| Gene: Irf3 | ID: uc009gsm.1_intron_0_0_chr7_52253279_f.5p | SPECIES: mm9 | 
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  (11)  OTHER.mut  | 
  
  
  (5)  PIWI.ip  | 
  
  
  (4)  PIWI.mut  | 
  
  
  (1)  TDRD1.ip  | 
  
  
  (44)  TESTES  | 
  
  
| CAAAACCACTGCTGGCACCCGCGCCGCACGGGCGCCCAATTCCTCCCCTGGTAGGTAACGCGGAAGAGCCGGGAGGGTGGCGGCCTCAGGGCGCAGGATCGGGCAAACCTGTCGCTCAGAAGCTCGGCTACCGAAAAGCAGAATGGCCACGCGTTGTAGACGGAAGCCTGCAGTCTCAGCATCCAGGCTGGAGGCAGTAAAGATTGCTGTAAGTTCAAGGCCAGTGAGCTCCAGGCCAGGCTGGACGACA ............................................((((((((...............)))))).))(((((.((.((.(((((((((..........)))).))))).)).))...(((.......)))......)))))..((((.((((...........))))))))...................................................................... ...........................................44..........................................................................................................................................184................................................................  | 
    Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | SRR069811(GSM610967) small RNA sequencing; sample 3. (testes)  | GSM475280(GSM475280) Mili-IP. (mili testes)  | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)  | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)  | SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)  | mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)  | SRR028730(GSM400967) Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)  | SRR069810(GSM610966) small RNA sequencing; sample 2. (testes)  | mjTestesWT4() Testes Data. (testes)  | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes)  | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)  | SRR029037(GSM433289) 18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)  | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)  | SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)  | SRR029038(GSM433290) 25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | mjTestesKO8() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | SRR051939(GSM545783) Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)  | mjTestesWT3() Testes Data. (testes)  | SRR028731(GSM400968) Mili-wt-associated. (testes)  | GSM475281(GSM475281) total RNA. (testes)  | SRR029036(GSM433288) 18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | SRR029039(GSM433291) 25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | SRR029040(GSM433292) 6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | SRR014231(GSM319955) 16.5 dpc total. (testes)  | SRR037902(GSM510438) testes_rep3. (testes)  | SRR363959(GSM822761) AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)  | SRR051940(GSM545784) 18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes)  | SRR014230(GSM319954) 10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)  | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR029041(GSM433293) 6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | SRR363960(GSM822762) Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)  | GSM509278(GSM509278) small RNA cloning by length. (piwi testes)  | SRR037901(GSM510437) testes_rep2. (testes)  | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR037903(GSM510439) testes_rep4. (testes)  | mjTestesWT1() Testes Data. (testes)  | GSM509277(GSM509277) small RNA cloning by length. (piwi testes)  | mjTestesWT2() Testes Data. (testes)  | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)  | GSM509275(GSM509275) MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)  | SRR363956(GSM822758) P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)  | 
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| ..........................................................................................................................................................TGTAGACGGAAGCCTGCAGTCTCAGC...................................................................... | 26 | 1 | 11.00 | 11.00 | 2.00 | 1.00 | 2.00 | - | 2.00 | - | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................................................TGTCGCTCAGAAGCTCGGCTACCGAAA.................................................................................................................. | 27 | 1 | 9.00 | 9.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | 2.00 | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | 
| ................................................TGGTAGGTAACGCGGAAGAGCCGGG................................................................................................................................................................................. | 25 | 1 | 7.00 | 7.00 | - | 3.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................................................................................................TGTAGACGGAAGCCTGCAGTCTCAGCAT.................................................................... | 28 | 1 | 7.00 | 7.00 | - | - | 2.00 | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................................................TGTCGCTCAGAAGCTCGGCTACCGAAAA................................................................................................................. | 28 | 1 | 7.00 | 7.00 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................................................................................................TGTAGACGGAAGCCTGCAGTCTCAGCATC................................................................... | 29 | 1 | 6.00 | 6.00 | 2.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | 
| ................................................TGGTAGGTAACGCGGAAGAGCCGG.................................................................................................................................................................................. | 24 | 1 | 5.00 | 5.00 | - | 3.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
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| ..........................................................................................................................................................TGTAGACGGAAGCCTGCAGTCTCAGCA..................................................................... | 27 | 1 | 4.00 | 4.00 | 1.00 | - | - | 2.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................................................................................................AACCTGTCGCTCAGAAGCTCGGC.......................................................................................................................... | 23 | 1 | 4.00 | 4.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................................................GGTAGGTAACGCGGAAGAGCCGG.................................................................................................................................................................................. | 23 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 
| .......................................TTCCTCCCCTGGTAGGTAACGCGGAA......................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................................TTCCTCCCCTGGTAGGTAACGCGGA.......................................................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | - | - | - | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................................TAGGTAACGCGGAAGAGCCGGGAGGG............................................................................................................................................................................. | 26 | 1 | 3.00 | 3.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................................................TGTCGCTCAGAAGCTCGGCTACCGAA................................................................................................................... | 26 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................................................................................................................................................................................................................AAGGCCAGTGAGCTCCAGGCCAGG.......... | 24 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................................................................................................TGTAGACGGAAGCCTGCAGTCTCAG....................................................................... | 25 | 1 | 3.00 | 3.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................................................................................................................................AAGCAGAATGGCCACGCGTTGTAGAC......................................................................................... | 26 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................................GGCAAACCTGTCGCTCAGAAGCTCGG........................................................................................................................... | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................................................................................................................................................TTGTAGACGGAAGCCTGCAGTCTCAGC...................................................................... | 27 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................................TTCCTCCCCTGGTAGGTAACGCGGAAG........................................................................................................................................................................................ | 27 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................TGGTAGGTAACGCGGAAGAGCCGGta................................................................................................................................................................................ | 26 | ta | 2.00 | 5.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................................TAGGTAACGCGGAAGAGCCGGGAG............................................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................................................................................................................................CACGCGTTGTAGACGGAAGCCTGCA.............................................................................. | 25 | 1 | 2.00 | 2.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................................................................................................TGTAGACGGAAGCCTGCAGTCTCAGCt..................................................................... | 27 | t | 2.00 | 11.00 | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................................................................................................................CAGTCTCAGCATCCAGGCTGGAGGCAG..................................................... | 27 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................................................GTAGGTAACGCGGAAGAGCCGGGAG............................................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................................................................................................................................................TTGTAGACGGAAGCCTGCAGTCTC......................................................................... | 24 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................................TAGGTAACGCGGAAGAGCCGGGAGG.............................................................................................................................................................................. | 25 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................TGGTAGGTAACGCGGAAGAGCCGGt................................................................................................................................................................................. | 25 | t | 2.00 | 5.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ......................................................................................................GCAAACCTGTCGCTCAGAAGCTCGGCT......................................................................................................................... | 27 | 1 | 2.00 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................................................................................................AACCTGTCGCTCAGAAGCTCGGCTAC....................................................................................................................... | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............................................................................................................................................................................................................CTGTAAGTTCAAGGCCAGTGAGCTCCAGGC.............. | 30 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................................................................................................................................AAGCAGAATGGCCACGCGTTGTAGACGGAA..................................................................................... | 30 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | 
| .........TGCTGGCACCCGCGCCGCACGGGCGCat..................................................................................................................................................................................................................... | 28 | at | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................................................................................................................................TGGCCACGCGTTGTAGACGGAAGCCTGt............................................................................... | 28 | t | 1.00 | 0.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................................................................................CGGGCAAACCTGTCGCTCAGAAGCTCGGCTACCGAA................................................................................................................... | 36 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................................TCCTCCCCTGGTAGGTAACGCGGAAGA....................................................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................................GGCAAACCTGTCGCTCAGAAGCTCGGCT......................................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................................................................................................AACCTGTCGCTCAGAAGCTCGGCTACC...................................................................................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................................................................................................................................................................................................................TAAGTTCAAGGCCAGTGAGCTCCAGGC.............. | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................TGGTAGGTAACGCGGAAGAGCCGtt................................................................................................................................................................................. | 25 | tt | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................................................................................................TGTAGACGGAAGCCTGCAGTCTCAGCctc................................................................... | 29 | ctc | 1.00 | 11.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................................................AACGCGGAAGAGCCGGGA................................................................................................................................................................................ | 18 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................................................................................................................................TGGCCACGCGTTGTAGACGGAAGCCT................................................................................. | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................................................................................................TACCGAAAAGCAGAATGGCCACGCGTT............................................................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................................................................................CAGAATGGCCACGCGTTGTAGACGGAAG.................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................................TAGGTAACGCGGAAGAGCCGGGAGa.............................................................................................................................................................................. | 25 | a | 1.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................CCCCTGGTAGGTAACGCGGAAGAGCC.................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................................................................................................................................TGGCCACGCGTTGTAGACGGAAGCCTtc............................................................................... | 28 | tc | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................................................................................CGCGTTGTAGACGGAAGCCTG................................................................................ | 21 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | 
| ...........................................TCCCCTGGTAGGTAACGCGGAAGAGCCGGt................................................................................................................................................................................. | 30 | t | 1.00 | 0.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................................................................................................................................................TTGTAGACGGAAGCCTGCAGTCTCAG....................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................................................................................................................................AGCAGAATGGCCACGCGTTGTAGACGG....................................................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................................................................................................................................CGGAAGCCTGCAGTCTCAG....................................................................... | 19 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................................................................................................................................................................................................TGTAAGTTCAAGGCCAGTGAGCTCCAGGC.............. | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................................................................................GGCCTCAGGGCGCAGGATCGGGCAAA............................................................................................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................GAATGGCCACGCGTTGTAGACGGAAGC................................................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................GGTAACGCGGAAGAGCCGG.................................................................................................................................................................................. | 19 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................................................GTAGGTAACGCGGAAGAGCCGGGA................................................................................................................................................................................ | 24 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................................................................................................................................AGCAGAATGGCCACGCGTTGTAGACGGAA..................................................................................... | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................TGGTAGGTAACGCGGAAGAGCCG................................................................................................................................................................................... | 23 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................TGGTAGGTAACGCGGAAGAGCCGc.................................................................................................................................................................................. | 24 | c | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................................................................................................................................................GCCACGCGTTGTAGACGGAAGC................................................................................... | 22 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................TGGTAGGTAACGCGGAAGAGCa.................................................................................................................................................................................... | 22 | a | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................................................................................................................................TGGCCACGCGTTGTAGACGGAAG.................................................................................... | 23 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................................................................................................................................................................................................................CAAGGCCAGTGAGCTCCAGGCCAt........... | 24 | t | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................................................................................................................................................................................................AAGATTGCTGTAAGTTC.................................. | 17 | 4 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................................................TGTCGCTCAGAAGCTCGGCTACCGAAAAG................................................................................................................ | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................................................................................................................TCCAGGCTGGAGGCAGTAAAGATTGC........................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................................................................................................................TCCAGGCTGGAGGCAGTAAAGATTGta.......................................... | 27 | ta | 1.00 | 0.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................TGGTAGGTAACGCGGAAGAGCCGGGAt............................................................................................................................................................................... | 27 | t | 1.00 | 15.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................................................................................................................................AGCAGAATGGCCACGCGTTGTAGACa........................................................................................ | 26 | a | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................................................................................................TGTAGACGGAAGCCTGCAGTCTCAGCATCC.................................................................. | 30 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | 
| .....................................................................................................................................................................................................TAAAGATTGCTGTAAGTTCAAGGCCAGTG........................ | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................................................................................................TCAGAAGCTCGGCTACCGAAAAGCAGA............................................................................................................ | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................................................................................................................................................................................GTAAGTTCAAGGCCAGTGAGCTCCAGG............... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................................................GTAGGTAACGCGGAAGAGCCGGGAa............................................................................................................................................................................... | 25 | a | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................................................................................................TGTAGACGGAAGCCTGCAGTCTCA........................................................................ | 24 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................GAATGGCCACGCGTTGTAGACGGAA..................................................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............................................................................................AGGATCGGGCAAACCTGTCGCTCAGAAG................................................................................................................................ | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................GAATGGCCACGCGTTGTAGACGGgag.................................................................................... | 26 | gag | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................................................................................................................................................CCACGCGTTGTAGACGGAAGCCTGCA.............................................................................. | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ....................................................................................................................................................................................................GTAAAGATTGCTGTAAGTTCAAGtcc............................ | 26 | tcc | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................................................................................................................................................................................................................TAAGTTCAAGGCCAGTGAGCTCCAGG............... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................................................................................CAGAATGGCCACGCGTTGTAGACGGAA..................................................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................TGGTAGGTAACGCGGAAGAGCCa................................................................................................................................................................................... | 23 | a | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................................................................................................................................................................................AGTAAAGATTGCTGTAAGTTCAAGGCC............................ | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................................................................................CAGAATGGCCACGCGTTGTAGACGGA...................................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................................................................................................................................TGGCCACGCGTTGTAGACGGAAGCC.................................................................................. | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| CAAAACCACTGCTGGCACCCGCGCCGCACGGGCGCCCAATTCCTCCCCTGGTAGGTAACGCGGAAGAGCCGGGAGGGTGGCGGCCTCAGGGCGCAGGATCGGGCAAACCTGTCGCTCAGAAGCTCGGCTACCGAAAAGCAGAATGGCCACGCGTTGTAGACGGAAGCCTGCAGTCTCAGCATCCAGGCTGGAGGCAGTAAAGATTGCTGTAAGTTCAAGGCCAGTGAGCTCCAGGCCAGGCTGGACGACA ............................................((((((((...............)))))).))(((((.((.((.(((((((((..........)))).))))).)).))...(((.......)))......)))))..((((.((((...........))))))))...................................................................... ...........................................44..........................................................................................................................................184................................................................  | 
    Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | SRR069811(GSM610967) small RNA sequencing; sample 3. (testes)  | GSM475280(GSM475280) Mili-IP. (mili testes)  | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)  | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)  | SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)  | mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)  | SRR028730(GSM400967) Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)  | SRR069810(GSM610966) small RNA sequencing; sample 2. (testes)  | mjTestesWT4() Testes Data. (testes)  | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes)  | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)  | SRR029037(GSM433289) 18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)  | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)  | SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)  | SRR029038(GSM433290) 25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | mjTestesKO8() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | SRR051939(GSM545783) Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)  | mjTestesWT3() Testes Data. (testes)  | SRR028731(GSM400968) Mili-wt-associated. (testes)  | GSM475281(GSM475281) total RNA. (testes)  | SRR029036(GSM433288) 18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | SRR029039(GSM433291) 25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | SRR029040(GSM433292) 6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | SRR014231(GSM319955) 16.5 dpc total. (testes)  | SRR037902(GSM510438) testes_rep3. (testes)  | SRR363959(GSM822761) AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)  | SRR051940(GSM545784) 18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes)  | SRR014230(GSM319954) 10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)  | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR029041(GSM433293) 6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | SRR363960(GSM822762) Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)  | GSM509278(GSM509278) small RNA cloning by length. (piwi testes)  | SRR037901(GSM510437) testes_rep2. (testes)  | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR037903(GSM510439) testes_rep4. (testes)  | mjTestesWT1() Testes Data. (testes)  | GSM509277(GSM509277) small RNA cloning by length. (piwi testes)  | mjTestesWT2() Testes Data. (testes)  | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)  | GSM509275(GSM509275) MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)  | SRR363956(GSM822758) P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)  | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..............................................................................................................GTCGCTCAGAAGCTCGGC.......................................................................................................................... | 18 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................CACGGGCGCCCAATTCCT.............................................................................................................................................................................................................. | 18 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................CCGCACGGGCGCCCAgc.................................................................................................................................................................................................................... | 17 | gc | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................GCGCCCAATTCCTCCCCTGGTAGGT.................................................................................................................................................................................................. | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................................................................................................................CTACCGAAAAGCAGAATGG........................................................................................................ | 19 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................................................................................................................................................GCTGTAAGTTCAAGGCCAGTGAGCTCCA................. | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ......................................................................................................................................................................CCTGCAGTCTCAGCATCCA................................................................. | 19 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |