(8)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(39)
TESTES

Sense strand
TTCAAGGACACATGGGAGCGCACACTGTGAATGGACCTTGTGAATGTGAGGTATGTTTAAAATCCTTTGGTTTTCCAAGTGCATTTGGAATGTGTCACCAGCCCCACAGTGGACAAAACGTTTGTGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCTTCTGGTTACCACAGTTCACTTTACACACATGGAGGGACTGACACTGTAAGAAAATGTTACTCGTGTAACCAGTGTGGGAAAGCTCTGAGTTCTTCCAGTTC
...........................................................................................................................(((.......((...((((((....))))))...)).((((((.(((((......))))))))))).))).........................................................
.....................................................................................................................118...............................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
..........................................................................................................................TGTGACTACAAGGAATTCGGAAAGGC...................................................................................................... 26 1 17.00 17.00 - 3.00 - - - - - - 8.00 1.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TGTGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCTT.................................................................................................... 28 1 15.00 15.00 6.00 - 2.00 - 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCTTC................................................................................................... 27 1 14.00 14.00 4.00 - - 1.00 2.00 - 3.00 - - 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
............................................................................................................................TGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCTT.................................................................................................... 26 1 10.00 10.00 3.00 - 1.00 - 4.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................CAAAACGTTTGTGACTACAAGGAATTCGG............................................................................................................ 29 1 9.00 9.00 1.00 - 1.00 3.00 - - - - - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TGTGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCTTC................................................................................................... 29 1 8.00 8.00 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
...............................TGGACCTTGTGAATGTGAGGTATGTTT................................................................................................................................................................................................ 27 1 7.00 7.00 3.00 - 1.00 - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TGTGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCT..................................................................................................... 27 1 7.00 7.00 1.00 1.00 1.00 - 1.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TACAAGGAATTCGGAAAGGCTTCTGG................................................................................................ 26 1 5.00 5.00 - 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TTGTGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCT..................................................................................................... 28 1 4.00 4.00 - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................GGACAAAACGTTTGTGACTACAAGGAA................................................................................................................. 27 1 4.00 4.00 - - 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TTGTGACTACAAGGAATTCGGAAAGG....................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TTGTGACTACAAGGAATTCGGAA.......................................................................................................... 23 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TGTGAATGGACCTTGTGAATGTGAGG....................................................................................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TACACACATGGAGGGACTGACACTGT...................................................... 26 1 4.00 4.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................GGACAAAACGTTTGTGACTACAAGGA.................................................................................................................. 26 1 3.00 3.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TGGGAGCGCACACTGTGAATGGACC..................................................................................................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........CATGGGAGCGCACACTGTGAATGGAC...................................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGGACAAAACGTTTGTGACTACAAGGA.................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 - - 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GAATGGACCTTGTGAATGTGAGGTAT.................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...............................TGGACCTTGTGAATGTGAGGTATGT.................................................................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TTGTGACTACAAGGAATTCGGAAAGGC...................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GAATGGACCTTGTGAATGTGAGGTATG................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.........................TGTGAATGGACCTTGTGAATG............................................................................................................................................................................................................ 21 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GAATGGACCTTGTGAATGTGAGGTATaa.................................................................................................................................................................................................. 28 aa 2.00 3.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GCCCCACAGTGGACAAAACGTTTGTGACT......................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................CAAAACGTTTGTGACTACAAGGAATT............................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CACACATGGAGGGACTGACACTGTAAGA.................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TTGTGAATGTGAGGTATGTTTAAAATC.......................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................CACATGGAGGGACTGACACTGTAAGA.................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGACACTGTAAGAAAATGTTACTCGTGTA.................................. 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TGGGAGCGCACACTGTGAATGGACCT.................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TGAATGTGAGGTATGTTTAAAATCCT........................................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGGACAAAACGTTTGTGACTACAAGGAA................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TCTGGTTACCACAGTTCACTTTACACACAT....................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................ACAAGGAATTCGGAAAGGCTTCTGGT............................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................AAACGTTTGTGACTACAAGGAATTCGG............................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGGACCTTGTGAATGTGAGGTATGTTaa............................................................................................................................................................................................... 28 aa 2.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................CAAAACGTTTGTGACTACAAGGAATTCGGtt.......................................................................................................... 31 tt 1.00 9.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................CAAAACGTTTGTGACTACAAGGAATTCGGA........................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TTTGGAATGTGTCACCAGCCCCACAG............................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................GGAATTCGGAAAGGCTTCTGGTTACC........................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TAAGAAAATGTTACTCGTGTAACCAGTG........................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................AAAGGCTTCTGGTTACCACAGTTC.................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................GTTTGTGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCTT.................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................GGACAAAACGTTTGTGACTACAAGG................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..CAAGGACACATGGGAGCGCACACTGTGt............................................................................................................................................................................................................................ 28 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................GACAAAACGTTTGTGACTACAAG.................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CACATGGGAGCGCACACTGTGAATGG........................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TGTGAATGGACCTTGTGAATGTGAGGTAT.................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................CAAAACGTTTGTGACTACAAGGAATTC.............................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TAAGAAAATGTTACTCGTGTAACCAGT............................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................ACAAAACGTTTGTGACTACAAGGAAT................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TGGAGGGACTGACACTGTAAGAAAATGTT........................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TGTGACTACAAGGAATTCGGAAA......................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TACACACATGGAGGGACTGACACTG....................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................AACGTTTGTGACTACAAGGAATTCGG............................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCTTCTGt................................................................................................ 30 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GCCCCACAGTGGACAAAACGTTTGTGACTA........................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CACTGTGAATGGACCTTGTGAA.............................................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGACACTGTAAGAAAATGTTACTCGTG.................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCTTCTG................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGGAATGTGTCACCAGCCCCACAGTGG.......................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................ATGTTACTCGTGTAACCAGTGTGGG....................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TGTGAGGTATGTTTAAAATCCTTTGGTTT................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TGAATGTGAGGTATGTTTAAAATCCTTT...................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TACTCGTGTAACCAGTGTGGGAAAGCTC................ 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........ATGGGAGCGCACACTGTGAATGGACC..................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GGACCTTGTGAATGTGAGGTATGTT................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................AAGGAATTCGGAAAGGCTTCTGGTT.............................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................ATGGAGGGACTGACACTGTA..................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CACACATGGAGGGACTGACACTGTgtt................................................... 27 gtt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TTTGTGACTACAAGGAATTCGGAAAGGC...................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCT..................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TGTGACTACAAGGAATTCGGA........................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................GTGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCTTCT.................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TAAGAAAATGTTACTCGTGTAACCcgt............................ 27 cgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
..CAAGGACACATGGGAGCGCACACTG............................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TTTGTGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCTT.................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........CATGGGAGCGCACACTGTGAATGGACC..................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TGTGACTACAAGGAATTCGGAAAGt....................................................................................................... 25 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................ACAAGGAATTCGGAAAGGCTTCTGGTTt............................................................................................. 28 t 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TGGTTACCACAGTTCACTTTACACACAT....................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGGACCTTGTGAATGTGAGGTATGTT................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..CAAGGACACATGGGAGCGCACACT................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
.........................TGTGAATGGACCTTGTGAATGTGAGGTATGT.................................................................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
..................................................................................................................................CAAGGAATTCGGAAAGGCTTCTGGTTt............................................................................................. 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TGGAGGGACTGACACTGTAAGAAAATG............................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................ACAAGGAATTCGGAAAGGCTTCTGGTT.............................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TACAAGGAATTCGGAAAGGCTTCTGGT............................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TTTGTGACTACAAGGAATTCGGAAA......................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................AGAAAATGTTACTCGTGTAACCAGTGTG......................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.............................................................................................................TGGACAAAACGTTTGTGACTACAAGG................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TGTGAATGGACCTTGTGAATGTGAG........................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................AATGGACCTTGTGAATGTGAGGTATG................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................CGTTTGTGACTACAAGGAATTCGGAAA......................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TGTGAGGTATGTTTAAAATCCTTTGGTTTT................................................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TACAAGGAATTCGGAAAGGCTTCTG................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TGTGAGGTATGTTTAAAATCCTTTGGTT.................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TGTAAGAAAATGTTACTCGTGTAACCAGT............................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TTTGTGACTACAAGGAATTCGGAA.......................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TAAGAAAATGTTACTCGTGTAACCAGTGT.......................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
.TCAAGGACACATGGGAGCGCACACT................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................GGAATTCGGAAAGGCTTCTGGTT.............................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.................................................................................................................CAAAACGTTTGTGACTACAAGGAATTCGGttt......................................................................................................... 32 ttt 1.00 9.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TACCACAGTTCACTTTACACACATGGA.................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TGTGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCTTa................................................................................................... 29 a 1.00 15.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TAAAATCCTTTGGTTTTCCAAGTGC........................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TTCAAGGACACATGGGAGCGCACACTGTGAATGGACCTTGTGAATGTGAGGTATGTTTAAAATCCTTTGGTTTTCCAAGTGCATTTGGAATGTGTCACCAGCCCCACAGTGGACAAAACGTTTGTGACTACAAGGAATTCGGAAAGGCTTCTGGTTACCACAGTTCACTTTACACACATGGAGGGACTGACACTGTAAGAAAATGTTACTCGTGTAACCAGTGTGGGAAAGCTCTGAGTTCTTCCAGTTC
...........................................................................................................................(((.......((...((((((....))))))...)).((((((.(((((......))))))))))).))).........................................................
.....................................................................................................................118...............................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)