chr7:3655621 3655984 +
(1)
OTHER.ip 		(10)
OTHER.mut 		(2)
OVARY 		(9)
PIWI.ip 		(5)
PIWI.mut 		(44)
TESTES

Sense strand
CGGTCCAACCGCCTTGTCTCTCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAGGTGAGTGTTCTGATTGTTGAGTTCGCCTTTTAGGGGTTGATGGTGTAAGGTAACGGAGCCATTCGAATCTTCATGAACATGCTGAGTAAGAGGGTGGGGCGAAGGTGGCTGGAAGTTACAACACGGTTGTGGAACAATCCCATTTTCAAGTTTTCTAAGGCGGATTTCTCTGAGAGCCGAGTTGGTGTCGCCGTGTCCCTAGCGGGGTTTTGCTGCACATGCGCCACAAGATTATTTTTTAAAACGACACTTTACTGCGCAGGCGCAGCCGGCCTAGCGAGGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTGTCGCA
...................................................................................................................((((.(((..((((......((((((((((.....(((((.....)))))..(((....)))......)))))))))).((....))..))))...)))..))))................................................................................................................................................
..................................................................................................................115.......................................................................................................221.............................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363963(GSM822765)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
.................................................................................................................................................................................................AAGTTTTCTAAGGCGGATTTCTCTGAGAGCCGAGTTGGTGTCGCCGTGTCCC....................................................................................................................... 52 1 73.00 73.00 73.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCT............ 26 2 10.00 10.00 - - 3.50 2.00 1.00 0.50 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTGTC... 27 1 9.00 9.00 - - - 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 2 7.50 7.50 - - - - - - - 0.50 4.00 - 2.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGC............. 25 2 7.50 7.50 - 1.50 2.00 1.00 0.50 - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTG........... 27 2 7.00 7.00 - 0.50 2.00 0.50 1.50 - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - 0.50 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................TTCGAATCTTCATGAACATGCTGAGcgca.................................................................................................................................................................................................................................... 29 cgca 6.00 0.00 - - 1.00 - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTGT.... 26 2 5.50 5.50 - - 0.50 1.00 1.00 - 0.50 - - - - - - - 0.50 0.50 - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - -
.......................................................................................................................TGAACATGCTGAGTAAGAGGGTGGGG........................................................................................................................................................................................................................... 26 1 5.00 5.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTGTCGC. 29 1 4.00 4.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................CTCGGGCCTGAGTTCGTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 2 4.00 4.00 - 0.50 - - - 0.50 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACATGCCGGTCGCCAGA................ 18 2 4.00 4.00 - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................CTGAGTTCGTAGGTGAGTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 4.00 4.00 - 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTG..... 25 2 4.00 4.00 - - 0.50 - 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - 0.50 - - - - - -
...................................TGAGTTCGTAGGTGAGTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 4.00 4.00 - - - - - - 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................CCTGAGTTCGTAGGTGAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 4.00 4.00 - - - - - 2.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGC............. 26 2 3.50 3.50 - - 1.00 0.50 - - - 0.50 - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TGTCTCTCTTTGTCTCGGGCCTGAGTT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CGGGCCTGAGTTCGTAGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 18 2 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GCCTGAGTTCGTAGGTGAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TTCTAAGGCGGATTTCTCTGAGAGCC............................................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGG.......... 28 2 3.00 3.00 - - 1.00 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TTCAAGTTTTCTAAGGCGGATTTCTCT................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTGTCt.. 28 t 3.00 9.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................TTTCAAGTTTTCTAAGGCGGATTTCTCT................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 2 2.50 2.50 - - - - - - 0.50 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TCTGAGAGCCGAGTTGGTGTCGCCGT............................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................CTCGGGCCTGAGTTCGTAGGTGAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................CGGATTTCTCTGAGAGCC............................................................................................................................................ 18 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CTCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAGGTGA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGAGAGCCGAGTTGGTGTCGCCGTG........................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGGCCTGAGTTCGTAGGTGAGTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TCTCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................GTAGGTGAGTGTTCTGATTGTTGAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..............................................GTGAGTGTTCTGATTGTTGAGT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 22 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TCAAGTTTTCTAAGGCGGATTTCTCTG.................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..............................................GTGAGTGTTCTGATTGTTG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TCGGGCCTGAGTTCGTAGGTGAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGGCCTGAGTTCGTAGGTGAGTGTTCTGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..........................................GTAGGTGAGTGTTCTGAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 18 2 2.00 2.00 - - - - - 1.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TAAGGCGGATTTCTCTGAGAGCCGAG......................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTGTCGCA 28 1 2.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................AGGTGAGTGTTCTGATTGT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 19 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................TTCGAATCTTCATGAACATGCTGAGc....................................................................................................................................................................................................................................... 26 c 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCT............ 27 2 1.50 1.50 - - 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CTCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 2 1.50 1.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAG.............. 24 2 1.50 1.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 2 1.50 1.50 - - - - - - - 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTT...... 24 2 1.50 1.50 - - - - - - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................GTTCTGATTGTTGAGTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGCTGAGTAAGAGGGTGGGGCGAAa...................................................................................................................................................................................................................... 25 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TGAACATGCTGAGTAAGAGGGTGGGGCG......................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................GAGTGTTCTGATTGTTGA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TTTTCAAGTTTTCTAAGGCGGATTTCTCT................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................GTGAGTGTTCTGATTGTTGAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTG........... 28 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTGTCGt. 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................CCTGAGTTCGTAGGTGAGTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................AAGGTGGCTGGAAGTTACAACACGGTT.............................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................GGATTTCTCTGAGAGCCGAGTTGGTG................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TACAACACGGTTGTGGAACAATCCCA................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................TTTTAGGGGTTGATGGTGTAAGGcgc......................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 cgc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACATGCCGGTCGCCAGAAGCTG........... 23 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................AAGGCGGATTTCTCTGAGAGCCGAG......................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................GTGAGTGTTCTGATTGTTGAGTTCGCC................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TTCGTAGGTGAGTGTTCTG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................GTGGGGCGAAGGTGGCTGGAAGTTACA...................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAACGACACTTTACTGCGCAGGCGCAGC................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................TCTAAGGCGGATTTCTCTGA................................................................................................................................................. 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGT........ 26 2 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAGGTG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................GGTAACGGAGCCATTCGAATCTTCATG................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CGGGCCTGAGTTCGTAGGTG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................CTCGGGCCTGAGTTCGTAGGTG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................AGTGTTCTGATTGTTGAGTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCGCCAGAAGCTGGGTTTGTCGC. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.............TTGTCTCTCTTTGTCTCGGGCCTGAGT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGG.......... 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CTCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - -
...........................................................................................................TTCGAATCTTCATGAACATGCTGAGcgc..................................................................................................................................................................................................................................... 28 cgc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TGGAAGTTACAACACGGTTGTGGAAC....................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................TGAGTGTTCTGATTGTTGA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................GTTCGTAGGTGAGTGTTCTG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACATGCCGGTCGCCAGAA............... 18 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................TTCGAATCTTCATGAACATGCTGAGT....................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GTCTCGGGCCTGAGTTCGTAGGTGAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................GGCCTGAGTTCGTAGGTGAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGT........ 27 2 1.00 1.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
...............................GGCCTGAGTTCGTAGGTGAGTGT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TTCTCTGAGAGCCGAGTTGGTGTCGCC.............................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAGGTGAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAGGTGAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGGCCTGAGTTCGTAGGTGAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..............................................GTGAGTGTTCTGATTGTTGAGTTCGCCT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GCCTGAGTTCGTAGGTGAGTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 2 1.00 1.00 - - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCGAGGTCAACATGCCGGTCGCCAG................. 27 2 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................CTGAGTTCGTAGGTGAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TTCTAAGGCGGATTTCTCTGA................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TTCGTAGGTGAGTGTTCTt.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 19 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TCGGGCCTGAGTTCGTAGGTGAGTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTcgg......... 26 cgg 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................GTGAGTGTTCTGATTGTTGAGTTC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..............................................................................................................GAATCTTCATGAACATGCT........................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGG......... 23 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TTCGTAGGTGAGTGTTCTGAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTGT.... 33 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAGGT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGt.......... 28 t 1.00 7.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TGTCTCTCTTTGTCTCGGGCCTGAGT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GTCTCGGGCCTGAGTTCGTAGGTGAGTGTTCTGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 34 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TTGTCTCTCTTTGTCTCGGGCCTGAGTT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............GTCTCTCTTTGTCTCGGGCCTGAGct................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 ct 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TCAAGTTTTCTAAGGCGGATTTCTCTGAG................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TGTCTCTCTTTGTCTCGGGCCTGcgta................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 cgta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................AGGTGAGTGTTCTGATTttt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 20 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................CACGGTTGTGGAACAATCCCATT.............................................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TGATGGTGTAAGGTAACGG...................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................CTCGGGCCTGAGTTCGTAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 19 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CGGGCCTGAGTTCGTAGGTGA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TCAAGTTTTCTAAGGCGGATTTCTCT................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................TGGTGTCGCCGTGTCCCTAGCGGGGTT............................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GCCTGAGTTCGTAGGTGcg......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TGAGTTCGTAGGTGAGTGT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAG.............. 25 2 1.00 1.00 - - - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CTCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGgtt...... 24 gtt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTGa.... 26 a 1.00 4.00 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................AGGTGAGTGTTCTGATTGTTG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................CGTAGGTGAGTGTTCTGATTGT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CTCTCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGGCCTGAGTTCGTAGGTGAGT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGCGCAGCCGGCCTAGCG....................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CTCTCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TTTCTAAGGCGGATTTCTCTGAGAGC............................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTGTCGCA 30 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TGGAAGTTACAACACGGTTGTGGAA........................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................AGTTCGTAGGTGAGTGTT..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGGCCTGAGTTCGTAGGTGAGTGTTC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CATGCCGGTCGCCAGAAGCT............ 20 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAa.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 a 0.50 7.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTT...... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TTTGTCTCGGGCCTGAGTTCG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - -
.......................TTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAGGcgt.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 cgt 0.50 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCAACATGCCGGTCG..................... 17 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CTTTGTCTCGGGCCTGAGT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 -
.......................TTGTCTCGGGCCTGAGTT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGt......... 29 t 0.50 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTG..... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTGT.... 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGa.......... 28 a 0.50 7.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGG......... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCGGTCGCCAGAAGCT............ 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTT....... 31 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCGAGGTCAACATGCCGG........................ 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CTCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGG......... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGT........ 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GTCTCGGGCCTGAGTTCGTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CTTTGTCTCGGGCCTGAGTT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAGGca........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 ca 0.50 1.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TCTCGGGCCTGAGTTCGTAGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGCGAGGTCAACATGCCGGTCGCCAGA................ 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGG.......... 25 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTaaat........ 30 aaat 0.50 10.00 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGG......... 30 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAGGcgtt......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 cgtt 0.50 1.00 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCAACATGCCGGTCGCCAGA................ 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - -
.............................CGGGCCTGAGTTCGTAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 17 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGG......... 27 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GTCTCGGGCCTGAGTTCG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 18 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGt............. 25 t 0.50 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGG......... 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTT....... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - -
......................TTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTG..... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTc....... 27 c 0.50 1.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCGGTCGCCAGAAGC............. 17 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTT....... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTGTa... 27 a 0.50 5.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTT...... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACATGCCGGTCGCCAGAA............... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGG......... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACATGCCGGTCGCCAGAAG.............. 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TAGGTGAGTGTTCTGAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 17 3 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CTTTGTCTCGGGCCTGgtt.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 gtt 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25
.....................CTTTGTCTCGGGCCTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 16 4 0.25 0.25 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TAGGTGAGTGTTCTGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 16 4 0.25 0.25 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................AGGTGAGTGTTCTGAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 16 5 0.20 0.20 - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CGGTCCAACCGCCTTGTCTCTCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAGGTGAGTGTTCTGATTGTTGAGTTCGCCTTTTAGGGGTTGATGGTGTAAGGTAACGGAGCCATTCGAATCTTCATGAACATGCTGAGTAAGAGGGTGGGGCGAAGGTGGCTGGAAGTTACAACACGGTTGTGGAACAATCCCATTTTCAAGTTTTCTAAGGCGGATTTCTCTGAGAGCCGAGTTGGTGTCGCCGTGTCCCTAGCGGGGTTTTGCTGCACATGCGCCACAAGATTATTTTTTAAAACGACACTTTACTGCGCAGGCGCAGCCGGCCTAGCGAGGTCAACATGCCGGTCGCCAGAAGCTGGGTTTGTCGCA
...................................................................................................................((((.(((..((((......((((((((((.....(((((.....)))))..(((....)))......)))))))))).((....))..))))...)))..))))................................................................................................................................................
..................................................................................................................115.......................................................................................................221.............................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363963(GSM822765)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
............................................................................................................................................................................................................................AGCCGAGTTGGTGTCGCCGT............................................................................................................................ 20 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................GTTGGTGTCGCCGTGTCCCT...................................................................................................................... 20 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................GAGCCGAGTTGGTGTCGCCGTGTCCCTA..................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................CTGATTGTTGAGTTCGCCT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CTCTTTGTCTCGGGCCTGAGTTCGTAct............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 ct 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TAGGTGAGTGTTCTGATTGTTGAGTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................TTGGTGTCGCCGTGTCCCTAGCG.................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................CCCATTTTCAAGTTTTCTAAGGCGGAT......................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................GCCGAGTTGGTGTCGCCGTGTCCCTA..................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TCTGAGAGCCGAGTTGGTGTCGCCG............................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................GTGAGTGTTCTGATTGTTGAGTTCGCCTTT................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................AAGGTAACGGAGCCATTCGAATCTTCA..................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................CGGGGTTTTGCTGCACATGCGCCACAA......................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................GGTGTCGCCGTGTCCCTA..................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGTTCTGATTGTTGAGTTCGCCTTTTA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................TCTGATTGTTGAGTTCGCCTTTTAGGGG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -