(6)
OTHER.mut
(6)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(31)
TESTES

Sense strand
CATTGGGAAAAACTTGTCTGATCCAATCTGCTAGACTTGGAAAAGGGGAGGTAAGAACTCCAAAGTGCTGTTTTTCTGAACATGAGGACATGCGTGTTCTTGTGGGTACCTAGGAGTCCTGATTTGCCCTGAAGAAAAAGGATCTGGCAAGAAGAAGGTATAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCATTGGTTGCTCTTCCAGAGGTTCTGAGTTCAATTCCCAGCACTCACATGGTGGCTC
..................................................................(((.(((((((...((..((((((....))))))..)).....((((..(((((..(((........)))..)))))))))..))))))))))...........................................................................................
...............................................................64.............................................................................................159.........................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
....................................................................TGTTTTTCTGAACATGAGGACATGCGT........................................................................................................................................................... 27 1 13.00 13.00 7.00 4.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TGAAGAAAAAGGATCTGGCAAGAAGA............................................................................................... 26 1 8.00 8.00 1.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGCTAGACTTGGAAAAGGGGAGtgac.................................................................................................................................................................................................... 26 tgac 3.00 0.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................TGTTTTTCTGAACATGAGGACATGCG............................................................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TCCAGAGGTTCTGAGTTCAATTCCCAtta............... 29 tta 2.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.................................................................................................................................TGAAGAAAAAGGATCTGGCAAGAAGAA.............................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................GGGGCTGGAGAGATGGCTaaaa.................................................................. 22 aaaa 2.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGCTAGACTTGGAAAAGGGGAGGTAAG................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GGGCTGGAGAGATGGCTaaaa.................................................................. 21 aaaa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
..................TGATCCAATCTGCTAGACT..................................................................................................................................................................................................................... 19 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................AAAAAGGATCTGGCAAGAAGAAGGTA.......................................................................................... 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGCTAGACTTGGAAAAGGGGAGGTAAGt.................................................................................................................................................................................................. 28 t 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...............GTCTGATCCAATCTGCTAGAC...................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
............................................................CAAAGTGCTGTTTTTgat............................................................................................................................................................................ 18 gat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TCCAAAGTGCTGTTTTTCTGAACATGA..................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TCTTCCAGAGGTTCTGAGTTCAATTaa.................... 27 aa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................AGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTcggt.............................................................. 27 cggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................ATCTGCTAGACTTGGAAAAGGGGAGt....................................................................................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TCTGCTAGACTTGGAAAAGGGGAGGT...................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................AAAAGGATCTGGCAAGAAGAAGGTg.......................................................................................... 25 g 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................AAAGGATCTGGCAAGAAGAAGGTATA........................................................................................ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGCTAGACTTGGAAAAGGGGAGGTA..................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................AGGGGCTGGAGAGATGGCTCAtgt................................................................. 24 tgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
..................................................................................................................................................................GGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGGaga............................................................ 28 aga 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGGCAAGAAGAAGGTATAGGGGCTGG................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................AGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGatt............................................................. 28 att 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................AGGGGCTGGAGAGATGGCTaaaa.................................................................. 23 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TTTGCCCTGAAGAAAAAGGATCTGGCAAG................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGCTGTTTTTCTGAACATGAGGACATGC............................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CAATCTGCTAGACTTGGAAAAGGGGA......................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................AGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGatat..................................................... 27 atat 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGCTGTTTTTCTGAACATGAGGACAT............................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TTGTGGGTACCTAGGAGTCCTGATTT............................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................AATCTGCTAGACTTGGAAAAGGGGAG........................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTaaa............................................................... 27 aaa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................ATGGCTCAGTGGGTAAGAGCATac.................................................... 24 ac 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................AGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCAagt.................................................... 26 agt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................AGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGa........................................................ 33 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................TTCCAGAGGTTCTGAGTTCAATTat.................... 25 at 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................AAGAAAAAGGATCTGGCAAGAAGA............................................................................................... 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................AGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGtagt............................................................. 28 tagt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGCTAGACTTGGAAAAGGGGAGtga..................................................................................................................................................................................................... 25 tga 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................TTCCAGAGGTTCTGAGTTCAATTaga................... 26 aga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TCTGGCAAGAAGAAGGTATAGGGGCTGGAGAGA........................................................................... 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................GAGAGATGGCTCAGTGGGTAAGcgc........................................................ 25 cgc 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................CTGTTTTTCTGAACATGAGGACATGCGT........................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GGGCTGGAGAGATGGCTaaag.................................................................. 21 aaag 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TGAGTTCAATTCCCAGCACTCACATGGTGGC.. 31 13 0.08 0.08 - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................GGAGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCAT...................................................... 28 19 0.05 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.05

Antisense strand
CATTGGGAAAAACTTGTCTGATCCAATCTGCTAGACTTGGAAAAGGGGAGGTAAGAACTCCAAAGTGCTGTTTTTCTGAACATGAGGACATGCGTGTTCTTGTGGGTACCTAGGAGTCCTGATTTGCCCTGAAGAAAAAGGATCTGGCAAGAAGAAGGTATAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCATTGGTTGCTCTTCCAGAGGTTCTGAGTTCAATTCCCAGCACTCACATGGTGGCTC
..................................................................(((.(((((((...((..((((((....))))))..)).....((((..(((((..(((........)))..)))))))))..))))))))))...........................................................................................
...............................................................64.............................................................................................159.........................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069811(GSM610967)
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GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
....................................................................................................................................................................................................TTGCTCTTCCAGAGGTTCTGAGTTCAaaa......................... 29 aaa 2.00 0.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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.....................................................................................................................................................................................................TTGCTCTTCCAGAGGTTCTGAGTTCAta......................... 28 ta 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................CAGAGGTTCTGAGTTCAATTCCCAat.................. 26 at 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TCCAGAGGTTCTGAGTTCAATTtt...................... 24 tt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TTGCTCTTCCAGAGGTTCTGAGTTCAaa......................... 28 aa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CCAGAGGTTCTGAGTTCAATTCCCAtt.................. 27 tt 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TCTTCCAGAGGTTCTGAGTTCAATTCCCAtt.................. 31 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
........................................................................................................................................................................................................TCTTCCAGAGGTTCTGAGTTCAATTCCCAttt.................. 32 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................TGCTCTTCCAGAGGTTCTGAGTTCAATttct....................... 31 ttct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................CAGAGGTTCTGAGTTCAATTCCCAatta.................. 28 atta 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................GTTCAATTCCCAGCACTCACAgtac......... 25 gtac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................CTCTTCCAGAGGTTCTGAGTTCAtaga......................... 27 taga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TTCCAGAGGTTCTGAGTTCAATTCCCAtaaa.................. 31 taaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.................................................................................................................................................................................................................GTTCTGAGTTCAATTCCCAtaga.................. 23 taga 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................CAGAGGTTCTGAGTTCAATTCCCAaatt.................. 28 aatt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................GTTGCTCTTCCAGAGGTTCTGAGTTCAa......................... 28 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TCTTCCAGAGGTTCTGAGTTta........................... 22 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................CTCTTCCAGAGGTTCTGAGTTCAATtat....................... 28 tat 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TTCAATTCCCAGCACTCACaaaa.......... 23 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................AGAGGTTCTGAGTTCAATTCCCAcagt.................. 27 cagt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
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