chr9:20449288 20449686 +
(1)
OTHER.ip 		(10)
OTHER.mut 		(8)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(44)
TESTES

Sense strand
CCTCGCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGATATTGGAGGTGAGAAGGCTAAAATGAGAGGCCCGAGATCACGGGAAGCTGCCAAGACTTGGGAACCTAGGGGTTGCGGGAGGCAAAGCCGGGTGAGTCTGGGGCCCGGACTGCCGCAGTTAAGGGGCGGAGTCGCGACTGTCTGTAGTCCGGGCAATTGAAACTGTAGACTGGGGCTGCAGGGGATTGCATCTGGTGTTAGGGGAACTGTGACCAGAGAGCTCAACCTAGGAAGGGGCTTTAGGAACCTGGGCGACCCCGAAAGGCCTGACTCTGTTGCTTTTCATCCCTCCCTCCACCTGGTGTAGCTCCAGCCACAATGATTGAGGTGGTTTGCAACGACCGTCTCGGAAAGAAA
.......................................................................................((((.......(((((....)))))(((..(((........(((((((((((((...(((((((((((.((((((.....(((....)))))))))..)))))))))))........((((((.......)))))).))))).))))))))..........)))..)))....)))).......................................................................................................................................
.....................................................................................86.................................................................................................................................................................................265....................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
............TACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 31.00 31.00 8.00 10.00 7.00 1.00 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
............TACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTC.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 28.00 28.00 8.00 4.00 3.00 - 2.00 2.00 - - 1.00 1.00 - 1.00 - 2.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...................TGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGATA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 10.00 10.00 - 1.00 - - - - 2.00 - - 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...CGCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 9.00 9.00 4.00 1.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TCGCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCGAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 1 8.00 8.00 - 3.00 4.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 8.00 8.00 - 4.00 1.00 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................TGGTGTTAGGGGAACTGTGACCAGAGA.......................................................................................................................................... 27 1 8.00 8.00 1.00 5.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATTGAGGTGGTTTGCAACGACCGTC........... 27 1 7.00 7.00 - - - - - - 1.00 2.00 - - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TCGCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 6.00 6.00 4.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 5.00 5.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 5.00 5.00 2.00 - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGATA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 5.00 5.00 - 1.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................TAGGGGAACTGTGACCAGAGAGCTCAACC.................................................................................................................................. 29 1 4.00 4.00 1.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TCGCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCGt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 t 4.00 1.00 1.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 4.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.........AGCTACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 4.00 4.00 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TAGGTTCGAGGATATTGGAGctcc......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 ctcc 4.00 0.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TGCCAAGACTTGGGAACCTAGGGGTT........................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 t 4.00 31.00 3.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...CGCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCGAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 4.00 4.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TCGCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGCAACGACCGTCTCGGAAAGAAA 25 1 4.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGCTACGAGTTGTGTCGTCGATAGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 4.00 4.00 1.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.........AGCTACGAGTTGTGTCGTCGATAGGT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 4.00 4.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGTCGTCGATAGGTTCGAGGATATTt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 t 3.00 0.00 - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATTGAGGTGGTTTGCAACGACCGT............ 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TGCCAAGACTTGGGAACCTAGGGGTTGC......................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............GAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................TGTTAGGGGAACTGTGACCAGAGAG......................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................TGACCAGAGAGCTCAACCTAGGAAGGGG........................................................................................................................ 28 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................TGACCAGAGAGCTCAACCTAGGAAGG.......................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 3.00 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TGCCAAGACTTGGGAACCTAGGGGTTG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...CGCTCGAGCTACGAGTTGTGTC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................CTGGTGTTAGGGGAACTG.................................................................................................................................................... 18 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCAACGACCGTCTCGGAAAGAA. 23 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................TAGGGGAACTGTGACCAGAGAGCTCAA.................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCAACGACCGTCTCGGAA..... 19 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...................TGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGATATT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGCTACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTC.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................AGGGGAACTGTGACCAGAGAGCTCAAC................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCGAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 2.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................CACGGGAAGCTGCCAAGACTTGGGA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................TGACCAGAGAGCTCAACCTAGGAAGGGGC....................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TCGTCGATAGGTTCGAGGATATTGGAGc............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 c 2.00 0.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGTCGTCGATAGGTTCGAGGATATTG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TAGGTTCGAGGATATTGGAGc............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 21 c 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................TAGGGGAACTGTGACCAGAGAGCTCA..................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TCGCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGcta................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 cta 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAATGATTGAGGTGGTTTGCAACGAC............... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGAACCTGGGCGACCCCGAAAGGC........................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TCGTCGATAGGTTCGAGGA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GTTGTGTCGTCGATAGGTT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TCGCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCt.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 t 1.00 4.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................AGACTTGGGAACCTAGGGGT............................................................................................................................................................................................................................................................................................ 20 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTTTGCAACGACCGTCTCGGAAAGt.. 26 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................GGGAACTGTGACCAGAGAGCTC...................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........CTACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATTGAGGTGGTTTGCAACGACCGgc........... 27 gc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGAGGTGGTTTGCAACGACCGTCTC......... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................ATTGGAGGTGAGAAGGCTA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GCTACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCt.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................TGTTAGGGGAACTGTGACCAGAGAGC........................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATTGAGGTGGTTTGCAACGACCGTCT.......... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCGATA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................AAACTGTAGACTGGGGCTGCAG................................................................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................GATCACGGGAAGCTGCCAAGACTTGGGAAC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GTCGATAGGTTCGAGGATATTGGAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
...................TGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGATATTGGAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.CTCGCTCGAGCTACGAGTTGTG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.........................GTCGATAGGTTCGAGGATATTGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................GTAGACTGGGGCTGCAGGGGATTt......................................................................................................................................................................... 24 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................AGGTTCGAGGATATTGGAGGTGAGAA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................TAGGGGAACTGTGACCAGAGAGCTCAACCT................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................ATATTGGAGGTGAGAAGGCTAAAATGA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............GAGTTGTGTCGTCGATAGGTT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................TGTTAGGGGAACTGTGACCAGAGAGCT....................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCAACGACCGTCTCGGAAAGAAA 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................ATATTGGAGGTGAGAAGGCTAAAATGAG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACAATGATTGAGGTGGTTTGCAACGACt.............. 28 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TACGAGTTGTGTCGTCGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCGATAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................AGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTTTGCAACGACCGTCTCGGAAAGA.. 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................TAGGGGAACTGTGACCAGAGAGCTCAAC................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 5.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TGCCAAGACTTGGGAACCTAGGtgtt........................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 tgtt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................TGCATCTGGTGTTAGGGGAACTGTGA................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACCAGAGAGCTCAACCTAGGAAGGGGCTT..................................................................................................................... 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................TGACCAGAGAGCTCAACCTAGGAAGGGGg....................................................................................................................... 29 g 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................AGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGATA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AATGATTGAGGTGGTTTGCAACGACCG............. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAATGATTGAGGTGGTTTGCAACGACC.............. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TCGATAGGTTCGAGG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 15 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TAGGGGTTGCGGGAGGCAAAGCCGG.......................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................TGGTGTTAGGGGAACTGTGACCAGA............................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TCGATAGGTTCGAGGATATTGGAGct........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 ct 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 t 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................GGGGAACTGTGACCAGAGAGCTCAACCT................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAACGACCGTCTCGGAAAG... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGgg....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 gg 1.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................GCTGCCAAGACTTGGGAACCTAGGGGT............................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACAATGATTGAGGTGGTTTGCAACGA................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............GAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACAATGATTGAGGTGGTTTGCAACGACC.............. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................AATTGAAACTGTAGACTGGGGCT.................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGTCGTCGATAGGTTCGAGGATATTGGA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...CGCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCGt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............ACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGAT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................TAGGGGAACTGTGACCAGAGAGC........................................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGAT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GGGCCCGGACTGCCGCAGTTAAGGGGCGGAG.................................................................................................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGAAGGGGCTTTAGGAACCTGGGC........................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................GTTCGAGGATATTGGAGctc.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 ctc 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCAACGACCGTCTCGGAAA.... 20 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TCGTCGATAGGTTCGAGGATATTGGA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................ACTTGGGAACCTAGGGGTTGCGGG...................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TCGCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCGATt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 t 1.00 8.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCGATAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................AATTGAAACTGTAGACTGGGGCTGC.................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................ATTGGAGGTGAGAAGGCT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGAGGTGGTTTGCAACGACC.............. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GATAGGTTCGAGGATATTGGAGctc.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 ctc 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............GAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGt..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 3.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGtt.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 tt 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTTTGCAACGACCGTCTCGGAAAG... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTTTGCAACGACCGTCTCGGAAAGAAA 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................GGGGAACTGTGACCAGAG........................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................TGTAGACTGGGGCTGCAGGGGATTGCA....................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATTGAGGTGGTTTGCAACGAC............... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TATTGGAGGTGAGAAGGgcc................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 20 gcc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.................GTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGAT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TCGTCGATAGGTTCGAGGATA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................TAGGGGAACTGTGACCAGAGAGCTCAAa................................................................................................................................... 28 a 1.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................AGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................GGGGAACTGTGACCAGAGAGCTCAACC.................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 t 1.00 5.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TGTGTCGTCGATAGGTTCGAGG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCAGCCACAATGATTGAGGTGGTT........................ 25 6 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATTGAGGTGGTTTGCA.................... 18 6 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 -
............................................TTGGAGGTGAGAAGGCTA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 18 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCCAGCCACAATGATTGAGGTGGT......................... 25 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCCAGCCACAATGATTGAGGTGGTT........................ 26 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCCAGCCACAATGATTGAG.............................. 20 6 0.17 0.17 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CCTCGCTCGAGCTACGAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGATATTGGAGGTGAGAAGGCTAAAATGAGAGGCCCGAGATCACGGGAAGCTGCCAAGACTTGGGAACCTAGGGGTTGCGGGAGGCAAAGCCGGGTGAGTCTGGGGCCCGGACTGCCGCAGTTAAGGGGCGGAGTCGCGACTGTCTGTAGTCCGGGCAATTGAAACTGTAGACTGGGGCTGCAGGGGATTGCATCTGGTGTTAGGGGAACTGTGACCAGAGAGCTCAACCTAGGAAGGGGCTTTAGGAACCTGGGCGACCCCGAAAGGCCTGACTCTGTTGCTTTTCATCCCTCCCTCCACCTGGTGTAGCTCCAGCCACAATGATTGAGGTGGTTTGCAACGACCGTCTCGGAAAGAAA
.......................................................................................((((.......(((((....)))))(((..(((........(((((((((((((...(((((((((((.((((((.....(((....)))))))))..)))))))))))........((((((.......)))))).))))).))))))))..........)))..)))....)))).......................................................................................................................................
.....................................................................................86.................................................................................................................................................................................265....................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
.........................................................................................................................................................GCCGCAGTTAAGGGGCGGAGTCGCGACTG......................................................................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................CGCGACTGTCTGTAGTCCGGGCA.......................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............GAGTTGTGTCGTCGATAGGTTCGAGGA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTTGCAACGACCGTCTCGG....... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................GAAGGGGCTTTAGGAttc................................................................................................................ 18 ttc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCTGTTGCTTTTCATCCCTCCCTC.............................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................CAGTTAAGGGGCGGAGTCGCGACTG......................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................GCGACTGTCTGTAGTCCGGGCAATTGAA.................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................GCCCGAGATCACGGGAAGCTGCCA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -