chr9:15121133 15121382 +
(12)
OTHER.mut 		(3)
OVARY 		(9)
PIWI.ip 		(2)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(41)
TESTES

Sense strand
GAGGGCTTTTTGGGCTATAAAACCCACAGCTCTTAACGCTGTGACCAAAGATTGATGTTCTTCACAGAGAAAATCCTGCACTGTTTTGATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATACCCTGAATCACTTAACATACACTTAACACACCCTGAATCACTTAACTCATTAACACATCTCTCATTGTCTTCTCTTTCAGGTGACCTGGATGGACAGCAAAGGAATCAAATCCCTCAAATAATTTATTTG
......................................................(((((((((.((((((((.....(((((((....)))))))....)))))))).)))))..))))...................................................................................................................................
...................................................52...................................................................121...............................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR037898(GSM510434)
ovary_rep3. (ovary) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
...............................................................................................TGTGTTTTTCTGAGAAGATAAC..................................................................................................................................... 22 4 6.25 6.25 2.50 - 1.50 - 0.75 - - - - - 0.25 - - - 0.75 - 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TGATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGA......................................................................................................................................... 27 4 5.50 5.50 - 0.25 0.50 - 0.75 0.50 0.50 - - 1.00 - - - - - - - 0.50 0.25 - - - 0.50 - - - - - 0.25 - 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - -
...............................................................................................TGTGTTTTTCTGAGAAGATAA...................................................................................................................................... 21 4 3.75 3.75 2.00 - 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - 0.25 - - - - 0.25 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................CTGTGTTTTTCTGAGAAGATAA...................................................................................................................................... 22 4 3.50 3.50 0.25 0.25 1.75 0.25 0.25 - - - - 0.25 - - - 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TCTTAACGCTGTGACCAAAGATTGAT.................................................................................................................................................................................................. 26 4 3.50 3.50 - 1.75 - - - - 1.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
..............................TCTTAACGCTGTGACCAAAGATTGATG................................................................................................................................................................................................. 27 4 3.50 3.50 - 1.75 - - - - 0.25 - 0.25 - - - - - - 0.25 - 0.25 - - - - - - - 0.25 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TGTGTTTTTCTGAGAAGATA....................................................................................................................................... 20 4 3.50 3.50 1.00 - 0.50 0.25 0.25 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - 0.50 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - -
...............................................................................................TGTGTTTTTCTGAGAAGAT........................................................................................................................................ 19 4 3.00 3.00 0.50 - 0.50 - 0.25 0.25 - - - - - - 0.50 0.25 - - - - 0.25 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TTTTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 21 4 2.25 2.25 0.50 - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - 0.25 - - - - -
.......................................................................................................TCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 18 4 2.25 2.25 0.50 - - - 0.75 - - - 0.25 - - - 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................ATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 33 4 2.00 2.00 0.75 - - 0.25 - - - 0.50 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TCTTAACGCTGTGACCAAAGATTGA................................................................................................................................................................................................... 25 4 1.75 1.75 - 1.50 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................GATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 34 4 1.75 1.75 - - - 0.50 - - - - 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................GTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 30 4 1.75 1.75 - - 0.50 0.25 - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATA....................................................................................................................................... 26 4 1.75 1.75 - 0.50 - - - - 0.50 0.25 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................GTTCTTCACAGAGAAAATCCTGC........................................................................................................................................................................... 23 6 1.67 1.67 0.17 - 0.33 - 0.67 - - - - - - - - - - - 0.33 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 32 4 1.50 1.50 0.25 - - - 0.25 - - 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................TTTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 20 4 1.50 1.50 - - - - - - - - - - 0.75 - - 0.25 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TCTCATTGTCTTCTCTTTCAG.................................................. 21 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - - - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TTCTTCACAGAGAAAATCCTGC........................................................................................................................................................................... 22 6 1.50 1.50 0.33 - - - 0.17 - - - - - - - - 0.33 0.17 - 0.17 - - - - 0.17 - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TGGACAGCAAAGGAATCAAATCCCTCAA............ 28 3 1.33 1.33 - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - 0.67 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TAACGCTGTGACCAAAGATTGATGTTC.............................................................................................................................................................................................. 27 4 1.25 1.25 - 0.25 - - - - - - - - - - 0.75 - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................AGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 31 4 1.25 1.25 - - - - - - - - - 0.50 - 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................CTGTGTTTTTCTGAGAAGATA....................................................................................................................................... 21 4 1.25 1.25 - - 0.50 0.25 - - - 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................CTGTGTTTTTCTGAGAAGA......................................................................................................................................... 19 4 1.25 1.25 - - - 0.50 - - - - - - - 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................GTTCTTCACAGAGAAAATCCTG............................................................................................................................................................................ 22 6 1.17 1.17 0.17 - - - - - - - - - - - - 0.33 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - -
...............................................................................................TGTGTTTTTCTGAGAAGATAtt..................................................................................................................................... 22 tt 1.00 3.50 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TGTGTTTTTCTGAGAAGcta....................................................................................................................................... 20 cta 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................ACCTGGATGGACAGCAAAGGta......................... 22 ta 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................ACCTGGATGGACAGCAAAGGAATCAAt.................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TTCTTCACAGAGAAAATCCTGCA.......................................................................................................................................................................... 23 6 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 0.17 0.33 - - - - 0.33 - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TGTGTTTTTCTGAGAAGATAAt..................................................................................................................................... 22 t 1.00 3.75 - - 0.75 - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................TTTCTGAGAAGATAACATACCCTGAAT.......................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TTCTTCACAGAGAAAATCCTG............................................................................................................................................................................ 21 6 0.83 0.83 - - 0.33 - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................CTGTGTTTTTCTGAGAAGAT........................................................................................................................................ 20 4 0.75 0.75 - - - 0.25 - - - - - 0.25 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................CTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 17 4 0.75 0.75 - - 0.25 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TGTGTTTTTCTGAGAAGATAACA.................................................................................................................................... 23 4 0.75 0.75 - - - 0.25 - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - -
..............................................................................................CTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 27 4 0.75 0.75 0.25 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGACCTGGATGGACAGCAAAGGAATCA...................... 27 8 0.75 0.75 - - - - - - 0.12 - - - - - - - - 0.25 - 0.12 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGAT........................................................................................................................................ 25 4 0.75 0.75 - 0.25 - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................GTGTTTTTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 25 4 0.75 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................CTTAACGCTGTGACCAAAGA....................................................................................................................................................................................................... 20 4 0.75 0.75 - - - 0.25 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TCTTAACGCTGTGACCAAAGATTGATGT................................................................................................................................................................................................ 28 4 0.75 0.75 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TTCTGAGAAGATAACATACCCTGAA........................................................................................................................... 25 3 0.67 0.67 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGGATGGACAGCAAAGGAATCAAATCCCTC.............. 30 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGTGACCAAAGATTGATGTTCTTCACA........................................................................................................................................................................................ 27 5 0.60 0.60 - 0.20 - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................ACGCTGTGACCAAAGATTGA................................................................................................................................................................................................... 20 5 0.60 0.60 - - - - - - - - - - - - 0.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................CCAAAGATTGATGTTC.............................................................................................................................................................................................. 16 5 0.60 0.60 - - - - - - - - 0.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAA...................................................................................................................................... 24 4 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TGTGTTTTTCTGAGAAGATAACAT................................................................................................................................... 24 4 0.50 0.50 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - -
..................................................................................................GTTTTTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 23 4 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TTTTGATAGTGCTGTGTTT.................................................................................................................................................... 19 4 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TGCTGTGTTTTTCTGAGAAGA......................................................................................................................................... 21 4 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................TGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 16 4 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................CTTAACGCTGTGACCAAAGAT...................................................................................................................................................................................................... 21 4 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TGATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGAT........................................................................................................................................ 28 4 0.50 0.50 - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 26 4 0.50 0.50 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................AGAAAATCCTGCACTGTTTTGATA............................................................................................................................................................... 24 4 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TTGATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATA.................................................................................................................................. 35 4 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................AACGCTGTGACCAAAGATTGATG................................................................................................................................................................................................. 23 5 0.40 0.40 - - - - - 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................ACGCTGTGACCAAAGATTGATGTTC.............................................................................................................................................................................................. 25 5 0.40 0.40 - - - - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................GTTCTTCACAGAGAAAATCCT............................................................................................................................................................................. 21 6 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................ATAGTGCTGTGTTTTTCTG............................................................................................................................................... 19 6 0.33 0.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................GATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGA............................................................................................................................................ 23 6 0.33 0.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................GTTCTTCACAGAGAAAATCC.............................................................................................................................................................................. 20 6 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................AACGCTGTGACCAAAGA....................................................................................................................................................................................................... 17 6 0.33 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATACC................................................................................................................................ 30 3 0.33 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................GGATGGACAGCAAAGGAATCAAATCCCTC.............. 29 3 0.33 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................TGAGAAGATAACATACCCTGAA........................................................................................................................... 22 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................CAGGTGACCTGGATGGACAGCAAAGGAA......................... 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................CCTGGATGGACAGCAAAGGAATCAAATCC................. 29 7 0.29 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GTGACCTGGATGGACAGCAAAGGA.......................... 24 7 0.29 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................GCTGTGTTTTTCTGAGAAG.......................................................................................................................................... 19 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TGATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 35 4 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TTTTGATAGTGCTGTGTTTTTCTG............................................................................................................................................... 24 4 0.25 0.25 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................CTTAACGCTGTGACCAAAGATTGA................................................................................................................................................................................................... 24 4 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................ACCTGGATGGACAGCAAAGGAATCAAATC.................. 29 8 0.25 0.25 - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12
......................................................................................TGATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAG.......................................................................................................................................... 26 4 0.25 0.25 - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGTTTTGATAGTGCTGTG....................................................................................................................................................... 18 4 0.25 0.25 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GCTCTTAACGCTGTGACC............................................................................................................................................................................................................ 18 4 0.25 0.25 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAA........................................................................................................................................... 22 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 19 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................AATCCTGCACTGTTTTGA................................................................................................................................................................. 18 4 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................GTTTTTCTGAGAAGATAACATA.................................................................................................................................. 22 4 0.25 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................AAAATCCTGCACTGTTTTGA................................................................................................................................................................. 20 4 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................GCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATA.................................................................................................................................. 27 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................AAAACCCACAGCTCTTAACGCTGTG............................................................................................................................................................................................................... 25 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TTGATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAG.......................................................................................................................................... 27 4 0.25 0.25 - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TGTTTTTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 24 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................GATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATA.................................................................................................................................. 33 4 0.25 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGA......................................................................................................................................... 24 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TGTGTTTTTCTGAGAAGATAACt.................................................................................................................................... 23 t 0.25 6.25 - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TTAACGCTGTGACCAAAGATTGATGTTC.............................................................................................................................................................................................. 28 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TTAACGCTGTGACCAAAGA....................................................................................................................................................................................................... 19 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TTTTGATAGTGCTGTGTT..................................................................................................................................................... 18 4 0.25 0.25 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TAACGCTGTGACCAAAGATT..................................................................................................................................................................................................... 20 4 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................AGAGAAAATCCTGCACTGTTTTG.................................................................................................................................................................. 23 4 0.25 0.25 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TGATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAa.......................................................................................................................................... 26 a 0.25 0.25 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATA.................................................................................................................................. 25 4 0.25 0.25 - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................ACAGCTCTTAACGCTGTGACCAAAGATTGATG................................................................................................................................................................................................. 32 4 0.25 0.25 - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TGATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATA....................................................................................................................................... 29 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATAC................................................................................................................................. 29 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................CTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATA.................................................................................................................................. 26 4 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TAACGCTGTGACCAAAGATTGATGTTCTTC........................................................................................................................................................................................... 30 4 0.25 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TGTGTTTTTCTGAGAAGATAg...................................................................................................................................... 21 g 0.25 3.50 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TTAACGCTGTGACCAAAGAT...................................................................................................................................................................................................... 20 4 0.25 0.25 - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGTTTTGATAGTGCTGTGTTTTTCTGA.............................................................................................................................................. 27 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TAACGCTGTGACCAAAGATTGA................................................................................................................................................................................................... 22 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGTTTTGATAGTGCTGTGTTTTTCT................................................................................................................................................ 25 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATA.................................................................................................................................. 31 4 0.25 0.25 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TGATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAA........................................................................................................................................... 25 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TCTTAACGCTGTGACCAAA......................................................................................................................................................................................................... 19 4 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TTAACGCTGTGACCAAAGATTGAT.................................................................................................................................................................................................. 24 4 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TGTGTTTTTCTGAGAAGATg....................................................................................................................................... 20 g 0.25 3.00 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CTCTTAACGCTGTGACCAAAGATTG.................................................................................................................................................................................................... 25 4 0.25 0.25 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TGATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGAa........................................................................................................................................ 28 a 0.25 5.50 - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TTAACGCTGTGACCAAAGATTGATGT................................................................................................................................................................................................ 26 4 0.25 0.25 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................CTGTGACCAAAGATTGATGTTCTTCACAGA...................................................................................................................................................................................... 30 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................ACGCTGTGACCAAAGATTG.................................................................................................................................................................................................... 19 5 0.20 0.20 - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................CTGTGACCAAAGATTGATGTTCT............................................................................................................................................................................................. 23 5 0.20 0.20 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................ACTGTTTTGATAGTGC........................................................................................................................................................... 16 5 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................CGCTGTGACCAAAGATTGATGTT............................................................................................................................................................................................... 23 5 0.20 0.20 - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGTTCTTCACAGAGAAAATCCTG............................................................................................................................................................................ 23 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TGACCAAAGATTGATGTTCTTCACAGAGAAAA................................................................................................................................................................................. 32 5 0.20 0.20 - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................AACGCTGTGACCAAAGATTGATGTTCT............................................................................................................................................................................................. 27 5 0.20 0.20 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGTTCTTCACAGAGAAAATCCTGCACTG....................................................................................................................................................................... 28 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGTTCTTCACAGAGAAAATCCTGC........................................................................................................................................................................... 24 5 0.20 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGTGACCAAAGATTGATGTTCTTCACAGA...................................................................................................................................................................................... 29 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - -
......................................................................................................................................................................................................AGGTGACCTGGATGGACAGCAAAGG........................... 25 5 0.20 0.20 - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGTTCTTCACAGAGAAAATCCTGCACTGc...................................................................................................................................................................... 29 c 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................GCTGTGACCAAAGATTGATGTT............................................................................................................................................................................................... 22 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - -
........................................................GTTCTTCACAGAGAAAATCCTGCgt......................................................................................................................................................................... 25 gt 0.17 1.67 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TTTGATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGA............................................................................................................................................ 26 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................GTGCTGTGTTTTTCTGAGA............................................................................................................................................ 19 6 0.17 0.17 - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TTCTTCACAGAGAAAATCCTGCAa......................................................................................................................................................................... 24 a 0.17 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................GTGCTGTGTTTTTCTGAG............................................................................................................................................. 18 6 0.17 0.17 - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................CTGTGTTTTTCTGAGAA........................................................................................................................................... 17 6 0.17 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TCTTCACAGAGAAAATCCTGC........................................................................................................................................................................... 21 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TTCTTCACAGAGAAAATCCTGCt.......................................................................................................................................................................... 23 t 0.17 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - -
........................................................GTTCTTCACAGAGAAAATCCTGCA.......................................................................................................................................................................... 24 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................GATAGTGCTGTGTTTTTCTGAG............................................................................................................................................. 22 6 0.17 0.17 - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGTGACCAAAGATTGATG................................................................................................................................................................................................. 18 6 0.17 0.17 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................GTTCTTCACAGAGAAAATCCa............................................................................................................................................................................. 21 a 0.17 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TTCTTCACAGAGAAAATCCTGa........................................................................................................................................................................... 22 a 0.17 0.83 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CTCTTAACGCTGTGA.............................................................................................................................................................................................................. 15 6 0.17 0.17 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................GGATGGACAGCAAAGGAATCAAATCC................. 26 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGACCTGGATGGACAGCAAAGGAATCAAA.................... 29 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGGATGGACAGCAAAGGAATCAAATCCCT............... 29 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GTGACCTGGATGGACAGCAAAGGAATC....................... 27 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GTGACCTGGATGGACAGCAAAGGAATCA...................... 28 7 0.14 0.14 - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CTGGATGGACAGCAAAGGAATCAAATCC................. 28 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - -
.........................................................................................................................................................................................................TGACCTGGATGGACAGCAAAGGAATC....................... 26 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................GATGGACAGCAAAGGAATCAAATC.................. 24 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 -
..................................................................................................................................................................................................................TGGACAGCAAAGGAATCAAAT................... 21 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................GTTCTTCACAGAGAAAA................................................................................................................................................................................. 17 8 0.12 0.12 - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................GACCTGGATGGACAGCAAAGGAATCA...................... 26 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................ACCTGGATGGACAGCAAAGGAATC....................... 24 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGGATGGACAGCAAAGGA.......................... 18 10 0.10 0.10 - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GAGGGCTTTTTGGGCTATAAAACCCACAGCTCTTAACGCTGTGACCAAAGATTGATGTTCTTCACAGAGAAAATCCTGCACTGTTTTGATAGTGCTGTGTTTTTCTGAGAAGATAACATACCCTGAATCACTTAACATACACTTAACACACCCTGAATCACTTAACTCATTAACACATCTCTCATTGTCTTCTCTTTCAGGTGACCTGGATGGACAGCAAAGGAATCAAATCCCTCAAATAATTTATTTG
......................................................(((((((((.((((((((.....(((((((....)))))))....)))))))).)))))..))))...................................................................................................................................
...................................................52...................................................................121...............................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR037898(GSM510434)
ovary_rep3. (ovary) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
......................................................................................AGTGCTGTGTTTTTctgc.................................................................................................................................................. 18 ctgc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................ACACCCTGAATCACTttc........................................................................................ 18 ttc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TCTCTCATTGTCTTCTCTTTCAGGTG............................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AACCCACAGCTCTTAAC..................................................................................................................................................................................................................... 17 6 0.17 0.17 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -