(7)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(7)
PIWI.ip
(4)
PIWI.mut
(36)
TESTES

Sense strand
GAGTCTGTGTGTGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGCTCCAGGCTTCACAGGTCTCCTATCCAACTGTTGGAGCCTCACAGGACCCCGCTTTCCTGGCCGGGCTTCAGACGCCCCCCACCTCCTGTGCCCAGGCTTCTTAAGACCCCCGGCTCCTGCCCGGGCCTTAGACTCCCCTCCAGCCCCATGCCGTGGGCCGGCGCTTTTCCACCCGCGGTCATCTCAGACTCAAGCCCTGCCCTTAGCGCCCGCCTATGCTCACCTCTGGGCAGGCTTTCATCTCCCAAGTAAATCCTTGTTTTTTCGTCCTCTCATCTCCGTTCCTTCTAGAAAGTAATTTTTACGCCTTTCCCCCTTGTCTTAAGCCTTGTCCCTCTTTCTCTTTTCTTCTAACCAGAAGTCAATGCCAGGAGGTATGGCGCCCCTCAAGAAGCCTCGGAATCCCAC
...............................................................((...((((((((((((((....(((.....))).((((.......))))......)))))))...)))))))...))...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
..................................................51............................................................................................145.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
...........TGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGCTC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 45.00 45.00 11.00 9.00 10.00 10.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
...........TGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGCTCC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 26.00 26.00 5.00 7.00 8.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGCT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 19.00 19.00 3.00 4.00 2.00 6.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - -
..........................................................TCCAACTGTTGGAGCCTCACAGGACCCC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 14.00 14.00 3.00 5.00 4.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TGTGTGTGAGACGGACCGGATCGCGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 11.00 11.00 4.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............AGACGGACCGGATCGCGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 19 1 10.00 10.00 - - - - 10.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TGTGAGACGGACCGGATCGCGGCAGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 9.00 9.00 2.00 4.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.........TGTGAGACGGACCGGATCGCGGCAG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 8.00 8.00 2.00 - - - - - 2.00 - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...........TGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 7.00 7.00 1.00 1.00 - - - - 2.00 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TGTGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 5.00 5.00 - - - - - - - - 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..........................................................TCCAACTGTTGGAGCCTCACAGGACCC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 5.00 5.00 2.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................TATCCAACTGTTGGAGCCTCACAGGACC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 3.00 3.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........GTGTGAGACGGACCGGATCG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 20 1 3.00 3.00 - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TGTGAGACGGACCGGATCGCGGCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
...........TGAGACGGACCGGATCGCGGCAGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.........TGTGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 t 3.00 9.00 - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TGTGTGTGAGACGGACCGGATCGCGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 3.00 3.00 - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TCCAACTGTTGGAGCCTCACAGGACCCCG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 3.00 3.00 - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GTGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGCT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TGTGTGTGAGACGGACCGGATCGCGGtt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 tt 2.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGgt....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 gt 2.00 3.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGTGTGAGACGGACCGGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................TATCCAACTGTTGGAGCCTCACAGGAC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TCCAACTGTTGGAGCCTCACAGGACCCCGC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............ACGGACCGGATCGCGGCAGGC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 21 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............ACGGACCGGATCGCGGCAGGCT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............ACGGACCGGATCGCGGCAGGCTCCAGG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................TATCCAACTGTTGGAGCCTCACAGGACCC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................ACTGTTGGAGCCTCACAGGACCCCGCTTTCCTGGCC.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 36 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TGTGCCCAGGCTTCTTAAGACCCCCGG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........GTGTGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGCTCC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
....................................TCCAGGCTTCACAGGTCTCCTATC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GTCTGTGTGTGAGACGGACCG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.........TGTGAGACGGACCGGATCGCGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............GACGGACCGGATCGCGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 17 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCTCAAGAAGCCTCGGAATCCCACac 26 ac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TCCAACTGTTGGAGCCTCACAGGACC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TCGCGGCAGGCTCCAGGCTTCACAGa......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGCGCCCCTCAAGAAGCCTCGGAATCC... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
...........TGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGgtcc..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 gtcc 1.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................AGGACCCCGCTTTCCTGGCCGG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................CCTATCCAACTGTTGGAGC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TCTCAGACTCAAGCCCTGCCCTTAG.......................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGgtc...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 gtc 1.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TCCAACTGTTGGAGCCTCACAGGACCCCGCTT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................ACCGGATCGCGGCAGGCT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............GACGGACCGGATCGCGGCAGGCTC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............ACGGACCGGATCGCGGCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TCCTGTGCCCAGGCTTCTTAAGACCCCC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............GACGGACCGGATCGCGGCAGGCTCCAG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TGTGTGTGAGACGGACCGGATCG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGAGACGGACCGGATCGCGGCAGttaa...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 ttaa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TCTCAGACTCAAGCCCTGCCCTTAGCGCC...................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TGTGAGACGGACCGGATCGCGGCcgt......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 cgt 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................TGCTCACCTCTGGGCAGGCTTTCATCTCC................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............ACGGACCGGATCGCGGCAG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.....................CGGATCGCGGCAGGCTCCAGGCTTta............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.........TGTGAGACGGACCGGATCGCGGCAa.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 a 1.00 3.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGAGACGGACCGGATCGCGGCAGaagt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 aagt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TGCCCGGGCCTTAGACTCCCCTCCAGaa....................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 aa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGCTt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 19.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......GTGTGTGAGACGGACCGGATCGCGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
......GTGTGTGAGACGGACCGGt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.............AGACGGACCGGATCGCGGCAGGatcc..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 atcc 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TGTGTGTGAGACGGACCGGATCGCGt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TCCAACTGTTGGAGCCTCACAGGACa........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GTGAGACGGACCGGATCGCGGCAG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGCGCCCCTCAAGAAGCCTCGGAATC.... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....CTGTGTGTGAGACGGACCGGATCG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTAGAAAGTAATTTgggg....................................................................................................... 18 gggg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TGTGCCCAGGCTTCTTAAGACCCCCG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CGGACCGGATCGCGGCAGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............GACGGACCGGATCGCGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................CGCGGTCATCTCAGACTCAAGCCCTGC................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
........GTGTGAGACGGACCGGATCGCG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............GACGGACCGGATCGCGGCAGGCTCCAGG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................GGCTTCACAGGTCTCCTATCCAACTG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........GTGTGAGACGGACCGGATCGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TCCAACTGTTGGAGCCTCACAGGACCCCt..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 t 1.00 14.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........GTGTGAGACGGACCGGATCGCGGCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......GTGTGTGAGACGGACCGGATCGCGGg............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 g 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TCTGTGTGTGAGACGGACCGGATCGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GACCGGATCGCGGCAGGCTCCAGGC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............GACGGACCGGATCGCGGCAGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................TCAGACTCAAGCCCTGCCCTTAGCGCCCa.................................................................................................................................................................................................... 29 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TGTGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGCT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TCCAACTGTTGGAGCCTCACAGGACCCa...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 a 1.00 5.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGTGTGAGACGGACCGGATCGCGGCc........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.....TGTGTGTGAGACGGACCGGATCGCGGa............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 a 1.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GGACCGGATCGCGGCAGGCTCCAGG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TGTGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGg........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 g 1.00 9.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............GAGACGGACCGGATCGCGGCAGGCTCC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........GTGTGAGACGGACCGG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 16 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................AACTGTTGGAGCCTCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 16 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GAGTCTGTGTGTGAGACGGACCGGATCGCGGCAGGCTCCAGGCTTCACAGGTCTCCTATCCAACTGTTGGAGCCTCACAGGACCCCGCTTTCCTGGCCGGGCTTCAGACGCCCCCCACCTCCTGTGCCCAGGCTTCTTAAGACCCCCGGCTCCTGCCCGGGCCTTAGACTCCCCTCCAGCCCCATGCCGTGGGCCGGCGCTTTTCCACCCGCGGTCATCTCAGACTCAAGCCCTGCCCTTAGCGCCCGCCTATGCTCACCTCTGGGCAGGCTTTCATCTCCCAAGTAAATCCTTGTTTTTTCGTCCTCTCATCTCCGTTCCTTCTAGAAAGTAATTTTTACGCCTTTCCCCCTTGTCTTAAGCCTTGTCCCTCTTTCTCTTTTCTTCTAACCAGAAGTCAATGCCAGGAGGTATGGCGCCCCTCAAGAAGCCTCGGAATCCCAC
...............................................................((...((((((((((((((....(((.....))).((((.......))))......)))))))...)))))))...))...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
..................................................51............................................................................................145.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
......................................................................................................................................................................................................................................CCCTGCCCTTAGCGCCCGCCTA................................................................................................................................................................................................ 22 1 7.00 7.00 - - - - 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................CCTTAGCGCCCGCCTATG.............................................................................................................................................................................................. 18 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCGTCCTCTCATCTCCGTTCCTTCTA...................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCTCGGAATCCCAC 15 3 2.00 2.00 - - - - - - 1.67 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCTCGGAATCCCACctct 19 ctct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCATCTCCGTTCCTTCTAGAAAGT................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................CCAGGCTTCACAGGTCTCCTATCCA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................GCGCTTTTCCACCCGCGGTCATCTCA.............................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................CCAAGTAAATCCTTGTTTTTTCGTCCTC........................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTTTTCGTCCTCTCATCTCCG............................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACCAGAAGTCAATGCCAGGAGGTA............................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCTCATCTCCGTTCCTT......................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................ACCTCCTGTGCCCAGGCTTCTTAAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
...............................AGGCTCCAGGCTTCACAGGTCTCCTAa.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCTCGGAATCCCACc 16 c 0.33 0.00 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -