(6)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(26)
TESTES

Sense strand
GAAGTAGAGACTTTCTCATCTTTATGCATCCCAGGACTCCGGCCCATGGGGTAGCATCACATTCACAGTAAGGCTTCCCAGCTCAGCTTAACCTTTCTCAAAACAGCCCTATGGGCATACTCTATAGAACCACGTGGTGGTTCTCAATACCATCAAATTGACTACAACAATCATCATGCTATTCCTGCCTCTCCTCCCAGGTCTTCAAGAAGCCTCACGACTTCTTCCCAGCCAACCCTCTCTGCCCAGA
..................................................................(((..((((....))))..))).................((((...)))).........((((((((...))))))))..........................................................................................................
...................................................52...........................................................................................145.......................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
..................TCTTTATGCATCCCAGGACTCCGGCCC............................................................................................................................................................................................................. 27 1 16.00 16.00 1.00 - - 1.00 - - - 3.00 2.00 3.00 - - 2.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - 1.00 - -
...............................................................................................................TGGGCATACTCTATAGAACCACGTGGTGGT............................................................................................................. 30 1 11.00 11.00 1.00 - - 2.00 - - - 4.00 1.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - -
...............TCATCTTTATGCATCCCAGGACTCCGGC............................................................................................................................................................................................................... 28 1 9.00 9.00 1.00 - - 2.00 - - - 1.00 1.00 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TATGGGCATACTCTATAGAACCACGTGG................................................................................................................. 28 1 8.00 8.00 - - - - 7.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
...............TCATCTTTATGCATCCCAGGACTCCGGCC.............................................................................................................................................................................................................. 29 1 7.00 7.00 - - - 4.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TGGGCATACTCTATAGAACCACGTGGTGt.............................................................................................................. 29 t 5.00 2.00 - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CTCATCTTTATGCATCCCAGGACTCCGGC............................................................................................................................................................................................................... 29 1 5.00 5.00 - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................TCACATTCACAGTAAGGCTTCCCAGCTC...................................................................................................................................................................... 28 1 4.00 4.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TATGGGCATACTCTATAGAACCACGTG.................................................................................................................. 27 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TCCTCCCAGGTCTTCAAGAAGCCTC.................................. 25 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - -
..................TCTTTATGCATCCCAGGACTCCGGCC.............................................................................................................................................................................................................. 26 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
................CATCTTTATGCATCCCAGGACTCCGG................................................................................................................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................TAAGGCTTCCCAGCTCAGCTTAAC.............................................................................................................................................................. 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - -
..............CTCATCTTTATGCATCCCAGGACTCCGG................................................................................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
...............TCATCTTTATGCATCCCAGGACTCCGG................................................................................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................TCCCAGGTCTTCAAGAAGCCTCACGACTTC.......................... 30 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TGGGCATACTCTATAGAACCACGTGGTG............................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TGGGCATACTCTATAGAACCACGTGGT................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
...............................................................................................................TGGGCATACTCTATAGAACCACGTG.................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................TGGGGTAGCATCACATTCACAGTAAGG................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GGTCTTCAAGAAGCCTCACGACTTCT......................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................TGGGGTAGCATCACATTCACAGTAAGGC................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................CGACTTCTTCCCAGCCAACCC............ 21 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CATCTTTATGCATCCCAGGACTCCGGCC.............................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TCTTTATGCATCCCAGGACTCCGGCCCATG.......................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
............TTCTCATCTTTATGCATCCCAGGACTCC.................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TATGGGCATACTCTATAGAACCACGTGGT................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
.........................................................................................................................................................................................TGCCTCTCCTCCCAGGTCTTCAAGcagt..................................... 28 cagt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TCTATAGAACCACGTGG................................................................................................................. 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TGGGCATACTCTATAGAACCACGTGG................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TATGGGCATACTCTATAGAACCACGTGGa................................................................................................................ 29 a 1.00 8.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TCTTTATGCATCCCAGGACTCCGGCCCA............................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TGGGCATACTCTATAGAACCACGTGGggt.............................................................................................................. 29 ggt 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TCCTCCCAGGTCTTCAAGAAGCCTCAC................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................TCACAGTAAGGCTTCCCAGCTCAGCTT................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TGCTATTCCTGCCTCTCCTCCCAGGT................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................TTCTCAAAACAGCCCTATGGGCATACTCTA.............................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TGGGCATACTCTATAGAACCACGTGGTGGTT............................................................................................................ 31 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................TCCCAGGTCTTCAAGAAGCCTCACGACTT........................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................TCTCCTCCCAGGTCTTCAAGAAGCCTC.................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................GCCTCTCCTCCCAGGTCTTCAAGAAGt..................................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TGCCTCTCCTCCCAGGTCTTCAAGAAGCCTC.................................. 31 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TCATCATGCTATTCCTGCCTCTCCTC...................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
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...................CTTTATGCATCCCAGGACTCCGGCC.............................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TTCACAGTAAGGCTTCCCAGCTCAGC................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CATCTTTATGCATCCCAGGACTCCGGC............................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................CCCAGGTCTTCAAGAAGCCTCACGACT............................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GAAGTAGAGACTTTCTCATCTTTATGCATCCCAGGACTCCGGCCCATGGGGTAGCATCACATTCACAGTAAGGCTTCCCAGCTCAGCTTAACCTTTCTCAAAACAGCCCTATGGGCATACTCTATAGAACCACGTGGTGGTTCTCAATACCATCAAATTGACTACAACAATCATCATGCTATTCCTGCCTCTCCTCCCAGGTCTTCAAGAAGCCTCACGACTTCTTCCCAGCCAACCCTCTCTGCCCAGA
..................................................................(((..((((....))))..))).................((((...)))).........((((((((...))))))))..........................................................................................................
...................................................52...........................................................................................145.......................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
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SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
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mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM509275(GSM509275)
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SRR069811(GSM610967)
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mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
..............................................................................................................................................................................................................................TCTTCCCAGCCAACCCTCTCTGCCCAGA 28 1 10.00 10.00 - 10.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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...........................................................................................................................................GTTCTCAATACCATCAAATTGACTACAA................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TTCTCAATACCATCAAATTGACTACAACa.................................................................................. 29 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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.....AGAGACTTTCTCATCTTTATGCATCCCA......................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................GACTCCGGCCCATGGGGTAGCATCACA............................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................CCAGCTCAGCTTAACCTTTCTCA...................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................CCTGCCTCTCCTCCCAGGTCTTCAA.......................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.......................................................ATCACATTCACAGTAAGGCTTCCCAG......................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAATACCATCAAATTGACTACAACAATC.............................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................AGCTTAACCTTTCTCAAAACAGCCCTA........................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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.............................................................TTCACAGTAAGGCTTCCCAGCTCAGCTTA................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
............................................................................CCAGCTCAGCTTAACCTTTCTCAAAAa................................................................................................................................................... 27 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
........TTCTCATCTTTATGCATCCCAGGACTcgtc.................................................................................................................................................................................................................... 30 cgtc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................CATGGGGTAGCATCACATTCACAGTAA................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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...........................................CCATGGGGTAGCATCACATTCACAGTAA................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................ACCATCAAATTGACTACAACAATCATC........................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TAGAGACTTTCTCATCTTTATGCATCCCA......................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TATGCATCCCAGGACTCCGGCCCATG.......................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.................................................................................................................................................AATACCATCAAATTGACTACAACAATCA............................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................GCCTCTCCTCCCAGGTCTTCAAc.......................................... 23 c 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TCCGGCCCATGGGGTAGCATCACATTCACaa........................................................................................................................................................................................ 31 aa 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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