chr9:78329246 78329495 -
(9)
OTHER.mut 		(3)
OVARY 		(5)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(37)
TESTES

Sense strand
CAGTCGCCTTGGACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGCGGGTGTGGCTTCCGCGGGCCGCCGAGCTGGAGGTCCTGCTCCGAGCGGGCCGGGCCCCGCTGTCGTCGGCGGGGATTAGCTGCGAGCATTCCCGCTTCGAGTTGCGGGCGGCGCGGGAGGCAGAGTGCGAGGCCTAGCGGCAACCCCGTAGCCTCGCCTCGTGTCCGGCTTGAGGCCTAGCGTGGTGTCCG


 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037898(GSM510434)
ovary_rep3. (ovary) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
......................................GTCAGAACGCAGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. 18 2 22.00 22.00 8.00 7.50 4.00 1.50 - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................GCCGTCAGAACGCAGGTGA.................................................................................................................................................................................................... 19 1 20.00 20.00 - 15.00 - - 3.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................GTCAGAACGCAGGTGAGGG................................................................................................................................................................................................. 19 1 17.00 17.00 10.00 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGC............................................................................................................................................................................................... 25 1 17.00 17.00 17.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TCAGAACGCAGGTGAGGG................................................................................................................................................................................................. 18 1 17.00 17.00 5.00 7.00 1.00 1.00 - 1.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................ACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. 29 1 14.00 14.00 14.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................GTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. 25 1 12.00 12.00 10.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................GCCGTCAGAACGCAGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. 21 1 12.00 12.00 - 3.00 - 1.00 3.00 - - - 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................GTCAGAACGCAGGTGAGGGG................................................................................................................................................................................................ 20 1 12.00 12.00 8.00 - 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CGCAACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. 33 1 11.00 11.00 11.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGG................................................................................................................................................................................................ 28 1 11.00 11.00 10.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................GTCAGAACGCAGGTGAGGGGC............................................................................................................................................................................................... 21 1 10.00 10.00 9.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGCGG............................................................................................................................................................................................. 31 1 8.00 8.00 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGG................................................................................................................................................................................................. 24 1 8.00 8.00 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGG................................................................................................................................................................................................. 23 1 7.00 7.00 4.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................GTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGG................................................................................................................................................................................................. 26 1 6.00 6.00 2.00 - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................CAGGTGAGGGGCGGGTGTGG....................................................................................................................................................................................... 20 1 6.00 6.00 - - - 3.00 - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TTGCCGTCAGAACGCAGGTGAG................................................................................................................................................................................................... 22 1 6.00 6.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. 26 1 6.00 6.00 5.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................GCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGC............................................................................................................................................................................................... 24 1 6.00 6.00 4.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGA.................................................................................................................................................................................................... 25 1 5.00 5.00 - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TCAGAACGCAGGTGAGGGGC............................................................................................................................................................................................... 20 1 5.00 5.00 4.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGC............................................................................................................................................................................................... 26 1 5.00 5.00 3.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................GTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGG................................................................................................................................................................................................ 27 1 4.00 4.00 - - 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................GTCAGAACGCAGGTGAGGGGCGG............................................................................................................................................................................................. 23 1 4.00 4.00 - 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGG................................................................................................................................................................................................ 25 1 4.00 4.00 - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGCG.............................................................................................................................................................................................. 26 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CTTTTTCGCAACGGGTTTGCCG................................................................................................................................................................................................................... 22 2 3.50 3.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - -
...................................GCCGTCAGAACGCAGGTG..................................................................................................................................................................................................... 18 4 3.25 3.25 - 1.25 - 0.25 - 0.25 - - - - - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGT...................................................................................................................................................................................................... 24 3 3.00 3.00 - 2.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................GTCAGAACGCAGGTGAGGGGCG.............................................................................................................................................................................................. 22 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................CGTCAGAACGCAGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. 19 1 3.00 3.00 - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................TTCGAGTTGCGGGCGGCGCGGGAGG....................................................................... 25 1 3.00 3.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CGGGGATTAGCTcaaa.......................................................................................................... 16 caaa 3.00 0.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCCGTCAGAACGCAGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. 22 1 3.00 3.00 - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TCAGAACGCAGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. 17 2 3.00 3.00 1.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................GTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAG................................................................................................................................................................................................... 24 1 3.00 3.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TCAGAACGCAGGTGAGGGG................................................................................................................................................................................................ 19 1 3.00 3.00 - - 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................AGGTGAGGGGCGGGTGTGG....................................................................................................................................................................................... 19 1 3.00 3.00 - - - - - - - 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TTGCCGTCAGAACGCAGG....................................................................................................................................................................................................... 18 4 2.75 2.75 0.50 - - 0.50 - 0.75 - 0.25 - 0.25 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TTTGCCGTCAGAACGCAGG....................................................................................................................................................................................................... 19 3 2.67 2.67 - 1.67 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TTTTTCGCAACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGG....................................................................................................................................................................................................... 33 2 2.50 2.50 - 1.00 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................AGGTGAGGGGCGGGTGTG........................................................................................................................................................................................ 18 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................CAGAACGCAGGTGAGGGGCGGGTG.......................................................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TGTCGTCGGCGGGGATTAGCTGC............................................................................................................ 23 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGG................................................................................................................................................................................................ 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGCG.............................................................................................................................................................................................. 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CGCAACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGT...................................................................................................................................................................................................... 29 2 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TGTCGTCGGCGGGGATTAGCTGCG........................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGTCAGAACG........................................................................................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGa............................................................................................................................................................................................... 25 a 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................CAGAACGCAGGTGAGGGG................................................................................................................................................................................................ 18 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................ACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGC............................................................................................................................................................................................... 32 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGTTTGCCGTCAGAACGC.......................................................................................................................................................................................................... 18 3 2.00 2.00 - - - 0.67 - 0.33 - - - 0.67 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGG................................................................................................................................................................................................ 24 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTG..................................................................................................................................................................................................... 25 3 1.67 1.67 1.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GGGTTTGCCGTCAGAACG........................................................................................................................................................................................................... 18 3 1.67 1.67 - - - 0.33 - - 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGT.................................................................................................................................................................................................................. 23 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - -
.............................GGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGT...................................................................................................................................................................................................... 23 3 1.33 1.33 - 1.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GGGTTTGCCGTCAGAACGCAG........................................................................................................................................................................................................ 21 3 1.33 1.33 - - - - 1.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GGGTTTGCCGTCAGAACGC.......................................................................................................................................................................................................... 19 3 1.33 1.33 - 1.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCCGTCAGAACGCAGGTGtta.................................................................................................................................................................................................. 22 tta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................ACGCAGGTGAGGGGCGGG............................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TCAGAACGCAGGTGAGGGGCG.............................................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................CGCAGGTGAGGGGCGGGTG.......................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................GCTGGAGGTCCTGCTCCG.................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TCAGAACGCAGGTGAGGGGCGGGaaa......................................................................................................................................................................................... 26 aaa 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................CCGTCAGAACGCAGGTGAG................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................AACGCAGGTGAGGGGCGGG............................................................................................................................................................................................ 19 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................AACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGA.................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TCAGAACGCAGGTGAGGGGCGGG............................................................................................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................CCGTCAGAACGCAGGTGAGGG................................................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...............................................CAGGTGAGGGGCGGGTGTGGa...................................................................................................................................................................................... 21 a 1.00 6.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................AACGCAGGTGAGGGGagg............................................................................................................................................................................................. 18 agg 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGTCAG............................................................................................................................................................................................................... 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
........................................................................................................................................................................................TGCGAGGCCTAGCGGCAACCCCGTAGC....................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................GCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGCGGG............................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CTTTTTCGCAACGGGTTTGC..................................................................................................................................................................................................................... 20 3 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - -
...........................................AACGCAGGTGAGGGGCGG............................................................................................................................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TTTCGCAACGGGTTTGCCGTCAGAACGC.......................................................................................................................................................................................................... 28 2 1.00 1.00 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................CGTCAGAACGCAGGTGAG................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGG................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................GTCAGAACGCAGGTGAGGGGCGGG............................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................GAACGCAGGTGAGGGcggg............................................................................................................................................................................................. 19 cggg 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGCG.............................................................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................CCGTCAGAACGCAGGTG..................................................................................................................................................................................................... 17 4 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................GGTGAGGGGCGGGTGTGGCTTCCGC................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................GCCGTCAGAACGCAGGTGAGGG................................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGTTTGCCGTCAGAACGCAGG....................................................................................................................................................................................................... 21 3 1.00 1.00 - 0.67 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGC............................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................CCGCCGAGCTGGAGa.............................................................................................................................................................. 15 a 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGC............................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGTC................................................................................................................................................................................................................. 24 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.....................................CGTCAGAACGCAGGTGAGGGGCGGGTt.......................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................GGCGCGGGAGGCAGAGTGCGAGGCCTAGC..................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAG................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TGTCGTCGGCGGGGATTAGCTGCGAGC........................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................GTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGC............................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................GTCAGAACGCAGGTGAGGGGCGGGT........................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TAGCTGCGAGCATTCCCGCTTCGA........................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................CGGGTGTGGCTTCCGCGG.............................................................................................................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................GCCGGGCCCCGCTGTCGTC............................................................................................................................ 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CTTTTTCGCAACGGGTTTG...................................................................................................................................................................................................................... 19 3 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CGGGGATTAGCTcaa........................................................................................................... 15 caa 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGG................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................AGCGGGCCGGGCCCCata.................................................................................................................................. 18 ata 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...............................................CAGGTGAGGGGCGGGTGTGGC...................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGC............................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GGGTTTGCCGTCAGAACGCA......................................................................................................................................................................................................... 20 3 1.00 1.00 - 0.33 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TCAGAACGCAGGTGAGGGGCGGGTG.......................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGG................................................................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................GCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGG................................................................................................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TTGGACGTTCTTTTTCGCAACGGGTT........................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................GCAACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGt....................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TAGCCTCGCCTCGTGTCCGGCTTGAGGC............... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................GTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGcg................................................................................................................................................................................................... 24 cg 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TAGCTGCGAGCATTCCCGCTTCGAGT......................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................GCCGTCAGAACGCAGGTGAG................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TCAGAACGCAGGTGAGGGGCGt............................................................................................................................................................................................. 22 t 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................AGAACGCAGGTGAGGGGCGGGTGTa........................................................................................................................................................................................ 25 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................AACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAG................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................GAACGCAGGTGAGGGGCGGGTGT......................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TCAGAACGCAGGTGAGGGGCGG............................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................GTCAGAACGCAGGTGAGGGGCGGGTG.......................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................AGCGGGCCGGGCCCCGag.................................................................................................................................. 18 ag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
...................................GCCGTCAGAACGCAGGT...................................................................................................................................................................................................... 17 4 0.75 0.75 - 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................GCCGTCAGAACGCAGG....................................................................................................................................................................................................... 16 4 0.75 0.75 - 0.25 - 0.25 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................ACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAG........................................................................................................................................................................................................ 23 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - 0.33
..........................AACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTG..................................................................................................................................................................................................... 27 3 0.67 0.67 - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TTTTTCGCAACGGGTTTGCCGTCAGAAC............................................................................................................................................................................................................ 28 3 0.67 0.67 - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGTTTGCCGTCAGAACGCA......................................................................................................................................................................................................... 19 3 0.67 0.67 - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TTTTTCGCAACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTG..................................................................................................................................................................................................... 35 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TCGCAACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAG........................................................................................................................................................................................................ 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TTTCGCAACGGGTTTGCCGTCAGAACGCA......................................................................................................................................................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................GTCAGAACGCAGGTGA.................................................................................................................................................................................................... 16 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TCAGAACGCAGGTGAG................................................................................................................................................................................................... 16 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TTCGCAACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAG........................................................................................................................................................................................................ 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TTTCGCAACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTG..................................................................................................................................................................................................... 33 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CGCAACGGGTTTGCCGTCAGAACG........................................................................................................................................................................................................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - -
.................CTTTTTCGCAACGGGTTTGCC.................................................................................................................................................................................................................... 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TTTTCGCAACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAG........................................................................................................................................................................................................ 31 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................GTCAGAACGCAGGTGAG................................................................................................................................................................................................... 17 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TTTCGCAACGGGTTTGCCGT.................................................................................................................................................................................................................. 20 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - -
...............................GTTTGCCGTCAGAACGCAGG....................................................................................................................................................................................................... 20 3 0.33 0.33 - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CGCAACGGGTTTGCCGTCAGAA............................................................................................................................................................................................................. 22 3 0.33 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TTTTCGCAACGGGTTTGCCGTC................................................................................................................................................................................................................. 22 3 0.33 0.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CAACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTG..................................................................................................................................................................................................... 28 3 0.33 0.33 - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TTTCGCAACGGGTTTGCCG................................................................................................................................................................................................................... 19 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 -
.......................CGCAACGGGTTTGCCGTCA................................................................................................................................................................................................................ 19 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TTCGCAACGGGTTTGCCGTCA................................................................................................................................................................................................................ 21 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTG..................................................................................................................................................................................................... 23 3 0.33 0.33 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGG....................................................................................................................................................................................................... 23 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - -
...................TTTTCGCAACGGGTTTGCCGTCAG............................................................................................................................................................................................................... 24 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - -
...............................GTTTGCCGTCAGAACGC.......................................................................................................................................................................................................... 17 3 0.33 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TTCGCAACGGGTTTGCCGTCAGAAC............................................................................................................................................................................................................ 25 3 0.33 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................ACGGGTTTGCCGTCAGAACGCA......................................................................................................................................................................................................... 22 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CTTTTTCGCAACGGGT......................................................................................................................................................................................................................... 16 3 0.33 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TCGCAACGGGTTTGCCGTCAGA.............................................................................................................................................................................................................. 22 3 0.33 0.33 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GGGTTTGCCGTCAGAA............................................................................................................................................................................................................. 16 4 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TTGCCGTCAGAACGCAGGTG..................................................................................................................................................................................................... 20 4 0.25 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCCGTCAGAACGCAGGT...................................................................................................................................................................................................... 18 4 0.25 0.25 - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................ACGGGTTTGCCGTCAGAA............................................................................................................................................................................................................. 18 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CAGTCGCCTTGGACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAGGGGCGGGTGTGGCTTCCGCGGGCCGCCGAGCTGGAGGTCCTGCTCCGAGCGGGCCGGGCCCCGCTGTCGTCGGCGGGGATTAGCTGCGAGCATTCCCGCTTCGAGTTGCGGGCGGCGCGGGAGGCAGAGTGCGAGGCCTAGCGGCAACCCCGTAGCCTCGCCTCGTGTCCGGCTTGAGGCCTAGCGTGGTGTCCG


 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037898(GSM510434)
ovary_rep3. (ovary) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
...........................................................................GGCCGCCGAGCTGGAGGTCCT.......................................................................................................................................................... 21 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................CGTCGGCGGGGATTAGggc................................................................................................................ 19 ggc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................ACGGGTTTGCCGTCAGAACGCAGGTGAaa.................................................................................................................................................................................................... 29 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -