chr12:115028032 115028281 -
(7)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(6)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(31)
TESTES

Sense strand
CTTATTTGTTAATAGCCAAAAGATGGAAATAACCCAGATGTGCCTCAAACAAAGATTGTATACAGAACATGTGGGTTCTTTTACACAATGGTATTGTGATCAGCAATTAAAAAGTGAGAACATCTTGGTTCTGGGACTCTGCGGAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGGTGCACCAGAGAACCAGACAGCTTCTGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGCTGAGGTAGCACCCTTTGCTGGCC
..................................................................................................................................................(((.((..(((.((((....)))).....)))...)).)))..(((((.....)))))..............................................
...............................................................................................................................................144...............................................................210......................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
.......................................................................................................................................................................................................TCTGGGACAGGCAGAAGCACAGt............................ 23 t 10.00 0.00 10.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGA................................................................................. 26 11 8.45 8.45 - 2.55 0.09 0.09 - 0.64 - 0.09 - 2.36 0.09 0.82 1.00 - 0.45 - - 0.18 - - - - - - - - - - 0.09 - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGA............................................................................ 26 8 8.12 8.12 1.00 1.62 1.75 - 0.25 0.25 0.50 0.38 0.25 - 0.50 0.25 - - 0.62 0.12 0.12 - - - 0.12 0.12 0.12 - - - - 0.12 - - - -
...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAcgtg............................................................................... 28 cgtg 6.00 0.00 - - 2.00 1.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAG........................................................................... 27 8 5.88 5.88 0.38 0.75 0.12 - - 0.62 0.12 - 0.38 0.25 1.12 0.25 - 0.75 0.25 0.25 0.12 0.12 - - - - 0.12 - - - - 0.12 - - - 0.12
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.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGa....................... 26 a 5.00 0.00 - - - - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGCTt..................... 28 t 5.00 0.00 - - - 1.00 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGG......................................................................... 29 7 4.29 4.29 1.29 1.14 - 0.14 - 0.14 0.29 - 0.14 - 0.43 0.14 0.14 - 0.29 - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - -
.................................................................................................................................................................................................ACAGCTTCTGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGCTaaa................... 38 aaa 4.00 0.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................CTTAGGAAATTAGTCTGAACAcc................................................................................. 23 cc 3.00 0.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAaga................................................................................ 27 aga 3.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................ACTTAGGAAATTAGTCTGAAaaaa................................................................................. 24 aaaa 2.00 0.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAAATTAGTCTGAACAct................................................................................. 22 ct 2.00 0.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGaa...................... 27 aa 2.00 0.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................ACTTAGGAAATTAGTCTGAACAcc................................................................................. 24 cc 2.00 0.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAAATTAGTCTGAACAGATtggc............................................................................ 27 tggc 2.00 0.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................TCTGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGttta.................... 31 ttta 2.00 0.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................CTTCTGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGCTGAGaa................. 36 aa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TTCTGGGACAGGCAGAAGCACcat............................ 24 cat 2.00 0.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAAaaa.................................................................................. 20 aaa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAcgtg............................................................................... 23 cgtg 2.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................CTTAGGAAATTAGTCTGAACActt................................................................................ 24 ctt 2.00 0.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAttt................................................................................... 19 ttt 2.00 0.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................ATTAGTCTGAACAGATGAGAGGGTGCA..................................................................... 27 4 1.50 1.50 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TTAGTCTGAACAGATGAGAGGGTGC...................................................................... 25 7 1.14 1.14 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 -
.....................................................................................................................................................AGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGG.......................................................................... 27 8 1.12 1.12 0.50 - - - 0.12 0.12 0.12 - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGA................................................................................. 21 16 1.12 1.12 - 0.31 0.06 0.38 - - - - - 0.25 - 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATtggc............................................................................ 26 tggc 1.07 0.07 - - - - 0.67 - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGGAAATTAGTCTGAACAGAct............................................................................... 22 ct 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGCTca.................... 29 ca 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................GAAATTAGTCTGAAaaaa................................................................................. 18 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGCTGAct.................. 31 ct 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................CAGAGAACCAGACAGCTTCTGttc............................................ 24 ttc 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCaa........................ 25 aa 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................CTTAGGAAATTAGTCTGAACAca................................................................................. 23 ca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
......................................................................................................................................................GGAAATTAGTCTGAACAGAc................................................................................ 20 c 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................TCTGGGACAGGCAGAAGCACAGc............................ 23 c 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................TCTGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGCTGtt................... 32 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TTCTGGGACAGGCAGAAGCAaaga............................ 24 aaga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGtttt.................... 29 tttt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................CAGAGAACCAGACAGCTTa................................................. 19 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TTAGTCTGAACAGATGAGAGGGTGt...................................................................... 25 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGttt........................ 25 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................AACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAc........................................................................... 31 c 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GGAAATTAGTCTGAACAaaa................................................................................ 20 aaa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGtat..................... 28 tat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGCaaa.................... 29 aaa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAcct................................................................................ 27 cct 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................AACCAGACAGCTTCTGGGACAGGtgt..................................... 26 tgt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAACcact................................................................................ 27 cact 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGGAAATTAGTCTGAACAGATtaaa............................................................................ 25 taaa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGa.......................................................................... 26 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................CTTAGGAAATTAGTCTGAACAcca................................................................................ 24 cca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGat...................... 27 at 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACgga................................................................................. 21 gga 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGcag............................................................................... 28 cag 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAAATTAGTCTGAAaaa.................................................................................. 21 aaa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGGAAATTAGTCTGAACAGATtggc............................................................................ 25 tggc 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGcact................................................................................... 19 cact 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAggtt.................................................................................. 20 ggtt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................AGACAGCTTCTGGGACAGGCgtt.................................... 23 gtt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TTAGTCTGAACAGATGAGAGagt........................................................................ 23 agt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAaatg............................................................................... 28 aatg 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGGAAATTAGTCTGAACAGATGAcc............................................................................ 25 cc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGggg........................ 25 ggg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCagct...................... 27 agct 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................ACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGATtggc............................................................................ 29 tggc 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAAATTAGTCTGAACAGcct............................................................................... 24 cct 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TTCTGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGa....................... 29 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCagac...................... 27 agac 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAAtt................................................................................... 19 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................GGCAGAAGCACAGAGCCGCTGAGGccgt.............. 28 ccgt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGgggt....................... 26 gggt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAAaaa.................................................................................. 25 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GGAACTTAGGAAATTAGTCTGAt..................................................................................... 23 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCagc....................... 26 agc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAAATTAGTCTGAACAGctgt.............................................................................. 25 ctgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAACActtt............................................................................... 28 cttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGaat..................... 28 aat 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................AACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGATtggc............................................................................ 30 tggc 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGCaa..................... 28 aa 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................CTTAGGAAATTAGTCTGAACcact................................................................................ 24 cact 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGgggc....................... 26 gggc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................GAGAACCAGACAGCTTCTGGGccgt......................................... 25 ccgt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAAaaat................................................................................. 26 aaat 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCAtaga............................ 21 taga 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TTCTGGGACAGGCAGAAGCACt.............................. 22 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................CTTAGGAAATTAGTCTGAACAcacg............................................................................... 25 cacg 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGG.......................................................................... 29 7 0.86 0.86 0.43 0.14 - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAG............................................................................. 25 8 0.75 0.75 - 0.12 0.38 - - 0.12 - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGA.............................................................................. 24 8 0.62 0.62 - - 0.38 - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - 0.12 - - -
...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGATG............................................................................... 28 7 0.57 0.57 - - 0.14 - - - - - - - 0.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGG......................................................................... 28 8 0.50 0.50 - 0.12 - - - 0.12 - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAa............................................................................. 25 a 0.50 0.62 - - 0.12 - - - - - - - - 0.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TTAGTCTGAACAGATGAGAGGGTGCAC.................................................................... 27 4 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGGT........................................................................ 28 8 0.50 0.50 - - - - - 0.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - -
...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGAa................................................................................ 27 a 0.45 8.45 - 0.09 - - - 0.09 - 0.09 - 0.09 - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGt......................................................................... 29 t 0.43 9.57 - - - - - 0.14 0.14 - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................AACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGA................................................................................. 25 12 0.42 0.42 - - - - - - - - - - - - 0.08 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGa.......................................................................... 28 a 0.38 5.88 - - - - 0.12 0.12 - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................TAGTCTGAACAGATGAGAGGGT........................................................................ 22 8 0.38 0.38 - 0.25 - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGG.......................................................................... 26 8 0.38 0.38 - 0.25 - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGA............................................................................ 27 8 0.38 0.38 - - - - - - 0.12 - - - - 0.12 - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGAaaa.............................................................................. 29 aaa 0.36 8.45 - 0.09 - - - - - 0.09 - - - - 0.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGA............................................................................ 25 9 0.33 0.33 - - 0.22 - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................GAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGGTG....................................................................... 28 7 0.29 0.29 - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGGT........................................................................ 30 7 0.29 0.29 - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - -
............................................................................................................................................................TAGTCTGAACAGATGAGAGGGTG....................................................................... 23 7 0.29 0.29 - 0.14 - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................GAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGGTGC...................................................................... 29 7 0.29 0.29 - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGgga............................................................................ 26 gga 0.25 0.12 - - - - 0.12 - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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............................................................................................................................................................TAGTCTGAACAGATGAGAGGG......................................................................... 21 8 0.25 0.25 - 0.12 - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGGTG....................................................................... 31 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................ATTAGTCTGAACAGATGAGAGGGTGC...................................................................... 26 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - -
...........................................................................................................................................................TTAGTCTGAACAGATGAGAGGGTGCga.................................................................... 27 ga 0.14 1.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................GTCTGAACAGATGAGAGGGTGC...................................................................... 22 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGGTG....................................................................... 30 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGATGA.............................................................................. 29 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................CTTAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGGTG....................................................................... 33 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 -
..............................................................................................................................................................GTCTGAACAGATGAGAGGGTGCgttt.................................................................. 26 gttt 0.14 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGG......................................................................... 30 7 0.14 0.14 - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TTAGTCTGAACAGATGAGAGGGTGCgt.................................................................... 27 gt 0.14 1.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGGa........................................................................ 30 a 0.14 4.29 - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATtaaa............................................................................ 26 taaa 0.13 0.07 - - 0.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGtg............................................................................. 25 tg 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGCTGAGGTA................ 33 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAaa............................................................................ 26 aa 0.12 0.62 - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGAaca.............................................................................. 24 aca 0.12 1.12 - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAca............................................................................ 26 ca 0.12 0.62 - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGca............................................................................. 25 ca 0.12 0.12 - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGG......................................................................... 27 8 0.12 0.12 - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGggaa........................................................................... 27 ggaa 0.12 0.12 - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGGT........................................................................ 29 8 0.12 0.12 - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAG............................................................................. 26 8 0.12 0.12 - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................ATTAGTCTGAACAGATGAGAGG.......................................................................... 22 8 0.12 0.12 - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGaa......................................................................... 29 aa 0.12 5.88 - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATG............................................................................... 23 8 0.12 0.12 - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAaa.......................................................................... 28 aa 0.12 8.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGcga............................................................................ 26 cga 0.12 0.12 - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................AACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGATG............................................................................... 27 8 0.12 0.12 - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................ACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGATGA.............................................................................. 27 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGgccc........................................................................... 27 gccc 0.12 0.12 - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................GAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGG......................................................................... 26 8 0.12 0.12 - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAtgg......................................................................... 29 tgg 0.12 8.12 - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGAaa............................................................................... 28 aa 0.09 8.45 - - - - - - - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAAATTAGTCTGAACAGA................................................................................. 22 13 0.08 0.08 - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAAATTAGTCTGAACAGAaa............................................................................... 24 aa 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAAATTAGTCTGAACAGAcagg............................................................................. 26 cagg 0.08 0.08 - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAAATTAGTCTGAACAGAcg............................................................................... 24 cg 0.08 0.08 - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGAT................................................................................ 22 15 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATtggt............................................................................ 26 tggt 0.07 0.07 - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGAggct............................................................................. 25 ggct 0.06 1.12 - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - -
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....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGAcga.............................................................................. 24 cga 0.06 1.12 - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGAagag............................................................................. 25 agag 0.06 1.12 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGAaat.............................................................................. 24 aat 0.06 1.12 - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGAga............................................................................... 23 ga 0.06 1.12 - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CTTATTTGTTAATAGCCAAAAGATGGAAATAACCCAGATGTGCCTCAAACAAAGATTGTATACAGAACATGTGGGTTCTTTTACACAATGGTATTGTGATCAGCAATTAAAAAGTGAGAACATCTTGGTTCTGGGACTCTGCGGAACTTAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAGGGTGCACCAGAGAACCAGACAGCTTCTGGGACAGGCAGAAGCACAGAGCCGCTGAGGTAGCACCCTTTGCTGGCC
..................................................................................................................................................(((.((..(((.((((....)))).....)))...)).)))..(((((.....)))))..............................................
...............................................................................................................................................144...............................................................210......................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
...............................................................................................................................................................................................CAGCTTCTGGGACAGGCaaa....................................... 20 aaa 4.00 0.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TTAGGAAATTAGTCTGAACAGcc.................................................................................. 23 cc 3.00 0.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................CCAGAGAACCAGACAGCTTCTcga................................................ 24 cga 2.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CTTAGGAAATTAGTCTGAaa...................................................................................... 20 aa 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TGCACCAGAGAACCAGACAGCTTCTa................................................ 26 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................CTTCTGGGACAGGCAaaaa...................................... 19 aaaa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................AACTTAGGAAATTAGTCTGAACtgcg.................................................................................... 26 tgcg 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................AGAACCAGACAGCTTCTGGGACAGGCgtgt....................................... 30 gtgt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................AACTTAGGAAATTAGTCTGAtggg...................................................................................... 24 tggg 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................AGCTTCTGGGACAGGCaaaa....................................... 20 aaaa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................GACAGCTTCTGGGACAGGCcgga....................................... 23 cgga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................CCAGAGAACCAGACAGCTTCTGcga............................................... 25 cga 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................AGAACCAGACAGCTTCTGGGACAgtgt.......................................... 27 gtgt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................GCAGAAGCACAGAGCCGCttg....................... 21 ttg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................GGGTGCACCAGAGAACCAGACAGCTTCc................................................. 28 c 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................GCGGAACTTAGGAAATTAGTCTGAggc...................................................................................... 27 ggc 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................CTCTGCGGAACTTAGGAAATTActcc............................................................................................ 26 ctcc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................AGAACCAGACAGCTTCTatg................................................ 20 atg 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................AGAGAACCAGACAGCTTCTGGGACAGGCt....................................... 29 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................GGACTCTGCGGAACTTAGGAAATTAaga............................................................................................ 28 aga 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TTCTGGGACTCTGCGGAACTTAGGAa................................................................................................. 26 a 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGGGACTCTGCGGAACTTAGGAAATT............................................................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGGGACTCTGCGGAACTTAGGAAATTA............................................................................................ 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TCTGAACAGATGAGAGGG......................................................................... 18 10 0.20 0.20 - 0.10 - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAAATTAGTCTGAACAGATGAGAG........................................................................... 27 8 0.12 0.12 - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TCTGAACAGATGAGAGGGt......................................................................... 19 t 0.10 0.00 - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -