(9)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(39)
TESTES

Sense strand
ATGCATAAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGGTTCCCAAAGATCTTGGTGCTCCGTATCCTTGACTCCCAGGGTGGGGAGCTGATTTTTGGAGGGTGACTGTTGACAAGGGACCAAAAGGGGAGGAGAGGAGCTTAAGGAAAAACCTCTGTAGACGTCTTTGCTGTCCTGCTTCCTCTCCTTGACTCAGAGCAATCACAGACCTGAAGCGATTCTCAGAATCCAGGATACGAACCAGCAAGCTCACAACA


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363963(GSM822765)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
..................................................GTATCCTTGACTCCCAGGGTGGGGAGCTGATTTTTGGAGGGTGACTGTTGAC................................................................................................................................................ 52 1 86.00 86.00 86.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TGCATAAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGGTT........................................................................................................................................................................................................................ 29 1 7.00 7.00 - - - - - 3.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.....TAAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGGTTCCCAA................................................................................................................................................................................................................... 30 1 7.00 7.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................AGAATCCAGGATACGAACCAGCAAGCTCACAACA 34 1 7.00 7.00 - 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................CTCTCCTTGACTCAGAGCAATCACAG.................................................. 26 1 5.00 5.00 - - 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CTCCTTGACTCAGAGCAATCACAG.................................................. 24 1 5.00 5.00 - - 3.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TCTCCTTGACTCAGAGCAATCACAG.................................................. 25 1 4.00 4.00 - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................CAGAATCCAGGATACGAACCAGCAAGC........ 27 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TCAGAATCCAGGATACGAACCAGCAAGCTC...... 30 1 4.00 4.00 - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TCAGAATCCAGGATACGAACCAGCAA.......... 26 1 4.00 4.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TCCAGGATACGAACCAGCAAGCTCACAAC. 29 1 4.00 4.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................CCTCTCCTTGACTCAGAGCAATCACAG.................................................. 27 1 3.00 3.00 - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TCTCAGAATCCAGGATACGAACCAGC............ 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.....TAAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGGTTCCCA.................................................................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TGCATAAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGG.......................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.....TAAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGGTTC....................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TAAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGGTTCCCAAA.................................................................................................................................................................................................................. 31 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TCTCAGAATCCAGGATACGAACCAGCAAGC........ 30 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................CAGAATCCAGGATACGAACCAGC............ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TCTCAGAATCCAGGATACGAACCAGCA........... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................AGAATCCAGGATACGAACCAGCAAG......... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
...........................................................................................................................................................................TCTCCTTGACTCAGAGCAATCACAGA................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
........................................................................................................................................................................................................................TCCAGGATACGAACCAGCAAGCTCACAA.. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........AAAAGTTCTCTGTCCAGAGGTTCC...................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TCAGAATCCAGGATACGAACCAGCAAGCT....... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................CCTCTCCTTGACTCAGAGCAATCACAGA................................................. 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TGCATAAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGGTTC....................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................AGGATACGAACCAGCAAGCTCAC.... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGCTTCCTCTCCTTGACTCAGAGCAATCACAG.................................................. 32 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................CAGAATCCAGGATACGAACCAGCAAGCTC...... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................CAGAATCCAGGATACGAACCAGCAAGCTCA..... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CTTGACTCAGAGCAATCACAG.................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TAAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGGat........................................................................................................................................................................................................................ 25 at 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......AAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGG.......................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TTCTCAGAATCCAGGATACGAACCAGC............ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TCTCAGAATCCAGGATACGAACaatc............ 26 aatc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TAAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGGTTCC...................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TCCAGGATACGAACCAGCAAGCTCAC.... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
................................................................................................................................................................................................................TCTCAGAATCCAGGATACGAACCAGCAAG......... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................GGACCAAAAGGGGAcctt........................................................................................................................... 18 cctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
...........................................................................................................................................................................TCTCCTTGACTCAGAGCA......................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................GCGATTCTCAGAATCCAGGATACGAAC................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TGCATAAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGGat........................................................................................................................................................................................................................ 29 at 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TCCAGGATACGAACCAGCAAGCTCACA... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TCCAGGATACGAACCAGCAAGCTCACAACA 30 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TGCATAAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGGT......................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................GAACCAGCAAGCTCACAAC. 19 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TCAGAATCCAGGATACGAACCAGCgagc........ 28 gagc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......AAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGGTTCCCA.................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TCTCCTTGACTCAGA............................................................ 15 15 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
ATGCATAAAAAAGTTCTCTGTCCAGAGGTTCCCAAAGATCTTGGTGCTCCGTATCCTTGACTCCCAGGGTGGGGAGCTGATTTTTGGAGGGTGACTGTTGACAAGGGACCAAAAGGGGAGGAGAGGAGCTTAAGGAAAAACCTCTGTAGACGTCTTTGCTGTCCTGCTTCCTCTCCTTGACTCAGAGCAATCACAGACCTGAAGCGATTCTCAGAATCCAGGATACGAACCAGCAAGCTCACAACA


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363963(GSM822765)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
.........................................................................................................................................................................CCTCTCCTTGACTCAGAGCAAT....................................................... 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TCCTCTCCTTGACTCAGAGCAA........................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................CCTCTCCTTGACTCAGAGCAATCACA................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................GGATACGAACCAGggct............. 17 ggct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................CTCTCCTTGACTCAGAGCAATa....................................................... 22 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CTCAGAATCCAGGATgttc...................... 19 gttc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................GGATACGAACCAggct.............. 16 ggct 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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.........................................................................................................................................................................................................................GGATACGAACCAGggc............. 16 ggc 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................CTCAGAATCCAGGATgtt...................... 18 gtt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -