(1)
OTHER.ip
(11)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(43)
TESTES

Sense strand
GCAAAGAAAAGGAAGAGAATACTATTATCCAATGCATACAGAAACTGAAGGTATGTGCCACAATTTTCCACAGAGGAAAGGAAAATGGCTCAGTGGGTAACATCCTTGTCTCCACGAGCATGGTAACCTGAGTTAGGATCTCTATGTAAAAAGGATGGAAGCACATGGCTGCTGTCTAAGAACTGGGGAGGTGCTGCTGCTGATGGGTGGTAGGGCTGGACAGAATCTGTGGGGTTTGCTGTCCAGCCCG
............................................................................................................((((((...((((((...((((...))))....)))))).....((((((.(((.....))).))))))......)))))).............................................................
.....................................................................................................102..........................................................................................195.....................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
.....................................................................................................................................................................TGGCTGCTGTCTAAGAACTGGGGAGG........................................................... 26 2 30.00 30.00 24.50 1.50 1.50 - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TACTATTATCCAATGCATACAGAAACTGAA......................................................................................................................................................................................................... 30 2 8.50 8.50 - - - 2.00 0.50 - - 4.00 - - - - - - - - - - - 0.50 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TAAGAACTGGGGAGGTGCTGCTGCTG................................................ 26 2 7.00 7.00 - 1.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - 0.50 - 3.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGGCTGCTGTCTAAGAACTGGGGA............................................................. 24 2 6.50 6.50 1.00 2.00 - - 0.50 0.50 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TAAGAACTGGGGAGGTGCTGCTGC.................................................. 24 2 6.50 6.50 - 5.00 0.50 - 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGGCTGCTGTCTAAGAACTGGGG.............................................................. 23 2 6.00 6.00 4.50 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGCTGTCTAAGAACTGGGGAGGTGC........................................................ 25 2 4.50 4.50 - - - - 1.50 2.00 - - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TGTCTAAGAACTGGGGAGGTGCTGC..................................................... 25 2 3.50 3.50 - - - - - 1.50 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TGCTGATGGGTGGTAGGGCTGGAC............................. 24 2 3.00 3.00 - - - - - - 0.50 - 2.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TACTATTATCCAATGCATACAGAAACTGA.......................................................................................................................................................................................................... 29 2 3.00 3.00 - - - 2.00 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - -
................................................................................................................................................................................TAAGAACTGGGGAGGTGCTGCTGCTGA............................................... 27 2 3.00 3.00 - 2.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGGCTGCTGTCTAAGAACTGGGGAG............................................................ 25 2 2.50 2.50 - - - - 0.50 - 0.50 - 1.00 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TAAGAACTGGGGAGGTGCTGCTGCT................................................. 25 2 2.50 2.50 - 1.00 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
......................TATTATCCAATGCATACAGAAACTGAAGctt..................................................................................................................................................................................................... 31 ctt 2.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TACTATTATCCAATGCATACAGAAACTGAAa........................................................................................................................................................................................................ 31 a 2.00 8.50 - - - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................TGTCTCCACGAGCATGGTAACCTGAGT..................................................................................................................... 27 2 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................TGTCTCCACGAGCATGGTAACCTGAGTTA................................................................................................................... 29 2 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGGCTGCTGTCTAAGAACTGGGGAGGTG......................................................... 28 2 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................TGTCTCCACGAGCATGGTAACCTGA....................................................................................................................... 25 2 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGTAAAAAGGATGGAAGCACATGGC................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGGCTGCTGTCTAAGAACTGGG............................................................... 22 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGGCTGCTGTCTAAGAACTGGGGAGGT.......................................................... 27 2 1.50 1.50 - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TGATGGGTGGTAGGGCTGGACAGAATC....................... 27 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGCTGTCTAAGAACTGGGGAGGTG......................................................... 24 2 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........AAGGAAGAGAATACTATTATCCAATGCAT..................................................................................................................................................................................................................... 29 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGGCTGCTGTCTAAGAACTGGGGAGt........................................................... 26 t 1.00 2.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TAAGAACTGGGGAGGTGCTGCTG................................................... 23 2 1.00 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................AATACTATTATCCAATGCATACAGAAACTGA.......................................................................................................................................................................................................... 31 2 1.00 1.00 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TCCAATGCATACAGAAACTGAAGGTA..................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TCTGTGGGGTTTGCTGTCCAGC... 22 2 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TACAGAAACTGAAGGTATGTGCCAC............................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................TGCTGCTGATGGGTGGTAGGGCTGa............................... 25 a 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TAAGAACTGGGGAGGTGCTGCcgct................................................. 25 cgct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TTATCCAATGCATACAGAAACTGAAGGc...................................................................................................................................................................................................... 28 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TCCACAGAGGAAAGGAAAATGGCTCAGTGt.......................................................................................................................................................... 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGTAAAAAGGATGGAAGCACATGG.................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGTAAAAAGGATGGAAGCACATGGCT................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TCCACAGAGGAAAGGAAAATGGCTCA.............................................................................................................................................................. 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TCTAAGAACTGGGGAGGTGCTGCTGC.................................................. 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TGTCTAAGAACTGGGGAGGTGCTGCT.................................................... 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGCTGTCTAAGAACTGGGGAGGTGCTtt..................................................... 28 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGCTGTCTAAGAACTGGGGAGGcgc........................................................ 25 cgc 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TACTATTATCCAATGCATACAGAAACTtaa......................................................................................................................................................................................................... 30 taa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TGAGTTAGGATCTCTATGTAAAAAGGATGGt........................................................................................... 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TGTCTAAGAACTGGGGAGGTGCTG...................................................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TACTATTATCCAATGCATACAGAAACTGAAG........................................................................................................................................................................................................ 31 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TTTCCACAGAGGAAAGGAAAATGGCTC............................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TAAGAACTGGGGAGGTGCTGCTGCTGAT.............................................. 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................AGAATCTGTGGGGTTTGCTGTCCA..... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TCTCCACGAGCATGGTAACCTGAGTT.................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................TCCACGAGCATGGTAACCTGAGTTAGGATC.............................................................................................................. 30 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................TGTCTCCACGAGCATGGTAACCTGAGTTAG.................................................................................................................. 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TATCCAATGCATACAGAAA.............................................................................................................................................................................................................. 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGTAGGGCTGGACAGAATCTGTGGGG................ 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TCTGTGGGGTTTGCTGTCCAGCtcga 26 tcga 0.50 1.00 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................CAGAGGAAAGGAAAATGGCTCAGTGG.......................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GAAAAGGAAGAGAATACTATTATCCAATG........................................................................................................................................................................................................................ 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TGTCTAAGAACTGGGGAGGTGCTGt..................................................... 25 t 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TAAGAACTGGGGAGGTGCTGCTGCTGt............................................... 27 t 0.50 7.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......AAAAGGAAGAGAATACTATTATCCAATGC....................................................................................................................................................................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TGCTGATGGGTGGTAGGGCTGG............................... 22 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................ACTATTATCCAATGCATACAGA................................................................................................................................................................................................................ 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................GGAAAGGAAAATGGCTCAGTGGGTA....................................................................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............GAGAATACTATTATCCAATGCATACAGAAAC............................................................................................................................................................................................................. 31 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGCCACAATTTTCCACAGAGGAAAGGAA....................................................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TAAGAACTGGGGAGGTGCTGCTGCTGATt............................................. 29 t 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................TGCTGCTGATGGGTGGTAGGGCTGG............................... 25 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGGCTGCTGTCTAAGAACTGGGGAGttgc........................................................ 29 ttgc 0.50 2.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - -
................................................................TTTCCACAGAGGAAAGGAAAATGGCTCAGTG........................................................................................................................................................... 31 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TAAGAACTGGGGAGGTGCTGCTGa.................................................. 24 a 0.50 1.00 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......AAAGGAAGAGAATACTATTA............................................................................................................................................................................................................................... 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGGCTGCTGTCTAAGAACTGGGGAGGcg......................................................... 28 cg 0.50 30.00 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TGTCTAAGAACTGGGGAGGTGCTGCTG................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TGCTGATGGGTGGTAGGGCTGGACA............................ 25 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGCTGTCTAAGAACTGGGGAGGTGa........................................................ 25 a 0.50 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TAGGGCTGGACAGAATCTGTGGGG................ 24 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TTCCACAGAGGAAAGGAAAATGGCTCA.............................................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................GATGGGTGGTAGGGCTGGACAGAATC....................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................TTGTCTCCACGAGCATGGTAACCTG........................................................................................................................ 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................TCCACGAGCATGGTAACCTGAGTT.................................................................................................................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - -
......................TATTATCCAATGCATACAGAAACTGA.......................................................................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TTTTCCACAGAGGAAAGGAAAATGGCTCAGT............................................................................................................................................................ 31 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - -
...........................................................................GAAAGGAAAATGGCTCAGTGGGTAACA.................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TCCACAGAGGAAAGGAAAATGGCTC............................................................................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGGCTGCTGTCTAAGAACTGGGGAGGa.......................................................... 27 a 0.50 30.00 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................CTGCTGTCTAAGAACTGGGGAGGTGC........................................................ 26 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TCTCCACGAGCATGGTAACCTGAGTTAGGATC.............................................................................................................. 32 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TTTTCCACAGAGGAAAGGAAAATGGCTC............................................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
.................................................................TTCCACAGAGGAAAGGAAAATGGCTC............................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TTATCCAATGCATACAGAAAC............................................................................................................................................................................................................. 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - -
...................TACTATTATCCAATGCATACAGAAACTG........................................................................................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - -
....................................................................................................................................................................................AACTGGGGAGGTGCTGCTGCTGATG............................................. 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 -
...................................................................................................................................................................CATGGCTGCTGTCTAAGAACTGGGGA............................................................. 26 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CAATGCATACAGAAACTGAA......................................................................................................................................................................................................... 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TCTGTGGGGTTTGCTGTC....... 18 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33

Antisense strand
GCAAAGAAAAGGAAGAGAATACTATTATCCAATGCATACAGAAACTGAAGGTATGTGCCACAATTTTCCACAGAGGAAAGGAAAATGGCTCAGTGGGTAACATCCTTGTCTCCACGAGCATGGTAACCTGAGTTAGGATCTCTATGTAAAAAGGATGGAAGCACATGGCTGCTGTCTAAGAACTGGGGAGGTGCTGCTGCTGATGGGTGGTAGGGCTGGACAGAATCTGTGGGGTTTGCTGTCCAGCCCG
............................................................................................................((((((...((((((...((((...))))....)))))).....((((((.(((.....))).))))))......)))))).............................................................
.....................................................................................................102..........................................................................................195.....................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
.............AGAGAATACTATTATCCAATGCATACAGA................................................................................................................................................................................................................ 29 2 1.50 1.50 - - - - - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TATGTGCCACAATTTTCCACAGAGGgt.............................................................................................................................................................................. 27 gt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TATGTGCCACAATTTTCCACAGAGGA............................................................................................................................................................................. 26 2 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................ACATCCTTGTCTCCACGAGCATGGTA............................................................................................................................. 26 2 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................GGGGAGGTGCTGCTGCTGATGGGTGGTA...................................... 28 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................CTCAGTGGGTAACATCCTTGTCTCCA........................................................................................................................................ 26 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................GGAAAATGGCTCAGTGGGTAACATCCTT............................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......AAAAGGAAGAGAATACTATTATCCAATG........................................................................................................................................................................................................................ 28 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TGGGTAACATCCTTGTCTCCACGAGCA.................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......AAAGGAAGAGAATACTATTATCCAATGCA...................................................................................................................................................................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TATGTGCCACAATTTTCCACAGAGGAAA........................................................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................CTCCACGAGCATGGTAACCTGAGTTA................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............AAGAGAATACTATTATCCAATGCATACAGA................................................................................................................................................................................................................ 30 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................CAGTGGGTAACATCCTTGTCTCCACGAGCA.................................................................................................................................. 30 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........GAAGAGAATACTATTATCCAATGCATACAGA................................................................................................................................................................................................................ 31 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -