(1)
OTHER.ip
(6)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(37)
TESTES

Sense strand
AGTGGCATCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGCCCAGCCCACAGCCCAGGTAACCACCTATGCTATGCAGATGCAGGTGGAAGGGGCGGTGGTCTCTGATGCCCCTTTGACACAGCCTCCCATTTCTCCCCACAGGCCAACCAGCCTTTTGAGGAGCCATGGGCAATAGGGGACCCATGAAAACT
..................................................................(((....))).((.(((((((((..((...))..))))))))).))...((((...............))))................................................
........................................................57...................................................................................142..........................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
.......TCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGC........................................................................................................................................................ 27 1 80.00 80.00 18.00 14.00 5.00 10.00 6.00 1.00 3.00 - 5.00 - - 2.00 3.00 3.00 - 5.00 - - - - - - - - 1.00 1.00 - - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - -
.......TCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGCC....................................................................................................................................................... 28 1 49.00 49.00 14.00 11.00 8.00 4.00 6.00 - - - - - - - 2.00 1.00 - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TGCTATGCAGATGCAGGTGGAAGGG.................................................................................................... 25 1 20.00 20.00 - - - - - - - 4.00 - 10.00 2.00 - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAG......................................................................................................................................................... 26 1 18.00 18.00 1.00 5.00 2.00 6.00 1.00 - - - - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGCC....................................................................................................................................................... 27 1 14.00 14.00 2.00 3.00 1.00 1.00 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 1.00 -
..TGGCATCGAAGACGGACACTGCACCAG............................................................................................................................................................. 27 1 14.00 14.00 4.00 2.00 3.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GGCATCGAAGACGGACACTGCACCAGC............................................................................................................................................................ 27 1 13.00 13.00 2.00 1.00 2.00 - 4.00 1.00 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GGCATCGAAGACGGACACTGCACCAG............................................................................................................................................................. 26 1 13.00 13.00 1.00 1.00 4.00 1.00 - - 2.00 - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
........CGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGCCC...................................................................................................................................................... 28 1 10.00 10.00 3.00 2.00 1.00 - 1.00 1.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGCCC...................................................................................................................................................... 29 1 10.00 10.00 3.00 4.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
........CGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGC........................................................................................................................................................ 26 1 10.00 10.00 - - - - 1.00 3.00 - - 1.00 - - - - - - - 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
..TGGCATCGAAGACGGACACTGCACCAGC............................................................................................................................................................ 28 1 9.00 9.00 1.00 2.00 - 2.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.............................................................TGCTATGCAGATGCAGGTGGAAGGGGC.................................................................................................. 27 1 8.00 8.00 - - - - - - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
..TGGCATCGAAGACGGACACTGCACCA.............................................................................................................................................................. 26 1 7.00 7.00 2.00 - 2.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TGCTATGCAGATGCAGGTGGAAGG..................................................................................................... 24 1 5.00 5.00 - - - - - - - 2.00 - - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TGCTATGCAGATGCAGGTGGAAGGGG................................................................................................... 26 1 5.00 5.00 - - - - - - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGCCCA..................................................................................................................................................... 30 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - -
........CGAAGACGGACACTGCACCAGCAAG......................................................................................................................................................... 25 1 4.00 4.00 - - - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GGCATCGAAGACGGACACTGCACCAGCAA.......................................................................................................................................................... 29 1 3.00 3.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GGCATCGAAGACGGACACTGCACCAGCA........................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.......TCGAAGACGGACACTGCACCAGCA........................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GGCATCGAAGACGGACACTGCACCA.............................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TGCAGATGCAGGTGGAAGGGG................................................................................................... 21 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....GCATCGAAGACGGACACTGCACCAGCA........................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GCATCGAAGACGGACACTGCACCAGCAA.......................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGCATCGAAGACGGACACTGCACCAGCAA.......................................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CGAAGACGGACACTGCACCAGCAA.......................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGCCt...................................................................................................................................................... 28 t 1.00 14.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......ATCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGC........................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CGGACACTGCACCAGCAAGC........................................................................................................................................................ 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGCATCGAAGACGGACACTGCACCAt............................................................................................................................................................. 27 t 1.00 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............GACGGACACTGCACCAGCAAGCCCAGCC.................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GCATCGAAGACGGACACTGCACCAGC............................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGac....................................................................................................................................................... 27 ac 1.00 4.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGCATCGAAGACGGACACTGCACCAGCA........................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TGCTATGCAGATGCAGGTGGAAGGGt................................................................................................... 26 t 1.00 20.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....CATCGAAGACGGACACTGCACCAGCAA.......................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TGCTATGCAGATGCAGGTGGcagg..................................................................................................... 24 cagg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TGCTATGCAGATGCAGGTGGAAGGGGCGG................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGCaa...................................................................................................................................................... 29 aa 1.00 80.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TGCTATGCAGATGCAGGTGGAAG...................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGCATCGAAGACGGACACTGCACCAaa............................................................................................................................................................ 28 aa 1.00 7.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGt........................................................................................................................................................ 27 t 1.00 18.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......ATCGAAGACGGACACTGCACCAGCAA.......................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGCATCGAAGACGGACACTGCA................................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........GAAGACGGACACTGCACCAGCAAGC........................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GGCATCGAAGACGGACACTGCACCAGCt........................................................................................................................................................... 28 t 1.00 13.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGCATCGAAGACGGACACTGCAac............................................................................................................................................................... 25 ac 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GGCATCGAAGACGGACACTGCACC............................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......ATCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGCCC...................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......ATCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGCC....................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGCCCt..................................................................................................................................................... 30 t 1.00 10.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GGCATCGAAGACGGACACTGCACaagc............................................................................................................................................................ 27 aagc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGCCCt..................................................................................................................................................... 29 t 1.00 10.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TGCTATGCAGATGCAGGTGGAAGGGGCG................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
........CGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGCt....................................................................................................................................................... 27 t 1.00 10.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAt......................................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............ACGGACACTGCACCAGCAAGCCCAGCCC................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGa........................................................................................................................................................ 27 a 1.00 18.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TGCTATGCAGATGCAGGTGGAAGGGGt.................................................................................................. 27 t 1.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
........CGAAGACGGACACTGCACCAGCAAccc....................................................................................................................................................... 27 ccc 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GGCATCGAAGACGGACAC..................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGa........................................................................................................................................................ 26 a 1.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TCGAAGACGGACACTGCACCAGC............................................................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGCATCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAG......................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GCATCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGC........................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TGACACAGCCTCCCATTTCTCCCCACAGGC................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGCATCGAAGACGGACACTGCACCAa............................................................................................................................................................. 27 a 1.00 7.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGCACCAGCAAGCCCAGCCCACAGCCCA......................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AGTGGCATCGAAGACGGACACTGCACCAGCAAGCCCAGCCCACAGCCCAGGTAACCACCTATGCTATGCAGATGCAGGTGGAAGGGGCGGTGGTCTCTGATGCCCCTTTGACACAGCCTCCCATTTCTCCCCACAGGCCAACCAGCCTTTTGAGGAGCCATGGGCAATAGGGGACCCATGAAAACT
..................................................................(((....))).((.(((((((((..((...))..))))))))).))...((((...............))))................................................
........................................................57...................................................................................142..........................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)