(1)
OTHER.ip
(4)
OTHER.mut
(6)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(28)
TESTES

Sense strand
GAATAAACTGAATAGGACACTCATGATCTGAAGGAATTCTATTGCCAGAAATAGCTCAAACCTGGGGGGATTGTTCCCAGGAGTGAACTGGATAGGAGACTTGAATTCTGAGAGAGAAATATCACAAGAAAGTAAACCATTAAATGAGACCTGGGATAAATTAACCTCAGGTTTATGCTTGACTCAAATGAACATGACAGAGATTTGCCACCCATATGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGCCAGCA
.......................................................................................(((...((....)).......((((.(((.....((....)).................(((((((((..........)))))))))...)))..))))...........)))..................................................
.......................................................................................88.....................................................................................................................207.........................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
.......................TGATCTGAAGGAATTCTATTGCCAGAA........................................................................................................................................................................................................ 27 1 171.00 171.00 53.00 42.00 36.00 2.00 8.00 1.00 12.00 - 9.00 1.00 - 1.00 4.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGCTTGACTCAAATGAACATGACAGAGA............................................... 28 1 49.00 49.00 22.00 11.00 7.00 1.00 4.00 - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGATCTGAAGGAATTCTATTGCCAGAAA....................................................................................................................................................................................................... 28 1 40.00 40.00 10.00 9.00 12.00 3.00 - - 1.00 - 1.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - -
............................................................................................TAGGAGACTTGAATTCTGAGAGAGAA.................................................................................................................................... 26 1 31.00 31.00 5.00 3.00 1.00 4.00 1.00 8.00 - 6.00 - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TGAACATGACAGAGATTTGCCACCCATA.................................. 28 1 28.00 28.00 7.00 4.00 3.00 2.00 2.00 5.00 - 2.00 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TTGACTCAAATGAACATGACAGAGATTT............................................ 28 1 27.00 27.00 7.00 5.00 9.00 - 4.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.......................TGATCTGAAGGAATTCTATTGCCAGA......................................................................................................................................................................................................... 26 1 24.00 24.00 - 1.00 - 4.00 1.00 5.00 8.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TGAACATGACAGAGATTTGCCACCCAT................................... 27 1 22.00 22.00 7.00 6.00 - - 2.00 1.00 2.00 - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
...............................................................................................................................................................................TGCTTGACTCAAATGAACATGACAGAG................................................ 27 1 21.00 21.00 4.00 9.00 4.00 - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATG...... 28 1 21.00 21.00 8.00 5.00 3.00 - 4.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
........TGAATAGGACACTCATGATCTGAAGGAA...................................................................................................................................................................................................................... 28 1 18.00 18.00 5.00 4.00 7.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TAGGAGACTTGAATTCTGAGAGAGAAA................................................................................................................................... 27 1 18.00 18.00 1.00 1.00 2.00 7.00 - - - 4.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TGAATAGGACACTCATGATCTGAAGGA....................................................................................................................................................................................................................... 27 1 18.00 18.00 6.00 3.00 6.00 - 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGCTTGACTCAAATGAACATGACAGAGAT.............................................. 29 1 18.00 18.00 6.00 6.00 4.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGGA........ 26 1 18.00 18.00 6.00 6.00 1.00 1.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TGAACATGACAGAGATTTGCCACCCA.................................... 26 1 17.00 17.00 8.00 3.00 2.00 1.00 - - 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TATGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGG......... 27 1 15.00 15.00 - - 1.00 8.00 - - - 2.00 - 1.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TCAAATGAACATGACAGAGATTTGCCACC...................................... 29 1 13.00 13.00 3.00 6.00 1.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGC..... 29 1 11.00 11.00 5.00 1.00 4.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGCTTGACTCAAATGAACATGACAGA................................................. 26 1 11.00 11.00 4.00 1.00 3.00 - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGCTTGACTCAAATGAACATGACAGAGATT............................................. 30 1 9.00 9.00 1.00 1.00 3.00 - 2.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TTAAATGAGACCTGGGATAAATTAACCTC.................................................................................. 29 1 9.00 9.00 - - - - - - - - - - 8.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TGAACATGACAGAGATTTGCCACCCATAT................................. 29 1 9.00 9.00 3.00 5.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................GGAGTGAACTGGATAGGAGACTTGAAT................................................................................................................................................ 27 1 9.00 9.00 3.00 2.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TCAAATGAACATGACAGAGATTTGCCAC....................................... 28 1 8.00 8.00 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
............TAGGACACTCATGATCTGAAGGAATTC................................................................................................................................................................................................................... 27 1 7.00 7.00 - 3.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
............................................................................................TAGGAGACTTGAATTCTGAGAGAGAAAT.................................................................................................................................. 28 1 6.00 6.00 - - 1.00 - - 3.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TTGACTCAAATGAACATGACAGAGATT............................................. 27 1 6.00 6.00 2.00 1.00 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................GAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGC..... 26 1 5.00 5.00 1.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGGAT....... 27 1 5.00 5.00 - 1.00 - - 1.00 - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................AACATGACAGAGATTTGCCACCCATAT................................. 27 1 4.00 4.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................GAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGCC.... 27 1 4.00 4.00 1.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TTGACTCAAATGAACATGACAGAGA............................................... 25 1 4.00 4.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................GGAGTGAACTGGATAGGAGACTTGAA................................................................................................................................................. 26 1 4.00 4.00 1.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TAGGACACTCATGATCTGAAGGAATTCT.................................................................................................................................................................................................................. 28 1 3.00 3.00 1.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TATGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGGA........ 28 1 3.00 3.00 - 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGGATAGGAGACTTGAATTCTGAGAGA....................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGGATAGGAGACTTGAATTCTGAGA......................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TCTGAAGGAATTCTATTGCCAGAAATAGC................................................................................................................................................................................................... 29 1 3.00 3.00 - - 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................AAATGAACATGACAGAGATTTGCCACC...................................... 27 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGATCTGAAGGAATTCTATTGCCAGAt........................................................................................................................................................................................................ 27 t 3.00 24.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................GGAGACTTGAATTCTGAGAGAGAAATATC............................................................................................................................... 29 1 3.00 3.00 - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....AACTGAATAGGACACTCATGATCTGAA.......................................................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 1.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGACTCAAATGAACATGACAGAGATTTGC.......................................... 29 1 3.00 3.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGG......... 25 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................GAGACTTGAATTCTGAGAGAGAAATATC............................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TATGCTTGACTCAAATGAACATGACAGAG................................................ 29 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TATCACAAGAAAGTAAACCATTAAATGA....................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CACTCATGATCTGAAGGAATTCTATTG.............................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGACTCAAATGAACATGACAGAGATTTG........................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TGTGCGAGACTACAGAGGATGCCAGCAt 28 t 2.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................TAAATTAACCTCAGGTTTATGCTTGACTC................................................................. 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - -
............................TGAAGGAATTCTATTGCCAGAAATAGC................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TGAATAGGACACTCATGATCTGAAGGAAT..................................................................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........ATAGGACACTCATGATCTGAAGGAATT.................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGACTCAAATGAACATGACAGAGATTT............................................ 27 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................CAGGAGTGAACTGGATAGGAGA....................................................................................................................................................... 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................TGACAGAGATTTGCCACCCATATGAGAGT........................... 29 1 2.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................AATGAACATGACAGAGATTTGCCACCCA.................................... 28 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................AAATGAACATGACAGAGATTTGCCACCC..................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TAGGAGACTTGAATTCTGAGAGAGAAATA................................................................................................................................. 29 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TAGGACACTCATGATCTGAAGGAATT.................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................AGAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATG...... 26 1 2.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.AATAAACTGAATAGGACACTCATGATC.............................................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.................................................................................................................................................................................CTTGACTCAAATGAACATGACAGAGATTT............................................ 29 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................AATGAACATGACAGAGATTTGCCACCC..................................... 27 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................ATATGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGG......... 28 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TCAAATGAACATGACAGAGATTTGCCACCC..................................... 30 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................AGGAGACTTGAATTCTGAGAGAGAA.................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................CAAATGAACATGACAGAGATTTGCCACC...................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TATGCTTGACTCAAATGAACATGACAGA................................................. 28 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................GAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGCCA... 28 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGAAGGAATTCTATTGCCAGAAATAGCTC................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................ACATGACAGAGATTTGCCACCCATAT................................. 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGATCTGAAGGAATTCTATTGCCAGAAAT...................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGCCA... 31 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TGTGCGAGACTACAGAGGATGCCAGtt 27 tt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................ATGAACATGACAGAGATTTGCCACCCA.................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................GGAGACTTGAATTCTGAGAGAGAAAT.................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................CTCAAATGAACATGACAGAGATTTGCt......................................... 27 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................GGATTGTTCCCAGGAGTGAACTGGATAGGA......................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.............AGGACACTCATGATCTGAAGGAATTC................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TTGAATTCTGAGAGAGAAATATCACAAG.......................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................CCAGGAGTGAACTGGATAGGAGACTTGA.................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................AATGAACATGACAGAGATTTGCCACCCAT................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................TGGGGGGATTGTTCCCAGGAGTGAACTG................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................GGAGTGAACTGGATAGGAGAC...................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.....AACTGAATAGGACACTCATGATCTGA........................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CTCATGATCTGAAGGtcgt.................................................................................................................................................................................................................... 19 tcgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.....................................................................................................TGAATTCTGAGAGAGAAATATCACAAGA......................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................GATTGTTCCCAGGAGTGAACTGGATAGGAa........................................................................................................................................................ 30 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TTGACTCAAATGAACATGACAGAGAT.............................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................GAATTCTATTGCCAGAAATAGCTCAAACC............................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TGCCAGAAATAGCTCAAACCTGGGGG...................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................ACAAGAAAGTAAACCATTAAATGAGACC................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGt..... 29 t 1.00 21.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................CAGAGATTTGCCACCCATATGAGAGTT.......................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................CCATATGAGAGTTGTGCGAGAC................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................ATGAGAGTTGTGCGAGACTACAGcgg......... 26 cgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................ATGCTTGACTCAAAgatt.......................................................... 18 gatt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TAGGAGACTTGAATTCTGAGAGAGAAATt................................................................................................................................. 29 t 1.00 6.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................GGGGGGATTGTTCCCAGGAGTGA.................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGATCTGAAGGAATTCTATTGCCAGAAt....................................................................................................................................................................................................... 28 t 1.00 171.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TAACCTCAGGTTTATGCTTGACTCAAATGAA.......................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGCTTGACTCAAATGAACATGACAGAGAcgg............................................ 31 cgg 1.00 49.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGCC.... 30 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................GAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGCCAGC. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................AGAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGC..... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................AGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGCCAGC. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................GATCTGAAGGAATTCTATTGCCAGAA........................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................TGAATTCTGAGAGAGAAATATCACAAG.......................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................GGAGTGAACTGGATAGGAGACTTGA.................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGCTTGACTCAAATGAACATGACAGAGAa.............................................. 29 a 1.00 49.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................TGAATTCTGAGAGAGAAATATCACAAGAAAG...................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TAGGAGACTTGAATTCTGAGAGAGAt.................................................................................................................................... 26 t 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TTGACTCAAATGAACATGACAGAGATTTG........................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................CGAGACTACAGAGGATGCCAGCAccat 27 ccat 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................ATGCTTGACTCAAATGAACATGACAGAG................................................ 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................ATGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGG......... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................GTGAACTGGATAGGAGACTTGAATTC.............................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TTGAATTCTGAGAGAGAAATATCACA............................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................GATAGGAGACTTGAATTCTGAGAGAGAAATAT................................................................................................................................ 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TGTGCGAGACTACAGAGGATGCCAGCA 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................TTCCCAGGAGTGAACTGGATAGGAGAC...................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................AGGAGACTTGAATTCTGAGAGAGAAAT.................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGATCTGAAGGAATTCTATTGCCAGAAAaa..................................................................................................................................................................................................... 30 aa 1.00 40.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................AGAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGCC.... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TATGAGAGTTGTGCGAGACTAC.............. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGAAGGAATTCTATTGCCAGAAA....................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................AGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGCC.... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGCGAGACTACAGAGGATGCCAcc. 24 cc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGATCTGAAGGAATTCTATTGCCAG.......................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TCACAAGAAAGTAAACCATTAAATGAGACC................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................GACTTGAATTCTGAGAGAGAAATATCAC............................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TGTTCCCAGGAGTGAACTGGATAGGAGAC...................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................ATGCTTGACTCAAATGAACAT....................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........ATAGGACACTCATGATCTGAAGGAAT..................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TTAAATGAGACCTGGGATAAATTAACCTCt................................................................................. 30 t 1.00 9.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGATCTGAAGGAATTCTATTGCCAGAAAa...................................................................................................................................................................................................... 29 a 1.00 40.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TAACCTCAGGTTTATGCTTGACTCAAA.............................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGCTTGACTCAAATGAACATGACAGAGATTT............................................ 31 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................CCCAGGAGTGAACTGGATAGGAGACTT.................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGACTCAAATGAACATGACAGAGATT............................................. 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................TGGGGGGATTGTTCCCAGGAGTGAACTGG............................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................AAGAAAGTAAACCATTAAATGAGA..................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TGAGAGAGAAATATCACAAGAAAGTAAACC................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TAAATGAGACCTGGGATAAATTAACCTC.................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TTGACTCAAATGAACATGACAGAGATTTGC.......................................... 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGtcg... 31 tcg 1.00 21.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TATGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAG.......... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TGAACTGGATAGGAGACTTGAATTCTG............................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TAGGAGACTTGAATTCTGAGAGAGA..................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGAGAGTTGTGCGAGACTACAGggga........ 26 ggga 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................AATGAACATGACAGAGATTTGCCACCCATA.................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................TGACAGAGATTTGCCACCCATATGAGA............................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.......................................................................TGTTCCCAGGAGTGAACTGGATAGG.......................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TGAGAGAGAAATATCACAAGAAAGTAAAC................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TAGGAGACTTGAATTCTGAGAGAG...................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......ACTGAATAGGACACTCATGATCTGAAG......................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TGAACTGGATAGGAGACa..................................................................................................................................................... 18 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TGAACTGGATAGGAGACTTGAATT............................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TATGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGt......... 27 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGCGAGACTACAGAGGATGCCAGCAct 27 ct 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TATGCTTGACTCAAATGAACATGACAGAGA............................................... 30 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................GAACATGACAGAGATTTGCCACCCAT................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGCTTGACTCAAATGAACATGACAGct................................................ 27 ct 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................CACAAGAAAGTAAACCATTAAATGAGACC................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TGTGCGAGACTACAGAGGATGCCAGCt 27 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GAATAAACTGAATAGGACACTCATGATCTGAAGGAATTCTATTGCCAGAAATAGCTCAAACCTGGGGGGATTGTTCCCAGGAGTGAACTGGATAGGAGACTTGAATTCTGAGAGAGAAATATCACAAGAAAGTAAACCATTAAATGAGACCTGGGATAAATTAACCTCAGGTTTATGCTTGACTCAAATGAACATGACAGAGATTTGCCACCCATATGAGAGTTGTGCGAGACTACAGAGGATGCCAGCA
.......................................................................................(((...((....)).......((((.(((.....((....)).................(((((((((..........)))))))))...)))..))))...........)))..................................................
.......................................................................................88.....................................................................................................................207.........................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
......ACTGAATAGGACACTCATGATCTGAAG......................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -