(7)
OTHER.mut
(6)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(33)
TESTES

Sense strand
AGAAGTCGGCACAGTTCAAGAGATAGGAGCAGAGAGCGATCCAAGAGGAGGTACTGAAGTGCCGATCAGAGGATGCGGAGCTACCTTTATGTTTTAGCCTTTTGTTTCTTATGTTACTTATGCTTAGATTATTGGCTTGAAACCTGCACCTGATATATTGATATGTACTCAATTGTAGGTGTATACATTTTTTTCTGATTGTATGAGTAGTTCATGCACAGTTAATGCATGAGCCGGAGTAAGAAATTGA


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
..............................................................................................................................................................................................................................TAATGCATGAGCCGGAGTAAGAAATT.. 26 1 10.00 10.00 - 1.00 - 4.00 - 3.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TAGGAGCAGAGAGCGATCCAAGAGGAG........................................................................................................................................................................................................ 27 1 8.00 8.00 4.00 - 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................TGCCGATCAGAGGATGCGGAGC......................................................................................................................................................................... 22 1 8.00 8.00 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GCAGAGAGCGATCCAAGAGGAGGT...................................................................................................................................................................................................... 24 1 4.00 4.00 - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TAATGCATGAGCCGGAGTAAGAAAT... 25 1 4.00 4.00 - 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................TGAAACCTGCACCTGATATATTGATATG..................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TAGGAGCAGAGAGCGATCCAAGAGGA......................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................AGAGATAGGAGCAGAGAGCGATCCAAG............................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TAGGAGCAGAGAGCGATCCAAGAGGAGatcc.................................................................................................................................................................................................... 31 atcc 2.00 8.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TGATATATTGATATGTACTCAATTGT.......................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.......................TAGGAGCAGAGAGCGATCCAAGAGGAGa....................................................................................................................................................................................................... 28 a 2.00 8.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.....................................................CTGAAGTGCCGATCAGAGGATGCGGAGC......................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TAGGAGCAGAGAGCGATCCAAGAGG.......................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TTCAAGAGATAGGAGCAGAGAGCGATC................................................................................................................................................................................................................. 27 2 1.50 1.50 - 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..AAGTCGGCACAGTTCAAGAGATAGGAGC............................................................................................................................................................................................................................ 28 2 1.50 1.50 - - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TTCAAGAGATAGGAGCAGAGAGCGAT.................................................................................................................................................................................................................. 26 2 1.50 1.50 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - -
.GAAGTCGGCACAGTTCAAGAGATAGGAGCAa.......................................................................................................................................................................................................................... 31 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TGTTACTTATGCTTAGATTATTGGCTT................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TAGGAGCAGAGAGCGATCCAAGAG........................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................CTGATTGTATGAGTAGTT...................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TAGGTGTATACATTTTTTTCTGATTGT................................................ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TTCTGATTGTATGAGTAGTTCAT................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TCGGCACAGTTCAAGAGATAGGAGCAGA......................................................................................................................................................................................................................... 28 2 1.00 1.00 - - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................CTGATTGTATGAGTAGTTCATGC................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.................................................GGTACTGAAGTGCCGATCAGAGGATGC.............................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................ATGTACTCAATTGTAGGTGTA................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TAGATTATTGGCTTGAAACCTGCACCTGATAT.............................................................................................. 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
............AGTTCAAGAGATAGGAGCAGAGAGCGATCa................................................................................................................................................................................................................ 30 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................AATGCATGAGCCGGAGTAAGAAATT.. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..................................................................CAGAGGATGCGGAGCTACCTTTAT................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................CCAAGAGGAGGTACTGAAGTGCCGAT........................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................AGAGGATGCGGAGCTACCTTT.................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TCAGAGGATGCGGAGCTACCTTTAT................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TACTGAAGTGCCGATCAGAGGATGCG............................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TTAGATTATTGGCTTGAAACCTGCACCTG.................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TAATGCATGAGCCGGAGTAAGAAATa.. 26 a 1.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................AGGTACTGAAGTGCtatg........................................................................................................................................................................................ 18 tatg 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................AATGCATGAGCCGGAGTAAGAAATTGA 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TTGAAACCTGCACCTGATATATTGATAT...................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GAAGTCGGCACAGTTCAAGAGATAGGAG............................................................................................................................................................................................................................. 28 2 1.00 1.00 - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GAAGTCGGCACAGTTCAAGAGATAGGAGC............................................................................................................................................................................................................................ 29 2 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................CTGAAGTGCCGATCAGAGGATGCGGAG.......................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TATTGATATGTACTCAATTGTAGGTGT.................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.......................TAGGAGCAGAGAGCGATCCAAGAGGAGG....................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TGTTACTTATGCTTAGATTATTGGCTTG............................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TTTTTTCTGATTGTATGAGTAGTTCATG.................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................AGGTACTGAAGTGCCGATCAGAGGATGCGGA........................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TAGGAGCAGAGAGCGATCCAAGAGGAGatc..................................................................................................................................................................................................... 30 atc 1.00 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.............................................................CCGATCAGAGGATGCGGAGCTA....................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TTCAAGAGATAGGAGCAGAGAGCGA................................................................................................................................................................................................................... 25 2 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................TGAAGTGCCGATCAGAGG.................................................................................................................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................GCACAGTTAATGCATGAGCCGGAGTAAG....... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
......................ATAGGAGCAGAGAGCGATCCAAGAGGAG........................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.GAAGTCGGCACAGTTCAAGAGATAGG............................................................................................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50
.................AAGAGATAGGAGCAGAGAGCGATCC................................................................................................................................................................................................................ 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - -
..................AGAGATAGGAGCAGAGAGCGA................................................................................................................................................................................................................... 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TCGGCACAGTTCAAGAGATAGGAGCAG.......................................................................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..AAGTCGGCACAGTTCAAGAGATAGGAGCAGAGA....................................................................................................................................................................................................................... 33 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................AAGAGATAGGAGCAGAGAGCG.................................................................................................................................................................................................................... 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 -
.GAAGTCGGCACAGTTCAAGAGATAGGA.............................................................................................................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AGAAGTCGGCACAGTTCAAGAGATAGGAGCAGAGAGCGATCCAAGAGGAGGTACTGAAGTGCCGATCAGAGGATGCGGAGCTACCTTTATGTTTTAGCCTTTTGTTTCTTATGTTACTTATGCTTAGATTATTGGCTTGAAACCTGCACCTGATATATTGATATGTACTCAATTGTAGGTGTATACATTTTTTTCTGATTGTATGAGTAGTTCATGCACAGTTAATGCATGAGCCGGAGTAAGAAATTGA


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)