(1)
OTHER.ip
(6)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(7)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(36)
TESTES

Sense strand
GGGAGAGATTAGCCATTGCTCTCTTTACCTTGAATTTTTTGAATAAAGATAAAAATGATTTGACTACTGTGGAATGGTTTGCCAATCCCGAGGCATCCTACAAAGGCACAGTCATGTGGAAGGATGTTCTGAGTAGACGATGGCATGGGCCCAATCCTGTGTTGGTCTGGGCGAGAGGGTCTGTTTGTGTGTTTCCACAGGATCATCTCCAGCCGCTGTGGGTTCTGGAGCGATTGACGAGGGTAGTTCA
......................................................(((..(((.((((...(((.(((....))).)))((..(((((((.((..(((...)))...))..)))))))..)).)))).)))...)))........................................................................................................
..................................................51.............................................................................................146......................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
....................................................................................................................TGGAAGGATGTTCTGAGTAGACGATGGC.......................................................................................................... 28 2 12.00 12.00 1.50 1.50 1.50 3.00 0.50 0.50 - - 1.00 - - - 0.50 - - 1.00 - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................TGGAAGGATGTTCTGAGTAGACGATG............................................................................................................ 26 2 11.50 11.50 4.00 1.50 2.50 - 1.00 1.00 - 0.50 - 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TGTGGAAGGATGTTCTGAGTAGACGA.............................................................................................................. 26 2 10.00 10.00 - 0.50 1.50 - 2.50 2.50 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - 1.00 - - - 0.50 - - - - - -
..................................................................................................................TGTGGAAGGATGTTCTGAGTAGACGATG............................................................................................................ 28 2 9.00 9.00 0.50 0.50 1.00 4.00 1.50 - - 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TAAAAATGATTTGACTACTGTGGAATG.............................................................................................................................................................................. 27 1 8.00 8.00 5.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................AAGGATGTTCTGAGTAGACGATGGCATG....................................................................................................... 28 2 6.00 6.00 1.00 0.50 - 4.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TGTGGAAGGATGTTCTGAGTAGACGAT............................................................................................................. 27 2 5.00 5.00 - 1.50 1.00 - 0.50 1.00 - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................TGGAAGGATGTTCTGAGTAGACGATGG........................................................................................................... 27 2 4.50 4.50 0.50 0.50 0.50 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - 0.50 0.50 - - - 0.50 - - -
...........................................................................................................................................................................CGAGAGGGTCTGTTTGTttca.......................................................... 21 ttca 3.00 0.00 - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGTGGGTTCTGGAGCGATTGACGAGG........ 26 3 2.33 2.33 0.33 0.33 1.00 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - -
.......................................................TGATTTGACTACTGTGGAATGGTTTG......................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AATGATTTGACTACTGTGGAATGGTTT.......................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................AAGATAAAAATGATTTGACTACTGTGG.................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................CTGTGTTGGTCTGGGCGAGAGGGTCTGTTTGTGaa........................................................... 35 aa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................AAAAATGATTTGACTACTGTGGAATGGT............................................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TGAGTAGACGATGGCATGGGCCCAATCC............................................................................................. 28 2 1.50 1.50 - - - - - 0.50 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................TGGAAGGATGTTCTGAGTAGACGAT............................................................................................................. 25 2 1.50 1.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TGTGGAAGGATGTTCTGAGTAGACG............................................................................................................... 25 2 1.50 1.50 1.00 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TGTGGAAGGATGTTCTGAGTAGACGAa............................................................................................................. 27 a 1.50 10.00 - - - - - - - - - - 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................TCCTGTGTTGGTCTGGGCGAGAGGGT...................................................................... 26 12 1.42 1.42 0.08 0.25 0.33 - 0.25 0.08 - - - - 0.08 - - 0.25 - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGATTTGACTACTGTGGAATGGTTTtc........................................................................................................................................................................ 27 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TCTGGAGCGATTGACGAGGGTAGTTCt 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................TTGTGTGTTTCCACAGGATCATCTCCAG...................................... 28 2 1.00 1.00 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TAAAGATAAAAATGATTTGACTACTG..................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TGACTACTGTGGAATGGTTTGCCAATCCC................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TTTGACTACTGTGGAATGGTTTGCCA...................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AATGATTTGACTACTGTGGAATGGTTTG......................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TGTGGAAGGATGTTCTGAGTAGACGt.............................................................................................................. 26 t 1.00 1.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................CGAGAGGGTCTGTTTGTGTGTTa........................................................ 23 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................AAGGATGTTCTGAGTAGACGATGGCAT........................................................................................................ 27 2 1.00 1.00 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................AGAGGGTCTGTTTGTGTGTTTCCACAt.................................................. 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................TGGAAGGATGTTCTGAGTAGACGATGGCA......................................................................................................... 29 2 1.00 1.00 - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................TACAAAGGCACAGTCATGTGGAAcca.............................................................................................................................. 26 cca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................GATTTGACTACTGTGGAATGGTTTG......................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................CAGGATCATCTCCAGCCG................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................AAGATAAAAATGATTTGACTACTGTGGAA................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TGTGTTGGTCTGGGCGAGAGGGcct.................................................................... 25 cct 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................GAGGGTCTGTTTGTGTGTTTCCAaaa.................................................. 26 aaa 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................GAAGGATGTTCTGAGTAGACGATGGa.......................................................................................................... 26 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGTTCTGAGTAGACGATGGCATGtgcc................................................................................................... 27 tgcc 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................AAAATGATTTGACTACTGTGGAATG.............................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TAAAAATGATTTGACTACTGTGGAATGGT............................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TCTGGAGCGATTGACGAGGGTAGTTt. 26 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGATTTGACTACTGTGGAATGGTTTGCC....................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................AGATAAAAATGATTTGACTACTGTGG.................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................GATAAAAATGATTTGACTACTGTGGAA................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TACTGTGGAATGGTTTGCCAATCC.................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TGTGGAATGGTTTGCCAATCCCGAGGCA........................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................AAGATAAAAATGATTTGACTACTGTGGA................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................TCCTGTGTTGGTCTGGGCGAGAGGG....................................................................... 25 12 0.67 0.67 - - - - 0.17 - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - 0.08 - 0.08 0.08 - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGTGGGTTCTGGAGCGATTGACGAG......... 25 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - -
.................................................................................................................................TGAGTAGACGATGGCATGGGCCCAATC.............................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................TGGAAGGATGTTCTGAGTAGACGATGa........................................................................................................... 27 a 0.50 11.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TGAGTAGACGATGGCATGGGCCCAATCCT............................................................................................ 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................ATGTTCTGAGTAGACGATGGCATGGGC.................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................AGGATGTTCTGAGTAGACGATGGCATG....................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................GAAGGATGTTCTGAGTAGACGATGGC.......................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
...............................................................................................................TCATGTGGAAGGATGTTCTGAGTAG.................................................................................................................. 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................AAGGATGTTCTGAGTAGACGATGGCA......................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................AAGGATGTTCTGAGTAGACGAT............................................................................................................. 22 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TGTGGAAGGATGTTCTGAGTAGAC................................................................................................................ 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - -
............................................................................................................................TGTTCTGAGTAGACGATGGCATGGGCC................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................AGGATGTTCTGAGTAGACGATGGCAT........................................................................................................ 26 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................GGATGTTCTGAGTAGACGATGGCAT........................................................................................................ 25 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TTCCACAGGATCATCTCCAGC..................................... 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................GAAGGATGTTCTGAGTAGACGATG............................................................................................................ 24 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................TGGAAGGATGTTCTGAGTAGA................................................................................................................. 21 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TCATGTGGAAGGATGTTCTGAGTAGACGA.............................................................................................................. 29 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TGAGTAGACGATGGCATGGGCCCAAT............................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................TTGTGTGTTTCCACAGGATCATCTCCAGC..................................... 29 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................GATGTTCTGAGTAGACGATGGCATG....................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................CAATCCTGTGTTGGTCTGGGCGAGAGGG....................................................................... 28 3 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGGAGCGATTGACGAGGGTAGTTCA 25 3 0.33 0.33 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TGTGTTGGTCTGGGCGAGAGGGT...................................................................... 23 12 0.33 0.33 - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGTGGGTTCTGGAGCGATTGACGAGGt....... 27 t 0.33 2.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGTGGGTTCTGGAGCGATTGACGAGGGT...... 28 3 0.33 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TGGGTTCTGGAGCGATTGACGAGGGTA..... 27 3 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................TACAAAGGCACAGTCATGTGGAAGGATG............................................................................................................................ 28 16 0.25 0.25 0.06 - - - - - - - - 0.12 - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TGTGTTGGTCTGGGCGAGAGGGTCT.................................................................... 25 12 0.25 0.25 - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TCTGGGCGAGAGGGTCTGTTTGTGT............................................................ 25 14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................GGCACAGTCATGTGGAAGGATGTTCT........................................................................................................................ 26 15 0.13 0.13 - - 0.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................TACAAAGGCACAGTCATGTGGAAGGATGT........................................................................................................................... 29 16 0.12 0.12 - - 0.06 - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TGTGTTGGTCTGGGCGAGAGGGTCTG................................................................... 26 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................TCCTGTGTTGGTCTGGGCGAGAGGGgg..................................................................... 27 gg 0.08 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TGTGTTGGTCTGGGCGAGAGGGTa..................................................................... 24 a 0.08 0.33 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................TCCTGTGTTGGTCTGGGCGAGAGG........................................................................ 24 12 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................TCCTGTGTTGGTCTGGGCGAGAGGGTC..................................................................... 27 12 0.08 0.08 - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................CCTGTGTTGGTCTGGGCGAGAGGGT...................................................................... 25 12 0.08 0.08 - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................ATCCTGTGTTGGTCTGGGCGAGAGG........................................................................ 25 12 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................ACAGTCATGTGGAAGGATGTTCTG....................................................................................................................... 24 13 0.08 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................GGCACAGTCATGTGGAAGGATGTTC......................................................................................................................... 25 15 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTGGTCTGGGCGAGAGGGTC..................................................................... 20 15 0.07 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................TACAAAGGCACAGTCATGTGGAAGGA.............................................................................................................................. 26 18 0.06 0.06 - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TACCTTGAATTTTTTGAATAAAGATA....................................................................................................................................................................................................... 26 19 0.05 0.05 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GGGAGAGATTAGCCATTGCTCTCTTTACCTTGAATTTTTTGAATAAAGATAAAAATGATTTGACTACTGTGGAATGGTTTGCCAATCCCGAGGCATCCTACAAAGGCACAGTCATGTGGAAGGATGTTCTGAGTAGACGATGGCATGGGCCCAATCCTGTGTTGGTCTGGGCGAGAGGGTCTGTTTGTGTGTTTCCACAGGATCATCTCCAGCCGCTGTGGGTTCTGGAGCGATTGACGAGGGTAGTTCA
......................................................(((..(((.((((...(((.(((....))).)))((..(((((((.((..(((...)))...))..)))))))..)).)))).)))...)))........................................................................................................
..................................................51.............................................................................................146......................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
...................................................................................................................................................................TGGGCGAGAGGGTCTGTTTGTGTGcgta........................................................... 28 cgta 2.00 0.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................GCGAGAGGGTCTGTTTGTGTGTTTCCACAt................................................... 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................GGTCTGTTTGTGTGTTTCCACAGGAaa................................................ 27 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................GAGGCATCCTACAAAGGCACAGcg........................................................................................................................................... 24 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...................CTCTTTACCTTGAATTTTTTGAATAAAGAc......................................................................................................................................................................................................... 30 c 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................CGAGAGGGTCTGTTTGTGTGTTTCCACAac................................................... 30 ac 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGGGCGAGAGGGTCTGTTTGTGcctc............................................................. 26 cctc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................GGGCGAGAGGGTCTGTTTGTGTGTTTCCAttt..................................................... 32 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................GAGGGTCTGTTTGTGTGTTTCCACAGGAa................................................ 29 a 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGGGCGAGAGGGTCTGTTTGTGTGcctc........................................................... 28 cctc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGGGCGAGAGGGTCTGTTTGTGTGTcgta.......................................................... 29 cgta 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................GGGCGAGAGGGTCTGTTTGTGTGTTcc......................................................... 27 cc 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................CGAGAGGGTCTGTTTGTGTGTTTCCACAa................................................... 29 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TCTGAGTAGACGATGGCA......................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................GTTTGTGTGTTTCCACAGGATCATCTCCA....................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................GCATCCTACAAAGGCACAGTCATGTGGA.................................................................................................................................. 28 13 0.23 0.23 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TGGTTTGCCAATCCCGAGGCATCCTACAA................................................................................................................................................... 29 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................GGCATCCTACAAAGGCACAGTCATGTGGAA................................................................................................................................. 30 13 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 -
............................................................................................GCATCCTACAAAGGCACAGTCATGTGGAA................................................................................................................................. 29 13 0.08 0.08 - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................CCGAGGCATCCTACAAAGGCACAGTCA........................................................................................................................................ 27 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................GTTTGCCAATCCCGAGGCATCCTACA.................................................................................................................................................... 26 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................CCCGAGGCATCCTACAAAGGCACAGT.......................................................................................................................................... 26 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................GGTCTGTTTGTGTGTTTCCACAGGATCATC........................................... 30 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GCTCTCTTTACCTTGAATTTTTTGAATA............................................................................................................................................................................................................. 28 17 0.06 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......GATTAGCCATTGCTCTCTTTACCTTGAAT....................................................................................................................................................................................................................... 29 17 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06
.................GCTCTCTTTACCTTGAATTTTTTGAA............................................................................................................................................................................................................... 26 18 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -