(9)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(5)
PIWI.ip
(4)
PIWI.mut
(34)
TESTES

Sense strand
CTAGGAGGCGGGGGAATGCAGTTAACCCAGCGGAGGGTGGCTCTTCTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTGGAGGCTCGTCCGGCCCCGGCGTGTCTCGAGGAGCAGGCTAGCACCCCGCGGTTCCCGGCCGGCGTGCGGCTCCGCCCAGTAGGTCCGCCACCGAGTGTCAAACTCCTAGTAAAGTTTCGCGTCGCCGGTCTCCCCTGCCCAGGCGACCCCGCCGCTGTCCCCTCGGCGACCCT
..................................................(((((((.(((....))).((..(((.(((((.((.(((....))))).))))).))).)).)))))))...................................................................................................................................
..................................................51....................................................................121...............................................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes)
...........................................TTCTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCA..................................................................................................................................................................................... 26 1 29.00 29.00 - - 1.00 3.00 8.00 - 4.00 - 3.00 4.00 4.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
....................................................TAGTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTGG............................................................................................................................................................................ 26 1 19.00 19.00 - - 5.00 2.00 2.00 - 4.00 - 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...........................................TTCTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGC...................................................................................................................................................................................... 25 1 17.00 17.00 - 7.00 - 1.00 - - - 8.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TTCTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAG.................................................................................................................................................................................... 27 1 16.00 16.00 - - 2.00 5.00 4.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTTAGTCGGTTTGAAGGCAGC................................................................................................................................................................................... 21 1 15.00 15.00 - 15.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTTAGTCGGTTTGAAGGC...................................................................................................................................................................................... 18 1 14.00 14.00 6.00 - 1.00 - - 3.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - -
...........................................TTCTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGC................................................................................................................................................................................... 28 1 12.00 12.00 - - 1.00 1.00 3.00 - 2.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - -
......................................................GTCGGTTTGAAGGCAGCGA................................................................................................................................................................................. 19 1 9.00 9.00 - 8.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TCTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGC................................................................................................................................................................................... 27 1 8.00 8.00 - - - 4.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................GTCGGTTTGAAGGCAGCG.................................................................................................................................................................................. 18 1 6.00 6.00 4.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................TAGTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTGGA........................................................................................................................................................................... 27 1 6.00 6.00 - - - 3.00 - - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................AGGTTAGTCGGTTTGAAGGC...................................................................................................................................................................................... 20 1 6.00 6.00 1.00 - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................GGTGGCTCTTCTCAGGTTAGTCGGTTTGA.......................................................................................................................................................................................... 29 1 4.00 4.00 - - - - - 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................ATCTGGAGGCTCGTCCGGC............................................................................................................................................................... 19 1 3.00 3.00 - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TTAGTCGGTTTGAAGGCA..................................................................................................................................................................................... 18 1 3.00 3.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................ACCCAGCGGAGGGTGGCTCTT............................................................................................................................................................................................................. 21 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................GCTCTTCTCAGGTTAGTCGGT.............................................................................................................................................................................................. 21 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - -
........................ACCCAGCGGAGGGTGGCTCT.............................................................................................................................................................................................................. 20 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00
...................AGTTAACCCAGCGGAGGGTGGCTCT.............................................................................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.......................................................TCGGTTTGAAGGCAGCGAT................................................................................................................................................................................ 19 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................TAGTCGGTTTGAAGGC...................................................................................................................................................................................... 16 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GAGGGTGGCTCTTCTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGG....................................................................................................................................................................................... 35 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TTAGTCGGTTTGAAGGC...................................................................................................................................................................................... 17 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................GGCAGCGATCTGGAGGCTC...................................................................................................................................................................... 19 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................TCAGGTTAGTCGGTTTGA.......................................................................................................................................................................................... 18 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - -
................................................................AGGCAGCGATCTGGAGGCT....................................................................................................................................................................... 19 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................TCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGCG.................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGTTAACCCAGCGGAGGGTGGCTCTT............................................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
................................................AGGTTAGTCGGTTTGAAGG....................................................................................................................................................................................... 19 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.........................................TCTTCTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGC...................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................CAGGTTAGTCGGTTTGAA......................................................................................................................................................................................... 18 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTTAGTCGGTTTGAAGG....................................................................................................................................................................................... 17 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................GTCGGTTTGAAGGCAG.................................................................................................................................................................................... 16 1 2.00 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................AGGCAGCGATCTGGAGGCTCG..................................................................................................................................................................... 21 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................TCTGGAGGCTCGTCCGG................................................................................................................................................................ 17 1 2.00 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................CGGAGGGTGGCTCTTCTCAGGTTAGTCGG............................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TAGTAAAGTTTCGCGTCGCCGGTCT.......................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
....................................................TAGTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTGGt........................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 19.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGTTAACCCAGCGGAGGGTGGC................................................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...............................................CAGGTTAGTCGGTTTGAAGGC...................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................GGCGTGTCTCGAGGAGCAGG........................................................................................................................................ 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................GCAGGCTAGCACCCCGCG........................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGTTAACCCAGCGGAGGGTGGCTCTTtt........................................................................................................................................................................................................... 28 tt 1.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................GTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTGGAGG......................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TTGAAGGCAGCGATCTGGA........................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGTTAACCCAGCGGAGGGTGGCTCTTt............................................................................................................................................................................................................ 27 t 1.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................AACCCAGCGGAGGGTGGCTC............................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
......................................................GTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTGG............................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................GCAGCGATCTGGAGGCTCGTCC.................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................AGTAAAGTTTCGCGTCGCCGGTCTacc....................................... 27 acc 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................GGGTGGCTCTTCTCAGGTTAGTCGGT.............................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................TCTGGAGGCTCGTCCGGC............................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................GTCGGTTTGAAGGCAGC................................................................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................CGATCTGGAGGCTCGTCCGGC............................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...................AGTTAACCCAGCGGAGGGTGGCTCTTC............................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................TAGTCGGTTTGAAGGCAGC................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TAGTAAAGTTTCGCGTCGCCGGTC........................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
............................................TCTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCA..................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................AGGGTGGCTCTTCTCAGGT...................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................AGTAAAGTTTCGCGTCGCCGGTCTCCC....................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AGTCGGTTTGAAGGCAGCGA................................................................................................................................................................................. 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.............................GCGGAGGGTGGCTCTTCT........................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................GTGGCTCTTCTCAGGTTAGTCGGTT............................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................AGGCAGCGATCTGGAGG......................................................................................................................................................................... 17 2 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TGGCTCTTCTCAGGTTAGTCGGTTTGA.......................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...................................................TTAGTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTGt............................................................................................................................................................................ 27 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................AGGCTAGCACCCCGCGGTT........................................................................................................................ 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................GGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGCGATC............................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CCCAGCGGAGGGTGGCTCTTCTCAGGTTAG................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................CTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGCG.................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................AGGTTAGTCGGTTTGAAG........................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GAGGGTGGCTCTTCTCAGGTTAGTCGGT.............................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TAGCACCCCGCGGTTCCCGGCCGGCGTG........................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................CCGGCGTGTCTCGAGGAG............................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TCTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAG.................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TTCTCAGGTTAGTCG................................................................................................................................................................................................ 15 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
................................................AGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTG............................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................GGCGTGTCTCGAGGAGCAGGCTAGC................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.............................................CTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGC...................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTTAGTCGGTTTGAAGGCA..................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TCCTAGTAAAGTTTCGCGTCGCCGGTC........................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TCTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGCGA................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...............................................CAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAG.................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................GTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTGGAGGC........................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGTTAACCCAGCGGAGGGTGG.................................................................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................GAAGGCAGCGATCTGGAG.......................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TCGCGTCGCCGGTttt......................................... 16 ttt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TCGGTTTGAAGGCAGCGA................................................................................................................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................GTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTtgag.......................................................................................................................................................................... 26 tgag 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................TCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGC................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.................................................GGTTAGTCGGTTTGAAGGC...................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TAACCCAGCGGAGGGTGGCTCTT............................................................................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
......................TAACCCAGCGGAGGGTGGCTCTTCTCA......................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................ACCCAGCGGAGGGTGGCTCTTC............................................................................................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TGGCTCTTCTCAGGTTAGTCGGT.............................................................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................TAGTCGGTTTGAAGGCAGCG.................................................................................................................................................................................. 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGTTAACCCAGCGGAGGGTGtc................................................................................................................................................................................................................. 22 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................AAGGCAGCGATCTGGAGGCTCGTCCGGCCC............................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TCCTAGTAAAGTTTCGCGTCGCCGGT............................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................TCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGCGt................................................................................................................................................................................. 27 t 1.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................AACCCAGCGGAGGGTGGCTCT.............................................................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGTTAACCCAGCGGAGGGTGGCTCTa............................................................................................................................................................................................................. 26 a 1.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................AGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGCG.................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................GGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGCGA................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TAGTAAAGTTTCGCGTCGCCGGTCTCC........................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AGTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTGG............................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TTAGTCGGTTTGAAGGCAGCGA................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................TTTGAAGGCAGCGATCTG............................................................................................................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................AACCCAGCGGAGGGTGGCTCTTCTCAG........................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
....................................................TAGTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTG............................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................AGCGGAGGGTGGCTCT.............................................................................................................................................................................................................. 16 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................GGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGCG.................................................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AGTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTG............................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................CGGCGTGTCTCGAGGAGCAGGCTAGC................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................GTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTG............................................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CTAGGAGGCGGGGGAATGCAGTTAACCCAGCGGAGGGTGGCTCTTCTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTGGAGGCTCGTCCGGCCCCGGCGTGTCTCGAGGAGCAGGCTAGCACCCCGCGGTTCCCGGCCGGCGTGCGGCTCCGCCCAGTAGGTCCGCCACCGAGTGTCAAACTCCTAGTAAAGTTTCGCGTCGCCGGTCTCCCCTGCCCAGGCGACCCCGCCGCTGTCCCCTCGGCGACCCT
..................................................(((((((.(((....))).((..(((.(((((.((.(((....))))).))))).))).)).)))))))...................................................................................................................................
..................................................51....................................................................121...............................................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes)
...........................................................................AGGCTCGTCCGGtca................................................................................................................................................................ 15 tca 12.00 0.00 3.00 - 8.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................GCTCGTCCGGCCCCGGCGTGTCTCGA................................................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TGGAGGCTCGTCCGG................................................................................................................................................................ 15 4 3.00 3.00 0.75 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GCCACCGAGTGTCAAACTCCTAGTA.............................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
...................................................................................................CTCGAGGAGCAGGCTAtt..................................................................................................................................... 18 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................AAAGTTTCGCGTgtga................................................... 16 gtga 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TCTTCTCAGGTTAGTCGGTTTGAAGGCA..................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................AGGTTAGTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTGGAt........................................................................................................................................................................... 32 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
........................................................................................................................................................CCAGTAGGTCCGCCACCGAGTGTCA......................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................CTCGTCCGGCCCCGGCGTGTCTCGA................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AGTCGGTTTGAAGGCAGCGATCTGGA........................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................GGCTCCGCCCAGTAGGTCCGC..................................................................................... 21 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................GCTAGCACCCCGCGGTTCCCGGC.................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................CCGGCGTGCGGCTCCGCCCAG.............................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...............................................................AAGGCAGCGATCTGGAGGCTCGTCCGGC............................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................GGCTCGTCCGGatca................................................................................................................................................................ 15 atca 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -