(6)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(3)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(24)
TESTES

Sense strand
TTTCAGGAGGAGAAAGTGGGTGTTGTGAGCCTGGGTGTGTACAAAGGAAGAGGTGATTTTTTTTTTTTCAATAAAAATAGTTCAGTGTGGACAGAACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGAGGGAAGGCCTGGTATGGAAGTCTCCATGAGATATTTGCCCTTGTTTGCTAACATTATTATTATTTTTATTTTGTCTAGGATCTTTTAGCCCCAAACACACCCACCACTTGGAGGGAAGCAAAAATTCC
.................................................................................(((((.........)))))........((((.....)))).(((.........((((((....)))))).........)))........................................................................................
..............................................................................79...................................................................................164....................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
...................................................................................AGTGTGGACAGAACTGATTTAAGAACTA........................................................................................................................................... 28 1 9.00 9.00 3.00 - 1.00 - 3.00 - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TAAGAACTAGTATGGCTGGAGGGAAGGC........................................................................................................................ 28 1 8.00 8.00 - 4.00 - 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................ACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGAG............................................................................................................................... 28 1 8.00 8.00 2.00 1.00 - - 1.00 1.00 - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGTGGACAGAACTGATTTAAGAACTAGT......................................................................................................................................... 28 1 7.00 7.00 3.00 1.00 - - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGAGGG............................................................................................................................. 28 1 6.00 6.00 - - - 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGAGG.............................................................................................................................. 27 1 6.00 6.00 1.00 - - 3.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................AGAACTAGTATGGCTGGAGGGAAGGC........................................................................................................................ 26 1 6.00 6.00 - 5.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................ACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGA................................................................................................................................ 27 1 6.00 6.00 2.00 - 1.00 - - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................AGAACTAGTATGGCTGGAGGGAAGG......................................................................................................................... 25 1 5.00 5.00 1.00 - - - 2.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................ACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGAGG.............................................................................................................................. 29 1 4.00 4.00 - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGAG............................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 1.00 - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TTTAAGAACTAGTATGGCTGGAGGGA............................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - -
............................................................................................AGAACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTGG................................................................................................................................. 29 1 3.00 3.00 - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................AACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTGG................................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TAAGAACTAGTATGGCTGGAGGGAAGG......................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................AACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGA................................................................................................................................ 28 1 3.00 3.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................AACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGAG............................................................................................................................... 29 1 3.00 3.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGA................................................................................................................................ 25 1 3.00 3.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TAAGAACTAGTATGGCTGGAGGGA............................................................................................................................ 24 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................ACAGAACTGATTTAAGAACTAGTATGGC.................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...................GTGTTGTGAGCCTGGatgt.................................................................................................................................................................................................................... 19 atgt 2.00 0.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TAGTATGGCTGGAGGGAAGGCCTGGTA.................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................CAGAACTGATTTAAGAACTAGTATGGC.................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................TTAAGAACTAGTATGGCTGGAGGGAAGGC........................................................................................................................ 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................CAGAACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTGG................................................................................................................................. 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGTGGACAGAACTGATTTAAGAACTAGTA........................................................................................................................................ 29 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TTTAAGAACTAGTATGGCTGGAGGGAAGG......................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGAGGGA............................................................................................................................ 29 1 2.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGGACAGAACTGATTTAAGAACTAGTATGG..................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TAAAAATAGTTCAGTGTGGACAGAACT........................................................................................................................................................ 27 3 2.00 2.00 0.33 - - - - - 0.33 - 0.67 - - - - - - - - - 0.33 - 0.33 - - - -
..........................................................................AAATAGTTCAGTGTGGACAGAACTGATT.................................................................................................................................................... 28 3 1.33 1.33 0.33 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGGTATGGAAGTCTCCATGAGATATTTGC.......................................................................................... 29 3 1.33 1.33 - - 0.67 - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGGGTGTGTACAAAGGAAGAGGTGgt................................................................................................................................................................................................. 26 gt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.................................................................................................TGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGAGGGg............................................................................................................................ 29 g 1.00 6.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................GTGGACAGAACTGATTTAAGAACTAGTA........................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................ACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGggg.............................................................................................................................. 29 ggg 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TAAGAACTAGTATGGCTGGAGGGAAGGCC....................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................GAAGGCCTGGTATGGAAGT........................................................................................................... 19 3 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TACAAAGGAAGAGGTGATTTTTTTTTTaa...................................................................................................................................................................................... 29 aa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................TTTTTATTTTGTCTAGGATCTTTTAtc....................................... 27 tc 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TAAGAACTAGTATGGCTGGAGGG............................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................AACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGgggg............................................................................................................................. 31 gggg 1.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGGACAGAACTGATTTAAGAACTAG.......................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................GTGTGGACAGAACTGATTTAAGAACTA........................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TATGGCTGGAGGGAAGGCCTGGTATGGA.............................................................................................................. 28 3 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................AGTGTGGACAGAACTGATTTAAGAACTAGT......................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................AACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTG.................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TGATTTAAGAACTAGTATGG..................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................AGAACTAGTATGGCTGGAGGGAAGGCCTG..................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................TTAAGAACTAGTATGGCTGGAGGGcag.......................................................................................................................... 27 cag 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TAGTATGGCTGGAGGGAAGGCCTGGT................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TAAAAATAGTTCAGTGTGGACAGAACTGA...................................................................................................................................................... 29 3 1.00 1.00 0.67 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................AGAACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTG.................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGGACAGAACTGATTTAAGAACTAGTA........................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TAGTTCAGTGTGGACAGAACTGATg.................................................................................................................................................... 25 g 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................AACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGg................................................................................................................................ 28 g 1.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................TTATTTTTATTTTGTCTAGGATCcttt.......................................... 27 cttt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGAGGGt............................................................................................................................ 29 t 1.00 6.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................AGTGTGGACAGAACTGATTTAAGAACTAG.......................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TAGTATGGCTGGAGGGAAGGCCTGG.................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................GGACAGAACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTGG................................................................................................................................. 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.............................................................................................GAACTGATTTAAGAACTAGTATGGC.................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGGACAGAACTGATTTAAGAACTAGTATGGC.................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGTGGACAGAACTGATTTAAGAACTAG.......................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGTGGACAGAACTGATTTAAGAACTA........................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..............................................................................................AACTGATTTAAGAACTAGTATGGC.................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TAGTATGGCTGGAGGGAAGGCCTG..................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................CAGAACTGATTTAAGAACTAGTATGGCT................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................GACAGAACTGATTTAAG................................................................................................................................................ 17 5 0.80 0.80 0.60 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................AGTTCAGTGTGGACAGAACTGATTTAAG................................................................................................................................................ 28 3 0.67 0.67 - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TATGGCTGGAGGGAAGGCCTGG.................................................................................................................... 22 3 0.67 0.67 - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TGTGTACAAAGGAAGAGGTGATTTTTTTT.......................................................................................................................................................................................... 29 3 0.67 0.67 - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGGTATGGAAGTCTCCATGAGATATTTG........................................................................................... 28 3 0.67 0.67 - - 0.33 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................GTACAAAGGAAGAGGTGATTTTTTTTT......................................................................................................................................................................................... 27 3 0.67 0.67 - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGGTATGGAAGTCTCCATGAGATATTT............................................................................................ 27 3 0.67 0.67 - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TAGTTCAGTGTGGACAGAACTGATTT................................................................................................................................................... 26 3 0.67 0.67 - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................TTTTTATTTTGTCTAGGATCTTTTAGC....................................... 27 3 0.67 0.67 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................ACAGAACTGATTTAAG................................................................................................................................................ 16 7 0.57 0.57 0.43 - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TATTATTATTTTTATTTTGTCTA................................................... 23 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TTATTATTATTTTTATTTTGTCTAGGATCT............................................. 30 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TGAGATATTTGCCCTTGTTTGCTAACAT.......................................................................... 28 5 0.40 0.40 - - 0.20 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................ATGGCTGGAGGGAAGGCCT...................................................................................................................... 19 5 0.40 0.40 - - - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGTGGACAGAACTGATTTAAG................................................................................................................................................ 21 5 0.40 0.40 - - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TTTTCAATAAAAATAGTTCAGTGTGGACA............................................................................................................................................................. 29 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................AAATAGTTCAGTGTGGACAGAACTGA...................................................................................................................................................... 26 3 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TTTTTCAATAAAAATAGTTCAGTGTGGA............................................................................................................................................................... 28 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TAAAAATAGTTCAGTGTGGACAGAACTGAT..................................................................................................................................................... 30 3 0.33 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................GGTGTGTACAAAGGAAGAGGTGATTTTTT............................................................................................................................................................................................ 29 3 0.33 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................TTTTTTCAATAAAAATAGTTCAGTGTG................................................................................................................................................................. 27 3 0.33 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................ATTTTGTCTAGGATCTTTTAGCCCCAA.................................. 27 3 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TCAGTGTGGACAGAACTGATTTAAG................................................................................................................................................ 25 3 0.33 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TGTGTACAAAGGAAGAGGTGATTTTTTT........................................................................................................................................................................................... 28 3 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................CAGTGTGGACAGAACTGATTTAAGA............................................................................................................................................... 25 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TAAAAATAGTTCAGTGTGGACAGAACTG....................................................................................................................................................... 28 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TTCAATAAAAATAGTTCAGTGTGGACAGA........................................................................................................................................................... 29 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGGTATGGAAGTCTCCATGAGATATTTtc.......................................................................................... 29 tc 0.33 0.67 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TATTTTGTCTAGGATCTTTTAGCCCCAA.................................. 28 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................AATAAAAATAGTTCAGTGTGGACAGAAC......................................................................................................................................................... 28 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................AATAGTTCAGTGTGGACAGAACTGATT.................................................................................................................................................... 27 3 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TGGCTGGAGGGAAGGCCTGGTATGGA.............................................................................................................. 26 3 0.33 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TTCAATAAAAATAGTTCAGTGTGGACAGAA.......................................................................................................................................................... 30 3 0.33 0.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................AGGCCTGGTATGGAAGTCTCCATGAGAT................................................................................................ 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................AAGGCCTGGTATGGAAGTCT......................................................................................................... 20 3 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TAAAAATAGTTCAGTGTGGACAGAAC......................................................................................................................................................... 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................AAAATAGTTCAGTGTGGACAGAACTGAT..................................................................................................................................................... 28 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................AAATAGTTCAGTGTGGACAGAACTGAT..................................................................................................................................................... 27 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TATGGCTGGAGGGAAGGCCTGGTA.................................................................................................................. 24 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................CCCCAAACACACCCACCACTTGGAGGGAAGC......... 31 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - -
...............................TGGGTGTGTACAAAGGAAGAGGTGATTTTTT............................................................................................................................................................................................ 31 3 0.33 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGTGAGCCTGGGTGTGTACA............................................................................................................................................................................................................... 20 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................GTGAGCCTGGGTGTGTACAAAGGAAG........................................................................................................................................................................................................ 26 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - -
..........................................................................................ACAGAACTGATTTAAGAAC............................................................................................................................................. 19 4 0.25 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TGAGCCTGGGTGTGTACAAAGGAAGAGG..................................................................................................................................................................................................... 28 4 0.25 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................TTGGAGGGAAGCAAAAATTC. 20 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 -
......................................................................................................................................................................................................................AAACACACCCACCACTTGGAGGGAAGC......... 27 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - -
.........................TGAGCCTGGGTGTGTACAAAGGAA......................................................................................................................................................................................................... 24 4 0.25 0.25 - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TGAGATATTTGCCCTTGTTTGCTAACA........................................................................... 27 5 0.20 0.20 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGTGGACAGAACTGATTTAAGA............................................................................................................................................... 22 5 0.20 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................CTCCATGAGATATTTGCCCTTGTTTGC................................................................................ 27 5 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TTCAGGAGGAGAAAGTGGGTGTTGTGAGC............................................................................................................................................................................................................................ 29 5 0.20 0.20 - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - -
...CAGGAGGAGAAAGTGGGTGTTGTGA.............................................................................................................................................................................................................................. 25 5 0.20 0.20 - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TCCATGAGATATTTGCCCTTGTTTGC................................................................................ 26 5 0.20 0.20 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TCAGGAGGAGAAAGTGGGTGTTGTGAGC............................................................................................................................................................................................................................ 28 5 0.20 0.20 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TGAGATATTTGCCCTTGTTTGCTAAC............................................................................ 26 5 0.20 0.20 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................AACTGATTTAAGAAC............................................................................................................................................. 15 11 0.18 0.18 - - - - - - - - - 0.18 - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TTTCAGGAGGAGAAAGTGGGTGTTGTGAGCCTGGGTGTGTACAAAGGAAGAGGTGATTTTTTTTTTTTCAATAAAAATAGTTCAGTGTGGACAGAACTGATTTAAGAACTAGTATGGCTGGAGGGAAGGCCTGGTATGGAAGTCTCCATGAGATATTTGCCCTTGTTTGCTAACATTATTATTATTTTTATTTTGTCTAGGATCTTTTAGCCCCAAACACACCCACCACTTGGAGGGAAGCAAAAATTCC
.................................................................................(((((.........)))))........((((.....)))).(((.........((((((....)))))).........)))........................................................................................
..............................................................................79...................................................................................164....................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
....................................................................................................................................................................................ATTATTTTTATTTTGTCTAGGATCTTTTA......................................... 29 3 2.67 2.67 - - 1.33 - - - - 1.00 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................GAGATATTTGCCCTTGTTTGCTAACATgtg.......................................................................... 30 gtg 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................AAACACACCCACCACTTGGAGGGAAtgg........... 28 tgg 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................TTTTTTTTTTTTCAATAAggag................................................................................................................................................................................ 22 ggag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................CCAAACACACCCACCACTTGGAGGGAA........... 27 3 1.00 1.00 - - 0.33 - - - 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................CCAAACACACCCACCACTTGGAGGGAAa........... 28 a 1.00 0.00 - - 0.67 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGTGTGTACAAAGGAgcc.......................................................................................................................................................................................................... 18 gcc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................AAACACACCCACCACTTGGAGGGAAtgga........... 29 tgga 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................CCCAAACACACCCACCACTTGGAGGGAAt........... 29 t 1.00 0.00 - - 0.33 - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................CTCCATGAGATATTTGCCCTTGTTcct................................................................................... 27 cct 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGATATTTGCCCTTGTTTGCTAACATTAa........................................................................ 29 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TTATTTTTATTTTGTCTAGGATCTTTTAa......................................... 29 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................CCTTGTTTGCTAACATTATTATTAacaa.................................................................. 28 acaa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................AAACACACCCACCACTTGGAGGGAAtg........... 27 tg 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................CCCAAACACACCCACCACTTGGAGGGAA........... 28 3 1.00 1.00 - - - - - 0.33 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGGACAGAACTGATTTAAGAACTAGTA........................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................CCCAAACACACCCACCACTTGGAGGGAAa........... 29 a 0.67 0.00 - - 0.33 - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................CCAAACACACCCACCACTTGGAGGGAAt........... 28 t 0.67 0.00 - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................CCCCAAACACACCCACCACTTGGAGGGAA........... 29 3 0.67 0.67 - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................CCATGAGATATTTGCCCTTGTTTGCTA.............................................................................. 27 5 0.60 0.60 - - - - - - 0.20 - 0.20 - - - - 0.20 - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................CATGAGATATTTGCCCTTGTTTGCTA.............................................................................. 26 5 0.60 0.60 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - 0.20
............................................................................................................................................................TTGCCCTTGTTTGCTAACATTATTATTA.................................................................. 28 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................AACATTATTATTATTTTTATTTTGTCTA................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TCCATGAGATATTTGCCCTTG..................................................................................... 21 5 0.40 0.40 - - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................GAGATATTTGCCCTTGTTTGCTAACATT......................................................................... 28 5 0.40 0.40 - - - - - - 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................GCCTGGTATGGAAGTCTCCATGAGA................................................................................................. 25 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................CTTTTAGCCCCAAACACACCCACCA...................... 25 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................GCCCCAAACACACCCACCACTTGGA................ 25 3 0.33 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TTTTCAATAAAAATAGTTCAGTGTGGA............................................................................................................................................................... 27 3 0.33 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................CCCAAACACACCCACCACTTGGAGGGAAaaa........... 31 aaa 0.33 0.00 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................CCCCAAACACACCCACCACTTGGA................ 24 3 0.33 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TAGCCCCAAACACACCCACCACTTGGA................ 27 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................ATTATTATTTTTATTTTGTCTAGGATCTTTTA......................................... 32 3 0.33 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TAGTTCAGTGTGGACAGAACTGATTTA.................................................................................................................................................. 27 3 0.33 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TATTTGCCCTTGTTTGCTAACATTATTA..................................................................... 28 4 0.25 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................AGTCTCCATGAGATATTTGCCCTTGTT................................................................................... 27 5 0.20 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................GAAGTCTCCATGAGATATTTGCCCTTGTT................................................................................... 29 5 0.20 0.20 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TATTTGCCCTTGTTTGCTAACATT......................................................................... 24 5 0.20 0.20 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................GTCTCCATGAGATATTTGCCCTTGTT................................................................................... 26 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - -
...........................................................................................................................................AAGTCTCCATGAGATATTTGCCCTTGTTT.................................................................................. 29 5 0.20 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CCTTGTTTGCTAACATT......................................................................... 17 5 0.20 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................CATGAGATATTTGCCCTTG..................................................................................... 19 5 0.20 0.20 - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................AAGTCTCCATGAGATATTTGCCCTTGT.................................................................................... 27 5 0.20 0.20 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGTGGACAGAACTGATTTAAGA............................................................................................................................................... 22 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TCCATGAGATATTTGCCCTTGTTTGCTA.............................................................................. 28 5 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................AAGTCTCCATGAGATATTTGCCCTTGTT................................................................................... 28 5 0.20 0.20 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................GATATTTGCCCTTGTTTGCTAACA........................................................................... 24 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................GAAGTCTCCATGAGATATTTGCCCTTG..................................................................................... 27 5 0.20 0.20 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................GTCTCCATGAGATATT............................................................................................. 16 8 0.12 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -