| Gene: Ssbp4 | ID: uc009may.1_intron_14_0_chr8_73126546_r.3p | SPECIES: mm9 |
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(6) OTHER.mut |
(1) OVARY |
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(3) PIWI.mut |
(28) TESTES |
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Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | mjTestesWT3() Testes Data. (testes) | mjTestesWT2() Testes Data. (testes) | SRR014231(GSM319955) 16.5 dpc total. (testes) | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) | SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes) | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) | SRR014230(GSM319954) 10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) | mjTestesWT4() Testes Data. (testes) | SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | mjTestesKO8() Testes Data. (Zcchc11 testes) | mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes) | GSM509278(GSM509278) small RNA cloning by length. (piwi testes) | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) | SRR014229(GSM319953) 10 dpp MILI. (mili testes) | GSM509275(GSM509275) MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) | mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR028731(GSM400968) Mili-wt-associated. (testes) | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes) | GSM475280(GSM475280) Mili-IP. (mili testes) | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | SRR014234(GSM319958) Ovary total. (ovary) | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | mjTestesKO5() Testes Data. (Zcchc11 testes) | GSM509279(GSM509279) MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) |
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| ...................................................................TATGGGGCAGTGATGGAGCTTTGTGG............................................................................................................................................................. | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| .......................................................................................................................TGACCACATGACCAAGTTGGGCCAGGC........................................................................................................ | 27 | 1 | 2.00 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| ..............................................................................GATGGAGCTTTGTGGCTAGATGGAGGA................................................................................................................................................. | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .........................TGAAGAAACTGTTTTCTGTGCTTGGTG...................................................................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - |
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| ..........................GAAGAAACTGTTTTCTGTGCTTGGT....................................................................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| ...............................................................................................AGATGGAGGATTGTCTGGGGAACCTGA................................................................................................................................ | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ....................................................................................................................................................................................................GTAGGCTCGCGCTGTATGTATATGAG............................ | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................................................................................................TGGAGGATTGTCTGGGGAACCTGACCACA........................................................................................................................... | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .................................................................................GGAGCTTTGTGGCTAGATGGAGGA................................................................................................................................................. | 24 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..........................................................................................................................................................................................................................TGAGTATCTACTGCATGTGGGGGCcc...... | 26 | cc | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - |
| ....................TGAGTTGAAGAAACTGTTTTCTGTGCT........................................................................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..........................................................................................TGGCTAGATGGAGGATTGTCTGG......................................................................................................................................... | 23 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...............................................................................................AGATGGAGGATTGTCTGGGGAAC.................................................................................................................................... | 23 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...............................................................................................................GGGGAACCTGACCACATGACCAAGTTGGG.............................................................................................................. | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................................................................TGATGGAGCTTTGTGGCTAGATGGA.................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................................................................................TGGAGCTTTGTGGCTAGATGGAGGATaa.............................................................................................................................................. | 28 | aa | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................................................................GTATGGGGCAGTGATGGAGCTTTGTGGC............................................................................................................................................................ | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ....................................................................................................................................................................................................................TGTATATGAGTATCTACTGCATGTG............. | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................TGGGGCAGTGATGGAGCTTTGcggc............................................................................................................................................................ | 25 | cggc | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..............................................................................GATGGAGCTTTGTGGCTAGATGGAGG.................................................................................................................................................. | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...................ATGAGTTGAAGAAACTGTTTTCTGTG............................................................................................................................................................................................................. | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| GGCTGCCATCGATCAATCAATGAGTTGAAGAAACTGTTTTCTGTGCTTGGTGGAGCCGAGGGTCTAGTATGGGGCAGTGATGGAGCTTTGTGGCTAGATGGAGGATTGTCTGGGGAACCTGACCACATGACCAAGTTGGGCCAGGCTTCAGGTGCCCGTGTGCTCAACAGCCTGAACCTGTGTTACCGCCCTGCCTGTAGGCTCGCGCTGTATGTATATGAGTATCTACTGCATGTGGGGGCACAGAAGT .......................................................((....((((((((..((((.........))))..)).))))))...)).................................................................................................................................................. ..................................................51........................................................109........................................................................................................................................... |
Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | mjTestesWT3() Testes Data. (testes) | mjTestesWT2() Testes Data. (testes) | SRR014231(GSM319955) 16.5 dpc total. (testes) | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) | SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes) | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) | SRR014230(GSM319954) 10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) | mjTestesWT4() Testes Data. (testes) | SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | mjTestesKO8() Testes Data. (Zcchc11 testes) | mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes) | GSM509278(GSM509278) small RNA cloning by length. (piwi testes) | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) | SRR014229(GSM319953) 10 dpp MILI. (mili testes) | GSM509275(GSM509275) MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) | mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR028731(GSM400968) Mili-wt-associated. (testes) | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes) | GSM475280(GSM475280) Mili-IP. (mili testes) | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | SRR014234(GSM319958) Ovary total. (ovary) | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | mjTestesKO5() Testes Data. (Zcchc11 testes) | GSM509279(GSM509279) MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ..............................................................................................................................................................................................................GCTGTATGTATATGAGTATCTACTGCA................. | 27 | 1 | 13.00 | 13.00 | 3.00 | 1.00 | - | 6.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 |
| ............................................................................................................................................................................................................GCGCTGTATGTATATGAGTATCTACTGCA................. | 29 | 1 | 6.00 | 6.00 | - | - | 2.00 | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ........................................................................................................................................................................................................GCTCGCGCTGTATGTATATGAGTATCTA...................... | 28 | 1 | 5.00 | 5.00 | 1.00 | - | 4.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................................................................................................................................................................................................GGCTCGCGCTGTATGTATATGAGTATCTA...................... | 29 | 1 | 4.00 | 4.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ............................................................................................................................................................................................................GCGCTGTATGTATATGAGTATCTACT.................... | 26 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | 1.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..........................................................................................................................................................................................................TCGCGCTGTATGTATATGAGTATCTA...................... | 26 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................................................................................................................................................GCTTCAGGTGCCCGTGTGCTCAACA................................................................................. | 25 | 1 | 2.00 | 2.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .GCTGCCATCGATCAATCAATGAGTTGAAG............................................................................................................................................................................................................................ | 29 | 1 | 2.00 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................................................................AGTGATGGAGCTTTGTGGCTAGATGGA.................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................................................................................................................................................CCGTGTGCTCAACAGCCTGAACCTG...................................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .GCTGCCATCGATCAATCAATGAGTTGA.............................................................................................................................................................................................................................. | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...............................................................................................................................................................GTGCTCAACAGCCTGAACCTGTGTTA................................................................. | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ........................................................................................................................................GCCAGGCTTCAGGTGCCCGTGTGCTCAaaa.................................................................................... | 30 | aaa | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..........................................................................................................................................................................................................................TGAGTATCTACTGCATGTGGGGGCACA..... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................................................................................................................................................GGTGCCCGTGTGCTCAACAGCCTGA........................................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................................................................................................................................................................................................CGCTGTATGTATATGAGTATCTACTGCA................. | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................................TCTGTGCTTGGTGGAGCCGAGGGTCTA........................................................................................................................................................................................ | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................................................................................................................................................CTTCAGGTGCCCGTGTGCTCAACAt................................................................................. | 25 | t | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....CGATCAATCAATGAGTTGAAGAActgg.......................................................................................................................................................................................................................... | 27 | ctgg | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................................................................................................................................GCCAGGCTTCAGGTGCCCGTGTGCTCA.................................................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ........................................................................................................................................................................................................................TATGAGTATCTACTGCATGTGGGGGCA....... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................................................................................................................................................................................................AGGCTCGCGCTGTATGTATATGAGTATCTA...................... | 30 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................................................................................................................................................................................................AGGCTCGCGCTGTATGTATATGAGTATC........................ | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |