(8)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(7)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(27)
TESTES

Sense strand
AGGAGCTGACCAATATCCGGAATGTAGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGTGAGGCTGTGGGATGTGAGTGACGTTAGGATCCCTAAGTCGTGCCCATTTGTCTGGAACTACAATTCCCACTATGCATAGGGAAAGCCCATGGGTTCTTGAAGAGCTTGTTTAATCCTGGAGCTGGCCTCAGGTTTTTCTGGGCTGATCTGGCCTACGTGGGTCCTAGATGCCTCTTTTCCTCTACCAGGCCAGCTACTGTCTCATCGACAGCTTCCTGGGGAACTCAGAACTCATCGG


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
........................TAGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGG............................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 17.00 17.00 4.00 3.00 1.00 2.00 - - - 3.00 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - -
........................TAGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGT.............................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 14.00 14.00 8.00 - - 1.00 - 1.00 - - 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
........................TAGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGc.............................................................................................................................................................................................................................................. 28 c 8.00 17.00 - - - - - 1.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - -
........................TAGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGG................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 7.00 7.00 4.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................AAAGAATTGAGGGTGAGGCTGTGGG................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 6.00 6.00 - 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TATCCGGAATGTAGAAAGACTGAAGA........................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 6.00 6.00 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TCCGGAATGTAGAAAGACTGAAGAAAGA....................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 6.00 6.00 - - 2.00 - - 1.00 - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TGTGGGATGTGAGTGACGTTAGGATC............................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................AAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGTG............................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 3.00 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TGTAGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGG................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.....................ATGTAGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGG................................................................................................................................................................................................................................................ 29 1 3.00 3.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGAAGAGCTTGTTTAATCCTGGAGC.................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................AGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGG............................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GTAGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGG................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................TCATCGACAGCTTCCTGGGGAACTCA........... 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TGGGTTCTTGAAGAGCTTGTTTAATCCTGG....................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - -
...........................AAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGT.............................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................AAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGTGAGGC......................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGAAGAGCTTGTTTAATCCTGGAGCTGGC................................................................................................................ 29 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TCTGGGCTGATCTGGCCTACGTGGGTC........................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................AAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGTGA............................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TGTGAGTGACGTTAGGATCCCTAAG......................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.........................AGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGT.............................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AATGTAGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGa................................................................................................................................................................................................................................................ 30 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........CAATATCCGGAATGTAGAAAGACT................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.............TATCCGGAATGTAGAAAGACTGAAGAAAGA....................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TATCCGGAATGTAGAAAGACTGAAGAAA......................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TTGAAGAGCTTGTTTAATCCTGGAGC.................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GAATGTAGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGG................................................................................................................................................................................................................................................ 31 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................AAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGcca............................................................................................................................................................................................................................................ 26 cca 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TATCCGGAATGTAGAAAGACTGAAGAAAG........................................................................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................TCATCGACAGCTTCCTGGGGAACTCAGAACT...... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
..............................................GAGGGTGAGGCTGTGGGATGTGAGTGAC........................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGGCTGTGGGATGTGAGTGAC........................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................AAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGTGAG........................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TCTGGGCTGATCTGGCCTACGTGGGTCCT......................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CCGGAATGTAGAAAGACTGAAGAAAGAA...................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................AAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGTGA............................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................AGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGc.............................................................................................................................................................................................................................................. 27 c 1.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CCGGAATGTAGAAAGACTGAAGAAAGAAT..................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................TCATCGACAGCTTCCTGGGGAACTC............ 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................GGGCTGATCTGGCCTACGTGGG............................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TGACCAATATCCGGAATGTAGAAAGACT................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCTGGGGAACTCAGAACTCATCGG 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................TCATCGACAGCTTCCTGGGGAACTCAGAAC....... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................TTTCTGGGCTGATCTGGCCTACGTGG.............................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCTGGGGAACTCAGAACTCATCGa 26 a 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGcc............................................................................................................................................................................................................................................. 29 cc 1.00 17.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.............TATCCGGAATGTAGAAAGACTGAAG............................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGAAGAGCTTGTTTAATCCTGGAGCT................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
...........................................................TGGGATGTGAGTGACGTTAGGATCCCT............................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
......TGACCAATATCCGGAATGTAGAAAGA.................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................AGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGG................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................TGGAACTACAATTCCCACTATGCATAGGGA............................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GACTGAAGAAAGAATTGAGGGTGAGGC......................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................AAAGACTGAAGAAAGAATTGAGG................................................................................................................................................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TCCGGAATGTAGAAAGACTGAAGAA.......................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGccat........................................................................................................................................................................................................................................... 31 ccat 1.00 17.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.....................................................................................TAAGTCGTGCCCATTTGTCTGGAACT................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -

Antisense strand
AGGAGCTGACCAATATCCGGAATGTAGAAAGACTGAAGAAAGAATTGAGGGTGAGGCTGTGGGATGTGAGTGACGTTAGGATCCCTAAGTCGTGCCCATTTGTCTGGAACTACAATTCCCACTATGCATAGGGAAAGCCCATGGGTTCTTGAAGAGCTTGTTTAATCCTGGAGCTGGCCTCAGGTTTTTCTGGGCTGATCTGGCCTACGTGGGTCCTAGATGCCTCTTTTCCTCTACCAGGCCAGCTACTGTCTCATCGACAGCTTCCTGGGGAACTCAGAACTCATCGG


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
......................................................................................................................................................................................................................................CCTCTACCAGGCCAGCTACTGTCTCA.................................. 26 1 13.00 13.00 - 10.00 - - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GGAGCTGACCAATATCCGGAATGTA........................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 10.00 10.00 - - - - 10.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TGGGCTGATCTGGCCTACGTGGGTCCTA........................................................................ 28 1 4.00 4.00 - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................ACAGCTTCCTGGGGAACTCAGAACTCA.... 27 1 3.00 3.00 - - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................CTCTACCAGGCCAGCTACTGTCTCA.................................. 25 1 3.00 3.00 - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................CAGCTTCCTGGGGAACTCAGAACTCA.... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCTGGAACTACAATTCCCACTATGCA.................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................GCCTCTTTTCCTCTACCAGGCCA.............................................. 23 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................ATGCCTCTTTTCCTCTACCAGGCCA.............................................. 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................GCATAGGGAAAGCCCATGGGTTCTTGAA......................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
........................................................................................................TGGAACTACAATTCCCACTATGCATA................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................GATGCCTCTTTTCCTCTACCAGGCCA.............................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................CTACCAGGCCAGCTACTGTCTCA.................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................GTGCCCATTTGTCTGGAACTACAATTCCC.......................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................TCTACCAGGCCAGCTACTGTCTCAT................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TCCTGGAGCTGGCCTCAGGTTTTTCTGGGCTGa............................................................................................. 33 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
................................................................................................................................................................................................................GTGGGTCCTAGATGCCTCTTTTCCTCTA...................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................GCCCATTTGTCTGGAACTACAATTCCCA......................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TTAGGATCCCTAAGTCGTGCCCATTTGT........................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................CTACGTGGGTCCTAGATGCCTCTTTTCC.......................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................TCTACCAGGCCAGCTACTGTCTCAa.................................. 25 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................ACGTGGGTCCTAGATGCCTCTTTTCCT......................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................AGCTTCCTGGGGAACTCAGAACTCA.... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................CTCTACCAGGCCAGCTACTGTCTCATCG............................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -