chr7:52109429 52110011 +
(8)
OTHER.mut 		(2)
OVARY 		(6)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(37)
TESTES

Sense strand
TCAAGGAGAAGAGGACAGAAGCCCGATCGTCAGATGAGGAGAATGGCCCGGTGAGGGGGGGAACGAGACAAGTGTTCTGCCGAGAGGAGCCCCACTGTAGTTTAGGAGAAAGGCCCCTCCCTCGTCTATCCAAAGTCGTTTGGGAGGGAGTCAGGGAAACTGAAGCTCCGGGTTAAAGCAGTGGTCTTTGGCTGGACTGCCCTGACCTGGCGCCCCCTTCACAGAAAACTCCCTAAAGTAGAGGGGACAACAAGGCACTGAGTGATCACATGACACCCCGCTCGGGGCGCCAGCGCCTTCATAGCTGCTCTACATATGGCAACCCCCTAGATTCAGGTGGGATGCCTGCTGTCTTGGCCGAAGCGTGGCCGGACCGGGCACCTTGCACTGGGCTCCTGCTTCTTAGCAGTGGTAGAGTTGAAGAAGGAGGTGGGATGCGGAACGTGCCGGTTCGCAGCCTGCAGGACAGACAGTCCGGAATGGCGGGCTTCCGGGAGGCGGGCCCTGCACACTGACAGTTTCCTTCTCTACAGCCCTCCTCGCCCGACCTAGACCGAATAGCGGCCAGCATGCGCGCGCTGGT
......................................................................................................................................................................................................................................(((....((((((.((.....(((((.(((.(((.((....))..((((....)))))))))).))))).....)).))))))....((((.((((((......))).))).))))....(((.((((((.....))))))))).)))((((((.((((..((..(((((....)))))..))..)).))......)))))).......................................................................................................................................................
......................................................................................................................................................................................................................................231.......................................................................................................................................................................................................433....................................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR037898(GSM510434)
ovary_rep3. (ovary) 		SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCTACAGCCCTCCTCtcc....................................... 19 tcc 30.00 0.00 - - 24.00 - - - - - - - - - - 3.00 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCAGTGGTAGAGTTGAAGAAGGAGG......................................................................................................................................................... 27 1 7.00 7.00 - 1.00 - - - 1.00 - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCAGTGGTAGAGTTGAAGAAGGAG.......................................................................................................................................................... 26 1 7.00 7.00 - 2.00 - - - 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCTACAGCCCTCCTCtgc....................................... 19 tgc 5.00 0.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............GGACAGAAGCCCGATC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 16 2 5.00 5.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................AAGTAGAGGGGACAACAAGGCACTGA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGACCTAGACCGAATAGCG.................... 19 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGAGGACAGAAGCCCGATCGTCAGATGAGGAGA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 33 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGCCCGATCGTCAGATGAGGAGAATGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCTACAGCCCTCCTatcc....................................... 19 atcc 2.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GGAGAAGAGGACAGAAGCCCGATCGTC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGCAGTGGTAGAGTTGAAGAAGGAGG......................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................GAATGGCCCGGTGAGGGGGGGAACa...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 a 2.00 0.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GAAGCCCGATCGTCAGATGAGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 22 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATGCCTGCTGTCTTGag................................................................................................................................................................................................................................. 17 ag 2.00 0.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCAGTGGTAGAGTTGAAGAAG............................................................................................................................................................. 23 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................GAGACAAGTGTTCTGCCGAGAGGAGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CGATCGTCAGATGAGGAGAATGGCCC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGCCCGATCGTCAGATGAGGAGAATGGCC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCTACAGCCCTCCTatgc....................................... 19 atgc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGAGGACAGAAGCCCGATCGTCAGATGA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCAGTGGTAGAGTTGAAGAAGG............................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..............ACAGAAGCCCGATCGTCAGATGAGGAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGATTCAGGTGGGATGCCTGCTGT....................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTTGAAGAAGGAGGTGGGATGC................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CCCGATCGTCAGATGAGGAGAATGGC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAGCAGTGGTAGAGTTGAAGAAGGAG.......................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................TGACCTGGCGCCCCCTTCACAGAAAACTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............ACAGAAGCCCGATCGTCAGATGAGGA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.......................CGATCGTCAGATGAGGAGAATGGCCCG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................AGCAGTGGTCTTTGGCTGGACTGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................CGAGACAAGTGTTCTGCCGAGAGGAGCC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..AAGGAGAAGAGGACAGAAGCCCGATCGTC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
................................................................................................................................TCCAAAGTCGTTTGGGAGGGAG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCTCGCCCGACCTAGACCGAATAGCGGCC................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACATATGGCAACCCCCTAGATTCAGGTG.................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGAAGCTCCGGGTTAAAGCAGTGGT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCAGTGGTAGAGTTGAAGAAGGA........................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGCCCGATCGTCAGATGAG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GACAGAAGCCCGATCGTCAGATGAG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCTGCTTCTTAGCAGTGGTt......................................................................................................................................................................... 20 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCTTAGCAGTGGTAGAGTTGAAGAA.............................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCGACCTAGACCGAATAGCGGCCAGCATGt.......... 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
...............................................................CGAGACAAGTGTTCTGCCGAGAGGAGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGCAGTGGTAGAGTTGAAGAAGGAGGT........................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TGGCTGGACTGCCCTGACCTGGC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......GAAGAGGACAGAAGCCCGATCGTCAGAT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................ATGAGGAGAATGGCCCGGTGAGGGGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......GAAGAGGACAGAAGCCCGATCGTCAGA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCTACAGCCCTCCTCacc....................................... 19 acc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GGGAAACTGAAGCTCCGGGTTAAAGCAGT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGCCCGATCGTCAGATGAGGAGAATGGC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............GGACAGAAGCCCGATCGTCAGATGc.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 c 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...AGGAGAAGAGGACAGAAGCCCGATCGTC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCTTAGCAGTGGTAGAGTTGAAGA............................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
................................................................................................................................TCCAAAGTCGTTTGGGAGGGAGTCA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................TTTGGCTGGACTGCCCTGACCTGGCGt.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCACACTGACAGTTTCCTTCTCTAC.................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TTGGCTGGACTGCCCTGACCTGGCGC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CCCGATCGTCAGATGAGGAGAATGGa........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 a 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CAGAAGCCCGATCGTCAGATGAGGAGAAT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GAGGACAGAAGCCCGATCGT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGACCGAATAGCGGCCAGCATGCGC........ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GATGAGGAGAATGGCCCGc.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GAGTCAGGGAAACTGAAGC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 19 3 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACAGTTTCCTTCTCTACAGCCCTCCTC.......................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGCCCGATCGTCAGATGAGGta.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 22 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCACTGGGCTCCTGCTTCTTAGCAGTG............................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAGCAGTGGTAGAGTTGAAGAAGGA........................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCGCAGCCTGCAGGACAGACAGTCCGG......................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGAGGACAGAAGCCCGATCGTCAGATG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTAGAGTTGAAGAAGGAGG......................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTAGAGTTGAAGAAGGAGGTGGG..................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................CAAAGTCGTTTGGGAGGGAGTCAGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TATCCAAAGTCGTTTGGGAGGGAGT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CCGATCGTCAGATGAGGAGAATGGCCCG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TCCAAAGTCGTTTGGGAGGGAGTCg.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..........GAGGACAGAAGCCCGATCGTCAGATGAG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCAGTGGTAGAGTTGAAGAAGGAGGT........................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CCCGATCGTCAGATGAGGAGAATGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TCAAGGAGAAGAGGACAGAAGCCCGATCGTCAGATGAGGAGAATGGCCCGGTGAGGGGGGGAACGAGACAAGTGTTCTGCCGAGAGGAGCCCCACTGTAGTTTAGGAGAAAGGCCCCTCCCTCGTCTATCCAAAGTCGTTTGGGAGGGAGTCAGGGAAACTGAAGCTCCGGGTTAAAGCAGTGGTCTTTGGCTGGACTGCCCTGACCTGGCGCCCCCTTCACAGAAAACTCCCTAAAGTAGAGGGGACAACAAGGCACTGAGTGATCACATGACACCCCGCTCGGGGCGCCAGCGCCTTCATAGCTGCTCTACATATGGCAACCCCCTAGATTCAGGTGGGATGCCTGCTGTCTTGGCCGAAGCGTGGCCGGACCGGGCACCTTGCACTGGGCTCCTGCTTCTTAGCAGTGGTAGAGTTGAAGAAGGAGGTGGGATGCGGAACGTGCCGGTTCGCAGCCTGCAGGACAGACAGTCCGGAATGGCGGGCTTCCGGGAGGCGGGCCCTGCACACTGACAGTTTCCTTCTCTACAGCCCTCCTCGCCCGACCTAGACCGAATAGCGGCCAGCATGCGCGCGCTGGT
......................................................................................................................................................................................................................................(((....((((((.((.....(((((.(((.(((.((....))..((((....)))))))))).))))).....)).))))))....((((.((((((......))).))).))))....(((.((((((.....))))))))).)))((((((.((((..((..(((((....)))))..))..)).))......)))))).......................................................................................................................................................
......................................................................................................................................................................................................................................231.......................................................................................................................................................................................................433....................................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR037898(GSM510434)
ovary_rep3. (ovary) 		SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCCGACCTAGACCGAATAGCGGCCA................ 26 1 10.00 10.00 8.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCTTCTCTACAGCCCTC............................................. 19 1 9.00 9.00 9.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCCTCCTCGCCCGACCTAGACCGAA......................... 26 1 8.00 8.00 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................GCGCCCCCTTCACAGAAAACTCCCTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 6.00 6.00 - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......GAAGAGGACAGAAGCCCGATCGTCAGA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 4.00 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACAGCCCTCCTCGCCCGACCTAG............................... 23 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGCCCTCCTCGCCCGACCTAGACCGA.......................... 26 1 4.00 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCCTCCTCGCCCGACCTAGACCGAATA....................... 28 1 3.00 3.00 - 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................CCTTCACAGAAAACTCCCTAAAGTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................GCCCCCTTCACAGAAAACTCCCTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......GAAGAGGACAGAAGCCCGATCGTCAG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................GCCCCTCCCTCGTCTATCCAAAGTCG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................AGGAGAAAGGCCCCTCCCTCGTCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CATATGGCAACCCCCTAGATTCAGGT..................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGCGCCAGCGCCTTCATAGCTGCTCTACA............................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGTGCCGGTTCGCAGCCT........................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
........................GATCGTCAGATGAGGAGAA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCGGAACGTGCCGGTTCGCAGCCTGCA........................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................CTGCCGAGAGGAGCCCCACTGTAGT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................CCTCGTCTATCCAAAGTCGTTTGGGA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGTGCCGGTTCGCAGCCTGC......................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGCCTTCATAGCTGCTCTACATATGGCA...................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGCGCCAGCGCCTTCATAGCTGCTCTACaaa.............................................................................................................................................................................................................................................................................. 32 aaa 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTTCTTAGCAGTGGTAGAGTTGAAGAA.............................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACAGCCCTCCTCGCCtctt....................................... 19 tctt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACATATGGCAACCCCCTAGATTCA........................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCAGCGCCTTCATAGCTGCTCTACATA........................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................GAAAGGCCCCTCCCTCGTCTATCCA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAGGCGGGCCCTGCACACTGACAaa.................................................................. 26 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................CCCTTCACAGAAAACTCCCTAt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 22 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GAAGCCCGATCGTCAGATGAGGAGAA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................GGACAACAAGGCACTGAGTGATCACA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGCCCTCCTCGCCCGACCTAGACCGAATA....................... 30 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................CAACAAGGCACTGAGTGATCACA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................CCCCCTTCACAGAAAACTCCCTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGAGGACAGAAGCCCGATCG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGCTGCTCTACATATGGCAACCCCCTA.............................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCTCCTCGCCCGACCTAGACCGAATA....................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACATATGGCAACCCCCTAGATTCA........................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGCACTGGGCTCCTGCTTCTTAGCA............................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCGCCAGCGCCTTCATAGCTGCTCTACA............................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCTACAGCCCTCCT........................................... 15 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - -