(11)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(8)
PIWI.ip
(4)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(43)
TESTES

Sense strand
GTAGGGGACGAAGCTCAAAGCCTTGGGTGACCCGCAGGAGGTTCAGGCAGGTAGGCATCATAGGACCTCATTGCTTTCTGTGTGGCCTCTGGGGATCTAGGCAATTTAAAATCACCAGGAAAGCTAACTGTAGAGATGGTCCTTTGAACGTTTTATTCTCGGATTCCTTGCTGTCTCTGTGTGGTGGTGCCTTCCAGATGAGGACGCAGCCTCCCACGGGTTCCGACCACACCAGGCGCCGACAGAGAAC
..........................................................................................................................((((....((((((((((........((.........))........)))))))))).....))))..............................................................
.......................................................................................................................120..................................................................189...........................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
............................................................................................................................TAACTGTAGAGATGGTCCTTTGAACG.................................................................................................... 26 1 8.00 8.00 3.00 - 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TAGGGGACGAAGCTCAAAGCCTTGGG............................................................................................................................................................................................................................... 26 1 6.00 6.00 - - 1.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
............................................................TAGGACCTCATTGCTTTCTGTGTGGC.................................................................................................................................................................... 26 1 6.00 6.00 - - 1.00 - - 1.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TGCTTTCTGTGTGGCCTCTGGGGATC......................................................................................................................................................... 26 1 6.00 6.00 - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TAACTGTAGAGATGGTCCTTTGAAC..................................................................................................... 25 1 4.00 4.00 - - 1.00 - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TCGGATTCCTTGCTGTCTCTGTGTGG.................................................................. 26 1 4.00 4.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TCGGATTCCTTGCTGTCTCTGTGTGGT................................................................. 27 1 3.00 3.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
............................................................................TCTGTGTGGCCTCTGGGGATCTAGG..................................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TTGCTTTCTGTGTGGCCTCTGGGGA........................................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................CACCAGGAAAGCTAACTGTAGAGATGG............................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................GGAAAGCTAACTGTAGAGATGGTCC............................................................................................................ 25 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.TAGGGGACGAAGCTCAAAGCCTTGGGT.............................................................................................................................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TCCCACGGGTTCCGACCACACCAGGCGC........... 28 1 3.00 3.00 - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TAACTGTAGAGATGGTCCTTTGAACGT................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TAGAGATGGTCCTTTGAACGT................................................................................................... 21 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TTCCAGATGAGGACGCAGCCTCCC................................... 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TATTCTCGGATTCCTTGCTGTCTCTG....................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................GGAAAGCTAACTGTAGAGATGGTCCTT.......................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.TAGGGGACGAAGCTCAAAGCCTTGGGTG............................................................................................................................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TTCCAGATGAGGACGCAGCCTCCCA.................................. 25 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TAGGGGACGAAGCTCAAAGCCTTGGGTt............................................................................................................................................................................................................................. 28 t 2.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
................................................................................................................CACCAGGAAAGCTAACTGTAGAGATGGTC............................................................................................................. 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................GAACGTTTTATTCTCGGATTCCTTGC............................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TCAGGCAGGTAGGCATCATAGGACCT...................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TAGAGATGGTCCTTTGAACGTTT................................................................................................. 23 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TTTATTCTCGGATTCCTTGCTGTCTC......................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TCCAGATGAGGACGCAGCCTCCCAC................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TTTGAACGTTTTATTCTCGGATTCCTTG................................................................................ 28 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................GCTAACTGTAGAGATGGTCCTTTGAACGT................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................TAAAATCACCAGGAAAGCTAACTGTAG..................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TGCTGTCTCTGTGTGGTGGTGCCTTC........................................................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................AGATGGTCCTTTGAACGTTTTATTCTC.......................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.................................................................................................TAGGCAATTTAAAATCACC...................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TCTGTGTGGCCTCTGGGGATCTAGGC.................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................ATTGCTTTCTGTGTGGCCTCTGGGG............................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TAGGGGACGAAGCTCAAAGCCTTGGa............................................................................................................................................................................................................................... 26 a 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TCAGGCAGGTAGGCATCATAGGAC........................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................ACCTCATTGCTTTCTGTGT....................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
............................................................................................................................TAACTGTAGAGATGGTCCTTTGAACGTT.................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................CCAGGAAAGCTAACTGTAGAGATGGTCCT........................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................GCCTTCCAGATGAGGACGCAGCCTCCC................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................CTGTGTGGCCTCTGGGGATCTAGGCA................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............CTCAAAGCCTTGGGTGACCCGCAGGA................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TTTGAACGTTTTATTCTCGGATTCCTTGC............................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
...........................................................................................................................................................TTCTCGGATTCCTTGCTGTCTCTttt..................................................................... 26 ttt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................GCTAACTGTAGAGATGGTCCTTTGAACG.................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TATTCTCGGATTCCTTGCTGTCTCT........................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGGGTGACCCGCAGGAGGTTCAGGC.......................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TAACTGTAGAGATGGTCCTTTGAACGTTT................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TTCTCGGATTCCTTGCTGTCTCTGTGTG................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TGTCTCTGTGTGGTGGTGCCTTCCAGA.................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TTCCAGATGAGGACGCAGCCTCCCACGG............................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................CGGATTCCTTGCTGTCTCTGTGTGG.................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TTGCTTTCTGTGTGGCCTCTGGGGct.......................................................................................................................................................... 26 ct 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TTCAGGCAGGTAGGCATCATAGGACC....................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CGAAGCTCAAAGCCTTGGGTGACCCGC....................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGAACGTTTTATTCTCGGATTCCTTGC............................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TAGGGGACGAAGCTCAAAGCCTTGGGTGACC.......................................................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................CAGGCAGGTAGGCATCATAGGACCTCA.................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TGCTTTCTGTGTGGCCTCTGGGGA........................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TTGAACGTTTTATTCTCGGATTCCTTGCT.............................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............CTCAAAGCCTTGGGTGACCCGCAG..................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
............................................................TAGGACCTCATTGCTTTCTGTGTGGCCT.................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................GGTTCAGGCAGGTAGGCATCATAGGACC....................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TGTAGAGATGGTCCTTTGAACG.................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................GATGAGGACGCAGCCTCCCACGGGTT............................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TTTTATTCTCGGATTCCTTGCTGTCT.......................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TAGGGGACGAAGCTCAAAGCCTTGGGTGA............................................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................CCCGCAGGAGGTTCAGGCAGGTAGGC.................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TAGAGATGGTCCTTTGAACGTTTTATTCT........................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................AAGCCTTGGGTGACCCGCAGGAGGTTC.............................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TCAGGCAGGTAGGCATCATAGGACC....................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................AGCTAACTGTAGAGATGGTCCTTTGAACGT................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
..AGGGGACGAAGCTCAAAGCCTTtggt.............................................................................................................................................................................................................................. 26 tggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TTATTCTCGGATTCCTTGCTGTCTC......................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TAGGGGACGAAGCTCAAAGCCTTGGGTGt............................................................................................................................................................................................................................ 29 t 1.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................GGCATCATAGGACCTCATTGCTTTCTG.......................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TTTTATTCTCGGATTCCTTGCTGTCTC......................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TCGGATTCCTTGCTGTCTCTGTG..................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TCCTTGCTGTCTCTGTGTGGTGGT.............................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TCGGATTCCTTGCTGTCTCTGTGTGGTGG............................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TCTGTGTGGCCTCTGGGGATCTAG...................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................ACCAGGAAAGCTAACTGTAGAGATGGTC............................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................CTAGGCAATTTAAAATCACCAGGAAAGC.............................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TTGGGTGACCCGCAGGAGGTTCAGGC.......................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TTCTGTGTGGCCTCTGGGGATCTAGG..................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TAGGCAATTTAAAATCACCAGGAAAGCTAACT......................................................................................................................... 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGCCTTCCAGATGAGGACGCAGCCTCCC................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TTCTGTGTGGCCTCTGGGGATCTAGGC.................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................TAAAATCACCAGGAAAGCTAACTGTA...................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TGAGGACGCAGCCTCCCACGGGTTCC.......................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGCCTTCCAGATGAGGACGCAGCCTCC.................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TATTCTCGGATTCCTTGCTGTCTC......................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TTCCGACCACACCAGGCGCCGACAGAG... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
........................................................................................................................AAGCTAACTGTAGAGATGGTCCTTTGA....................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................CATCATAGGACCTCATTGCTTT............................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TCTGGGGATCTAGGCAATTTAAAATCACC...................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TAACTGTAGAGATGGTCC............................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TAGGGGACGAAGCTCAAAGCCTTGG................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GTAGGGGACGAAGCTCAAAGCCTTGGGTGACCCGCAGGAGGTTCAGGCAGGTAGGCATCATAGGACCTCATTGCTTTCTGTGTGGCCTCTGGGGATCTAGGCAATTTAAAATCACCAGGAAAGCTAACTGTAGAGATGGTCCTTTGAACGTTTTATTCTCGGATTCCTTGCTGTCTCTGTGTGGTGGTGCCTTCCAGATGAGGACGCAGCCTCCCACGGGTTCCGACCACACCAGGCGCCGACAGAGAAC
..........................................................................................................................((((....((((((((((........((.........))........)))))))))).....))))..............................................................
.......................................................................................................................120..................................................................189...........................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
.........................................................................................................................................................................GCTGTCTCTGTGTGGTGGTGCCTTCCA...................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................GCAGCCTCCCACGGGTTCCGACCACA................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAGGCATCATAGGACCTCATTGCTTTCTG.......................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................GGCAGGTAGGCATCATAGGACCTCA.................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -