(1)
OTHER.ip
(6)
OTHER.mut
(6)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(38)
TESTES

Sense strand
TGGAACTACTGAATCAAATGGATGGATTTGACCAGAACGTCAATGTGAAGGTTTAGGGCTCAGGATTGGCAAGGGGTGGTATGGCCTAAGGACTGGAGAAAGACAGGGGATGGCTCATGGAGGCCAGATGTCACGACAGGAAAAGAAGATGTAGGAATGGCAGAAGCCTAAGCTGGTTCCTCCCTGTGCCAGGTAATCATGGCCACAAACAGAGCAGACACCTTGGATCCAGCTCTACTGCG
...................................................(((((..((.(((..((.((.....)).))...))).))..))))).................................................................................................................................................
..................................................51..........................................................111.................................................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363964(GSM822766)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
..................................................GTTTAGGGCTCAGGATTGGCAAGGGG...................................................................................................................................................................... 26 1 9.00 9.00 - - 3.00 1.00 - - - - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - -
..................................................GTTTAGGGCTCAGGATTGGCAAG......................................................................................................................................................................... 23 1 6.00 6.00 - - - - 5.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTTTAGGGCTCAGGATTGGCAAGGG....................................................................................................................................................................... 25 1 6.00 6.00 - 1.00 1.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TACTGAATCAAATGGATGGATTTGACC................................................................................................................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................GATGGATTTGACCAGAACGTCAATGTGAAG................................................................................................................................................................................................ 30 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTTTAGGGCTCAGGATTGGCAAGG........................................................................................................................................................................ 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................TCAGGATTGGCAAGGGGTGGTA................................................................................................................................................................. 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGGCCTAAGGACTGGAGAAAGACAGG....................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTTTAGGGCTCAGGATTGGCAAGGGGT..................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..............CAAATGGATGGATTTGACCAGAACGTC......................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TAATCATGGCCACAAACAGAGCAGACA...................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TAAGGACTGGAGAAAGACAGGGGATGG................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CAAATGGATGGATTTGACCAGAACGTCA........................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................GAAAAGAAGATGTAGGAATGGCAGAAG............................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGGCCTAAGGACTGGAGAAAGACAGGG...................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TGGATTTGACCAGAACGTCAA....................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGGTATGGCCTAAGGACTGGAGAAAGACAGG....................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.................ATGGATGGATTTGACCAGAACGTCAA....................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..................TGGATGGATTTGACCAGAACGTCAAT...................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
...................................................................................GCCTAAGGACTGGAGAAAGACAGGGGA.................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GGATGGATTTGACCAGAACGTCAATGTGA.................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................GATGGATTTGACCAGAACGTCAA....................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
....................................................................................................................................................................................................TCATGGCCACAAACAGAGCAGACACC.................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................AGGTAATCATGGCCACAAACAGAGCAGACACa.................... 32 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..............CAAATGGATGGATTTGACCAGAACGTCAAT...................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GGATGGATTTGACCAGAACGTCAAT...................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GGATGGATTTGACCAGAACGTCAATGTG................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...AACTACTGAATCAAATGGATGGATTTG.................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TGAATCAAATGGATGGATTTGACCAGAA............................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................ATGGATGGATTTGACCAGAACGTC......................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TAAGGACTGGAGAAAGACAGGGGATt.................................................................................................................................. 26 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................ATGGATTTGACCAGAACGTCAATGTGAA................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GAACTACTGAATCAAATGGATGG......................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTTTAGGGCTCAGGATTGGCAAGGGtt..................................................................................................................................................................... 27 tt 1.00 6.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CAAACAGAGCAGACACCTTGGATCCAG.......... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................GGCCTAAGGACTGGAGAAAGACAGGG...................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GGAACTACTGAATCAAATGGATGG......................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................AAGGTTTAGGGCTCAGGATTGGCAAG......................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGGATGGATTTGACCAGAACGTCAATGT.................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................CCAGAACGTCAATGTGAA................................................................................................................................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTTTAGGGCTCAGGATTGGCAAGGGGTG.................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................CAGAACGTCAATGTGAAG................................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................CAGGAAAAGAAGATGTAGGAATGGCAG............................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TGGATTTGACCAGAACGTCAATGTGAA................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................GGACTGGAGAAAGACAGG....................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - -
.....................ATGGATTTGACCAGA.............................................................................................................................................................................................................. 15 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12
..............CAAATGGATGGATTTGA................................................................................................................................................................................................................... 17 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11

Antisense strand
TGGAACTACTGAATCAAATGGATGGATTTGACCAGAACGTCAATGTGAAGGTTTAGGGCTCAGGATTGGCAAGGGGTGGTATGGCCTAAGGACTGGAGAAAGACAGGGGATGGCTCATGGAGGCCAGATGTCACGACAGGAAAAGAAGATGTAGGAATGGCAGAAGCCTAAGCTGGTTCCTCCCTGTGCCAGGTAATCATGGCCACAAACAGAGCAGACACCTTGGATCCAGCTCTACTGCG
...................................................(((((..((.(((..((.((.....)).))...))).))..))))).................................................................................................................................................
..................................................51..........................................................111.................................................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363964(GSM822766)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR029039(GSM433291)
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GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
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cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
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cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
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..........................................................................................................................................................................TGGTTCCTCCCTGTcca....................................................... 17 cca 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................GGGGTGGTATGGCCgaac............................................................................................................................................................ 18 gaac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................GCTGGTTCCTCCCTGT....................................................... 16 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 -
........................................................................................................................................................................GCTGGTTCCTCCCTGTggg....................................................... 19 ggg 0.14 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 -