Sequence alignments and conservation for all raw sequences. n = 165


Color Code:    mir sequence   mir* sequence   predicted mir*   mutation

bantam   chr3L:625719-625840
Species Sequence
dm2 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Sim1 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Sec1 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Yak2 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Ere2 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Ana3 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTTATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
dp4 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTTATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Per1 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTTATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Wil1 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Vir3 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TATTTCATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Moj3 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTGTTTTTTTATACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT
Gri2 TTGACTACGAAACCGGTTTTCGATTTGGTTTGACTG-TTTTTCAGACAAGTGAGATCATTTTGAAAGCTGATTTTGTCAATGAAT

let-7   chr2L:18467942-18468060
Species Sequence
dm2 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTAATTA-CACATCATACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAC
Sim1 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTAATTA-CACATCATACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAC
Sec1 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTAATTA-CACATCATACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAC
Yak2 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTAATTA-CACATCATACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAC
Ere2 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTAATTA-CACATCATACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAC
Ana3 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGCAACTA-AGAATCGTACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACAAT
dp4 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTACTT--CAGATCGTACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAT
Per1 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTACTT--CAGATCGTACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAT
Wil1 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTAATTATTCAATCATACTATACAATGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAT
Vir3 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTATTTA-TAGAGCATACTATACAGCGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACAAT
Moj3 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTACTTA-TAGACCATACTATACAGCGTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAT
Gri2 TCTCTGGCAAATTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTAGTATCTA-TCTACCATACTATACAGCTTGCTAGCTTTCTTTGCTTGACTAT

miR-1   chr2L:20475013-20475144
Species Sequence
dm2 CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGT-TA-TATTCAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCG
Sim1 CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGT-TA-TACTCAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCG
Sec1 CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGT-TA-TACTCAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCG
Yak2 CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGTATA-TACTCAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCG
Ere2 CCTGTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGT-TA-TACTCAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCG
Ana3 CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGTATA-ATATCAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCA
dp4 CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGTATA-ACATAAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCA
Per1 CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGTATA-ACATAAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCA
Wil1 CTCTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGTATATTAAATAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGTC
Vir3 CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTACATTCAATAGTATT-CAAATAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCG
Moj3 CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGTATT-TATATAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCG
Gri2 CCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGTATA-TAAATAAGCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCG

miR-10-3p   chr3R:2635207-2635324
Species Sequence
dm2 TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Sim1 TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Sec1 TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Yak2 TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGTTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Ere2 TGCTCTACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Ana3 TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGTTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
dp4 TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTACATTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Per1 TGCTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTACATTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGTTCAAT
Wil1 TGTTCTACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTTTATACTAGTTTTTAAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTAAGTGGTTCAAT
Vir3 TGTTCCACGTCCACCCTGTAGATCCGAATTTGTTGTACACTAGTTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTCTGTGGCTCATT
Moj3 TGTTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTGTACCATAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTATGTGGCTCATT
Gri2 TGTTCCACGTCTACCCTGTAGATCCGAATTTGTTGTACACTAGCTTT-AAGGACAAATTCGGTTCTAGAGAGGTTTGTGTGGCTCAAT

miR-100   chr2L:18467342-18467482
Species Sequence
dm2 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Sim1 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Sec1 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Yak2 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Ere2 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Ana3 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTTTATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
dp4 ACCATTAACAGAAACCCGTAATTCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Per1 ACCATTAACAGAAACCCGTAATTCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Wil1 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Vir3 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Moj3 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTATATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA
Gri2 ACCATTAACAGAAACCCGTAAATCCGAACTTGTGCTGTTTTTTATCTGTTACAAGACCGGCATTATGGGAGTCTGTCAATGCAAA

miR-954   chr4:646355-646482
Species Sequence
dm2 AACACAAGATTTTCTGGGTGTTGCGTTGTGTGTACCTGTGTACAGGCGTATTCACATGCAACATCCCTTACATCTTGCT-----------TGA
Sim1 AACACAAGAATTTCTGCGCGTAGAGTTTTGTGTACATGTGTACGTGCGTATTCACATCCAACATCCCTGACGTCTTGCT-----------TGA
Sec1 AACACAAGAATTTCTGCGCGTAGAGTTTTGTGTACATGTGTACGTGCGTATTTACATCCAACATCCCTGACGTCTTGCT-----------TGA
Yak2 AACACAAGATATTCTACGCGTTGTGTTTTG--------------------TGTACATGCAACATCCCTGACGTCTTGCG-----------CGA
Ere2 AACACAAGATATTCTGCGCGTTGTGTTTTG---ACAT----------GTATGTACATGCAAC--------CGTTATGCGTTCCAAGGACCCTA
Ana3 --------=====================================================================================
dp4 =============================================================================================
Per1 =============================================================================================
Wil1 --------=====================================================================================
Vir3 =============================================================================================
Moj3 ATTAGAAG=====================================================================================
Gri2 =============================================================================================

miR-955   chr3L:3282566-3282703
Species Sequence
dm2 GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCC---TGTGTTTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGAACGGTAGAGATGGTACGCTTA
Sim1 GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCC---TGTGTTTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGCACGGTAGAGATGGTACGCTTA
Sec1 GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCC---TGTGTTTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGCA---GAGAGATGGTACGCTTA
Yak2 GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAAGTTTGAGTGTCC---TGTGTGTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGAACGGTAGAGATGGTACGCTTA
Ere2 GCTAATCAACTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCT---TGTGTGTTGCCTAATCGCATTCAATTTCTGAACGGTAGAGATGGTACGCTTA
Ana3 GCTCATCAGCTCCATCGTGCAGAGGTTTGAGTGTCT---AAT-TTTTAACCATTCGCATTCAACCTTTGGACGGTAGAGATGGTCAGTGAG
dp4 --------------TCCTGCAGGGGTTTGAGGGTCC---TGTGTCTTG===========================================
Per1 --------------TCCTGCAGGAGTTCGAGGATCC---TGGGTCTTG===========================================
Wil1 GTTGGCTGGCTCCATCGTGCTTAGGTTTGAGTGTCTTCGTTTGTTTTCTCTAATGGCATTCAACCTTGGAGCGATAGAGACGGCCAATCGA
Vir3 GTTAGCTAGCTCCATCGTGCACAGGTTTGAGTGTT----TGAGTTTTTCCTAGTGGCATTCAACCTTTGAACGGTAGAGATGGCCAACTGA
Moj3 GTTAGCGAGCTCCATCGTGCACAGGTTTGAGTGTT----TGTGTTTGG-CTAGTCGCATTCAGCCTTTGAACGGTAGAGATGGCCAACTGA
Gri2 GTTGGCGAACTCCATCGTGCACGGGTTTGAGTGTC----TGAGTTTGC-CAAGTGGCATTCAGCCCCTGGACGCTAGAGATGGCCAACTGA

miR-190   chr3L:8545725-8545865
Species Sequence
dm2 ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTTCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACCCTCG
Sim1 ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTATCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACCCTCG
Sec1 ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTTCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACCCTCG
Yak2 ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTTCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACCCTCG
Ere2 ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTTCATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTAGCCTTCG
Ana3 ATGGTTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGACTCTCG
dp4 GGGATTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAGAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATACCCG
Per1 GGGATTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAGAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATACCCG
Wil1 ATGGTCCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATCGTCG
Vir3 ATGATTCCAGTAAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATTGTTG
Moj3 ACGATTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATCGCTT
Gri2 ATGATTCCAGTGAGATATGTTTGATATTCTTGGTTGTTACATTCAAAAGTTCACCCAGGAATCAAACATATTATTACTGTGATTGTTG

miR-193   chr3L:21507834-21507982
Species Sequence
dm2 CCCTTATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Sim1 CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Sec1 CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Yak2 CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Ere2 CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTACATAGCCATATTTATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Ana3 CCCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATATTGCCATATTCATAAATTCTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
dp4 CACCCATTATAGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATACAGCCGTATTAATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Per1 CACCCATTATAGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTATACAGCCGTATTAATAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Wil1 CGCCCATTATGGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGCTACAAGTCAAAAATTTATTATCATCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-CATAATGAGAGTA
Vir3 CTCCCATTATA-TTGAGACTTAGTAGGCCAGTAGAAGATTTACGATACATATATATA-TCAATAA----CTGCTGATCTAAAAAATCCCAACTATAATGAGGGCA
Moj3 CCCTCATTATAGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGATAAATAT---TA-TCATAAGTTCTCTACTGGCCTACTAAGTCTCAA-TATAATGGGAGTA
Gri2 CCCTCATTATAGTTGGGATTTTTTAGATCAGCAG----TTATTGATAAAGACCTTTA-TCGTAAATCTTCTACTGGCCTACTAAGTCCCAA-TATAATGGGAGTA

   chr3L:22878937-22879065
Species Sequence
dm2 TCTGCCA------------------AGAAACG--CTATCCAAGTAT--TTTGgtacgtatgtatgtatgtacataca--tgtgtatatg-------gtacat---tcatgtagt--------------------acatacatacatatgtatgcaagtacgtacgAACGC------------TCG---------ACAA---TTCCT-------
Sim1 TCTGCCA------------------AGAAACG--CTATCCAAGTCG--TTTGgtac----atatgtatgtacatgca--tgtgtatatg-------gtacat---tcatgtag----------------------------tacatatgtatgcaagtacgtacgGACGC------------TCG---------ACAA---TTCCT-------
Sec1 TCTGCCA------------------AGAAACG--CTATCCAAGTCG--TTTGgtac----atatgtatgtacatgca--tgtgtatatg-------gtacat---tcatgtag------------------------tacatacatatgtatGCAAGTACGTACGGACGC------------TCG---------ACAA---TTCCT-------
Yak2 ATTGCCA------------------AGAAACG--CTATCCAAGTAG---TTGGTAC----at----atgtacatgca--tgtgtatatg-------gtacat---tcatatac-------------------------------atatgtacatacatacgtaCGTTCGC------------TCG---------ACAA---TTCCT-------
Ere2 TTTGTCA------------------AGAAACG--CTATCCAAGT-----TTGGtac----atataaatgtacgtcca--tgtgtatatg-------gtacat---tcatatac-----------------------atatttatatatgtacatacatacgtacgtacGC------------TCG---------ACAA---TTCCT-------
Ana3 GTTGATA------------------AAAAAAAACCtataca--------tacatac----atatgtacaaatatacaactatatttatgattatatgtatgt---ttgtgtatt------------atatcaagacatacatatgtacgtgcataaataactacatatgt------------acatatatgtatataaatTTCCCT-------
dp4 TTTGGCCaaataaattaatcaatacataaata--ataaaataatatGTAGATGTAT----GGATGTATGTACATATG--TGCATCGATC-------ATGAAC---TAAGCGGCTCTCAGCTGTAGGGTATTGCATTGCCATCGC---TGTCGCCAA----GAAGAAACGGCGAACCGAACCCTCA---------ACAA---TTCGTCCATCGG
Per1 -------------------------ACAAACA--AGAA----------Atatgtat----gtatgtatgtacatata--tatgtaGAT--------GTGTACATTTCAGACACACAAAACCAAAACAAAACGCTTTATTTTTACATATGTATGTAA--------------------------TCA---------ACAA---TTCGTCCATCGG
Wil1 =====================================================================================================================================================================================================================
Vir3 =====================================================================================================================================================================================================================
Moj3 =====================================================================================================================================================================================================================
Gri2 =====================================================================================================================================================================================================================

   chr3L:9707600-9707733
Species Sequence
dm2 ACTGGGTTCTG-CC----GCTTT---TGCTGTGGCTTCTCTGCATGGGATTCCCCATTCTGCATGGCGCC--GATCTCTGCCAGCCCATCGGATGGCGGAACTTCCAGTGCAGCGAGGTCGCTTCTCTGCAGGATCTGGTGGA
Sim1 ACTGGGTTCTG-CC----GCTTT---TGCTGTGGCTTCTCTGCGTGGGATTCCCCATACTGCATGGCGCC--GATCTCTGCCAGCCCATCGGCTGGCGGAACTTCCAGTGCAACGAAGTCGCCTCGCTGCAGGATCTGATGGA
Sec1 ACTGGGTTCTG-TC----GCTTT---TGCTGTGCCTTCTCTGCGTGGGATTCCCCATCCTGCATGGCGCC--GATCTCTGCCAGCCCATCGGCTGGCGCAACTTCCAGTGCAACGAAGTCGCCTCGCTGCAGGATCTGGTGGA
Yak2 ATTGGGTTCTG-CC----GCTTT---TTCTGTGGCTTCTCTGCGCGGGATTCCCCAGCCTGCATGGTGCC--GATCTCTGCCAGCCCATCGGCTGGCGGAACTTCCAGTGCAACGAGGTCGCTTCTCTGCAGGATCTGGTCGA
Ere2 ATTGGGTTCTG-CC----GCTCT---TTCTGTGCCTTCTCTGCGCGGGATTCCCCAGCCTGCATGGAGCT--GATCTCTGCCAGCCCGTCGGGTGGCGGAACTTCCAGTGCAACGAGGTCGCTTCTCTGCAGGATCTGGTCGA
Ana3 AATGGACTCTG-TT----GCCTTGCTTTTTGTGGCTCTTCTCGAAGGGGCTTCCC--TCCACAAGAGCTCAAGATCTTTGCCAGCCCCGAGGTTGGCGCAACTTCGAGTGCCTTGAAGTGGCTTCTCTGCAGGATCTAGTGGA
dp4 ATTGGGTTTTGTCC----GCTCT-------GTGGCTCTGCTGCAGGGGCTTCCCC---CAGGTCGGGGCT--CTTCCCTGCCGGACTCTGGCCTGGCGCAGCTTCGAGTGTCGTGAATTAGCCAGTCTGCAGGATCTGTCTGA
Per1 ATTGGGTTTTGTCC----GCTCT-------GTGGCTCTGCTGCAGGGGCTTCCCC---CAGGTCGGGGCT--CTTCCCTGCCGGACTCTGGCCTGGCGCAGCTTCGAGTGTCGTGAATTAGCCAGTCTGCAGGATCTGTCTGA
Wil1 AGTGGTTTTGG-CC----GTTGG---CTTTATGGCTTGTATGTCGGTGCTTCCCG---CGGTGCACAGCT--CAAGTCTGTAATCCCCGCGGCTGGCGTAACTACGAATGCAGCGAATTGGCTAGTCTAGAGGATTTAATAAA
Vir3 AACAG-TTCTG-GACTTGGTCAG---TTCTCTGGCTGCTCTGCTGGGCTGTGCCC---CGTGCGTTGGCG--CAGTTGTGCGAGGCGCAGGGCTGGCGCAGCTTTGAGTGCCGCGAGCTGGGCAGCCTGCAGGAGCTGATCAA
Moj3 AACCT-TTGCG-CCTAGGTCCAG---TCCTCTGGCTGCTGTGCTGCGGCCTTTCC---CAGGTGCTGAGT--CAGATATGCGAGGCTCAAGGCTGGCGCAGCTTCGAGTGTCGTGAGCTGAGCAGCCTGAAGGAGCTGAAGAA
Gri2 ------TTCTA-CACTTGGCCAA---TTCTTTGCCTGCTCTGCTTTGGGTTTTCC---CCTGGATTGGCT--GTGGTCTGTGAGGCTCAAGGCTGGCGTAGTTTTGAGTGCCGCGAATTGAGCAGCCTGCAGGAGCTGATCGA

miR-957   chr3L:22452016-22452152
Species Sequence
dm2 TCCACAATAGACCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTGGGGAG---TT-CTATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GAGGC
Sim1 TCCACAATAGACCTTAATTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTGGGGAG---TT-CTATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GAGGC
Sec1 TCCACAATAGACCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTGGGGAG---TT-CTATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GAGGC
Yak2 TCCACAATAGACCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTGGGGAG---TT-ATATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GAGGC
Ere2 TCCACAATAGACCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTGGGGAG---TT-CTATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GAGGC
Ana3 CCTACAATGGCCCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCAGGGGAG---TT-CTATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GAGGC
dp4 TCCACAATGGACCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTGGGGAG---TTGATATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GCGGC
Per1 TCCACAATGGACCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTGGGGAG---TTGATATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAACTGT-GCGGC
Wil1 TCCGCAATGGACCTTAGTTTTCGACGTGTTTTGGTGTGCTTAGGAAGTTTT-CTATTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAATTGTTGTGAT
Vir3 CCCACAATGGTTCTTAGTTTTAGACGTGTTTTGGTGTGCTTGA-AG---TT-TTGTTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCGATTGT-GAGGT
Moj3 CCCACAATGGATCTTAGTTTTAGACGTGTTTTGGTGTGCTTGGGAG---TT-TTGTTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAATTGT-GAGGC
Gri2 CCCACAATGGATCTTAGTTTTAGACGTGTTTTGGTGTGCTTGGGAG---TT-TTGTTCCGATTGAAACCGTCCAAAACTGAGGCCAATTGT-GTGGT

miR-958   chr3L:22603109-22603241
Species Sequence
dm2 GTGTCTATGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTTAATTCA-ATCTGCTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAA-CACCCG
Sim1 GTGTCTTTGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTCAATTCA-ATCTGCTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAA-CACCCG
Sec1 GTGTCTTTGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTCAATTCA-ATCTGCTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAA-CACCCG
Yak2 GTGTCTTTGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTTAACTCA-ATCTGCTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAA-CACCCG
Ere2 GTGGCTTTGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTCCATTCA-ATCTGCTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAA-CACCCG
Ana3 GGGTTTTTAGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACAGGTTCC-TTTA-ACCCACTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGAGAAA-CACCCG
dp4 GTGTATTTGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTCCATTCA-ATCCGCTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAAACACCCG
Per1 GTGTATTTGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTCCATTCA-ATCCGCTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAAACACCCG
Wil1 GTGTCTTTGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTTCCCTTTACAACCGGTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-AAAGCACCCG
Vir3 GTGGAT-TGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTACAATTCA-ACCTAGTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAAACACCAG
Moj3 GTGGAT-TGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTACCATTTG-ACCGAGTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAAGCACCAG
Gri2 GTGGAT-TGGCAAGTAGAATAGCAGGCTTATCACATGTAACATTCG-ACATGGTGTGAGATTCTTCTATTCTACTTTCGA-CAAACACCAG

miR-375   chr2L:857521-857652
Species Sequence
dm2 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATGCAAACTGTG---A------TC--------------ATCCCGAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGTCCG
Sim1 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATGCAAACTGTG---A------TC--------------ATCCCGAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGTCCG
Sec1 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATGCAAACTGTG---A------TC--------------ATCCCGAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGTCCG
Yak2 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATGCAAACTGTG---A------T----------------GCCTAGTAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGTCCG
Ere2 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATGCAAACTGTG---A------T----------------GCCTAGTAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGTCCG
Ana3 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATTCAAACTGTG---A------TCGC-----------AATGCTAGAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGTCCG
dp4 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAGGGGAATTCAAACTGTG---A------TCGC-----------AATGCAAAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGCCTC
Per1 AGGCAGCGAATTACTTGGGCCAGGGGAATGCAAACTGTG---A------TCGC-----------AATGCAAAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGCCTC
Wil1 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATTCAAACTGTG---AATTATTTCAA-----------AATGCAAAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGTCCG
Vir3 GGGCAGCAAATTACTTGGGCCAAGGGAATGCAAACTGTC---A------ACGC-----------ATTGCAATAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGCCCA
Moj3 GGGCTGCGAATTACTTGGGCCAAGGGAATGCAAACTGTTCGAA------AAGC-----------ATTGCAAAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGCCCG
Gri2 GGGCAGCGAATTACTTGGGCCAAGTGGATGTAAACTGTG---A------AAGCGCATTTTGCATATAACAAAAAGTTTGTTCGTTTGGCTTAAGTTATTTTCATGCCCG

miR-959   chr2L:5640919-5641057
Species Sequence
dm2 T------------GTTCTATATTCTTAGTACTCGGGTTGATAAAGACCTTTTCTT---CAGGGAGCCTTTGTCATCGGGGGTATTATGAAATATAGTTTAAA
Sim1 T------------GTTCTATATTCTTAGTACTCGGGTTGATAAAGACCTTTTCTT---TGCGGAGCCTTTGTCATCGGGGGTATTATGAAATATAGTTTAAA
Sec1 T------------GTTCTATATTCTTAGTACTCGGGTTGATAAAGACCTTTTCTT---TGCGGAGCCTTTGTCATCGGGGGTATTATGAAATATAGTTTAAA
Yak2 T------------GTTCTATATTCTTAGTACTCGGGTTGACAAAGACCTTTCCTT----GCGGCGCCTTTGTCATCGGGGGTATTATGAAATATAGCTCAAA
Ere2 T------------GTTCTATATTCTTAGTACTCGGGTTGACAAAGAGCTTTCCTT----GCGGCGCCTTTGTCATCGGGGGTATTATGAAATATAGCTCAAA
Ana3 T------------GTTCTATATTCTTAGTACTCGGGTTGATAAAGACCTTTCCTG----GAGCCGCCTTTGTCATCGGGGGTATTATGAAATATAGCTCAAA
dp4 TTTTTTTGTTTTGGTTCTATGTTCTTAGTACTTGGGTTGATAAAGACCACTCGTAGTGTGAGAAGCCTTTGTCATCGCGGGTATTATGCAACATAGCTCAAA
Per1 TTTTTTTGTTTTGGTTCTATGTTCTTAGTACTTGGGTTGATAAAGACCACTCGTAGTGTGAGAAGCCTTTGTCATCGCGGGTATTATGCAACATAGCTCAAA
Wil1 T------------GTTCTATATTCTTAGTACTCGGGTTGATAAAGACAAAATGTT-TACCAATCGCCTTTGTCATCGGGGGTATTATGAAATATAGCTCAAA
Vir3 ======================================================================================================
Moj3 ----C-------TTT----------AAGTTG--------TGCCATTTTAAATTGAAAAAAGTG---------------------------------------
Gri2 ----CAGGAGTAGTT----------AAGTTGTAGTTTCTTACGGTTTTTTTTTTAATAACATGCTTTAGTG-----------CTTCAATGTAGG--------

miR-960   chr2L:5641042-5641175
Species Sequence
dm2 TGTACCACATTCTGAGTATTCCAGATTGCATAGC---------TTTGTGCTACTATTGCTATACGGTCTGGGACACTTTTAACATGGTATCAA
Sim1 TGTACCACATTCAGAGTATTCCAGGTTGCATAGC---------TTTGTGCTACTATTGCTGTACGATCTGGGACACTTTTAACATGGTATCAA
Sec1 TGTACCACATTCTGAGTATTCCAGATTGCATAGC---------TTTGTGCTACTATTGCTGTACGATCTGGGAGACTTTTAACATGGTATCAA
Yak2 TGTACCAGATTCTGAGTATTCCTGATTGCATAGC---------TTTGGCCTTTGATTGCTATACGGTCTGGGACACTTTTAACGTGGTATCAA
Ere2 TGTGCCAGATTCAGAGTATTCCAGATTGCATAGC---------TTTGGGCTTTGATTGCTATACGGTCTGGGACACTTTAAACGTGGCATC-A
Ana3 ---------------------------------------------------------------------------------------------
dp4 tgtgCTATATTCTGAGTATTGCCTCCTGTTGTAGTTGTGGAATATTGAAATATCA--ACTATACGGTTCGGAATCCTCTAAATATGGCAGC-C
Per1 TGTTCTATATTCTGAGTATTGCCTCCTGTTGTAGTTGTGGAATATTGAAATATCA--ACTATACGGTTCGGAATCCTCTAAATATGGCAGC-C
Wil1 TATGCTAAATTCTGAGTATTCCTGATTGCATAGT---------GTGTATTTGATACTACTATACGGTCGGGGAAACTTTTAACATGGC-CCAA
Vir3 =============================================================================================
Moj3 CATGC-----TTTGAGTATTCCTTATTGCATAGT---------TTACATATA--ATTACTATACAGTCTGGAGCACTTAAAGTTGGGCATAGA
Gri2 TATGCTAAATTCCAAGTATTCCTTATTGCATAGT---------TTATAATTG--AATACTATACAATCTGGCGTTCTTAGAATTTGTCATAAG

miR-961   chr2L:5641170-5641299
Species Sequence
dm2 GGCCGAGTTACCTTTGATCACCAGTAACTGAGATT--GTTTCTGATACGGTTTCGTTTTCTGGCAATC-AAAAGAACTTGGACT------------------CG
Sim1 GGCCGAGTTACCTTTGATCATCAGTAAGTGAGATT--GTTTCTGATACGATTTCGTTTTCTGGCAATC-AAAGGAACTC-GACT------------------CG
Sec1 GCCCGAGTTACCTTTGATCACCAGTAAGTGAGATT--GTTTCTGATACGATTTCGTTTTCTGGCAATC-AAAGGAACTC-GACT------------------CG
Yak2 GGTCGAGTTACCATTGATCACCGGTTACTGAGGTT--GTTCCTTCTTTGGCTTCGTTTTCTGGCGATC-AAAAGAACTC-GACT------------------CG
Ere2 GGTCGAGTTACCATTGATCACCGGTTACTGAGGTT--GTGCCACATTCGGCTTCGTTTCCTGGCGATC-AAAAGAACTC-GACT------------------CG
Ana3 GTCCGAGCACTATTTGATCACTGGTTACTGAGGTT--GTTTTGTCATAAGCTTCGTTTTCTGGCGATC-AAATACGCTC-GACT--------------------
dp4 GTCAGAGTTTGATTTGATCTCTAGTTACTGGGCTTTGATTCGAAATAAGGCTTATTATTCTAGTGATTGAAATGAACTC-GACT------------------CG
Per1 GTCAGAGTTTGAGTTGATCTCTAGTTACTGGGCTTTGATTCGAAATAAGGCTTATTATTCTAGTGATTGAAATGAACTC-GACT------------------CG
Wil1 GTTTGAGTTTACATTGATCACTGGTTAGTGAGGTTCAAAGTCAGACCCAACTTCGTTATCTGGCGATC-AAATAAACCT-GGCTTACAAAAGCTATAATTGCTG
Vir3 ========================================================GTTTCATTTTTCAGTGAAT-TAAACAACTC--AAT-------------
Moj3 G-------TTTTCATTTAAATGTATTCCGGTCTATGGCGTTT--ACG-----------GTCGTTTTGTCGT-----------ACTC------------------
Gri2 GCCACATCTCTGAATTGAATTGGATTCGTTTTACTTTCTTTT--ATT---------GTTCAGTTCTTTTAA-----------ATTT-CAGT-------------

miR-962   chr2L:5641277-5641409
Species Sequence
dm2 GGCA-CTCAGGCTATAAGGTAGAGAAATTGATGCTGTC---------------TACACTATTCAGACTTCAGTTTCATTACCTTTCAATTTGTTTGCCC
Sim1 GGCG-CTCAGGCTATAAGGTAGAGAAATTGATGTTGTC---------------TACACTATTCAGACTTCAGTTTCATTGCCTTTCAATTTGTTTGCCC
Sec1 GGCA-TTCAGGCTATAAGGTAGAGAAATTGATGTTGTC---------------TACACTATTCAGACTTCAGTTTCATTGCCTTTCAATTTGTTTGCCC
Yak2 GGCA-CACAAGCTATAAGGTAGAGAAATTGTTGTCTTC---------------CACACTATTCAGACATCAGTTTAACTATCTTTCAATTTGTTTGCCC
Ere2 GGCA-CTCAAGCTATAAGGTAGAAAAATTGTTGTCTTC---------------CACACTATTCGGACTGCAGTTTAACTATCTTTCAATTTGTTTGCCC
Ana3 GGCA-CTCAAGCTATAAGGTAGAGAAAATAATGTCTTC---------------GTCTCCAAATAGACATCAATTTCCCTAGCTTGCATTTTGCCTGCCC
dp4 AGCA-GTCGTGTTTTAAGGTACAGACTTTGAGTCTATT-------------------CTA----GGCATCAATTTTCGTATCTTTTAATTCGTCTGGCG
Per1 AGCA-GTCGTGTTTTAAGGTACAGACTTTGAGTCTATT-------------------CTA----GGCATCAATTTTCGTATCTTTTAATTCGTCTGCCG
Wil1 GACC-CTCAAGTTATAAGGTAGAGAAAATGTTGTCTTTATATTTG------TAACAATTGTTAAGACATCACTTTCACTAGCTTTCAATTTGTCTGCTC
Vir3 GGCGCCTCAAATTATAAGGTAGAGAAATTGTTGTCTACTTTACATATGGT------------GAGACATCAA-TTCACTAGCTTTCAATTTGTACGCCC
Moj3 AGCG-CTCAAGTTATAAGGTAGAGATATTGTTGTCTTTTTGCATATAGCACTCTGTTATG-AAAGACATCAA-TTCACTAGCTTTCAATTTGTACGCTT
Gri2 AGCT-CTCAGATTATAAGGTAGAGATTTTGTTGTCTTC-----TATTATA-----------AAAGACATCAA-TTCACTAGCTTTCAATTTGTATGCTC

miR-963   chr2L:5641969-5642098
Species Sequence
dm2 GTCTAATCTAAAACAAGGTAAATATCAGGTTGTTTCCTGTATTC---GATCGAAACATCTGTATATACCTTTGTTCCGATT-GGACAAAA
Sim1 GTCTAATCTAAAACAAGGTAAATATCAGGTTGTTTCCTGTATTA---GATCGAAACATCTGTATATACCTTTGATCCGGTT-GGACAAAA
Sec1 GTCTAATCTAAAACAAGGTAAATATCAGGTTGTTTCCTGTATTA---GATAGAAACATCTGTATATACCTTTGATCCGGTT-GGACAAAA
Yak2 GTCTAATCTAAAACAAGGTACATATCAGGTTGTTTCCTATATTGGATGATCGAAACATCTGTATATACCTTTGTTCCGAAT-GGACGAAA
Ere2 GTCTAATCTAAAACAAGGTACATATCAGGTTGTTTCCTGTATTGGATGATCGAAACATCTGTATATACCTTTGTTCCGAAT-GGACGAAA
Ana3 ATTTAATCTAAAACAAGGTACATATCTGGTTGTTTCCTATATTCAAAGTTTGAAACATCTGTATCTACCTTTGTTTCGATT-AAACTAAA
dp4 -------TTAATACAAG---------TGGCT----------------GATTGGAAGG--------GATCCCCGTGCCAAAT-AGA-----
Per1 -------TTAATACAAG---------TGGCT----------------GATTGGAAGG--------GATCCCCGTGCCAAAT-AGA-----
Wil1 TTCTAGTCTAAAACAAGGTACATATCAGGTTGTTTCGTATATTTGAAGCCTGAAACATCTGTATCTACCTTTGTTTCGAATAGGACTAAA
Vir3 ATCTAATCTGAAACAAGGTACATATCAGAGTGTTTCTTAAATTTGATTATTGAAACCTCTGTATATACCTTTCATTGGATT-AAACTGAT
Moj3 GTCTAATCTAAAACAAGGTACATATCAGAGTGTTTCCCGTATTCGAGTTTTGAAACCTCTGTATATACCTTTCATTAGATT-CAACCGAA
Gri2 GTCTAATCCAAAACAAGGTACATATTAGAGCGTTTCCTATCTTTGAGTATTGAAACCTCTGTATATACC-TTCATTCGATT-CGACTGAT

miR-964   chr2L:5642081-5642221
Species Sequence
dm2 GTCCAACTTGCCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTT-----AT------GTTTTTGATGTTTAAGTTAAAAGCCTCTGTTCTAAGACAATTTGATGA
Sim1 GTCCAACTTGCCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTT-----GT------GTTTTTAATGTTTAAGTTAAAAGCCACTGTTCTAAGACAATTTGATGA
Sec1 GTCCAACTTGCCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTT-----GT------GTTTTTAATGTTTAAGTTAAAAGCCACTGTTCTAAGACAATTTGATGA
Yak2 GTCCCACTTGTCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTT-----AT------GTATATCATGTATAAGTTAAGAACCTTTATTCTAAGACAATTCGACTA
Ere2 GTCCCACTTGTCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTT-----GT------GTGTGTTATGCTTAAGTTAAGAGCCTTTATTCTAAGTCAATTCGACTG
Ana3 GTCAAACTTGTTTTAGAATAGGGGAGCTTAACTT-----ATTGGAGAGTTGATA----TTAAGTTAAGATCCCTAATTCTAAGATAATGTGACCA
dp4 GCCAAAACTATCTTAGATCGAAGGTTCCTGGCTT-----AC------AGGGATTTGATGTAAGTTAAGAACCTCCGCTCTAAGCTAGTATGGCTA
Per1 GCCAAAATTATCTTAGATCGAAGGTTCCTGGCTT-----AC------AGGGATTTGATGTAAGTTAAGAACCTCCGCTCTAAGCTAGTATGGCTA
Wil1 GTCAAACTTGTCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTT-----AT------ATTGTTTTGCTTAAAGTTAAGAGCCTCAATTCTAAGATAATGCGACTA
Vir3 GTTTAACTTATCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTTT----GT------ATG---AACATTTAAGCTAAGAGCCTCAATTCTTAGATAATGCGACTA
Moj3 GTTCAACTTATCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTTA----AT------CTG---AACACTCAAGCTAAGAGCCTCGATTCTTCGATAATGCGACTA
Gri2 GTCAAACTTATCTTAGAATAGGGGAGCTTAACTTTTATCAT------ATT---AGCGCTCGAGCTAAGATCCTCAATTCTTGGATAAGGCGACTA

miR-932   chr2L:6902041-6902172
Species Sequence
dm2 GTTTTGAAGTTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTGTGTT----TCATTATTTACTGCAAGCGCTGCGGATTTGGCAACTTTGACGACC
Sim1 GTTTTGAAGTTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTGTGTT----TAATTATTTACTGCAAGCGCTGCGGATTTGGCAACTTTGACGACC
Sec1 GTTTTGAAGTTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTGTGTT----TAATTATTTACTGCAAGCGCTGCGGATTTGGCAACTTTGACGACC
Yak2 GCTTTGAAGTTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTGTGCT----TAATTATTTACTGCAAGCGCTGCGGATTTGGCAACTTTGACGACC
Ere2 GTTTTGAAGTTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTGTCTT----TACTTATTTACTGCAAGCGCTGCGGATTTGGCAACTTTGACGACC
Ana3 GTTTCGAGACTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTGTTTT----TAAACTACAACTGCATGCTCTGCGGACTTGGCAGATTTGAAGACC
dp4 GTGTCGTGGCTCTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTTTAATATAATTATCAACAACTGCAAGCGCTGTGGACTTGGCAGCTCCGATAGCC
Per1 GTGTCGTGGCTCTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTTTAATATAATTATCAACAACTGCAAGCGCTGTGGACTTGGCAGCTCCGATAGCC
Wil1 GCATTGTAGCTATCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTTGGTA----CTAGAAAATACTGCAAGCGCTGCGGACTTGCTAACTCTGATG---
Vir3 GCAGCGAAACTCTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTTGATT----TTAGGAATTACTGCAAGCGCTGCAGAATTGGCAGCTCCGCTGACC
Moj3 GCTGCGTAACTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTTGATT----TAAGGAATTACTGCAAGCGCTGCAGAATTGGCAGCTCCGTTGACC
Gri2 GCAATGTAACTTTCAATTCCGTAGTGCATTGCAGTTGATT----TAAGCAACTACTGCATGCCCTGCAGAATTGGCAGCTCTGTTGACC

   chr2L:214287-214424
Species Sequence
dm2 GCTCATGGCTGCTGCCGGGCCAACTCTTGGCGGATTAACTGGTGCATCCGGAGGAGCGGGCTCCGGCAAGAGCCAGGCGCAG
Sim1 GCTTATGGCTGCTGCCGGACCAACTCTTGGCGGATTAAGTGGTGCATCCGGAGGAGCGGGATCCGGCAAGAGCCAGGCGCAG
Sec1 GCTTATGGCTGCTGCCGGACCAACTCTTGGCGGATTAAGTGGTGCATCCGGAGGAGCGGGATCCGGCAAGAGCCAGGCGCAG
Yak2 GCTCATGGCTGCTGCCGGGCCAACTCTTGGCGGATTAGGTGGTGCATCCGGAGGAGCGGGCTCCGGCAAGAGCCAGGCGCAG
Ere2 GCTCATGGCTGCTGCCGGACCATCTCTTGGCGGATTAAGTGGTGCATCCGGAGGAGCGGGCTCCGGCAAGAGCCAGGCGCAG
Ana3 GCTGATGGCTGCTGCCGGACCATCGCTTGGAGGACTGACAGGCAGTTCCGGAGCGGCGGGATCCAGCAAGAACCAAGGCCAG
dp4 GCTCATGGCTGCTGCTGGGCCAACCCTGGGGGGCCTCACAGGCACCTCGGGCGG---GGGTTCCGGCAAGAGTCAGTCGCAG
Per1 GCTCATGGCTGCTGCTGGGCCAACCCTGGGGGGCCTCACAGGCACCTCGGGCGG---GGGTTCCGGCAAGAGTCAGTCGCAG
Wil1 GCTCATGGCTGCTGCCGGGCCAACATTGGGTGGCCTAACGGGCAACTCTGGTGC---TGGATCCGGCAAGAGCCAGTCGCAG
Vir3 GCTCATGGCTGCTGCGGGACCAACGCTCGGCGGCCTTACAGGCAGCACGAGCGC---GGGCACCGGCAAGAGCCAGTCGCAG
Moj3 GCTCATGGCTGCTGCTGGACCAACGCTTGGCGGCCTCACAGGCAGCACAAACGC---GGGCACCGGCAAGAGCCAGTCGCAG
Gri2 GCTCATGGCTGCTGCGGGTCCAACGCTCGGCGGCCTAACCGGCAGCTCGGGCCT---CGGCACCGGCAAGAGCCAGTCGCAG

miR-965   chr2L:243014-243161
Species Sequence
dm2 TCA----ACA-TTTTGGGGGGTAAAACTGTACGTTATATGTGCCCTTCTGT-GATATTCATAAGCGTATAGCTTTTCCCCTTAAAAGTTAGAGC
Sim1 TCA----ACA-TTTTGGGGGGTGAAACTGTACGTTATATGTGCCCTTCTGT-GAAATTCATAAGCGTATAGCTTTTCCCCTTAAAAGTTAGAGC
Sec1 TCA----ACA-TTTTGGGGGGTGAAACTGTACGTTATATGTGCCCTTCTGT-GAAATTCATAAGCGTATAGCTTTTCCCCTTAAAAGTTAGAGC
Yak2 TCA----ACA-TTTTAGGGGGTTAAACTGTACGTTATATGTGCCCTTTTGT-AAA-TTCATAAGCGTATAGCTTTTCCCCTTAAAAGTTGAAGC
Ere2 TCA----ACA-TTTTAGGGGGTGAAACTGTACGTTATATGTGTCCTTCTGT-AAAATTCATAAGCGTATAGCTTTTCCCCTTAAAAGTTACAGC
Ana3 TCA----ACCCTTTTGGGGGGTCAAACTGTACGTTCTATGTGGCAATCTTA-GAAATTCATAAGCGTATAGCTTTTCCCCTTAAAAGTTGAAGC
dp4 TCA----AAA-ATTTGAGGGGTCAAACTGTACGTTCTATGTGACAATATTC-GAAATTCATAAGCGTATAGCTTTTCCCCTTAAAACTTGATGC
Per1 TCA----AAA-ATTTGAGGGGTCAAACTGTACGTTCTATGTGACAATATTC-GAAATTCATAAGCGTATAGCTTTTCCCCTTAAAACTTGATGC
Wil1 ACA----ACA--TTTATGGGGTTAAACTGTACGTTGTATGTGCAAATCTTAAGAAATCCATAAGCGTATAGCTTTTCCCCTTAAAAGTTGATGT
Vir3 ACACACAAAT-GTTTAGGGGGTCAAACTGTACGTTGTATGTGCAAATG-AT-GAAATTCATAAGCGTATAGCTTTTCCCCTTAAACGTTGATGT
Moj3 TCA----AAT-GTTTAGGGGGTCAAACTGTACGTTGTATGTGTAAACA-AT-GAAATCCATAAGCGTATAGCTTTTCCCCTTAAAAGTTGAAGT
Gri2 TCA----AAT-GTTTAGGGGGTCAAACTGTACGTTATATGTGTAAATG-AA-GAAATTCATAAGCGTATAGCTTTTCCCCTTAAAAGTTGAAGT

miR-966   chr2L:6045606-6045733
Species Sequence
dm2 CTGATCCGCTGCTGTGGGTTGTGGGCTGTGTGGCTGTGG-------TATAGGTGCCGCCAGTTGATAACCCCCAGCGTGGGCACGGA
Sim1 CTGATCCGCTgctgtgggctgtgggctgtgggctgtaaggctgtggTATAGGTGCCGCCAGTTGATAACCCCCAGCGTGGGCACGGC
Sec1 CTGATCCGCTGCTGCGGGTTGTGGGCTGTGAGGCTGTGG-------TATAGGTGCCGCCAGTTGATAACCCCCAGCGTGGGCACGGC
Yak2 CTGATCCGCTGCTGTGGGATGTGGGATGTGGGCTGTGG--------TATAGGTGCCGCCAGTTGATAACCCCCAGCGTGGGCACGGC
Ere2 -----GGCTGTAACCTGATCCCCTGCTGTGGG-----------------------CTGTGG---TATAGGTGCCGCCAGTTGATAAC
Ana3 ----TGGCAGTAACCTGATCCGCGGTTGTGG------------------------TTGTGG---TGGAGGTGCTAC---TTGATAAC
dp4 CGGGTGGCTGTAACCTGATC------TGGGAGCGGTGCAGCAGGG-------CTGCGGTGGAGTTGGAGGTGTCGGCTGTTGATAAC
Per1 CGGGTGGCTGTAACCTGATC------TGGGAGCGGTGCAGCAGGG-------CTGCTGTGGAGTTGGAGGTGTCGGCTGTTGATAAC
Wil1 GTG--GGCTGTAACCTGATC------TGGAAGCTAT--AGATGTG-------ATGATGCGG------AGGTGTCGTCAGATGATAAC
Vir3 -----TGCTGTAACTTGAAGCGCTGAT----------------------------CTGTGG------------------TTGATAAC
Moj3 =======================================================================================
Gri2 =======================================================================================

miR-967   chr2L:12459983-12460120
Species Sequence
dm2 GAC------TTGGAG-----AGCAGAGA-----------------TACCTCTG--------------------------------GAGAAGCGCGTGACCTGACCCC-AGCAG-----------GAGAACC-CAACCCGCT----TTTC------CACCTAGGTGTC----------------T---CTCTCTCTCTT------TATCT
Sim1 GAC------TTGGAG-----AGCAGAGA-----------------TACCTCCG--------------------------------GAGAAGCGCGTGACCTGACCCC-AGCAG-----------GAGAACC-CAACCCGCT----TTTC------CGCCTAGGTGTC----------------T---CTCTCTCTCTCTCACTCTATCT
Sec1 GAC------TTGGAG-----AGCAGAGA-----------------TACCTCCG--------------------------------GAGAAGCGCGTGACCTGACCCC-AGCAG-----------GAGAACC-CAACCCGCT----TTTC------CGCCTAGGTGTC----------------T---CTCTCTCTCTCTC----TATCT
Yak2 GACGGAGACTTGGAG-----AGCAGAGACAGAGA--------TGATACCTCTG--------------------------------GAGAAGCGCGTGACCTGACCCC-AGCAG--------------AACC-CAACCCGCT----TTTC------CGCCTAGATGTC----------------T---CTATCTCGCTCTCCCTCTCTCT
Ere2 GAC------TTGGAG-----AGCAGAGA--------------TGATACCTCTG--------------------------------GAGAAGCGCGTGACCTGACCCC-AGCAG-----------GAGAACC-CAGCCCGCT----TTTC------CGCCTAGGTGtc----------------t---ctcactctctctctctctctct
Ana3 GAT------TTTGAG-----AGGAGAGA-----------------TACCTC-----------------------------------AGAAGCGCGTGACCTGACCCC-GTCCGTCTGTCCATCTATGAACC-CAACCCGCT----TTTCTCCAAACACCAGAGAG--------------------------------------------
dp4 GAC------TTGGAG-----AGAAGAGA-----------------TACCCACAAGAGGCAGGCAGTGAAGTGGAGTGGAGGGAGCGAGAAGCGCGTGACCTGACCCC-AAGAC------------CGAACC-CAACCCGGT----TCTG------TTCTCCAGTGTA----------------CAGACAGGCACTCTGTATGAGTATGT
Per1 GAT------TTGGAG-----AGAAGAGA-----------------TACCCACAAGAGACGGTCCGTG-----GAGTGGAGGGAGCGAGAAGCGCGTGACCTGACCCC-AAGAC------------CGAACC-CAACCCGGT----TCTG------TTCTCCAGTGTA----------------CAGACAGGCACTCTGTATGAGTATGT
Wil1 =================================================================================================================================================================================================================
Vir3 GAA------GAAGAAGCAGAGCGAGCAA--GCAGCGTTTTGTGTCTACCTCAGAAA-----------------------------GCGAGACGCGTG-----AACCC-AAATG------------CGAACCTCGACCCGACTCGAATTC------CGACTCAACGCAAACGCTCAActgtctgt---ctgtctgtctgtctgtctgtct
Moj3 gaa------aaagaagaagcagCGGCAACAGAAACGTTTGGTGTCTACCTCAGAAA-----------------------------GCGACACGCATG-----AACCCCAAAAA------------CGAACCTCGACCCGAC-CGACTAC------CAATT-----------------------T---CTATTTGTCTGACTCTGTCTCT
Gri2 GAG------TAAAAGGAAGAAGCAGACA---------------------------A-----------------------------AAGACACGCGTG--TTGAACCC-GAAAA------------CGAACC-----------CAACTTC------AAATTCAACGCA---------------------------CTTGCCTCTG-----

miR-1002   chr2L:13747588-13747717
Species Sequence
dm2 G-------AAATTATATATTTAAGTAGTGGATACAAAGGGCGATTTG---------ATATAAAAGTGTCGCAT-TGTATGACCTACTTAACTAGCTGATTTTGT
Sim1 G-------AAATTATATATTTAAGTAGTGGATACAAAAGGCGATTTG---------ATATAAAAGTATCGCAT-TGTATGGCCTACTTAACTAGCTGATTTTGT
Sec1 G-------AAATTATATATTTAAGTAGTGGATACAAAAGGCGATTTG---------ATATAAAAGTATCGCAT-TGTATGGCCTACTTAACTAGCTGATTTTGT
Yak2 a-------aaattatatatttaaGTAGTGGATACAAAAGGCGATT-G---------ATATAAAAATGTCGCAT-TGTATGGCCTACTTAACTAGCTGATTTTGT
Ere2 A-------AAATTATATATCTAAGTAGTGGATACAAACGGCGATTTG---------GTATAAAAATGTCGCAT-TGTATGACCTGCTTAACTAGCTGATTTTGT
Ana3 TGCAAACTAAATCATGTGTTTAAGTAGGCAATACAT-GGGCGACTAA---------ATAAAATATACTCGCAA-TGTATAGCCTACATAACTAGTTGATTTT--
dp4 AAAGAACTTTC-------------GCATTGTGTGACCTACTTAAATGCTCGATTGTTTCAAGCAACCTCTAAAATCTACCTG---------GAGTAGCCCCAAA
Per1 AAAGAACTTTC-------------GCATTGTGTGACCTACTTAAATGCCCGATTGTTTCAAGCAACCTCTAAAATCTACCTG---------GAGTAGCCCCAAA
Wil1 A-------AAATGTTACACTTAAGTAGTTAATACAA-TGGCGATTCGTATTCCATTGTACA------TCGCAT-TGTGTGAGTTACTTTGTTGAGAGATTTT--
Vir3 A-------AAATTTGTCATTTAAGTAGGTCACACAATG-CGATGCAA---------GAAAA---AACTCGCCCTTGTATTAACTACTTAAGCGTTCAATTTTCA
Moj3 TAACAAACTTAAGTTGA-------ATATTATAC-----ATATATATAAAATGCA--------------TCTCG-TAAGCCAT---------ATATA--------
Gri2 A-------AAATTTAACACTTAAGTAGTTGATACAAGGGCGAGTTTC---------ATAAA---GTATCGCAT-TGTGTGACCTACTTGAATGAGAGATTTTTA

miR-968   chr2L:13747727-13747859
Species Sequence
dm2 TGGAAGCTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAAGGGTTGTTCTCAACATGC-----AAATCAACCTTTTGATGTACTACTTTAAGAATCTCCAGTT
Sim1 TGGAAGCTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAAGGGTTGTTCTCAACATGC-----AAATCAACCGTTTGATGTACTACTTTAGGAATCTACAGTC
Sec1 TGGAAGCTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAAGGGTTGTTCTCAACATGC-----AAATCAACCGTTTGATGTACTACTTTAGGAATCTACAGTC
Yak2 TGGAAGCTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAAGGGTTGTGGTCACAATA------AGATCAACCTTTTGATTTACTACTTTAGGAATCTCCAGTC
Ere2 TGGAAGCTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAAGGGTTGTGGTCACAATT------GAATCGACCGTTTAATGTACTACTTTAAGAATCTCCAGTC
Ana3 TGGCAGTTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAAGGGTCGTTAATA-TATTC-----AAAGTGACCGTTTGATGTACTACTTTAGGTAGCTCCATTT
dp4 CTGCAGCTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAGAGGTCGTCATCTAGCTA------AAATCGACCTTTTGATGTACTACTTTAAAAAAGCACAGTC
Per1 CTGCAGCTTCCTTAAGTAGTATCCATTAAGAGGTCGTCATCTAGCTA------AAATCGACCTTTTGATGTACTACTTTAAAAA-GCACAGTC
Wil1 --GCAGATTCTTTAAGTAGTAACCTTTAAAGGGTCGTTTGTCCAATTCTTTTAAAGTCGATCCTTTAAGTTACTACTTGCAGAATGTGTTTCT
Vir3 -TATTA--------TATTCAAGTATTCATTAATAA--TTAGTTTAATGCACA----------TTT------TTAGCTTTACTTTTAGACATTG
Moj3 -tttta--------atattatgaattttattttac--taaatttatGGCAGA----------GTTA-----TCATATATAATTTAATGCGTTA
Gri2 -TACT------------TTAAGTAGTACACTAAAAGGTCGGTATAATTTACAAAAACAACCTTTTA-----ATGGTTACTACTTAAGGCATAG

   chr3h:1124769-1124906
Species Sequence
dm2 TGTTttactattaagtgggtttgtatgtgtactgcgacccagtcaaatctattgtactttatacccctgtataaatgccagaactttattgggtttcagggctgcaattgttttccgtgggactacatacatgccga
Sim1 TGGTT====================================================================================================================================
Sec1 TGGTT====================================================================================================================================
Yak2 TGGTTAAATATAAAATAT--CTGAAT-----------CAAATTCaaaattattaaaattaata-----atataaaaGAAAGTGATATCTTGGgtttaa---tttaaagTTTTAGATGTGTAAGTAATTTTATTC---
Ere2 TGGTTAAATATAAATTTG--TTGTATTTG============================================================================================================
Ana3 T----TATTTTTAAGCCG--TGGTTT---TATGGTGAC----TTAAATTTTTCTTATTTT=============================================================================
dp4 =========================================================================================================================================
Per1 =========================================================================================================================================
Wil1 =========================================================================================================================================
Vir3 =========================================================================================================================================
Moj3 =========================================================================================================================================
Gri2 =========================================================================================================================================

   chr3h:1343633-1343769
Species Sequence
dm2 GGGATTCTTTTC------------------TATGGACC---TACACT-------------------GATTTGATTTGTCAGTAGTCT-------CTATAGTGTAGGTcagcgattctttgctatggacatacactatagagactactgacaaatcagtgaactgcttcaggaatcagttaatt
Sim1 =======================================================================================================================================================================================
Sec1 ataataatttacaaacctgacaaggagaattatgtagccgatgcattgtcacgtcaaaatgccttagacttgattcg-caatattccgatattgctacagtccatagcgaagaatccttgaccctgac-tacactatagagaccactgacaaaccagtaaactgcGTAA---------TAATG
Yak2 =======================================================================================================================================================================================
Ere2 =======================================================================================================================================================================================
Ana3 =======================================================================================================================================================================================
dp4 =======================================================================================================================================================================================
Per1 =======================================================================================================================================================================================
Wil1 =======================================================================================================================================================================================
Vir3 =======================================================================================================================================================================================
Moj3 =======================================================================================================================================================================================
Gri2 =======================================================================================================================================================================================

   chr3h:1777558-1777707
Species Sequence
dm2 ggctgactttgaggagttaatagccacattccatttggcagtccatttttcgattgcatgcagcctttcctggaatgcgttggaggcagtttgcagtaaaggatgagacgccagcatggcggtgtcatcggcgtaagtggccaggagca
Sim1 =====================================================================================================================================================
Sec1 =====================================================================================================================================================
Yak2 =====================================================================================================================================================
Ere2 =====================================================================================================================================================
Ana3 =====================================================================================================================================================
dp4 =====================================================================================================================================================
Per1 =====================================================================================================================================================
Wil1 =====================================================================================================================================================
Vir3 =====================================================================================================================================================
Moj3 =====================================================================================================================================================
Gri2 =====================================================================================================================================================

miR-970   chrX:12470252-12470387
Species Sequence
dm2 GGCATCTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATTTGGTAGCTGTAATG--ATTT-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATAACCGTTGTC--TA
Sim1 GGCATCTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATTTGGTAGCTGAATTG--ATTT-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATAACCGATGTC--TA
Sec1 GGCATCTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATTTGGTAGCTGAATTG--ATTT-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATAACCGATGTC--TA
Yak2 GGCATCTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATTTGGTAGCTGTAATG--ATTT-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATAACCGATGTC----
Ere2 GGCATCCGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATTTGGTAGCTGTAATG--ATTT-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATAACCGATGTC--TA
Ana3 GGCATTTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATTTGGTAGCTGATATC--GAAA-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATAATCGATGTCCTTA
dp4 GGCATCTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATCTGGTAGCTGTACCC--TTTT-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATGACCGATGCC--CA
Per1 GGCATCTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATCTGGTAGCTGTACCC--TTTT-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATGACCGATGCC--CA
Wil1 GGCATTTGTTGCAGCTAGCGGGTGTTTTATTTGGTAGCTGCACTA--AAATTTCAATAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATGACCGATGTC--TT
Vir3 GACGTCTGTTGTAGCCAGCGGATGTTTTATTTGGTAGTTGCGCTT--TATT-----AAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATAACAGTGCCG--TT
Moj3 GACGTCTGTTGTAGCCAGCGGATGTTTTATTTGGTAGTTGTATTT--TATA-----AAGTCTATCATAAGACACACGCGGCTATAACAGAACTG--TT
Gri2 GACGTCTGTTGTAGCCTGCGTATGTTTTATTTGGTAGTTGTAACTAAAATC-----GAATCTATCATAAGACACACGCGGCTATCACAGTTCCG--TT

miR-971   chrX:12895988-12896124
Species Sequence
dm2 CTGGCATCGCTCGCTGTAAATTGTAATCATCAAAGCGT----TTTC--TCAGAGCCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGTGCCAGTCC
Sim1 =====================================================================================CCAGTCC
Sec1 CTGGCATCGCTCGCTGTAAATTGTAATCATCAAAGCGT----TTTC--TCAGAGCCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGTGCCAGTCC
Yak2 CTGGCATCGCTCGCTGTAAATTGTAATCATCAAAGCGT----TTTC--TCAGAGCCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGTGCCAGTCC
Ere2 CTGGCATCGCCCGCTGTAAATTGTAATCATCAAAGCGT----TTTC--TCAGAGCCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGTGCCAGTCC
Ana3 CTGGCATCGTTCACTGTAAATTGTAACCATCAAAGCGT----TTTTTATCAGAGCCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGAGCCAGCTG
dp4 ACCCCATCGCTCGCTGTAAATTGTAATGGCCAAAGCTT----TTTTGTTGGTAGCAGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGTG=======
Per1 ACCCCATCGCTCGCTGTAAATTGTAATGGCCAAAGCTT----TTTTGTTGGTAGCAGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGTG=======
Wil1 CCCAATACGCTCGCTGTAAATTGTAGCAATCAAAGCGTTGCCTTTT--GCCTCACAGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGTG--AGTTT
Vir3 -------CGCCCGCTGTAAAATGTAATCATCAGAGCGT----CC----TCTCAACCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGCGACGGCCC
Moj3 -------CGACCGCTGTAAATTGTAATCATCAAAGCGT----CT----GCTAAATCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGCGCGGCGCTCG
Gri2 -------CGCCCGCTGTAATATGTAATCATCAAAGCGT----GTA---TTTTACTCGCTTGGTGTTACTTCTTACAGTGAGTGCGACGGCCA

miR-972   chrX:19385068-19385199
Species Sequence
dm2 TAGGGAAATTGCTAAATATTTTTTTTGTATAAATAACTTTT---AACTTTTGTACAATACG-AATATTTAGGCATTTCTCAAATC
Sim1 TAGTG-AATTGCTAAATATTTTCTTTGTATAAATGACTTTT---AACATTTGTACAATATT-AATATTTAAACATTTCTCGAATC
Sec1 TAGTG-AATTGCtaaatattttctttgtataaataactttt---aatatttgtacaatatt-aatatttaaaCATTTCTCGAATC
Yak2 =====================================================================================
Ere2 TAGTGAAATTGTTAAATATTTACTTTGTATAAATGACCTTCATAAACATTTATACAATTTCAAATATTTTGCCATTTCTCAATCC
Ana3 =====================================================================================
dp4 =====================================================================================
Per1 =====================================================================================
Wil1 TAAGATTC-TACTTCTT--GCTAGCTTATTTTGTAAACTAATG--------------AATAATTAAATGACAATGAAAACGAAGT
Vir3 TAATAATAGGAACTGCTTCAGATATTTTGTTTGCAGTGTCTTAGCTTTTGTTTTATGATGTTTTATATATTCCG-AATATTAAAG
Moj3 =====================================================================================
Gri2 =====================================================================================

miR-973   chrX:19385444-19385585
Species Sequence
dm2 GTCGACTTTTCGTGGTTGGTGGTTGAACTTCGATTTTAAGTA-----TTTAAATAAAA-----TGAAATCTGTTCATTCTCCGACACAAGAAGTTCACGCAA
Sim1 GTATACTTTTCCGGGTTGGTGGTTGAACTTCGATTTTAAGCA-----TTTAAATAAGA-----T-AAATCTGTTCATTCTTCGACCCAAAAAGTTCACGTGA
Sec1 GTATACTTTTCGGGGTTGGTGGTTGAACTTCGATTTTAGGTA-----TTTAAATAAGA-----T-AAATCTGTTCATTCTTCGACCCAAAAAGTTCACGTGA
Yak2 ======================================================================================================
Ere2 GTCGACTTTTCGTGGTTGGTGGCTGAACTTAGATTTTGAGTA-----TTCAAATAAAA-----T-AAATCTGTTCATTCCTCGACACAAGAAGTTGACGTGC
Ana3 ACCGACTCCTCGTGTTTGGCGATTGAACCTGGATTTTTAATT-----TTCGAGTACGA-----G-AAATCTGTTCATTCCTCGACACTAGTAGTTGGCGCGA
dp4 ======================================================================================================
Per1 ======================================================================================================
Wil1 ATGGCCTTTTCGTGTTTGGTGATTGAACTTGGATTTTGTTCTATATACATATATAAAAATATGT-AAATCTGTTCATTCCTCGACACTAGAAGTTCATGTCA
Vir3 ATTCACTTTTCGTGTTCGATGTTTGAACTTGGATTTTTTTTA-----TAT-----ACA-----C-AAATCTGTTCATTCCTCGACACTAGAAGTTTGCGTCA
Moj3 TTTCACTTTTCGTGTTCGATGTTTGAACTTGGATTTTTAAAA-----TATG---AAAA-----G-AAATCTGTTCATTCCTCGACACTAAGAGTTTA-----
Gri2 ===============================GACATTTACTT-----TTTGTGTTGGG-----T-GATTCTGATTCACTTTTCGACACATCAAGTTCACCTC

miR-974   chrX:19385594-19385735
Species Sequence
dm2 GTCATGTCCTCCAAGCGAGCAAAGAAGTAGTATTTGTG---TTTCCAAGAGCAAATATAACTTCATTGGAA-GCTAAGTGGATTTGCCC--A
Sim1 GTCGTGTCCTCCAAGCGAGCAAAGAAGTGGTATTTGCG---TTTCCAAGAACAAATATAACTTCTTTGAAA-GCTAGGTGGATTTGCCC--A
Sec1 GTCGTGTCCTCCAAGCGAGCAAAGAAGTAGTATTTGCG---TTTCCAAGAACAAATATAACTTCTTTGAAA-GCTAGGTGGATTTGCCC--A
Yak2 ============================================================================================
Ere2 GGCATGTCCTCCAAGCGAGCAAAGAAGTAGTATTTGTG---TTCCAAAAGTCAAATATAACTTTTTTGGAA-GCTACGGGGATTTGCCC--A
Ana3 GTCATCTCCTCTAAGCGAGCAAAGAAGTAGTATTTGTTTGCTTTTAATGGTCAAATATAACTTTTTTGGAA-GCTACGAGGAGTTGTCC---
dp4 ============================================================================================
Per1 ============================================================================================
Wil1 GCCATATCCTCTAAGCGAGCAAGAAAGTGGTATTTGTC---TTTGGAAATTCAAATATAACTTTTTTGGAA-GCTACAAGGCAATGTCCA-C
Vir3 GGCATTCCCTCTGAGCGAGCAGAGAAGTATTATTTGCG---AATCTGATATCAAATAAGACTTTTTTGGTTCGCTATGAGGTATTGTTCATA
Moj3 GGCATTCCCTCTGAGCGAGCAGAGAAGTATT-TTTGCG---CATCTGATATCAAATAAAACTTTTTTGGTT-GCTGCGAGGTATTGTTGAAA
Gri2 GACATCTTCTGTAAGCGAGCAAAAATATAATATTTGT=======================================================

miR-975   chrX:19392669-19392800
Species Sequence
dm2 AATTTTTGATTTTAAACACTTCCTACATCCTGTATGTGTTTTG-CATCCGGTACAGATGTGGGAGTCGTTTGCACTCAGAGATTTC
Sim1 AGTTTTTGATTTTAAACACTGCCTACATCCTGTATGTGTTTTG-CATCCGATACAGTTGTAGGAGTCGTTTGCAGTCAGAGATTTC
Sec1 AGTTTTTGATTTTAAACACTCCCTACATCCTGTATGTGTTTTG-CATCCGATACAGTTGTAGGAGTCGTTTGCAGTCAGAGATTTC
Yak2 AATTCTTGACTTTAAACACTGCCTACATACTGTATGTGTTTTG-CACCCGATACAGATGTGGGGGTCGTTTGCAATCAGAGATTCC
Ere2 AATTCTTGACTTTAAACACTTCCTACATCCTGTATGTGTTTTG-CGCCCTATACAGATGTGGGGGTCGTTTGCACTCAGGGATTCC
Ana3 AATATTTGATTTTAAACACTACCTACATCCAGTATGTTACTTGACTCCCAATACGGATGTGGAGGGCGTTTACACTCAGAGATTCT
dp4 ======================================================================================
Per1 ======================================================================================
Wil1 CAC---------GACATTCAACTGTTATGTTTACATATGTCTAACATTCTGTTATAGTATAACAGTGTGTCTTG------------
Vir3 ============---------TCTTTGATTTTAGATACTCCCTATATCCAGT------------ATGTGTGCCA-C-TTATTGAAA
Moj3 ============---------TCTTTGATTGTAGATACTCCCTATATCCCGT------------ATGTGCGATA-CTTTGATAAAA
Gri2 ======================================================================================

miR-976   chrX:19392811-19392948
Species Sequence
dm2 GCAGTGCCGCGGCATTGGTGAGGCCATCTCCAATGGATTAGTTCTCAACATTGGATTAGTTATCATCAATGCCGGTGCACTGCA
Sim1 GCAGTGTCGTGGCATTGGTGAGGACATCTCCAATGGATTGGTTCTCATCATTGGATTAGTTATCATCAATGCCGGTGCACTGCA
Sec1 ========================ATGCAGTGCCGTGGCATTGGTGAG-GACATCTCCAATGGC-TTAGTTCTCA---------
Yak2 GCAGTGCCACGACATTGGTGAGGGCATCTCCAATGGG-GACCCGGCATCATTGGATTAGTTCTCATTAATGCCGGAGCACTGCA
Ere2 GCAGTGCCTCGACATTGGTGAGGGCATCTCCAATGGG-GAGCCAGCATCATTGGATTAGTTCTCATTAATGCCGGAGCATGGCA
Ana3 GGAGCGCCTCGACATTGGTGAGTTCATCTCCAATGGT-CAGTAGCCCGCATTGGATTAGTTCTCATTGATGGCGAAGC------
dp4 ====================================================================================
Per1 ====================================================================================
Wil1 ========================---CAACACCTCGATATTGGTGAGTTCCAGCTCCAATGTTATTGGAGCCCAACATTGAAC
Vir3 AATTAATTATCGTTGAAGTGCGTTGTGCAGCCCCTCGCGATTGATGAT-AGCATCTCCAATGAG--CATATC------------
Moj3 GCAGCCCCTCGCGATTGATGAAAGCATCTCCAATGAG-TATTTC---GCATTGGATTAGTTCTCATCGATGTCGATGCGCTGTA
Gri2 ====================================================================================

miR-977   chrX:19392938-19393077
Species Sequence
dm2 CAAG----GTATGCTTTAGATAACTCGAATATCACATC-------TTCA--GTGTTCGAAATCTGATGAGAT-ATTCACGTTGTCTAAATCATGTTTTG--T
Sim1 CAAG----GTATGGTTTAGATAACTCGAATATCACATT-------TTCA--GTGTTCGATATCTGATGAGAT-ATTCACGTTGTCTAAACCATGGTTTGTTT
Sec1 CAAG----GTATGGTTTAGATAACTCGAATATCACATC-------TTCA--GTGTTCGATATCTGGTGAGAT-ATTCACGTTGTCTAAACCATGGTTTG--T
Yak2 CAAG----GTATGGCCTAGATAACACGGGTATCACATC-------TTTA-TGCATTCGATATCTGGTGAGAT-ATTCACGTTGTCTAAACCATGTTTTG--T
Ere2 CAAG----GTATGGCCTAGATAACTCGGGTATCACATC-------TTTA-TGCATTCGATATCTGGTGAGATAATTCACGTTGTCTAAACCATGTTTTG--T
Ana3 CGAG----GTTCGGCCTCGATCACGAGAACGTCGCATC-------TTAGTTACATTT-CCATATGATGAGAT-ATTCACGTCGTCGAAACCGTGTCTCGGCT
dp4 ======================================================================================================
Per1 ======================================================================================================
Wil1 ---------TACAATTTCAATAACGTAGATATCGCATCGTTTTTTTTTACCATATTTGATAAGAGATGAGAT-ATTCACGTTGTTGAAG-------TTG--T
Vir3 CTGGCCCAGCCCAGTTGCGATTGCGCGGACATCTCATC-------GTATAAACATTCGATAACCAACGAGAT-ATTCACGTTATCGAGA--CTGAGACG--T
Moj3 CTGGCCCAGCCCGGTTCCGATTGCGCGGACATCTCATC-------GTCTGACCATTCGATAACCGATGAGAT-ATTCACGTTATCGAGA=============
Gri2 ======================================================================================================

miR-978   chrX:19395152-19395284
Species Sequence
dm2 GGCGGCACAATCTGCAATCTACGCCACTGGCTTACGTT----GCAATCGAAAATCGTGTCCAGTGCCGTAAATTGCAGTTGTGTGAACGC
Sim1 GGCGGCACAATCTGCAATCTACGCCACTGGCTTACGTT----GTGGTCGAGAATCGTGTCCAGTGCCGTATATTGCAGTTGTGTGGACGC
Sec1 GGCGGCACAATCTGCAATCTACGCCACTGGCTTACGTT----GTAGTCGAGAATCGTGTCCAGTCCCGTAAATTGCAGTTGTGTGGACGC
Yak2 GGCGGCACAGCCAGCACTCTACGCCGCTGGCTTACGTT----GTACTCGGAAATCGTGTCCAGTGCCGTTGATTGCAGTTGTGTGGACGC
Ere2 GGCGGCACAACCAGCATTCTACGCCGCTGGCTTACGTT----GTACTCGAAAATCGTGTCCAGTGCCGTTGATTGCAATTGTGTGGACGC
Ana3 GGCGGCACAGACAGCATTCGACGCTGCTGGCTTACGTG----GTGGTTGATATCCGTGTCCAGTGACGTTGATTGCAGTTGTGTAGACGC
dp4 ==========================================================================================
Per1 ==========================================================================================
Wil1 GGCAACACAGGCAGCATTCGACGACGCTGGCTTACGTTAAAAACAAACGATATCCGTGTCCAGTGACGTTGATTGCAGTTGTGT--ACAA
Vir3 ==========================================================================================
Moj3 ==========================================================================================
Gri2 ACCAACACAGGTCCAGCCGTATTCAGCGCTTTTGG---AAGTA----AGGAACATGATTCTCCTAGTTTCAATGCCGCTGAGTAAAGCTG

miR-979   chrX:19395753-19395888
Species Sequence
dm2 GATGTCACAAATA--------CACTGAATTTGGGGGG--------------AATTCTTATGTATATACAAATTCTTCCCG-------AACTCAGGCTAATTTTGTGGCATC
Sim1 --------------------------------------------------------------ATATACAAATTCTTCACG-------AATTCAGGCTAATTTTGTAGGAGC
Sec1 --------------------------------------------------------------ATATACAAAATCTTCACG-------AATTCAGGCTACTTTTGTAGGAAC
Yak2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Ere2 GTGCCAC-------------------------------------------------------ACAAATCGATTAGCTCTG-------AATTCGGGCGGAATT---------
Ana3 -----------------------tttcatttaaaaagt------------tattaagtaatcaattataaattgtataaa----tataattCAGGTAACGTCTAAAAAATG
dp4 A---TCGAAAATATT--TATGCGCGTAAATTTAAGAGTAAG---------TCCTTAGTAAGTAAGGAAGAA----CTACG------------CTCTGGATTTGATATACTC
Per1 A---TCGAAAATATT--TAAACGCGTTAAATTAAGAGTAAG---------TCCTTAGTAAGTAAGGAAGAACT-TCTACG-------AATTTATATAGATTTTATATTCTC
Wil1 --------------------------------------acgcacacacacacacacacaTCTATATATAAATCAACCAAGAAAACACAATATCGAAGAAATTAGAAAG---
Vir3 --=============================================================================================================
Moj3 -------------------------------AAAGGGCT-------------------------ATAGAAATTGATGACG-------ATATAATCCAAAACTAAGATTACA
Gri2 -----CAATAATAATAATAGTGATAGGAGTTGAAGAGCTT----------------------AAATGTAAACTGATAATT-------GTAT-ATACAAAGTTGAAAATGTC

miR-980   chrX:136973-137111
Species Sequence
dm2 TGATTGTATGTCAGTTTTTCATTTGGCCTGGCTAGCTTACTCCTTTTTAAATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTAATTGCA
Sim1 TGATTGTATGTCAGTTTTTCATTTGGCGTGGCTAGCTCACTACTTTTTTAATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTAATTGCA
Sec1 TGATTGTATGTCAGTTTTTCATTTGGCGTGGCTAGCTCACTACTTTTTTAATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTAATTGCA
Yak2 TGATTGTATGTCAGTTTTTCATTTGGCGTGCCTAGCTTAGCTTTTTTTAAATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTAATTGCA
Ere2 TGATTGTATGTCAGTTTTTCATTTGGCGTGCCTAGCTTACCTCTTTTTAAATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTAATTGTA
Ana3 AATTTGTATGTCAGCCTCTCATTTGGCCTGCCTAGCTGACTTTAAATT-AATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTGATTGCG
dp4 AAATTGAATGTGAGTCTCTCACATGGCTGGTCTAGCTGACTTGTTTCT-AATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTTTTTGTA
Per1 AAATTGTATGTGAGTCTCTCACATGGCTGGTCTAGCTGACTTGTTTCT-AATACTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTTTTTGTA
Wil1 A-GCTACATTATACATTCATTTCTCATTTAAT---TCCACTTCACTGTTTTATCAAGCCATATCCTAATCTGGtatataca-----tacgt
Vir3 GCATTGCATGTGAGTCCCTCATTTGGCAGGTTTAGCTGCTTTT-AATACGATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTGATTGTT
Moj3 GCATTGCATGTGAGTCCCTCATTTGGTGCGCTTAGCTGTTTTTCAATTTGATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTGTTTGTA
Gri2 GCATTACATGTGAGTCCCTCATTTGGCGGACTTAGCTGCTTTTCAATTTGATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTGATTGTA

miR-981   chrX:1644996-1645133
Species Sequence
dm2 CCTCACTGAAGTCGGGTTTCGTTAGCAGCGGGCTGTTTTAATAAATTC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAA
Sim1 CCTCACTGAAGTCGGGTTTCGTTAGCAGCGGGCTGTTTTAATAAATTC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAA
Sec1 CCTCACTGAAGTCGGGTTTCGTTAGCAGCGGGCTGTTTTAATAAATTC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAA
Yak2 CCTCACTGAAGTCGGGTTTCGTTAGCAGCGGGCTGTTTTAAAAAATTC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAA
Ere2 CCTCACTGAAGTCGGGTTTCGTTAGCAGCGGGCTGTTTTAATAAATTC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAA
Ana3 CCTCACTGAAGCCGGGTTTCGTTAACAGCGGGCTGTCATTTCGAAATC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAA
dp4 CCACATTGAAATCGGGTTTCGTTAACAGCGGGCTGTTATGAATAAATC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAG
Per1 CCACATTGAAATCGGGTTTCGTTAACAGCGGGCTGTTATGAATAAATC--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTGTGT-GGAG
Wil1 CCACACTGAAATCGGGTTTCGCTAGCAGCGGACTGTCATGATAAATGTGAAAAACAAACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATCATGTGTCGGAC
Vir3 CTACATTGAACTCAGATTTCGTCAGCAGCGGGCTGTGATGATTAT--G--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATACTGTGT-GGAG
Moj3 CTACATTGAACTCAGGTTTCGTTAGCAACGGGCTGTGATGATTAAAAG--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATGCTATGT-GGAG
Gri2 CCACATTGAGCTCGGGTTTCGTCAGCAGCGGGCTGTGATGACTAAA-A--------AACAAGTTCGTTGTCGACGAAACCTGCATACTGTGT-GGAG

miR-982   chrX:4211022-4211155
Species Sequence
dm2 AATCATGTTAGATCCTGGACAAATATGAAGTAAATTGTTTTTATGCATC----AATTACTTGATATTCATCCTTGAACTAAATGGTTTTA
Sim1 AATCATGCTAGATCATTAACAAGTATCATGTAAATTGAATTTTTGTATATATCAATTACATGTTATTCGTTCTTGAACTTAATGGTTTTA
Sec1 AATCATGCTAGATCAAGAACAAATATCATGTAAATTGCTTTTTTACATA----AAATACAGGATATTCGTTCTTGAGCTTAATGGTTATA
Yak2 AATCATGCTAGATCTTGGAAAAATATCTAATAGATGGTTTTTATACATC----AATCAATTGATATTTTTCCTTGAACTAAATGGGTTTA
Ere2 AAATAAAAGCAGTCCAGATCATGGAAAAATATCAAATAGATTGTTTTATTTCAGTCCAAACAATACAT-----AATCACGCGAGTCATAG
Ana3 =============================================TTT--------------GTGGATC----GATTT------------
dp4 ==========================================================================================
Per1 AAATGAAATTTTGCTGATTC-------AAAATCAATTAAATTAGT---------------------------------------------
Wil1 ==========================================================================================
Vir3 ==========================================================================================
Moj3 AACT-TGTTCGATTTGGCCTCTGGGTAGACTCTATATATGTAAATTAT--------------ATATATC----TAATC------------
Gri2 ==========================================================================================

miR-984   chrX:4213862-4213992
Species Sequence
dm2 AACAAATTTCATTGAGGTAAATACGGTTGGAATTTTGTCTTTTAACTATAAATCCAACCGAATTTGGCTCGGCGAAATTTTTCAG
Sim1 GGGAGAAATAAGAGGGCTAAAAACGGGCCACAACTCACTTCCTAAATTTA--TTGAACCAAATG------GGTACGACTTCCAAG
Sec1 TTG-------------C====================================================================
Yak2 =====================================================================================
Ere2 ===================================================ATTCAGTCAATTC--------TGAGTCTTGTAAA
Ana3 =====================================================================================
dp4 =====================================================================================
Per1 =====================================================================================
Wil1 =====================================================================================
Vir3 =====================================================================================
Moj3 =====================================================================================
Gri2 =====================================================================================

miR-927   chrX:15799863-15799995
Species Sequence
dm2 TTGCTG-TAGAGTTTTAGAATTCCTACGCTTTACCGTGGCATA-CGAAATTCGGCAAAGCGTTTGGATTCTGAAACCCTACCGATCCA
Sim1 ATGCTG-TAGAGTTTTAGAATTCCTACGCTTTACCGTGGCATA-CGAAATTCGGCAAAGCGTTTGGATTCTGAAACCCTATCGATCCA
Sec1 ATGCTG-TAGAGTTTTAGAATTCCTACGCTTTACCGTCGCATA-CGAAATTCGGCAAAGCGTTTGGATTCTGAAACCCTATCGATCCA
Yak2 GCGCTG-TAGAGTTTTAGAATTCCTACGCTTTACCGTCGCATA-CGAAATTCGGCAAAGCGTTTGGATTCTGAAACCCTACCGATCCA
Ere2 GTGCTG-CAGAGTTTTAGAATTCCTACGCTTTACCGTGGCATA-CGAAATTCGGCAAAGCGTTTGGATTCTGAAACTCTACCGATCCA
Ana3 GTATTG-TGGAGTTTTAGAATTCCTACGCTTTACCGTTGCATA-TGAAATTAGGCAAAGCGTTTGGATTCTGGAACCCTATGTATTCA
dp4 ATATTG-TAGTGTTTTAGAATTCCTACGCTTTACCGTTGCAAAACGAAATTCGGCAAAGCGTTTGGATTCTGAAACCCTATGAGTCTG
Per1 ATATTG-TAGTGTTTTAGAATTCCTACGCTTTACCGTTGCAAAACGAAATTCGGCAAAGCGTTTGGATTCTGAAACCCTATGAGTCTG
Wil1 ACATTGGTAGCGTTTTAGAATTCCTACGCTTTACCGTCGCCTA-CGAAACTCGGCAAAGCGTTTGGATTCTGAAAC============
Vir3 CCATCG-TATCGTTTTAGAATTCCTACGCTTTACCGTCGTGTC-CGAAATTTGGCAAAGCGTTTGGATTCTGAAACGATAT-------
Moj3 ========================================================================================
Gri2 CTATTG-TATTGTTTTAGAATTCCTACGCTTTACCGTCGTATA-CGAAATTTGGCAAAGCGTTTGGATTCTGAAACGGTAT-------

miR-985   chrX:16025170-16025296
Species Sequence
dm2 ataataGCACTGCTGGCTCATTGGTACATTTCATAAGTACCTTATCAAATGTTCCAATGGTCGGGCAGAGCTATTATTT
Sim1 ------GCACTGCTGGCTCATTTGTACATTTCATAAGTACCTTATGAAATGTTCCAATGGTCGGGCAAAGCTATTACTG
Sec1 ------GCACTGCTGGCACATTGGTACATTTCATAAGTACCTTATGAAATGTTCCAATGGTCGGGCAGAGCTATTACTT
Yak2 ------GCACTGCGGGCTCATTGGTACCTTTCATAAGTGCCTTATCCA-GGTTCCAATGGTCCGGCAGAGCTGTC-TTA
Ere2 ------GCACTGCGGGCCCATTGGTACCTTTCATAAGTACCTTATCAAAGGGTCCAATGGTCTGGCAGAGCTGCT-TTA
Ana3 ===============================================================================
dp4 ===============================================================================
Per1 ===============================================================================
Wil1 ===============================================================================
Vir3 ===============================================================================
Moj3 ===============================================================================
Gri2 ===============================================================================

miR-986   chr2R:3956774-3956914
Species Sequence
dm2 TGA-------AATTACCCATCTCGAATAGCGTTGTGACTGA-G--GTAACTGCGCATCGAATCTACTCAGCGGCGAGGCTATTCAAGTAAGGTTATTT-TGG
Sim1 TGA-------AATTACCCATCTCGAATAGCGTTGTGACTGA-G--GTAACTGCGCATCGAATCTACTCAGCGGCGAGGCTATTCAAGTAAGGTTGTTT-TGG
Sec1 TGA-------AATTACCCATCTCGAATAGCGTTGTGACTGA-G--GTAACTGCGCATCGAATCTACTCAGCGGCGAGGCTATTCCAGTAAGGTTGTTT-TGG
Yak2 TAA-------AATTACCCATCTCGAATAGCGTTGTGACTGA-G--GTAACTGCGCATCGTATCTACTCAGCGGCGAAGCTATTCCAGTAAGGTTATTT-TGG
Ere2 TAA-------GATTACCCATCTCGAATAGCGTTGTGACTGA-G--GTAACTGCGCATCGAATCTACTCAGCGGCAAGGCTATTCCAGTAAGGTTATTT-TGG
Ana3 CAA-------AATGACTCATCTCGAATAGCGTTGTGACTGATG--GTATTTAAATATAAA------TCCGAGACAATGCTATTCTTGTAAAGTCATCT-TGA
dp4 TGA-------AACAACCCGTCTCGAATAGCGTTGTGACTGA-----TGACTGCATTTGTAATTTTCTCAGCGGCAGTGCTATTCCAGTTGGGTTGTTT-GCG
Per1 TGA-------AACAACCCGTCTCGAATAGCGTTGTGACTGA-----TGACTGCATTTGTAATTTTCTCAGCGGCAGTGCTATTCCAGTTGGGTTGTTT-GCG
Wil1 TTA-------AATGCCCAATCTCGAATAGCGTTGTAACTGA-----TGATTGTG-ATATGAGAGAGTCAGCCACTATGCTATACGAGGTGGGGCATTTGTGG
Vir3 TAAATGGCTAATTGTCTTCTCTCGAATAGCATTATGGCTGATG--ACAATT----CTGGAATAACATCAGTTGAAATGCCATTCGGGTTAAGGCACTT-GAG
Moj3 TAACTGGCTAATTGCCTTCTCTCGAATTGCATTATGGCCGATGACACAATT----CTGCAAAATCATCAGTTGGAATGCCATTCGGGTCAAGGCATTT-ACG
Gri2 TGAATGGCTTATTGCCTTTTCTCGAATTGCATTGTGACTGATG--AAAATT-----TAGAAATTCATCAGTTAAAATGCCATTCGAGTTAAGGCACTT----

   chr2R:6401400-6401531
Species Sequence
dm2 TTCCTCATCTATGTAAATATCTAAAGTTGAACTTGGCCAATGGCAAGTCACAGCTTTTTGTGTTTACAGGAGAACGAGTA
Sim1 TTCCTCATCTATGTAAATATCTAAAGTTGAACTTGGCCAACGGCAAGTCACAGCTTTTTGTGTTTACAGGAGAACGAGTA
Sec1 TTCCTCATCTATGTAAATATCTAAAGTTGAACTTGGCCAACGGCAAGTCACAGCTTTTTGTGTTTACAGGAGAACGAGTA
Yak2 TTCCTGATATACGTAAATATCTAAAGTTGAACTTGGCCAACGGCAAGTCACAGCTTTTTGTGTTTACAGGAGAACGAATA
Ere2 TTCCTCATATACGTAAATATCTAAAGTTGAACTTGGCCAACGGCAAGTCACAGCTTTTTGTGTTTACAGGAGAACGAGTA
Ana3 TTTCTTATCTACGTAA-GGAACTCAATTTTTACATTAAACCGAAGCAATTT----------AACAC--------GTTTCT
dp4 TTTCTCATTTATGTAA-GGGATCGGCG-AGAGT-TTTTCCCACGGAATATCATTA--TATTATATT--------GTTATG
Per1 TTTCTCATTTATGTAA-GGGATCGGCG-AGAGT-TTTTCCCACGGAATATCATTA--TATTATATT--------GTTATG
Wil1 TTTCTTATCTATGTAAGACAATCCACGAGGTGG-TTGG--GAAGACAAATTTTGAATAATTGGATT--------TTGATT
Vir3 TTTCTCATCTATGTAA-GTGATGAT---------GCGTCCATTGGGAATAT------CATTTAATT------------TG
Moj3 TTTCTCATCTATGTAA-GTAGTAATAG-------GTGTTTGTAGACATATT------CAGTTAATTTTCGC--ATTTGTG
Gri2 TTTCTCATCTATGTAA-GTGAT------------GCAAATGAATAAATATT------AATCATATTGCCTTTAATCAATG

   chr2R:16832007-16832142
Species Sequence
dm2 aa---caa-------cagaag------caactggccagtgcgcagctgcctgtgccgctgtcgcccttgccgcaac---aacaacagcaaacggcagaggcaacggca---g---------cagcagcag---caCCCGCCCACTCCAACGTA----------------------TCCGTT---TC---------CTCCAGCA
Sim1 aa---caa-------cagaag------caactggccagtgcgcagctgcctgtgccgctgtcgcccttgccgcaac---aacaacagcaaacggcagaggcaacggca---g---------cagcagcag---caCCCGCCCACTCCAACGTATCCACC----------------TCCGTT---TC---------CTCCAGCA
Sec1 aa---caa-------cagaag------caactggccagtgcgcagctgcctgtgccgctgtcgcccttgccgcaac---aacaacagcaaacggcagaggcaacggca---g---------cagcagcag---caCCCGCCCACTCCAACGTATCCACC----------------TCCGTT---TC---------CTCCAGCA
Yak2 AA---CAA-------CAGAAG------CAACTGGCCAGTGCGCAGCTGCCTGTGCCGCTGTCGCCCTTgccgcaac---aacaacagcaaacggcagaggcaacggca---g---------cagcagcag---caCCCGCCCACTCCAACGTATCAACC----------------TCCGTT---TC---------CTCCAGCA
Ere2 AG---CAA-------CAGAAG------CAACTGGCCAGTGCGCAGCTGCCTGTGCCGCTGTCGCCCTTgccgcaac---aacaacagcaaacggcagaggcaacggca---g---------cagcagcag---caCCCGCCCACTCCAACGTATCCACC----------------TCCGGT---TC---------CCTTAGCA
Ana3 AA---CAG-------CAGCAGAAGCCCCAGCTGCCCAGTGCGCAGCTGCCTGTGCCGCTGTCGCCTTTGCCG---C---AACAACAGCAAACGACAGAGGCAACGGCA---GCC---ACGCCAGCGGCAGAGACACCCGCCC------AAGCATCAACT----------------TCCACC---TCCACCAGTAGCACCAGCA
dp4 AACACCAA-------CAGCAG------CAGCTGCCCAGTGCGCAGCTGCCTGTGCCGCTGTCGCCCTTGCCG---C---CACAACAGCAAACGACAGAGGCAACGGCA---GCC---ACGCCAGTAGCAG---CA-CCACCTACAACCACAACCACACTCGTCTCA---------TCCGCC---AC---------CACGAGCA
Per1 AACACCAA-------CAGCAG------CAGCTGCCCAGTGCGCAGCTGCCTGTGCCGCTGTCGCCCTTGCCG---C---CACAACAGCAAACGACAGAGGCAACGGCA---GCC---ACGCCAGTAGCAG---CA-CCACCTACAACCACAAACACACTCGTCTCATCCGCCCACTCCGCC---AC---------CACGAGCA
Wil1 -----CGG-------TAGCAG------T--TCGTCCAATAACAA------------GCTGTTGCCCCTGCCACAACAAAAACAACAGCAACACACAGAGGCAACAACT---T---------CTGGAACTG---CCGTCACC---------GCATCA-------------------TCCCAA---TC---------------CA
Vir3 aacaacaaccacaaccagcag------cagctgctcagtgcgcagctgcctgtgccgctgtcgaacttgtcg---------------------acagaggcaacggca---gcagcaacgccagcagcag---cttcca------------cata---c----------------tccaat---ac-------------agca
Moj3 aacaacaacaacaa-cagcag------cagctgcTCAGTGCGCAGCTGCCTGTGCCGCTGTCGAACTTGTCG---------------------ACAGAGGCAACGGCA---GCCGCAACGCCAGCAGCAG---CTTCCA------------CATACTCC----------------TCCAAT---TC-------------AGCA
Gri2 aacaccaa-------cagcag------cagctgcccagtgcGCAGCTGCCTGTGCCGCTGTCGAACTTGTCG---------------------ACAGAGGCAACGGCAGCGGCAGCAACGCCAGCAGCTG---CTTCCACC-ACATCA--TCATCATCA----------------TCCAATCCATC-------------AATA

miR-987   chr2R:4824815-4824949
Species Sequence
dm2 TTGGACTGTGTTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTG-CATTCGAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTGAA
Sim1 TTGGACTGTGTTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTG-CATTCGAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTGAA
Sec1 TTGGACTGTGTTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTG-CATTCGAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTGAA
Yak2 TTGGACTGTGTTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTG-CATTCGAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTGAA
Ere2 TTGGACTGTGTTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTG-CATTCGAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTGAA
Ana3 TTGGACTGTGCTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTG-TATTCGAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTCGAA
dp4 TTGGACTGTGCTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTA-TATTCAAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTAAA
Per1 TTGGACTGTGCTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTA-TATTCAAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTAAA
Wil1 TTGAACTGTGCTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTA-TATTCAAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTGAA
Vir3 TTGAACTGTGCTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTT-TATTCAAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTAAA
Moj3 TTGAACTGTGCTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTTATATCTAAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTAAA
Gri2 TTGAACTGTGCTTAAAGTAAATAGTCTGGATTGATGAAAGTTT-TATTCAAGAATTCATCAACAGGCATTTACTTCAACTGCAGTTTAAA

miR-988   chr2R:7674758-7674897
Species Sequence
dm2 GGCATTTTGGGTGTGTGATTTGTAGCAAAGTGATATGTATTTGAT--CATCCCCTTGTTGCAAACCTCACGCC--AAAGATGATCT
Sim1 GGCATTTTGGGTGTGTGATTTGTAGCAAAGTGATATGTATTTGAT--CATCCCCTTGTTGCAAACCTCACGCC--AAAGATGATCT
Sec1 GGCATTTTGGGTGTGTGATTTGTAGCAAAGTGATATGTATTTGAT--CATCCCCTTGTTGCAAACCTCACGCC--AAAGATGATCT
Yak2 GGCATTTTGGGTGTGTGATTTGTAGCAAAGTGATATGTATTTGAT--CATCCCCTTGTTGCAAACCTCACGCC--AAAGGTGACCT
Ere2 GGCATTTTGGGTGTGTGATTTGTAGCAAAGTGATATGTATTTGAT--CATCCCCTTGTTGCAAACCTCACGCC--GAAGGTGACCT
Ana3 GACATTTTGGGTGTGTGATTTGTGGCAAAGTGATAGGTATTTGAT--CATCCCCTTGTTGCAAACCTCACGCC--CAAGGTGCTTT
dp4 GACATTTTGGGTGTGTGATTTGTGGCAAAGTGATATGCATTTGAT--CATCCCCTTGTTGCAAACCTCACGCC--AAAGTTGA-AT
Per1 GACATTTTGGGTGTGTGATTTGTGGCAAAGTGATATGCATTTGAT--CATCCCCTTGTTGCAAACCTCACGCC--AAAGTTGA-AT
Wil1 GGCATTTCGGGCGTGTGATTTGTAGCAAAGTGATATGTACTTGAT--AATCCCCTTGTTGCAAACCTCACGCCGGAAAGATGT-CT
Vir3 CGCATTTTGGGCGTGTGATTTGTGGCAAAGTGATGAGC-TTGGATTCCATCCCCTTGTTGCAAACCTCACGCC--AAAGGTGGCGC
Moj3 CGCATTTTGGTCGTGTGATTTGTGGCAAAGTGATGAGC-TATGATTCCATCCCCTTGTTGCAAACCTCACGCT--GAAGGTGACGC
Gri2 TGCATTTTGGGCGTGTGATTTGTGGCAAAGTGATGAGC-T-TGATTCCATCCCCTTGTTGCAAACCTCACGCC--GAAGGTGGCGC

miR-989   chr2R:9661237-9661451
Species Sequence
dm2 ATTTTGGGAATCGGCCACTACCTTGCAGTCACGTGATGAAAAGACACAGGTGACACTGAT--CC-----GGATTTGGTAGT-TGACAA-----ATCCTCCATGCC-GAGATTAGTTTCATTTTGCGTCTTTTGAATTCGA------ATAGTTCATGTGATGTGACGTAGTGGAACATACCTGAAATT
Sim1 ATTCCGGGAATCGGCCACTACCTTGCAGTCACGTGATGAAAAGACACTGGTGACACTGAT--CC-----GGATTTGGTAGT-TGACAA-----ATCCTCCATGCC-GAGATAAGTTTCATTTTGCGTCTTTTGAATTCGA------ATAGTTCATGTGATGTGACGTAGTGGAACATACCTGAAATT
Sec1 ATTCCGGGAATCGGCCACTACCTTGCAGTCACGTGATGAAAAGACACTGGTGACACTGAT--CC-----GGATTTGGTAGT-TGACAA-----ATCCTCCTTGCC-GAGATTAGTTTCATTTTGCGTCTTTTGAATTCGA------ATAGTTCATGTGATGTGACGTAGTGGAACATACCCGAAATT
Yak2 ATGCCGGGAATCGGCCACTACCTTGCAGTCACGTGATGAAAAGACACAGGTGACACTGAT--CC-----GGATTTGGTGGT-GGACCC-----ATTCTC-ATTCC-GAGATTAGTTTTATTTTGCGTCTTTTGAATTCGA------ATAGTTCATGTGATGTGACGTAGTGGAACATACCTGGTGTT
Ere2 ATGCCGGGAATCGGCCACTACCTTGCAGTCACGTGATGAAAAGACCCAGGTGACACTGAT--CC-----GGATTTGGTAGTCGTACAA-----ATCCTCCATTCC-GAGTTAAGTTTCATTCTGCGTCTTTTGAATTCGA------ACAGTTCATGTGATGTGACGTAGTGGAACATACCTGGTGTT
Ana3 GTTTCGGGAAGTGGCCACTACCTCGCAGTCACGTGATGCCAAAATGCAACTGACACTGAT--CC-----GGA---GATGGT--------------CCTCCATCCTTGGGATTAGTGTTAATTTGTGTTTTTTTTATTTGA------ATAGTTCATGTGATGTGACGTAGTGGAACATTCCTGGCGTT
dp4 GTTGCGGGAATGGGCCACTACCTCGCAGTCACGTGAT---------------------AT--CG-----GAATGCAATGAT----------------------CT-ACGTTAAAT-------TGTGTTTCTT---TTTGA------ATAGTTCATGTGATGTGACGTAGTGGAACATTCCTGGCGTT
Per1 GTTGCGGGAATGGGCCACTACCTCGCAGTCACGTGAT---------------------AT--CG-----GAATGCAATGAT----------------------CT-ACGTTAAAT-------TGTGTTTCTT---TTTGA------ATAGTTCATGTGATGTGACGTAGTGGAACATTCCTGGCGTT
Wil1 GTTTTGGGAATTGGCCACTACCTCGCAGTCACGTGATGAGAGA-----------------------------------GAT----------------------GC-AAGAGGACT----TTGTATGCCATTTGCATTTAATATTTCATAGTTCATGTGATGTGACGTAGTGGAACATTCCTGAGCTT
Vir3 GATTCGGGAATTGGCCACTACCTCGCAGTCACGTGATCCACAAACGCAGCCGGCTCTGGTGCTTGGGAAAAATACAATTTT-CTTTT------GTTTTC----CT-GGGCG----------CCGCAACGTTTTGCGTTCA--TTTCATATTTCATGTGATGTGACGTAGTGGAACATTCCTGACGTT
Moj3 GATTCGGGAATTGGCCACTACCTCGCACTCACGTGATGCACTCAAAACGCCGACGAGGACGTCC-----AAATTCCATTTT-CTC--------GTTTTC----CT-CTGT-----------------CGTTTTGCGTTGA--TTTCATATTTCATGTGATGTGACGTAGTGGAACATTCCTGGCGTT
Gri2 GTTCCGGGAATTGGCCACTACCTCGCAGTCACGTGATGC---CACAAGGCGGGCACG-----CCGTGCAACATCCTCTCTT-CGTTTACACATCTCCTC----TT-GAGAGGA--------TTGCGTCGTTCCGCCTTGA-ATTTCATATTTCATGTGATGTGACGTAGTGGAACATTCCTGACGTT

miR-137   chr2R:11580096-11580227
Species Sequence
dm2 TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-AAATCCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Sim1 TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-AAATCCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Sec1 TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-AAATCCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Yak2 TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-ACATCCAA--TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Ere2 TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTG-ACATCCAA--TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCACCGAGATT
Ana3 TCTCCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACGTG-AAATGCGAAATGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTCAGAGAGATT
dp4 TCTTCAACGGCCACGTGTATACTCATAGCTATAACCTG-ATATCCGAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTTAACAAGATT
Per1 TCTTCAACGGCCACGTGTATACTCATAGCTATAACCTG-ATATCCGAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTTTAACAAGATT
Wil1 ==TTTAATGGCCACGTGTATTCTTATAGCTGTAACCTG-TTATACAAAATGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTT-AACTAGATT
Vir3 TCTGAAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTGTACAATCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTT-AACAAGATT
Moj3 TCGGCAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACTGGTACAATCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTT-AGCCAGATT
Gri2 TCTGAAATGGCCACGTGTATGCTCGTAGCTATAACCTGAACAATCAAA-TGTTATTGCTTGAGAATACACGTAGTT-AACAAGATT

miR-990   chr2R:12410065-12410191
Species Sequence
dm2 CTGCTCTGCGACATTCACCGTTCTGAGTTGGCCCCAAGTGCACGTGGGCCAGCTTTCAGCTTCGGTGCCATTTCACCCCGAGC
Sim1 CTGCTCAGCGACATTCACCGTTCTGAGTTGGCCCCAAGTGCACGTGGGCCAGCTTTCAGCTTCGGTGCCATTTCACCCCGAGC
Sec1 CTGCTCTGCGACATTCACCGTTCTGAGTTGGCCCCAAGTGCACGTGGGCCAGCTTTCAGCTTCGGTGCCATTTCACCCCGAGC
Yak2 CTGCTCTGCGACATTCACCGTTCTGAGTTGGCCCCAAGTGCACGTGGGCCAGCTTTCAGTTTCGGTGCCATTTCACCCCGAAC
Ere2 CTGCTCTGCGACATTCACCGTTCTGAGTTGGCCCCAAGTGCACGTGGGCCAGCTTTCAGTTTCGGTGCCATTTCACCCCCAGC
Ana3 -----TGTC----GAAGC-----------CACTT----------TGCG-ACATTCCCCGTTCTGCGTTGGCCCAAGGTGCACG
dp4 -----TGGC----GAGGCGAGGCGAGGACTCCTC----------TGCG-ACATTCACCGTTCAGCGTTCGGCCAGCGAGCACG
Per1 -----TGGC----GAGGCGAGGCGAGGACTCCTC----------TGCG-ACATTCACCGTTCAGCGTTCGGCCAGCGAGCACG
Wil1 TCGTTTGGCTTTAGTTTC-----------TCTTC----------TGCGGACATTCAATGTTCTGCGTTTGCCCCAAGCGCACG
Vir3 -----T-GC----GAAGC-----------TGCTT----------TGCG-ACATTCGACTTGCTGCGTTCGTCGCCGACGCACG
Moj3 -----G-GC----GAAGC-----------TTCTG----------TGCG-ACATTCAACGTTCTGCGTTCGTCGCCGACGCACG
Gri2 -----TTGC----GAAGC-----------TGCTGCTGTGGCTGCTGCG-ACATTCAACGTTCTGCGTTGGCCGCCGACGCACG

miR-991   chr2R:16100042-16100178
Species Sequence
dm2 CAGTTTCAGGCTTTTCCCAACTACACCTATTAATACATATTTTAACGTCCTATTAAAGTTGTAGTTTGGAAAGTTTTGGTTTTGCA
Sim1 CAGTTTCAGGCTTTTCCCAACTACATCTATTAATATTTATTTTAACGTCGTATTAAAGTTGAAGTTTGGAAAATTTTGGTTTTGCA
Sec1 CAGTTTCAGTCTTTTCCCAACTACATCTATTAATACTTATTTTAACGTCGTATTAAAGTTGAAGTTTGGAAAATTTTGGTTTTGCA
Yak2 CAGTTTCAAGCTTTTCCCCACTCCTTGCTTTAATACTTATTTTAACGTCGTATTAAAGCCAGAGTTTGGAAAGTTTTGATTCTGCA
Ere2 CAGCTTCAAGCTTTTCCCCACTCCTTGCTTTAGTACTTATTTTAATGTCGTATTAAAGCCAGAGTTTGGAAAGTTTTGATTCTGCT
Ana3 AACAC-TGCCGAATTGGAGACAACTTGGCTGGAAT--CAATCCATTCATTCTTTTCAATTTTGGCAGCCGACGGGGTAAGACCTCC
dp4 --TAT-TACAGGA-CACG-----GTTTTTCAGATTAACCAGCAGTTTGTACAT----TTATTTATC------------------TA
Per1 ======================================================================================
Wil1 ======================================================================================
Vir3 ======================================================================================
Moj3 ======================================================================================
Gri2 ======================================================================================

miR-992   chr2R:16100156-16100288
Species Sequence
dm2 TTCCCAAGTGCCTGGTATCAGCAAAGTGTTATTTTTTATGTTTATGTAAAGTACACGTTTCTGGTACTAAGTACTTCGAGAAA
Sim1 TTCGCAAGTGCCTGGTTTCAGAGAGGTGTAATTTTT---GT---TGTATAGTACCCTTTTTTGGAACCAAGCCCTTTGAGAAA
Sec1 TTCGGAAGTGCCTGGTATCAGATAGGTGTAATTTTT---GTGTTTGTATAGTACACGTTTCTGGAACCAAGCCCTTTGAGAAA
Yak2 TTCCCAAGTGCTTAGTATCAGCAAGGTGTAATTTTT---GTTTGGTTAAAGTACACGTTACTGGTACTACGTACTTCGAGAAA
Ere2 TTCCCAAGTGCATAGTATCAGCAAGGTGTAATTTTT---ATTTGGGTAAAGTACACGTTACTGGTACTAGGTACTTTGAGAAA
Ana3 TACTTTTTAAGGA-GC--AGTATCCACAA--TTTA-----AGTTTT---TTCGTGGTA----------------TTTGCGGCA
dp4 --CTTTCTCGCGTCGCGTCGCTTAAACTATGTATGTATGCATTTTGTACATACGGTTAAATTCAAATGTAATCGGTTCCCAAA
Per1 ===================================================================================
Wil1 ===================================================================================
Vir3 ===================================================================================
Moj3 ===================================================================================
Gri2 ===================================================================================

miR-929   chr3R:121070-121198
Species Sequence
dm2 CTGGTGGAGCTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCC-TTTA-ATGAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAGCTGCAAAGGA
Sim1 CTGGTGAAGCTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCC-TTTA-ATGAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAGCTACAAAGGA
Sec1 CTGGTGAAGCTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCC-TTTA-ATGAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAGCTACAAAGGA
Yak2 CTGGTGAAGCTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCC-TTTA-ATGAACGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAGCTACAAAGGA
Ere2 CTGGTGAAGCTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCC-TTCC-ATAAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAGCTACAAAGGA
Ana3 CTGGCGCAGTTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCCTTTTA-ACGAGAGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAATTACAAAGGA
dp4 CTGCAGCAGTTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCCTTTTA-TTGAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAATTACCAAGGA
Per1 CTGCAGCAGTTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCCTTTTA-TTGAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAATTACCAAGGA
Wil1 CTGCGGCAGTTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCC-TTTATATAAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAATTACAAAGGA
Vir3 CTGCCGCAGTTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCC-TTTC-ACGAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAATTACAAAGGA
Moj3 CTCATGCAGTTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCCTTTTT-TTTAACGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAATTTCAGAGGA
Gri2 CTGCTGCAGTTCAAATTGACTCTAGTAGGGAGTCCTTTTA-ACGAGCGACTCCCTAACGGAGTCAGATTGAGTTACAAAGGA

miR-993   chr3R:2602034-2602193
Species Sequence
dm2 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTAAATGGCG-TTCGGCACATTGTCGGACTGCTGGCTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Sim1 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTAAATGGCG-TTCGGCGCATTGTCGGATTGCTGGCTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Sec1 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTAAATGGCGTTTCGGCGCATTGTCGGATTGCTGGCTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Yak2 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTAAATGGCG-TTCGACGCATTGTCGGATTGCTGGCTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Ere2 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTAAATGGCG-TTCGACGC-TTGTCGGATTGCTGGCTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Ana3 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTATATTGCG-TTCGATGCATTGTCGGACTGCTGGCTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
dp4 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTATATTGCG-CCCGATGTATTTTCGAGTGTTTGTGTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Per1 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTATATTGCG-CTCGATGTATTTTCGAGTGTTTGTGTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Wil1 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTGTTTTAAAGTGCA-TT----------TCCGATGCCATTGTCAATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Vir3 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTATAGTGCA-T-----------TCAAATGCCATTCTCAATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Moj3 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTATAGTGCA-T-----------ACGAATGCCATTGTCAATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA
Gri2 CGCTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG-TTTTTAGTGCA-T-----------TCAAATGCCATTGTCAATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGAA

miR-994   chr3R:6233838-6233969
Species Sequence
dm2 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACCC-A--AGAA-TTTTTC--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Sim1 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACCC-A--TGCA-TTTTTC--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Sec1 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACCC-A--TGAT-TTTTTC--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Yak2 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACCC-A--AGAA-TTTTTC--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Ere2 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACCC-A--TGAA-TTGTTC--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Ana3 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACCC-T--CGAAGTCATTC--CCATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
dp4 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTAACAT-A--CAAA-TCCTTT--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Per1 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTAACATAA--CAAA-TCCTTT--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Wil1 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTAATT-ATTCAAA-TCTTTG--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Vir3 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACAT-T--AGAA-GCTTTC--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Moj3 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACAT-T--TCAA-CCTATT--ACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA
Gri2 ATATCGAGTTATCTAAGGAAATAGTAGCCGTGATTTTACAT-T--TGAA-ACTCTCTTACATATCACAGTTGCTGTTTCTTTTAGATAGCTCTTTTGTA

   chr3R:12444464-12444629
Species Sequence
dm2 GGGA--GGCGGG--CAACCTGCCACTGTCCATCTTCCGACCGGCGATCAGTAAG---------------TGC---------ACCAGATTG---GGAATAACCTTCAAAAGCTGCAAC--------TTAAATATTCC---------C--------AGTA-ATGTCCACT-TACAAGGA----GCCCCTGGTTGGATGGGTGGACAACCTATT--CGGACCACTGGCCC-TC
Sim1 GGGA--GGCGGG--CAACCTGCCATTGTGCATCTTCCGACCGGCGATCAGTAAG---------------TGC---------ACCAGATTG---GGAATAACCTTCAAAAGCTGCAAC--------TTAAATATTCC---------C--------AGTA-ATGTCCACT-TACAAGGA----GCCCCTGGTTGGATGGGTGGACAACCTATT--CGGACCACTGGCCC-TC
Sec1 GGGA--GGCGGG--CATCCTGCCATTGTGCATCTTCCGACCGGCGATCAGTAAG---------------TGC---------ACCATAGTAAATGGAATAACCTTCAAAATCTGCAAC--------TTAAATATTCC---------C--------AGTA-ATGTCCGCT-TACAAGGA----GCCCCTGGTTGGATGGGTGGACAACCTATT--CGGACCACTGGCCC-TC
Yak2 GGGA--GGCGGG--CGACCTGCCACTGTGCATCTTCCGCCCGGCGATCAGTAAG---------------TGC---------ACCAGATTG---GGATTAACCTTCAAAAGCTGCAGC--------TTAACTATTCC---------C--------AGTA-ATGTCCACT-TACAAGGA----GCCCCTGGATGGCTGGGTGGACAACCTATT--CGGACCATTGGCCC-TC
Ere2 GGGA--GGCGGG--CAACCTGCCCCTGTGCATCTTCCGCCCGGCGATCAGTAAG---------------TGC---------AACAGATTG---GGAGTAACCGTCAAAAGCTACAAC--------TTCAATATTCC---------C--------AGTA-ATGTCCACT-TACAAGGA----GCCCCTGGTTGGCTGGATAGACAACCTATT--CGGACCAATGGCCC-TC
Ana3 AAGA--AGCTGG--CAGCCTGCCAGTCAGCATTTATCGGCCTTCCATAAGTAAG---------------TAC---------TATATACGT---CCTGCTGTCTTATAAAATTGTTAT--------TT---TTTTTC---------T--------AGTA-ATTGCCACA-TATAAGGA----GCCATTAGTTGGATGGGTGGATAACCTTTA--TGGACCAATTGGCA-TG
dp4 GGGA--AGCGGG--CGACCTGCCCGTGTGCATTTTTCGGCCGGCCATTAGTAAGTTTTTCCTTAGATGATGC---------AAGGCCTTG---GATGGAACTGAAACATTGTGTAAC--------ATGACTCTCCA---------C--------AGTC-GTGCCCACC-TACCAGGA----GCCCGTCGTTGGTTGGACTGACAATCTGTA--CGGGCCCATTGCCC-TA
Per1 GGGA--AGCGGG--CGACCTGCCCGTGTGCATTTTTCGGCCGGCCATTAGTAAGTTTTTCCTTAGATGATGC---------AAGGCCTTG---GATGGAACTGAAACATTGTGTAAC--------ATGACTCTCCA---------C--------AGTC-GTGCCCACC-TACAAGGA----GCCCGTCGTTGGTTGGACTGACAATCTGTA--CGGGCCCATTGCCC-TA
Wil1 GGGA--GGCAGG--CAATCTACCAATCTGTATTTTTCGCCCTGGTGTCAGTAAG---------------TCC---------TCAAAATTC-----------------AACTTGTAACTATAGCTGTTAAATTTTCT---------CCTTATTATAGTT-ATTGCCACC-GCCAAGGA----GCCAGTTTCGGGTTGGATTGACAATTTATA--TGGACCAATTGCTA-TT
Vir3 CAGA--TATAACAAAAAGCTGCCCATTATCGTCACAAGGCCTTCCATCGGTATG---------------TAG----GTCCCGCTAACTGG---TTGGGCTTGACAAGTAACCATATT--------TATTTTTTTTTTTGTTCGCCC--------AGTG-ACGGCGGCCATACACGAG-----CCCATGCCCGGATGGATTGAGGGCGTGAA--CGGACCAACCGGTC-TA
Moj3 CAGA--GATGGC--CGGTCTGCCGGCAGCCATAGTTAGGCCATCCATAGGTGAG---------------TCGAAGTATAAATCTAATTGA---GAAGGCCC--TAACTGACTGCTAT--------TA------------------C--------AGTATACGG------TACACTGGAGCACCCCATGAAGGGCTGGGTGGGCAATGCCAACTCGGGTCACCTGGGCTTC
Gri2 CAGACGGAGGGCAGCGGTTTGCCCATAAGCATCTTTCGCCCGGGTGTCAGTAAG---------------TTC---------GTCGAATCA---TTAAGATCAGTAAGAAGATGTTCT--------CAGTCTCCATTT--------C--------AGTTATTGGCAGC--TACAAGGA----CCCCCTCCCGGGCTGGGTTGACAATCTATA--TGGTCCCATGGGGC-TA

miR-995   chr3R:16561624-16561754
Species Sequence
dm2 CTGCACCCCGCAGCCCGAATTATGTGGGAGCTGCGCCGT----TTCC-----------GTAATC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTACAGG-----------------A
Sim1 CTGTACCCCGCAGCCCGAATTATGTGGGAGCTGCGCCGT----TTCC-----------AAAGTC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTGCAGG-----------------A
Sec1 CTGTACCCCGCAGCCCGAATTATGTGGGAGCTGCGCCGT----TTCC-----------GAAGTC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTGCAGG-----------------A
Yak2 CTGCACCCCGCAGCCCGAATTATGTGGGAGCTGCGCCGT----TTCT-----------AAAATC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTGCAGG-----------------A
Ere2 CTGCACCCCGCAGCCCGAATTATGTGGGAGCTGCGCTGT----TTTC-----------AGGATC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTGCAGG-----------------A
Ana3 CTGTCCTACGCAGCCCGGATTCTGTGGGAGCTGCGCCGT----TCTT-----------TCTATC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTGCAGG-----------------G
dp4 CTGCACAACGCAGCCCGGATTCTGTGTGTGCTGCGCTGT--GTTCTT-----------AAAAGC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTGCGTGGTCAGCC-----------------A
Per1 CTGCACAACGCAGCCCGGATTCTGTGTGTGCTGCGCTGT--GTTCTT-----------AAAAGC----CGTAGCACCACATGATTCGGCTGCGTGGTCAGCC-----------------A
Wil1 CTTCACCAAGCAGCCCGGATTCTGCGAGTGCTGCGCTAC----AACA-----------AGAACTAAGACGTAGCACCACATGATTCGGCTTCATGGTGAAGT-----------------A
Vir3 CTGTACAACGAAGCCCGGATACTGTGTGTGTTGCGCTGT----TTAG------------AGGTA----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTGCACGCAACTGCAACAGA--GGG
Moj3 CTGAACTACGAAGCCCGGGTTTTGTGTGTGCCGCGCTGT----TTTG------------A-GTA----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTGGTAGTACAGGCTCATTCAACAAATTAGG
Gri2 CTGTACAGTGAAGCCCGGATTCTGTGTGTGCTGCGTTTGCTGATTTGCCATACACATAAATATA----CGTAGCACCACATGATTCGGCTTCGTGGTGCTAGCAACTCCA---------T

   chr3R:18118560-18118705
Species Sequence
dm2 TTGGACTCAAGGAGTACACCTCCGTCTTTGTGCTCAACGGGTAAGTGGTGTAGATGAAACAAATTTACCAACAATTTTGTTGGATTGTTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGACCTGGAACTGTTCAAGGAACTGGAG
Sim1 TCGGACTCAAGGAGTACACATCCGTATTCGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGACCTGGAACTGTTCAAGGAACTGGAG
Sec1 TCGGACTCAAGGAGTACACATCCGTATTCGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGACCTGGAACTGTTCAAGGAACTGGAG
Yak2 TCGGACTCAAGGAGTACACGTCCGTGTTTGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGACCTGGAACTGTTCAAGGAACTGGAG
Ere2 TCGGACTGAAGGAGTACACCTCCGTCTTTGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGACCTCGAGCTGTTCAAGGAACTGGAG
Ana3 TCGGACTCAAGGAGTACACTTCCGTGTTCGTGCTTAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTATGAGGACCTGGAGCTTTTCAAGGAGCTGGAA
dp4 TCGGCCTCAAGGAGTACACGTCCGTGTTCGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGGTACGAGGATCTCGAGCTCTTCAAGGAGCTGGAA
Per1 TCGGCCTCAAGGAGTACACGTCCGTGTTCGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGGTACGAGGATCTCGAGCTCTTCAAGGAGCTGGAA
Wil1 TCGGTCTCAAGGAATACACATCCGTATTCGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGATACGAGGATCTCGAGCTGTTCAAAGAACTGGAA
Vir3 TCGGTCTCAAGGAGTACACCTCGGTGTTTGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGATCTGGAACTGTTCAAGGAACTCGAG
Moj3 TCGGGCTCAAGGAGTACACCTCCGTCTTTGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGGTACGAGGATTTGGAGCTGTTCAAGGAACTCGAG
Gri2 TTGGCCTCAAGGAGTACACCTCGGTGTTCGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGATCTGGAACTGTTCAAGGAACTCGAG

miR-996   chr3R:25042885-25043022
Species Sequence
dm2 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TGGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Sim1 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TGGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Sec1 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TGGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Yak2 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TGGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Ere2 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TGGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Ana3 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TGTTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
dp4 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TTGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Per1 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TTGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Wil1 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGGTTTGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Vir3 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TTGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Moj3 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TTGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT
Gri2 CTCTATTTTGTCGGCGAACATGGATCTAGTGCACGG-TTGTTCATGATTAAGTTCGTGACTAGATTTCATGCTCGTCTATTAAGTTGGGT

miR-252   chr3R:9289920-9290053
Species Sequence
dm2 AAGTTCGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCGAGT
Sim1 AAGTTCGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCGAGT
Sec1 AAGTTCGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCGAGT
Yak2 AAGTTCGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCGAGT
Ere2 AAGTTCGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCGAGT
Ana3 GAAGTCGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCGAGT
dp4 CGGTTTGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCG-GT
Per1 CGGTTTGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTCGTGTCCGCAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGGCG-GT
Wil1 AGATTTGCTTTACTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTTGGTTCGTGTCCGTAATACCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGACGACT
Vir3 ====TTGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTTGTGTCCGCAATGCCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAAGCGACTAGT
Moj3 ====TTGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGGTTGTGTCCGCAATGCCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATCAAAGCGACGAGT
Gri2 ----TTGCTTTCCTAAGTACTAGTGCCGCAGGAGTTAGGTTTGTGTCCGCAATGCCTCCTGCTGCCCAAGTGCTTATTAAGGCGACGAAT

   chr3R:15746404-15746608
Species Sequence
dm2 TAAATCGTTTCCCTGACAGGTGCCTTCACCGACTCCCGCTAGAACAGATTATACACTGCCTATGG--TGTATACTTTGTGTTAGCGGGTGTCGGAGAAGCCACCAGTCAGGGAACGATTT
Sim1 TAAATCGTTTCCCTGACAGGTGCCTTCACCGACTCCCGCTAGAACAGATTATGCACATCCTATGGGGTGTATACTTTGTGTTAGCGGTTGTCGGAGAAGCCACCAGTCAGGGAACGATTT
Sec1 TAAATCGTTTCCCTGACAGGTGCCTTCACCGACTCCCGCTAGAACAGATTATACACAGCCTATGG--TGTATACTTTGTGTTAGCGGGTCTCGGAGAAGCCACCAGTCAGGGAACGATTT
Yak2 CTCATCGTTTCCTAGGCGGATGCCTTCACCCACTCCCACAAAAACGGATTATGCACAGCCTAGGG--TGGATACTTTGTTTTTGTGGGTGTCGGAGAAGACTTCAGCCAGGGAACGATTT
Ere2 CAAATCGTTTCCTAGGCGGGTGCCTTCCACGACTCCCACAAGAACGGATTATGCACAGCCCATGG--TGTATACTTTGTTTTTGTGGGTGTCGGAGAAGTCACCAGTCAGGGAACGATTT
Ana3 A-CAAGTCATTTCCCTCACGAGTTCGTTCGCCGACTCCAGCAAAAACTGAGTATCCAC-----------------------=======================================
dp4 A-CAAGTCATTTCCCTCGCGGGTGCGCTCGCCTACTCCGGCGAAAACAGAGTAAC---CGCCGTGGG--CTTTTGCTACGT=======================================
Per1 A-CAAGTCATTTCCCTCGCGGGTGCGCTCGCCTACTCCGGCGAAAACAGAGTAAC---CGCCGTGGG--CTTTTGCTACGT=======================================
Wil1 ========================================================================================================================
Vir3 A-CAGATCATTGCCCTCACGAGTACGTTCGCCAACGCCGGCGAACACAGAGTAACCACCATGTGCCT--TGGCCACATTGT=======================================
Moj3 ============================================AACAACGTAGCCAAGGCTCATGG--TGGCTACTCTGTGTTTGCTGGCGTTGGAGAGCGCACACGTGAAGGCAATGA
Gri2 ========================================================================================================================

miR-998   chr3R:17447580-17447763
Species Sequence
dm2 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCG---------------CT---------CCAG---GGCAAATT--GTTCATTTTGAAATTGAAATTCTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Sim1 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCG---------------CT---------CCAG---GGCCAATT--GTTCATTTTGAAATTGAAATTCTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Sec1 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCG---------------CT---------CCAG---GGCCAATT--GTTCATTTTGAAATTGAAATTCTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Yak2 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCG---------------CT---------CCAG---GGCCAATT--GTTCATTTTGAAATTGAAATTCTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Ere2 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCG---------------CT---------CCAG---GGCCAATT--GTTCATTTTGAAATTGAAATTCTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Ana3 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCTGCTGCTGCTGCTGCTCT---------CCAGTTTGGCCAATTTTGTTAATTTTGAAATTGAAATTTTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
dp4 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCA--------------TTT---------CCAG---GGCCAATT--GTTAATTTTGCGATTGAAATTTTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Per1 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCA--------------TTT---------CCAG---GGCCAATT--GTTAATTTTGCGATTGAAATTTTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Wil1 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTG--ACCG---------------CTGCTTTAAACCTGG---GGCCAATT--GTTCATTTTGAAATTGAAATTTTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Vir3 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCAGTG----CACTG--ACCG---------------TT---------GCAGA--GGGCAATT--GTTCAAATTGAAATTGAAATTTTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT
Moj3 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCAGTG----CACTGTAACCG---------------TT---------GCAGA--GGGCAATT--GTTCAAATTGAAATTGAAATTTTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAGTTT
Gri2 ATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCAGTG----CACTG--ACCG---------------TT---------GCAGA--GGGCAATT--GTTCATTTTGAAATTGAAATTTTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTT

miR-999   chr3R:17623928-17624073
Species Sequence
dm2 TCAATTACCCCGACATAGTCATACGGTGAATGTTGTGTATTGGAGACCAATGTTAACTGTAAGACTGTGTCTCGGTGGTTGCCA
Sim1 TCAATTACCCCGACATAGTCGTACGGTGAATGTTGTGTATTGGAGACCAATGTTAACTGTAAGACTGTGTCTCGGTGGTTGCCA
Sec1 TCAATTACCCCGACATAGTCATACGGTGAATGTTGTGTATTGGAGACCAATGTTAACTGTAAGACTGTGTCTCGGTGGTTGCCA
Yak2 TCAATTACCCCGACATAGTCATACGGTGAATGTTGTGTATTGGAGACCAATGTTAACTGTAAGACTGTGTCTCGGTGGTTGCCA
Ere2 TCAATTACCCCGACATAGTCATACGGTGAATGTTGTGTATTGGAGACCAATGTTAACTGTAAGACTGTGTCTCGGTGGTTGCCA
Ana3 TCAATTACCCCGACATAGTCGTACGGTGAATGTTGTGTATTGGAAAGCAATGTTAACTGTAAGACTGTGTCTCGGTGGTTgcca
dp4 =============CATAGTCGTACGGTGAATGTTGTGTATTGGA--CCAATGTTAACTGTAAGACTGTGTCTCGGTGGTTGTCA
Per1 TCAATTACCATGACATAGTCGTACGGTGAATGTTGTGTATTGGA--CCAATGTTAACTGTAAGACTGTGTCTCGGTGGTTGTCA
Wil1 TCAATTACCATGACATAGTCGTACGGTGAATGTTGTTTAT-GGAGTCCAATGTTAACTGTAAGACTGTGTCTCGGTGGTTGCCA
Vir3 TCAATTACCGTGACATAGTCGTACGGTGAATGTTGTGTAT-GGAGTCCAATGTTAACTGTAAGACTGTGTCTCGGTGGTTGTTA
Moj3 TCAATTACCGTGACATAGTCGTACGGTGAATGTTGTTTAT-GGAGTCCAATGTTAACTGTAAGACTGTGTCTCGGTGGTTGC-A
Gri2 TCAATTACCATGACATAGTCGTACGGTGAATGTTGTGTTT-GGAGTCCAATGTTAACTGTAAGACTGTGTCTTGGTGGTTGCCA

   chr3R:17624226-17624405
Species Sequence
dm2 TTTTCGGCGTGGCGGTAAATTGAATGATGAGTGGGAGGATGTCGCTGCCATTGTTTGGTTGATAAGGGAGCCTGGCGCACTATTACCTGGCTCTCTGAAACGAGAGCCCACCTGTCAATCAATACCACCCCGCCGATG
Sim1 TTTTCGGCGTGGCGGTAAATTGAATGATGAGTGGGAGGATGTCGCAGCCATTGTTTGGTTGATAAGGGAGCCTGGCGCACTATTACCTGGCTCTCTGAAACGAGAGCCCACCTGTAAATCAATACCACCCCGCCGAAG
Sec1 TTTTCGGCGTGGCGGTAAATTGAATGATGAGTGGGAGGATGTCGCAGCCATTGTTTGGTTGATAAGGAAGCCTGGCGCACTATTACCTGGCTCTCTGAAACGAGAGCCCACCTGTCAATCAATACCACCCCGCCGAAG
Yak2 TTTTCGGCGTGGCGGTAAATTGAATGATGAGTGGGAGGATGTCGCAGCCATTGTTTGGCTGATAAGGGAGCCTGGCGCACTATTACCTGGCCCTCTGAAACGAGAGCCCACCTGTCAATCAATACCACCCCGCCGAAC
Ere2 TTTTCGGCGTGGCGGTAAATTGAATGATGAGTGGGAGGATGTCGCAGCCATTGTTTGGCTGATAAGGGAGCCTGGCGCACTATTACCTGGCCCTGTGAAACGAGAGCCCACCTGTCAATCAATACCACCCCGCCGAAC
Ana3 -TTTCTCGGCGGGATACGGCCTCTCGTAAATTGAATGATGAGC---------------------AGGAGGATGTCGCCTGC-----------------CATTGTTTGGGAGATAA--GGCA-CCCAGGGGCTGGGAAC
dp4 CCTTTTCCTCG--------------AAATGCGGAGTGGGGAAA----------------------------===================================================================
Per1 -CTCTCACCCA--------------ACAAATTGAATGATGAACAGAGCCCGGCTGACAACAACAAGGATGATGTCGC-TGC-----------------CATTGTTCGCCCGATAA--GGGA-GC-TGGCA------AC
Wil1 -TTTTTCGATAC-------------CAAAATTGAATGATGAAC---------------------AGGCACC--------------------------------------TGACAACTTGGA-TGCGGGGGA-----AA
Vir3 ==========================================================================================================================================
Moj3 -GCTCGTGTCGGGCAC---------CAGAATTGAATGATTTGT---------------------GACTGACAGCAGC-AGCGGCGGGCCCCAAGGATGCGGGATATGGGTGATGG--GGTATGCGTGACGA-----GC
Gri2 ==========================================================================================================================================

   chr3R:19094921-19095067
Species Sequence
dm2 CGTGCAACACCTCAGCGGCTAACCCATCAGCCAGCTTCGG------TGGCAACGGCAGCAGCAGC---------GACG---TCAATAATctgctgctcgccagtgc------------tgctgccgctgccgc---cgc---------------ggctgccggtgatgg------cgctCAACTGTCCGCCAATGCGGCA
Sim1 CGTGCAACACCTCAGCGGCTAACCCATCCGCCAGCTTCGG------TGGCAACGGCAGCAGCAGC---------GACG---TCAATAATctgctgctcgccagtgc------------tgctgccgctgccgc---cgc---------------ggctgccggtgatgg------cgctCAACTGTCCGCCAATGCGGCG
Sec1 CGTGCAACACCTCAACGGCTAACCCATCCGCCAGCTTCGG------TGGCAACGGCAGCAGCAGC---------GACG---TCAATAATctgctgctcgccagtgc------------tgctgccgctgccgc---cgc---------------ggctgccggtgatgG------CTCTCAACTGTCCGCCAATGCGGCG
Yak2 CGAGCAACCCATCGGCGGCTAACCCATCCGCCAGCTTCGG------TGGCAACGGCAGCAGCAGC---------GACG---TCAATAATCTGCTGCTCGCCAGTGC------------CGCTGCCGCTGCCGC---CGC---------------GGCTGCCGGTGATGG------CGTTCAATTGTCCGCCAATGCGGCA
Ere2 CGAGCAATACCTCGGCGGCCAACCCATCCGCCAGCTTCGG------TTGCAACGGCAGCAGCAGC---------GACG---TCAATAATctgctgctcgccagtgc------------tgctgccgctgccgc---cgc---------------ggctgccggtgatgG------CGTCCAACTGTCCGCCAGTGCGGCC
Ana3 CGGGCGGTAGCCCCGCGAGCCACGCATCGGCCAGCGTCGGCGTTGGTGGCAACGGCAGTAGCAGC---------GGCG---TGAACAATCTGCTGCTCGCCAGTGCGGCAgccgctgctgctgccgctgccgc---cgc---------------ggctgctgGCGATGGTGTTGGCGTCCAACTGTCGGCCAACGCGGCG
dp4 TGAACCAGAACCAG------------------AGCAGCGG------AGACAACGGCATCAGCAGT---------GGCA---GCACGAATCGTCTGAATGCCGCTAC------------TACTGCCGTTGCCGC---CGCCTCTGGCGATGGTGTGGGCGTTGGCGTTGG------TGTCCAACTGTCGGCCAATGCGGCC
Per1 AGAACCAGATCCAG------------------AGCAACGG------AGACAACGGCATCAGCAGT---------GGCA---GCACGAATCGTCTGAATGCCGCTAC------------TACTGCCGTTGCCGC---CGCCTCTGGCGATGGTGTGGGCGTTGGCGTTGG------TGTCCAACTGTCGGCCAATGCGGCC
Wil1 CAGgcaacaacaatatgaccaacagtagcgtctgcgtcag------cggcaacggcagcagcagc---------ggcggAGTCAACAACTTGCTGCTCGCCAGtgcggctgc------tgctgccgctgccgc---cgc---------------cgctgctgGAGACGG------CGTCCAATTGTCCGCCAATGCGTCG
Vir3 caagc---------------------------ggcgccgg------aggtaacggcagcagcagcagcagc---ggcG---TTAATAACTTGCTACTTGGCAATTCGGCGAC------TGCTGCAGCTGCCGCTGTCGC---------------TGCCACTGGCGATTG------CGGTCAATTGTCGGCGACTGCAGTG
Moj3 caagc---------------------------ggcgccgg------aggtaacggcagcagcagcagcagc---ggcG---TTAATAACTTGCTACTTGGCAATTCGGCGAC------TGCTGCAGCTGCCGCTGTCGC---------------TGCCACTGGCGATTG------CGGTCAATTGTCGGCGACTGCCGTG
Gri2 caagc---------------------------ggcgccgg------aggtaacggcagcagcagcagcagcagcggcg---ttaataacTTGCTACTTGGCAATTCGGCGAC------TGTTGCAACTGCCGCTGTCGC---------------TGCCCCTGACGATTG------CGGTCAATTGACGGCGACTGCAGTT

miR-1000   chr3R:21414560-21414700
Species Sequence
dm2 CGCTTGCCATTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTAACACTATATTATA--GTTTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTC
Sim1 CGCTTGCCATTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTTACACTATATTATA--GTTTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTC
Sec1 CGCTTGCCATTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTAACACTATATTATA--GTTTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTC
Yak2 CGCTTGCCATTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTAACACTATATTATA--GCTTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTC
Ere2 CGCTTGCCATTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTAACACTATATTATA--GCTTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTC
Ana3 CGCTTGCCGATGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTAATTCTATACTATATAGCTTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTC
dp4 CGCTTGCCATTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTAA--CTTAATTATA--GCCTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGCC
Per1 CGCTTGCCATTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTAA--CTTAATTATA--GCCTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGCC
Wil1 -GCTTGCCAGTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATAGTAA--CATATTCATT--TCGTACTGCTGAGCCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTC
Vir3 CGCTTGCCAGTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTAC-GTTAAGCAATT--G-GTACTGCTGAGCCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTC
Moj3 CGCTTGCCAGTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTAA-ATTAAGCAATT--G-GTACTGCTGAGCCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTC
Gri2 CGCTTGCCAGTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTTA-ATTAAGCAATT--G-GTACTGCTGAGCCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTT

miR-1001   chr3R:23468167-23468297
Species Sequence
dm2 CTGGCCTGTCCCTGGGTAAACTCCCAAGGATCAGGTGGAGATTGAATCCCGATCCTTGGGTTTCTGCTCTCGGGCAAGGTCAGT
Sim1 CTGGCCTGTCCCTGGGTAAACTCCCAAGGATCAGGTGGAGATTGAATCCCGATCCTTGGGTTTCTGCTCTCGGGCAAGGTCAGC
Sec1 CTGGCCTGTCCCTGGGTAAACTCCCAAGGATCAGGTGGAGATTGAATCCCGATCCTTGGGATTCTGCTCTCGGGCAAGGTCAGC
Yak2 CTGGCCTGTCCCTGGGTAAACTCCCAATGATCCGGTGTACATTGAATTCGGATCCTTGGGTTTGAGCCCAAGGACAAGGACAGT
Ere2 CTGGCCTGTCCCTGGGCAAACTCCCAATGATGCGGTGTACATAGAATCCCGATCCTTGGGCTTCTGCCCACGGGCAAGGACAGT
Ana3 ATA----GATGATG-------TGAGCTGTC-CTGTCCC--------TGGG----------------------AGGATCACCTGT
dp4 ATACTTAGATGATGATACATATAAGCTGATTCTCTCCCAGTGG---CGGACACACGGCAGATGGTGGCTTTACCGATCCGATA-
Per1 ATACTTAGATGATGATACATATAAGCTGATTCTCTCCCAGGGG---CGGATACACGGCAGATGGTGGCTTTACCGATCCGATA-
Wil1 ===========ATG-------GAGGCAAGA-GTGTCCAGATTGCCTTGGCCAAAT--------------------ATTGGGATT
Vir3 -----------GTT-------TATACC----CTTTC---------------------CAATGTTAAGCCCCTTGGAA--AATGT
Moj3 -----------GTT-------TATGCT----CTTTCC----------------------------------------CAAGCGT
Gri2 -----------=========================================================================

miR-11   chr3R:17448198-17448313
Species Sequence
dm2 AGGCGC---ACTTGTCAAGAACTTTCTCTGTGACCCGCGT----G----------TACTTAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGTGCGA-AATC
Sim1 AGGCGC---ACTTGTCAAGAACTTTCTCTGTGACCCGCGT----G----------TACTTAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGTGCGA-AATC
Sec1 AGGCGC---ACTTGTCAAGAACTTTCTCTGTGACCCGCGT----G----------TACTTAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGTGCGA-AATC
Yak2 AGGCGC---ACTTGTCAAGAACTTTCTCTGTGACCTGCGT----G----------TACTTAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGCGA-AATC
Ere2 AGGCGC---ACTTGCCAAGAACTTTCTCTGTGACCTGCGT----G----------TACTGAAAAGCCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGCGG-AATC
Ana3 AGGCGC---ACTTGCCAAGAACTCTCTCTGTGACTTGTGTCCTTT----------TTTTCGAAACTCACATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGAGCGGGAATC
dp4 AGGCCC---TCTTGTCAAGAACTTATTCTGTGACCTGCGT----GA---------CATTT---AGCCACATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGTGA-ACTC
Per1 AGGCTC---TCTTGTCAAGAACTTATTCTGTGACCTGCGT----GA---------CATTT---AGCCACATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGTGA-ACTC
Wil1 AGAAGCCCTTCTTGTCAAGATCTCTCTCTGTGACCTGCGT----GAGATTTATCATATATGAAAACCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGTGA-GCTA
Vir3 AAGCGC---ACTTATCAAGAACTTTTTCTGTGACTTGCGT----GAACTCT----TATATGCAAACCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTTAGCGCGC-ACTT
Moj3 AAGCGC---ACTTAACAAGAACTTTTTCTGTGACCTGCGT----GAATTCC----TATATGCAAACCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTTAGCGCGC-ACTT
Gri2 AAGCCC---ACTCGTCAAGAACTCTCTCTGTGACTTGCGT----GAACTTT----CATGTGAAAATCGCATCACAGTCTGAGTTCTTGCTGAGCGCGC--TTT

miR-12   chrX:15343389-15343503
Species Sequence
dm2 CGTCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCTTAAATCCAACAACCAGTACTTATGTCATACTACGCCGTGCACGGATC
Sim1 CGTCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCTGAAATCCAACAACCAGTACTTGTGTCATACTACGCCGTGCACGGATC
Sec1 CGTCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCTGAAATCCAACAACCAGTACTTGTGTCATACTACGCCGTGCACGGATC
Yak2 ========================================================================================
Ere2 CGTCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCTTAAAACCAACAACCAGTACTTATGTCATACTACGCCGTGCACGGATC
Ana3 CGTCTGTACGGCTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCTTTAATCCAACAACCAGTACTTATGTCATACTACGCCGTGCACCGATC
dp4 CGTCTGTACGGCTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCTTTAAATCCAACAACCAGTACTTATGTTATACTACGCCGTGCACTGATC
Per1 CGTCTGTACGGCTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCTTTAAATCCAACAACCAGTACTTATGTTATACTACGCCGTGCACTGATC
Wil1 CGCCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCTTTAATCCAACAACCAGTACTTATGTCATACTACGCCGTGCACGGATC
Vir3 cGTCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCATTTAACTAACAACCAGTACTTATGTCATACTACGCCGTGCAGTGGGC
Moj3 CGTCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCAATTAACTAACAACCAGTACTTATGTCATACTACGCCGTGCAGTGGGC
Gri2 CGTCTGTACGGTTGAGTATTACATCAGGTACTGGTGTGCCATTTAACCAACAACCAGTACTTATGTCATACTACGCCGTGCAGTGGGC

miR-124   chr2L:17562278-17562418
Species Sequence
dm2 CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCCACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGCA
Sim1 CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCCACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGCA
Sec1 CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCCACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGCA
Yak2 CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCCACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGCA
Ere2 CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCCACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGCA
Ana3 CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCGACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGAA
dp4 CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCGACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGGACGAA
Per1 CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTATATGTATTTCGACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGGACGAA
Wil1 CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGCAGGCCTATATGTTATTTGACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGAA
Vir3 CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTCTATGAATTTTGACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGAA
Moj3 CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTCTATGAATTTTGACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGAA
Gri2 CGTTTTTCTCCTGGTATCCACTGTAGGCCTCTATGTTTTTTGACCATAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGCGAACGAA

miR-125   chr2L:18468223-18468373
Species Sequence
dm2 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Sim1 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Sec1 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Yak2 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Ere2 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Ana3 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
dp4 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Per1 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Wil1 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Vir3 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Moj3 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT
Gri2 TGTATGGCTGATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGACTTTTAATACCAGTTTCACAAGTTTTGATCTCCGGTATTGGACGCAAACT

miR-133   chr2L:20604189-20604327
Species Sequence
dm2 AAC-ACTGTGTGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTG-TT-TTTCAAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCCAGTGGTTG
Sim1 AAC-GCTGTGTGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTG-TT-TTTTAAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCCAGTGGTTG
Sec1 AAC-GCTGTGTGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTG-TT-TTTTAAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCCAGTGGTTG
Yak2 AAC-GCTGTGTGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTGTTT-TTCCAAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCCAGTGGTTG
Ere2 AAC-GCTGTGTGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTG-TT-TTCCTAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCCAGTGGTTG
Ana3 AAC-GCTGTATGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTATCT-TTTCAAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAG-CAGTGGTTG
dp4 AACGGCTGTATGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTATTT-TATCAAGTATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAT-CAGTGGTTG
Per1 AACGGCTGTATGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTATTT-TATCAAGTATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAT-CAGTGGTTG
Wil1 AAC-ACTGAATGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTATTTATTTGAAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAG-CAGTGGTTG
Vir3 AAC-GCTGTGTGTAGTTGGTTGACATCGGGTCAGATCTATTT-CTGAAAGCATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAG-CAGTGGTTG
Moj3 AAC-GCTGTGTGTAGTTGGTTGACATCGGGTCAGATCTGTTT-TT-CGAGAATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAG-CAGTGGTTG
Gri2 AAC-GCTGTATGTAGCTGGTTGACATCGGGTCAGATCTATTT-ATTCGAGTATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAG-CAGTGGTTG

miR-13a   chr3R:11243243-11243358
Species Sequence
dm2 A-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGACTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATC--G
Sim1 G-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGACTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATC--T
Sec1 G-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGACTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATC--T
Yak2 A-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGCCTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATC--T
Ere2 A-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-TTGTGAAATGTCGACTATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATT--T
Ana3 G-------TTCTTACGTAACTCCTCAAAGGG-CTGTGAAATGTTG-CCATTAT---CTACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGGGA--ATCG-T
dp4 ----------CTTACGTAACCCATCAAACGG-TTGTGAAATGTTG-CATTTAT---CAAATCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGTGG--AATGGC
Per1 ----------CTTACGTAACCCATCAAACGG-TTGTGAAATGTTG-CATTTAT---CAAATCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGTGG--AATGGC
Wil1 GATGGAATTTCTTACGTAACTCTTCAAGGGGGTTGTGAAATGTTG-CCATTTTATTCAACTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGAGTATT--C
Vir3 A-------TTCTTGCGTAACTCTTCAAGGGG-TTGTGAAATGTTG-CCGTTAT---CAAGTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATT--G
Moj3 A-------TTCTTGCGTAACTCTTCAAGGGG-TTGTGAAATGTAG-CCATTAT---CAAGTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGTGA--ATT--G
Gri2 A-------TTCTTGCGTAACTCTTCAAGGGG-TTGTGAAATGTGG-GTATTAT---CAAGTCATATCACAGCCATTTTGATGAGTTTCGTGCGA--ATT--G

miR-13b-1   chr3R:11243109-11243217
Species Sequence
dm2 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CAC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Sim1 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Sec1 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Yak2 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Ere2 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGAACTTATGT---ATT-CGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Ana3 TCTTATACCATGTCGTTAAAAGGCTTGTGACCTTATGT---ATTTCGC-AATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
dp4 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGACCTTATGT---ACT-CTTGAATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTACAGAAA
Per1 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGACCTTATGT---ACT-CTTGAATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTACAGAAA
Wil1 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTTTGTGACTTTATGTTGTGTC-TCT-ATTCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Vir3 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGCCTGTGACCTTATGT---ATT-TTA-TATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Moj3 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGTCTGTGACCGTATGT---ATT-CAC-TATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA
Gri2 TCTTATACCATGTCGTTAAAATGCTTGTGACCTTATGT---ATT-TTA-TATCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGGTAAAGAAA

miR-13b-2   chrX:8936430-8936540
Species Sequence
dm2 CTGTCTATTAACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGTTG-GACAG-CC
Sim1 CTGTCTATCAACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGTTG-GGCAG-CC
Sec1 CTGTCTATCAACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGTTG-GGCAG-CC
Yak2 CTGTCTAGTAACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGCTG-----G-CC
Ere2 CTGTCTATTAGCGCGTCAAAGTGACTGTGAACTATGTGGATTTG-----ACT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGTTG-----G-GC
Ana3 CTGTTTCCCAGCGCGTCGAAATGACTGTGACTTATGCGTATTTG-----ATG-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGGTG-GACAG-TG
dp4 CTGCACATTTACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGTTTTTG-----ATC-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATG-TGCAGTCC
Per1 CTGCACATTTACGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTGTTTTTG-----ATC-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATG-TGCAGTCC
Wil1 ATGTCCATGGTCGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTTAACCGGTCAGAAAT-----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTCGATG-GGCAT-AC
Vir3 CTCCATATTGGCGCGTCAAAATGACTGTGAGCTATGTTGTTGCA-----TTTGCCATTCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATGTGGCAG-CC
Moj3 CTCCATATTTGCGCGTCAAATTGACTGTGAGCTATGTTTATGAG-----ATTA----TCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATGTGGCAG-CC
Gri2 CTCCATATTGGCGCGTCAAATTGACTGTGAGCTATGTTGTTGCA-----GTTGTAATTCATATCACAGCCATTTTGACGAGTTTGATGTGGCAG-CC

miR-14   chr2R:5065554-5065657
Species Sequence
dm2 TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTATTAAATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Sim1 TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTATTAAATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Sec1 TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTATTAAATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Yak2 TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTATTAAATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Ere2 TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTATTAAATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Ana3 TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTATTAAATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
dp4 TGCATTC-ATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTTTGAAGTAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Per1 TGCATTC-ATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTTTGAAGTAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Wil1 TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGAGGACTCACTGTGCTTTTTATATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Vir3 TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTTTTATATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Moj3 TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGATTTTTATATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG
Gri2 TGCAACCTATGTGGGAGCGAGACGGGGACTCACTGTGCTTTTTATATAGTCAGTCTTTTTCTCTCTCCTATACAAATTGCGGG

miR-184   chr2R:8845288-8845428
Species Sequence
dm2 GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCTCGCCCCGTGTGCACTTAAAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Sim1 GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCTCGCCCCGTGTGCATTTAAAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Sec1 GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCTCGCCCCGTGTGCATTTAAAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Yak2 GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCTCGCCCCGTGTGCATT-GAAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Ere2 GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCTCGCCCCGTGTGCATTTAAAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Ana3 GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCGCGCCCCGTGTGCATAATGAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
dp4 GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCGCGCCCCGTGTGCATTAAAAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Per1 GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCGCGCCCCGTGTGCATTAAAAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Wil1 GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCGCGCCCCGTGTGCATATCTAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Vir3 GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCGCGCCCCGTGTGCATATCTAGACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Moj3 GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCGCGCCCCGTGTGCATATCTATACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA
Gri2 GTGCATTCGTACCCTTATCATTCTCTCGCCCCGTGTGGATAACTATACAACTGGACGGAGAACTGATAAGGGCTCGTATCACCAA

miR-210.2   chrX:17962135-17962275
Species Sequence
dm2 GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Sim1 GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Sec1 GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Yak2 GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Ere2 GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Ana3 GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
dp4 GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGATTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Per1 GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGATTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Wil1 GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTT--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGGCCA
Vir3 GGTACTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTC--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGACCA
Moj3 GGTGCTTATTGCAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGACTC--AAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGATGCCA
Gri2 GGAGCTTATTGGAGCTGCTGGCCACTGCACAAGATTAGATTCAAAAGACTCTTGTGCGTGTGACAGCGGCTATTGTAAGAGACCA

miR-219   chr3L:17280244-17280384
Species Sequence
dm2 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Sim1 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Sec1 AATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Yak2 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Ere2 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATTCAATATTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Ana3 AATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-ATTCAAATACTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATACG
dp4 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATCCAATACTCAAGGGTTGTGACTGGACATCGCGGCTCGAAATAAG
Per1 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TATCCAATACTCAAGGGTTGTGACTGGACATCGCGGCTCGAAATAAG
Wil1 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TTTCAAATACTCAAGGGTTGCATCTGGGCATCGCGGCTCGAAATAAG
Vir3 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TTTCAAATACTCAAGGGTTGCGACTGGGCATCGCGGCTCGAAATGAG
Moj3 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGATTTTTAAATACTCAAGGGTTGCATCTGGGCATCGCGGCTCGAAATGAG
Gri2 GATTTTTAGCTATGATTGTCCAAACGCAATTCTTGTTGA-TTTCAAAAACTCAAGGGTTGCATCTGGGCATCGCGGCTCGAAATGAG

miR-263a   chr2L:11953389-11953523
Species Sequence
dm2 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTAATTTTTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Sim1 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTAATTTTTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Sec1 CTCGACACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTAATTTTTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Yak2 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTACTTTTTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Ere2 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTACTTTTGATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGAGAAT
Ana3 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTAATTTCTATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGATT
dp4 CCCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGT-TTTTCAATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGACT
Per1 CCCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGT-TTTTCAATACA-ACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGACT
Wil1 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTTTTTATTTAACACACCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGATT
Vir3 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTTTTTATAACACG--CCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGA-T
Moj3 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTTTTTCTAACACG--CCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGA-T
Gri2 CTCGGCACAGTTAATGGCACTGGAAGAATTCACGGGGTTATTTTAACACG--CCCGTGATCTCTTAGTGGCATCTATGGTGCGGGA-T

miR-263b   chr3L:15808644-15808774
Species Sequence
dm2 CTGACTTTGAGTCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGACTTT-AT----TATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAACTTAAAAACCGGC
Sim1 CTGACTTTGAGTCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGACTTG-AT----TATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAACTTAAAAACCGGC
Sec1 CTGACTTTGAGTCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGACTTG-AT----TATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAACTTAAAAACCGGC
Yak2 CTGACTTTGAGTCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGACTTT-AT----TATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAATTTAATCAACGGC
Ere2 --GACTTTGAGTCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGATTTT-AT----TATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAATTTAATCAACAGC
Ana3 CTGTCTTTGAATCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGATTTT-AT----TATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAATTGAAATAATGGC
dp4 CTGGCATTGGCTCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGGTTTCCAT---ATATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAATCGAATGTTCGGC
Per1 CTGGCATTGGCTCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGGTTTTCAT---ATATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCCCAAAATCGAATGTTCGGC
Wil1 CTCACAATGCATCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGATTCTTATTCGATATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAATCTAATGTTTGAG
Vir3 CTGCCATTTCATCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTCGATTAC-AT--AATATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAAATGTAATGTG----
Moj3 ===========================================================================================
Gri2 CTGCCATTACATCTTGGCACTGGGAGAATTCACAGTTGGTTAT-AT--AATATTCTGTGGTTCTGCGGGTGCC-AAACTGTAATGTG----

miR-274   chr3L:11630844-11630984
Species Sequence
dm2 TTGCAGTTTCGTTTTGTGACCGACACTAACGGGTAATTGTTTGGCCG------------C-CAGGA----------------T--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATTATGAAATTGCAGC
Sim1 ==========================================================================================================================
Sec1 TTGCAGTTTCGTTTTGTGACCGACACTAACGGGTAATTGTTTGATCA------------C-CAGGA----------------T--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATCATGAAATTGCAGC
Yak2 TTGCAGTTTCGTTTTGTGACCGACACTAACGGGTAATTGTTTGGTCG------------C-CAGGA----------------T--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATCATGAAATTGCAGC
Ere2 TTGCAGTTTCGTTTTGTGACCGACACTAACGGGTAATTGTTTGGCCG------------C-CAGGA----------------T--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATCATGAAATTGCAGC
Ana3 TTGCAGTTTCGTTTTGTGACCGACACTAACGGGTATTTTACAGGACA------------TACAGGA----------------T--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATCCTGAAATTGCAGC
dp4 CTGCAGTTTCATTTTGTGACCGACACTAACGGGTAA-TGGCTGGCCG--------------CAGGA----------------C--TACTCGTTTTTGCGATCAC-AATACTGAAATTGCAGC
Per1 CTGCAGTTTCATTTTGTGACCGACACTAACGGGTAA-TGGCTGGCCG--------------CAGGA----------------C--TACTCGTTTTTGCGATCAC-AATACTGAAATTGCAGC
Wil1 TTGCAGTTTCATTTTGTGACCGACACTAACGGGTAG-TAACGGGTTA------------A-CAAAGTCGTTTTTCTGGCCTTT--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATTCTGAAATTGCAGC
Vir3 TTGCAGTTTCGGTTTGTGACCGACACTAACGGGTAGTT---GGGGCA-CCTCGAATAC-G-CTGTT----------------T--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATTCTGAAATTGCAAC
Moj3 TTGCAGTTTCGGTTTGTGACCGACACTAACGGGTAGTT---GAGGCA-TCTCGTATTC-G-CTGTT----------------TTATACTCGTTTTTGCGATCACAAATTCTGAAATTGCAAC
Gri2 TTGCAGTTTCGGTTTGTGACCGACACTAACGGGTAGTTAA-AGGGCATCCTCGCATTCTG-CTGGC----------------T--TACTCGTTTTTGCGATCACAAATTCTGAAATTGCAAC

miR-275   chr2L:7425774-7425912
Species Sequence
dm2 TCTCCTACCTTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTTTTATAT---ACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGGC-AGA
Sim1 TCTCCTACCTTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTTTTATAT---ACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGGC-AGA
Sec1 TCTCCTACCTTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTTGTTTTTTATAT---ACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGGC-AGA
Yak2 TCTCCTACCTTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTTTTATAT---ACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGCC-AGA
Ere2 TCTCCTACCTTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTTTTATAT---ACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGCC-AGA
Ana3 TCTCCTACCTTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTTT--GCA---ACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGGC-AGA
dp4 TCTCCTACCATGCGCGCTAATCAGAGACCGGGGCTGGTTTTTTCACT---GCAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGCT-AGA
Per1 TCTCCTACCATGCGCGCTAATCAGAGACCGGGGCTGGTTTTTTCACT---GCAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGCT-AGA
Wil1 TCTCTTACCTTGCGCGCTAATCAGTGACCAGGGCTGATTTATTCAAT---ACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTTTT-AGA
Vir3 TCTTTTACCGTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTTGGTTATCCCACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGGCCAGA
Moj3 TCTTTTACCGTGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTCGATTATCTCACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGGCTAGA
Gri2 TCGTTTACCGCGCGCGCTAATCAGTGACCGGGGCTGGTTTTGATTATCCCACAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGTGGTGGCCAGA

miR-276a   chr3L:10339154-10339292
Species Sequence
dm2 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Sim1 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Sec1 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Yak2 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Ere2 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Ana3 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTAACA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCTAA
dp4 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCATA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Per1 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCATA--TT--ATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Wil1 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CA--TTTAATAAACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Vir3 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CAATTT--ATATACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Moj3 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--CAATTT--AAATACTCGTAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA
Gri2 GTTTTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTT--AAATTT--AAATACTCATAGGAACTTCATACCGTGCTCTTGGAAGACCAAA

miR-276b   chr3L:10293711-10293850
Species Sequence
dm2 CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCCTATATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Sim1 CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCC--TATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Sec1 CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCC--TATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Yak2 CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCC--TATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Ere2 CTTTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTTCC--TATT----C--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGACTGTC
Ana3 CTATTTGCCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCC--ACTTAAACT--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
dp4 CTCTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCC-GTATC----CAAAGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Per1 CTCTTTACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCC-GTATC----CAAAGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Wil1 CTATTTACCATAAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCA--AATTGCAAT--AATCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Vir3 CTATATACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCA--AATTGCAAT--AATCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Moj3 CTATATACCATCAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCA--AATTGCAAT--AGTCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC
Gri2 CTATTTACCATTAGCGAGGTATAGAGTTCCTACGTGCA--AATTGCAAT--AATCGTAGGAACTTAATACCGTGCTCTTGGAGGGCTGTC

miR-277   chr3R:5925723-5925863
Species Sequence
dm2 GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCT-G-AAGCATGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Sim1 GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCC-A-AAGCATGTAAATGCATTATTTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Sec1 GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCT-G-AAGCATGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Yak2 GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCT-G-AAGCATGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Ere2 GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACTATCT-G-AAGCATGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Ana3 GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-G-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
dp4 GGTTTTGGGTTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-G-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Per1 GGTTTTGGGTTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-G-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Wil1 GGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAAATTTCTAA-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Vir3 AGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-GAAAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Moj3 AGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-G-AAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA
Gri2 AGTTTTGGGCTGCGTGTCAGGAGTGCATTTGCACTGAAACATTCT-GAAAGCTTGTAAATGCACTATCTGGTACGACATTCCAGAACGTA

miR-278   chr2R:11171908-11172046
Species Sequence
dm2 GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTG---TCATTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Sim1 GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTG---TCCTTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Sec1 GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTG---TCCTTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Yak2 GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTG---TCCTTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Ere2 GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTG---TCCTTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Ana3 GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTG---TCCTTCGAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
dp4 GGTACGGTGCGACCGGACGATGGTTCACAACGACCGTG---TCTCTTAAACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Per1 GGTACGGTGCGACCGGACGATGGTTCACAACGACCGTG---TCTCTTAAACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Wil1 GGTACGGTGCGACCGGATGACGGTTCACAACGACCGTG---TCAATTTTACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Vir3 GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTGCA-TACTTTTAACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Moj3 GGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTACAGTTTTTTCAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT
Gri2 GGTACGGTGCGACCGGATGACGGTTCACAACGACCGTGCT-TATTTTTAACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTT

miR-279   chr3R:25041286-25041426
Species Sequence
dm2 ACTACTGTTTTTAGTGGGTGGGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Sim1 ACTGCTGTTTTTAGTGGGTGGGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Sec1 ACTGCTGTTTTTAGTGGGTGGGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Yak2 ACTACTGTTTTTAGTGGGTGAGGGTCCAGTGCTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Ere2 ACTACTGTTTTTAGTGGGTGGGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Ana3 ACTACTGTTTTTAGTGGGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTCT---GTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
dp4 ACTACTGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Per1 ACTACTGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GATTTTCTTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Wil1 actactGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-AAATAT-TTAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAATAACGGTAGTTC
Vir3 ACTACTGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATTCGTTTTTTCAAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAACAACGGTAGTTC
Moj3 ACTACTGTTTTTAGTGAGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GTTTGCTTAAGTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAAAAACGGTAGTTC
Gri2 ATTACTGTTTTTAGTGGGTGAGGGTCCAGTGTTTCACATT-GTTTATTT--GTATTTGTGACTAGATCCACACTCATTAAAAACGGTAGTTC

miR-281-1   chr2R:7686259-7686389
Species Sequence
dm2 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AAACTATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Sim1 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AAAGCATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Sec1 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AAACCATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Yak2 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AATTCATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Ere2 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--AAACCATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Ana3 GAATACGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--ATACCT----ATAACACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
dp4 GAATAGGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCAAC--GTACCAATT--TAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Per1 GAATAGGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCAAC--GTACCAATT--TAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAC
Wil1 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAGTTAAACGATTT--TAAAACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATGATATTCGAC
Vir3 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--TAACAAATG--TAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATGATATTCGAC
Moj3 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--TAAAGATTG--TAAAACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATGATATTCGAC
Gri2 GAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG--TATAAATTT--TAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATGATATTCGAC

miR-281-2-3p   chr2R:7686039-7686171
Species Sequence
dm2 AATTGTGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--A-AGA----CCGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAACATTCGAA
Sim1 AATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAG----A-AAG----CATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGA-
Sec1 AATTGTGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--A-AGA----CCGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAACATTCGAA
Yak2 AATAGTGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--A-ATA----CCAATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAA
Ere2 AATTGTGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--A-ATA----CCGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAACATTCGAA
Ana3 AATAGTGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTTAAA-ACA----CGGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAACATTCGAA
dp4 AATAGTGAAATAAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--A-AT-----CAGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAA
Per1 AATAGTGAAATAAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--A-AT-----CAGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAA
Wil1 AATAGCGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCCAGTTT-A-ATACATCCGAATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAA
Vir3 AATAGCGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGCT--ATA------CAGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAA
Moj3 AATAGCGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--ATATA----CATATTTTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAA
Gri2 AATAGCGAAATGAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCAAGTT--ATATA----CCGATTGTAATACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCGAA

miR-282   chr3L:3234533-3234670
Species Sequence
dm2 TCCTTCTAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTCGAA--AG-CCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGCG
Sim1 TCCTTTTAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTCGAA--AG-CCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGCG
Sec1 TCCTTTTAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTCGAA--AG-CCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGTG
Yak2 TCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATACGAA--AG-CCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGTG
Ere2 TCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTCAAA--AG-CCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGCG
Ana3 TCCTTATAGATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTCGAA--AG-TCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGCG
dp4 GCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTTGAA--AACCCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGAA
Per1 GCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTTGAA--AACCCGATCAGACATAGCCTATAAGAGGTTAGGTGTACCAAGGAA
Wil1 TCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTTGGA--TT------CAGACATAGCCTATGAGAGGTTAGGTGTACCAAGGAG
Vir3 TCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTCGAT--AT-ACGGTCAGACATAGCCTATGAGAGGTTAGGTGTACCAAGGGG
Moj3 TCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCATTTGAT--AT-AAGATCAGACATAGCCTATGAGAGGTTAGGTGTAGCAAGGGG
Gri2 TCCTTATAAATCTAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTGTGCACTTTTTCAAT-TCAATCAGACATAGCCTATGAGAGGTTAGGTGTACAAATGGA

miR-283   chrX:15341872-15342012
Species Sequence
dm2 ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTAAGCCTAAATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Sim1 ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTAAGCCTAAATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Sec1 ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTAAGCCTAAATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Yak2 ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTAAGCCTAAATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Ere2 ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTAAGCCTAAATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Ana3 ATTCTTAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTATGCCTGATTA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTCGAATTG
dp4 ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTAAGCA-AGATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Per1 ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTAAGCA-AGATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Wil1 ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCTATGCCTAGATATTTGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Vir3 ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCAATGCCTAAATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG
Moj3 ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCAATGCCC-AATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATATACTTTTTTGAATTG
Gri2 ATTCTCAAAGGTAAATATCAGCTGGTAATTCTGGGAGCAATGCCA-AATA--TGAAACACTCGGAATTTCAGTTGGTATCGACTTTTTTGAATTG

miR-284   chr3R:8377216-8377356
Species Sequence
dm2 TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTGAGGG-CAAGGCTTGAATAATGCTCCTGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCGA
Sim1 TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTGAGGG-CAAGGCTTGAATACTGCTCCTGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCGA
Sec1 TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTGAGGG-CAAGGCTTGAATACTGCTCCTGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCGA
Yak2 TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTGAGGG-CAAGGCTTGAGTACTGCTTCTGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCAA
Ere2 TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTGAGGG-CAAGGCTTGAGTACTGCTTCTGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCAA
Ana3 TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTGAGGG-CAAGGCTTGAGAACTGCTTCAGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCAA
dp4 TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGGGAAGG-CAAGGCTTGAGCACTGCTTCTGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCAA
Per1 TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGGGAAGG-CAAGGCTTGAGCACTGCTTCTGAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCAA
Wil1 TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTTAGGGGAAAGGCTTGAGCATTGCATACTAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCAA
Vir3 TGCGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTAAAGG-GAAGGCTTGTGCACTGCTTACAAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCCCAA
Moj3 TGCGTTGCAGTTCCTGGAATAAAGTTGACTGTGTCGCCTGTAAGGG-GAAGGCTTTTGCATTGCTTACAAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAACTGCGGCCCAA
Gri2 TGGGTTGCAGTTCCTGGAATTAAGTTGACTGTGTAGCCTGTAAGAG-GAAGGCTTGTGCACTGCTTACAAAGTCAGCAACTTGATTCCAGCAATTGCGGCTCAA

miR-285   chr3L:11920019-11920158
Species Sequence
dm2 TCGAATCGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCAG--GAGAACCCACTC-A---------ATT-TAACTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATAAGAAA
Sim1 TCGAATCGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCAG--GAAAACCCACTC-A---------ATT-CAACTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATAAGAAA
Sec1 TCAAATCGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCAG--GAAAACCCACTC-A---------ATT-CAACTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATAAGAAA
Yak2 TCGAATCGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCAA--GACAACCCACTC-A---------ATT-CAACTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATAAGAAA
Ere2 TCGAGTCGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCAA--GAAGCCCCACTC-A---------ATT-CAACTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATAAGAAA
Ana3 TCGAATCAAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCAA--GGAGATCCGATC-A---------TTT-CAATTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATAAGAAC
dp4 TCGAATCGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCAA--GAGGACTCGCTA-A---------TTTTCAACTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATGAGAAC
Per1 ===============================================================================================================
Wil1 TCGAATTAAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATAATAT--GCGAATTCTATC-ATTTGATTTCATT-CAATTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTGATTAGAAC
Vir3 TCAAATTGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCGCCCAAAAAGTAATTC-A---------TTT-CAATTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTTATTCGAAC
Moj3 TCAAATTGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATAACGCCCAAAAAGTCATTTTA---------TTT-CAATTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTTTATTGGAAC
Gri2 TCAAATTGAAGAACTGAGATCGATTGGTGCATAGATATCGTCCAAGAA-TAATTTAA---------TTT-CAATTCTAGCACCATTCGAAATCAGTGCTTTGTATTGGAAC

miR-286   chr2R:15176264-15176404
Species Sequence
dm2 TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCAAA-GAAA-------GGTTTCGAT--TAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Sim1 TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCCAAAGAAA-------GGTTTCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Sec1 TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCCAA-TAAA-------GGTTTCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Yak2 TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCAAA--AGA-------GGTTTCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Ere2 TTAAAATTGAATGGCGAATGTCGGTATGGTCTCTTTTTCAAA--GAA-------GGTTTCGAT--CGAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Ana3 TTAAAATTGAATGGCGATTGTCGGTATGGTCGCTTTTTCACA--AAAAA--ATTGGTTACCAA--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
dp4 TTAAAATTAAATGGCGATTGTCGGTTTGGTCGCTTTTTACCA----G-------GGTTCCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAGAA
Per1 TTAAAATTAAATGGCGATTGTCGGTTTGGTCGCTTTTTACCA----G-------GGTTCCGAT--CAAGC--------GAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAGAA
Wil1 TTAAAATTGAATGGCGATTGTCGGTATAGTCTCTTTTTCCAA--AAATCTTGTTTGTTTTTGC--CAATCTA-ATAAGAAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Vir3 TTAAAATTAAATGGCGATTGTCGGTATGGTCGCTTTTTCAAA--CAA-------TATACCA----TTATCTATAT---AAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Moj3 ttaaaattaaatGGCGATTGTCGGTATGGTCTCTTTTTCAAC--ATA-------TACACCAAA--CATTCTATAT---AAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA
Gri2 TTAAAATTAAATGGCGATTGTCGGTATGGTCGCTTTTG-AAC--CTA-------AACTCTATATACAATATATAT---AAAGTGACTAGACCGAACACTCGTGCTATAATTTTAAAA

miR-2a-1   chr2L:19565805-19565921
Species Sequence
dm2 ATTCATGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Sim1 ATTCATGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Sec1 ATTCATGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Yak2 ATTCACGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Ere2 ATTCATGCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATA-TC----AGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Ana3 ATTCCTGCTGGGCTCACAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TC----CATTTTGCCCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTTATGTA
dp4 ATTCATGCTGGGCTCACAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TT-----GCTTTGCCCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTCGGCGTAATGTA
Per1 ATTCATGCTGGGCTCACAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TT-----GCTTTGCCCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTCGGCGTAATGTA
Wil1 ATTCATGCTGAGCTCACAAAGTGGTTGTGAAATGCATTATT----TGCTTTATCCAGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTCTGCGTAATGTG
Vir3 ATTCATGCTGCGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-T--GAAAGCTTTGCGCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTC
Moj3 ATTCATGCTGAGCTCTCAAAGAGGCTGTGAAATGCATT-TT-GAAAGCTTTGCGAG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA
Gri2 ATTCATGCTGCGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATT-TTTGAAAGCTTTGCGCG-CATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGCGTAATGTA

miR-2a-2   chr2L:19565398-19565510
Species Sequence
dm2 TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Sim1 TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Sec1 TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Yak2 TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Ere2 TGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Ana3 TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
dp4 TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Per1 TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Wil1 TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Vir3 TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCGACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Moj3 TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCGACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC
Gri2 TGCTTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCGACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTAGGATAATCAAC

miR-2b-1   chr2L:8258595-8258712
Species Sequence
dm2 AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCAGTGACATGTTG------TCAACAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGCGGTTTTTC
Sim1 AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCGGTGACATGTTG------TCAACAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGCGGTTTTTC
Sec1 AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCGGTGACATGTTG------TCAACAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGTGGTTTTTC
Yak2 AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCGGTGACATGTTG------TCAACAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGCGGTTTTTC
Ere2 AAAACTTCAACTGTCTTCAAAGTGGCGGTGACATGTTG------TCAGCAATATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGTTGCGGTTTTTC
Ana3 GGAACTGCGACCCTCCTTAAAGTGGCGGTGACATGTAG------CTTTCA-TATTCATATCACAGCTTTGCTTTCAGGAGCGTTGAGGTTTCTC
dp4 AAAGCTGCGACGCTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGACACGATGCTC-
Per1 AATGCTGCGACGCTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCA-GCTTTGAGGAGCGACACGATGCTC-
Wil1 --AGAATTTATGATAGTTTTAATCATGGTTTGAGTCAAA-----ATTAA------ACAAAAATAGTTTAAATAAAAGCAA-ATAT---------
Vir3 ==============================================================================================
Moj3 --AAACTGTTTTACTCTATTTTAACTCCC---GAAAGTAGGCTCTATTA------TCTAAAGT--CGTACATTAAATTTT-GTTTAGTATACCT
Gri2 --GAAATTCTTGGTTTTCTTTTGTTTATC---GGGAAAA-----TGTTA------TATAAACC--TATATATC----TTT-ATCT-------CT

miR-2b-2   chr2L:19566090-19566213
Species Sequence
dm2 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Sim1 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Sec1 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Yak2 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTCTGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Ere2 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCGATG-CTCA
Ana3 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCAATG-CTCA
dp4 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA
Per1 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA
Wil1 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTATTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACGCAATGGCTCA
Vir3 agaATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTACTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA
Moj3 AGAATTGTGTCATTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGC-TTTTTCTGCCTACTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA
Gri2 agaATTGTGTCCTTCTTCAAAGTGGTTGTGAAATGTTTGCCTTTTTATGCCTACTCATATCACAGCCAGCTTTGAGGAGCGACACGATG-CTCA

miR-2c   chr3R:11243445-11243587
Species Sequence
dm2 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Sim1 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Sec1 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Yak2 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Ere2 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTCTGCATTTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Ana3 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGA--GATATTTCTGCATTTGAAGTGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATA
dp4 TTACTTTCAGTGTCATCAAAAATGGCTGAAGAAAGATATATTTGCATTTGAAGCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Per1 TTACTTTCAGTGTCATCAAAAATGGCTGAAGAAAGATATATTTGCATTTGAAGCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Wil1 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGAAGAAAGATATTTTTGCATTTGAAGCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAATG
Vir3 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGA-GAATGATATATCTGCAATTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAAAG
Moj3 TTACTTTCAGTGTCATCAAAAAGGGCTGA-GAATGATATTTCTGTAATTGAATTGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCACTGCGAAG
Gri2 TTACTTTCAATGTCATCAAAAAGGGCTGA-GAATGATATATCTGCAATTGAATCGTATCACAGCCAGCTTTGATGGGCATTGCAAAG

miR-3   chr2R:15176437-15176546
Species Sequence
dm2 GTCCCGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTTATGTTTCAA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCCTGGCCA
Sim1 GTCCCGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTTATGTTCCAA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCCTGGCCA
Sec1 GTCCCGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTTATGTTTCAA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCCTGGCCA
Yak2 GTCCTGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTCATGTTTCCA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCTTGGCCA
Ere2 GTCCTGATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTTATGTTTCTA-----T---------CTCA------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATCCTGGCCA
Ana3 GCTACGATCTTGGGACGCATTTTGTGCAGTTATGCACCAAAAATAT---------ATC-------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAGGATCTTGGCCA
dp4 GCAACGATCCTGGGATGCATTTTGTGCAGTTATGTCTACG-----TG----ATCATCCT------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAGGATTGCAGCCC
Per1 GCAACGATCCTGGGATGCATTTTGTGCAGTTATGTCTACG-----TG----ATCATCCT------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAGGATTGCAGCCC
Wil1 ACCATGATTTTGGGATGCATTTTGTGCAGTTATGTCTTCA-----TGTGATAATTCTCT------CATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCATAATTTTGGTAA
Vir3 GCTCTGCTTTTGGGATGCATTTTGTGCGGTTATGTCTGCC----------------TCCAAAACCCATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAAATTGTGGCTA
Moj3 GCTCTACTTTTGGGATGCATTTTGTGCAG--ATGTCTAAC-----G---------ATTGGAAACCCATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAAATTGGGGCAA
Gri2 GCTCTGCTTTTGGGATGCATTCTGTACAGTAATGT-TGAC-----T---------CTTGTAAAACCATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAAATTGTGGCAA

miR-303   chrX:4211395-4211505
Species Sequence
dm2 GATATCTTGGTTTAGGTTTCACAGGAAACTGGTTTAATAACGAAAACTAGTTTCCTCTAAAATCCTAATCAAGACATCAT
Sim1 GATCTCTTGCTTT-GGCATTAAAGGAAGCTAGTTTAATTACGAAAACTAGTTTCCTCTAACGTTTCAAACAATACATCAT
Sec1 GATCTCTTGCTTT-GGCTTTAAAGGAATCTAGTTTGATTACGAAAACTAGTTTCCTCTAAGGTTTTAAACATTACATCAT
Yak2 ATCTGCCTTGCTTAGAATTTTAAGAGCAAAAAGTTTGTTTACAAAAACT-ATTTACCCCTAAAATTCTAATCT--=====
Ere2 ATGTGCTTTGTTTAGAATTTTA---GCGAGGAATCA--TTACAAATATGGATGTGAACTTAAAGTACTCACTGCAAGA--
Ana3 ================================================================================
dp4 ================================================================================
Per1 ================================================================================
Wil1 ===========================================================================AAATC
Vir3 ================================================================================
Moj3 ================================================================================
Gri2 ================================================================================

miR-304   chrX:15342875-15343003
Species Sequence
dm2 TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGGTT-TAAG-CCATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGACTGCGGC
Sim1 TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGGTT-TGAG-CCATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGACTGCGGC
Sec1 TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGGTT-TGAG-CCATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGACTGCGGC
Yak2 TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGGTT-TGAG-CCATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGACTGCGGC
Ere2 TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGGTT-TGAG-CCATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGACTGCGGC
Ana3 TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGATT-TGAG-CCATTTGACGGACTCACTTTGCAACTGGAGATTGCTCGAGACTGCGGC
dp4 TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGATT-TGAG-GCATTTGACACACTCACTTTGCAACTGGAGATTGCTCGAAACTGCGGC
Per1 ==============================================================================================
Wil1 TGTAACATTGATTAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGATT-TAAATCCATTCGATGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGATTGCAGC
Vir3 TGCAGCATTGATTAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGATTTTAAA-GTATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGATTGCAGC
Moj3 TGCAGCATTGATTAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGATTTTTAA-CTATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGACTGCAGC
Gri2 TGCAGCATTGAATAATCTCAATTTGTAAATGTGAGCGATTATTAA-GAATTTGACGCACTCACTTTGCAATTGGAGATTGCTCGAGATTGCAGC

miR-305   chr2L:7425951-7426064
Species Sequence
dm2 TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTGT-CTCGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGAGGCGAT
Sim1 TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCA-GTGCTCTGGTGTGT-CTCGTAACCCGGCACATGCTGAAGTACACTCAATATGAGGCGAT
Sec1 TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTGT-CTCGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGAGGCGAT
Yak2 TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTGG-CCCGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGAGGCGAT
Ere2 TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTGG-TCCGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGAGGCGAT
Ana3 TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTCC-ACCGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGAGGCGAA
dp4 TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTGT-CCTGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGTGGCGAA
Per1 TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTGT-CCTGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGTGGCGAA
Wil1 TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTCCGTTTGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGTGGCGAT
Vir3 TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTGA-CTTGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGCGTTGAT
Moj3 TCTCCCCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTCA-GTGGAAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGCGGTGAT
Gri2 TCT--CCCATGTCTATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGTCA-CTCGTAACCCGGCACATGTTGAAGTACACTCAATATGCGGTGAT

miR-306   chr2L:16694312-16694437
Species Sequence
dm2 CCAC-TCGATGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTTGACAT---T-TTGGGGGTCACTCTGTGCCTGTGC-----TGCCAGTGGGAC
Sim1 =====================================================================================================
Sec1 CCAC-TCGATGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCCTTTGACAT---T-TTGGGGGTCACTCTGTGCCTGTGC-----TGCCAGTGGGAC
Yak2 CCAC-TCGGTGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTTGACAT---T-TTGGGGGTCACTCTGTGCCTGTGC-----TGCCAGTAGGAC
Ere2 CCAC-TCGGTGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTTGACAT---T-TTGGGGGTCACTCTGTGCCTGTGC-----TGCCAGTGGGAC
Ana3 CCAC-TTGGTAGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCATTTGACAT---T-TTGGGAGCCACTTTGTGCCTGGGC-----CATCAGTGCGAC
dp4 ACACTTTGCCGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTCGACAT---C-TTGAGAGTCTCTCTGTGCCTGCAC-----TGGCGGTGGTGC
Per1 ACACTTTGCCGGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------TGCTTTCGACAT---C-TTGAGAGTCTCTCTGTGCCTGCAC-----TGGCGGTGGTGC
Wil1 TGCC-TAAACAGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAA--------AGAATAT-ATATAGAC-TTGAGAGACGCTCTGTACCTAGACTGTTGTGTCTGCGGAAT
Vir3 ACAC-CCCGCTGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAATCATCTATTGCTTTGCATAC---C-TTGAGGGTCGCTCTGTGCCTGTGC-----CGCCTGTGCTGC
Moj3 ACAC-GCTGCAGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAATCACATATTGCTTTGCATAC---T-TTGAGGGTCGCTCTGTGCCTGTGC-----CGCCCGTGTTGC
Gri2 ACAC-GTTGCTGCTCAGGTACTTAGTGACTCTCAATTCAACATTGTATTGCACGC---CTTTGAGGGTCGCTCTGTGCCTGTGT-----TGCACGTGTTGC

miR-307   chr2R:5133043-5133171
Species Sequence
dm2 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Sim1 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Sec1 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Yak2 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Ere2 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
Ana3 TTGTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGACAGA
dp4 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Per1 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Wil1 T-GCCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTTATAATATGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Vir3 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTAGTT-CGATTTGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Moj3 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATTCGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA
Gri2 T-GTCTTGCTTTGACTCACTCAACCTGGGTGTGATGTTATTT-CGATTTGGTATCCATCACAACCTCCTTGAGTGAGCGATAGCAGGATAGA

miR-308   chr2R:9730644-9730747
Species Sequence
dm2 GTCTCGACGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTTCGTTTT-GCAATCCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGACCAGCG--------TG
Sim1 GTCTCGACGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTTCGTTTT-GCAACTCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGACCAGCG--------TG
Sec1 GTCTCGACGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTTCGTTTT-GCAACTCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGACCAGCG--------TG
Yak2 GTCTCGACGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTTCCTTTT-GCAACTCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGACCAGCG--------TG
Ere2 GTCTCGACGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTTCGTTTT-GCAAATCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGACCAGCG--------TG
Ana3 GTCTCGTCGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTT-GGTTT-GAAACTCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGCCAAGCG--------TG
dp4 GTCTTGACGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTGTG-TCT-GAAACGCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGCTGGGCG--------TG
Per1 GTCTTGACGCCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTGTG-TCT-GAAACGCAAATCACAGGATTATACTGTGAGATGCTGGGCG--------TG
Wil1 ATTCTTGCGTCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTCAATTTG-TCAACTCAAATCACAGGATTATACTGTGAGCTGCGAAATGGAAATCCACG
Vir3 --TTCGATGTCTCGCAGTATACTTTTGTGTTTTGTTT-ATTTT-GAAAATCAAATCACAGGATTATACTGTGAGTTATCGGCTG--------TA
Moj3 --TTCGATGTCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTT-ATTAT-AAAAATCAAATCACAGGATTATACTGTGAGTTATCGGCTG--------AA
Gri2 --GTCGATGTCTCGCAGTATATTTTTGTGTTTTGTTT-ATTTTTGAAAATCAAATCACAGGATTATACTGTGAGTTATCGCCAG--------CA

miR-309   chr2R:15176548-15176657
Species Sequence
dm2 ATAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCAAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Sim1 ACAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCAAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Sec1 ACAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCAAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Yak2 ACAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCTGTTTTGCCA----------------ATTTCCTAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Ere2 ACAG----CAATTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCTAGC-------CAGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCCC--GAAAC
Ana3 TCA--------TTATACGACAAACCTTGTTCGGTTTTGCCA----------------ATTTCCTAGC--------AGCACTGGGTAAAGTTTGTCCTATAATCTATAAAAAA
dp4 ACT-------ATTATACGATAAACTTTGTTCAGTTTTGCCA----------------ACTTGCTTGC--------AGCACTGGGTGAAGTTTGTCTTATAATCCC--ACAGT
Per1 ACT-------ATTATACGATAAACTTTGTTCAGTTTTGCCA----------------ACTTGCTTGC--------AGCACTGGGTGAAGTTTGTCTTATAATCCC--ACAGT
Wil1 TAA------TATTATATGATAAACTTTGTTCAGTTTTGCAATCAAAAAATCAAGAAAATTCCTTAGC--------ATCACTGGGTGAAGTTTGTCTTATAATCTT--TAAAC
Vir3 ACAA----ATATTATATGGTAAACTTTGTTCAGTTTTGCCA----------------GGCTCT-TTTTGTGCG-CATCACTGGGTGAAGTTTGTCGTATAATCGC--AAAAA
Moj3 AGAACAGAATATTATAAGGTAAACTTTGTTCAGTTTTGCCG----------------GGTTCTATGTTGTGCG-CATCACTGGGTGAAGTTTGTCGTATAATCG---AAACG
Gri2 ATTA-----CATTATATGGCAAACCTTGTTCAGTTTTGACA----------------ACTTTGTTTCTGTGCATCATCACTGGGTGAAGTTTGTCGTATAATCG---AAATG

miR-310   chr2R:16098594-16098723
Species Sequence
dm2 A------TAAACATTTGCAGGGC-GGGTCGTGTGTCAGTGTATTTATATCTTAGC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGGCCTTTAAATGTC-------------CAATG
Sim1 A------TAAACATTTGCAGGAC-GGGTCGTGTGTCAGTATATTTACTTCTTAGC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGGCCTTTAAATGTC-------------CAATG
Sec1 A------TAAACATTTGCAGGAC-GGGTCGTGTGTCAGTGTATTTACTTCTTAAC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGGCCTTTAAATGTC-------------CAATG
Yak2 A------CAAACATTTGCAGGAC-GGGTCGTGTGGCAGTGTATTGATTTCTTAGC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGCCCTTTAAATGTC-------------CAGTG
Ere2 A------CAAATATTTGCAGGAC-GGGTCGTGTGTCAATGTATTGATCTCTTAGC--T----------------A--------------TATTGCACACTTCCCGCCCTTTAAATGTC-------------CAGTG
Ana3 A------TAAACACTTGCAGGAC-GGGGAGCGTGACAATATATATATTTTATAAACAT----------------A--------------TATTGCACACCTCCCGGCCTATAAGTGTA--------------AATG
dp4 A------CCAACATTTGTGCGTCTAAGATCTGTG-CAGTATATACATACATAGAA--T----------------A---------CAAAATATTGCAGACTTCTCAGACTACAAATGTG-------------AACTG
Per1 A------CCAACATTTGTTCGTCTAAGTTCTGTG-CAGTATATACATACATAGTT--T----------------A---------AAAAATATTGCACACTTCTCAGACTACAAATGTG-------------AACTG
Wil1 AAATTTTCAAACATTCTTTGGAC--GGACTTGTC-AAATATGTTTGGATATAAAA--TTCAACAATTGGACAACA--------------TATTGATCAAAACCGGGCCAAAAATTGTTGGAAAATTCTTCAAAGTT
Vir3 G------TAATCATTTTTAGGCC-GTGCTCTGTGTGAATATGTT-----TTTAAC--T----------------A--------TAATCATATTGCACATCTCCCGGCCTATAAGTG-T-------------AGATG
Moj3 G------TATCCATTTTTAGGCC-GTGCTATGTGACAATATGTA-----TTTAAA--T----------------TGT----ATTTATCATATTGCACATCTCCCGGCCTACAAGTG-T-------------AAATG
Gri2 -----------------CAGGAT-GGAAGCTGTGACAATATGTAGG--TTTTAAT--T----------------AATTTATATTTCATATATTGCACACCTCCCGGCCTATAAATG====================

miR-311   chr2R:16098719-16098843
Species Sequence
dm2 TAGAT-----CATTTTTCGGACGGTATATGGGTTAATATTTCATTTG------------T--CGAATATATTGCACATTCACCGGCCTGAAA---------------------A----TA-------TCAAGAA
Sim1 TAGAT-----CATTTTTCGGACGGTATATGAGTCAATATTTTTTTTT------------TTTCGAATATATTGCACATTCACCGGCCTGAAA---------------------A----TA-------TCAAGAA
Sec1 TAGAT-----AATTTTTCGGACGGTATATGAGTCAATGTTTTCTTTT------------T--CGAATATATTGCACATTCACCGGCCTGAAA---------------------A----TA-------TCAAGAA
Yak2 TAGAT-----AGTTTTGCGGACGGTATCTGCGTCAATATTTCCTTGT------------T--AGAATATATTGCACATTCACCGGCCTGAAA---------------------A----TA-------TCAAGGA
Ere2 TAGAT-----AGTTTTTCGGACGGTATCTGCGTCAATATTTCCTTGT------------T--AGAATATATTGCACATTCACCGGCCTGAAA---------------------A----TA-------TCAAGGA
Ana3 CAGAT-----TATCTTCAGGACGGTATTTGTGTCAATATGG-ATATT------------T--CAAACATATTGCACTTATACCGGCCTGATG---------------------A----TC-------TCCGGCG
dp4 TTGAT--------TTGTAGGCCGTGGTTCTTGCAAATACGG---ATT------------C--ATAACGTATTGCACTAGCCCCGGTCCAAAA---------------------AACAATA-------GCAA-CG
Per1 ======================================================================================================================================
Wil1 TAGGC--------TTCGGGGTTGTTGCA-----AAATGGTTTATTCT------------A--ATAACTCCCCATATTGCACCTTTTCCGGCCTCTAA---------------------A-------------TT
Vir3 TCCGCATGACCATTTTAAGGACGGTATTTGTGACAATATGTGCAGTT-AAATCAATTTGT--TTAGCATATTGCACATCTCCCGGCCTAAAAATGAACCGTGCTCTCTTCGATA----TA-------TGGAACA
Moj3 TCAGC-TG--CGTTTGCAGGACGGTATTTGTGACAATATGAATTATTGAAATCAATTTAT--TCAGCATATTGCACATCTCCCGGCCTATAAAACAGTTGTGAGCCCGTCGATT----TAAATGATTTGTGTAT
Gri2 GCAGTTCG--TGTTT-------AGTGTTTTTTCCCGC----------------------T--TAAGC-----ATCTTGCAATTTATATGGCTTGCAG---------------------T----TA-------TC

miR-312   chr2R:16098898-16099004
Species Sequence
dm2 TTTGAAGCGATTTGGTTCGTCACAAGGGCAATTCTGCATTTTT---TAACTAGTATTGCACTTGAGACGGCCTGATTACTTTAAAAC
Sim1 TTTAAAGCGTTTTGGTTCGTCACAAGGGCAATTCTGCATTTTT---AAACTTGTATTGCACTTGAGACGGCCGAATTACTTTAAAAA
Sec1 TTTAAAGCGTTTTGGTTCGTCACAAGGGCAATTCTGCATTTTT---AAACTTGTATTGCACTTGAGACGGCCGAATTACTTTAAAAA
Yak2 TTTGAAGCGCTTCGGTTCGTCCCAGGAGCAATTCTGCACTATTA--AAGCTAGTATTGCACTTGAGACGGCCGGATTACTTTTAAAC
Ere2 TTTGAAGCGCTTCGGTTCGTACCAGGAGCAATTCTGCATTTTTTTTAAGCTAGTATTGCACTTGAGACGGCCGGATTACTTTTAAAC
Ana3 CTTTTTAAAAAAAACATCTACAATTTTCC-GGTGCGTCTCTAGTGCAACTCTTGGTTTT-TT--ATACAAGTATTGCACTTGAGACG
dp4 ==========================================GGGCAATACTGTGTTGTATT--TCACCAGTATTGCACACCCACTG
Per1 --------GTGTACAAGCGGAA---------------------GGGTGCATCGAGCTGC-TT--TGATTTGTA-------------G
Wil1 ---------CATAAACTCGAAAATTTTTTAGGTTCGTTTAGTCTGCAAATTGTAATATA-CG--AAAATA--ATTGCACACTTCACG
Vir3 ------------------------------------------------AGCTATATTTT-TC--AGGCCGTGTC-------------
Moj3 ------------------------------------------------GTCTGCAATTT-----AAGCTTCTT--------------
Gri2 ------------------------------------------AAGCAAATCTTCAGTTT-TT--CGGCTGTGGT-------------

miR-313   chr2R:16099032-16099143
Species Sequence
dm2 CCAACAATT---TTCTGCTGCGGATGGGGGCAGTACTGTTTTTTT-----AACATTGAGTATTGCACTTTTCACAGCCCG-----AAAATGTTAGCAA
Sim1 CCAACAATT---TTCTGCTGCGCATTGGGGCACTACTGTTTTTTT-----TAAATTGAGTATTGCACTTTTCACAGCCTT-----AAAATGTTAGCAA
Sec1 CCAACAATT---TTCTGCTGCGCATTGGGGCACTACTGTTTTTTT-----TTAATTGAGTATTGCACTTTTCACAGCCTT-----AAAATGTTAGCAA
Yak2 CCAACAATT---TTCGGCTGTGGATTGGGCTAGTACTGTGATTTT-----AGCATTAAGTATTGCACATTCCCCAGCCTG-----AAAGTGTTAGTAA
Ere2 CCAACAATT---TTCGGCTGTGGAGTGGGCTAGTACTGTGATTTT-----AACATTGAGTATTGCACATTCCCCAGCCTG-----AAAGTGTTTGCAT
Ana3 TCAGCATTT---CCAGACTGTGGTTTGGGCAGATACTAC-ATTTT-----AGGATC-AGTATTGCACATTCCCCAGCCTG-----GAAACGCTTGCGA
dp4 ==================================================================================================
Per1 TGGATACCT---TCAAGCTGGGGGATGGG-CAATACTGTGTTGTA-----TTTGAACAGTATTGCACACCCACTGGCCTG-----AAAGTGCCTACTG
Wil1 TCCAAATTTAGTTCTGGCTGCGGTTTGTGCAAATTACTT-ATTTT-----TTTGTAAAGTATTGCACAACCTACAGCCTGGCACTAAATGGAGAAAAA
Vir3 =======TT---TTCGGCTGTGGTCAGTGTCAATTCTTTTTTTTTATTTTTACA---AGTATTGCACTTTTCACGGCCGG-----AAAAAT--TGAGA
Moj3 TTCGT--TT---TCCGGTTGTGAATTGTGTCAATTCTTTTTATTT-----TACA---AGTATTGCACTTTTCACGGCCGG-----AAAAAGGATAAAA
Gri2 CATTATCCCGAACAATC---CGCGCTCGGCTTTAGAATTTGTTCCTTATTTTG-----TGAG---GATAATTTACAATTCGAAGATAATATTGGCAGG

miR-314   chr3L:11746938-11747068
Species Sequence
dm2 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAACTTACCTAGTTGAG----GAAAA-CTCCCATG-TCGGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAATTCGC
Sim1 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAAA-GTCCCGTG-TCGGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAATTCGC
Sec1 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAAA-GTCCCGTG-TCGGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAATTCGC
Yak2 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAAA-ACCCCATG-TCGGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAATTCGC
Ere2 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAGA-ATCCCATG-TCGGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAATTCGC
Ana3 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAAA-AT--CAGT-TTGGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAATTCGC
dp4 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAAA-CTCCGAAA-T-GGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAAATCGC
Per1 CGCACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAAA-CTCCGAAA-T-GGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAAATCGC
Wil1 CGTACTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTAGTTGAG----GAAAA-ATTCAATG-TTGGATTTTGTTACCTCTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACGAATTCGC
Vir3 CGTGCTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTT-GAATGTACCTGGTTGAG----GAACGAATTCAACGTTTGGATTTTGTTGCCTTTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCCACCGGTTCAC
Moj3 CGGGCTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTCGTCGAGCGAAAAGCGAATTCATTG-TTGGATTTTGTTGCTCTTGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCAACCAGTTCGC
Gri2 CCAGCTCTTATCGTAACTTGTGTGGCTTCGAATGTACCTGGCTAAG----GAAAG----------TTGGATTT------CCTAGGTATTCGAGCCAATAAGTTCGGCAGCGGGTTCGC

miR-315   chr3L:18826209-18826333
Species Sequence
dm2 ACACTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTCATTG-TTTACC---AGTTGGCTTTCGAGCAATAATTGAAACCAGATAAGTGATC
Sim1 ACACTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTTATTG-TTTACC---AGTTGGCTTTCGAGCAATAATTGAAACCAGATAAGTGATC
Sec1 ACACTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTTATTG---TACC---AGTTGGCTTTCGAGCAATAATTGAAACCAGATAAGTGATC
Yak2 ACACTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTTACTA-TTTAAC---AGCTGGCTTTCGAGCAATAATTGAAACCAGATAAGTGATC
Ere2 ACACTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCC-TATTA-TCTAAC---AGCTGGCTTTCGAGCAATAATTGAAACCAGATAAGTGATC
Ana3 ACACTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTTATAA-ATTATT---AGCTGGCTTTCGAGCAATAATTGAAACCAAATAAGTGATC
dp4 ACACTTATCTATTTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTTATAA-TTAACC---AGTTGGCTTTCGAGCAATTATCAAAGCCAAATAAGTGATC
Per1 ACACTTATCTATTTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTTATAA-TTAACC---AGTTGGCTTTCGAGCAATTATCAAAGCCAAATAAGTGATC
Wil1 ACACTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTCATTACTTTATC---AGTTGGCTTTCGAGCAATAATTGAAACCAAATAAGTGAGC
Vir3 ACGCCTATATCATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCTGC--A-TTCAAT---ACTTGGCTTTCGAGTAATAATCGAAACCAAATAAGCGATC
Moj3 ACCCTTATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCCGTA--A-TTTAACTTAACATGGCTTTCGAGTAATAATCGAAACCAAATAAGGCATC
Gri2 ACGCTCATATAATTTTGATTGTTGCTCAGAAAGCCTTTC--A-CTTGAC---ACTTGGCTTTCGAGTAATAATCGAAACCAAATAAGCGATC

miR-316   chr3L:21602534-21602663
Species Sequence
dm2 TTCTAGTCGATTTGTCTTTTTCCGCTTACTGGCGTTTCAATTCCACAACGACAGGAAAGGGAAAAAGGCGTATTTACTATGAGT
Sim1 TTCTAGTCGATTTGTCTTTTTCCGCTTACTGGCGTTTCATTTCCACAACGACAGGAAAGGGAAAAAGGCGTATTTACTATGAGT
Sec1 TTCTAGTCGATTTGTCTTTTTCCGCTTACTGGCGTTTCATTTCCACAACGACAGGAAAGGGAAAAAGGCGTATTTACTATGAGT
Yak2 TTCTAGTCGATTTGTCTTTTTCCGCTTACTGGCGTTTCATTTCAACAACGACAGGAAAGGGAAAAAGGCGTATTTACTATGAGT
Ere2 TTCTAGTCGATTTGTCTTTTTCCGCTTACTGGCGTTTCATTTCAACAACGACAGGAAAGGGAAAAAGGCGTATTCACTATGAGT
Ana3 TTCTAGTCGATTTGTCTTTTTCCGCTTACTGGCGTTTAATTCAAACAACGACAGGAAAGGGAAAAAGGCGTATTTACTATGAGT
dp4 TTCTAGTCGATTTGTCTTTTTCCGCTTACTGGCGTTTTATTCGATCAACGACAGGAAAGGGAAAAAGGCGTATTTACTATGAGT
Per1 TTCTAGTCGATTTGTCTTTTTCCGCTTACTGGCGTTTTATTCGATCAACGACAGGAAAGGGAAAAAGGCGTATTTACTATGAGT
Wil1 TTCTAGTCGATTTGTCTTTTTCCGCTTACTGGCGTTTTATTTAACTAACGACAGGAAAGGGAAAAAGGCGTATTTACTATGAGT
Vir3 TTCTAGTCGATTTGTCTTTTTCCGCTTACTGGCGTTTTATT-GAGCAACGACAGGAAAGGGAAAAAGGCGTATTTACTATGAAT
Moj3 TTCTAGTCGATTTGTCTTTTTCCGCTTACTGACGTTTTATT-GAACAACGGCAGGGAAGGGAAAAAGGCGTATTTACTATGAAT
Gri2 TTCTAGTCGATTTGTCTTTTTCCGCTTACTGGCGTTTTATT-GAGCAACGACAGGAAAGGGAAAAAGGCGTATTTACTATGAAT

miR-317   chr3R:5916827-5916959
Species Sequence
dm2 TGCAACTGCCATTGGGATA-CACCCTGTGCTCGCTTTGAATGAAATGCAAGCAAGTGAACACAGCTGGTGGTATCCAGTGGCCG--TTTG
Sim1 TGCAACTGCCATTGGGATA-CACCCTGTGCTCGCTTTGAATGAAATGCAAGCAAGTGAACACAGCTGGTGGTATCCAGTGGCCG--TTTG
Sec1 TGCAACTGCCATTGGGATA-CACCCTGTGCTCGCTTTGAATGAAATGCAAGCAAGTGAACACAGCTGGTGGTATCCAGTGGCCG--TTTG
Yak2 TGCAACTGCCATTGGGATA-CACCCTGTGCTCGCTTTGAATGAAATGCAAGCAAGTGAACACAGCTGGTGGTATCCAGTGGCCG--TTTG
Ere2 TGCAACTGCCATTGGGATA-CACCCTGTGCTCGCTTTGAATGAAATGCAAGCAAGTGAACACAGCTGGTGGTATCCAGTGGCCG--TTTG
Ana3 TGCATCGGCTGCTGGGATA-CACCCTGTGCTCGCTTTGAATGAAATGCAAGCAAGTGAACACAGCTGGTGGTATCCAGTGGCCG--TTTT
dp4 TGCAACTGCCGTTGGGATA-CACCCTGTGCTCGCTTTGAATATGGTGCAAGCAAGTGAACACAGCTGGTGGTATCCAATGGCCG--TTCT
Per1 TGCAACTGCCGTTGGGATA-CACCCTGTGCTCGCTTTGAATATGGTGCAAGCAAGTGAACACAGCTGGTGGTATCCAATGGCCG--TTCT
Wil1 TGCAACTGCCACTGGGATA-CACCCTGTGCTCGCTTTGAATATTGTGCAAACAAGTGAACACAGCTGGTGGTATCCAGTGGCCGTTTTTT
Vir3 TGCAATTGCCGCTGGGATA-CACCCTGTGCTCGCTTTGA--ATTGTGCAAGCAAGTGAACACAGCTGGTggtatccagtggccg--ttgg
Moj3 TGCAATTGCCGCTGGGATA-CACCCTGTGCTCGCTTTGA--GTTTATGTTGCAAGTGAACACAGCTGGTGGTATCCAGAGGCCG--TTGA
Gri2 TGCAATTGCCACTGGGATATTGCCCTGTGCTCGCTTTGAATATTGTGTAAGCAAGTGAACACAGCTGGTGGTATCCAGTGGCCG--TTTG

miR-318   chr3R:6234003-6234111
Species Sequence
dm2 TTTCAGTTTATGGGATACACACAGTTCAGTTTTGTCACAC-TT-CAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATGAGAGCGAAAT
Sim1 TTTCAGTTTATGGGATACACACAGTTCAGTTTTGTCACAC-TT-TAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATGAGAGCGAAAT
Sec1 TTTCAGTTTATGGGATACACACAGTTCAGTTTTGTCACAC-TT-CAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATGAGAGCGAAAT
Yak2 TTTCAGTTTATGGGATACACACAGTTCAGTTTTGTCGCAC-TA-CAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATGAGAGCGAAAT
Ere2 TTTCAGTTTATGGGATACACACAGTTCAGTTTTGTCACAC-TT-CAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATGAGAGCGAAAT
Ana3 TTTCAATTTGTGGGATACACACGGTTCAGTTGTGTCACTT-TTGCGAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATAAGACTGAAAT
dp4 TTTCAATTTATGGGATGCACCAAGTTCAGTTTTGTCACAT-TT-CGAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATAAGAGCGAAAT
Per1 TTTCAATTTATGGGATGCACCAAGTTCAGTTTTGTCACAT-TT-CGAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATAAGAGCGAAAT
Wil1 TTTTTGTTT-TGGCTCTACTGTTCTCGCTGCTGCACTTACACTTTGCTTTTTTCGC-T-TT-CGTTCGACACTGGGCTTTCTTT
Vir3 TTTCAATTTATGGGATACACCAAGTTCAGTTTTGTCAGATGTC-CAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATAAGAGTGAAAT
Moj3 TTTCAATTTATGGGATACACTAAGTTCAGTTTTGTCAGATGTC-CAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATAAGAGCGAAAT
Gri2 TTTCAATTTATGGGATACACCAAGTTCAGTTTTGTCAGATGTC-CAAGCATCACTGGGCTTTGTTTATCTCATAAGAGCGAAAT

miR-31a   chr2R:13298637-13298769
Species Sequence
dm2 CCGTTGGT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTGAAAAGCGATTTTGAAGAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-GTTCAATGGAA
Sim1 CCGTTGGT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTGAAAAGCGATTTTGAAGAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-GTTCAATGGAA
Sec1 CCGTTGGT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTGAAAAGCGATTTTGAAGAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-GTTCAATGGAA
Yak2 CTGTTGGT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTGAAAAGCGATTTTGAAGATCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-GTTCAATGGAA
Ere2 CCGTTGGT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTGAAAAGCGCTTTTAAAGAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-GTTCAATGGAA
Ana3 CTGTTGTT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTGGAAAACGAATTTTGAGAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-GTTCAATGGAA
dp4 CTGTTGGT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGAAGTTGAAAAGCGATCTTTGAGAACGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-ATTCAATGGAA
Per1 CTGTTGGT-AAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGAAGTTGAAAAGCGATCTTTGAGAACGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-ATTCAATGGAA
Wil1 CTGTTTTTCGAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGAT------AATATTTTTAGAAAAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTTTATTCAATAGAG
Vir3 CTGTTGTT-CAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTTGAAAGCGCATTTTTATAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-ATTCAATGGAA
Moj3 CTATTGTT-GAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTTCAAAGCGCATTGC-ATAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-ATTCAATGGAA
Gri2 CTGTTGGT-GAATTGGCAAGATGTCGGCATAGCTGACGTTTGAAAGCGCATCTT-ATAGCGCTATGCTGCATCTAGTCAGTT-ATTCAATGGAA

miR-31b   chrX:8838506-8838673
Species Sequence
dm2 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAGCGGATCGAA----------CATTTTATCGTCCGAAAA----AATGTGATTATTTTT-----GAAAA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTACTTTG
Sim1 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAGCGGATCGAG----------CCTCTTATCGTCCGAAAA----AATGTGATTATTTTT-----GAAAA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTACTTTG
Sec1 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAGCGGATCGAG----------CCTCTTATCGTCCGAAAA----AATGTGATTATTTTT-----GAAAA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTACTTTG
Yak2 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAGCGGATCGAG----------CCTTTGATCGTCCGAAAA----AATGTGAATATTTTT-----TAAAA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTACTTTG
Ere2 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAGCGGATCGAG----------CCTCTTATCGTCCGAAAA----AATGTGAATATTTTT-----GAAAA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTACTTTG
Ana3 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAGAGGATCGAG----------CGAGTCATCGACCGAGAC----GAA----------TT-----CCAAA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTACATTACTTTG
dp4 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CA-----------------------------------AAAAG----AAGATGA-----TTT-----GAAAT--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTCATTTG
Per1 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CA-----------------------------------AAAAG----AAGATGA-----TTT-----GAAAT--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTCATTTG
Wil1 AACTAGTGGATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAAAGTCACACAAAATCATAAAATGTTTGCCGTTTTGTTATTGTTGTG----AATTTTATTGATTTC-----AAAAATTACGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTAGTTTG
Vir3 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAAA--GTCATA------------------AATCCAGAATTTCTATTTTGTGTATTTTTATTGAGTACA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTCATTTG
Moj3 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAG-CACAAAT-ATCATA-----------------GAATCCAGAATTTATATTTTGTGTATTTT-ATTGAGTACA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTCATTTG
Gri2 AAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGACAG-CACAAG--ATCACA------------------AATCAAGAAACTTTATTTTGTGTATTTTTATTGAGTACA--GCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTCATTTG

miR-33   chr3L:19731783-19731922
Species Sequence
dm2 GATGACACGAAGGTGCATTGTAGTCGCATTGTCTGT-------------------CCCAA---TTG-C--TTCAGGCAATACAACTTCAGTGCAAGCTCTGTGCATTTCA
Sim1 GATGACACGAAGGTGCATTGTAGTCGCATTGTCTGT-------------------CCCAA---TTG-C--TTCAGGCAATACAACTTCAGTGCAAGCTCTGTGCATTTCA
Sec1 GATGACACGAAGGTGCATTGTAGTCGCATTGTCTGT-------------------CCCAA---TTG-C--TTCAGGCAATACAACTTCAGTGCAAGCTCTGTGCATTTCA
Yak2 GATGTCACGAAGGTGCATTGTAGTCGCATTGTCTGT-------------------CCCAA---TTG-C--TTCAGGCAATACAACTTCAGTGCAAGCTCTGTGCATTTCA
Ere2 GATGACACGAAGGTGCATTGTAGTCGCATTGTCTGT-------------------CCCAA---TTG-C--TTCAGGCAATACAACTTCAGTGCAAGCTCTGTGCATTTCA
Ana3 GATGTCACGCAGGTGCATTGTAGTCGCATTGTCTGT-------------------CCCAC---TTG-C--TCCAGGCAATACAACTGCAGTGCAAGCTCTGTGCATTTCA
dp4 GATGACACGCAGGTGCATTGTAGTCGCATTGTCTGT-------------------CCATC---TTGAT--TTCAGGCAATACAACTGCAATGCAAGCTCTGTGCATTTCA
Per1 GATGACACGCAGGTGCATTGTAGTCGCATTGTCTGT-------------------CCATC---TTGAT--TTCAGGCAATACAACTGCAGTGCAAGCTCTGTGCATTTCA
Wil1 AGTTACACGAAGGTGCATTGTAGTCGCATTGTCTGTGCTCCAAAAAAAAAAAACCCCCAG---TTT-CTATTCAGGCAATACAACTGCAGTGCAAGCTTCGTGTGACTTA
Vir3 GCTGTTACGGAGGTGCATTGTAGTCGCATTGTCTGT-------------------CTCAAAT-TTG-C--CCGCGGCAATACAACTGCAGTGCAAGCTCCGTGCAGTTCA
Moj3 GCTGTGACGGAGGTGCATTGTAGTCGCATTGTCTGT-------------------ATCCTTTATTC-T--CTGCGGCAATACAACTGCAGTGCAAGCTCCGTGCAGTTCA
Gri2 GCTGTCACGAAGGTGCATTGTAGTCGCATTGTCTGT-------------------CCAAAAA-TTG-C--ATGCGGCAATACAACTGCAGTGCAAGCTCCGTGCAGTTCA

miR-34   chr3R:5926637-5926776
Species Sequence
dm2 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCC-AATT--ATTGCC--GTTGA-CAATTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAA
Sim1 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCC-AATT--ATTGCC--GTTGA-CAATTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAA
Sec1 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCC-AATT--ATTGCC--GTTGA-CAATTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAA
Yak2 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCC-AATT--ATTGCC--GTTGA-CAATTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAA
Ere2 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCC-AATC--ATTGCT--TGTGA-CAACTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAA
Ana3 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCT-GGTG--CTCGTT--GGCAATTAATTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAG
dp4 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCCAAAAT--ATTGCC--TTTGA-CCATTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCCAT
Per1 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCCAAAAT--ATTGCC--TTTGA-CCATTCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCCAT
Wil1 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTAGCC-AATTAAATTGCCAAAACAA-TAAACCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAGGCCAT
Vir3 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTGGCC-AATT-------------GA-CAAATCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAT
Moj3 GGCTATGCGCTTTGGCAGTGTGGTTAGCTGGTTGTGTGGCC-ACTT-------------GA-AAAATCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAT
Gri2 GGCTATGCGCTTTGGCAGTG-GGTTAGCTGGTTGTGTGGCC-AACT-------------GA-CAAATCACAGCCACTATCTTCACTGCCGCCGCGACAAGCTAT

miR-4   chr2R:15176131-15176252
Species Sequence
dm2 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGATTTTTCCGGTCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Sim1 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGACTTTTCCGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Sec1 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGACTTTTCCGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Yak2 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGACTTTTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Ere2 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGACTTTTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Ana3 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGACTTCTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
dp4 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGATTTCTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Per1 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGATTTCTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Wil1 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGATTTCTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Vir3 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGATTTCTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Moj3 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGATTTCTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC
Gri2 TGCAATTAGTTTCTTTGGTCGTCCAGCCTTAGGTGATTTCTCTGATCATAAAGCTAGACAACCATTGAAGTTCGTTGTGGC

miR-5   chr2R:15176000-15176109
Species Sequence
dm2 GG-CCATTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGAGTT-GTTTCC-T---AACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAACGCATGTTTAA
Sim1 GG-CCATTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGAGTT-GTTCCC-----AACATATCACAGTGATTTTCCTTTATATCGCATGTTAAA
Sec1 GG-CCATTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGAGTT-GTTCCC-G---AACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAACGCATGTTTAA
Yak2 GG-CCGTTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-ATTCCC-T---AACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAACGCATGTACAA
Ere2 GG-CCGTTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-GTTCCC-T---AACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAACGCATGTAAAA
Ana3 GA-CCATTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-TATCCC-TCGTTACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAACGCATGC-AGT
dp4 GGGCCATACGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-AATTCA-CCGTTACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAGCGCATGT-CTG
Per1 GGGCCATACGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-AATTCA-CCGTTACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAGCGCATGT-CTG
Wil1 GG-CCATTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTTAGATTCA-CCGTTATATATCACAGTGATTTTCCTTTATAGCGCATGCATGT
Vir3 GG-TCATGCTCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-CATTAA-CCGTTACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAGCGCGTGC----
Moj3 GG-CCATGCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-AATCGA-CCGTTACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAGCGCGTGC----
Gri2 GG-TCACTCGCTAAAAGGAACGATCGTTGTGATATGCGTT-CATTAAATCGTTACATATCACAGTGATTTTCCTTTATAGCGCGTGC----

miR-6-1   chr2R:15175845-15175967
Species Sequence
dm2 CCTTTAATGTAGAGGGAATAGTTGCTGTGC-TGTAAGTTAATATACCATATCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAG-TG
Sim1 CCTTTAAAGTAGAGGGAATAGTTGCTGTGC-TGTAAGTTTATATACCGTATCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAGGCA
Sec1 CCTTTAAAGTAGAGGGAATAGTTGCTGTGC-TGTAAGTTAATATACCATATCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAGGCA
Yak2 CCTTTAACGTAGAGGGAATAGTTGCTGTGC-TGTAAGTTAATAACAAATATCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAG-TG
Ere2 CCTTTAAAGTAGAGGGAATAGTTGCCGTGC-TGTAAGTTAATATATCATATCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAG-TG
Ana3 CCTTTAAAGTAGAGAGAATAGTGGCTGTGC-TGTAAGTTT-----CAAAATCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGCACCTAAAG-TG
dp4 CCTTTGAAGTAGAGAGAATAGTTGCTGTGC-TATATGTCCTTCGACTCTAT--ATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAG-TG
Per1 CCTTTGAAGTAGAGAGAATAGTTGCTGTGC-TATATGTCCTTCGACTCTAT--ATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAG-TG
Wil1 CCTTTAAAGTAGAGAGAATAGTTGCTGTGT-TTTATGCCCTTT--TCAATTTCATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTGCCTAAAG-TG
Vir3 CCTTTAAAGTAGAGAGAATAGACGCTGTGC-TGTATGTTT-TGCGTATGGTCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTGAAG-CG
Moj3 CCTTTAAAGTAGAGAGAATAGATGCTGTGAGTATATCTGT-TGCAT-----TTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCTAAAT-GG
Gri2 CCTTTAATGTAAAGAGAATAGATGCTGTGC-TGTATGTTG-AACGTATTGTCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGTACCAAAAG-TG

miR-6-2   chr2R:15175711-15175825
Species Sequence
dm2 G-TTTTT--AACCCAAGGGAACTTCTGCTGCTGATATAT------TATT----------GA------------AAAA-----CT----------ACTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCACGGCC
Sim1 G-TTTTT--AACCCCAGGGAACTTCTGCTGCTGATATAT------TATT----------GA------------AAAA-----CT----------CCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCACGGCC
Sec1 G-TTTTT--AACCCCAGGGAACTTCTGCTGCTGATATAT------TATT----------GA------------AAAA-----CT----------CCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCACGGCC
Yak2 G-TTTTT--AACCGCAGGGAACCTCTGCTGCTGATATAT------TATT----------GA------------GAAA-----CT----------TCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCACGGCC
Ere2 G-TTTTT--AACCCCAGGGAACCTCTGCTGCTGATATAT------TATT----------GA-------------AAA-----CT----------CCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCACGGCC
Ana3 G-GTGTT--AGCCCCAGGGAACTGTTGCTGCTGATATAT------TATTCTCCCAAAAAAA------------AAAT-----CA----------CCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGCTGCACCGAC
dp4 G-TGTCCCCAACCGCAGGGAACCGCTGCTGCTGATATAT------TATC----------CACCCATCT---TTGACA-----TT----------TCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCACGGCC
Per1 G-TGTCCCCAACCGCAGGGAACCGCTGCTGCTGATATAT------TATC----------CACCCATCT---TTGACA-----TT----------TCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCACGGCC
Wil1 ====TTT--AACCGCAGGGAACTGTCGCTGCTGatatatatatattatt----------gttatatataatttaaaaatGATTT----------TCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTTTACGATC
Vir3 G-CTTTT--AACCGCAGGGAACTGCTGCTGCTGATATAC------TGTA----------TA--------------GA-----TTATATCGAT--TCCATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCATCGCA
Moj3 GATTTTT--AACCGCAGGGAACTGCTGCTGCTGATATAC------TATA----------TG--------------TA-----TT-TGTCAGTACTCTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCATCGCA
Gri2 G-CTTTT--AACCACAGGGAACTGCTGCTGCTGATATAC------AAC-----------CA--------------TA-----TT-TATACACG-ACTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTGGTTGCATCGCC

miR-6-3   chr2R:15175558-15175678
Species Sequence
dm2 TGTACAAAAAGAAGGGAACGGTTGCTGATGATGTAGTTTGAAAC-TCT----CACAATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTGGCAATC
Sim1 TGTACAAAAAGAAGGGAACGGTTGCTGATGATGTAGTTCGAAAC-TCT----CACAATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTGGCAATC
Sec1 TGTACAAAAAGAAGGGAACGGTTGCTGATGATGTAGTTCGAAAC-TCT----CACAATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTGGCAATC
Yak2 TGTTCAAAAAGAAGGGAACGGTTGCTGATGATGTAGTTCGAAAC-TCT----CTCAATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTATTTGGCAATC
Ere2 TGTTCAAAAAGAAGGGAACGGTGGCTGATGATGTAGTTCGAAAC-TCT----CACAATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTGCCAATC
Ana3 TGTTCAAAAAGAAGGGAACGGTCGCTGCTGATGTAGTT----AT-TCG----CATCATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTGCCAATC
dp4 TGTTCAAAAAGAAGGGAACGGTTGCTGCTGATGTAGTTCAAGTT-TTG----CACAATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTGCCAATC
Per1 TGTTCAAAAAGAAGGGAACGGTTGCTGCTGATGTAGTTCAAGTT-TCG----CACAATTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTGCCAATC
Wil1 TGTTTAAAAAGAAGGGAACGGTTGCTGTTGATGTAGTATACCAT-TTTGTTTAACAAT--ATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTAACAATC
Vir3 TGTTTAAAAGGAAGAGAACGTTCGCTGTTGATGTAGTCGACCTT-TGT----ACT-CTTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTAGCAATT
Moj3 TGCTTAAAGAGAAGAGAACGTTCGCTGTTGATGTAGTCGAATTCATTT----AAT-CTTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTAACAATT
Gri2 TGTTTAAAAGGAAGAGAACGCTCGCTGCTGATGTAGTTCATGAT-TCA----AATATTTTATATCACAGTGGCTGTTCTTTTTTGTTTATCAATG

miR-7   chr2R:16120909-16121037
Species Sequence
dm2 GTGCATTCCGTATGGAAGACTAGTGATTTTGTTGTTTGGTCTTTGGTAA---TAACAATAAATCCCTTGTCTTCTTACGGCGTGCATTT
Sim1 GTGCATTCCGTATGGAAGACTAGTGATTTTGTTGTTTGGTCTTTGGTAA---TAACAATAAATCCCTTGTCTTCTTACGGCGTGCATTT
Sec1 GTGCATTCCGTATGGAAGACTAGTGATTTTGTTGTTTGGTCTTTGGTAA---TAACAATAAATCCCTTGTCTTCTTACGGCGTGCATTT
Yak2 GTGCATTTCGTATGGAAGACTAGTGATTTTGTTGTTTGGTCTTTGGTAA---TAACAATAAATCCCTTGTCTTCTTACGGCGTGCATTT
Ere2 GTGTATTCCGTATGGAAGACTAGTGATTTTGTTGTTTGGTCTTTGGTAA---TAACAATAAATCCCTTGTCTTCTTACGGCGTGCATTT
Ana3 GTGCATTCCGTATGGAAGACTAGTGATTTTGTTGTTTGGTTTATGGTAA---TAACAATAAATCCCTTGTCTTCTTACGGCGTGCATTC
dp4 GTGTATTCCGTATGGAAGACTAGTGATTTTGTTGTTTGGTCTCTGCTAA---TAACAATAAATCCCTTGTCTTCTTACGGCGTGCATCT
Per1 GTGTATTCCGTATGGAAGACTAGTGATTTTGTTGTTTGGTCTCTGCTAA---TAACAATAAATCCCTTGTCTTCTTACGGCGTGCATCT
Wil1 ATGCATTCCGTATGGAAGACTAGTGATTTTGTTGTTTGGTCTTTAATAAAATTAACAATAAATCCCTTGTCTTCTTATGGCGTGTATTT
Vir3 ATGCTTTCCGTATGGAAGACTAGTGATTTTGTTGTTTGGTCTCTGCTAA---TAACAATAAATCCCTTGTCTTCTTATGGCGCGCAT-T
Moj3 GTGCTTGCCGTATGGAAGACTAGTGATTTTGTTGTTTGGTCTCTGCTAA---TAACAATAAATCCCTTGTCTTCTTATGGCTCGCAT-T
Gri2 ATGCATTCCGTATGGAAGACTAGTGATTTTGTTGTTTGGTCTTTGTTAA---TAACAATAAATCCCTTGTCTCCTAACGGCGCGCAT-T

miR-79   chr2L:16694462-16694599
Species Sequence
dm2 TGACTTGCCATTGCTTTGGCGCTTTAGCTGTATGATAGATTTAAACTACTTCATAAAGCTAGATTACCAAAGCATTGGCTTCTGCAG
Sim1 =======================================================================================
Sec1 TGACTTGCCATTGCTTTGGCGCTTTAGCTGTATGATAGATTTAAACTACTTCATAAAGCTAGATTACCAAAGCATTGGCTTGTGCAG
Yak2 TGCCTTGCCATTGCTTTGGCGCTTTAGCTGTATGATAGATTTATACTACTTCATAAAGCTAGATTACCAAAGCATTGGCTTCTGCAG
Ere2 TGCCTTGCCATTGCTTTGGCGCTTTAGCTGTATGATAGATTTAAACTACTTCATAAAGCTAGATTACCAAAGCATTGGCTTCTGCAG
Ana3 TGCTTAACCGATGCTTTGGCGCTTTAGCTGTATGATAGATTTAAA-TACTTCATAAAGCTAGATTACCAAAGCATTGGCTTCCGCAG
dp4 TGCTCTGCTTCTGCTTTGGCGCTTTAGCTGTATGATAGATTTAAAATACTTCATAAAGCTAGATTACCAAAGCATTGGC-TCTGTGG
Per1 TGCTCTGCTTCTGCTTTGGCGCTTTAGCTGTATGATAGATTTAAAATACTTCATAAAGCTAGATTACCAAAGCATTGGC-TCTGTGG
Wil1 GGTCTTGCCTATGCTTTGGCGCTTTAGCTGTATGATAGATTTG-ACTACTTCATAAAGCTAGATTACCAAAGCATGGGCTCTGGCTG
Vir3 CGCACTGCCGTTGCTTTGGCGCTTTAGCTGTATGATAGATTTGAA-TACTTCATAAAGCTAGATTACCAAAGCATTGGC-TCTGTGG
Moj3 CCCATTGCCGTTGCTTTGGCGCTTTAGCTGTATGATAGATTTAAA-TACTTCATAAAGCTAGATTACCAAAGCATTGGC-TCTGTGG
Gri2 CACATTGCCGTCGCTTTGGCGCTTTAGCTGTATGATAGATTTGAA-TACTTCATAAAGCTAGATTACCAAAGCATCGGCGCCTGTGG

miR-8   chr2R:12346274-12346401
Species Sequence
dm2 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTTT-ATAACTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Sim1 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTTT-ATAACTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Sec1 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTTT-AAAACTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Yak2 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTTT-ATAACTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Ere2 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTTT-ATAACTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Ana3 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTCTGATAACTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
dp4 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTAG-ATACCTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Per1 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATC-----C----TTTAG-ATACCTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Wil1 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATTTTGTAC----TATAG-ATATCTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Vir3 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATT-----CTTGATTTAA-ATAATTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Moj3 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATT-----CCTGTTTTAA-ATAACTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT
Gri2 GACATCTGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATT-----CTTGATTTAA-ATAATTCTAATACTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTT

miR-87   chr2L:9950397-9950536
Species Sequence
dm2 AACACATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGCTGCCA-TTATGGCCAACGATCC-GGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATGTGTTTA
Sim1 GGCACATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGCTGCCA-TCATGGCCAACGATCC-GGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATGTGTTTA
Sec1 GGCACATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGCTGCCA-TCATGGCCAACGATCC-GGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATGTGTTTA
Yak2 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTTACAA-TTATGGTCTTCGATCC-GGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTTTA
Ere2 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTTGCCA-TTATGGCCTACGATCC-GGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTTTA
Ana3 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTTACCG-ATATGGCACAGAATCC-GGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTTAA
dp4 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTAGCCA-TAATGGTCTTTCATCCCGGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTTAA
Per1 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTAGCCA-TAATGGTCTTTCATCCCGGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTTAA
Wil1 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTTACCAATTGTGATCTTCATTTCCGGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTGAC
Vir3 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTTACAA-TTGAGACATCTAAATCCGGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGT---
Moj3 GGCATCTTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTTACAA-TTGTCACATCCAAATCCGGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTAGC
Gri2 GGCATATTTCATTCGCGCCTGTATCTTGCTGAACCGTTACCA-TTGTGACATCCAAATCCGGTTGAGCAAAATTTCAGGTGTGTGAGAAATTTGTAGC

miR-92a   chr3R:21472207-21472342
Species Sequence
dm2 TGAATTTCCCGTAGGACGGGAAGGTGTCAACGTTTTGCATTTCGAAT-AAACATTGCACTTGTCCCGGCCTATGGGCGGTTTGTA
Sim1 TGAATTTCCCGTAGGACGGGAAGGTGTCAACGTTTTGCATTTCGAAT-AAACATTGCACTTGTCCCGGCCTATGGGCGGTTTGTA
Sec1 TGAATTTCCCGTAGGACGGGAAGGTGTCAACGTTTTGCATTTCGAAT-AAACATTGCACTTGTCCCGGCCTATGGGCGGTTTGTA
Yak2 TGAATTTCCCGTAGGACGGGAAGGTGTCAACGTTTTGCATTTTGAAT-AAACATTGCACTTGTCCCGGCCTATGGGCGGTTTGTA
Ere2 TGAATTTCCCGTAGGACGGGAAGGTGTCAACGTTTTGCATTTCGAAT-AAACATTGCACTTGTCCCGGCCTATGGGCGGTTTGTA
Ana3 CAAATTTCCCGTAGGACGGGAAGGTGTCAAGGTTTTGAA-TTAAATT-AAACATTGCACTTGTCCCGGCCTATGGGCGGTTTGTC
dp4 GAGATTGCCCGTAGGACGGGAAGGTGTCAACGTTTTAAATTTTGAAC-AAACATTGCACTTGTCCCGGCCTATGGGCGGCTTGTC
Per1 GAGATTGCCCGTAGGACGGGAAGGTGTCAACGTTTTACATTTTGAAC-AAACATTGCACTTGTCCCGGCCTATGGGCGGCTTGTC
Wil1 CAAATTTCTCGTAGGACGGGAAGGTGTCAACGTTTTGCCTTATGAATCAAACATTGCACTTGTCCCGGCCTATGAGCGGTTTGTA
Vir3 CAAACTGCTTGCAGGACGGGAAGGTGTCAACGTTTTGCTTTATGAATCAAACATTGCACTTGTCCCGGCCTATGAGCGGTTTGTG
Moj3 TAAATTGCTTGCAGGACGGGAAGGTGTCAACGTTTTACCTTTTGATTCAAACATTGCACTTGTCCCGGCCTATGAGCGGTTTATC
Gri2 TAAATTGCTTGCAGGACGGGAAGGTGTCAACGTTTTGCATTTTGAATCAAACATTGCACTTGTCCCGGCCTATGAGCGGTTTGTG

miR-92b   chr3R:21477099-21477239
Species Sequence
dm2 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCAGTGCTTATTTGTTGCATTTTCGAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAATGAGTGTCGC
Sim1 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCAGTGCTTATTTGTTGCCTTTTCGAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCGC
Sec1 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCAGTGCTTATTTGTTGCCTTTTCGAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCGC
Yak2 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCAGTGCTTATTTGTTGCCTTTTCGAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCGC
Ere2 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCAGTGCTTATTTGTTGCCTTTTCGAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCGC
Ana3 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCGGTGCTTATTTGTTAC-TTTTGGAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCAA
dp4 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCAGTGCTTATTTGTCGTTGTTTGAAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGAGAGTGTCGC
Per1 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGCCGTGCCCAGTGCTTATTTGTCGTTGTTTGAAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGAGAGTGTCGC
Wil1 GTCACCGTCAACTGTGCTGTTGATGTAAATGTAATTTGTGTATCTTAACTGTGTGCGGAAATTGTATCTTTAAAAATACGTCACATGATGTAGACCGTGCCTGGTGCTTATTTGTTGCTATTTAAATATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTAAGTGTCG-
Vir3 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGTCGTGCCTGGTGCTTATTTGTTGTTATGCGAAAATCCAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCGC
Moj3 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGTCGTGCCTGGTGCTTATTTGTTGTTATGCGAAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCGC
Gri2 GTCACC-------------------------------------------------------------------------------TGATGTAGGTCGTGCCTGGTGCTTATTTGTTGTTATGTGAAAATACAAATTGCACTAGTCCCGGCCTGCAGTGAGTGTCGC

miR-956   chr3L:11747677-11747825
Species Sequence
dm2 CTGATCGTTATCGTGTTTGGAATGGTCTCGTTAGCTAACGGATGAGCAAGTGCTCG-GCTCACTGGCCC---------------------AAATGCAGTTTGCC---------------CGGAGACGCCGGT--------------------TAACCCAGC--------------ACTGAAATGTGTAGTTTCGAGACCACTCTAATCCATTGCAGCATTTTCA
Sim1 CTGATCGTTATCGTGTTTGGAATGGTCTCGTTAGCTAACGGATGAGCAAGTGCTCG-GCTCACTGGCCC---------------------AAATGCAGTTTGCC---------------CGGAGACGCCGGT--------------------TGCCCAAGC--------------ACTGAAATGTGTAGTTTCGAGACCACTCTAATCCATTGCAGCATTTTCC
Sec1 CTGATCGTTATCGTGTTTGGAATGGTCTCGTTAGCTAACGGATGAGCAAGTGCTCG-GCTCACTGGCCC---------------------AAATGCAGTTTGCC---------------CGGAGACGCCGGT--------------------TGCCCAAGC--------------ACTGAAATGTGTAGTTTCGAGACCACTCTAATCCATTGCAGCATTTTCC
Yak2 CTGATCGTTATCGTGTTTGGAATGGTCTCGTTAGCTAACGGATGAGCAAGTGCTCG-GCTCACTGGCCC---------------------AAATGCAGTTTGCC---------------CGGAGGAGCCGGT--------------------TTACCCAGC--------------ACTCAAGTGTGTAGTTTCGAGACCACTCTAATCCATTGCACCATTTTCC
Ere2 CTGATCGTTATCGTGTTTGGAATGGTCTCGTTAGCTAACGGATGAGCTAGTGCTCG-GCTCACCGGCCC---------------------AAATGCAGTTTGCC---------------CGGAGATGCCGGT--------------------TTCCTCAGC--------------ACTCAAATGTGTAGTTTCGAGACCACTCTAATCCATTGCAGCATTTTCC
Ana3 TAGATCGTTATCGCGTTTGGAATGGTCTCGTTAGCTAACGAATGGACTA-----------------------------------------AAATGCAATTTGCA---------------ATTCGGCGCCAAT--------------------TATCCAGGC--------------GCCAAAAAGTTTAGTTTCGAGACCACTCTAATCCATTGCATGATCTTCA
dp4 CTGATCGTTATCGTGTTTGGAATGGTCTCGTTAGCTAACGGATGAGCAACTGCTTGCGCGCATTGGCC----------------------AAATGCATTTCGCA---------------CCGGGATGGATGTGGATGTGGCTGGATGTGGTGTCCCCAAGC--------------ACAGCCAGGTGTAGTTTCGAGACCACTCTAATCCATTGCACCGCCCACC
Per1 CTGATCGT========================================================================================================================================================================================================================
Wil1 CTGATCGTTATCGTGTTTGGAATGGTCTCGTTAGCTAACGGATGAACAAGTGCTTGGGGCAATTGAGCCAAAAACAAAACAGAAAAAAGAAAATGCACTTTGCCATCAAAACGAATGTGCGAATATGCAATT--------------------TGGCCAGGCTCCTCGAACATAACACTAAGAGGTGTAGTTTCGAGACCACTCTAATCCATTGCCACATTTTTC
Vir3 ACGATCGTTATCGTGTTTGGAATGGTCTCGTTAGCTAACGGATGAAC--------------ATTGACCA---------------------AAGCGCACCTTACA--------------------------GC---------------------------GT--------------A-------GTGTAGTTTCGAGACCACTCTAATCCATTGCATCGTTTCTG
Moj3 ACGATCGTTATCGTGTTTGGAATGGTCTCGTTAGCTAACGGATGAAC--------------ATTAACCA---------------------AAGCGCACCTTACG--------------------------GC---------------------------GT--------------A-------GTGTAGTTTCGAGACCACTCTAATCCATTGCACCGTTTCTT
Gri2 GCGATCGTTATCGCGTTTGGAATGGTCTCGTTAGCTAAC----------------------------CA---------------------AAGCGCTCGTTACA--------------------------GC---------------------------GT--------------A-------GTGTAGTTTCGAGACCACTCTAATCCATTCCATCGCTTTTC

miR-969   chrX:17958273-17958407
Species Sequence
dm2 TGTCCTACGTCCGAGTTCCACTAAGCAAGTTTTGAGATCGT-TTTAAAAACAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTTCGTGGGATGGA
Sim1 TGTCCTACGTCCGAGTTCCACTAAGCAAGTTTTGAGATCGT-TTTAAAAACAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTTCGTGGGATGGA
Sec1 TGTCCTACGTCCGAGTTCCACTAAGCAAGTTTTGAGATCGT-TTTAAAAACAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTTCGTGGGATGGA
Yak2 TGTCCTACGTCCGAGTTCCACTAAGCAAGTTTTGAGATCGT-TTTAAAAACAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTTTGTGGGATGGT
Ere2 TGTCCTACGTCCGAGTTCCACTAAGCAAGTTTTGAGATCGT-TTTAAAAACAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTTCGTGGGATGGA
Ana3 TGTTTTACGTGCGAGTTCCACTAAGCAAGTTTTGAGAATTT-TTTAAAAACAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTCCGTGGGGCAGA
dp4 TGTTCTACGTGCGAGTTCCACCATGCAAGTTTTGAG--CGTATATGAATCCAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTGCGTGG======
Per1 TGTTCTACGTGCGAGTTCCACCATGCAAGTTTTGAG--CGTATATGAATCCAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTGCGTGG======
Wil1 TGTCCTACGCATGAGTTCCACTAAGCAAGTTTTGGGCATAT-TTCAAAAACAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTCTGTGTGACAGA
Vir3 TGCCCTACGCACGAGTTCCACTAATCAAGTTTTGAGCGGAT-TCGAAAGTCGAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTCCGTGGGGCGG-
Moj3 TGTCCTACGAGCGAGTTCCACTAATCAAGTTTTGAGTG--T-TCGAAAATCAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTCTGTGTGGCAC-
Gri2 TGCCACACTTACGAGTTCCACTATTCAAGTTTTGAGCGTAT-TTGAAA-TCAAAAACTTGACACGTTGAGCTCGTGTGTGCGTTGCG

miR-983-1   chrX:4213545-4213636
Species Sequence
dm2 TGCAATAATTAAATAATACGTTTCGAACTAATGATTTTCAGTTCATTCATTAGGTAGTTACGCATTATCTAGTTGTTGTAAA
Sim1 TGCAGTAATTTAGTAATACCTTTCGAACACATGATTTTCAGT-CATTCATGAGTTCGTCAGGTATTATCTAGTTATTGTAAA
Sec1 TGCAGTAATTTAGTAATACCTTTCGAACATATGATTTTCAGT-CATTCATGAGTTCGTTAGGTATTATCTAGTTATTGTAAA
Yak2 ----------------------------------------------------------------------------------
Ere2 TACAGTGATTTAATAATTCGATTCGAAGTTATGTGCTTTAAT-CATTCATAAATGCGAAACGGATTATTAAGTTATTGTTAA
Ana3 ==================================================================================
dp4 ==================================================================================
Per1 ==================================================================================
Wil1 ==================================================================================
Vir3 ==================================================================================
Moj3 TAAAATAACTAAATAAT-----TAAAACCAAAACCTATCAATTTAATCAATAAA-CGAAATTTGTTATCTAGCT---TTAAG
Gri2 ==================================================================================

miR-997   chr3R:15152675-15152890
Species Sequence
dm2 GAATTTAGTATGCCCAAACTCGAAGGAGTTTCACCTCCATAAGAGCGACAGTC-CTGGAGAAGTTATCAGAGCCAAAAAAATTCATATGATGA-TGCATTTTCC--GTCTCTGAAAACGTCTTCAGCAGAA-GTTGTTTTTAGCGAAGTGAAACTCATTCGATTTTGATCATACTAACGA-CAT
Sim1 GAATTTAGTATGCCCAAACTCGAAGGAGTTTCACCTCCATAGGAGCGGCAGAC-CTGGAGAAGTTTTCAGAGCCAAAAAAATTCATATGATGA-TGCATTTTCA--GTCTCTGAAAACTTCTTCAACAGAA-GTTGATTTTAGCGAAGTGAAGCTCATTCGATTTTGATCATACTAACGA-CAT
Sec1 GAATTTAGTATGCCCAAACTCGAAGGAGTTTCACCTCCATAGGAGCGGCAGAC-CTGGAGAAGTTTTCAGAGCCAACAAAATTCATATGATGA-TGCATTTTCA--GTCTCTGAAAATTTCTTCAGCAGAA-GTTGATTTTAGCGAAGTGAAGCTCATTCGATTTTGATCATACTAAC----AT
Yak2 -------ATATGC----ACTCGA--------CACA---------------------------------------------ATTTATTTAATGA-TGCATTTTCA--GTCCCTGAAATCTTCTTCAGTAAAA-GTGGATTTTTGTAAAGTTGAGCTCATTCGACGAGGCAAGTTTAATAAA----
Ere2 GCAGTTTATATACCCAAACTCGAAGGAGTTCCACATTAAGAAGAGCAGCAGAAGCAGAAAAAAATGTCTGGACCCTTGAAATTCATTTTGCAAATGCATTTCCATTGGCTCGGAAATCTTTCTCTGTCAGGTGTTGATTTTTTAAAAGTGGAGCTCATTCGATTTTGAATATATAAAATAACAG
Ana3 ====================================----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
dp4 ====================================----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Per1 ====================================----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Wil1 ====================================----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Vir3 ============================================================----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Moj3 ====================================----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Gri2 ====================================----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

miR-9a   chr3L:19530369-19530487
Species Sequence
dm2 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
Sim1 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
Sec1 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
Yak2 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
Ere2 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
Ana3 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
dp4 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
Per1 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
Wil1 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATACATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGCGTCT
Vir3 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGTGTCT
Moj3 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGTGTCT
Gri2 GGTGCTATGTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATAAATAACGTCATAAAGCTAGCTTACCGAAGTTAATATTAGTGTCT

miR-9b   chr2L:16694652-16694783
Species Sequence
dm2 CATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTTTATGTATATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTCTG
Sim1 ATCCGTTTCCGTCTTATTTGGAATTTTTTCATCGCTTTCGCCTGGTTGTTGTTGCTGCGCTTTAAATCTAGGTATATCAATAAATAT
Sec1 CATATTATTTGGTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTG--TATAAGTATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTCTG
Yak2 CATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTGTTTATGTGTTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTCTG
Ere2 CATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTG--TATGTGTTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTG
Ana3 CACATTATTTGTTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTCTC---ATATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTG
dp4 CACATTATTTGATCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTATATCAAAGATCCATAGAGCTTTATCACCAAAACCCAAATGGTTTTTG
Per1 CACATTATTTGATCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTATATCAAAGATCCATAGAGCTTTATCACCAAAACCCAAATGGTTTTTG
Wil1 CATATTATTTGGTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTATGAGCATAATCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTG
Vir3 CATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTG--CGCGTATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTG
Moj3 CATATTATTTGTTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTGTG--CGCGTATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTCTTTG
Gri2 CATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTCTATGGTGTG--CGCATAATCCACAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTG

miR-9c   chr2L:16693832-16693964
Species Sequence
dm2 ATTTTTGCTGTTTCTTTGGTATTCTAGCTGTAGATTGTTTCACGCACATTGTATATCATCTAAAGCTTTTATACCAAAGCTCCAGCTTAAATTG
Sim1 ==============================================================================================
Sec1 ATTTTTGCTGTTTCTTTGGTATTCTAGCTGTAGATTGTTTCACGCACATTGTATATCATCTAAAGCTTTTATACCAAAGCTCCAGCTTAAATTG
Yak2 ATTTTTGCTGTTTCTTTGGTATTCTAGCTGTAGATTGTTTCGCGCACATTGTATATCATCTAAAGCTTTTATACCAAAGCTCCAGCTTAAATTG
Ere2 ATTTTTGCTGTTTCTTTGGTATTCTAGCTGTAGATTGTTTCGCGCACATTGTATATCATCTAAAGCTTTTATACCAAAGCTCCAGCTTAAATTG
Ana3 ATTTTTGCTGTTTCTTTGGTATTCTAGCTGTAGATTGTTTCACGCACATTGTATATCATCTAAAGCTTTTATACCAAAGCTCCAGCTTAAATTG
dp4 ATTTTTGCTGTTTCTTTGGTATTCTAGCTGTAGATTGTTTTTTGCACATTGTATATCATCTAAAGCTTTTATACCAAAGCTCCAGCTTAAATTG
Per1 ATTTTTGCTGTTTCTTTGGTATTCTAGCTGTAGATTGTTTTTTGCACATTGTATATCATCTAAAGCTTTTATACCAAAGCTCCAGCTTAAATTG
Wil1 TTTTTTGCTGTTTCTTTGGTATTCTAGCTGTAGATTGTTTTTTGCACATTGTATATCATCTAAAGCTTTTATACCAAAGCTCCAGCTTAAATTG
Vir3 ATTTTTGCTGTTTCTTTGGTATTCTAGCTGTAGATTGTTTT---TACAGTTTGTATCATCTAAAGCTTTTATACCAAAGCTCCAGCTTAAATTG
Moj3 ATTTTTGCTGTTTCTTTGGTATTCTAGCTGTAGATTGTTTT---CACATATTGTATCATCTAAAGCTTTTATACCAAAGCTCCAGCTTAAATTG
Gri2 ATTTTTGCTGTTTCTTTGGTATTCTAGCTGTAGATTGTTTC---TATATCTTGTATCATCTAAAGCTTTTATACCAAAGCTCCAGCTTAAATTG

miR-iab-4-5p   chr3R:12681976-12682084
Species Sequence
dm2 GCGACCTCGTAAACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGAGAGCA
Sim1 GCGACCTCGTAAACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGATAGCA
Sec1 GCGACCTCGTAAACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGATAGCA
Yak2 GCGACCTCGTAAACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGAAAGCA
Ere2 GCGACCTCGTAAACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGAAAGCA
Ana3 GCAACTTCGTATACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGGTAACA
dp4 GCGACTTCGTATACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGGAAACA
Per1 GCGACTTCGTATACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGGAAACA
Wil1 GCAACTTCGTATACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATGCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGATGAAACA
Vir3 GCAACTTCGTATACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGGAAACA
Moj3 GCAACTTCGTATACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGGAAACA
Gri2 GCAACTTCGTATACGTATACTGAATGTATCCTGAGTGTATCCTATCCGGTATACCTTCAGTATACGTAACACGAGGAAACA

   chr3R:12681976-12682084
Species Sequence
dm2 TGCTCTCTCGTGTTACGTATACTGAAGGTATACCGGATAGGATACACTCAGGATACATTCAGTATACGTTTACGAGGTCGCACA
Sim1 TGCTATCTCGTGTTACGTATACTGAAGGTATACCGGATAGGATACACTCAGGATACATTCAGTATACGTTTACGAGGTCGCACA
Sec1 TGCTATCTCGTGTTACGTATACTGAAGGTATACCGGATAGGATACACTCAGGATACATTCAGTATACGTTTACGAGGTCGCACA
Yak2 TGCTTTCTCGTGTTACGTATACTGAAGGTATACCGGATAGGATACACTCAGGATACATTCAGTATACGTTTACGAGGTCGCACA
Ere2 TGCTTTCTCGTGTTACGTATACTGAAGGTATACCGGATAGGATACACTCAGGATACATTCAGTATACGTTTACGAGGTCGCACA
Ana3 TGTTACCTCGTGTTACGTATACTGAAGGTATACCGGATAGGATACACTCAGGATACATTCAGTATACGTATACGAAGTTGCACA
dp4 TGTTTCCTCGTGTTACGTATACTGAAGGTATACCGGATAGGATACACTCAGGATACATTCAGTATACGTATACGAAGTCGCACA
Per1 TGTTTCCTCGTGTTACGTATACTGAAGGTATACCGGATAGGATACACTCAGGATACATTCAGTATACGTATACGAAGTCGCACA
Wil1 TGTTTCATCGTGTTACGTATACTGAAGGTATACCGGATAGCATACACTCAGGATACATTCAGTATACGTATACGAAGTTGCACA
Vir3 TGTTTCCTCGTGTTACGTATACTGAAGGTATACCGGATAGGATACACTCAGGATACATTCAGTATACGTATACGAAGTTGCACA
Moj3 TGTTTCCTCGTGTTACGTATACTGAAGGTATACCGGATAGGATACACTCAGGATACATTCAGTATACGTATACGAAGTTGCACA
Gri2 TGTTTCCTCGTGTTACGTATACTGAAGGTATACCGGATAGGATACACTCAGGATACATTCAGTATACGTATACGAAGTTGCACA

mir-1003   chr3R:20484306-20484402
Species Sequence
dm2 GCTGCGCAGAAGGTGGGTATC-TGGATGTGGTTGGCTCT--------------GGCGGTCCTCTCACATTTACATATTCACAGGCGCCGTGAGCT
Sim1 GCTGCGCAGAAGGTGGGTATC-TGGATGTGGTTGGCTCT--------------GGCGGTCCTCTCACATTTACATATTCACAGGCGCCGTGAGCT
Sec1 GCTGCGCAGAAGGTGGGTATC-TGGATGTGGTTGGCTCT--------------GGCGGTCCTCTCACATTTACATATTCACAGGCGCCGTGAGCT
Yak2 GCTGCGCAGAAGGTGGGTATC-TGGATGTGGTTGGCTCT--------------GGCGGTCCTCTCACATTTACATATTCACAGGCGTCGTGAGCT
Ere2 ACTGCGCAGAAGGTGGGTATC-TGGATGTGGTTGGCTCT--------------GGCGGTCCTCTCACATTTACATATTCACAGGCGCCGTGAGCT
Ana3 GCTACGCCGAAGGTGAGTATAGTGGATGTGGGTGGCTCTTATTT--------GGCCGGTCCTCTCACATCTCCATATTCACAGGCGTCGAGAGCT
dp4 GCTACGTAGAAGGTGGGTATCGTGCTTGTGGGTGGCTCT----T--------GGTCAGTCCTCTCACATCTCTATATTCACAGGCGCCGCGAGTT
Per1 GCTACGTAGAAGGTGGGTATCGTGCTTGTGGGTGGCTCT----T--------GGTCAGTCCTCTCACATCTCTATATTCACAGGCGCCGCGAGTT
Wil1 GTTGCGCCGTAGGTGAGTATC-GGGTTGTGATTGGCTCC--TTG--------TGGTAGTCCTCTCACATCTCTATATTCACAGGCGTCGCGAGCT
Vir3 GCTGCGTCGTAGGTGAGTAAT-CAGTTGTGGGTGGCTTT----T--------TGAAAGCCCTCTCACATCTCTTTATTCACAGGCGGCGTGAGTT
Moj3 GCTGCGGCGCAGGTGAGTAAT-CAGTTGTGGGTGGCTCT----A--------GTGAAGCCCTCTCACATCTCTTTATTCACAGGCGGCGAGAGTT
Gri2 ATTGCGGCGCAGGTGAGTAAT-CAGTTGTGGGTGGCTTT----TGTTCTTAGGGAAAGCCCTCTCACATCTCTTTATTCACAGGCGGCGCGAATT

mir-1014   chr3R:27579225-27579333
Species Sequence
dm2 CCTTTTCTCAAGGTATAATGGAAATAGAT----TTTAATCGCAGGCGCGTCAGTGGTTGAATTAAAATTCATTTTCATTTGCAGTTACTGGATACA
Sim1 CCTTCTCCCAAGGTATAATGGAAATAGAT----TTTAATCGCTGGCGCGTCAGTGGTTGAATTAAAATTCATTTTCATTTGCAGTTACCGGATACA
Sec1 CCTTCTCCCAAGGTATAATGGAAATAGAT----TTTAATCGCTGGCGCGTCAGTGGTTGAATTAAAATTCATTTTCATTTGCAGTTACCGGATACA
Yak2 CCTTTTCCCAAGGTATAATGGAAATAGAT----TTTAATCGCAGGCGCGTCAGTGGTTGAATTAAAATTCATTTTCATTTGCAGTCACCGGATACA
Ere2 CCTTTTCGCAAGGTATAATGGAAATAGAT----TTTAATCGCAGGCGCGTCAGTGGTTGAATTAAAATTCATTTTCATTTGCAGTCACCGGATACA
Ana3 CATTCTCCCAAGGTATAATGAAAATTGAT----TTTAATCACACGGATCGGAGTGGCAAAATTAAAATTCATTTTCATTTGCAGTCACGGGATACA
dp4 CCTTCTCCCAAGGTACAATGGAAATAGAT----TTTAATCGGGTTTCGTTTGGCGGTGAAATTAAAATTCATTTTCATTTACAGTGACCGGCATCA
Per1 CCTTCTCCCAAGGTACAATGGAAATAGAT----TTTAATCGTGTTTCGTTTGGCGGTGAAATTAAAATTCATTTTCATTTACAGTGACCGGCATCA
Wil1 CTTTTTCTCAAGGTAAAGTACTAATAGATAAGATTAAAGCAC-----------TTTTAAGGACGCAATTTGTATACCTATGCAGTGACTGGCTTTA
Vir3 CATTCTCTCAAGGTATGT---ACATATTT----TTAAA------------------TTTAACCAGTATTTACTTTTGTTCACAGTGACCGGCATAA
Moj3 CCTTCTCTCAAGGTAAGT---GCTT--TGAC----TTAGCTCTCTG------------------------CTTTCGTTTCATCCA----------C
Gri2 CCTTTTCACAGGGTATGCAGAGCTTGATTAT----TTGA-CATTTTACACat------tataaataaattatatatatatataCATATGTTATTGC

mir-1005   chr2L:4343675-4343776
Species Sequence
dm2 CCATTCTGACCTGTGAGTTGATCGATTTCGAGGTTTTGGCACACGAATATAATCTGGAATCTTTAATTCGCAGTTCCCACCGAAA
Sim1 CCATTCTGACCTGTGAGTTGATCGATTTCGAGTTTTTGGC-CACAAATATAATCTGGAATCTTTAATTCGCAGTTCCCACCGAAA
Sec1 CCATTCTGACCTGTGAGTTGATCGATTTCGAGGTTTTGGCACACAAATGTAATCTGGAATCTTTAATTCGCAGTTCCCACCGAAA
Yak2 CCATTCTGACCTGTGAGTTGATCGATTTCGAGGTTTTGGCAGCCAAAAATAATCTGGAATCTTTAATTCGCAGTTCCCACCGAAA
Ere2 CCATTCTGACCTGTGAGTTCATCGATTTCGAGG-TTTGCCAGCCAAAAATAATCTGGAATCTTTAATTCGCAGTTCCCACCGAAA
Ana3 CGGTTTTGACTTGTAA--GAACCAAAACTACTT---TCTGT---ATCAAAG-----------CCAGA--------AACTAATCGT
dp4 CCATTTTGACATGTAA--G------------TG---TCCATATCCTCGAGGCTCctgcaatgcactg--------caatgcac--
Per1 CCATTTTGACATGTAA--G------------TG---TCCATATCCTCGAGGCTCctgcaatgcactg--------caatgcac--
Wil1 CAATTCTATCATGTAA--G------------TTAAAACGAT---T---AAGTAATTTCA---CACTT--------ACATATAT--
Vir3 TGGTATTGACCTGTAAGT--------------================================================-----
Moj3 CCATATTGCTCTGCG-----------------================================================-----
Gri2 CCATTCTGACATGTAA-----------------CCACTGAT---CCTGATCCTTGATTG---CACTGCCCATTTTGAATG-----

mir-1004   chr2L:3767601-3767709
Species Sequence
dm2 GCTGGACAAAAGGT-TGGGGGACATTGATCTCGGAG--------ACGGCGGTTTAACTGATCCAT--TCTCTCACATCACT--TCCCTCACAGTGCACGGTGCTT
Sim1 GCTGGACAAGAGGT-TGGGGGACATTGATCTCGGAG--------ACGGCGGTTTAACTGATCCAT--TCTCTCACATCACT--TCCCTCACAGTGCGCGGTGCTT
Sec1 GCTGGACAAGAGGT-TGGGGGACATTGATCTCTGAG--------ACGGCGGTTTAACTGATCCAT--TCTCTCACATCACT--TCCCTCACAGTGCGCGGTGCTT
Yak2 GCTGGACAAGAGGT-TGGGGGACATTGATCTCGGAG--------ACGGCGGTTTAACTGATCCAT--TCTCTCACATCACT--TCCCTCACAGTGCGCGATGTTT
Ere2 GCTGGACAAGAGGT-TGGGGGACATTGATCTCGGAG--------ACGGCGGTTTAACTGATCCAA--TCTCTCACATCACT--TCCCTCACAGTGCGCGGTGCTT
Ana3 GCTGGACAAGAGGT-GA--GATAACACGTTCTAACCAACTGATAT--GAA----------ACTACGAATGT----TTTTATCGCTGTCGATTCGAACGA--TCTC
dp4 GCTGGACAAGAGGTGTGTGGGATACTGATTTTAGAG--AAAAAAAAAACCATTAACGTGAGGCTTCGTTTCTCACATCATTTTCCCCTCACAGTGCCCGGTGCCT
Per1 GCTGGACAAGAGGTGTGTGGGATACTGATTTTAGAG----AAAAATAACCATTAACGTGAGGCTTCGTTTCTCACATCATTTTCCCCTCACAGTGCCCGGTGCCT
Wil1 GTTGGATAAAAGGT--GGGGTACAACAACAACAAAAATACGAATATAATGGTAAACTCTCTCTCT--CATCTCTTATCATTTTCTCCTCACAGTGCGCGTTCACT
Vir3 GCTGGACAAAAGGT-TG--GGGCAC------------ATTGATCTTCAAGAAACTCACAGCCAGCTCATTT----ACTCACT--------------CTC--TCTC
Moj3 GCTGGACAAGAGGT----------A------------ATTGATC--------ACTCcta------tctctg----tctctct--------------ttc--tctt
Gri2 GCTGGACAAAAGGT-AGGAGAGCAC------------ATTGATCTTGAAGAAACTTGCAGAAAACTCTCTAATACTCTCACT--------------CCA--TTTC

mir-1006   chr2L:16720703-16720807
Species Sequence
dm2 ACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Sim1 ACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Sec1 ACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Yak2 ACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Ere2 ACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Ana3 ACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTCCAATACCAG
dp4 ACTTTCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGTGTAAATTGTTTGTG--CCAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Per1 ACTTTCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGTGTAAATTGTTTGTG--CCAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Wil1 ATTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCCTAAATTGTTTTGTGTACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATATCAA
Vir3 ACTTTCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATATGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Moj3 ACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGTGTAAATTGTTTGGT--ACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG
Gri2 ATTTCCAAGTGAGTTTGAAATTGAAATGTGTAAATTGTTTGGT--CCAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAG

mir-1013   chr3R:26617337-26617438
Species Sequence
dm2 GTGCTGGAGAGGTGAGTTTCGTACACTTAATTAATAGGATCGGCCGTTAATAAAAGTATGCCGAACTCGCAGGCGACGGATG
Sim1 GTGCTGGAGAGGTGAGTTTCGTACACTTAATTAATAGGATCGGCCGTTAATAAAAGTATGCCGAACTCGCAGGCGACGGATG
Sec1 GTGCTGGAGAGGTGAGTTTCGTACACTTAATTAATAGGATCGGCCGTTAATAAAAGTTTGCCGAACTCGCAGGCGACGGATG
Yak2 GTGCTGGAGAGGTGAGTTTCGTACACTTAATTAATTGGGACGGCCGTTAATAAAAGTATGCCGAACTCGCAGGCGACGGATG
Ere2 GTGCTGGAGAGGTGAGTTTCGTACACTTAATTAATTGGAGCGGCCGTTAATAAAAGTATGCCGAACTCGCAGGCGACGGATG
Ana3 GTGCTGGAGAGGTAATCTTTGAATAATTATCTGTGAGTTGTGGCATCTAAT--------------GATTGTT-----ATCTT
dp4 GTGCTGGAGCGGTAAGTCC----------ATGAATTGCATCCCCCTTTGATTATTCTTTAATCTGGAAATCCCTGTGATCCC
Per1 GTGCTGGAGCGGTAAGTCC----------ATGAATTGCATCCCCCTTTGATTATTCTTTAATCTGGAAATCCCTGTGATCCC
Wil1 GTATTAGAAAGGTATAATGAATAAACCAATTTGAATAGCAAACCATTAAAT--------------CAATTTCCTTTTTTGTC
Vir3 GTGCTGGAGAGGTCAGCTG----------CTTGATAACCATTT--GTAAAT--------------GT----AACTCGTTTGA
Moj3 GTGCTGGAGAGGT==========================================================AATTCCTTTGT
Gri2 GTGCTGGAAAGGTAATCTT----------CTTAAATATTATTTTCGCTAAT--------------GCTATTACTCGCTTTGA

mir-1011   chr3R:16679006-16679100
Species Sequence
dm2 CTGACCGTGCACGTGAGTTTTTGAGCCAGGAATATAGTTCTTATTATTGGTTCAAATCGCTCGCAGAATCCACCCTGG
Sim1 CTGACCGTGCACGTGAGTTTTTGAGCCAGGAATATAGT----T--------CT-TAT-----TAT-TGGTTCAAATCG
Sec1 CTGACCGTGCACGTGAGTTTTTGAGCCAGGAATATAGT----T--------CT-TAT-----TAT-TGGTTCAAATCG
Yak2 CTGACCGTGCATGTGAGTTTTTGAGCCAGGAATATAAT----T--------CT-TAT-----TAT-TGGTTCAAATCG
Ere2 CTGACCGTCCACGTGAGTTTTTGAGCCATGAATATAAT----T--------CT-TAT-----TAT-TGGTTCAAATCG
Ana3 GTGACGGTGCATGTGAGTCTTTGAACCAGGAATATAAT----T--------TG-TAT----ATAT-TGGTTCAAATCG
dp4 GTGACGATGCATGTGAGATTTTGAATCTAATATATAATATAAT--------CCGTACGTGTATATATGGTTCAAATTA
Per1 GTGACGATGCATGTGAGATTTTGAATCTAATATATAATATAAT--------CT-TACATGTATATATGGTTCAAATAA
Wil1 CTGACCGTACATGTGAGTCTTTGAATCAGGAATATATTAT--C--------AT-TAT----ATAT-TGGTTCGAAATG
Vir3 GTCACGGTGCATGTGAGTCATTGAACCAGGAATATATG----TATGTAATTCT-TAT----ATAT-TGGTTCAAATTT
Moj3 GTGACAGTGCATGTGAGTCTTTGAGCCAGGAATATATG----TTCAT----CT-TAT-----TAT-TGGTTCAAATCT
Gri2 GTCACTGAGCATGTGAGTCTTTGAGCCAGGAATATAAT----T--------GT-TAT----ATAT-TGGTTCAAACAA

   chr3R:24819391-24819491
Species Sequence
dm2 AAACCCAGGTAGGTTTACAATATATTTAATTTAAGCGTGCTACAACTACTTGAATTGTTCACCTACAGAATGATGAAGA
Sim1 AAGCCCAGGTGGGTTTAC--AATTTATTCAATTTAAGCATGCTCCAACTAC-TTGAATTGTTCACCCACAGAATGATGA
Sec1 AAGCCCAGGTGGGTTTAC--AATTTATTTAATTTAAGCATGCTCCAACTAC-TTGAATTGTTCACCCACAGAATGATGA
Yak2 AAGCCCAGGTGCGTTTAC--AATTTATTTCATTTAAACATACTGCAACTAC-TTGAATGGCTCACCCACAGAATGATGA
Ere2 AAGCCCAGGTGGGTTTAC--AATTCAATTCATTTAAGCATGTTTCAACTAC-TTGATTGACTCACCCGCAGAATGATGA
Ana3 AAGCCAAGGTAGGTTTTCTTGATTTTCTTTGTGAAAGTGTGttttaaatttattttttattttatCATTAGAATGATGA
dp4 AAACCAAGGTAAGTGCCT--ACGAGGATTCTTTAGAGGGTCTCTTGACT-T-ACGCTCTGTCTTCCCTTAGAATGATGA
Per1 AAACCAAGGTAAGTGCCT--AAGAGGATTCTTTAGAGGGTCTCTTGACT-T-ACGCTCTGTCTTCCCTTAGAATGATGA
Wil1 GCGTCT--GCGGGGACAG--AAGTCAC---------GCATGCTCAAGCTAT-ATGATAAGGT--CCACAAAAATATTGT
Vir3 AAACCCAGGTATTTATTA--GAC----------CTTTTGCAATGGCA---T-TTGCTTTTCTTTTCTGCAGAATGATGA
Moj3 AAGCCAAGGTAGCTGTGT--GAT=================================ATTCCATCCATTCAGAATGATGA
Gri2 AAACCGAGGTATGTTTCA--AT-----------TAATTGCACTCGCAACAC-TTGCTTTCTTCATTTGCAGAATGTTGA

   chr2R:7504450-7504549
Species Sequence
dm2 ACCCCAGGTGGCGTAAGTAAGCAGGCGGTGACGGAGTTCCGTATCCGGAGTAACCCCACGTAAACTTACAGCCGCAGATGTCA
Sim1 ACCCCAGGTGGCGTAAGTAAGCAGGCGGCGACGGAGTTCCGTATCCGGAGTAACCCCACGTAAACTTACAGCCGCAGATGTCA
Sec1 ACCCCAGGTGGCGTAAGTAAGCAGGCGGAGACGGAGTTCCGTATCCGGAGTAACCCCACGTAAACTTACAGCCGCAGATGTCA
Yak2 GCCCCAGGTGGCGTAAGTAAGCGGGCGGCGACAGAGTTCCGTATCCGGAGTAACCTAACTTAAACTTACAGCCACAGATGTCA
Ere2 GCCCCAGGTGGCGTAAGTAAGCGGGCGGCGACAGAGTTCCGTATCCGGAGTAACCCAACTTAAACTTACAGCCACAGATGTCA
Ana3 CTCCCAGGTGGCGTAAGTAAGC-----------GGAC-----AAC-------------AGTC----CAGAA--AT-------C
dp4 CTCCCAGGTGACGTAAGTAGG------------GGGC-----AAC-------------GG------CGGTG--TA-------C
Per1 CTCCCAGGTGACGTAAGTAGG------------GGGC-----AAC-------------GG------CGGTG--TA-------C
Wil1 GTCCCACGTCCCGTAAGTAGGCTAGACCATTTGAAGC-----AACCGGTAAGAGTTTAGA------CAAAG--TCTATTGAGC
Vir3 AACTCAGGTGACGTAAGTAAGG-----------ATGC-----AAA-------------GAGCCGACCAGGC--TA-------C
Moj3 AACACAGGTGACGTAAGTAAGG-----------ATGCCCATAAAG-------------GAGGCA--CAGGC---A-------C
Gri2 AACTCAGGTGACGTAAGTAAGG-----------ACGC-----AGC-------------AAGACAG-CAAGCAGCA-------C

   chrX:2082363-2082457
Species Sequence
dm2 ACAGCATTATTGGTGAGTGGTGCTTCT----TGTGCACACGTGCTATAGCCTAAGAACT--------CCTC-----TTCGCAGATCTCAAGGTCG
Sim1 ACAGCATTATTGGTGAGTGGTTCTTC-----CGTGCTCACGTGCCATAGCCTAAGAACT--------TCTT-----TTCGCAGATCTCAAAGTCG
Sec1 ACAGCATTATTGGTGAGTGGTTCTTC-----TGTGCTCACGTGCCATAGCCTAAGAACT--------TCTT-----TTCGCAGATCTCAAAGTCG
Yak2 ACAGCATTATCGGTGAGTTGTTCTTCT----TGCGGCCTCGTCCCATAGCCTAAGAACT--------CTTC-----TTTGCAGATCTCAAGGTCG
Ere2 ACAGCATTATTGGTGAGTTTTACTTAT----TGTGGCCTCGTCCCATTGCCTAAGAACT--------CTTC-----TTCGCAGATCTCAAGGTCG
Ana3 ACAGCATTATTGGTATGTATATCCTTT----GGTTTAATCCTCTGAAGCCTTATGGAATGTGTCCTCTTTC-----TTTGAAGATCTCAAGGTCG
dp4 ACAGTATCATTGGTGAGTCGCACAGCTCCACTGTCGGTTTGTTC---AACTTACTCGTT--------CCTCGGCTGCTTGCAGATCTCAAGGTTG
Per1 ACAGTATCATTGGT=================================================================================
Wil1 ACAGTATAATTGGTAAGCGATCCCGTTGAATCC-----------------------CGGCCAACCATT-----CCATCCATCTAA----------
Vir3 ACAGCATTATTGGTAAGCATGCCCAGC-----------------------------AACATGTCCATAG----CCCT-AACCCAA----------
Moj3 ATAGCATTATAGGTAGGCGAAGCGCAT-----------------------------AGCATATATA-------CCAT-GTTTCTA----------
Gri2 ACAGCATTATTGGTACGTAAAAAAAATATATATATGCCATAGGGTTTGCTCGAGAAAatatatgtatgggtatacat-atgtcgatatatatata

   chr2L:16674158-16674266
Species Sequence
dm2 AAGCACGTCATCGTAAGCATTGCAAAA---TG--TAGTTGTTAAATTCGCTCTTCAATCATTAACAACATTTACAATGTTTGCAGGCTGTCAACGT
Sim1 AAGCACGTCATCGTAAGCATTGCAAAA---TA--TAGTTGTTAAATTCGCTCTTCAATTATTTAC--------TATTGATTGCAGGCTGTCAACGT
Sec1 AAGCATGTTATCGTAAGCATTGCAAAA---TA--TAGTTCTTAAATTCGCTCTTCAATTATTTAC--------TATTGATTGCAGGCTGTCAACGT
Yak2 AAGCACGTCATCGTAAGCTTTGCTATA---TATGTAGATGTGAATTTCGAGCTTCAATTCTTTTC--------TATTCTCTTCAGGCTGTCAATGT
Ere2 AAGCACGTTATTGTAAGC-------TGCGCCATA---TAGT---------TCG----TAAATTCGAGCTTCAATTATGTTC--------TATTCTC
Ana3 AAGCAAGTGATTGTAAG---------ATGTAAAC---TCTTAGACCCTCCTAACTGCTA----CAAGCT--AATACTTTTG--------CTTTGAA
dp4 AAGCAGCTGATAGTGAGT-------ACTGGAAGCATTTA-----------TATCTCTGGAAAGCACT----AATTCTTTTT--------TTAATCT
Per1 AAGCAGCTGATAGTGAGTACTGGAAGCATTTA--TATCTCTGGAAAGCACT----AATTCTTTTT--------TGAATCTTCTAGGCTGTCGAATT
Wil1 AAAGAAGTGATTGTAGGTGTCAATGATTTCAAAC---TAACA--------TCAATTTTTTATTAACGTCTTTATTTTTTCC--------TATT---
Vir3 ================================================================================================
Moj3 ================================================================================================
Gri2 ================================================================================================

mir-1010   chr3R:18118580-18118691
Species Sequence
dm2 TGTGCTCAACGGGTAAGTGGTGTAGATGAAACAAATTTACCAACAATTTTGTTGGATTGTTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGACCT
Sim1 CGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGACCT
Sec1 CGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGACCT
Yak2 TGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGACCT
Ere2 TGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGACCT
Ana3 CGTGCTTAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTATGAGGACCT
dp4 CGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGGTACGAGGATCT
Per1 CGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGGTACGAGGATCT
Wil1 CGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGATACGAGGATCT
Vir3 TGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGATCT
Moj3 TGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGGTACGAGGATTT
Gri2 CGTGCTCAACGGGTAAGTG========================================TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGATCT

   chr3R:4134132-4134227
Species Sequence
dm2 AGCGGTCGCACATGTCTAAGGTGAGCACGAT----------GGCCACATT-T-ATTGGG-----------------CAACCAATGAATTCCCGCCTGCCCA---------CAGGTTCACTCGGTCTGCTGGAA
Sim1 AGCGGTCGCACATGTCCAAGGTGAGCACGAT----------GGCCACATT-T-ATTGGG-----------------CAACCCATGAAT--CCTCCTGCCCA---------CAGGTTCACTCGGTCTGCTGGAA
Sec1 AGCGGTCGCACATGTCCAAGGTGAGCACGAT----------GGCCACATT-T-ATTGGG-----------------CAACCCATGAAT--CCTCCTGCCCA---------CAGGTTCACTCGGTCTGCTGGAA
Yak2 AGCGGGCGCACATGTCCAAGGTGAGCACGGC----------GGCCCCAAA---ATCAAAG-----TTCT-------CTGACCA-AAAT-----CCCGCCCA---------CAGGTTCACTCCGTCTGCTGGAA
Ere2 AGCGGGCGCACATGTCCAAGGTGAGCACGAT----------GGCCCCGAC---ATCGAAA-----TTCTAAATCCCCAATCCA-AAAT-----CCCGCCCA---------CAGGTTCACTCAGTCTGCTGGAA
Ana3 AGCGAGCCCATCTGAACAAGGTAATTTGAATTTGTGTTTTTGGCCAGGAG--------------------------CAATTGATGTATTTGTTTATGTTCG---------AAGGTACACTCTGTTTGCTGGAA
dp4 AGCGGGCCCACACGTCCAAGGTAAG-AAGCT----------AGTCGAAAA---ATTGAGG---CATTTT-------CACGAAACAATT--------GTCTGAGG------CAGGTTCACTCCGTCTGCTGGAA
Per1 AGCGGGCCCACACGTCCAAGGTAAG-AAGCT----------GGTCGAAAA---ATTGAGG---CATTTT-------CACGAAACAAAT--------GTCTGAGG------CAGGTTCACTCCGTCTGCTGGAA
Wil1 AGCGGGCACATATGTCCAAGGTAATCAAATT----------TAATGTAAT-TTACCAGACAAGCGTTCC-------CTTTTTACAAATTTTCTTTCCCTGG---------CAGGTTCACTCGGTTTGCTGGAA
Vir3 AGCGGCCACACATGTCAAAGGTGGGTCTGTC----------GGTGGCATT-TAATTGGTTT--------------------------------TCTTTTCG---------TAGGTGCATTCGGTGTGCTGGAA
Moj3 AGCGGCCGCATATGTCAAAGGTGAGTATGCCTCG-------AATTGTGTTGCAATCTGCTT--------------------------------CTTCTTCGCATTCGCCTTAGGTGCATTCGGTTTGCTGGAA
Gri2 AGCGGCCACATACCGCAAAGGTAAAC===================================================================CTTCTTTT---------TAGGTTCATTCGGTTTGCTGGAG

   chrX:19357846-19357946
Species Sequence
dm2 TCCACCGCATCCGCCAGATGGTGAGTGAGCCGCGC-------------------------ATATTGTTTT---GAA-CCGCCTAAA---T---------------------GCAATTGC---AACTCCGACCA--CAGCTGCCAGACAAATCCATAGC
Sim1 TCCACCGCATCCGCCAGATGGTGAGTGAGCCGCGC-------------------------ATATTGTTTT---GAA-CCGCCTAAA---T---------------------ACAATCGA---AACTCCGACCA--CAGCTGCCAGACAAATCCATCGC
Sec1 TCCACCGCATCCGCCAGATGGTGAGTGTGCCGCGC-------------------------ATATTGTTTT---GAA-CCGCCTAAA---T---------------------ACAATTGC---AACTCCGACCA--CAGCTGCCAGACAAATCCATCGC
Yak2 TCCACCGGATCCGCCAGATGGTGAGTAAACTGCGC-------------------------ATAGTGTTTT---GAACCCCCCTAAT---C---------------------GCAACTGC---AACTTCGACCA--CAGCTGCCAGACAAATCCATAGC
Ere2 TCCACCGGATCCGCCAGATGGTGAGTGAACCGCGC-------------------------ATAGTGTTTT---AAA-CCCCCTAAA---C---------------------CCAACTGC---AACTCCGACCA--CAGCTGCCAGACAAATCCATAGC
Ana3 TCCACCGCATCCGCCAGATGGTGAGTTCGTCCTCC------------------------------GCTTT---AGG-TCTCCCATGATTC---------------------ATAATC-------TTTTGCACG--CAGCTCCCCGACAAATCGATTGC
dp4 TCCATCGCATACGTCAAATGGTGAGTAATCTCTGC--CGCGGTGAAATGTGA---GCCTAACTTAGTTTC---CTC-CCCCCCGC----C---------------------CCAC---C---AACCCATCGAA--CAGCTACCGGACAAATCAATCGC
Per1 TCCATCGCATACGTCAAATGGTAAGTAATCTCTGC--CGCGGTGAAATGTGA---GCCTAACTTAGTTTC---CTC-CTCCCCCCA---C---------------------CCAC---C---AACCCATCGAA--CAGCTACCGGACAAATCAATCGC
Wil1 TCCATCGGATACGCCAGATGGTGAGTTAGTTCTTTATTCTTATGACAAATGA---TGTCCACGGATCATG---GAA-CC------A---T---------------------ATACTTGA---ATTTTCTTTTAACTAGCTGCCTGATAAATCCATTGC
Vir3 TTCATCGCATACGCCAAATGGTAA---------TT--ATTATTATTCTATAA--------ATGTATAT-----GCA-GATATTTAA---T--------GAAATTTATATAACCAACTGA---TGTCCAAT-----TAGCTGCCAGACAAATCTATAGC
Moj3 TTCATCGTATACGCCAAATGGTAGACAAATCTCTC--CCTATTTCTCTCTGAC----CCTATATATATTG---ATA-TATATGTAA---TACGATGAAGAGATGTAGCTAA-AAACTGT---CTTCTTGTTGC--TAGTTGCCGGATAAATCGATCGC
Gri2 TCCATCGCATACGCCAGATGGTAA---------GC--TATAATTTCGACTGATGATGATTAATCAAGTTGGCCGTG-TGTCTCTAA---T-----------------CTTACAAATTGTACCTGTTCCATTTA--TAGCTGCCAGACAAATCAATAGC

mir-1015   chr3R:20164933-20165038
Species Sequence
dm2 TGGGCTACGACGGTGAGTGATGCTCCAGTTAGCTTGGCTGAGTGAGGATTTAAGTCCTGGGACATCTCTCTTGCAGTCAAGATCCTGA
Sim1 TGGGCTACGACGGTGAGTGATGCTCCAGTTAGCTTGGCTGAGTGAGGATTTAAGTCCTGGGACATCTCTCTTGCAGTCAAGATCCTAA
Sec1 TGGGCTACGACGGTGAGTGATGCTCCAGTTAGCTTGTCTGAGTGAGACTTTAAGTCCTGGGACATCTCTCTTGCAGTCAAGATCCTAA
Yak2 TGGGCTACGACGGTGAGTGATGCTCCAGATAGCTTGACTGGGTGAGGATTTAAGTCCTGGGACATCTCTCTTGCAGTCAAGATCCTGA
Ere2 TGGGCTACGACGGTGAGTGATGCTCCAGATAGCTTGGCTGAGTGAGGACTTAAGTCCTGGGACATCTCTCTTGCAGTCAAAATCCTAA
Ana3 TGGGCTACGACAGTGAGT--GATGCT-CCAGATAGGT--TGGCTTAGGAAGTCATT--AAAG----CCCTGGGATG----T--CTCTC
dp4 TGGGCTACGATGGTAAGA--GCTA-G-CCACACAAAT--T------ATTAGT-ATTTCTATT----TCTCAAAATATTTCT--TTCTT
Per1 TGGGCTACGATGGTAAGA--GCTA-G-CCACACAAAT--T------ATTAGT-ATTTCTATT----TCTCAAAATATTCCT--TTCTT
Wil1 TGGGTTATGACAGTAAGTTAGCTGGT-AAAGTTGATT--TCTTTTAACTAAT-GTG--TA--------------------T--ATTTA
Vir3 TGGGCTACGAAAGTAAGT--ATTTAC-TTGATAACTCGTTAAACCTAAAGTC-TGT--TAACCACTCTTATAACTA----TG-CATCT
Moj3 TGGGCTACGATGGTAAAT--GCTGATGTTCATGAATATTTATCCAAGTAATT-TCT--TTAC----GTTGT------------CTTCT
Gri2 TGGGCTATGATAGTGAGT----TGAT-TCTATTGTAA--TAATCAAATCGTT-TTTG-TTAT----TTTATAAACA----TGCCATTT

mir-1009   chr2R:19500633-19500734
Species Sequence
dm2 CCATTCAAGACGTAAGTGTAAGACTTTCTTGAGTTACCCGCGATGAGTATCTCAAAAATTGTTACATTTCAGAGCGATAGCTAT
Sim1 CCATTCAAGACGTAAGTGTAAGACTTTCTTGAGTTACCCGCGATGAGTATCTCAAAAATTGTTACATTTCAGAGCGATAGCTAT
Sec1 CCATTCAAGACGTAAGTGTAAGACTTTCTTGAGTTACCCGCGATGAGTATCTCAAAAATTGTTACATTTCAGAGCGATAGCTAT
Yak2 CCATTCAAGACGTAAGTGTAAGACTTTCTTGAGTTACCCGCGAGGAGTATCTCAAAAATTATTACATTTCAGGGCGATAGTTAC
Ere2 CCATTCAAGACGTAAGTGTAAGACTTTGTTGAGTTACCCACGTAGAGTATCTCAAAATTTGTTACATTTCAGAGCGATAGCTAC
Ana3 CGATTCAAGATGTAAGTTTTGAATACTTC------TACTCTA---TCT------TGGAATGTCTCTCATAATTGTC-----CAT
dp4 CCATACAAGATGTAAGTTCGAGAATCCCAAACACATAAGTTC---TTT--------TTTAACATCCAAA------------TAT
Per1 CCATACAAGATGTAAGTTCGAGAATCCCAAAAACATAAGTTC---TTT--------TTTAACATCCAAA------------TAT
Wil1 CTATCCAGGATGTAAGTAT--------TT------AAAGTTA---TTTTCATAATGACGGGAAATCAATGATTTGCATTCACTC
Vir3 ====================================================================================
Moj3 CTCTACAGGAGGTAAGGACCAA--TTGGT------AAAGTGAGAAATT-----GGAAGAAATTTATTGAAATTTATAC---TCG
Gri2 ====================================================================================

mir-1008   chr2R:6401419-6401516
Species Sequence
dm2 TTCCTCATCTATGTAAATATCTAAAGTTGAACTTGGCCAATGGCAAGTCACAGCTTTTTGTGTTTACAGGAGAACGAGTA
Sim1 TTCCTCATCTATGTAAATATCTAAAGTTGAACTTGGCCAACGGCAAGTCACAGCTTTTTGTGTTTACAGGAGAACGAGTA
Sec1 TTCCTCATCTATGTAAATATCTAAAGTTGAACTTGGCCAACGGCAAGTCACAGCTTTTTGTGTTTACAGGAGAACGAGTA
Yak2 TTCCTGATATACGTAAATATCTAAAGTTGAACTTGGCCAACGGCAAGTCACAGCTTTTTGTGTTTACAGGAGAACGAATA
Ere2 TTCCTCATATACGTAAATATCTAAAGTTGAACTTGGCCAACGGCAAGTCACAGCTTTTTGTGTTTACAGGAGAACGAGTA
Ana3 TTTCTTATCTACGTAA-GGAACTCAATTTTTACATTAAACCGAAGCAATTT----------AACAC--------GTTTCT
dp4 TTTCTCATTTATGTAA-GGGATCGGCG-AGAGT-TTTTCCCACGGAATATCATTA--TATTATATT--------GTTATG
Per1 TTTCTCATTTATGTAA-GGGATCGGCG-AGAGT-TTTTCCCACGGAATATCATTA--TATTATATT--------GTTATG
Wil1 TTTCTTATCTATGTAAGACAATCCACGAGGTGG-TTGG--GAAGACAAATTTTGAATAATTGGATT--------TTGATT
Vir3 TTTCTCATCTATGTAA-GTGATGAT---------GCGTCCATTGGGAATAT------CATTTAATT------------TG
Moj3 TTTCTCATCTATGTAA-GTAGTAATAG-------GTGTTTGTAGACATATT------CAGTTAATTTTCGC--ATTTGTG
Gri2 TTTCTCATCTATGTAA-GTGAT------------GCAAATGAATAAATATT------AATCATATTGCCTTTAATCAATG

mir-1012   chr3R:22687050-22687149
Species Sequence
dm2 TCCAAAAGAACGGTGGGTAGAACTTTGATTAATATTGCTTGAAAAATATTAGTCAAA-GATTTTCCCCATAGATTTATCAATTT
Sim1 TCCAAAAGAACGGTGGGTAGAACTTTGATTAATATTGCTTGAGAA-TATTAGTCAAA-GATTTTCCCCATAGATTTATCAATTT
Sec1 TCCAAAGGAACGGTGGGTAGAACTTTGATTAATATTGCTTGAGAA-TATTAGTCAAA-GATTTTCCCCATAGATTTATCAATTT
Yak2 TCCAAAAGAACGGTGGGTAGAACTTTGATTAATATTGCTTGCAAGATATTAGTCAAAGGTTTTTCCCCATAGATTTATCAATTT
Ere2 TCCAAAAGAACGGTGGGTAAATCTTTGATTAGTATTGGTTTCAATATATTAGTCAAATGTTTTTCCCACTAGATTTATCAATCT
Ana3 TATAAAAAAGCGGT-------------A-GGT-----TTCAACCAAATTTCCTTTGAGA--------GTTC---AGTTAACTTT
dp4 TAATTCAGAGCGGT-------------G-GGTAG-TCTCTCATATATAGTTATAAAAGAACGAACACCAGT---GGTTAA-GCA
Per1 TAATTCAGAGCGGT-------------G-GGTAG-TCTCTCATATATAGTTATAAAAGAACGAACACCAGT---GGTAAA-GCA
Wil1 TTTGTCAGAACGGT-------------ATGGTAG---------------TGCAAGAAAGC-------CGAA---ATTCAA----
Vir3 TCTAAAGAAACGGT-----------ACG-GATTGTTTATTTA-------------------------AATG---CTTTAT----
Moj3 TTTAAAAAAACGGTGTGT---AAATATG-GATTATT-ATTTATAAATT---ATCGAAAA-----CTTAACT---TCTAAT----
Gri2 TATCAAGAAGCGGTACGTTCTACATTTG-GTTGAACTATTCTTGAACTTGAGCCGAAAAA--ACTTTAGCTGTATTTTAA----

mir-1007   chrX:21107040-21107145
Species Sequence
dm2 AATCTGTACAGTGTAAGCAGTGTTTGAACTCGATC--T-TGGTT--CTTGGAC------TCT-------TGATAAGCTCAATTAACTGTTTGCAGCGGACGGGATC
Sim1 AATCTGTACAGTGTAAGCAGTGTTTGAACTCGATC--T-TGGTT--CTTGGAC------TCT-------TGATAAGCTCAATTAACTGTTTGCAGCGGACGGCATC
Sec1 AATCTGTACAGTGTAAGCAGTGTTTGAACTCGATC--T-TGGTT--CTTGGAC------TCT-------TGATAAGCTCAATTAACTGTTTGCAGCGGACGGCATC
Yak2 AATCTGTTCAGTGTAAGCAGTGTTTGAACTCGATC--T-AGGAT--CTTGGAC------TCT-------TGATAAGCTCAATTAACTGTTTGCAGCGGACGGCATC
Ere2 AATCTGTTCAGTGTAAGCAGTGTTTGAACTCGATC--T-GGGAT--CTTGGAC------TCT-------TGATAAGCTCAATTAACTGTTTGCAGCGGACGGCATC
Ana3 AATCCGTACAGTGTAAGCAGTGTTTGAACTCGATC--T-TGGAA--T---AGC------TCC-------CGATAAGCTCAATTAACTGTTTGCAGCCGATGGCATC
dp4 AATCGATACAGTGTAAGCAGCGATTGA--TCAATCaat-tgaat--c---gaa------tcgaatcgaatGATAAACTCCATTAACTGTTTGCAGCCGATGGCATC
Per1 AATCGATACAGTGTAAGCAGCGATTGA--TCAATCaat-tgaat--c---gaa------tcgaatcgaatGATAAACTCCATTAACTGTTTGCAGCCGATGGCATC
Wil1 AATCCATGCAATGTGAGT--TTTTTGATTT---TC--T-TGTTT------AAT------TTC-------GAAAAACTTTAATCGACTGTATTCTATCAGCTGATGG
Vir3 AATCAATGAAATGTAAGCAGTGCTTGAGCTTATTC--TCTGGCTTCATTTGAC--CATTTTC-------TGATAAGCTCAATTAACTGTTTGCAGCGGATGCCGCC
Moj3 AGTCCATGAAATGTAAGCAGTGTTTGAACTAAATC--TCTGGCT--ACTTGGC--CGTATAT-------TGATAAGCTCAACTAACTGTTTGCAGCGGACACCTAT
Gri2 AATCAATACAATGTAAGCAGTGTTTGAACTGAATA--TCTGGTT--ATCCGACTTCATATAC-------TGATAAGCTCAATTCACTGTTTGCAGCGGATGGCGTC

   chrX:21108929-21109041
Species Sequence
dm2 TCACTAAGGTAAGTGACTATGCCGGGATTGTGGTTATTGAACTTAGCGTCTCCACTCACGGCATTTCATTCACTTGCAGTACATCACCGC
Sim1 TCACCAAGGTAAGTGACTATGCCGGGATTGTGGTTATTATACTTAGCGTCTCCACTCACGGCATTTCATTCACTTGCAGTACATCACCGC
Sec1 TCACCAAGGTAAGTGACTATGCCGGGATTGTGGTTATTATACTTAGAGTCTCCACTCACGGCATTTCATTCACTTGCAGTACATCACCGC
Yak2 TCACCAAGGTAAGTGACAATGCCGGGATTGTGGTTATTGAAAATACCTTCTCCACTCACGGCATTATATTCACTTGCAGTACATCACCGC
Ere2 TCACCAAGGTAAGTGACAGTGCCGGGATTGTGGTTATTAAAAATACCTTCTCCACTCACGGCATTTCATTCACTTGCAGTACATCACCGC
Ana3 TTACAAAGGTAAGT==========================================ATCCAAGTT-ATTTCCTTC--AATTTTCAGTTCA
dp4 TCACAAAGGTAAGTGGCTATGCCGCGACGGG----ATTGAACCTCTCATCTCTTCTCACGGCATATCAATCACTTGCAGTACATCACCGC
Per1 TCACAAAGGTAAGTGGCTATGCCGCGACGGG----ATTGAACCTCTCATCTCTTCTCACGGCATATCAATCACTTGCAGTACATCACCGC
Wil1 TTACCAAGGTGAGT==========================================-----------TTTGTTTT--T-CTTACAGTACA
Vir3 TTACCAAGGTAAGC--------------------------------------CTCTTCTCACGAC-ATCCCTTAATCC-CTTGCAGTACG
Moj3 TAACCAGGGTAAGTGCTCA-GCTGCtattataataatacaattttaatt-----------------atttCGTCG--C-CTTACAGTACA
Gri2 TTACTAAGGTA---TGTTC-GATGATTTTGGTTTTTTTTGGCTTTACTTTCACCGTTTACACGACAATTTCATCC--T-TTTGCAGTACG