(7)
OTHER.mut
(5)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(31)
TESTES

Sense strand
CCATCTCCCGAATCTACTTGGCCAAGGACAAGACTACTGGGCAGTCCAAGGTGGGTGAGCTGGTCTGAGGAGTGGAGTGGGTAGCTGGAGTAGGCATCCCTTGACCCACTTCTTACACCTCCATGTCTGCCCCTGGCCCGCAGGGTTTTGCTTTTATCAGCTTTCACCGCCGGGAGGATGCTGCACGTGCCAT
..................................................((((((...(((.((....)).)))...(((..(((......)))..)))...))))))....................................................................................
..................................................51.............................................................114.............................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
..................................................GTGGGTGAGCTGGTCTGAGGAGTGG...................................................................................................................... 25 1 9.00 9.00 - 2.00 2.00 3.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGGCCAAGGACAAGACTACTGGGCAGTCCAAG............................................................................................................................................... 32 1 9.00 9.00 - - - - 9.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TACTTGGCCAAGGACAAGACTACTGGGC....................................................................................................................................................... 28 1 8.00 8.00 - 2.00 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTGAGCTGGTCTGAGGAGTGGA..................................................................................................................... 26 1 8.00 8.00 - - - 2.00 - 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - -
..................................................GTGGGTGAGCTGGTCTGAGGAGTG....................................................................................................................... 24 1 6.00 6.00 - 1.00 - - - - - - - - - - 2.00 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..........AATCTACTTGGCCAAGGACAAGA................................................................................................................................................................ 23 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTGAGCTGGTCTGAGGAGTGGAGT................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CAAGGACAAGACTACTGGGCAGTCCAAG............................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTGAGCTGGTCTGAGGAGT........................................................................................................................ 23 1 3.00 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.....................CCAAGGACAAGACTACTG.......................................................................................................................................................... 18 2 2.50 2.50 - - - - - - - - - - - - - - 2.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CAAGGACAAGACTACTGGGCAGT.................................................................................................................................................... 23 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - -
...............ACTTGGCCAAGGACAAGACTACTGGGC....................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................CACCGCCGGGAGGATGCTGCACGTG.... 25 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTGAGCTGGTCTGAGGAGTGGAG.................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - -
........................AGGACAAGACTACTGGG........................................................................................................................................................ 17 1 2.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTGAGCTGGTCTGAGGAGTGGtat................................................................................................................... 28 tat 1.00 9.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTGAGCTGGTCTGAGGAGTGGAGTGGG................................................................................................................ 31 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TTGGCCAAGGACAAGAC............................................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......CCCGAATCTACTTGGCCAAGGACAAGA................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CAAGGACAAGACTACTGGGCAGTCt.................................................................................................................................................. 25 t 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CAAGGACAAGACTACTGGGCAGTC................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................CACCGCCGGGAGGATGC............ 17 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................CGCCGGGAGGATGCTGCAC....... 19 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTGAGCTGGTCTGAGGAGTGa...................................................................................................................... 25 a 1.00 6.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TTTGCTTTTATCAGCTTTCACCGCCGGG................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
........................AGGACAAGACTACTGGGC....................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGGCCAAGGACAAGACTACTGGG........................................................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TCACCGCCGGGAGGATGCT........... 19 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGGCCAAGGACAAGACTACTGGGCAGTCCA................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................AAGGACAAGACTACTGGGCAG..................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................GCTGGTCTGAGGAGTGGAGTGGGTA.............................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTGAGCTGGTCTGAGGAG......................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................CTGGAGTAGGCATCCCTTGACCCACT................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................AGCTGGTCTGAGGAGTGGAGTGGGTAGCTGG......................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GGGTTTTGCTTTTATCAGCTTTCACCGC....................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
........................AGGACAAGACTACTGGGCAGTCCAAGG.............................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................TCAGCTTTCACCGCCGGGAGGATGC............ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TGCTTTTATCAGCTTTCACCGCCGGGA.................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................CGCCGGGAGGATGCTGCACG...... 20 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TTTTATCAGCTTTCACCGC....................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................CTGGAGTAGGCATCCCTTGACCC...................................................................................... 23 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................AAGGACAAGACTACTGG......................................................................................................................................................... 17 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTGAGCTGGTCTGAGGAGTGGt..................................................................................................................... 26 t 1.00 9.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................CTACTGGGCAGTCCAAG............................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TCTGAGGAGTGGAGTGGGTAGCTGG......................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TCACCGCCGGGAGGATGCTGCACGTGt... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............CTACTTGGCCAAGGACAAGACTACTGG......................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TTCACCGCCGGGAGGATGCTGCACGTG.... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................ATCAGCTTTCACCGCCGGGAGGATGt............ 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.......................AAGGACAAGACTACTGGGa....................................................................................................................................................... 19 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TCTACTTGGCCAAGGACAAGACTACT........................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TGGTCTGAGGAGTGGAGTGGGTAGCT........................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.........................................................................................................................................................................CCGGGAGGATGCTGCACGTGCCA. 23 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................CACCGCCGGGAGGATGCTGCACGTt.... 25 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................AGCTGGTCTGAGGAGTGGAGTGGGTA.............................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................ACCGCCGGGAGGATGCTGCACGTGCCA. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.....TCCCGAATCTACTTGGCCAAGGACAAGACT.............................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................ACCGCCGGGAGGATGCTGCACGTGC... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TTTTGCTTTTATCAGCTTTCACCGCCGG.................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............CTACTTGGCCAAGGACt................................................................................................................................................................... 17 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................GTTTTGCTTTTATCAGCTTTCACCGCC...................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGGCCAAGGACAAGACTACTGGGCAGTCC.................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................CCGCCGGGAGGATGCTGC......... 18 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................CACCGCCGGGAGGATGCTGCA........ 21 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TTTATCAGCTTTCACCGCCGGGAcg................ 25 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...................................................TGGGTGAGCTGGTCTGAGGAGTGtag.................................................................................................................... 26 tag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................ACCGCCGGGAGGATGCTGCACGTGCg.. 26 g 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...................GGCCAAGGACAAGACTACTGGGCAGTCCA................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
..............TACTTGGCCAAGGACAAGACTACTGGGCA...................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................GAGGATGCTGCACGTGCCA. 19 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CCATCTCCCGAATCTACTTGGCCAAGGACAAGACTACTGGGCAGTCCAAGGTGGGTGAGCTGGTCTGAGGAGTGGAGTGGGTAGCTGGAGTAGGCATCCCTTGACCCACTTCTTACACCTCCATGTCTGCCCCTGGCCCGCAGGGTTTTGCTTTTATCAGCTTTCACCGCCGGGAGGATGCTGCACGTGCCAT
..................................................((((((...(((.((....)).)))...(((..(((......)))..)))...))))))....................................................................................
..................................................51.............................................................114.............................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)