(10)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(7)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(36)
TESTES

Sense strand
GGAGCTGCCACGGTTCTTGGTCCCTACGCCTGAGCTCGTGTGCTCCAACGGTGGGGTCAGATGGGGCTCCGGGGGTGTTTTGGGATGTTCTTAGAATATCTCGGGTTCCGGATGAGGGCTCTTAGATGTCTGCAGAGCTAGGGTAATCCCTGAAAACCTAAGTATGTGAACTTGAGCTGCTGGGATTCAAGCTTTTGGGGTGCAGTGGACATTGTGGTTTAGAGAGAGTCTTTTGTTCTAGAATTTTGGT
...................................................................................................(((((((((((....(((((((((((....))).))))).((((....)))).....))).....)).)))))))))..........................................................................
......................................................................................87............................................................................................181...................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
....................................................................................................................................................................TGTGAACTTGAGCTGCTGGGATTCAAGC.......................................................... 28 1 10.00 10.00 8.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAGAATATCTCGGGTTCCGGATGAGGGC................................................................................................................................... 28 1 7.00 7.00 - 3.00 1.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................ATGTGAACTTGAGCTGCTGGGA................................................................. 22 1 3.00 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGTGAACTTGAGCTGCTGGGATTCA............................................................. 25 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - -
...........................................................................................TAGAATATCTCGGGTTCCGGATGAGG..................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TGAAAACCTAAGTATGTGAACTTGAGC......................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TAAGTATGTGAACTTGAGCTGCTGG................................................................... 25 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGTGAACTTGAGCTGCTGGGATTC.............................................................. 24 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TTAGATGTCTGCAGAGCTAGGGTAATC...................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TGAAAACCTAAGTATGTGAACTTGAGCTGC...................................................................... 30 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TAAGTATGTGAACTTGAGCTGCTGGG.................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TCTTGGTCCCTACGCCTGAGCTCGT................................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
....................................................................................................................................................................TGTGAACTTGAGCTGCTGGGATTCAA............................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.............TTCTTGGTCCCTACGCCTGAGC....................................................................................................................................................................................................................... 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CACGGTTCTTGGTCCCTACGCCTG.......................................................................................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAGAATATCTCGGGTTCCGGATGAGGGCT.................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.........................ACGCCTGAGCTCGTGTGCTCCAAtgg....................................................................................................................................................................................................... 26 tgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TTAGATGTCTGCAGAGCTAGGGTAA........................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
............................CCTGAGCTCGTGTGCTCCAACGGgct.................................................................................................................................................................................................... 26 gct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................AAGCTTTTGGGGTGCAGTGGAC........................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TGCAGAGCTAGGGTAATCCCTGAAAAC............................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TAGATGTCTGCAGAGCTAGGGTAATCCCTG.................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TGAGCTGCTGGGATTCAAGCTTTTGGGGT................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TCTTGGTCCCTACGCCTGAGCTCGTGTG................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TTCTTGGTCCCTACGCCTG.......................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
...........................................................................................TAGAATATCTCGGGTTCCGGATGAGGcc................................................................................................................................... 28 cc 1.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TTGGTCCCTACGCCTGAGCTCGTatg................................................................................................................................................................................................................ 26 atg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TTCTTGGTCCCTACGCCTGAGCTCGTG.................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TGCCACGGTTCTTGGTCCCTACGCCT........................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TTAGAATATCTCGGGTTCCGGATGAGG..................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TACGCCTGAGCTCGTGTGCTCCAACGG....................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TAAGTATGTGAACTTGAGCTGCTGGGATT............................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TTCTTGGTCCCTACGCCTGAGCTCGTt.................................................................................................................................................................................................................. 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
................TTGGTCCCTACGCCTGAGCTCGTGTGCTCCA........................................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................ATCTCGGGTTCCGGATGAGGG.................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................TGTGGTTTAGAGAGAGTCTTTTGTTC............ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TTAGATGTCTGCAGAGCTAGGGTAATCCC.................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................TCAAGCTTTTGGGGTGCAGTGGACA....................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TGAGGGCTCTTAGATGTCTGCAGAGC................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TGCAGAGCTAGGGTAATCCCTGA................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................TGTGGTTTAGAGAGAGTCTTTTGTTCT........... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
...................................................................................................................................GCAGAGCTAGGGTAATCCCTGAAAACCTAAGT....................................................................................... 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TAGATGTCTGCAGAGCTAGGGTAATC...................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TGAGGGCTCTTAGATGTCTGCAGAGCTAG............................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
........................TACGCCTGAGCTCGTGTGCTCCAACGGT...................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAGAATATCTCGGGTTCCGGATGAGGt.................................................................................................................................... 27 t 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................GAGAGAGTCTTTTGTTCTAGAAattt... 26 attt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGTGAACTTGAGCTGCTGGGATTCAAaa.......................................................... 28 aa 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TTCTTGGTCCCTACGCCTGAGCTtgt................................................................................................................................................................................................................... 26 tgt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................AGATGTCTGCAGAGCTAGGGTAATCaa.................................................................................................... 27 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAGAATATCTCGGGTTCCGGATGAG...................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CACGGTTCTTGGTCCCTACGCCTGAGC....................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TTGTGGTTTAGAGAGAGTCTTTTGTTtt........... 28 tt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TTAGATGTCTGCAGAGCTAGGGTAAT....................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TTGGTCCCTACGCCTGAGCTCGTGTGC............................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TTAGAATATCTCGGGTTCCGGATGAG...................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TCCCTACGCCTGAGCTCGTGTGCTCCAAC......................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GGAGCTGCCACGGTTCTTGGTCCCTACGCCTGAGCTCGTGTGCTCCAACGGTGGGGTCAGATGGGGCTCCGGGGGTGTTTTGGGATGTTCTTAGAATATCTCGGGTTCCGGATGAGGGCTCTTAGATGTCTGCAGAGCTAGGGTAATCCCTGAAAACCTAAGTATGTGAACTTGAGCTGCTGGGATTCAAGCTTTTGGGGTGCAGTGGACATTGTGGTTTAGAGAGAGTCTTTTGTTCTAGAATTTTGGT
...................................................................................................(((((((((((....(((((((((((....))).))))).((((....)))).....))).....)).)))))))))..........................................................................
......................................................................................87............................................................................................181...................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)