chr7:112789693 112790185 +
(1)
OTHER.ip 		(4)
OTHER.mut 		(6)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(35)
TESTES

Sense strand
CCAGAGACTCGCCATCAGGCAGCTAGCCGTCCCTGGCCCCTGGAGAGAAGGTGCTTGGATGGGCTCCTCTATGGACCTTGGGCTTATCTAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGAAAGCTGGGTGCTGTTGCTCCTTTTCTTGGAGCCAATAAACCCGTTTTTACAGTCTGGTTATTTGTCTATGGGTACCAGCCTTTATTCTGTCATCTAGTGCATGTGTACTGCCTTTAGCCCTGGAGGTTGATGTAGTGCCTTCTTATGTGTAGAAGGACAAATTCAGCATTCCCAGCACCCCAGCAAAAGCAGGGATTATGGGTAGAGCTTTAAGGTTAGTAATAGCAATGGGAAATTGGTTCCAAAAGGAGAGCTCTCAGTGGCTGTCCTTGGGACTAACTCAAGGACCTGAATATACATTGACTCATAACTAGTTTTTATTTTCAGCTGTCAAAAAGAATTGCTGTGAACCTAGGGGAAGAAGGTAAAACCAAACA
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((...(((((((((..((((.((((......)))).))))))))))))))))).....(((((.(((....((((.......))))..))).)))))..................................................
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................344................................................................................................443................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
......................................................................................TCTAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 63.00 63.00 23.00 15.00 10.00 7.00 - 2.00 3.00 - - - - - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TCTAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 31.00 31.00 10.00 4.00 9.00 - - - 3.00 - - - - 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - -
........................................................................................TAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 11.00 11.00 3.00 4.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTGCTGTGAACCTAGGGG................... 19 1 9.00 9.00 - - - - 9.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGCTGTGAACCTAGGGGAAGAAGGTA.......... 27 1 9.00 9.00 1.00 1.00 1.00 3.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 6.00 6.00 - - 3.00 - - 1.00 - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGAATTGCTGTGAACCTAGGGGAAGA............... 26 1 5.00 5.00 1.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................TGAGCTTGAAAGCTGGGTGCTGTTGCT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 5.00 5.00 - 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGAATTGCTGTGAACCTAGGGGAAG................ 26 1 5.00 5.00 1.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................GAAGGACAAATTCAGCATTCCCAG.......................................................................................................................................................................................................... 24 1 4.00 4.00 - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAATTGCTGTGAACCTAGGGGAAGAA.............. 26 1 4.00 4.00 - 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGAATTGCTGTGAACCTAGGGGAAGA............... 28 1 3.00 3.00 - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TGGACCTTGGGCTTATCTAAATGTGTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - - - - - - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGTAGAAGGACAAATTCAGCATTCCC............................................................................................................................................................................................................ 28 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTGCTGTGAACCTAGGGGAAGA............... 23 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGAATTGCTGTGAACCTAGGGGAA................. 25 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TCTAAATGTGTACAGAGAGATTGAGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGGGCTTATCTAAATGTGTACAGAGAG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGCTGTGAACCTAGGGGAAGAAGGT........... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................ATCTAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.CAGAGACTCGCCATCAGGCAGCTAGCCGTC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 1 2.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................AAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGAAAG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................AAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGAA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGAAAGC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................CTAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TGGACCTTGGGCTTATCTAAATGTG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.50 - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGAAAGC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TGGAGAGAAGGTGCTTGGATGGGCT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAAAAAGAATTGCTGTGAACCTAGGGG................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................TGATGTAGTGCCTTCTTATGTGTAGAA............................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.........................................................................................................ATTGAGCTTGAAAGCTGGGTGCTGTTG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................AGAGATTGAGCTTGAAAGCTGGGTG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
..........................................................................................AATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGAA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGAAAG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TTGGGCTTATCTAAATGTGTACAGAG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................AGATTGAGCTTGAAAGCTGGGTGCTG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................ATGTGTACAGAGAGATTG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................ATCTAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................AAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGAACCTAGGGGAAGAAGGTAAA........ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................TTGAGCTTGAAAGCTGGGTGCTGTTG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................TAGAAGGACAAATTCAGCATTCCCAGCA........................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
..AGAGACTCGCCATCAGGCAGCTAGCCGTC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGAATTGCTGTGAACCTAGGGGAAGAAGGTAA......... 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGAATTGCTGTGAACCTAGGGGAAGA............... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TATCTAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGGGATTATGGGTtc............................................................................................................................................................................ 16 tc 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................AGAGATTGAGCTTGAAAGCTGGGTGCT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGt......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 t 1.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TTGGAGCCAATAAACCCGTTTTTACAGT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................TAGAAGGACAAATTCAGCATTCCCAGCACC...................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................ATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGAAAGC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACCTAGGGGAAGAAGGTAAAACCAAAa. 27 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.....................................................................TATGGACCTTGGGCTTATCTAAATGT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 2 1.00 1.00 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAAAAAGAATTGCTGTGAACCTAGGGGA.................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AATTGCTGTGAACCTAGGGGAAGAAGG............ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TGGACCTTGGGCTTATCTAAATGcgt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 cgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TCTAAATGTGTACAGAGAGATTGggct............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 ggct 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TTATCTAAATGTGTACAGAGAGATTG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGGGCTTATCTAAATGTGTACAGAGA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTGTGAACCTAGGGGAAGAAGGTAt......... 27 t 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GAGAGATTGAGCTTGAAAGCTGGGTGC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TGGAGAGAAGGTGCTTGGATGGGCTCCTC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAATTGCTGTGAACCTAGGGGAAGAAttt........... 29 ttt 1.00 4.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................AAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...GAGACTCGCCATCAGGCAGCTAGCCGTC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGCTGTGAACCTAGGGGAAGAAGG............ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.......................TAGCCGTCCCTGGCCCCTGGAGAGAAagtt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 30 agtt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TTTTCTTGGAGCCAATAAACCCGTTTT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGAACCTAGGGGAAGAAGGTAAAA....... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................AATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGAAA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGCTGTGAACCTAGGGGAAGAAGGTAt......... 28 t 1.00 9.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................TATGTGTAGAAGGACAAATTCAGCATT............................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................AATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAATTGCTGTGAACCTAGGGGAAGAAG............. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TGGAGAGAAGGTGCTTGGATGGGCTCCT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TTGGGCTTATCTAAATGTGTACAGAGAGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TCTAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GAGCTTGAAAGCTGGGTGCTGTTGCT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGGACCTGAATATggc.............................................................................. 17 ggc 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGAATTGCTGTGAACCTAGGGGAAGAA.............. 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................GTGTACAGAGAGATTGAGCTTGAAAGC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TCTAAATGTGTACAGAGAGATTGAactt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 actt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAATTGCTGTGAACCTAGGGGAAGA............... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTGTGAACCTAGGGGAAGAAGGTA.......... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTGTGAACCTAGGGGAAG................ 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TGGAGAGAAGGTGCTTGGATGGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................ATCTAAATGTGTACAGAGAGATTGAGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................TTTCTTGGAGCCAATAAACCCGTTTT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAAAAAGAATTGCTGTGAACCTAGGGGAA................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................AATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGAAAGC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................GAGATTGAGCTTGAAAGCTGGGTGCT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................AATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TTGGGCTTATCTAAATGTGTACAGAGA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGAAA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.................................................................................................................TGAAAGCTGGGTGCTGTTGCTCCTT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAAGAATTGCTGTGAACCTAGGGGAA................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TGGACCTTGGGCTTATCTAAAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................CCTTGGGCTTATCTAAATGTGT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TGGACCTTGGGCTTATCTAAATGTGT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TATGGACCTTGGGCTTATCTAAATGTG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TATGGACCTTGGGCTTATCTAAATGTGT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................CTATGGACCTTGGGCTTATCTAAATGT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TATGGACCTTGGGCTTATCTAAAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TATGGACCTTGGGCTTATCTAAATG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TTTTCTTGGAGCCAATAA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CCAGAGACTCGCCATCAGGCAGCTAGCCGTCCCTGGCCCCTGGAGAGAAGGTGCTTGGATGGGCTCCTCTATGGACCTTGGGCTTATCTAAATGTGTACAGAGAGATTGAGCTTGAAAGCTGGGTGCTGTTGCTCCTTTTCTTGGAGCCAATAAACCCGTTTTTACAGTCTGGTTATTTGTCTATGGGTACCAGCCTTTATTCTGTCATCTAGTGCATGTGTACTGCCTTTAGCCCTGGAGGTTGATGTAGTGCCTTCTTATGTGTAGAAGGACAAATTCAGCATTCCCAGCACCCCAGCAAAAGCAGGGATTATGGGTAGAGCTTTAAGGTTAGTAATAGCAATGGGAAATTGGTTCCAAAAGGAGAGCTCTCAGTGGCTGTCCTTGGGACTAACTCAAGGACCTGAATATACATTGACTCATAACTAGTTTTTATTTTCAGCTGTCAAAAAGAATTGCTGTGAACCTAGGGGAAGAAGGTAAAACCAAACA
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((...(((((((((..((((.((((......)))).))))))))))))))))).....(((((.(((....((((.......))))..))).)))))..................................................
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................344................................................................................................443................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAAGAAGGTAAAACgcc...... 18 gcc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00