(9)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(7)
PIWI.ip
(4)
PIWI.mut
(36)
TESTES

Sense strand
CCTCAAGCGCAGCGCCCTCAGCAGCTCACTGAGAGACCTCTCAGAAGCGGGTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCTCCCAGCTGGTGAATGCAGGACTGAGGCCTGGCAAACAGGCAGTCATGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCGGGAGTAGACACAATGCTCTCTGAAGTCCACGAGTACTCCAGGACGGTAGCGGAACACAGAAGTGTCCACGGGACAGTCTGTGCAAGACAGCCAGGGATGGCACCCCA
........................................................((..((((.((..(((...((((....)).)).)))....))..))))..))..............................................................................................................................................
..................................................51..........................................................111.........................................................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCC............................................................................................................................................................................... 25 1 57.00 57.00 14.00 14.00 11.00 - 2.00 2.00 1.00 - 3.00 3.00 1.00 5.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCTC............................................................................................................................................................................. 27 1 48.00 48.00 7.00 11.00 4.00 4.00 8.00 - 6.00 - 3.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCT.............................................................................................................................................................................. 26 1 27.00 27.00 4.00 2.00 5.00 - 1.00 1.00 5.00 - 2.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCAC................................................................................................................................................................................. 23 1 18.00 18.00 2.00 - 2.00 7.00 - 6.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCGG.......................................................................................................... 23 1 16.00 16.00 - 5.00 - 6.00 - - 2.00 - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCTCC............................................................................................................................................................................ 28 1 15.00 15.00 1.00 2.00 - 5.00 4.00 - 1.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACC................................................................................................................................................................................ 24 1 14.00 14.00 6.00 5.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCA.................................................................................................................................................................................. 22 1 13.00 13.00 1.00 1.00 2.00 7.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGC................................................................................................................................................................................... 21 1 11.00 11.00 1.00 - 2.00 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TGGAAAGGGCTGCTCGGGAGTAGAC.................................................................................................. 25 1 10.00 10.00 1.00 - - - 8.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCGGGA........................................................................................................ 25 1 9.00 9.00 1.00 - 1.00 3.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - -
..................................................................................TGGTGAATGCAGGACTGAGGCCTGG............................................................................................................................................... 25 1 9.00 9.00 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - 2.00 - 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGCTGGAAAGGGCTGCTCGGGAG....................................................................................................... 23 1 6.00 6.00 - - - 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGAAGTCCACGAGTACTCCAGGAtgg............................................................. 26 tgg 5.00 0.00 - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TGCAGGACTGAGGCCTGGCAAACAGGCAGT................................................................................................................................... 30 1 4.00 4.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TACTCCAGGACGGTAGCGGAACACAGAA.............................................. 28 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TCTCAGAAGCGGGTAAGAGCTGGGC........................................................................................................................................................................................... 25 1 4.00 4.00 - 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..................................................................................TGGTGAATGCAGGACTGAGGCCTGGC.............................................................................................................................................. 26 1 4.00 4.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.....................................................................................TGAATGCAGGACTGAGGCCTGGC.............................................................................................................................................. 23 1 4.00 4.00 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCGGG......................................................................................................... 24 1 4.00 4.00 - 1.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TCCACGAGTACTCCAGGACGGTAGCGGA...................................................... 28 1 3.00 3.00 - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGAATGCAGGACTGAGGCCTGG............................................................................................................................................... 22 1 3.00 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TCTGAAGTCCACGAGTACTCCAGGACGG............................................................. 28 1 3.00 3.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCTa............................................................................................................................................................................. 27 a 3.00 27.00 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TCCAGGACGGTAGCGGAACACAGA............................................... 24 1 3.00 3.00 - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCAa................................................................................................................................................................................. 23 a 3.00 13.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TGGTGAATGCAGGACTGAGGCCTGGCA............................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TAGACACAATGCTCTCTGAAGTCCACGA........................................................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCGGa......................................................................................................... 24 a 2.00 16.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCG........................................................................................................... 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCGt.......................................................................................................... 23 t 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGA...................................................................................................................................................................................... 18 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TGCAGGACTGAGGCCTGGCAAACAGGCAt.................................................................................................................................... 29 t 2.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TGAGAGACCTCTCAGAAGCGGGTAAGt.................................................................................................................................................................................................. 27 t 2.00 0.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TCACTGAGAGACCTCTCAGAAGCGGGT...................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
...........................................................................TCCCAGCTGGTGAATGCAGGACTGA...................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TCAGAAGCGGGTAAGAGCTGGGCTA......................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TCTGAAGTCCACGAGTACTCCAGGAtggt............................................................ 29 tggt 2.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GAGACCTCTCAGAAGCGGGTAAGAGCTG.............................................................................................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................AGCTGGTGAATGCAGGACTGAGGCCTGG............................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCGGGAG....................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCTCaa........................................................................................................................................................................... 29 aa 2.00 48.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GAGACCTCTCAGAAGCGG........................................................................................................................................................................................................ 18 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................AGGACGGTAGCGGAACACAGAAGTGTC......................................... 27 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCga.............................................................................................................................................................................. 26 ga 2.00 14.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCTaaa........................................................................................................................................................................... 29 aaa 2.00 27.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCAaaa............................................................................................................................................................................... 25 aaa 2.00 13.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TACTCCAGGACGGTAGCGGAACACAGAAG............................................. 29 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCGaa......................................................................................................... 24 aa 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................AGACCTCTCAGAAGtgg........................................................................................................................................................................................................ 17 tgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................GTAGACACAATGCTCTCTGAAGTCCA.............................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................GAAGCGGGTAAGAGCTGGGCTAAGACG.................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCTCCC........................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCAaa................................................................................................................................................................................ 24 aa 1.00 13.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCa.............................................................................................................................................................................. 26 a 1.00 57.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TCTGAAGTCCACGAGTACTCCAGGACGGTAt.......................................................... 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................ACACAATGCTCTCTGAAGTCCACGAGT......................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................GCAGGACTGAGGCCTGGCAAACAGGCAat................................................................................................................................... 29 at 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................CGGAACACAGAAGTGTCCACGGGACAGT.............................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAG....................................................................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................CCCAGCTGGTGAATGCAGGACTGAGG.................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TGGTGAATGCAGGACTGAGGCCTGGaa............................................................................................................................................. 27 aa 1.00 9.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGCTGGAAAGGGCTGCTCGGGAGTAGA................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TGCAGGACTGAGGCCTGGCAAACAGGC...................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TGGTGAATGCAGGACTGAGGCCTGt............................................................................................................................................... 25 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCTt............................................................................................................................................................................. 27 t 1.00 27.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TGAGAGACCTCTCAGAAGCGGtt...................................................................................................................................................................................................... 23 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TCTGAAGTCCACGAGTACTCCAGGAtgg............................................................. 28 tgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCGGt......................................................................................................... 24 t 1.00 16.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................TCTGTGCAAGACAGCCAGGGATGGCACCCC. 30 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................CTCCAGGACGGTAGCGGAACACAGAA.............................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCaa............................................................................................................................................................................. 27 aa 1.00 57.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................CCACGAGTACTCCAGGACGGTAGCGGAt..................................................... 28 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................CCCAGCTGGTGAATGCAGGACTGA...................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCaga............................................................................................................................................................................. 27 aga 1.00 14.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CGAGTACTCCAGGACGGTAGCGGAAC.................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGAATGCAGGACTGAGGCCTGGCAAAC.......................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................ATGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCGGG......................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................CGGGAGTAGACACAATG............................................................................................ 17 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCAacct.............................................................................................................................................................................. 26 acct 1.00 13.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TCTCAGAAGCGGGTAAGAGCTGGGCT.......................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................AGTACTCCAGGACGGTAGCGGAACAC.................................................. 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TGCAGGACTGAGGCCTGGCAAACAGGCA..................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TGCAGGACTGAGGCCTGGCAAACAGGCAtca.................................................................................................................................. 31 tca 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................ACTCCAGGACGGTAGCGGAACACAccg.............................................. 27 ccg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................GAATGCAGGACTGAGGCCTGGC.............................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGAAGTCCACGAGTACTCCAGGACGG............................................................. 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................AGAGACCTCTCAGAAGCG......................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................GCGGGTAAGAGCTGGGCTAAGACGCA.................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TACTCCAGGACGGTAGCGG....................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................TGCTCTCTGAAGTCCACGAGTACTCCAG.................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACgct.............................................................................................................................................................................. 26 gct 1.00 18.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TGAGAGACCTCTCAGAAGCGGGTA..................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................ACTGAGAGACCTCTCAGAAGCGGGT...................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................GCGGGTAAGAGCTGGGCTAAGACGCt.................................................................................................................................................................................. 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................GAAGCGGGTAAGAGCTGGGCTAAGACGC................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................GAGTACTCCAGGACGGTA........................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.................................................................................................................................................................................ACTCCAGGACGGTAGCGGAACACAGAAGT............................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCTaat........................................................................................................................................................................... 29 aat 1.00 27.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TCCAGGACGGTAGCGGAACACAGAAGT............................................ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TGGTGAATGCAGGACTGAGGCC.................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCGGGAta...................................................................................................... 27 ta 1.00 9.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCTC............................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TCCAGGACGGTAGCGGAACACAGAAaa............................................ 27 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................CACGAGTACTCCAGGACGGTAGCGGA...................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GAGACCTCTCAGAAGCG......................................................................................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TCACTGAGAGACCTCTCAGAAGCGGGTA..................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................GACACAATGCTCTCTGAAGTCCACGAG.......................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCa............................................................................................................................................................................... 25 a 1.00 14.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGAC..................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TCTCTGAAGTCCACGAGTACTCCAGta................................................................ 27 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TGAGAGACCTCTCAGAAG........................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGAAGTCCACGAGTACTCCAGGACGGTAGa......................................................... 30 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TCCCAGCTGGTGAATGCAGGACTGAGGCC.................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACGCtccc............................................................................................................................................................................... 25 tccc 1.00 11.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................CCACGAGTACTCCAGGACGGTAGCGG....................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TGGAAAGGGCTGCTCGGGAGTAGACA................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................CAGGACGGTAGCGGAACACAGAAGTG........................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................GCTGGTGAATGCAGGACTGAGGC................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCGGag........................................................................................................ 25 ag 1.00 16.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................ACGAGTACTCCAGGACGGTAGCGGA...................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TGCAGGACTGAGGCCTGGCAAACAGGCAGgttt................................................................................................................................ 33 gttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAAGAGCTGGGCTAAGACG.................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................AAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCTC............................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TCAGAAGCGGGTAAGAGCTGGGCTAA........................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.....................................................................................TGAATGCAGGACTGAGGCCTGGCAAACA......................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCGGGAGT...................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................GTAGACACAATGCTCTCTGAAGTCC............................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................CCAGGACGGTAGCGGAACACAGAAGT............................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGCTGGGCTAAGACG.................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................CACTGAGAGACCTCTCAGAAGCGGtg...................................................................................................................................................................................................... 26 tg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................CCTCTCAGAAGCGGGTAAGAGCTGGGC........................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................GTACTCCAGGACGGTAGCGGAAC.................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -

Antisense strand
CCTCAAGCGCAGCGCCCTCAGCAGCTCACTGAGAGACCTCTCAGAAGCGGGTAAGAGCTGGGCTAAGACGCACCCTCCCAGCTGGTGAATGCAGGACTGAGGCCTGGCAAACAGGCAGTCATGGTGCTGGAAAGGGCTGCTCGGGAGTAGACACAATGCTCTCTGAAGTCCACGAGTACTCCAGGACGGTAGCGGAACACAGAAGTGTCCACGGGACAGTCTGTGCAAGACAGCCAGGGATGGCACCCCA
........................................................((..((((.((..(((...((((....)).)).)))....))..))))..))..............................................................................................................................................
..................................................51..........................................................111.........................................................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
..............................................................GACGCACCCTCCCAgatc.......................................................................................................................................................................... 18 gatc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -