chr8:75094765 75094952 -
(1)
OTHER.ip 		(10)
OTHER.mut 		(2)
OVARY 		(9)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(48)
TESTES

Sense strand
TTGACGGACGCCTTGGGTGTAAGGATGATCGGAGACATACTGCTGTTCGGGTAATATGAATGAGGGGTGTTAGAGGTCGGAGAGTGGCAGTCAGAGGGGTGGGGGTGACCCTTACTGACCGTTACTGTCCCTCCGCAGGACGCTACTGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCAACTTTAAACTGTGAGTAG


 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
...............................................................................................................................................TACTGATGAACGCCGGGGCTGTGCTC................... 26 1 28.00 28.00 5.00 10.00 2.00 - - 4.00 1.00 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAGGATGATCGGAGACATACTGCTG............................................................................................................................................... 26 1 17.00 17.00 2.00 2.00 - 2.00 3.00 - - - - - - - 2.00 4.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCAAC................ 26 1 15.00 15.00 1.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 3.00 2.00 - - 1.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TGATCGGAGACATACTGCTGTTCGGGa........................................................................................................................................ 27 a 14.00 4.00 - - - 5.00 5.00 - - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAGGATGATCGGAGACATACTGCTGT.............................................................................................................................................. 27 1 12.00 12.00 2.00 1.00 1.00 1.00 - 4.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
...................TAAGGATGATCGGAGACATACTGCTGTT............................................................................................................................................. 28 1 7.00 7.00 4.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TGGGTGTAAGGATGATCGGAGACATA..................................................................................................................................................... 26 1 7.00 7.00 - - 1.00 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................TCGGGTAATATGAATGAGGGG......................................................................................................................... 21 1 6.00 6.00 - - - - - - - - - - - 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TGATCGGAGACATACTGCTGTTCGGGac....................................................................................................................................... 28 ac 6.00 4.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TACTGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCA.................. 27 1 6.00 6.00 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.....................AGGATGATCGGAGACATA..................................................................................................................................................... 18 1 5.00 5.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
............................TCGGAGACATACTGCTGTTCGGGacgc..................................................................................................................................... 27 acgc 4.00 0.00 - - - - - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................TGAATGAGGGGTGTTAGAGGTCGGA........................................................................................................... 25 1 4.00 4.00 - - - 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TGATCGGAGACATACTGCTGTTCGGG......................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCAACTT.............. 28 1 4.00 4.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGTAAGGATGATCGGAGACATACTGCT................................................................................................................................................ 27 1 4.00 4.00 - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCA.................. 24 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TGATCGGAGACATACTGCTGTTCGGGacgc..................................................................................................................................... 30 acgc 4.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................TATGAATGAGGGGTGTTAGAGGTCGGAa.......................................................................................................... 28 a 3.00 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGTAAGGATGATCGGAGACATACTGCTG............................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGTAAGGATGATCGGAGACATACTGC................................................................................................................................................. 26 1 3.00 3.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AAGGATGATCGGAGACATACTGCTG............................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TCGGAGACATACTGCTGTTCGGGacg...................................................................................................................................... 26 acg 3.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TCGGAGACATACTGCTGTTCGGGac....................................................................................................................................... 25 ac 3.00 0.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAGGATGATCGGAGACATACTGCT................................................................................................................................................ 25 1 3.00 3.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCAA................. 25 1 3.00 3.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TTACTGACCGTTACTGTCCCTCCGCAGGACGC............................................. 32 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TACTGATGAACGCCGGGGCTG........................ 21 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GATGAACGCCGGGGCTGTGCTC................... 22 1 3.00 3.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................ATGATCGGAGACATACTG.................................................................................................................................................. 18 2 2.50 2.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 0.50
.....................................................................................................................ACCGTTACTGTCCCTCCGCAGt................................................. 22 t 2.00 0.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............GGTGTAAGGATGATCGGAGACATA..................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.....................AGGATGATCGGAGACATACTG.................................................................................................................................................. 21 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TGCTGTTCGGGTAATATGAATGAGG........................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TGGGTGTAAGGATGATCGGAGACA....................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
...................TAAGGATGATCGGAGACATAC.................................................................................................................................................... 21 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GGATGATCGGAGACATACTGCTGTTCGG.......................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TACTGATGAACGCCGGGGCTGTactc................... 26 actc 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................CTACTGATGAACGCCGGGGCTGTGCTC................... 27 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................AGGACGCTACTGATGAACG................................. 19 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TGAGGGGTGTTAGAGGTCGGAGAGTG...................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AAGGATGATCGGAGACATACTGCTGT.............................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
......................GGATGATCGGAGACATACTGCTGTT............................................................................................................................................. 25 2 2.00 2.00 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCAACT............... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCAAt................ 26 t 2.00 3.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................ACGCTACTGATGAACGCCGGGGCTGT....................... 26 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GGATGATCGGAGACATACTGCTGTTCG........................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............GGGTGTAAGGATGATCGGAGACATA..................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGAACGCCGGGGCTGTGCTCAACTTT............. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GATGATCGGAGACATACTGCTGTTCG........................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TACTGATGAACGCCGGGGCTGTGCT.................... 25 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCAACTTTAAAC......... 33 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................AGGTCGGAGAGTGGCAGTCAGA............................................................................................. 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAGGATGATCGGAGACATACTGCTGTTC............................................................................................................................................ 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................ACATACTGCTGTTCGGGa........................................................................................................................................ 18 a 2.00 0.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GGATGATCGGAGACATACTGCTGTTC............................................................................................................................................ 26 2 1.50 1.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - -
...........................ATCGGAGACATACTGCTGTTCGGG......................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................CTGACCGTTACTGTCCCTCCGCAGGACGCTA........................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAGGATGATCGGAGACATACTGCTGa.............................................................................................................................................. 27 a 1.00 17.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGGATGATCGGAGACATACTGCTGTTCGGGacg...................................................................................................................................... 33 acg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAATATGAATGAGGGGTGTTAGAGGTC.............................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GTAAGGATGATCGGAGACATA..................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TGGGTGTAAGGATGATCGGAGACATACTGC................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TGACCGTTACTGTCCCTCCGCAG.................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
....................AAGGATGATCGGAGACATACTGCTGTTCGGGacg...................................................................................................................................... 34 acg 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TGATCGGAGACATACTGCTGTTCGGGacg...................................................................................................................................... 29 acg 1.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............GGTGTAAGGATGATCGGAGACATACTGC................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TACTGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCca................. 28 ca 1.00 28.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TGGGTGTAAGGATGATCGGAGACATAC.................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAGGATGATCGGAGACATACTGCTaa.............................................................................................................................................. 27 aa 1.00 3.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TACTGATGAACGCCGGGGCTGTG...................... 23 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCccc................ 26 ccc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................GTTCGGGTAATATGAATGAGGGGTG....................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TGATCGGAGACATACTGCTGTTCGGGT........................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................CTACTGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCAACTT.............. 32 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......ACGCCTTGGGTGTAAGGATGATCGGAGACATACT................................................................................................................................................... 34 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TGAGGGGTGTTAGAGGTCGGAGAGTGG..................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................ACTGATGAACGCCGGGGCTGTGCT.................... 24 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TACTGATGAACGCCGGGGCTGTGCTa................... 26 a 1.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................ACTGACCGTTACTGTCCCTCCGCAGGACGC............................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GATGATCGGAGACATACTGCTGTTCGG.......................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TCGGAGAGTGGCAGTCAGA............................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........GCCTTGGGTGTAAGGATGA................................................................................................................................................................ 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TGACCGTTACTGTCCCTCCGt.................................................... 21 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........CTTGGGTGTAAGGATGATCGGAGAC........................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
...............................................................................................................................................TACTGATGAACGCCGGGGCTGTGC..................... 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................ACTGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCA.................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............GGGTGTAAGGATGATCGGAGACA....................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.........GCCTTGGGTGTAAGGATGATCGGAGACATACT................................................................................................................................................... 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................ATCGGAGACATACTGCTGTTCGGGac....................................................................................................................................... 26 ac 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......ACGCCTTGGGTGTAAGGATGATCGGAGACAT...................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TACTGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCAACT............... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TACTGATGAACGCCGGGGCTGTGatt................... 26 att 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................CAGGACGCTACTGATGAACGCCGGGG........................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCAAa................ 26 a 1.00 3.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................AATGAGGGGTGTTAGA.................................................................................................................. 16 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TACTGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCAAC................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TGGGTGTAAGGATGATCGGAGACAT...................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................GTGTAAGGATGATCGGAGACATA..................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TTGGGTGTAAGGATGATCGGAG.......................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................ATGAATGAGGGGTGTTAGAGGTCGG............................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GATGATCGGAGACATACTGCTGa.............................................................................................................................................. 23 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................GTGTAAGGATGATCGGAGACATACTGC................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TTGGGTGTAAGGATGATCGGAat......................................................................................................................................................... 23 at 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................GACGCTACTGATGAACGCCGGGGCT......................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TTACTGACCGTTACTGTCCCTCCG..................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TGACCGTTACTGTCCCTCCGCAGGACGCT............................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAGGATGATCGGAGACATACTGCTGTTCGG.......................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGAACGCCGGGGCTGTGCTCAACTT.............. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TGGGTGTAAGGATGATCGGAG.......................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGTAAGGATGATCGGAGACATACTGCTGT.............................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...............................................................................................................................................TACTGATGAACGCCGGGGCTGTGttc................... 26 ttc 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGTAAGGATGATCGGAGACATACTGCTGTTt............................................................................................................................................ 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GATGAACGCCGGGGCTGTGC..................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCcac................ 26 cac 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AAGGATGATCGGAGACATACTGCTGTTCGG.......................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................TATGAATGAGGGGTGTTAGAGGTCGGA........................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAATATGAATGAGGGGTGTTAGA.................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................GTGTAAGGATGATCGGAGACATAC.................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................AACGCCGGGGCTGTGCTCAACTTTAAACTG....... 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TTGGGTGTAAGGATGATCGGAGA......................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGTCCCTCCGCAGGACGCTACTGATGt.................................... 27 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GACGGACGCCTTGGGTGTAAGGATGA................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGGATGATCGGAGACATACTGC................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................CCTTACTGACCGTTACTGTCCCTCCGCAG.................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................TATGAATGAGGGGTGTTAGAGGTCGG............................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GTAAGGATGATCGGAGACATACTGCTG............................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................ATCGGAGACATACTGCTGTTCGG.......................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGGATGATCGGAGAaata..................................................................................................................................................... 18 aata 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CGGAGACATACTGCTGTTCGGGacgc..................................................................................................................................... 26 acgc 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TAGAGGTCGGAGAGTGGCAGTCAGA............................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CGGAGACATACTGCTGTTCGGGa........................................................................................................................................ 23 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGAACGCCGGGGCTGTGC..................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAGGATGATCGGAGACATACTGC................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TGATCGGAGACATACTGCTGTTCGG.......................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGTAAGGATGATCGGAGACATACTGCTt............................................................................................................................................... 28 t 1.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TACTGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCAACTT.............. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GGATGATCGGAGACATACTGCT................................................................................................................................................ 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GATGATCGGAGACATACTGCTGTT............................................................................................................................................. 24 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GATGATCGGAGACATACTGCTGTTC............................................................................................................................................ 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GGATGATCGGAGACATACTGC................................................................................................................................................. 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TCGGAGACATACTGCTGTTC............................................................................................................................................ 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GATGATCGGAGACATACTGCTGT.............................................................................................................................................. 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................ATCGGAGACATACTGCTG............................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TTGACGGACGCCTTGGGTGTAAGGATGATCGGAGACATACTGCTGTTCGGGTAATATGAATGAGGGGTGTTAGAGGTCGGAGAGTGGCAGTCAGAGGGGTGGGGGTGACCCTTACTGACCGTTACTGTCCCTCCGCAGGACGCTACTGATGAACGCCGGGGCTGTGCTCAACTTTAAACTGTGAGTAG


 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
.................................................................................................GGTGGGGGTGACCCTTACTGACCGTT................................................................. 26 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................GAGACATACTGCTGTTCGGGTAATA.................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGGGGTGACCCTTACTGACCGTTACTGT............................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................CGCCGGGGCTGTGCTCAACTTTAAACTG....... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................GCCGGGGCTGTGCTCAACTTTAA........... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................ACTGCTGTTCGGGTAATA.................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................CCTTACTGACCGTTACTGTCCCTCCGCA................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................GATCGGAGACATACTGCTGTTCGGGTAA...................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -