chr9:45703996 45704245 -
(1)
OTHER.ip 		(11)
OTHER.mut 		(5)
OVARY 		(9)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(51)
TESTES

Sense strand
AGGCAGGTGGAGAGTCAGCTCCAGGTGCAGTTAAAGCAGCTTCAGCAAAGGCGAGAAGAAGAAATGAAGAATCACCAGGTAGTCTGAGATACTGACATTTGGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTGCTTGCCTAGCATACTCAGAAACCTGGGTTCGATTCCCAGAACCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAGGAAAGAAAAGAATGGCAACTCAGATAAGTATTGTGTTTTCTCTAATAT
.................................................................................................(((((((((..(((((((.....(((((((.....)))..))))......)))))))..))))))))).....................................................................................
...............................................................................................96..........................................................................172............................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR037898(GSM510434)
ovary_rep3. (ovary) 		SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR037899(GSM510435)
ovary_rep4. (ovary) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR037896(GSM510432)
ovary_rep1. (ovary) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGccgc........................................................................................................................... 27 ccgc 647.00 0.00 251.00 231.00 81.00 50.00 5.00 - 20.00 2.00 1.00 - - 3.00 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGa.............................................................................................................................. 24 a 199.00 0.00 47.00 59.00 22.00 27.00 4.00 1.00 14.00 1.00 1.00 9.00 - - - - - 2.00 3.00 - 1.00 - 2.00 - - - 1.00 - - - - - 3.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcgt............................................................................................................................ 26 cgt 117.00 0.00 3.00 2.00 2.00 1.00 26.00 20.00 - 25.00 - 1.00 22.00 - 13.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGccat........................................................................................................................... 27 ccat 72.00 0.00 10.00 10.00 4.00 2.00 - - 2.00 - 19.00 1.00 - 12.00 - - - 1.00 - 6.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcca............................................................................................................................ 26 cca 69.00 0.00 6.00 12.00 1.00 2.00 6.00 - - 1.00 2.00 2.00 - 1.00 - 16.00 13.00 - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGctcg........................................................................................................................... 27 ctcg 58.00 0.00 2.00 2.00 - - 17.00 17.00 - 9.00 1.00 - 4.00 - 5.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGccg............................................................................................................................ 26 ccg 53.00 0.00 3.00 6.00 - 1.00 12.00 15.00 - 11.00 - - 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGg.............................................................................................................................. 24 g 48.00 0.00 10.00 6.00 1.00 6.00 1.00 - 2.00 - 8.00 1.00 - 7.00 - - - 4.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcaa............................................................................................................................ 26 caa 45.00 0.00 8.00 10.00 2.00 2.00 4.00 2.00 - 2.00 - 4.00 1.00 - 4.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGctca........................................................................................................................... 27 ctca 28.00 0.00 2.00 4.00 - - 3.00 - - 1.00 1.00 5.00 - - 1.00 4.00 4.00 - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcgtt........................................................................................................................... 27 cgtt 25.00 0.00 - - - - 13.00 5.00 - 3.00 - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGaa............................................................................................................................. 25 aa 24.00 0.00 8.00 3.00 2.00 1.00 3.00 - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGggg.............................................................................................................................. 24 ggg 22.00 0.00 - - - - - - - - 6.00 - - 10.00 - - - 4.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGagaa................................................................................................................................ 22 agaa 20.00 0.00 13.00 5.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGT.............................................................................................................................. 24 10 18.50 18.50 5.30 2.40 4.40 1.10 0.50 0.10 1.40 - - 0.40 - 0.10 - - - 0.10 0.10 - - - 0.10 - - - 0.10 - 0.20 0.10 - - - - 0.10 - - - - - - 1.40 0.10 - - - - - - - - - 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcaaa........................................................................................................................... 27 caaa 18.00 0.00 1.00 3.00 1.00 3.00 2.00 3.00 1.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGaaa............................................................................................................................ 26 aaa 18.00 0.00 5.00 5.00 - 4.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcata........................................................................................................................... 27 cata 16.00 0.00 - - - - 1.00 3.00 - 1.00 - 11.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGcg............................................................................................................................... 23 cg 16.00 0.00 2.00 1.00 1.00 2.00 - - 4.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGcgc.............................................................................................................................. 24 cgc 16.00 0.00 2.00 1.00 4.00 3.00 - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcga............................................................................................................................ 26 cga 15.00 0.00 - 2.00 1.00 2.00 2.00 3.00 - 1.00 - - 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcatt........................................................................................................................... 27 catt 11.00 0.00 - 1.00 - 1.00 - - - 3.00 - 1.00 2.00 - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCtta...................................................................................................................................... 16 tta 10.00 0.00 2.00 2.00 2.00 - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcgct........................................................................................................................... 27 cgct 7.00 0.00 1.00 - - 1.00 2.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGagcg........................................................................................................................... 27 agcg 7.00 0.00 3.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGaaaa........................................................................................................................... 27 aaaa 6.00 0.00 2.00 1.00 - - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGtgc.............................................................................................................................. 24 tgc 6.00 0.00 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcatc........................................................................................................................... 27 catc 5.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGccga........................................................................................................................... 27 ccga 5.00 0.00 2.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAcc.............................................................................................................................. 24 cc 5.00 0.00 - 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTcga................................................................................................................................ 22 cga 5.00 0.00 - 2.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGc................................................................................................................................ 22 c 5.00 0.00 - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcgaa........................................................................................................................... 27 cgaa 5.00 0.00 - - - - 2.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGagt................................................................................................................................. 21 agt 5.00 0.00 3.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTcgag............................................................................................................................... 23 cgag 5.00 0.00 - 1.00 - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcgg............................................................................................................................ 26 cgg 5.00 0.00 - 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcag............................................................................................................................ 26 cag 4.00 0.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..........................................................................................................GTAGCTCAGTGGTAGAGTGCgtg......................................................................................................................... 23 gtg 4.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGccgg........................................................................................................................... 27 ccgg 4.00 0.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGggca............................................................................................................................. 25 ggca 4.00 0.00 - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGagca........................................................................................................................... 27 agca 4.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGagc............................................................................................................................ 26 agc 4.00 0.00 - 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcaga........................................................................................................................... 27 caga 4.00 0.00 2.00 - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGag............................................................................................................................. 25 ag 4.00 0.00 1.00 - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGgac............................................................................................................................ 26 gac 4.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAtttt............................................................................................................................ 26 tttt 4.00 0.00 1.00 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAttt............................................................................................................................. 25 ttt 4.00 0.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcgat........................................................................................................................... 27 cgat 3.00 0.00 - - 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TCAGTGGTAGAGTGCTTGCCTAGCAcgaa.............................................................................................................. 29 cgaa 3.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAta.............................................................................................................................. 24 ta 3.00 0.00 - 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................TGTAGCTCAGTGGTAGAGTGCgtg......................................................................................................................... 24 gtg 3.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGctt............................................................................................................................ 26 ctt 3.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcgga........................................................................................................................... 27 cgga 3.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcaat........................................................................................................................... 27 caat 3.00 0.00 - - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGccgt........................................................................................................................... 27 ccgt 3.00 0.00 - - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGtaga................................................................................................................................. 21 taga 3.00 0.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTtt................................................................................................................................. 21 tt 3.00 0.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGaagt................................................................................................................................ 22 aagt 3.00 0.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcgta........................................................................................................................... 27 cgta 3.00 0.00 - - - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcgcc........................................................................................................................... 27 cgcc 3.00 0.00 - 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAtaa............................................................................................................................... 23 taa 2.00 0.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGttt.............................................................................................................................. 24 ttt 2.00 0.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcgtg........................................................................................................................... 27 cgtg 2.00 0.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGggc............................................................................................................................ 26 ggc 2.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTgag................................................................................................................................ 22 gag 2.00 0.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcagc........................................................................................................................... 27 cagc 2.00 0.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGaat................................................................................................................................. 21 aat 2.00 0.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcttt........................................................................................................................... 27 cttt 2.00 0.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTGCatgc........................................................................................................................ 30 atgc 2.00 0.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTGCgc.......................................................................................................................... 28 gc 2.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcccg........................................................................................................................... 27 cccg 2.00 0.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGagat................................................................................................................................ 22 agat 2.00 0.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAcag............................................................................................................................... 23 cag 2.00 0.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGagc................................................................................................................................. 21 agc 2.00 0.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAcagc.............................................................................................................................. 24 cagc 2.00 0.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGtag.................................................................................................................................. 20 tag 2.00 0.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGac............................................................................................................................. 25 ac 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAtcga.............................................................................................................................. 24 tcga 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGgagt................................................................................................................................ 22 gagt 2.00 0.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGaac............................................................................................................................ 26 aac 2.00 0.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................GTAGAGTGCTTGCCTAGCAcgat.............................................................................................................. 23 cgat 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcta............................................................................................................................ 26 cta 2.00 0.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGagtg................................................................................................................................ 22 agtg 2.00 0.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGgaca........................................................................................................................... 27 gaca 2.00 0.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcct............................................................................................................................ 26 cct 2.00 0.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCttat..................................................................................................................................... 17 ttat 2.00 0.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAttag............................................................................................................................ 26 ttag 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGttat................................................................................................................................. 21 ttat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGaaga........................................................................................................................... 27 aaga 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGtga.............................................................................................................................. 24 tga 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTttt................................................................................................................................ 22 ttt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................AGTGGTAGAGTGCTTGCCTAGCATgtta............................................................................................................. 28 gtta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TCAGCAAAGGCGAGAAGAAGAAATGA....................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGcaa.............................................................................................................................. 24 caa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGaat............................................................................................................................ 26 aat 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGgcgc........................................................................................................................... 27 gcgc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................GGGTTCGATTCCCAGtcag.................................................................................. 19 tcag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGgagc................................................................................................................................ 22 gagc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAca.............................................................................................................................. 24 ca 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGagca........................................................................................................................... 28 agca 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTcgt................................................................................................................................... 19 cgt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGata............................................................................................................................ 26 ata 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................CAGCAAAGGCGAGAAGAAGAAATGAAG..................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAtcg............................................................................................................................. 25 tcg 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGttt.................................................................................................................................. 20 ttt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................GGTAGAGTGCTTGCCTAGCAcgtt.............................................................................................................. 24 cgtt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGaag............................................................................................................................ 26 aag 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAtgt............................................................................................................................. 25 tgt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................GGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTca............................................................................................................................ 25 ca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGaatg........................................................................................................................... 27 aatg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................GGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTatgc.......................................................................................................................... 26 atgc 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................CGAGAAGAAGAAATGAAGAATCACCAG............................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GGTTCGATTCCCAGAcg................................................................................... 17 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTGCa........................................................................................................................... 27 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcagt........................................................................................................................... 27 cagt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TCAGCAAAGGCGAGAAGAAGAAATGAA...................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................GTAGAGTGCTTGCCTAGCAcaa............................................................................................................... 22 caa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................CGAGAAGAAGAAATGAAGAATCACaag............................................................................................................................................................................ 27 aag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGgcga................................................................................................................................ 22 gcga 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGaaac........................................................................................................................... 27 aaac 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcacc........................................................................................................................... 27 cacc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TCAGTGGTAGAGTGCTTGCCTAGCAcgtt.............................................................................................................. 29 cgtt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGaggg........................................................................................................................... 27 aggg 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGccac........................................................................................................................... 27 ccac 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TCAGTGGTAGAGTGCTTGCCTAGCATtt............................................................................................................... 28 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................AGCAAAGGCGAGAAGAAGAAATGAAGAAT.................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGgttt........................................................................................................................... 27 gttt 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcctc........................................................................................................................... 27 cctc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGattt........................................................................................................................... 27 attt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGgat............................................................................................................................ 26 gat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGctta........................................................................................................................... 27 ctta 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGagcg................................................................................................................................ 22 agcg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTcgta.................................................................................................................................. 20 cgta 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGctcc........................................................................................................................... 27 ctcc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTgagc............................................................................................................................... 23 gagc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGccct........................................................................................................................... 27 ccct 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TCCAGGTGCAGTTAAAGCAGCTTCAGC............................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGccaa........................................................................................................................... 27 ccaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGgata........................................................................................................................... 27 gata 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGatt................................................................................................................................. 21 att 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TCAGTGGTAGAGTGCTTGCCTAGCAcg................................................................................................................ 27 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................CTGGGTTCGATTCCCgtc..................................................................................... 18 gtc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGgg............................................................................................................................. 25 gg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCtttc..................................................................................................................................... 17 tttc 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcttg........................................................................................................................... 27 cttg 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................CTAGCATACTCAGAAACCTGGGTTCGA............................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGaga............................................................................................................................ 26 aga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCttaa..................................................................................................................................... 17 ttaa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGggaa................................................................................................................................ 22 ggaa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcctg........................................................................................................................... 27 cctg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGggaa............................................... 34 ggaa 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGcgca............................................................................................................................. 25 cgca 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGcagg........................................................................................................................... 27 cagg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGct............................................................................................................................... 23 ct 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAtg.............................................................................................................................. 24 tg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGtgag................................................................................................................................. 21 tgag 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................AAGGCGAGAAGAAGAAATGAAGAATCACCAG............................................................................................................................................................................ 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAcagg.................................................................................................................................... 18 cagg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTgagt............................................................................................................................... 23 gagt 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGat............................................................................................................................. 25 at 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGgaa............................................................................................................................ 26 gaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAtttt.............................................................................................................................. 24 tttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................AAAGGCGAGAAGAAGAAATGAAGAATC................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................AGGCGAGAAGAAGAAATGAAGA.................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCtatt..................................................................................................................................... 17 tatt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGGTGGAGAGTCAGCTCCAGGTGCAGT........................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................TTGGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGT.............................................................................................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTaa............................................................................................................................ 26 aa 0.40 18.50 - - - 0.10 - 0.20 - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTcgcg.......................................................................................................................... 28 cgcg 0.20 18.50 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTatgc.......................................................................................................................... 28 atgc 0.20 18.50 - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTG............................................................................................................................. 25 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTagg........................................................................................................................... 27 agg 0.10 18.50 - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTatgt.......................................................................................................................... 28 atgt 0.10 18.50 - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTagc........................................................................................................................... 27 agc 0.10 18.50 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTatgg.......................................................................................................................... 28 atgg 0.10 18.50 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTacc........................................................................................................................... 27 acc 0.10 18.50 - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTaaat.......................................................................................................................... 28 aaat 0.10 18.50 - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTca............................................................................................................................ 26 ca 0.10 18.50 - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTcgc........................................................................................................................... 27 cgc 0.10 18.50 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTcg............................................................................................................................ 26 cg 0.10 18.50 - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................GGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTGCT........................................................................................................................... 26 12 0.08 0.08 - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GATGTAGCTCAGTGGTAGAGTGCTTGC........................................................................................................................ 27 12 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08

Antisense strand
AGGCAGGTGGAGAGTCAGCTCCAGGTGCAGTTAAAGCAGCTTCAGCAAAGGCGAGAAGAAGAAATGAAGAATCACCAGGTAGTCTGAGATACTGACATTTGGGGATGTAGCTCAGTGGTAGAGTGCTTGCCTAGCATACTCAGAAACCTGGGTTCGATTCCCAGAACCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAGGAAAGAAAAGAATGGCAACTCAGATAAGTATTGTGTTTTCTCTAATAT
.................................................................................................(((((((((..(((((((.....(((((((.....)))..))))......)))))))..))))))))).....................................................................................
...............................................................................................96..........................................................................172............................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR037898(GSM510434)
ovary_rep3. (ovary) 		SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR037899(GSM510435)
ovary_rep4. (ovary) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR037896(GSM510432)
ovary_rep1. (ovary) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
..............................................................................................................................................CCTGGGTTCGATTCCCAcctc....................................................................................... 21 cctc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................CAGAAACCTGGGTTCGATTCCCAgaag....................................................................................... 27 gaag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -