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Moj3	AGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-G-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Gri2	AGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-GAAAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA

---

miR-278   chr2R:11171908-11172046

Species	Sequence
dm2	GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTG---TCATTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Sim1	GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTG---TCCTTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Sec1	GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTG---TCCTTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Yak2	GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTG---TCCTTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Ere2	GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTG---TCCTTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Ana3	GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTG---TCCTTCGAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
dp4	GGTACGGTGCGACCGGACGATGGTTCACAACGACCGTG---TCTCTTAAACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Per1	GGTACGGTGCGACCGGACGATGGTTCACAACGACCGTG---TCTCTTAAACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Wil1	GGTACGGTGCGACCGGATGACGGTTCACAACGACCGTG---TCAATTTTACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Vir3	GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTGCA-TACTTTTAACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Moj3	GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTACAGTTTTTTCAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Gri2	GGTACGGTGCGACCGGATGACGGTTCACAACGACCGTGCT-TATTTTTAACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT

---

miR-279   chr3R:25041286-25041426

Species	Sequence
dm2	ACTACTGTTTTTAGTGGGTGGGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Sim1	ACTGCTGTTTTTAGTGGGTGGGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Sec1	ACTGCTGTTTTTAGTGGGTGGGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Yak2	ACTACTGTTTTTAGTGGGTGAGGGTCCAGTGCTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Ere2	ACTACTGTTTTTAGTGGGTGGGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Ana3	ACTACTGTTTTTAGTGGGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTCT---GTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
dp4	ACTACTGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Per1	ACTACTGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Wil1	actactGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-AAATAT-TTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Vir3	ACTACTGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATTCGTTTTTTCAAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAACAACGGTAGTTC
Moj3	ACTACTGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GTTTGCTTAAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAAAAACGGTAGTTC
Gri2	ATTACTGTTTTTAGTGGGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GTTTATTT--GTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAAAAACGGTAGTTC

---

miR-281-1   chr2R:7686259-7686389

Species	Sequence
dm2	GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AAACTATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Sim1	GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AAAGCATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Sec1	GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AAACCATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Yak2	GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AATTCATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Ere2	GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AAACCATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Ana3	GAATACGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--ATACCT----ATAACACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
dp4	GAATAGGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCAAC--GTACCAATT--TAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Per1	GAATAGGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCAAC--GTACCAATT--TAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Wil1	GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAGTTAAACGATTT--TAAAACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATGATATTCGAC
Vir3	GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--TAACAAATG--TAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATGATATTCGAC
Moj3	GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--TAAAGATTG--TAAAACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATGATATTCGAC
Gri2	GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--TATAAATTT--TAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATGATATTCGAC

---

miR-281-2-3p   chr2R:7686039-7686171

Species	Sequence
dm2	AATTGTGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--A-AGA----CCGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAACATTCGAA
Sim1	AATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG----A-AAG----CATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGA-
Sec1	AATTGTGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--A-AGA----CCGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAACATTCGAA
Yak2	AATAGTGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--A-ATA----CCAATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAA
Ere2	AATTGTGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--A-ATA----CCGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAACATTCGAA
Ana3	AATAGTGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTTAAA-ACA----CGGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAACATTCGAA
dp4	AATAGTGAAATAAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--A-AT-----CAGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAA
Per1	AATAGTGAAATAAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--A-AT-----CAGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAA
Wil1	AATAGCGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCCAGTTT-A-ATACATCCGAATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAA
Vir3	AATAGCGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGCT--ATA------CAGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAA
Moj3	AATAGCGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--ATATA----CATATTTTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAA
Gri2	AATAGCGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--ATATA----CCGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAA

---

miR-282   chr3L:3234533-3234670

Species	Sequence
dm2	TCCTTCTAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTCGAA--AG-CCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGCG
Sim1	TCCTTTTAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTCGAA--AG-CCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGCG
Sec1	TCCTTTTAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTCGAA--AG-CCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGTG
Yak2	TCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATACGAA--AG-CCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGTG
Ere2	TCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTCAAA--AG-CCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGCG
Ana3	TCCTTATAGATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTCGAA--AG-TCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGCG
dp4	GCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTTGAA--AACCCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGAA
Per1	GCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTTGAA--AACCCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGAA
Wil1	TCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTTGGA--TT------CAGACATAGCCTATGAGAGGTTAGGTGTACCAAGGAG
Vir3	TCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTCGAT--AT-ACGGTCAGACATAGCCTATGAGAGGTTAGGTGTACCAAGGGG
Moj3	TCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTTGAT--AT-AAGATCAGACATAGCCTATGAGAGGTTAGGTGTAGCAAGGGG
Gri2	TCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCACTTTTTCAAT-TCAATCAGACATAGCCTATGAGAGGTTAGGTGTACAAATGGA

---

miR-283   chrX:15341872-15342012

Species	Sequence
dm2	ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTAAGCCTAAATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Sim1	ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTAAGCCTAAATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Sec1	ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTAAGCCTAAATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Yak2	ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTAAGCCTAAATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Ere2	ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTAAGCCTAAATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Ana3	ATTCTTAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTATGCCTGATTA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTCGAATTG
dp4	ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTAAGCA-AGATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Per1	ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTAAGCA-AGATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Wil1	ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTATGCCTAGATATTTGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Vir3	ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCAATGCCTAAATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Moj3	ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCAATGCCC-AATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATATACTTTTTTGAATTG
Gri2	ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCAATGCCA-AATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG

---

miR-284   chr3R:8377216-8377356

Species	Sequence
dm2	TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTGAGGG-CAAGGCTTGAATAATGCTCCTGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCGA
Sim1	TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTGAGGG-CAAGGCTTGAATACTGCTCCTGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCGA
Sec1	TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTGAGGG-CAAGGCTTGAATACTGCTCCTGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCGA
Yak2	TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTGAGGG-CAAGGCTTGAGTACTGCTTCTGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCAA
Ere2	TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTGAGGG-CAAGGCTTGAGTACTGCTTCTGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCAA
Ana3	TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTGAGGG-CAAGGCTTGAGAACTGCTTCAGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCAA
dp4	TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGGGAAGG-CAAGGCTTGAGCACTGCTTCTGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCAA
Per1	TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGGGAAGG-CAAGGCTTGAGCACTGCTTCTGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCAA
Wil1	TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTTAGGGGAAAGGCTTGAGCATTGCATACTAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCAA
Vir3	TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTAAAGG-GAAGGCTTGTGCACTGCTTACAAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCAA
Moj3	TGCGTTGCAGTTCCTGGAATAAAGTTGACTGTGTCGCCTGTAAGGG-GAAGGCTTTTGCATTGCTTACAAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAACTGCGGCCCAA
Gri2	TGGGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTAAGAG-GAAGGCTTGTGCACTGCTTACAAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCTCAA

---

miR-285   chr3L:11920019-11920158

Species	Sequence
dm2	TCGAATCGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCAG--GAGAACCCACTC-A---------ATT-TAACTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATAAGAAA
Sim1	TCGAATCGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCAG--GAAAACCCACTC-A---------ATT-CAACTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATAAGAAA
Sec1	TCAAATCGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCAG--GAAAACCCACTC-A---------ATT-CAACTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATAAGAAA
Yak2	TCGAATCGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCAA--GACAACCCACTC-A---------ATT-CAACTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATAAGAAA
Ere2	TCGAGTCGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCAA--GAAGCCCCACTC-A---------ATT-CAACTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATAAGAAA
Ana3	TCGAATCAAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCAA--GGAGATCCGATC-A---------TTT-CAATTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATAAGAAC
dp4	TCGAATCGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCAA--GAGGACTCGCTA-A---------TTTTCAACTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATGAGAAC
Wil1	TCGAATTAAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATAATAT--GCGAATTCTATC-ATTTGATTTCATT-CAATTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATTAGAAC
Vir3	TCAAATTGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCGCCCAAAAAGTAATTC-A---------TTT-CAATTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTTATTCGAAC
Moj3	TCAAATTGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATAACGCCCAAAAAGTCATTTTA---------TTT-CAATTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTTATTGGAAC
Gri2	TCAAATTGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCGTCCAAGAA-TAATTTAA---------TTT-CAATTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTGTATTGGAAC

---

miR-286   chr2R:15176264-15176404

Species	Sequence
dm2	TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCAAA-GAAA-------GGTTTCGAT--TAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Sim1	TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCCAAAGAAA-------GGTTTCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Sec1	TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCCAA-TAAA-------GGTTTCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Yak2	TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCAAA--AGA-------GGTTTCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Ere2	TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCAAA--GAA-------GGTTTCGAT--CGAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Ana3	TTAAAATTGAATGGCGATTGTCGGTATGGTCGCTTTTTCACA--AAAAA--ATTGGTTACCAA--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
dp4	TTAAAATTAAATGGCGATTGTCGGTTTGGTCGCTTTTTACCA----G-------GGTTCCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAGAA
Per1	TTAAAATTAAATGGCGATTGTCGGTTTGGTCGCTTTTTACCA----G-------GGTTCCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAGAA
Wil1	TTAAAATTGAATGGCGATTGTCGGTATAGTCTCTTTTTCCAA--AAATCTTGTTTGTTTTTGC--CAATCTA-ATAAGAAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Vir3	TTAAAATTAAATGGCGATTGTCGGTATGGTCGCTTTTTCAAA--CAA-------TATACCA----TTATCTATAT---AAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Moj3	ttaaaattaaatGGCGATTGTCGGTATGGTCTCTTTTTCAAC--ATA-------TACACCAAA--CATTCTATAT---AAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Gri2	TTAAAATTAAATGGCGATTGTCGGTATGGTCGCTTTTG-AAC--CTA-------AACTCTATATACAATATATAT---AAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA

---

miR-2a-1   chr2L:19565805-19565921

Species	Sequence
dm2	ATTCATGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Sim1	ATTCATGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Sec1	ATTCATGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Yak2	ATTCACGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Ere2	ATTCATGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATA-TC----AGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Ana3	ATTCCTGCTGGGCTCACAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CATTTTGCCCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTTATGTA
dp4	ATTCATGCTGGGCTCACAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TT-----GCTTTGCCCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTCGGCGTAATGTA
Per1	ATTCATGCTGGGCTCACAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TT-----GCTTTGCCCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTCGGCGTAATGTA
Wil1	ATTCATGCTGAGCTCACAAAGTGGTTGTGAAATGCATTATT----TGCTTTATCCAGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTCTGCGTAATGTG
Vir3	ATTCATGCTGCGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-T--GAAAGCTTTGCGCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTC
Moj3	ATTCATGCTGAGCTCTCAAAGAGGCTGTGAAATGCATT-TT-GAAAGCTTTGCGAG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Gri2	ATTCATGCTGCGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TTTGAAAGCTTTGCGCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA

---

miR-2a-2   chr2L:19565398-19565510

Species	Sequence
dm2	TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Sim1	TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Sec1	TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Yak2	TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Ere2	TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Ana3	TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
dp4	TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Per1	TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Wil1	TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Vir3	TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCGACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Moj3	TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCGACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Gri2	TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCGACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC

---

miR-2b-1   chr2L:8258595-8258712

Species	Sequence
dm2	AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCAGTGACATGTTG------TCAACAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGCGGTTTTTC
Sim1	AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCGGTGACATGTTG------TCAACAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGCGGTTTTTC
Sec1	AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCGGTGACATGTTG------TCAACAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGTGGTTTTTC
Yak2	AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCGGTGACATGTTG------TCAACAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGCGGTTTTTC
Ere2	AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCGGTGACATGTTG------TCAGCAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGCGGTTTTTC
Ana3	GGAACTGCGACCCTCCTTAAAGTGGCGGTGACATGTAG------CTTTCA-TATTCATATCACAGCTTTGCTTTCAGGAGCGTTGAGGTTTCTC
dp4	AAAGCTGCGACGCTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGACACGATGCTC-
Per1	AATGCTGCGACGCTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGACACGATGCTC-

---

miR-2b-2   chr2L:19566090-19566213

Species	Sequence
dm2	AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Sim1	AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Sec1	AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Yak2	AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTCTGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Ere2	AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Ana3	AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCAATG-CTCA
dp4	AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA
Per1	AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA
Wil1	AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCAATGGCTCA
Vir3	agaATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTACTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA
Moj3	AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGC-TTTTTCTGCCTACTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA
Gri2	agaATTGTGTCCTTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTACTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA

---

miR-2c   chr3R:11243445-11243587

Species	Sequence
dm2	TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Sim1	TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Sec1	TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Yak2	TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Ere2	TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Ana3	TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGA--GATATTTCTGCATTTGAAGTGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATA
dp4	TTACTTTCAGTGTCATCAAAAATGGCTGAAGAAAGATATATTTGCATTTGAAGCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Per1	TTACTTTCAGTGTCATCAAAAATGGCTGAAGAAAGATATATTTGCATTTGAAGCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Wil1	TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTTTGCATTTGAAGCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Vir3	TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGA-GAATGATATATCTGCAATTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAAAG
Moj3	TTACTTTCAGTGTCATCAAAAAGGGCTGA-GAATGATATTTCTGTAATTGAATTGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCACTGCGAAG
Gri2	TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGA-GAATGATATATCTGCAATTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAAAG

---

miR-3   chr2R:15176437-15176546

Species	Sequence
dm2	GTCCCGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTTATGTTTCAA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCCTGGCCA
Sim1	GTCCCGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTTATGTTCCAA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCCTGGCCA
Sec1	GTCCCGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTTATGTTTCAA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCCTGGCCA
Yak2	GTCCTGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTCATGTTTCCA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCTTGGCCA
Ere2	GTCCTGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTTATGTTTCTA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCCTGGCCA
Ana3	GCTACGATCTTGGGACGCATTTTGTGCAGTTATGCACCAAAAATAT---------ATC-------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAGGATCTTGGCCA
dp4	GCAACGATCCTGGGATGCATTTTGTGCAGTTATGTCTACG-----TG----ATCATCCT------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAGGATTGCAGCCC
Per1	GCAACGATCCTGGGATGCATTTTGTGCAGTTATGTCTACG-----TG----ATCATCCT------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAGGATTGCAGCCC
Wil1	ACCATGATTTTGGGATGCATTTTGTGCAGTTATGTCTTCA-----TGTGATAATTCTCT------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCATAATTTTGGTAA
Vir3	GCTCTGCTTTTGGGATGCATTTTGTGCGGTTATGTCTGCC----------------TCCAAAACCCATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAAATTGTGGCTA
Moj3	GCTCTACTTTTGGGATGCATTTTGTGCAG--ATGTCTAAC-----G---------ATTGGAAACCCATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAAATTGGGGCAA
Gri2	GCTCTGCTTTTGGGATGCATTCTGTACAGTAATGT-TGAC-----T---------CTTGTAAAACCATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAAATTGTGGCAA

---

miR-303   chrX:4211395-4211505

Species	Sequence
dm2	GATATCTTGGTTTAGGTTTCACAGGAAACTGGTTTAATAACGAAAACTAGTTTCCTCTAAAATCCTAATCAAGACATCAT
Sim1	GATCTCTTGCTTT-GGCATTAAAGGAAGCTAGTTTAATTACGAAAACTAGTTTCCTCTAACGTTTCAAACAATACATCAT
Sec1	GATCTCTTGCTTT-GGCTTTAAAGGAATCTAGTTTGATTACGAAAACTAGTTTCCTCTAAGGTTTTAAACATTACATCAT

---

miR-304   chrX:15342875-15343003

Species	Sequence
dm2	TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGGTT-TAAG-CCATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGACTGCGGC
Sim1	TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGGTT-TGAG-CCATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGACTGCGGC
Sec1	TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGGTT-TGAG-CCATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGACTGCGGC
Yak2	TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGGTT-TGAG-CCATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGACTGCGGC
Ere2	TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGGTT-TGAG-CCATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGACTGCGGC
Ana3	TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGATT-TGAG-CCATTTGACGGACTCACTTTGCAACTGGAGATTGCTCGAGACTGCGGC
dp4	TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGATT-TGAG-GCATTTGACACACTCACTTTGCAACTGGAGATTGCTCGAAACTGCGGC
Wil1	TGTAACATTGATTAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGATT-TAAATCCATTCGATGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGATTGCAGC
Vir3	TGCAGCATTGATTAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGATTTTAAA-GTATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGATTGCAGC
Moj3	TGCAGCATTGATTAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGATTTTTAA-CTATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGACTGCAGC
Gri2	TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGATTATTAA-GAATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGATTGCAGC

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miR-305   chr2L:7425951-7426064

Species	Sequence
dm2	TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTGT-CTCGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGAGGCGAT
Sim1	TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCA-GTGCTCTGGTGTGT-CTCGTAACCCGGCACATGCTGAAGTACACTCAATATGAGGCGAT
Sec1	TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTGT-CTCGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGAGGCGAT
Yak2	TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTGG-CCCGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGAGGCGAT
Ere2	TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTGG-TCCGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGAGGCGAT
Ana3	TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTCC-ACCGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGAGGCGAA
dp4	TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTGT-CCTGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGTGGCGAA
Per1	TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTGT-CCTGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGTGGCGAA
Wil1	TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTCCGTTTGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGTGGCGAT
Vir3	TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTGA-CTTGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGCGTTGAT
Moj3	TCTCCCCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTCA-GTGGAAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGCGGTGAT
Gri2	TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTCA-CTCGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGCGGTGAT

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miR-306   chr2L:16694312-16694437

Species	Sequence
dm2	CCAC-TCGATGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTTGACAT---T-TTGGGGGTCACTCTGTGCCTGTGC-----TGCCAGTGGGAC
Sec1	CCAC-TCGATGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCCTTTGACAT---T-TTGGGGGTCACTCTGTGCCTGTGC-----TGCCAGTGGGAC
Yak2	CCAC-TCGGTGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTTGACAT---T-TTGGGGGTCACTCTGTGCCTGTGC-----TGCCAGTAGGAC
Ere2	CCAC-TCGGTGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTTGACAT---T-TTGGGGGTCACTCTGTGCCTGTGC-----TGCCAGTGGGAC
Ana3	CCAC-TTGGTAGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCATTTGACAT---T-TTGGGAGCCACTTTGTGCCTGGGC-----CATCAGTGCGAC
dp4	ACACTTTGCCGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTCGACAT---C-TTGAGAGTCTCTCTGTGCCTGCAC-----TGGCGGTGGTGC
Per1	ACACTTTGCCGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTCGACAT---C-TTGAGAGTCTCTCTGTGCCTGCAC-----TGGCGGTGGTGC
Wil1	TGCC-TAAACAGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------AGAATAT-ATATAGAC-TTGAGAGACGCTCTGTACCTAGACTGTTGTGTCTGCGGAAT
Vir3	ACAC-CCCGCTGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAATCATCTATTGCTTTGCATAC---C-TTGAGGGTCGCTCTGTGCCTGTGC-----CGCCTGTGCTGC
Moj3	ACAC-GCTGCAGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAATCACATATTGCTTTGCATAC---T-TTGAGGGTCGCTCTGTGCCTGTGC-----CGCCCGTGTTGC
Gri2	ACAC-GTTGCTGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAATTCAACATTGTATTGCACGC---CTTTGAGGGTCGCTCTGTGCCTGTGT-----TGCACGTGTTGC

---

miR-307   chr2R:5133043-5133171

Species	Sequence
dm2	T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Sim1	T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Sec1	T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Yak2	T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Ere2	T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Ana3	TTGTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
dp4	T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Per1	T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Wil1	T-GCCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTTATAATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Vir3	T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTAGTT-CGATTTGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Moj3	T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATTCGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Gri2	T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATTTGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA

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miR-308   chr2R:9730644-9730747

Species	Sequence
dm2	GTCTCGACGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTTCGTTTT-GCAATCCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGACCAGCG--------TG
Sim1	GTCTCGACGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTTCGTTTT-GCAACTCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGACCAGCG--------TG
Sec1	GTCTCGACGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTTCGTTTT-GCAACTCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGACCAGCG--------TG
Yak2	GTCTCGACGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTTCCTTTT-GCAACTCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGACCAGCG--------TG
Ere2	GTCTCGACGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTTCGTTTT-GCAAATCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGACCAGCG--------TG
Ana3	GTCTCGTCGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTT-GGTTT-GAAACTCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGCCAAGCG--------TG
dp4	GTCTTGACGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTGTG-TCT-GAAACGCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGCTGGGCG--------TG
Per1	GTCTTGACGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTGTG-TCT-GAAACGCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGCTGGGCG--------TG
Wil1	ATTCTTGCGTCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTCAATTTG-TCAACTCAAATCACAGGATTATACTGTGAGCTGCGAAATGGAAATCCACG
Vir3	--TTCGATGTCTCGCAGTATACTTTTGTGTTTTGTTT-ATTTT-GAAAATCAAATCACAGGATTATACTGTGAGTTATCGGCTG--------TA
Moj3	--TTCGATGTCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTT-ATTAT-AAAAATCAAATCACAGGATTATACTGTGAGTTATCGGCTG--------AA
Gri2	--GTCGATGTCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTT-ATTTTTGAAAATCAAATCACAGGATTATACTGTGAGTTATCGCCAG--------CA

---

miR-309   chr2R:15176548-15176657

Species	Sequence
dm2	ATAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCAAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Sim1	ACAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCAAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Sec1	ACAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCAAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Yak2	ACAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCTGTTTTGCCA----------------ATTTCCTAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Ere2	ACAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCTAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Ana3	TCA--------TTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCTAGC--------AGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCTATAAAAAA
dp4	ACT-------ATTATACGATAAACTTTGTTCAGTTTTGCCA----------------ACTTGCTTGC--------AGCACTGGGTGAAGTTTGTCTTATAATCCC--ACAGT
Per1	ACT-------ATTATACGATAAACTTTGTTCAGTTTTGCCA----------------ACTTGCTTGC--------AGCACTGGGTGAAGTTTGTCTTATAATCCC--ACAGT
Wil1	TAA------TATTATATGATAAACTTTGTTCAGTTTTGCAATCAAAAAATCAAGAAAATTCCTTAGC--------ATCACTGGGTGAAGTTTGTCTTATAATCTT--TAAAC
Vir3	ACAA----ATATTATATGGTAAACTTTGTTCAGTTTTGCCA----------------GGCTCT-TTTTGTGCG-CATCACTGGGTGAAGTTTGTCGTATAATCGC--AAAAA
Moj3	AGAACAGAATATTATAAGGTAAACTTTGTTCAGTTTTGCCG----------------GGTTCTATGTTGTGCG-CATCACTGGGTGAAGTTTGTCGTATAATCG---AAACG
Gri2	ATTA-----CATTATATGGCAAACCTTGTTCAGTTTTGACA----------------ACTTTGTTTCTGTGCATCATCACTGGGTGAAGTTTGTCGTATAATCG---AAATG

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miR-310   chr2R:16098594-16098723

Species	Sequence
dm2	A------TAAACATTTGCAGGGC-GGGTCGTGTGTCAGTGTATTTATATCTTAGC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGGCCTTTAAATGTC-------------CAATG
Sim1	A------TAAACATTTGCAGGAC-GGGTCGTGTGTCAGTATATTTACTTCTTAGC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGGCCTTTAAATGTC-------------CAATG
Sec1	A------TAAACATTTGCAGGAC-GGGTCGTGTGTCAGTGTATTTACTTCTTAAC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGGCCTTTAAATGTC-------------CAATG
Yak2	A------CAAACATTTGCAGGAC-GGGTCGTGTGGCAGTGTATTGATTTCTTAGC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGCCCTTTAAATGTC-------------CAGTG
Ere2	A------CAAATATTTGCAGGAC-GGGTCGTGTGTCAATGTATTGATCTCTTAGC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGCCCTTTAAATGTC-------------CAGTG
Ana3	A------TAAACACTTGCAGGAC-GGGGAGCGTGACAATATATATATTTTATAAACAT----------------A--------------TATTGCACACCTCCCGGCCTATAAGTGTA--------------AATG
dp4	A------CCAACATTTGTGCGTCTAAGATCTGTG-CAGTATATACATACATAGAA--T----------------A---------CAAAATATTGCAGACTTCTCAGACTACAAATGTG-------------AACTG
Per1	A------CCAACATTTGTTCGTCTAAGTTCTGTG-CAGTATATACATACATAGTT--T----------------A---------AAAAATATTGCACACTTCTCAGACTACAAATGTG-------------AACTG
Wil1	AAATTTTCAAACATTCTTTGGAC--GGACTTGTC-AAATATGTTTGGATATAAAA--TTCAACAATTGGACAACA--------------TATTGATCAAAACCGGGCCAAAAATTGTTGGAAAATTCTTCAAAGTT
Vir3	G------TAATCATTTTTAGGCC-GTGCTCTGTGTGAATATGTT-----TTTAAC--T----------------A--------TAATCATATTGCACATCTCCCGGCCTATAAGTG-T-------------AGATG
Moj3	G------TATCCATTTTTAGGCC-GTGCTATGTGACAATATGTA-----TTTAAA--T----------------TGT----ATTTATCATATTGCACATCTCCCGGCCTACAAGTG-T-------------AAATG
Gri2	-----------------CAGGAT-GGAAGCTGTGACAATATGTAGG--TTTTAAT--T----------------AATTTATATTTCATATATTGCACACCTCCCGGCCTATAAATG====================

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