chr9:43919325 43919574 -
(6)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(9)
PIWI.ip 		(2)
PIWI.mut 		(31)
TESTES

Sense strand
GAGTAACACTTTCTCTAAATCCTGTGTGGGGCCCTGAGATGCTGAGGGTGGTGAGTATGTCACTATGCAAGGGCCCTGAGACTCTGTGGTGGGCTCTTGTGCTGCGCCTGCCAGGGCCCACCCAGATGCCTGCCTCTAGGGCTGTCCTTCTCTGCTTCTGGCTCTTTTGTTGGAGTTTTTGGTCCTTTCCCCCAGGCCACGCCACGCCACGCCACATCAGTGTTGTTTGAGGATTTTGGAAACTCATGGG
....................................................................(((((((..(((..((((.(((((((.((((.((.......))))))))))))))))).((((.......))))............)))..)))))))....................................................................................
............................................................61.........................................................................................................168................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
..................................TGAGATGCTGAGGGTGGTGAGTATGT.............................................................................................................................................................................................. 26 2 7.50 7.50 0.50 - 3.00 1.00 2.00 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TAAATCCTGTGTGGGGCCCTGAGATG................................................................................................................................................................................................................. 26 2 6.00 6.00 1.00 1.00 - 0.50 - - 0.50 2.00 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGATGCTGAGGGTGGTGAGTATG............................................................................................................................................................................................... 25 2 6.00 6.00 - 0.50 2.00 0.50 0.50 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
...............TAAATCCTGTGTGGGGCCCTGAGATGC................................................................................................................................................................................................................ 27 2 4.50 4.50 1.50 1.50 - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................CATCAGTGTTGTTTGAGGATTTTGGA.......... 26 2 3.50 3.50 0.50 0.50 1.50 - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TAAATCCTGTGTGGGGCCCTGAGA................................................................................................................................................................................................................... 24 2 3.00 3.00 0.50 - - - - - - 1.50 - - - 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - -
.................................................................TGCAAGGGCCCTGAGACTCTGTGGTG............................................................................................................................................................... 26 2 3.00 3.00 - 0.50 - - - - - - - - - - 1.00 - - 0.50 - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................CAGTGTTGTTTGAGGATTTTGGAAAC....... 26 2 2.50 2.50 - - - - - - - - - 0.50 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TAGGGCTGTCCTTCTCTGCTTCTGGCTC...................................................................................... 28 2 2.00 2.00 - - 0.50 - 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGCAAGGGCCCTGAGACTCTGTGGTGG.............................................................................................................................................................. 27 2 2.00 2.00 0.50 - - 0.50 - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGATGCTGAGGGTGGTGAGTAT................................................................................................................................................................................................ 24 2 1.50 1.50 - - - 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGATGCTGAGGGTGGTGAGTATGTCA............................................................................................................................................................................................ 28 2 1.50 1.50 - - 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................CACTATGCAAGGGCCCTGAGACTCTGT................................................................................................................................................................... 27 2 1.50 1.50 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - -
................AAATCCTGTGTGGGGCCCTGAGATGC................................................................................................................................................................................................................ 26 2 1.50 1.50 - 1.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TAGGGCTGTCCTTCTCTGCTTCTGGCT....................................................................................... 27 3 1.33 1.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
............................................................................TGAGACTCTGTGGTGGGCTCTTGTGCTGt................................................................................................................................................. 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TAAATCCTGTGTGGGGCCCTGAGATGCTGAG............................................................................................................................................................................................................ 31 2 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................CTTTCCCCCAGGCCACGCCACGCCACGCC..................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TTTGTTGGAGTTTTTGGTCCTTTCCCCC......................................................... 28 3 1.00 1.00 0.33 - - - 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................GTATGTCACTATGCAAGGGCCCTGAt.......................................................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TAACACTTTCTCTAAATCCTGTGTGGGGCC......................................................................................................................................................................................................................... 30 2 1.00 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
......................................................................................................................................................................TTGTTGGAGTTTTTGtta.................................................................. 18 tta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.........................................................TGTCACTATGCAAGGGCCCTGAGACTC...................................................................................................................................................................... 27 2 1.00 1.00 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGATGCTGAGGGTGGTGAGTATGa.............................................................................................................................................................................................. 26 a 1.00 6.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGATGCTGAGGGgggg...................................................................................................................................................................................................... 18 gggg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................GAGGATTTTGGAAAattc.... 18 attc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TAGGGCTGTCCTTCTCTGCTTCTGaat....................................................................................... 27 aat 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TATGCAAGGGCCCTGAGACTCTGTGG................................................................................................................................................................. 26 2 1.00 1.00 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TATGCAAGGGCCCTcttt......................................................................................................................................................................... 18 cttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGCAAGGGCCCTGAGACTCTGTGGT................................................................................................................................................................ 25 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TATGTCACTATGCAAGGGCCCTGAGAC........................................................................................................................................................................ 27 2 1.00 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - -
.......................................................TATGTCACTATGCAAGGGagac............................................................................................................................................................................. 22 agac 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TGTTGTTTGAGGATTTTGGAAACTCATG.. 28 2 1.00 1.00 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TAGGGCTGTCCTTCTCTGCTTCTGGC........................................................................................ 26 3 0.67 0.67 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - -
......................TGTGTGGGGCCCTGAGATGCTGAG............................................................................................................................................................................................................ 24 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTCTCTGCTTCTGGCTCTTTTGTTGGA............................................................................ 27 3 0.67 0.67 - 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TGTGTGGGGCCCTGAGATGCTGAGGG.......................................................................................................................................................................................................... 26 3 0.67 0.67 - 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTCTCTGCTTCTGGCTCTTTTGTTGGAG........................................................................... 28 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.67 - - - - -
........................................................................................................CGCCTGCCAGGGCCCACCCAGATGCCT....................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TATGTCACTATGCAAGGGCCCTGAGACT....................................................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TAGGGCTGTCCTTCTCTGCTTCTGGCTCTT.................................................................................... 30 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGATGCTGAGGGTGGTGAGTA................................................................................................................................................................................................. 23 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGCAAGGGCCCTGAGACTCTGTGGTGa.............................................................................................................................................................. 27 a 0.50 3.00 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TTGTTTGAGGATTTTGGAAACTCATG.. 26 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TCAGTGTTGTTTGAGGATTTTGGAAA........ 26 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................AGTGTTGTTTGAGGATTTTGGAA......... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGATGCTGAGGGTGGTGAGTATGTC............................................................................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TATGTCACTATGCAAGGGCCCTGAGA......................................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TGTTGTTTGAGGATTTTGGAAACTCA.... 26 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TCAGTGTTGTTTGAGGATTTTGGAAAC....... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................CGCCTGCCAGGGCCCACCCAGATGCCTt...................................................................................................................... 28 t 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................AGTGTTGTTTGAGGATTTTGGAAACT...... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TGTCACTATGCAAGGGCCCTGAGA......................................................................................................................................................................... 24 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGCAAGGGCCCTGAGACTCTGTGGTGGG............................................................................................................................................................. 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
..................ATCCTGTGTGGGGCCCTGAGATGCTGAG............................................................................................................................................................................................................ 28 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGCTGCGCCTGCCAGGGCCCACCCAGATGC......................................................................................................................... 30 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................CTATGCAAGGGCCCTGAGACTCTGT................................................................................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................GTGTTGTTTGAGGATTTTGGAAACTCAT... 28 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................GTGTTGTTTGAGGATTTTGGAAACTCATG.. 29 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................ACGCCACATCAGTGTTGTTTGAGGATTT.............. 28 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TATGCAAGGGCCCTGAGACTCTGTGGT................................................................................................................................................................ 27 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................GGGCCCTGAGACTCTGTGGTGGGCTCT......................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - -
....................................................................AAGGGCCCTGAGACTCTGTGGT................................................................................................................................................................ 22 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................GTGTTGTTTGAGGATTTTGGAAACTC..... 26 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TAGGGCTGTCCTTCTCTGCTTCTGGCTCT..................................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TGTCACTATGCAAGGGCCCTGAGAC........................................................................................................................................................................ 25 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGATGCTGAGGGTGGTGAGTATGTCt............................................................................................................................................................................................ 28 t 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................CCTGAGATGCTGAGGGTGGTGAGTA................................................................................................................................................................................................. 25 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGCAAGGGCCCTGAGACTCTGTGG................................................................................................................................................................. 24 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................TCACTATGCAAGGGCCCTGAGACTCTG.................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TAAATCCTGTGTGGGGCCCTGAGAT.................................................................................................................................................................................................................. 25 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TTTGAGGATTTTGGAAACT...... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TGTTTGAGGATTTTGGAAACTCATGG. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGCAAGGGCCCTGAGACT....................................................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................AGTGTTGTTTGAGGATTTTGGAAACTC..... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................TTGAGGATTTTGGAAACT...... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - -
...................................................................................................TGCTGCGCCTGCCAGGGCCCACCCAG............................................................................................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TCTAAATCCTGTGTGGGGCCCTGA..................................................................................................................................................................................................................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
...........................................................................CTGAGACTCTGTGGTGGGCTCT......................................................................................................................................................... 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGATGCTGAGGGTGGTGAGTATGTt............................................................................................................................................................................................. 27 t 0.50 7.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TAGGGCTGTCCTTCTCTGC............................................................................................... 19 3 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TCTCTGCTTCTGGCTCTTTTGTTGG............................................................................. 25 3 0.33 0.33 - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................CCCTGAGATGCTGAGGGTGGTGA.................................................................................................................................................................................................... 23 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................AGGGCTGTCCTTCTCTGCTTCTGGC........................................................................................ 25 3 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................GGCTCTTTTGTTGGAGTTTTTGGTCCT................................................................ 27 3 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TTGGAGTTTTTGGTCCTTTCCCCCAGG...................................................... 27 3 0.33 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................CTAGGGCTGTCCTTCTCTGCTTCTGGC........................................................................................ 27 3 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TAGGGCTGTCCTTCTCTGCTTCTGGCat...................................................................................... 28 at 0.33 0.67 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTCTCTGCTTCTGGCTCTTTTGTTG.............................................................................. 25 3 0.33 0.33 - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................GCCTCTAGGGCTGTCCTTCTCTGCTT............................................................................................. 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33
...................................................................................................................................................TTCTCTGCTTCTGGCTCTTTTGTTGG............................................................................. 26 3 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................TCTGGCTCTTTTGTTGG............................................................................. 17 3 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TGTGTGGGGCCCTGAGATGCTGA............................................................................................................................................................................................................. 23 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TGCTTCTGGCTCTTTTGTTGGAGTTTTTG..................................................................... 29 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 -
....................................AGATGCTGAGGGTGGTGAGTATG............................................................................................................................................................................................... 23 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................CTCTGCTTCTGGCTCTTTTGTTGGA............................................................................ 25 3 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TGTGTGGGGCCCTGAGATGCTGAGGGTG........................................................................................................................................................................................................ 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TTTTGTTGGAGTTTTTGGTCCTTTCCCC.......................................................... 28 3 0.33 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TGGAGTTTTTGGTCCTTTCCCCCAGGCC.................................................... 28 3 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TAGGGCTGTCCTTCTCTGCTTCTGGCTa...................................................................................... 28 a 0.33 1.33 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GAGTAACACTTTCTCTAAATCCTGTGTGGGGCCCTGAGATGCTGAGGGTGGTGAGTATGTCACTATGCAAGGGCCCTGAGACTCTGTGGTGGGCTCTTGTGCTGCGCCTGCCAGGGCCCACCCAGATGCCTGCCTCTAGGGCTGTCCTTCTCTGCTTCTGGCTCTTTTGTTGGAGTTTTTGGTCCTTTCCCCCAGGCCACGCCACGCCACGCCACATCAGTGTTGTTTGAGGATTTTGGAAACTCATGGG
....................................................................(((((((..(((..((((.(((((((.((((.((.......))))))))))))))))).((((.......))))............)))..)))))))....................................................................................
............................................................61.........................................................................................................168................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
...........................................................................................................................................................................................................ACGCCACGCCACATCAGTGTTGTTTGAGGA................. 30 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................GATGCTGAGGGTGGTGAGTATGTCACTATG....................................................................................................................................................................................... 30 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................GGCTGTCCTTCTCTGCTTCTGGCTC...................................................................................... 25 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TCTCTGCTTCTGGCTCTTTTGTTGGA............................................................................ 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - -
..........................................................................................................................................................CTTCTGGCTCTTTTGTTGGAGTTTTTGGTCCTT............................................................... 33 3 0.33 0.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................GCTCTTTTGTTGGAGTTTTTGGTCCTTT.............................................................. 28 3 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................GCTCTTTTGTTGGAGTTTTTGGTCCTTTC............................................................. 29 3 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -