| (1) AGO.mut | (1) AGO1.ip | (2) AGO2.ip | (1) AGO3.ip | (3) B-CELL | (7) BRAIN | (3) CELL-LINE | (4) EMBRYO | (4) ESC | (2) HEART | (11) LIVER | (1) LUNG | (1) LYMPH | (11) OTHER | (3) OTHER.mut | (4) PIWI.ip | (1) PIWI.mut | (1) SKIN | (3) SPLEEN | (13) TESTES | (1) THYMUS | (1) TOTAL-RNA | (1) UTERUS |
| TTGTGACAGCCTTCAACTCTCTACTTAGCTGAGACAGGTCTTGAACTTCTGAACCTAGTCAGAGTCGGCGTCCAGTCCGTCCATCCAGTCCTGTCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCGCCCTGCGTCACTGTGGGGGCTAGCGGGAGGAAGTGGGGAGCCAAGCCTGGGGGATCCCAGTTCCCCTTCTTGCCCCACAGATGGCATCTATGAGATCGGCGGTCTCCTTCCTGTCTGGGCTGTGGTGGTG ..................................................................................................................................((((.(((((.((.(((.((((.(((((..((........))..))))).))))))).)).))))))))).................................................. ................................................................................................................................129....................................................................200................................................ | Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) | GSM314557(GSM314557) ESC dgcr8 (Illumina). (ESC) | SRR279907(GSM689057) cell type: mouse embryonic stem cellcell line. (ESC) | SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) | mjLiverWT1() Liver Data. (liver) | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) | GSM519104(GSM519104) mouse_granulocyte_nuclei_smallRNAs. (cell line) | SRR345200(SRX097261) source: size fractionated RNA from mouse hipp. (brain) | SRR042471(GSM539863) mouse TFHS cells [09-002]. (spleen) | mjLiverKO1() Liver Data. (Zcchc11 liver) | SRR546155(SRX180174) Global profiling of miRNA and the hairpin pre. (ago2 Neuroblastoma) | SRR042459(GSM539851) mouse neutrophil cells replicate 1 [09-002]. (blood) | SRR042466(GSM539858) mouse CD8+ T cells (spleen) [09-002]. (spleen) | SRR042456(GSM539848) mouse hematopoetic progenitor cells [09-002]. (bone marrow) | SRR345198(SRX097259) source: size fractionated RNA from mouse hipp. (brain) | SRR345197(SRX097258) source: size fractionated RNA from mouse hipp. (brain) | SRR042458(GSM539850) mouse basophil cells [09-002]. (b cell) | SRR073954(GSM629280) total RNA. (blood) | SRR042462(GSM539854) mouse macrophages [09-002]. (bone marrow) | SRR042484(GSM539876) mouse salivary gland tissue [09-002]. (salivary gland) | SRR345201(SRX097262) source: size fractionated RNA from mouse hipp. (brain) | SRR346415(SRX098256) source: Testis. (Testes) | SRR525242(SRA056111/SRX170318) Mus musculus domesticus miRNA sequencing. (ago2 Blood) | SRR077865(GSM637802) 18-30 nt small RNAs. (liver) | SRR042483(GSM539875) mouse muscle tissue [09-002]. (muscle) | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes) | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR391845(GSM852140) gender: femalegenotype/variation: wild typeti. (embryo) | SRR279904(GSM689054) cell type: mouse embryonic stem cellcell line. (ESC) | SRR345199(SRX097260) source: size fractionated RNA from mouse hipp. (brain) | SRR345196(SRX097257) source: size fractionated RNA from mouse hipp. (brain) | SRR685339(GSM1079783) Small RNAs (15-50 nts in length) from immorta. (cell line) | SRR077864(GSM637801) 18-30 nt small RNAs. (liver) | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR042469(GSM539861) mouse Th2 cells [09-002]. (lymph) | SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes) | SRR069834(GSM304914) Analysis of small RNAs in murine neutrophils cultured in vitro by Solexa/Illumina genome analyzer. (blood) | SRR095855BC7(SRX039178) sequencing of miRNA from wild type and diseas. (heart) | SRR346418(SRX098259) Global profiling of miRNA and the hairpin pre. (Liver) | SRR345203(SRX097264) source: size fractionated RNA from mouse hipp. (brain) | SRR040489(GSM533912) E18.5 Ago2 catalytically inactive LIVER small RNA. (ago2 liver) | SRR065046(SRR065046) Tissue-specific Regulation of Mouse MicroRNA . (liver) | SRR023852(GSM307161) ZHBT-c424hsmallrna_rep1. (cell line) | SRR279906(GSM689056) cell type: mouse embryonic stem cellcell line. (ESC) | SRR391848(GSM852143) gender: femalegenotype/variation: wild typeti. (embryo) | SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes) | SRR037909(GSM510446) newborn_rep2. (total RNA) | GSM640581(GSM640581) small RNA in the liver with paternal control. (liver) | SRR059766(GSM562828) DN3_Drosha. (thymus) | SRR032477(GSM485235) sRNA_activation_deep_sequencing. (uterus) | Ago3IP812(Rui) Quantitative functions of Argonaute proteins . (ago3 skin) | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | GSM640578(GSM640578) small RNA in the liver with paternal control. (liver) | SRR042488(GSM539880) mouse BclXL germinal center B cells [BalbC] [09-002]. (B cell) | SRR095853(SRX039174) sequencing of miRNA from wild type and diseas. (heart) | mjLiverKO3() Liver Data. (Zcchc11 liver) | SRR525241(SRA056111/SRX170317) Mus musculus domesticus miRNA sequencing. (ago1 Blood) | SRR037925(GSM510463) e9p5_rep3. (embryo) | SRR037920(GSM510458) e12p5_rep2. (embryo) | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) | mjLiverWT3() Liver Data. (liver) | SRR346425(SRX098267) Global profiling of miRNA and the hairpin pre. (Neuroblastoma) | SRR042445(GSM539837) mouse immature B cells [09-002]. (b cell) | SRR346414(SRX098255) Global profiling of miRNA and the hairpin pre. (Spleen) | SRR346419(SRX098260) Global profiling of miRNA and the hairpin pre. (Lung) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .....................................................................................................................................TGGGGGCTAGCGGGAGGAAGTGG.............................................................................................. | 23 | 1 | 14.00 | 14.00 | - | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | 3.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - |
| .........................................TGAACTTCTGAACCTAGTCAGAGTCG....................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 10.00 | 10.00 | 4.00 | - | - | 2.00 | 2.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| ..................................................................................................................................................................................AGTTCCCCTTCTTGCCCCACAGA................................................. | 23 | 1 | 8.00 | 8.00 | - | 3.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................................................TGGGGGCTAGCGGGAGGAAGT................................................................................................ | 21 | 1 | 7.00 | 7.00 | - | - | 6.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................................................................................................................................................................................AGTTCCCCTTCTTGCCCCACAG.................................................. | 22 | 1 | 6.00 | 6.00 | - | - | - | - | - | 6.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| .........................................TGAACTTCTGAACCTAGTCAGAGTCGGC..................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 4.00 | 4.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - |
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| .....................................................................................................................................TGGGGGCTAGCGGGAGGAAG................................................................................................. | 20 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| .................................................TGAACCTAGTCAGAGTCGGCGTCCAGTCC............................................................................................................................................................................ | 29 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................................................TGGGGGCTAGCGGGAGGAAGTGGA............................................................................................. | 24 | 1 | 2.00 | 14.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| ...................TCTACTTAGCTGAGACAGGTCTTGAAC............................................................................................................................................................................................................ | 27 | 1 | 2.00 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................................................................................................................................................................................AGTTCCCCTTCTTGCCCCACAGC................................................. | 23 | 1 | 2.00 | 6.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .........................................TGAACTTCTGAACCTAGTCAGAGTCGG...................................................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 2.00 | 2.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| .................................................................................................................................................................................................................ATGAGATCGGCGGTCTCC....................... | 18 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................................................................................................................................................................................AGTTCCCCTTCTTGCCCCACA................................................... | 21 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................................................TGGGGGCTAGCGGGAGGAAGAAT.............................................................................................. | 23 | 1 | 1.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .........................................TGAACTTCTGAACCTAGTCAGAG.......................................................................................................................................................................................... | 23 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .................................................................................................CCCCCCCCGCCCCCCCCTTGC.................................................................................................................................... | 21 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .......................................................................................GTCCTGTCCCCCCCCCGT................................................................................................................................................. | 18 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ..............................................................................................................................................GCGGGAGGAAGTGGGTAA.......................................................................................... | 18 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ....................................GGTCTTGAACTTCTGAACCTAGTCAGAGTC........................................................................................................................................................................................ | 30 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...................................................................................................................................................................................................................................TTCCTGTCTGGGCTGTGGTGGTGATT | 26 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .....................................................................................................................................TGGGGGCTAGCGGGAGGAAGTG............................................................................................... | 22 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................TGAGACAGGTCTTGAACTTCTGAACCT.................................................................................................................................................................................................. | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................................................................................................................................................................................AGTTCCCCTTCTTGCCCCACAGTAT............................................... | 25 | 1 | 1.00 | 6.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - |
| ..............................................................................................CCCCCCCCCCCGCCCCCCCCTC...................................................................................................................................... | 22 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ........................................TTGAACTTCTGAACCTAGTCAGAGTCGGC..................................................................................................................................................................................... | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................................................TGGGGGCTAGCGGGAGGAAGTGGAAA........................................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 14.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...................TCTACTTAGCTGAGACAGGTCTTGAACT........................................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................................................TGGGGGCTAGCGGGAGGAA.................................................................................................. | 19 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..............................................................................................CCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCAC................................................................................................................................... | 25 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .................................................................................................................................................................................CAGTTCCCCTTCTTGCCCCACT................................................... | 22 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .....................................................................................................................................TGGGGGCTAGCGGGAGGAAGTGGTT............................................................................................ | 25 | 1 | 1.00 | 14.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................................AACTTCTGAACCTAGTCAGAGTCGGCGTC.................................................................................................................................................................................. | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................................................................................................................................................................................................................................TCCTTCCTGTCTGGGAGAG....... | 19 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .............................................................................................................................................AGCGGGAGGAAGTGGGATAG......................................................................................... | 20 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ..................................................................................................................................CTGTGGGGGCTAGCGGGAGGAAGTGT.............................................................................................. | 26 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ........................................TTGAACTTCTGAACCTAGTCAGAGTCGGCGT................................................................................................................................................................................... | 31 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................................................TGGGGGCTAGCGGGAGGAAGTGT.............................................................................................. | 23 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................................................TGGGGGCTAGCGGGAGGAAGGGG.............................................................................................. | 23 | 1 | 1.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...................................................................................................................................................................................................................................TTCCTGTCTGGGCTGTGGTGGGGGT | 25 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .................................................TGAACCTAGTCAGAGTCGGCGTCCAGTC............................................................................................................................................................................. | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................................................TGGGGGCTAGCGGGAGGAAGTT............................................................................................... | 22 | 1 | 1.00 | 7.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...................TCTACTTAGCTGAGACAGGTCTTGAACTT.......................................................................................................................................................................................................... | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................................................TGGGGGCTAGCGGGAGG.................................................................................................... | 17 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - |
| ..................................................................................................................................................................................AGTTCCCCTTCTTGCCCCACAGTT................................................ | 24 | 1 | 1.00 | 6.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................................................................................................................................................................................AGTTCCCCTTCTTGCCCCACAT.................................................. | 22 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................................................................TCCAGTCCGTCCATC..................................................................................................................................................................... | 15 | 4 | 0.25 | 0.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| TTGTGACAGCCTTCAACTCTCTACTTAGCTGAGACAGGTCTTGAACTTCTGAACCTAGTCAGAGTCGGCGTCCAGTCCGTCCATCCAGTCCTGTCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCGCCCTGCGTCACTGTGGGGGCTAGCGGGAGGAAGTGGGGAGCCAAGCCTGGGGGATCCCAGTTCCCCTTCTTGCCCCACAGATGGCATCTATGAGATCGGCGGTCTCCTTCCTGTCTGGGCTGTGGTGGTG ..................................................................................................................................((((.(((((.((.(((.((((.(((((..((........))..))))).))))))).)).))))))))).................................................. ................................................................................................................................129....................................................................200................................................ | Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) | GSM314557(GSM314557) ESC dgcr8 (Illumina). (ESC) | SRR279907(GSM689057) cell type: mouse embryonic stem cellcell line. (ESC) | SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) | mjLiverWT1() Liver Data. (liver) | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) | GSM519104(GSM519104) mouse_granulocyte_nuclei_smallRNAs. (cell line) | SRR345200(SRX097261) source: size fractionated RNA from mouse hipp. (brain) | SRR042471(GSM539863) mouse TFHS cells [09-002]. (spleen) | mjLiverKO1() Liver Data. (Zcchc11 liver) | SRR546155(SRX180174) Global profiling of miRNA and the hairpin pre. (ago2 Neuroblastoma) | SRR042459(GSM539851) mouse neutrophil cells replicate 1 [09-002]. (blood) | SRR042466(GSM539858) mouse CD8+ T cells (spleen) [09-002]. (spleen) | SRR042456(GSM539848) mouse hematopoetic progenitor cells [09-002]. (bone marrow) | SRR345198(SRX097259) source: size fractionated RNA from mouse hipp. (brain) | SRR345197(SRX097258) source: size fractionated RNA from mouse hipp. (brain) | SRR042458(GSM539850) mouse basophil cells [09-002]. (b cell) | SRR073954(GSM629280) total RNA. (blood) | SRR042462(GSM539854) mouse macrophages [09-002]. (bone marrow) | SRR042484(GSM539876) mouse salivary gland tissue [09-002]. (salivary gland) | SRR345201(SRX097262) source: size fractionated RNA from mouse hipp. (brain) | SRR346415(SRX098256) source: Testis. (Testes) | SRR525242(SRA056111/SRX170318) Mus musculus domesticus miRNA sequencing. (ago2 Blood) | SRR077865(GSM637802) 18-30 nt small RNAs. (liver) | SRR042483(GSM539875) mouse muscle tissue [09-002]. (muscle) | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes) | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR391845(GSM852140) gender: femalegenotype/variation: wild typeti. (embryo) | SRR279904(GSM689054) cell type: mouse embryonic stem cellcell line. (ESC) | SRR345199(SRX097260) source: size fractionated RNA from mouse hipp. (brain) | SRR345196(SRX097257) source: size fractionated RNA from mouse hipp. (brain) | SRR685339(GSM1079783) Small RNAs (15-50 nts in length) from immorta. (cell line) | SRR077864(GSM637801) 18-30 nt small RNAs. (liver) | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR042469(GSM539861) mouse Th2 cells [09-002]. (lymph) | SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes) | SRR069834(GSM304914) Analysis of small RNAs in murine neutrophils cultured in vitro by Solexa/Illumina genome analyzer. (blood) | SRR095855BC7(SRX039178) sequencing of miRNA from wild type and diseas. (heart) | SRR346418(SRX098259) Global profiling of miRNA and the hairpin pre. (Liver) | SRR345203(SRX097264) source: size fractionated RNA from mouse hipp. (brain) | SRR040489(GSM533912) E18.5 Ago2 catalytically inactive LIVER small RNA. (ago2 liver) | SRR065046(SRR065046) Tissue-specific Regulation of Mouse MicroRNA . (liver) | SRR023852(GSM307161) ZHBT-c424hsmallrna_rep1. (cell line) | SRR279906(GSM689056) cell type: mouse embryonic stem cellcell line. (ESC) | SRR391848(GSM852143) gender: femalegenotype/variation: wild typeti. (embryo) | SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes) | SRR037909(GSM510446) newborn_rep2. (total RNA) | GSM640581(GSM640581) small RNA in the liver with paternal control. (liver) | SRR059766(GSM562828) DN3_Drosha. (thymus) | SRR032477(GSM485235) sRNA_activation_deep_sequencing. (uterus) | Ago3IP812(Rui) Quantitative functions of Argonaute proteins . (ago3 skin) | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | GSM640578(GSM640578) small RNA in the liver with paternal control. (liver) | SRR042488(GSM539880) mouse BclXL germinal center B cells [BalbC] [09-002]. (B cell) | SRR095853(SRX039174) sequencing of miRNA from wild type and diseas. (heart) | mjLiverKO3() Liver Data. (Zcchc11 liver) | SRR525241(SRA056111/SRX170317) Mus musculus domesticus miRNA sequencing. (ago1 Blood) | SRR037925(GSM510463) e9p5_rep3. (embryo) | SRR037920(GSM510458) e12p5_rep2. (embryo) | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) | mjLiverWT3() Liver Data. (liver) | SRR346425(SRX098267) Global profiling of miRNA and the hairpin pre. (Neuroblastoma) | SRR042445(GSM539837) mouse immature B cells [09-002]. (b cell) | SRR346414(SRX098255) Global profiling of miRNA and the hairpin pre. (Spleen) | SRR346419(SRX098260) Global profiling of miRNA and the hairpin pre. (Lung) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ........................................................................................................................................................................................................................................GTCTGGGCTGTGGTGGTGGG | 20 | 2.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | |
| ...............................................................................................................................................................................CCCAGTTCCCCTTCTTCT......................................................... | 18 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ....GACAGCCTTCAACTCTGTC................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .....................................................................................CAGTCCTGTCCCCCCCCCCAAA............................................................................................................................................... | 22 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .....................................................................................CAGTCCTGTCCCCCCCAG................................................................................................................................................... | 18 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | |
| ..............................................................AGTCGGCGTCCAGTCCG........................................................................................................................................................................... | 17 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..............................................................................................................CCCCCCCCCGCCCTGCTA.......................................................................................................................... | 18 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ....GACAGCCTTCAACTCTGGT................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .......................................................................................................CCGCCCCCCCCCCCCCGCCCCC............................................................................................................................. | 22 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .................................................................................................CCCCCCCCGCCCCCCCCCCTTGT.................................................................................................................................. | 23 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .....................................................................................................CCCCGCCCCCCCCCCCCCGCTCGG............................................................................................................................. | 24 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ...............................................................................................................CCCCCCCCGCCCTGCCGG......................................................................................................................... | 18 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .................................................................................................................................................................................................CCCACAGATGGCATCATTA...................................... | 19 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .............................................................................CGTCCATCCAGTCCTACC........................................................................................................................................................... | 18 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ..............................................................................................CCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCTGTT................................................................................................................................. | 27 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .............................................................................................................................................................................................................................GTCTCCTTCCTGTCTTGTG.......... | 19 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ......................................................................................................................................................................................................................ATCGGCGGTCTCCTTA.................... | 16 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ......................................................................TCCAGTCCGTCCATCCAGT................................................................................................................................................................. | 19 | 2 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................................................................TCCAGTCCGTCCATCCAG.................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................................................................CCAGTCCGTCCATCCAGT................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - |
| ......................................................................TCCAGTCCGTCCATCCA................................................................................................................................................................... | 17 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ....................................................................CGTCCAGTCCGTCCA....................................................................................................................................................................... | 15 | 3 | 0.33 | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.33 |
| .....................................................................................................................................................................................................................GATCGGCGGTCT......................... | 12 | 7 | 0.29 | 0.29 | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.29 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..........................................................................................................................................................................................................................GCGGTCTCCTTCCT.................. | 14 | 10 | 0.10 | 0.10 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.10 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |