(5)
OTHER.mut
(7)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(29)
TESTES

Sense strand
GCACAGTTTTAAAGGGGGACTGTTGGATCCAGTTGGACAGCTCTCCCTGCTGTGGACTCCACCTGCCACTTATTCAACTGTCACCTTGGAGCTCTCAGTGGTCTACTTCGCGGTGTAGCAGACAATATGTAACTGTGACAGTGGGTGTGGAGCTGGGTCACCCTCTTTTCAGGGGTGCAGGCCCATGTCAGGCAGCTCAGACAGTTTTGGACACAGAACTTTCAGTGTCCTTTGGTGTCCTTCTTTTACC
.........................................................................................((((((((....(((((((((((((...(((.......))).))))))).)))))))).))))))................................................................................................
.......................................................................................88...................................................................157...........................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
...............................................................................................................................TGTAACTGTGACAGTGGGTGTGGAGC................................................................................................. 26 1 23.00 23.00 4.00 3.00 5.00 4.00 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TACTTCGCGGTGTAGCAGACAATATG......................................................................................................................... 26 1 16.00 16.00 9.00 2.00 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - -
.......................................................................................................TACTTCGCGGTGTAGCAGACAATATGT........................................................................................................................ 27 1 7.00 7.00 2.00 - 1.00 - 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TGTCAGGCAGCTCAGACAGTTTTGGACA..................................... 28 1 5.00 5.00 - - 2.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TACTTCGCGGTGTAGCAGACAATATGTAAC..................................................................................................................... 30 1 4.00 4.00 - - - 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TATGTAACTGTGACAGTGGGTGTGGAGC................................................................................................. 28 1 4.00 4.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TGTCAGGCAGCTCAGACAGTTTTGGAC...................................... 27 1 4.00 4.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TGTAACTGTGACAGTGGGTGTGGAG.................................................................................................. 25 1 4.00 4.00 - 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TACTTCGCGGTGTAGCAGACAATATGTAACT.................................................................................................................... 31 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................GCAGACAATATGTAACTGTGACAGTGGG......................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TATGTAACTGTGACAGTGGGTGTGGAG.................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 - - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................CAGACAATATGTAACTGTGACAGTGGG......................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 1.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TACTTCGCGGTGTAGCAGACAATAT.......................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TATGTAACTGTGACAGTGGGTGTGG.................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CTGTTGGATCCAGTTGGACAG.................................................................................................................................................................................................................. 21 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.CACAGTTTTAAAGGGGGACTGTTGGA............................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TATGTAACTGTGACAGTGGGTGTGGA................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TCTCAGTGGTCTACTTCGCGGTGTAGC................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TACTTCGCGGTGTAGCAGACAATATGTA....................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.........................................................................................................................................................................................TGTCAGGCAGCTCAGACAGTTTgga........................................ 25 gga 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................CAGACAATATGTAACTGTGACAGTGGGT........................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TCAGGGGTGCAGGCCCATGTCAGGCAG....................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TCAGGGGTGCAGGCCCATGTCAGGCAGt...................................................... 28 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.........TAAAGGGGGACTGTTGGATCCAGTTG....................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................TTCGCGGTGTAGCAGACAATATGTAAC..................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................ACTTCGCGGTGTAGCAGACAATATGTAAC..................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TGTCAGGCAGCTCAGACAGTTTTGGACAC.................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TTTAAAGGGGGACTGTTGGATCCAGT......................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TGTCAGGCAGCTCAGACAGTTTTGGACACt................................... 30 t 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TAAAGGGGGACTGTTGGATCCAGTT........................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................CGCGGTGTAGCAGACAATATGTAACT.................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TGTGGAGCTGGGTCcagg....................................................................................... 18 cagg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.....................................................................................................TCTACTTCGCGGTGTAGCAGACAATATGTA....................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................TGGTGTCCTTCTTTTAgact 20 gact 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
.......................................................................................................TACTTCGCGGTGTAGCAGA................................................................................................................................ 19 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................CACCTTGGAGCTCTCAGTGGTCTACTTC............................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................TTCGCGGTGTAGCAGACAATATGTAACT.................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................CAGGCAGCTCAGACAGTTTTGGACAC.................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TAACTGTGACAGTGGGTGTGGAGCTGt.............................................................................................. 27 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TACTTCGCGGTGTAGC................................................................................................................................... 16 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................CAGACAGTTTTGGACACAGA................................. 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TTCAGTGTCCTTTGGTGTCCTTCTTT.... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................CCTCTTTTCAGGGGTGCAGGCCCATGT.............................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TAAAGGGGGACTGTTGGATCCAGT......................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TTGGATCCAGTTGGACAGCTCTCCCT.......................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................AGACAATATGTAACTGTGACAGTGGG......................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................CTTCGCGGTGTAGCAGACAATATGTAACT.................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TCAGGGGTGCAGGCCCATGTCAGGCAGC...................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............AGGGGGACTGTTGGATCCAGTTGGA..................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TGCCACTTATTCAACTGTCACCTTGGAGC.............................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................GCAGCTCAGACAGTTTTGGACACAGta................................ 27 ta 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TACTTCGCGGTGTAGCAGACA.............................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TAGCAGACAATATGTAACTGTGACAGT............................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................ACACAGAACTTTCAGTGTCCTTTGGTGT............ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGGATCCAGTTGGACAGCTCTCCCTGCT....................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
......................................................................................TGGAGCTCTCAGTGGTCTACTTCGCG.......................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TGGGTGTGGAGCTGGG............................................................................................. 16 12 0.83 0.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.83
....................................................................................CTTGGAGCTCTCAGTGGT.................................................................................................................................................... 18 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............AGGGGGACTGTTGGA............................................................................................................................................................................................................................... 15 13 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGACAGTGGGTGTGG.................................................................................................... 15 17 0.06 0.06 - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GCACAGTTTTAAAGGGGGACTGTTGGATCCAGTTGGACAGCTCTCCCTGCTGTGGACTCCACCTGCCACTTATTCAACTGTCACCTTGGAGCTCTCAGTGGTCTACTTCGCGGTGTAGCAGACAATATGTAACTGTGACAGTGGGTGTGGAGCTGGGTCACCCTCTTTTCAGGGGTGCAGGCCCATGTCAGGCAGCTCAGACAGTTTTGGACACAGAACTTTCAGTGTCCTTTGGTGTCCTTCTTTTACC
.........................................................................................((((((((....(((((((((((((...(((.......))).))))))).)))))))).))))))................................................................................................
.......................................................................................88...................................................................157...........................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
................................................................GCCACTTATTCAACTGTCACCTTGGA................................................................................................................................................................ 26 1 13.00 13.00 2.00 2.00 4.00 2.00 - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TGCCACTTATTCAACTGTCACCTTGGA................................................................................................................................................................ 27 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................ATTCAACTGTCACCTTGGAGCTCTCA......................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TTCAACTGTCACCTTGGAGCTCTCA......................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................CAACTGTCACCTTGGAGCTCTCAGTGGTC................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................GTCAGGCAGCTCAGACAGTTTTGGACACA................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................CCTTGGAGCTCTCAGTGGTCTACTTCGCGG......................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................TCAGTGGTCTACTTCGCGGTGTAGCA.................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................TCAGTGGTCTACTTCGCGGTGTAGCAG................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................ACTTATTCAACTGTCACCTTGGAGCTCTCA......................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................ACTTTCAGTGTCCTTTGGTGTCCTTCTT..... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................CCACTTATTCAACTGTCACCTTGGAGCT............................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................GTCACCTTGGAGCTCTCAGTGGTCTAC................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TTATTCAACTGTCACCTTctgt................................................................................................................................................................... 22 ctgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
..........................................................................................GCTCTCAGTGGTCTACTTCGCGGTGTAGCA.................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................CAGACAGTTTTGGACACAGAACTTTCA.......................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................GCTGTGGACTCCACCTGCCACTTATTCA.............................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................CTTATTCAACTGTCACCTTGGAGCTC............................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................TCAACTGTCACCTTGGAGCTCTCA......................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TCACCTTGGAGCTCT........................................................................................................................................................... 15 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - -