(6)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(2)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(22)
TESTES

Sense strand
CTAGAAATCCCAGAAACGCATAAGGATCTATTTATCGTTCGGGCCTCCTTTATCTATAACAAAGGGGAAAAGGAACACGAAGCCCTTTGGCTAAGGATGAAGTTACCCTAAGTAGCAAGGGCCTCTGATAAAAGGGGTGTGCGCAAGGGGGCAAATCAACACCCAGCCCCTTACCAGGATCTGCCCTCTGCCTTCTGCAGGGAGCTTGAAGGATGAGGACTACACCCGAGGCTGTGGCAGTCTTCCCGGA
...........................................................................((.((.((((((..(((.(((..........))).)))...)))))).))))...........................................................................................................................
..................................................51................................................................................133...................................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
........................................................TAACAAAGGGGAAAAGGAACACGAAGC....................................................................................................................................................................... 27 1 23.00 23.00 - 11.00 5.00 - - 2.00 - - - 2.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - 1.00
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............................................................................................................TAAGTAGCAAGGGCCTCTGATAAAAG.................................................................................................................... 26 1 10.00 10.00 - 3.00 - - 2.00 3.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - -
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...................................................................................................................................................................................................TGCAGGGAGCTTGAAGGATGAGG................................ 23 1 9.00 9.00 - 2.00 - 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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....................TAAGGATCTATTTATCGTTCGGGCCT............................................................................................................................................................................................................ 26 1 7.00 7.00 1.00 - - 3.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - -
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......................................................TATAACAAAGGGGAAAAGGAACACGAAG........................................................................................................................................................................ 28 1 4.00 4.00 - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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....................TAAGGATCTATTTATCGTTCGGGCCTCC.......................................................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - -
....................TAAGGATCTATTTATCGTTCGGGC.............................................................................................................................................................................................................. 24 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
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.TAGAAATCCCAGAAACGCATAAGGATC.............................................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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...........................................................................................................................................................................TACCAGGATCTGCCCTCTGCCTTCTGC.................................................... 27 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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.............................................................................................................................TGATAAAAGGGGTGTGCGCAAGGGGtc.................................................................................................. 27 tc 1.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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..............................................CCTTTATCTATAACAAAGGGGAAAAGGAA............................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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.....................................................................................TTTGGCTAAGGATGAAGTTACCCTAAGT......................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
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......................................................................................................TTACCCTAAGTAGCAAGGGCCTCTGATA........................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
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........................................................................................GGCTAAGGATGAAGTTACCCTAAGT......................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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..................................................TATCTATAACAAAGGGGAAAAGGAA............................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAAGGATGAGGACTACACCCGAG.................... 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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........CCCAGAAACGCATAAGGATCT............................................................................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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...............ACGCATAAGGATCTATTTATCGTTCGGGCt............................................................................................................................................................................................................. 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TAAGTAGCAAGGGCCTCTGATAAAAGGG.................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TATCGTTCGGGCCTCCTTTATCTATAA............................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
....................TAAGGATCTATTTATCGTTCGGGCCTCCa......................................................................................................................................................................................................... 29 a 1.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TGCAGGGAGCTTGAAGGATGAGGtc.............................. 25 tc 1.00 9.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TACCAGGATCTGCCCTCTGCCTTCT...................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TAAGTAGCAAGGGCCTCTGATAAAA..................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TACCCTAAGTAGCAAGGGCCTCTGATA........................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................GCAAGGGCCTCTGATAAAAGGGGTGTG............................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGAGGACTACACCCGAGGCTGTGGC............ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TCTGATAAAAGGGGTGTGCGCAA........................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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................................................TTTATCTATAACAAAGGGGAAAAGGAAC.............................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
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..........................................................................................................................................................................TTACCAGGATCTGCCCTCTGCCTTCTG..................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TAAGGATCTATTTATCGTTCGG................................................................................................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGGCTAAGGATGAAGTTACCCTcagt......................................................................................................................................... 26 cagt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................AAGGATGAAGTTACCCTAAGTAGCAAG................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TCTGATAAAAGGGGTGTGCGCAAGGGGa................................................................................................... 28 a 1.00 14.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TTCTGCAGGGAGCTTGAAGGATGAGG................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...................................................ATCTATAACAAAGGGGAAAAGGAACACG........................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................AAGGATGAGGACTACACCCGAGGCTGTGGC............ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................AAGGAACACGAAGCCCTTTGGCTAAGGAT........................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TGCCTTCTGCAGGGAGCTTGAAGGA..................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TTTGGCTAAGGATGAAGTTACCCTAt........................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................TAACAAAGGGGAAAAGGAACACGAAGCCCTT................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................ACAAAGGGGAAAAGGAACACGAAGC....................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TGCCTTCTGCAGGGAGCTTGAAGGATG................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGCTAAGGATGAAGTTACCCTAAGTA........................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................TTGAAGGATGAGGACTACACCCGAGa................... 26 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................GTAGCAAGGGCCTCTGATAAAAGGGGTa............................................................................................................... 28 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
...........................................................................................................................TCTGATAAAAGGGGTGTGCGCAAGGGGt................................................................................................... 28 t 1.00 14.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TTCTGCAGGGAGCTTGAAGGATGAGGAC.............................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
...........................................................................................TAAGGATGAAGTTACCCTAAGTAGCAAGG.................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................ATCTATAACAAAGGGGAAAAGGAACAC............................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAAGGATGAAGTTACCCTAAGTAGC...................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TAAAAGGGGTGTGCGCAAGGGGG................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................CATAAGGATCTATTTATCGTTCGGGC.............................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CGCATAAGGATCTATTTATCGTTCGGGC.............................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TTCTGCAGGGAGCTTGAAGGATGAG................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGGCTAAGGATGAAGTTACCCTAAG.......................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................ATGAAGTTACCCTtggt......................................................................................................................................... 17 tggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
...........................................................................................................................TCTGATAAAAGGGGTGTGCGCAAGGGGG................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TAGCAAGGGCCTCTGATAAAAGGGGT................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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...........................................................................................................................................................................................................GCTTGAAGGATGAGGACTACACCCG...................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CGCATAAGGATCTATTTATCGTTCGGG............................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................TCTATAACAAAGGGGAAAAGGAACACGA.......................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................TCTGCCTTCTGCAGGGAGCTTGAAGGA..................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGATAAAAGGGGTGTGCGCAAGGG..................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CTAGAAATCCCAGAAACGCATAAGGATCTATTTATCGTTCGGGCCTCCTTTATCTATAACAAAGGGGAAAAGGAACACGAAGCCCTTTGGCTAAGGATGAAGTTACCCTAAGTAGCAAGGGCCTCTGATAAAAGGGGTGTGCGCAAGGGGGCAAATCAACACCCAGCCCCTTACCAGGATCTGCCCTCTGCCTTCTGCAGGGAGCTTGAAGGATGAGGACTACACCCGAGGCTGTGGCAGTCTTCCCGGA
...........................................................................((.((.((((((..(((.(((..........))).)))...)))))).))))...........................................................................................................................
..................................................51................................................................................133...................................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
....AAATCCCAGAAACGCATAAGGATCTA............................................................................................................................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - -
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.......................................................................................................................................................CAAATCAACACCCAGCCCCT............................................................................... 20 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................CGTTCGGGCCTCCTTTATCTATAAC.............................................................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................AAAGGAACACGAAGCCCTTTGGCTAAGGA......................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................CTAAGTAGCAAGGGCCTCTGATAAAA..................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGAGGACTACACCCGAGGCTGTGGCA........... 26 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................GTTACCCTAAGTAGCAAGGGCCTCTGATA........................................................................................................................ 29 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................GAACACGAAGCCCTTTGGCTAAGGAT........................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TATTTATCGTTCGGGCCTCCTTTATCTA.................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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......................................TCGGGCCTCCTTTATCTAT................................................................................................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
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............GAAACGCATAAGGATCTATTTATCGTTCGG................................................................................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
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...GAAATCCCAGAAACGCATAAGGA................................................................................................................................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -