(7)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(8)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(36)
TESTES

Sense strand
TTTGAGACAGTCAGCGTGGGTGATCTAACTGAGGTCAAAGGACAGACCAGGTGAGGCAAGGCAAGGGTGACTTGCCAGGGAACCCTGGTGGTTGTCAGGACAGTTCCTCGTCACTCATTTACCTGGTCTCCAGTGGCAGTGTCTGGAGCTCCTACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTCATGA
....................................................(((((.(((...(((((((..((((((....)))))).......((((....)))).))))))).....))).))))).....................................................
..................................................51................................................................................133................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
........................................................................................................................................................TACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTC.... 27 1 10.00 10.00 1.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - 1.00 - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - 1.00 -
..................................................GTGAGGCAAGGCAAGGGTGACTTGC............................................................................................................ 25 1 8.00 8.00 - - 6.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGT..... 26 1 8.00 8.00 - 1.00 - 3.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGAGACAGTCAGCGTGGGTGATCTAAC.......................................................................................................................................................... 27 1 6.00 6.00 - - - - 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGGCAAGGCAAGGGTGACTTGCCAG......................................................................................................... 28 1 4.00 4.00 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGAGACAGTCAGCGTGGGTGATCTAACT......................................................................................................................................................... 28 1 4.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.........................................................................................................................................................ACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTC.... 26 1 4.00 4.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGGCAAGGCAAGGGTGACTTGCCA.......................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTCATt. 30 t 3.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGGCAAGGCAAGGGTGACTTGCCAGG........................................................................................................ 29 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
......................ATCTAACTGAGGTCAAAGGACAGACCA...................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGG...... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
........................................................................................................................................................TACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTCATG. 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTt.... 27 t 2.00 8.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGCTCCTACCGAAAGAGCTGTGTGGA........... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTCA... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................ATCTAACTGAGGTCAAAGGACAGACCAGtggc................................................................................................................................. 32 tggc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TCTAACTGAGGTCAAAGGACAGACCAGG.................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TCTGGAGCTCCTACCGAAAGAG.................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
........................................................................................................................................................TACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTCt... 28 t 1.00 10.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TACCGAAAGAGCTGTGTGGAC.......... 21 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TAACTGAGGTCAAAGGACAGAC........................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................CAAAGGACAGACCAGGTGAGGCAAG........................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CTGAGGTCAAAGGACAGACCAGtgg.................................................................................................................................. 25 tgg 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGGCAAGGCAAGGGTGACTTG............................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TCCTACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGT..... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GGGTGATCTAACTGAGGTCAAAGGAC............................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................ACTGAGGTCAAAGGACAGACCAGtgg.................................................................................................................................. 26 tgg 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................AGTTCCTCGTCACTCATTTACCTGGTC....................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGGCAAGGCAAGGGTGACTTGCCAGGGA...................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GGGTGATCTAACTGAGGTCAAAGGACAG.......................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TGAGGCAAGGCAAGGGTGACTTGCCAGG........................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGGCAAGGCAAGGGTGACTT.............................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TAACTGAGGTCAAAGGACAGACCAGt.................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TCCTACCGAAAGAGCTGTGTGGACATG....... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGGCAAGGCAAGGGTGACTTGCCAa......................................................................................................... 28 a 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................CCTACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTC.... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TCCTACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTt.... 30 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
....................TGATCTAACTGAGGTCAAAGGACAGACCAGt.................................................................................................................................... 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TGGAGCTCCTACCGAAAGAGCTGTGTt............. 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................CCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTCA... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGAGACAGTCAGCGTGGGTGATC.............................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TCTAACTGAGGTCAAAGGACAGACCAGtg................................................................................................................................... 29 tg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGGCAAGGCAAGGGTGACTTGCCAt......................................................................................................... 28 t 1.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TAACTGAGGTCAAAGGACAGACCAGtgg.................................................................................................................................. 28 tgg 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TTGAGACAGTCAGCGTGGGTGATC.............................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TCCTACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTC.... 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................AGTGTCTGGAGCTCCTACCGAAAGAGCTGTG............... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................CGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTCATG. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGGTGATCTAACTGAGGTCAAAGGACAGA......................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TAACTGAGGTCAAAGGACAGACCA...................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GACAGTCAGCGTGGGTGATCTAAC.......................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGAGACAGTCAGCGTGGGTGATCTAAttt........................................................................................................................................................ 29 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GGTGATCTAACTGAGGTCAAAGGA............................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGgt.... 27 gt 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.............................................................................................................................................................AAAGAGCTGTGTGGACATGGTCAT.. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..................................................GTGAGGCAAGGCAAGGGTGACTTGCC........................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TGAGGCAAGGCAAGGGTGACTTGCCAGGt....................................................................................................... 29 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TGAGGTCAAAGGACAGACCAGtggc................................................................................................................................. 25 tggc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................CCGAAAGAGCTGTGTGG............ 17 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TACCGAAAGAGCTGTGTGGACAT........ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
........................................................................................................................................................TACCGAAAGAGCTGTGTGGACA......... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GACAGTCAGCGTGGGTGATCTAACTGt....................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................ACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTCATG. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................GAAAGAGCTGTGTGGACATGGTCt... 24 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................AACTGAGGTCAAAGGAC............................................................................................................................................ 17 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50

Antisense strand
TTTGAGACAGTCAGCGTGGGTGATCTAACTGAGGTCAAAGGACAGACCAGGTGAGGCAAGGCAAGGGTGACTTGCCAGGGAACCCTGGTGGTTGTCAGGACAGTTCCTCGTCACTCATTTACCTGGTCTCCAGTGGCAGTGTCTGGAGCTCCTACCGAAAGAGCTGTGTGGACATGGTCATGA
....................................................(((((.(((...(((((((..((((((....)))))).......((((....)))).))))))).....))).))))).....................................................
..................................................51................................................................................133................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)