chr7:13613435 13613806 +
(1)
OTHER.ip 		(10)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(9)
PIWI.ip 		(2)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(46)
TESTES

Sense strand
TCATGAAGGAGCTGAATAAGCGGGGTCGAGTTCTGGTCAATGATGCCCAGGTAAAACTTAGGGCTGCAAGGGTATTAACCAACCTCTCCTTTCTTGTTTTTTGGTTTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTCGCTCTGGTTATAGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAAAGGTGTGCGCCACCACGCCAGGCAACCTCCACTTGTGCTGGCAGCTGACATGACACTGCAGGGTGGAGAAGGATCCTAGTGCTCTCTGCTTTCCCTAACGAGACTGTTTTCCTTGAATTGCAGAAGGTGACCGAGGGTCAGCAGGAACGTCTGGAGCGCCAGCACTGGACCAT
.......................................................((((..(((.(((((((....((((((..................))))))..)))))))....((..((((((((.(((((...))))).(((((.((((((...)))))))).)))......))))))))..))...)))..)))).........................................................................................................................................................................
..................................................51.......................................................................................................................................................204......................................................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
..................................................GTAAAACTTAGGGCTGCAAGGGTATT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 21.00 21.00 - - 7.00 - 4.00 1.00 - - 5.00 - - - - - 1.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TGAATAAGCGGGGTCGAGTTCTGGTC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 7.00 7.00 - - 2.00 - 1.00 - - - 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TGAATAAGCGGGGTCGAGTTCTGGT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 6.00 6.00 - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................GGATCCTAGTGCTCTCTGC.................................................................................... 19 1 6.00 6.00 - - - - - - 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TCGAACTCAGAAATCCGCCTGaaa.............................................................................................................................................................................. 24 aaa 6.00 0.00 - - - - - 2.00 - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAAA............................................................................................................................................................................ 25 1 5.00 5.00 1.00 - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAAACTTAGGGCTGCAAGGGTAT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 5.00 5.00 - 1.00 - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGGAACGTCTGGAGCGCCAGC.......... 22 1 5.00 5.00 - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAGGAACGTCTGGAGC................ 17 1 4.00 4.00 - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGAACGTCTGGAGCGCCAGC.......... 21 1 4.00 4.00 - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................AAGCGGGGTCGAGTTCTGGTCAATGA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATacaa.................................................................................................................................................................................... 28 acaa 4.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................CTCAGAAATCCGCCTGCCAgtga.......................................................................................................................................................................... 23 gtga 3.00 0.00 - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TGTGTCGCTCTGGTTATAGACTAGGCT.......................................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGAAGGAGCTGAATAAGCGGGGTCG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAg............................................................................................................................................................................. 26 g 3.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGTGACCGAGGGTCAG................................ 17 1 3.00 3.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAg............................................................................................................................................................................. 25 g 3.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGCAGGAACGTCTGGAGCGC.............. 21 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGCAGGAACGTCTGGAGCGCCAGCAC........ 27 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CGGGGTCGAGTTCTGGTCAATGATG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAtttt.......................................................................................................................................................................... 29 tttt 2.00 0.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCActtt.......................................................................................................................................................................... 29 cttt 2.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAAA............................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCaat............................................................................................................................................................................. 30 aat 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACCGAGGGTCAGCAGGAACGTCTGGAGCG............... 31 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TCGAACTCAGAAATCCGCCTGaaaa............................................................................................................................................................................. 25 aaaa 2.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCActga.......................................................................................................................................................................... 28 ctga 2.00 0.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGAAGGAGCTGAATAAGCGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 20 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAAA............................................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAAAa........................................................................................................................................................................... 26 a 2.00 5.00 - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAAAaa.......................................................................................................................................................................... 27 aa 2.00 5.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAgaa........................................................................................................................................................................... 26 gaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGattt............................................................................................................................................................................. 26 attt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.CATGAAGGAGCTGAATAAGCGGGG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GAATAAGCGGGGTCGAGTTCTGGT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTTTCCCTAACGAGACT.................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCGAGGGTCAGCAGGAACGTCTGGA.................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAttga.......................................................................................................................................................................... 29 ttga 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAttaa.......................................................................................................................................................................... 27 ttaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCgtca............................................................................................................................................................................ 27 gtca 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.CATGAAGGAGCTGAATAAGCGGGGTCGAGTTCTG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 34 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGACCGAGGGTCAGCAGGA........................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................TGTGCTGGCAGCTGACATGACACTGCAGGGTGG........................................................................................................... 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGgtgc............................................................................................................................................................................................................................. 28 gtgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................GTCGAGTTCTGGTCAATGATGC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAcggc.......................................................................................................................................................................... 27 cggc 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GAAGGAGCTGAATAAGCGGGGTCGAGTTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.CATGAAGGAGCTGAATAAGCGGGGT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCActt........................................................................................................................................................................... 28 ctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCAGCAGGAACGTCTGGAGCGCCAGCAC........ 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..ATGAAGGAGCTGAATAAGCGGGGTCGAG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GAATAAGCGGGGTCGAGTTCTGGTtt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 tt 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAgt............................................................................................................................................................................ 26 gt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAAACTTAGGGCTGCAAGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGCAGGAACGTCTGGAGCGCCAGCAC........ 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TGAATAAGCGGGGTCGAGTTCTGGTat............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 at 1.00 6.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAcgg........................................................................................................................................................................... 27 cgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGggat............................................................................................................................................................................................................................. 28 ggat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAtac........................................................................................................................................................................... 26 tac 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................AACTTAGGGCTGCAAGGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGggt.............................................................................................................................................................................................................................. 27 ggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CGGGGTCGAGTTCTGGTCAATG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CGAACTCAGAAATCCGCCTGacta............................................................................................................................................................................. 24 acta 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TCTCTGTGTCGCTCTGGTTATAGAC................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGAAGGAGCTGAATAAGCGGGGTCGAt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............AATAAGCGGGGTCGAGTTCTGGTC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAgaa........................................................................................................................................................................... 27 gaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAACGTCTGGAGCGCCAGCAC........ 22 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............AATAAGCGGGGTCGAGTTCTGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTCGaac........................................................................................................................................................................................................................... 29 aac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAccg........................................................................................................................................................................... 26 ccg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........GAGCTGAATAAGCGGGGTCGAGTTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GAAGGAGCTGAATAAGCGGGGTCGAGTTCT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACCGAGGGTCAGCAGGAACGTCTGG................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAAACTTAGGGCTGCAAGGGga.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 ga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGTGACCGAGGGTCAGCA.............................. 19 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGgggt............................................................................................................................................................................................................................. 27 gggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..........................................................................................................................TTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTCtcct........................................................................................................................................................................................................................... 31 tcct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGTCAGCAGGAACGTCT..................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TCTCTGTGTCGCTCTGGTTATAGACTA.............................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGCAGGAACGTCTGGAGCGCC............. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAAAttt......................................................................................................................................................................... 30 ttt 1.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.CATGAAGGAGCTGAATAAGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...TGAAGGAGCTGAATAAGCGGGGTCGAG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGCTGAATAAGCGGGGTCGAGTTCTG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAg............................................................................................................................................................................. 24 g 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACGAGACTGTTTTCCTTGAATTGCAGt................................................. 28 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACCGAGGGTCAGCAGGAACG........................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
....GAAGGAGCTGAATAAGCGGGGTCGAG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TGTGTCGCTCTGGTTATAGACTAGGCTG......................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAtta........................................................................................................................................................................... 28 tta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAAAtt.......................................................................................................................................................................... 27 tt 1.00 5.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TGAATAAGCGGGGTCGA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGACTGTTTTCCTTGAATTGCAG.................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAgttt.......................................................................................................................................................................... 29 gttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCga.............................................................................................................................................................................. 29 ga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......GGAGCTGAATAAGCGGGGTCGAGTTCT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACCGAGGGTCAGCAGGAACGTCTGGA.................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TAGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAagaa..................................................................................................................................................................................... 32 agaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCgact............................................................................................................................................................................ 27 gact 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....AAGGAGCTGAATAAGCGGGGTCG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAccgc.......................................................................................................................................................................... 29 ccgc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCgtt............................................................................................................................................................................. 26 gtt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................AGCGGGGTCGAGTTCTGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGAGGGTCAGCAGGAACGTCT..................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................TTTGTTTTTTGTTTTTTTGAGACAGGGaa......................................................................................................................................................................................................................................... 29 aa 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCgaa............................................................................................................................................................................ 28 gaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAgaga.......................................................................................................................................................................... 27 gaga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGAAGGAGCTGAATAAGCGGGGTCGtt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 tt 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.........................................................................................................................................................................TGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCgttt............................................................................................................................................................................... 28 gttt 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGTGACCGAGGGTCAGCAGGAACGTC...................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAA............................................................................................................................................................................. 24 7 0.86 0.86 0.43 - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAA............................................................................................................................................................................. 25 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAAga........................................................................................................................................................................... 27 ga 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAA............................................................................................................................................................................. 26 7 0.14 0.14 - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TCATGAAGGAGCTGAATAAGCGGGGTCGAGTTCTGGTCAATGATGCCCAGGTAAAACTTAGGGCTGCAAGGGTATTAACCAACCTCTCCTTTCTTGTTTTTTGGTTTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTCGCTCTGGTTATAGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAAAGGTGTGCGCCACCACGCCAGGCAACCTCCACTTGTGCTGGCAGCTGACATGACACTGCAGGGTGGAGAAGGATCCTAGTGCTCTCTGCTTTCCCTAACGAGACTGTTTTCCTTGAATTGCAGAAGGTGACCGAGGGTCAGCAGGAACGTCTGGAGCGCCAGCACTGGACCAT
.......................................................((((..(((.(((((((....((((((..................))))))..)))))))....((..((((((((.(((((...))))).(((((.((((((...)))))))).)))......))))))))..))...)))..)))).........................................................................................................................................................................
..................................................51.......................................................................................................................................................204......................................................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAgcat............................................................................................................................................................................................. 27 gcat 40.00 0.00 1.00 27.00 6.00 - 3.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAga............................................................................................................................................................................................. 25 ga 30.00 0.00 17.00 1.00 1.00 6.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAgcat........................................................................................................................................................................................... 29 gcat 24.00 0.00 - 10.00 5.00 - 5.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAaa........................................................................................................................................................................................... 25 aa 17.00 0.00 11.00 - - 1.00 - - - 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................GGCTGGCCTCGAACTCAgctc............................................................................................................................................................................................. 21 gctc 11.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 5.00 - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAaaa........................................................................................................................................................................................... 26 aaa 6.00 0.00 2.00 - - - - - - 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAag........................................................................................................................................................................................... 25 ag 6.00 0.00 5.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAgaa............................................................................................................................................................................................. 26 gaa 5.00 0.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAaatt........................................................................................................................................................................................... 27 aatt 4.00 0.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCta...................................................................................................................................................................................... 28 ta 4.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAga........................................................................................................................................................................................... 27 ga 3.00 0.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAtt............................................................................................................................................................................................. 25 tt 3.00 0.00 1.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAgtt........................................................................................................................................................................................... 28 gtt 3.00 0.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAaaa........................................................................................................................................................................................... 25 aaa 3.00 0.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAta......................................................................................................................................................................................... 25 ta 3.00 0.00 - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGta..................................................................................................................................................................................... 29 ta 3.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGggaa..................................................................................................................................................................................... 28 ggaa 3.00 0.00 - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAagaa........................................................................................................................................................................................... 27 agaa 3.00 0.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAgct........................................................................................................................................................................................... 28 gct 3.00 0.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................GCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCgta.................................................................................................................................................................................... 28 gta 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAataa........................................................................................................................................................................................... 27 ataa 2.00 0.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAta........................................................................................................................................................................................... 27 ta 2.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................CTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAaaat........................................................................................................................................................................................... 26 aaat 2.00 0.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGcc..................................................................................................................................................................................... 29 cc 2.00 0.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGtt............................................................................................................................................................................................ 26 tt 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAgtaa............................................................................................................................................................................................. 27 gtaa 2.00 0.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................GACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAgt........................................................................................................................................................................................... 26 gt 2.00 0.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAac........................................................................................................................................................................................... 25 ac 2.00 0.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAaga......................................................................................................................................................................................... 27 aga 2.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAtga......................................................................................................................................................................................... 26 tga 2.00 0.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAgtat............................................................................................................................................................................................. 27 gtat 2.00 0.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAaaaa........................................................................................................................................................................................... 27 aaaa 2.00 0.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCaga...................................................................................................................................................................................... 29 aga 2.00 0.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................GCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGatt..................................................................................................................................................................................... 27 att 2.00 0.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAgtt............................................................................................................................................................................................. 26 gtt 2.00 0.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAgaa........................................................................................................................................................................................... 28 gaa 2.00 0.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAagtt........................................................................................................................................................................................... 27 agtt 2.00 0.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................GACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAaaa........................................................................................................................................................................................... 27 aaa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAgaaa............................................................................................................................................................................................. 27 gaaa 2.00 0.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAggaa............................................................................................................................................................................................. 27 ggaa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAaa......................................................................................................................................................................................... 27 aa 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAgtaa........................................................................................................................................................................................... 29 gtaa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGgaa............................................................................................................................................................................................ 27 gaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAgg........................................................................................................................................................................................... 27 gg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CGAACTCAGAAATCCGCCTGCCcgt............................................................................................................................................................................... 25 cgt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAtta........................................................................................................................................................................................... 24 tta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................GCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCatt.................................................................................................................................................................................... 28 att 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CACCACGCCAGGCAcaga..................................................................................................................................................... 18 caga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
................................................................................................................................................................CTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAaaa......................................................................................................................................................................................... 27 aaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGac..................................................................................................................................................................................... 29 ac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................CTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAaatt........................................................................................................................................................................................... 26 aatt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGgaaa............................................................................................................................................................................................ 28 gaaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
..............................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAaatt.......................................................................................................................................................................................... 28 aatt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGaatt..................................................................................................................................................................................... 28 aatt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCtaga...................................................................................................................................................................................... 30 taga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GGCTGGCCTCGAACTCAGAAAgtc......................................................................................................................................................................................... 24 gtc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................GACTAGGCTGGCCTCGAACTCAatat............................................................................................................................................................................................. 26 atat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAttt........................................................................................................................................................................................... 28 ttt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................CTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAcc.............................................................................................................................................................................. 27 cc 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................GCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCAaa.............................................................................................................................................................................. 29 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAtaa........................................................................................................................................................................................... 24 taa 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAaga........................................................................................................................................................................................... 26 aga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................GCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTgt.................................................................................................................................................................................. 25 gt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................GACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAata........................................................................................................................................................................................... 27 ata 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................CTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAaaaa........................................................................................................................................................................................... 26 aaaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAaag........................................................................................................................................................................................... 25 aag 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GGCTGGCCTCGAACTCAGAAAgcg......................................................................................................................................................................................... 24 gcg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAgcg............................................................................................................................................................................................. 26 gcg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCgtt.............................................................................................................................................................................................. 25 gtt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAaaac........................................................................................................................................................................................... 27 aaac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAtata......................................................................................................................................................................................... 27 tata 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAta.......................................................................................................................................................................................... 24 ta 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAgaca............................................................................................................................................................................................. 27 gaca 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................CTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAgaaa........................................................................................................................................................................................... 26 gaaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAgcga............................................................................................................................................................................................. 27 gcga 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................GCCTCGAACTCAGAAATCCgat...................................................................................................................................................................................... 22 gat 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATta........................................................................................................................................................................................ 26 ta 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAaat.......................................................................................................................................................................................... 26 aat 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................GACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAat........................................................................................................................................................................................... 26 at 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAtgt........................................................................................................................................................................................... 24 tgt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAtt........................................................................................................................................................................................... 27 tt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................CTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAactt......................................................................................................................................................................................... 28 actt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.....................................................................................................................................................................GCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCga...................................................................................................................................................................................... 25 ga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAagat........................................................................................................................................................................................... 27 agat 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................CTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAaaaa.......................................................................................................................................................................................... 27 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................GGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCga...................................................................................................................................................................................... 26 ga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAcaa............................................................................................................................................................................................. 26 caa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................GACTAGGCTGGCCTCGAACTCAaag............................................................................................................................................................................................. 25 aag 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAaaat........................................................................................................................................................................................... 27 aaat 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAgaa........................................................................................................................................................................................... 25 gaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAaat........................................................................................................................................................................................... 26 aat 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................GACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAggc........................................................................................................................................................................................... 27 ggc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGaa............................................................................................................................................................................................ 24 aa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGatgt..................................................................................................................................................................................... 28 atgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAatt......................................................................................................................................................................................... 27 att 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCaata.................................................................................................................................................................................... 29 aata 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................GGCTGGCCTCGAACTCAGAggta........................................................................................................................................................................................... 23 ggta 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAgaa......................................................................................................................................................................................... 27 gaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................ATAGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAtatt............................................................................................................................................................................................. 29 tatt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................GGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCgaaa...................................................................................................................................................................................... 28 gaaa 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAtct........................................................................................................................................................................................... 24 tct 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAtaaa........................................................................................................................................................................................... 25 taaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................AGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAgttt........................................................................................................................................................................................... 29 gttt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................ACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAatat........................................................................................................................................................................................... 27 atat 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAAtaga......................................................................................................................................................................................... 27 taga 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TTATAGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAt............................................................................................................................................................................................. 28 t 0.09 0.00 - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................TTATAGACTAGGCTGGCCTCGAACTCA............................................................................................................................................................................................. 27 11 0.09 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -