Supplementary Fig 2d. Genes with non-conserved miR* (n = 20 )

Color Code:    mir sequence   mir* sequence   predicted mir*   mutation

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miR-1001   chr3R:23468167-23468297

Species	Sequence
dm2	CTGGCCTGTCCCTGGGTAAACTCCCAAGGATCAGGTGGAGATTGAATCCCGATCCTTGGGTTTCTGCTCTCGGGCAAGGTCAGT
Sim1	CTGGCCTGTCCCTGGGTAAACTCCCAAGGATCAGGTGGAGATTGAATCCCGATCCTTGGGTTTCTGCTCTCGGGCAAGGTCAGC
Sec1	CTGGCCTGTCCCTGGGTAAACTCCCAAGGATCAGGTGGAGATTGAATCCCGATCCTTGGGATTCTGCTCTCGGGCAAGGTCAGC
Yak2	CTGGCCTGTCCCTGGGTAAACTCCCAATGATCCGGTGTACATTGAATTCGGATCCTTGGGTTTGAGCCCAAGGACAAGGACAGT
Ere2	CTGGCCTGTCCCTGGGCAAACTCCCAATGATGCGGTGTACATAGAATCCCGATCCTTGGGCTTCTGCCCACGGGCAAGGACAGT
Ana3	ATA----GATGATG-------TGAGCTGTC-CTGTCCC--------TGGG----------------------AGGATCACCTGT
dp4	ATACTTAGATGATGATACATATAAGCTGATTCTCTCCCAGTGG---CGGACACACGGCAGATGGTGGCTTTACCGATCCGATA-
Per1	ATACTTAGATGATGATACATATAAGCTGATTCTCTCCCAGGGG---CGGATACACGGCAGATGGTGGCTTTACCGATCCGATA-
Wil1	===========ATG-------GAGGCAAGA-GTGTCCAGATTGCCTTGGCCAAAT--------------------ATTGGGATT
Vir3	-----------GTT-------TATACC----CTTTC---------------------CAATGTTAAGCCCCTTGGAA--AATGT
Moj3	-----------GTT-------TATGCT----CTTTCC----------------------------------------CAAGCGT
Gri2	-----------=========================================================================

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miR-303   chrX:4211395-4211505

Species	Sequence
dm2	GATATCTTGGTTTAGGTTTCACAGGAAACTGGTTTAATAACGAAAACTAGTTTCCTCTAAAATCCTAATCAAGACATCAT
Sim1	GATCTCTTGCTTT-GGCATTAAAGGAAGCTAGTTTAATTACGAAAACTAGTTTCCTCTAACGTTTCAAACAATACATCAT
Sec1	GATCTCTTGCTTT-GGCTTTAAAGGAATCTAGTTTGATTACGAAAACTAGTTTCCTCTAAGGTTTTAAACATTACATCAT
Yak2	ATCTGCCTTGCTTAGAATTTTAAGAGCAAAAAGTTTGTTTACAAAAACT-ATTTACCCCTAAAATTCTAATCT--=====
Ere2	ATGTGCTTTGTTTAGAATTTTA---GCGAGGAATCA--TTACAAATATGGATGTGAACTTAAAGTACTCACTGCAAGA--
Ana3	================================================================================
dp4	================================================================================
Per1	================================================================================
Wil1	===========================================================================AAATC
Vir3	================================================================================
Moj3	================================================================================
Gri2	================================================================================

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miR-959   chr2L:5640919-5641057

Species	Sequence
dm2	T------------GTTCTATATTCTTAGTACTCGGGTTGATAAAGACCTTTTCTT---CAGGGAGCCTTTGTCATCGGGGGTATTATGAAATATAGTTTAAA
Sim1	T------------GTTCTATATTCTTAGTACTCGGGTTGATAAAGACCTTTTCTT---TGCGGAGCCTTTGTCATCGGGGGTATTATGAAATATAGTTTAAA
Sec1	T------------GTTCTATATTCTTAGTACTCGGGTTGATAAAGACCTTTTCTT---TGCGGAGCCTTTGTCATCGGGGGTATTATGAAATATAGTTTAAA
Yak2	T------------GTTCTATATTCTTAGTACTCGGGTTGACAAAGACCTTTCCTT----GCGGCGCCTTTGTCATCGGGGGTATTATGAAATATAGCTCAAA
Ere2	T------------GTTCTATATTCTTAGTACTCGGGTTGACAAAGAGCTTTCCTT----GCGGCGCCTTTGTCATCGGGGGTATTATGAAATATAGCTCAAA
Ana3	T------------GTTCTATATTCTTAGTACTCGGGTTGATAAAGACCTTTCCTG----GAGCCGCCTTTGTCATCGGGGGTATTATGAAATATAGCTCAAA
dp4	TTTTTTTGTTTTGGTTCTATGTTCTTAGTACTTGGGTTGATAAAGACCACTCGTAGTGTGAGAAGCCTTTGTCATCGCGGGTATTATGCAACATAGCTCAAA
Per1	TTTTTTTGTTTTGGTTCTATGTTCTTAGTACTTGGGTTGATAAAGACCACTCGTAGTGTGAGAAGCCTTTGTCATCGCGGGTATTATGCAACATAGCTCAAA
Wil1	T------------GTTCTATATTCTTAGTACTCGGGTTGATAAAGACAAAATGTT-TACCAATCGCCTTTGTCATCGGGGGTATTATGAAATATAGCTCAAA
Vir3	======================================================================================================
Moj3	----C-------TTT----------AAGTTG--------TGCCATTTTAAATTGAAAAAAGTG---------------------------------------
Gri2	----CAGGAGTAGTT----------AAGTTGTAGTTTCTTACGGTTTTTTTTTTAATAACATGCTTTAGTG-----------CTTCAATGTAGG--------

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miR-961   chr2L:5641170-5641299

Species	Sequence
dm2	GGCCGAGTTACCTTTGATCACCAGTAACTGAGATT--GTTTCTGATACGGTTTCGTTTTCTGGCAATC-AAAAGAACTTGGACT------------------CG
Sim1	GGCCGAGTTACCTTTGATCATCAGTAAGTGAGATT--GTTTCTGATACGATTTCGTTTTCTGGCAATC-AAAGGAACTC-GACT------------------CG
Sec1	GCCCGAGTTACCTTTGATCACCAGTAAGTGAGATT--GTTTCTGATACGATTTCGTTTTCTGGCAATC-AAAGGAACTC-GACT------------------CG
Yak2	GGTCGAGTTACCATTGATCACCGGTTACTGAGGTT--GTTCCTTCTTTGGCTTCGTTTTCTGGCGATC-AAAAGAACTC-GACT------------------CG
Ere2	GGTCGAGTTACCATTGATCACCGGTTACTGAGGTT--GTGCCACATTCGGCTTCGTTTCCTGGCGATC-AAAAGAACTC-GACT------------------CG
Ana3	GTCCGAGCACTATTTGATCACTGGTTACTGAGGTT--GTTTTGTCATAAGCTTCGTTTTCTGGCGATC-AAATACGCTC-GACT--------------------
dp4	GTCAGAGTTTGATTTGATCTCTAGTTACTGGGCTTTGATTCGAAATAAGGCTTATTATTCTAGTGATTGAAATGAACTC-GACT------------------CG
Per1	GTCAGAGTTTGAGTTGATCTCTAGTTACTGGGCTTTGATTCGAAATAAGGCTTATTATTCTAGTGATTGAAATGAACTC-GACT------------------CG
Wil1	GTTTGAGTTTACATTGATCACTGGTTAGTGAGGTTCAAAGTCAGACCCAACTTCGTTATCTGGCGATC-AAATAAACCT-GGCTTACAAAAGCTATAATTGCTG
Vir3	========================================================GTTTCATTTTTCAGTGAAT-TAAACAACTC--AAT-------------
Moj3	G-------TTTTCATTTAAATGTATTCCGGTCTATGGCGTTT--ACG-----------GTCGTTTTGTCGT-----------ACTC------------------
Gri2	GCCACATCTCTGAATTGAATTGGATTCGTTTTACTTTCTTTT--ATT---------GTTCAGTTCTTTTAA-----------ATTT-CAGT-------------

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miR-966   chr2L:6045606-6045733

Species	Sequence
dm2	CTGATCCGCTGCTGTGGGTTGTGGGCTGTGTGGCTGTGG-------TATAGGTGCCGCCAGTTGATAACCCCCAGCGTGGGCACGGA
Sim1	CTGATCCGCTgctgtgggctgtgggctgtgggctgtaaggctgtggTATAGGTGCCGCCAGTTGATAACCCCCAGCGTGGGCACGGC
Sec1	CTGATCCGCTGCTGCGGGTTGTGGGCTGTGAGGCTGTGG-------TATAGGTGCCGCCAGTTGATAACCCCCAGCGTGGGCACGGC
Yak2	CTGATCCGCTGCTGTGGGATGTGGGATGTGGGCTGTGG--------TATAGGTGCCGCCAGTTGATAACCCCCAGCGTGGGCACGGC
Ere2	-----GGCTGTAACCTGATCCCCTGCTGTGGG-----------------------CTGTGG---TATAGGTGCCGCCAGTTGATAAC
Ana3	----TGGCAGTAACCTGATCCGCGGTTGTGG------------------------TTGTGG---TGGAGGTGCTAC---TTGATAAC
dp4	CGGGTGGCTGTAACCTGATC------TGGGAGCGGTGCAGCAGGG-------CTGCGGTGGAGTTGGAGGTGTCGGCTGTTGATAAC
Per1	CGGGTGGCTGTAACCTGATC------TGGGAGCGGTGCAGCAGGG-------CTGCTGTGGAGTTGGAGGTGTCGGCTGTTGATAAC
Wil1	GTG--GGCTGTAACCTGATC------TGGAAGCTAT--AGATGTG-------ATGATGCGG------AGGTGTCGTCAGATGATAAC
Vir3	-----TGCTGTAACTTGAAGCGCTGAT----------------------------CTGTGG------------------TTGATAAC
Moj3	=======================================================================================
Gri2	=======================================================================================

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miR-968   chr2L:13747727-13747859

Species	Sequence
dm2	TGGAAGCTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAAGGGTTGTTCTCAACATGC-----AAATCAACCTTTTGATGTACTACTTTAAGAATCTCCAGTT
Sim1	TGGAAGCTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAAGGGTTGTTCTCAACATGC-----AAATCAACCGTTTGATGTACTACTTTAGGAATCTACAGTC
Sec1	TGGAAGCTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAAGGGTTGTTCTCAACATGC-----AAATCAACCGTTTGATGTACTACTTTAGGAATCTACAGTC
Yak2	TGGAAGCTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAAGGGTTGTGGTCACAATA------AGATCAACCTTTTGATTTACTACTTTAGGAATCTCCAGTC
Ere2	TGGAAGCTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAAGGGTTGTGGTCACAATT------GAATCGACCGTTTAATGTACTACTTTAAGAATCTCCAGTC
Ana3	TGGCAGTTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAAGGGTCGTTAATA-TATTC-----AAAGTGACCGTTTGATGTACTACTTTAGGTAGCTCCATTT
dp4	CTGCAGCTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAGAGGTCGTCATCTAGCTA------AAATCGACCTTTTGATGTACTACTTTAAAAAAGCACAGTC
Per1	CTGCAGCTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAGAGGTCGTCATCTAGCTA------AAATCGACCTTTTGATGTACTACTTTAAAAA-GCACAGTC
Wil1	--GCAGATTCTTTAAGTAGTAACCTTTAAAGGGTCGTTTGTCCAATTCTTTTAAAGTCGATCCTTTAAGTTACTACTTGCAGAATGTGTTTCT
Vir3	-TATTA--------TATTCAAGTATTCATTAATAA--TTAGTTTAATGCACA----------TTT------TTAGCTTTACTTTTAGACATTG
Moj3	-tttta--------atattatgaattttattttac--taaatttatGGCAGA----------GTTA-----TCATATATAATTTAATGCGTTA
Gri2	-TACT------------TTAAGTAGTACACTAAAAGGTCGGTATAATTTACAAAAACAACCTTTTA-----ATGGTTACTACTTAAGGCATAG

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miR-972   chrX:19385068-19385199

Species	Sequence
dm2	TAGGGAAATTGCTAAATATTTTTTTTGTATAAATAACTTTT---AACTTTTGTACAATACG-AATATTTAGGCATTTCTCAAATC
Sim1	TAGTG-AATTGCTAAATATTTTCTTTGTATAAATGACTTTT---AACATTTGTACAATATT-AATATTTAAACATTTCTCGAATC
Sec1	TAGTG-AATTGCtaaatattttctttgtataaataactttt---aatatttgtacaatatt-aatatttaaaCATTTCTCGAATC
Yak2	=====================================================================================
Ere2	TAGTGAAATTGTTAAATATTTACTTTGTATAAATGACCTTCATAAACATTTATACAATTTCAAATATTTTGCCATTTCTCAATCC
Ana3	=====================================================================================
dp4	=====================================================================================
Per1	=====================================================================================
Wil1	TAAGATTC-TACTTCTT--GCTAGCTTATTTTGTAAACTAATG--------------AATAATTAAATGACAATGAAAACGAAGT
Vir3	TAATAATAGGAACTGCTTCAGATATTTTGTTTGCAGTGTCTTAGCTTTTGTTTTATGATGTTTTATATATTCCG-AATATTAAAG
Moj3	=====================================================================================
Gri2	=====================================================================================

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miR-975   chrX:19392669-19392800

Species	Sequence
dm2	AATTTTTGATTTTAAACACTTCCTACATCCTGTATGTGTTTTG-CATCCGGTACAGATGTGGGAGTCGTTTGCACTCAGAGATTTC
Sim1	AGTTTTTGATTTTAAACACTGCCTACATCCTGTATGTGTTTTG-CATCCGATACAGTTGTAGGAGTCGTTTGCAGTCAGAGATTTC
Sec1	AGTTTTTGATTTTAAACACTCCCTACATCCTGTATGTGTTTTG-CATCCGATACAGTTGTAGGAGTCGTTTGCAGTCAGAGATTTC
Yak2	AATTCTTGACTTTAAACACTGCCTACATACTGTATGTGTTTTG-CACCCGATACAGATGTGGGGGTCGTTTGCAATCAGAGATTCC
Ere2	AATTCTTGACTTTAAACACTTCCTACATCCTGTATGTGTTTTG-CGCCCTATACAGATGTGGGGGTCGTTTGCACTCAGGGATTCC
Ana3	AATATTTGATTTTAAACACTACCTACATCCAGTATGTTACTTGACTCCCAATACGGATGTGGAGGGCGTTTACACTCAGAGATTCT
dp4	======================================================================================
Per1	======================================================================================
Wil1	CAC---------GACATTCAACTGTTATGTTTACATATGTCTAACATTCTGTTATAGTATAACAGTGTGTCTTG------------
Vir3	============---------TCTTTGATTTTAGATACTCCCTATATCCAGT------------ATGTGTGCCA-C-TTATTGAAA
Moj3	============---------TCTTTGATTGTAGATACTCCCTATATCCCGT------------ATGTGCGATA-CTTTGATAAAA
Gri2	======================================================================================

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miR-976   chrX:19392811-19392948

Species	Sequence
dm2	GCAGTGCCGCGGCATTGGTGAGGCCATCTCCAATGGATTAGTTCTCAACATTGGATTAGTTATCATCAATGCCGGTGCACTGCA
Sim1	GCAGTGTCGTGGCATTGGTGAGGACATCTCCAATGGATTGGTTCTCATCATTGGATTAGTTATCATCAATGCCGGTGCACTGCA
Sec1	========================ATGCAGTGCCGTGGCATTGGTGAG-GACATCTCCAATGGC-TTAGTTCTCA---------
Yak2	GCAGTGCCACGACATTGGTGAGGGCATCTCCAATGGG-GACCCGGCATCATTGGATTAGTTCTCATTAATGCCGGAGCACTGCA
Ere2	GCAGTGCCTCGACATTGGTGAGGGCATCTCCAATGGG-GAGCCAGCATCATTGGATTAGTTCTCATTAATGCCGGAGCATGGCA
Ana3	GGAGCGCCTCGACATTGGTGAGTTCATCTCCAATGGT-CAGTAGCCCGCATTGGATTAGTTCTCATTGATGGCGAAGC------
dp4	====================================================================================
Per1	====================================================================================
Wil1	========================---CAACACCTCGATATTGGTGAGTTCCAGCTCCAATGTTATTGGAGCCCAACATTGAAC
Vir3	AATTAATTATCGTTGAAGTGCGTTGTGCAGCCCCTCGCGATTGATGAT-AGCATCTCCAATGAG--CATATC------------
Moj3	GCAGCCCCTCGCGATTGATGAAAGCATCTCCAATGAG-TATTTC---GCATTGGATTAGTTCTCATCGATGTCGATGCGCTGTA
Gri2	====================================================================================

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miR-978   chrX:19395152-19395284

Species	Sequence
dm2	GGCGGCACAATCTGCAATCTACGCCACTGGCTTACGTT----GCAATCGAAAATCGTGTCCAGTGCCGTAAATTGCAGTTGTGTGAACGC
Sim1	GGCGGCACAATCTGCAATCTACGCCACTGGCTTACGTT----GTGGTCGAGAATCGTGTCCAGTGCCGTATATTGCAGTTGTGTGGACGC
Sec1	GGCGGCACAATCTGCAATCTACGCCACTGGCTTACGTT----GTAGTCGAGAATCGTGTCCAGTCCCGTAAATTGCAGTTGTGTGGACGC
Yak2	GGCGGCACAGCCAGCACTCTACGCCGCTGGCTTACGTT----GTACTCGGAAATCGTGTCCAGTGCCGTTGATTGCAGTTGTGTGGACGC
Ere2	GGCGGCACAACCAGCATTCTACGCCGCTGGCTTACGTT----GTACTCGAAAATCGTGTCCAGTGCCGTTGATTGCAATTGTGTGGACGC
Ana3	GGCGGCACAGACAGCATTCGACGCTGCTGGCTTACGTG----GTGGTTGATATCCGTGTCCAGTGACGTTGATTGCAGTTGTGTAGACGC
dp4	==========================================================================================
Per1	==========================================================================================
Wil1	GGCAACACAGGCAGCATTCGACGACGCTGGCTTACGTTAAAAACAAACGATATCCGTGTCCAGTGACGTTGATTGCAGTTGTGT--ACAA
Vir3	==========================================================================================
Moj3	==========================================================================================
Gri2	ACCAACACAGGTCCAGCCGTATTCAGCGCTTTTGG---AAGTA----AGGAACATGATTCTCCTAGTTTCAATGCCGCTGAGTAAAGCTG

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miR-979   chrX:19395753-19395888

Species	Sequence
dm2	GATGTCACAAATA--------CACTGAATTTGGGGGG--------------AATTCTTATGTATATACAAATTCTTCCCG-------AACTCAGGCTAATTTTGTGGCATC
Sim1	--------------------------------------------------------------ATATACAAATTCTTCACG-------AATTCAGGCTAATTTTGTAGGAGC
Sec1	--------------------------------------------------------------ATATACAAAATCTTCACG-------AATTCAGGCTACTTTTGTAGGAAC
Yak2	---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Ere2	GTGCCAC-------------------------------------------------------ACAAATCGATTAGCTCTG-------AATTCGGGCGGAATT---------
Ana3	-----------------------tttcatttaaaaagt------------tattaagtaatcaattataaattgtataaa----tataattCAGGTAACGTCTAAAAAATG
dp4	A---TCGAAAATATT--TATGCGCGTAAATTTAAGAGTAAG---------TCCTTAGTAAGTAAGGAAGAA----CTACG------------CTCTGGATTTGATATACTC
Per1	A---TCGAAAATATT--TAAACGCGTTAAATTAAGAGTAAG---------TCCTTAGTAAGTAAGGAAGAACT-TCTACG-------AATTTATATAGATTTTATATTCTC
Wil1	--------------------------------------acgcacacacacacacacacaTCTATATATAAATCAACCAAGAAAACACAATATCGAAGAAATTAGAAAG---
Vir3	--=============================================================================================================
Moj3	-------------------------------AAAGGGCT-------------------------ATAGAAATTGATGACG-------ATATAATCCAAAACTAAGATTACA
Gri2	-----CAATAATAATAATAGTGATAGGAGTTGAAGAGCTT----------------------AAATGTAAACTGATAATT-------GTAT-ATACAAAGTTGAAAATGTC

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miR-982   chrX:4211022-4211155

Species	Sequence
dm2	AATCATGTTAGATCCTGGACAAATATGAAGTAAATTGTTTTTATGCATC----AATTACTTGATATTCATCCTTGAACTAAATGGTTTTA
Sim1	AATCATGCTAGATCATTAACAAGTATCATGTAAATTGAATTTTTGTATATATCAATTACATGTTATTCGTTCTTGAACTTAATGGTTTTA
Sec1	AATCATGCTAGATCAAGAACAAATATCATGTAAATTGCTTTTTTACATA----AAATACAGGATATTCGTTCTTGAGCTTAATGGTTATA
Yak2	AATCATGCTAGATCTTGGAAAAATATCTAATAGATGGTTTTTATACATC----AATCAATTGATATTTTTCCTTGAACTAAATGGGTTTA
Ere2	AAATAAAAGCAGTCCAGATCATGGAAAAATATCAAATAGATTGTTTTATTTCAGTCCAAACAATACAT-----AATCACGCGAGTCATAG
Ana3	=============================================TTT--------------GTGGATC----GATTT------------
dp4	==========================================================================================
Per1	AAATGAAATTTTGCTGATTC-------AAAATCAATTAAATTAGT---------------------------------------------
Wil1	==========================================================================================
Vir3	==========================================================================================
Moj3	AACT-TGTTCGATTTGGCCTCTGGGTAGACTCTATATATGTAAATTAT--------------ATATATC----TAATC------------
Gri2	==========================================================================================

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miR-983-1   chrX:4213545-4213636

Species	Sequence
dm2	TGCAATAATTAAATAATACGTTTCGAACTAATGATTTTCAGTTCATTCATTAGGTAGTTACGCATTATCTAGTTGTTGTAAA
Sim1	TGCAGTAATTTAGTAATACCTTTCGAACACATGATTTTCAGT-CATTCATGAGTTCGTCAGGTATTATCTAGTTATTGTAAA
Sec1	TGCAGTAATTTAGTAATACCTTTCGAACATATGATTTTCAGT-CATTCATGAGTTCGTTAGGTATTATCTAGTTATTGTAAA
Yak2	----------------------------------------------------------------------------------
Ere2	TACAGTGATTTAATAATTCGATTCGAAGTTATGTGCTTTAAT-CATTCATAAATGCGAAACGGATTATTAAGTTATTGTTAA
Ana3	==================================================================================
dp4	==================================================================================
Per1	==================================================================================
Wil1	==================================================================================
Vir3	==================================================================================
Moj3	TAAAATAACTAAATAAT-----TAAAACCAAAACCTATCAATTTAATCAATAAA-CGAAATTTGTTATCTAGCT---TTAAG
Gri2	==================================================================================

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