(1)
OTHER.ip
(9)
OTHER.mut
(2)
OVARY
(7)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(37)
TESTES

Sense strand
CTACGGCCCCATCGACTACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGGGACTGTCGGGTCAGTGTCTCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCAGACCAGGCTTTTGTTATGCGGTTAGACGAGAGAGGGCAGCCTGCGGGCTTCAGAGTGCACAGTGTGAGCGGAGGCTGAGTTGGAATCTTGGTTTTCTAGTGCAGCATCCCGGAAGCCAGAATGTTCATGTCCCCTAGTTTCCAGCTGGCTTCCACGGGCCTGGAAACT
.........................................................................................((((((((.........))))))))....((((((.((.(((....))).(((...)))..)).))))))...........................................................................................
........................................................................................89.....................................................................160........................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
.............................................................................................TGTTATGCGGTTAGACGAGAGAGGGC................................................................................................................................... 26 1 39.00 39.00 6.00 6.00 - 8.00 1.00 3.00 5.00 - 1.00 3.00 - - 2.00 - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................TACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGGGAC.............................................................................................................................................................................................................. 28 1 21.00 21.00 8.00 5.00 - - 2.00 - - - - - 1.00 - - 3.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TCGACTACAAGCGGAACCTGCCCCGCC.................................................................................................................................................................................................................... 27 1 17.00 17.00 5.00 6.00 - - 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TGTTATGCGGTTAGACGAGAGAGGG.................................................................................................................................... 25 1 10.00 10.00 3.00 2.00 - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
....GGCCCCATCGACTACAAGCGGAACCTGCCC........................................................................................................................................................................................................................ 30 1 8.00 8.00 4.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................GTTATGCGGTTAGACGAGAGAGG..................................................................................................................................... 23 1 7.00 7.00 - - 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TATGCGGTTAGACGAGAGAGGGCA.................................................................................................................................. 24 1 7.00 7.00 - - 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TATGCGGTTAGACGAGAGAGGGCAGC................................................................................................................................ 26 1 6.00 6.00 2.00 - - - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGGGACTG............................................................................................................................................................................................................ 30 1 6.00 6.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...........TCGACTACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGG.................................................................................................................................................................................................................. 29 1 6.00 6.00 - 2.00 - - 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GCCCCGCCGGGGACTGTCGG........................................................................................................................................................................................................ 20 1 5.00 5.00 - - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................TGCGGTTAGACGAGAGAGGGCAGCCTG............................................................................................................................. 27 1 5.00 5.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGGGA............................................................................................................................................................................................................... 27 1 5.00 5.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGGGACT............................................................................................................................................................................................................. 29 1 5.00 5.00 1.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
....................................................................................................CGGTTAGACGAGAGAGGGCAGCCTGC............................................................................................................................ 26 1 5.00 5.00 1.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TATGCGGTTAGACGAGAGAGGGCAGCC............................................................................................................................... 27 1 4.00 4.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGGGAt.............................................................................................................................................................................................................. 28 t 4.00 5.00 1.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TTGTTATGCGGTTAGACGAGAGAGG..................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TCGACTACAAGCGGAACCTGCCCCGCCG................................................................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GGCCCCATCGACTACAAGCGGAACCTGCC......................................................................................................................................................................................................................... 29 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TTCAGAGTGCACAGTGTGAGCGGAGG.............................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................AGTGTCGTCCTGTTCGT............................................................................................................................................................................ 17 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTGGAATCTTGGTTTTCTAGTGCAGC............................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................CAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGGGACTG............................................................................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TCGACTACAAGCGGAACCTGCCCCGCCt................................................................................................................................................................................................................... 28 t 2.00 17.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TTTTGTTATGCGGTTAGACGAGAGA....................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TGTTATGCGGTTAGACGAGAGAGGGCAGC................................................................................................................................ 29 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
......................CGGAACCTGCCCCGCCGGGGACTGTCGGG....................................................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........CATCGACTACAAGCGGAACCTGCCCC....................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................ACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGGGACTGT........................................................................................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.............................TGCCCCGCCGGGGACTGTCGGG....................................................................................................................................................................................................... 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TCTCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGC......................................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.........................................................TCTCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCAGA...................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TGTTATGCGGTTAGACGAGAGAGG..................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.........................................................TCTCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCAG....................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TTATGCGGTTAGACGAGAGAGG..................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GAGCGGAGGCTGAGTTGGAAT.................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..........................................................CTCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGC......................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TCTTGGTTTTCTAGTGCAGCATCCCGG........................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.......CCCATCGACTACAAGCGGAACCTGC.......................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.............................................................................................................................................................TGAGTTGGAATCTTGGTTTTCTAttg................................................................... 26 ttg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.........CATCGACTACAAGCGGAACCTGCCCCGCCt................................................................................................................................................................................................................... 30 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TGAGTTGGAATCTTGGTTTTCTAGTtc.................................................................. 27 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GCCCCGCCGGGGACggcc.......................................................................................................................................................................................................... 18 ggcc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TAGTGCAGCATCCCGGAAGCCAGAA............................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TCTCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCAGt...................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
............................................TGTCGGGTCAGTGTCTCAGTGTCG...................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................GAGTGCACAGTGTGAGCGGAGGCTGt.......................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
................TACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGGGACTt............................................................................................................................................................................................................ 30 t 1.00 5.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TGAGTTGGAATCTTGGTTTTCTAGTG................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TAGTGCAGCATCCCGGAAGCCAGA................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................TAGACGAGAGAGGGCAGCCTGCGG.......................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................GTGCACAGTGTGAGCGGAGGCTGAGT........................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..ACGGCCCCATCGACTACAAGCGGAACCTGC.......................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TTGTTATGCGGTTAGACGAGAGAGGGa................................................................................................................................... 27 a 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................GCTTTTGTTATGCGGTTAGACGAGAGAa...................................................................................................................................... 28 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TTTGTTATGCGGTTAGACGAGAGAGG..................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGGact.............................................................................................................................................................................................................. 28 act 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................TGCACAGTGTGAGCGGAGGCTGAGTT....................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGGG................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TCTCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCAGAC..................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................CAGAGTGCACAGTGTGAGC................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................GTCCTGTTCGTCGCAGAC..................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................GAGTGCACAGTGTGAGCGGAGGCTGA.......................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
........CCATCGACTACAAGCGGAACCTGCCCCGCC.................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................CAGAGTGCACAGTGTGAGCGGAGGCTG........................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TTCTAGTGCAGCATCCCGGAAGCCAG................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGTGAGCGGAGGCTGAGTTGGAATttt............................................................................... 27 ttt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........ATCGACTACAAGCGGAACCTGCCCCGCCG................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................GTGTCTCAGTGTCGTCCTGTTCGT............................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TTTTCTAGTGCAGCATCCCGGAAGCCA.................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TCAGAGTGCACAGTGTGAGCGGAGGC............................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................TCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCAGACC.................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TTGGTTTTCTAGTGCAGCATCCCGGc....................................................... 26 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TCGACTACAAGCGGAACCTGCCCCG...................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................GAGTGCACAGTGTGAGCGGAGGCTGAGT........................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..ACGGCCCCATCGACTACAAGCGGAAC.............................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...........TCGACTACAAGCGGAACCTGCCCC....................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..ACGGCCCCATCGACTACAAGCGGAACCTG........................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TGCCCCGCCGGGGAgcca........................................................................................................................................................................................................... 18 gcca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....GGCCCCATCGACTACAAGCGGAACCTG........................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................CGGTTAGACGAGAGAGGGCAGCCTG............................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGG................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......CCCATCGACTACAAGCGGAACCTGCCCC....................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TGTTATGCGGTTAGACGAGAGAGcgc................................................................................................................................... 26 cgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TGTTCGTCGCAGACCAGGCTTTTGTTA........................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TTGTTATGCGGTTAGACGAGAGAGGGC................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TTATGCGGTTAGACGAGAGAGGGCAG................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TCAGAGTGCACAGTGTGAGCGGAGGCTG........................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................GTTGGAATCTTGGTTTTCTAGTGCAGC............................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GCCCCGCCGGGGACgg............................................................................................................................................................................................................ 16 gg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TTAGACGAGAGAGGGCAGCCTGCGGG......................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.............................................................................................TGTTATGCGGTTAGACGAGAGAGGGCA.................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GACTACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGG.................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TCCCGGAAGCCAGAATGTTCATGTCCC................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................CAGAGTGCACAGTGTGAGCGGAGG.............................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................CAGAGTGCACAGTGTGAGCGGAGGCTGc.......................................................................................... 28 c 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TCGACTACAAGCGGAACCTGCCCCGt..................................................................................................................................................................................................................... 26 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TCTCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCAa....................................................................................................................................................................... 26 a 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TCAGAGTGCACAGTGTGAGCGGAG............................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................TCGGGTCAGTGTCTCAGTGTCG...................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TGTTATGCGGTTAGACGAGAGAGGGg................................................................................................................................... 26 g 1.00 10.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.................................................................................................ATGCGGTTAGACGAGAGAGGGCAGCCT.............................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................CAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCAGACC.................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........CATCGACTACAAGCGGAACCTGCCCCGC..................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................CAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGGGACTGTC.......................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................ACAGTGTGAGCGGAGGCTGAGTTGt..................................................................................... 25 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGtgac.............................................................................................................................................................................................................. 28 tgac 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................TGCGGTTAGACGAGAGAGGGCAGCCTGC............................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGcgga............................................................................................................................................................................................................... 27 cgga 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CTGCCCCGCCGGGGtcgg............................................................................................................................................................................................................ 18 tcgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......CCCATCGACTACAAGCGGAACCTGCCC........................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................CGGAGGCTGAGTTGGAATCTTGGT............................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TCTCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCAGACC.................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................CAGACCAGGCTTTTGTTATGCGGTT................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TATGCGGTTAGACGAGAGAGGGCAGCCTG............................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................ACAGTGTGAGCGGAGGCTGAGTTGG..................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TGAGTTGGAATCTTGGTTTTCTAGTGCAG................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................TCGGGTCAGTGTCTCAGTGTCGTCC................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CTACGGCCCCATCGACTACAAGCGGAACCTGCCCCGCCGGGGACTGTCGGGTCAGTGTCTCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCAGACCAGGCTTTTGTTATGCGGTTAGACGAGAGAGGGCAGCCTGCGGGCTTCAGAGTGCACAGTGTGAGCGGAGGCTGAGTTGGAATCTTGGTTTTCTAGTGCAGCATCCCGGAAGCCAGAATGTTCATGTCCCCTAGTTTCCAGCTGGCTTCCACGGGCCTGGAAACT
.........................................................................................((((((((.........))))))))....((((((.((.(((....))).(((...)))..)).))))))...........................................................................................
........................................................................................89.....................................................................160........................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
...................................GCCGGGGACTGTCGGGTCAGTGTCTCA............................................................................................................................................................................................ 27 1 15.00 15.00 - 1.00 6.00 1.00 - - 1.00 - 2.00 - - - 2.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGCGGGCTTCAGAGTGCACAGTGTGA..................................................................................................... 26 1 9.00 9.00 - - 6.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................CTGCGGGCTTCAGAGTGCACAGTGTGA..................................................................................................... 27 1 7.00 7.00 - - - - - - 1.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................GTCTCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCA........................................................................................................................................................................ 26 1 7.00 7.00 2.00 - - 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................GTGTCTCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCA........................................................................................................................................................................ 28 1 5.00 5.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
..................................CGCCGGGGACTGTCGGGTCAGTGTCTCA............................................................................................................................................................................................ 28 1 5.00 5.00 - - - - - - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGTCTCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCA........................................................................................................................................................................ 27 1 4.00 4.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................GCCTGCGGGCTTCAGAGTGCACA........................................................................................................... 23 1 4.00 4.00 - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................TCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCAGACCA................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - -
...................................................................................................................GGGCAGCCTGCGGGCTTCAGAGTGCACA........................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................CCGGGGACTGTCGGGTCAGTGTCTCA............................................................................................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................GTCGGGTCAGTGTCTCAGTGTCGTCCTG................................................................................................................................................................................. 28 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GCCCCATCGACTACAAGCGGAACCTG........................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................GTTCGTCGCAGACCAGGCTTTTGTTA........................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..............................................................GTGTCGTCCTGTTCGTCGCAGACCA................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................GGCAGCCTGCGGGCTTCAGAGTGCACAGTGTGA..................................................................................................... 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................CCTGTTCGTCGCAGACCA................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AGTGTCTCAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCA........................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TTCTAGTGCAGCATCCCG......................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TTGTTATGCGGTTAGACGAGAGAGGGCA.................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................GGTCAGTGTCTCAGTGTCGTCCTGTTCG............................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................GCCAGAATGTTCATGTCCCCTAGTTTCCA......................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TCTAGTGCAGCATCCCGGAAGCCA.................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
...............................................................TGTCGTCCTGTTCGTCGCAGA...................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................GGCAGCCTGCGGGCTTCAGAGTGCACA........................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................CAGTGTCGTCCTGTTCGTCGCAGACCA................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TACGGCCCCATCGACTACAAGCGGA................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................GCAGCCTGCGGGCTTCAGAGTGCACAG.......................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTCAGTGTCTCAGTGTCGTCCTGTTC.............................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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.........................................................................................................................CCTGCGGGCTTCAGAGTGCACA........................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -