(6)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(5)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(30)
TESTES

Sense strand
CCCTCTGGGTGGCAAAGGGGTTAGAAATGGGACCTGCTTCAGAACTCAAGGTGGGTACCAGAGTTTACCCGAACACCAGTCTAATTCTTTGTCACTGGCGGCACAGCACTGACGAGTGACCTTGAGGTACCCTTTTGCCCCACAGTCCCTGACTTCCAGAAAGAATGGAATAAGAAGCTGAGGTCTGGGAACCAT


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
.....................................................................................................................................................................TGGAATAAGAAGCTGAGGTCTGGGA..... 25 1 14.00 14.00 4.00 1.00 - - 2.00 1.00 3.00 1.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TAGAAATGGGACCTGCTTCAGAACTC.................................................................................................................................................... 26 1 9.00 9.00 2.00 4.00 - - - - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................GAAAGAATGGAATAAGAAGCTGAGGTC.......... 27 1 8.00 8.00 4.00 - - 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..................................TGCTTCAGAACTCAAGGTGGGTACCAGA..................................................................................................................................... 28 1 7.00 7.00 - 1.00 - 1.00 - - 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TAAGAAGCTGAGGTCTGGGAACCAT 25 1 6.00 6.00 4.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................GAAAGAATGGAATAAGAAGCTGAGG............ 25 1 5.00 5.00 1.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................ATTCTTTGTCACTGGCGGCAC........................................................................................... 21 1 5.00 5.00 - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGGAATAAGAAGCTGAGGTCTGGGAAC... 27 1 5.00 5.00 1.00 2.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TCTTTGTCACTGGCGGCA............................................................................................ 18 1 3.00 3.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TAGAAATGGGACCTGCTTCAGAACT..................................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................AGAAATGGGACCTGCTTCAGAACTC.................................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGGGACCTGCTTCAGAACTCAAGGTGG............................................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TAATTCTTTGTCACTGGCGGCACAGCACT..................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TGGGTGGCAAAGGGGTTAGAAATGGG.................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GAAATGGGACCTGCTTCAGAACTCAAGG................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGGGACCTGCTTCAGAACTCAAGGTGa............................................................................................................................................. 27 a 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - -
..........................ATGGGACCTGCTTCAGAACTCAAGGT............................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TAATTCTTTGTCACTGGCGGCACAGCAC...................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGGAATAAGAAGCTGAGGTCTGGGAA.... 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TTCTTTGTCACTGGCGGCACAGCACTG.................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................GAAAGAATGGAATAAGAAGCTGAGGT........... 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TTCAGAACTCAAGGTGGGTACCAGAGT................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.....................TAGAAATGGGACCTGCTTCAGAAC...................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCTTCAGAACTCAAGGTGGGTACCAG...................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.................................................................................TAATTCTTTGTCACTGGCGGCACAGCA....................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................AAGAATGGAATAAGAAGCTGAGGTCTGG....... 28 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TTTGTCACTGGCGGCACA.......................................................................................... 18 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TTCAGAACTCAAGGTGGGTACCAGA..................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................AAGAATGGAATAAGAAGCTGAGGTCTG........ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.....TGGGTGGCAAAGGGGTTAGAAATGGGA................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................ATTCTTTGTCACTGGCGGCACA.......................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..............................GACCTGCTTCAGAACTCAAGGTGGG............................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TACCAGAGTTTACCCGAACACCAGTC.................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TAGAAATGGGACCTGCTTCAGAACTCAAG................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TAAGAAGCTGAGGTCTGGGAACCATa 26 a 1.00 6.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................CCACAGTCCCTGACTTCCAGAAAGAAT............................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TCTGGGTGGCAAAGGGGTTAGA.......................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
.................................................................................TAATTCTTTGTCACTGGCGGCACAGC........................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TGAGGTACCCTTTTGCCCCACAGTCC............................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...............................ACCTGCTTCAGAACTCAAGGTGGG............................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................CTTCCAGAAAGAATGGAATAAGAAGCTGAGG............ 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GGGACCTGCTTCAGAACTCAAGGTGGG............................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TCTGGGTGGCAAAGGGGTTAGAAATGt..................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................AAGAAGCTGAGGTCTGGGAACCAT 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TAAGAAGCTGAGGTCTGGGAACC.. 23 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................CCTGCTTCAGAACTCAAGGTGGGTACCAGA..................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................CACCAGTCTAATTCTTTGTCACTGGCGGgac........................................................................................... 31 gac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................GTCTAATTCTTTGTCACTGGCGGCAC........................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TCTGGGTGGCAAAGGGGTTAGAAA........................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TCTAATTCTTTGTCACTGGCGGCACA.......................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
........................................................................................................AGCACTGACGAGTGACCTTGAGGTACCCT.............................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.....................................TTCAGAACTCAAGGTGGGTACCAGAG.................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGGAATAAGAAGCTGAGGTCTGGGAACCA. 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGGGACCTGCTTCAGAACTCAAGGTG.............................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................AAGAATGGAATAAGAAGCTGAGGTCTGGG...... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................AGAAATGGGACCTGCTTCAGAAC...................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGGGACCTGCTTCAGAACTCAAGGT............................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TAAGAAGCTGAGGTCTGGGAACCAcc 26 cc 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TCTAATTCTTTGTCACTGGCGGCAC........................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................ATTCTTTGTCACTGGCGGCA............................................................................................ 20 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................AAGAATGGAATAAGAAGCTGAGGTCT......... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TCTGGGTGGCAAAGGGGTTAGAAATGG..................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TAAGAAGCTGAGGTCTGGGAACCATaaa 28 aaa 1.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TGTCACTGGCGGCACAGCACTGACGA................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TCTGGGTGGCAAAGGGGTTAGAAATG...................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
...............................................................................................................................................................AAAGAATGGAATAAGAAGCTGAGGTCT......... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.....................................................................................................................................................................TGGAATAAGAAGCTGAGGTCTGGGAAt... 27 t 1.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TAAGAAGCTGAGGTCTGGGAACCA. 24 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CCCTCTGGGTGGCAAAGGGGTTAGAAATGGGACCTGCTTCAGAACTCAAGGTGGGTACCAGAGTTTACCCGAACACCAGTCTAATTCTTTGTCACTGGCGGCACAGCACTGACGAGTGACCTTGAGGTACCCTTTTGCCCCACAGTCCCTGACTTCCAGAAAGAATGGAATAAGAAGCTGAGGTCTGGGAACCAT


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
.........................................................................CACCAGTCTAATTCTTTGTC...................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
........................TGGGACCTGCTTCAGagg......................................................................................................................................................... 18 agg 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................AGTTTACCCGAAgttc.......................................................................................................................... 16 gttc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -