(3)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(7)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(28)
TESTES

Sense strand
AGCTTTGCAAAATAAGCCAAGTTATAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAGACTGAAGGAGAATGTTGTCCCAGCATTTACTGCACAAGTGCTGTAATATTGACAAAATGAAAATGCCTTCCAGATTGAAAATGGGGGCTGCTCATTTCAGGACTGCAGGATCAGACCACAGCAGATTGGCATAAACCCCTGTCCCCCAACAGGGTTGTGAGCTGCTTAGCCCGGGAGACCTAGCAGCTATGGCAGGACAGTT
..................................................((((((((..((((((..((((((((.......))))))))..))...))))..........(((.((((.........)))))))..))).)))))...((((.((......))...))))..............................................................................
..................................................51.........................................................................................................................174..........................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363964(GSM822766)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
..........................................CTTTAGACTGAAGGAGAATGTTGTCCCAGCATTTACTGCACAAGTGCTGTAA............................................................................................................................................................ 52 1 128.00 128.00 128.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAGACT....................................................................................................................................................................................................... 27 1 23.00 23.00 - 6.00 - - 3.00 - 1.00 5.00 4.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - -
........................TAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAGACTG...................................................................................................................................................................................................... 28 1 14.00 14.00 - 2.00 - - 2.00 2.00 - 2.00 1.00 - 2.00 - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TTTCAGGACTGCAGGATCAGACCACAGC................................................................................ 28 1 12.00 12.00 - 3.00 2.00 1.00 - - - 3.00 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TCATTTCAGGACTGCAGGATCAGACC..................................................................................... 26 1 10.00 10.00 - - 3.00 - - 4.00 - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGGACTGCAGGATCAGA....................................................................................... 17 1 9.00 9.00 - - - - - - - - - - - - 9.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TTCTTTAGACTGAAGGAGAATGTTGTC....................................................................................................................................................................................... 27 1 9.00 9.00 - - - 4.00 - - - - - 2.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TAGACTGAAGGAGAATGTTGTCCCAGC.................................................................................................................................................................................. 27 1 7.00 7.00 - 1.00 - 1.00 1.00 - - 1.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................CAGGACTGCAGGATCAGACCACAGCAGA............................................................................. 28 1 5.00 5.00 - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAGA......................................................................................................................................................................................................... 25 1 5.00 5.00 - 1.00 - - 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................TGAAAATGCCTTCCAGATTGAAAATGGG..................................................................................................................... 28 1 5.00 5.00 - - - - 1.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TGCAGGATCAGACCACAGCAGATTGGC........................................................................ 27 1 4.00 4.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TGCTCATTTCAGGACTGCAGGATCAGA....................................................................................... 27 1 4.00 4.00 - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
......................TATAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAG.......................................................................................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - 1.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TTCTTTAGACTGAAGGAGAATGTTGT........................................................................................................................................................................................ 26 1 4.00 4.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TTTCAGGACTGCAGGATCAGACCACA.................................................................................. 26 1 3.00 3.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TGATTTCTTTAGACTGAAGGAGAATG............................................................................................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
........................TAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAGACTGt..................................................................................................................................................................................................... 29 t 3.00 14.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................AAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAGACT....................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAGAC........................................................................................................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TGCTCATTTCAGGACTGCAGGATCAGAC...................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................CAGGATCAGACCACAGCAGATTGGCATA..................................................................... 28 1 3.00 3.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.....................TTATAAAGTGGGGCTTGATTTCTTT............................................................................................................................................................................................................ 25 1 3.00 3.00 - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TCAGACCACAGCAGATTGGCATAAACCCCT.............................................................. 30 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGGACTGCAGGATCAGACCACAGCAGAT............................................................................ 28 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................CAGGACTGCAGGATCAGACCACAGCAG.............................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGTCCCCCAACAGGGTTGTGAGCTGC..................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TTAGACTGAAGGAGAATGTTGTCCCA.................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TTCTTTAGACTGAAGGAGAATGTTGTCC...................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................CAAGTGCTGTAATATTGACAAAATGAAA............................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TTAGACTGAAGGAGAATGTTGTCCCAGC.................................................................................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAGACTGA..................................................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................CGGGAGACCTAGCAGCTATGGCAGG...... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................CAGGACTGCAGGATCAGACCACAGC................................................................................ 25 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.........................................TCTTTAGACTGAAGGAGAATGTTGTC....................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAG.......................................................................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGGACTGCAGGATCAGACCACAGCAGA............................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................AGGATCAGACCACAGCAG.............................................................................. 18 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TTTCAGGACTGCAGGATCAGACCACAGCAGA............................................................................. 31 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TTCAGGACTGCAGGATCAGACCACAGC................................................................................ 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TGATTTCTTTAGACTGAAGGAGAATGT........................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TGCTGTAATATTGACAAAATGAAAATGCC....................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TCTTTAGACTGAAGGAGAATGTTGTCC...................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TGCTGTAATATTGACAAAATGAAAATGC........................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TGCAGGATCAGACCACAGCAGATTGGCA....................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.........................AAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAGACTG...................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAAGTGGGGCTTGATTT................................................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................AACAGGGTTGTGAGCTGCTTAGCCCGGGA.......................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................ATTTCAGGACTGCAGGATCAGACCACAGCA............................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................CTTAGCCCGGGAGACCTAGCAGCTATG........... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
........................TAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAGACTGc..................................................................................................................................................................................................... 29 c 1.00 14.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TTTAGACTGAAGGAGAATGTTGTCCCA.................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GTGGGGCTTGATTTCTTTAGACTGAAt................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TCAGGACTGCAGGATCAGACCACAGC................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TGCTTAGCCCGGGAGACCTAGCAGCT.............. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
...............................................GACTGAAGGAGAATGTTGTCCCAGCA................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...........................................TTTAGACTGAAGGAGAATGTTGTCCCAGC.................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAGAatg...................................................................................................................................................................................................... 28 atg 1.00 5.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TGTGAGCTGCTTAGCCCGGGAGACC...................... 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TGTTGTCCCAGCATTTACTGCACAAGTGC................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
..............................................................................................TATTGACAAAATGAAAATGCCTTCCAGt................................................................................................................................ 28 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TTTCTTTAGACTGAAGGAGAATGTTGTC....................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGTCCCCCAACAGGGTTGTGAGCTGCT.................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TATAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTA........................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TGGGGGCTGCTCATTTCAGGACTGCAGG............................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.........................................................................................................TGAAAATGCCTTCCAGATTGAAAATGGGt.................................................................................................................... 29 t 1.00 5.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................CATTTCAGGACTGCAGGATCAGACC..................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................TGAGCTGCTTAGCCCGGGAGACCTAGC.................. 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TTAGCCCGGGAGACCTAGCAGCTATGGC......... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
...........................................................................................................................................TCATTTCAGGACTGCAGGATCAGACCAC................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAGACa....................................................................................................................................................................................................... 27 a 1.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................AGCCCGGGAGACCTAGCAGCTATGGCA........ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................GGGAGACCTAGCAGCTATGGCAGGAC.... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TGTTGTCCCAGCATTTACTGCACAAGT................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGGACTGCAGGATCAGACCACAGC................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................TGAAGGAGAATGTTGTCCCAGCATTT.............................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................ATAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAG.......................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TATAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAGACT....................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................TCCAGATTGAAAATGGGGGCTGCTCA............................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TTTCAGGACTGCAGGATCAGACCACAGaa............................................................................... 29 aa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................AGGGTTGTGAGCTGCTTAGCCCGGGA.......................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................AGCCCGGGAGACCTAGCAGCTATGGCAGG...... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TTTCAGGACTGCAGGATCAGACCACAGCAGt............................................................................. 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GACCACAGCAGATTGGCATAAACCCCTGT............................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
............................GTGGGGCTTGATTTCTTTAGACTGAAGG.................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
............................GTGGGGCTTGATTTCTTTAGACTGA..................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGCACAAGTGCTGTAATATTGACAAAAT................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................GCTCATTTCAGGACTGCAGGATCAGACC..................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TTAGCCCGGGAGACCTAGCAGCTATGGCt........ 29 t 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................GCAGGATCAGACCACAGCAGATTGGCA....................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TCAGACCACAGCAGATTGGCATAAACCCC............................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TCTTTAGACTGAAGGAGAATGTTGTCCCA.................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................CGGGAGACCTAGCAGCTATGGCAGGAC.... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TGACAAAATGAAAATGCCTTCCAGATTGA............................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
..............................................................................................................................................TTTCAGGACTGCAGGATCAGACCAC................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................CCCGGGAGACCTAGCAGCTATGGCAGG...... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................CTGCAGGATCAGACCACAGCAGATTGGCA....................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
..............................................................................................TATTGACAAAATGAAAATGCCTTCCAGAa............................................................................................................................... 29 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GACCACAGCAGATTGGCATAAACCCCTG............................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TTAGCCCGGGAGACCTAGCAGCTATG........... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................TAGCAGCTATGGCAGGgc.... 18 gc 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TGACAAAATGAAAATGCCTTCCAGAT............................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TGCAGGATCAGACCACAGCAGATTGGCAT...................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TGGCATAAACCCCTGTCCCCCAACAGGGT............................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TTAGCCCGGGAGACCTAGCAGCTATGG.......... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................CAGGACTGCAGGATCAGACCACAGCAGAT............................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TACTGCACAAGTGCTGTAATATTGAC..................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GGTTGTGAGCTGCTTAGCCCGGGggac....................... 27 ggac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AGCTTTGCAAAATAAGCCAAGTTATAAAGTGGGGCTTGATTTCTTTAGACTGAAGGAGAATGTTGTCCCAGCATTTACTGCACAAGTGCTGTAATATTGACAAAATGAAAATGCCTTCCAGATTGAAAATGGGGGCTGCTCATTTCAGGACTGCAGGATCAGACCACAGCAGATTGGCATAAACCCCTGTCCCCCAACAGGGTTGTGAGCTGCTTAGCCCGGGAGACCTAGCAGCTATGGCAGGACAGTT
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..................................................51.........................................................................................................................174..........................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363964(GSM822766)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)