(1)
OTHER.ip
(7)
OTHER.mut
(2)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(4)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(37)
TESTES

Sense strand
GGGCCTGTACTGGAGAGCCTAGGCTGACTGCTCCTGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCCTCCAGGTTGGAACTGGCTCCCACCTTCGGCCTGGCTCCTGCAGTGCTTTTGCCTGGCCACCGCGGCCCCTCATCCCGCCCGGACCGCTGGACGGACCGGGTGTATTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGCTTCACTTTTAGCTGTCCCTGTGGCTCTGCCCAGGGCTGCAAGAACGTTGACGTGGAGCGGT
..........................................................((((((((((..(((...)))..))))))))))...((((((.((........((((.....))))........(((((((.(((.....))).)))))))....)))))))).((((........))))..............................................................
..........................................................59...........................................................................................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
.................................................................................................................................................................................................................................TGCAAGAACGTTGACGTGGAGCGGT 25 1 281.00 281.00 50.00 60.00 59.00 48.00 - 27.00 4.00 12.00 4.00 - - - 1.00 3.00 - 1.00 5.00 - - - 1.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - 1.00 -
.......................................................................................................................................................................................................................TGCCCAGGGCTGCAAGAACGTTGACGTG....... 28 1 35.00 35.00 7.00 5.00 5.00 2.00 6.00 3.00 1.00 1.00 1.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGCTTC.......................................................... 26 1 24.00 24.00 8.00 5.00 - 4.00 - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - 1.00 - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGCAAGAACGTTGACGTGGAGCGG. 24 1 23.00 23.00 7.00 4.00 2.00 2.00 - 1.00 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - -
..................................TGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCCTCC.............................................................................................................................................................................................. 26 1 21.00 21.00 - - - - 16.00 - - - - - - - 2.00 - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTG.............................................................. 27 1 19.00 19.00 5.00 7.00 - 3.00 - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCCTC............................................................................................................................................................................................... 25 1 17.00 17.00 - - - - 13.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGt............................................................. 27 t 14.00 8.00 4.00 1.00 5.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGCTTCA......................................................... 27 1 12.00 12.00 4.00 4.00 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGCCCAGGGCTGCAAGAACGTTGACGT........ 27 1 12.00 12.00 - 1.00 1.00 1.00 1.00 3.00 - 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTG.............................................................. 26 1 8.00 8.00 3.00 3.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TCCTGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCCT................................................................................................................................................................................................ 27 1 8.00 8.00 - - - - 3.00 - - - - - 1.00 2.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGCCCAGGGCTGCAAGAACGTTGACGTGt...... 29 t 6.00 35.00 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TTGGAACTGGCTCCCACCTTCGGCCT................................................................................................................................................................. 26 1 5.00 5.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGC............................................................. 28 1 5.00 5.00 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGCAAGAACGTTGACGTGGAGCGGTa 26 a 5.00 281.00 2.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGa............................................................. 28 a 4.00 19.00 1.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TAGGTCAGCGTCACTCCGCCTCCAGG........................................................................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - - - - 1.00 - 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGC............................................................. 27 1 4.00 4.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TCCTGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCC................................................................................................................................................................................................. 26 1 4.00 4.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGCAAGAACGTTGACGTGGAGCGGTt 26 t 4.00 281.00 - 1.00 - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TATTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTC................................................................ 27 1 4.00 4.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGCT............................................................ 28 1 3.00 3.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TGTACTGGAGAGCCTAGGCTGACTGCTC......................................................................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................CTGCCCAGGGCTGCAAGAACGTTGACGTGG...... 30 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TATTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCT............................................................... 28 1 3.00 3.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGCTT........................................................... 30 1 3.00 3.00 1.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCT............................................................... 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TAGGTCAGCGTCACTCCGCCTCCAGGT.......................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
................................................................TGGAACTGGCTCCCACCTTCGG.................................................................................................................................................................... 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TCATCCCGCCCGGACCGCTGGACGGACC................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................CCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGCTT........................................................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGCAAGAACGTTGACGTGGAGCGGc 25 c 2.00 23.00 - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................TGCTTCACTTTTAGCTGTCCCTGTG....................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGGACGGACCGGGTGTATTGCCTGCAGC.............................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGCCCAGGGCTGCAAGAACGTTGACGTGGA..... 30 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGCAAGAACGTTGACGTGGAGCGGg 25 g 2.00 23.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGCTTa.......................................................... 26 a 2.00 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................AGAACGTTGACGTGGAGCGtt 21 tt 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGt............................................................. 26 t 2.00 0.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TGGAACTGGCTCCCACCTTCGGC................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................GGCTGCAAGAACGTTGACGTGGAGCGGT 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................CTGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCCTC............................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGa............................................................. 27 a 1.00 8.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGGCTCCTGCAGTGCTTTTGCCTGGCt....................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGCAAGAACGTTGACGTGGA..... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCCTCCA............................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TTGGAACTGGCTCCCACCTTCGGCC.................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................CCGGGTGTATTGCCTGCAG............................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGttt........................................................... 29 ttt 1.00 8.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGCTTCt......................................................... 27 t 1.00 24.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TCTCTCTGCTTCACTTTTAGCTGTCCCTt......................................... 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................GCAAGAACGTTGACGTGGAGCGGT 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGCTCCTGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCC................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TGGAACTGGCTCCCACCTTCGGCCTGGCT............................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................AAGAACGTTGACGTGGAGCGGT 22 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................CTGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCCTCC.............................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................CTCCAGGTTGGAACTGGCT............................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.................................................................................................................................................................TTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGt............................................................. 28 t 1.00 19.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............GAGAGCCTAGGCTGACTG............................................................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................TGCTTCACTTTTAGCTGTCCCTGTGGCTC................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................GTATTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCT................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................CAGGGCTGCAAGAACGTTGACGTGG...... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................CAGCGTCACTCCGCCTCCAGGTTGGAACT................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................AGGTTGGAACTGGCTCCC............................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGCCCAGGGCTGCAAGAACGTTGACGTGG...... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGCTT........................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................GGAACTGGCTCCCACCTTCGG.................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TGACTGCTCCTGCTAGGTCAGCGTCA........................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TATTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTt.............................................................. 29 t 1.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCCTtc.............................................................................................................................................................................................. 26 tc 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TATTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCa............................................................... 28 a 1.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGGACGGACCGGGTGTA......................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCa............................................................... 26 a 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TGGCTCCCACCTTCGGCCTGGCTCCTGa........................................................................................................................................................ 28 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGCCCAGGGCTGCAAGAACGTTGA........... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGCCCAGGGCTGCAAGAACGTTGACG......... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................GGCTGCAAGAACGTTGACGTGGAGC... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TACTGGAGAGCCTAGGCTGACTGCTC......................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGCAAGAACGTTGACGTGGAGCGagc 26 agc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................CACTTTTAGCTGTCCCTGTGGCTCTGCCC.............................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGCT............................................................ 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TGTACTGGAGAGCCTAGGCTGACTGCT.......................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................CCTTCGGCCTGGCTCCTGCAGTGCTTT................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................TCTGCTTCACTTTTAGCTGTCC............................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................CCGGGTGTATTGCCTGCAGCCAGACG........................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGtat........................................................... 30 tat 1.00 19.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................AAGAACGTTGACGgcac..... 17 gcac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TGTATTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTC................................................................ 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....CTGTACTGGAGAGCCTAGGCTGACTGCTC......................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....CTGTACTGGAGAGCCTAGGCTG................................................................................................................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TATTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTtt............................................................... 28 tt 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCCgcc.............................................................................................................................................................................................. 26 gcc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGta............................................................ 28 ta 1.00 8.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................CTCCTGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCCT................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TGCAGTGCTTTTGCCTGGCCACCGC.................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTa.............................................................. 27 a 1.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TAGGTCAGCGTCACTCCGt.................................................................................................................................................................................................. 19 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCCT................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................CACCTTCGGCCTGGCTCCTGCAG...................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GGCCTGTACTGGAGAGCCTA..................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGCCCAGGGCTGCAAGAACGTTGACGTGtt..... 30 tt 1.00 35.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................CTCCTGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCC................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......GTACTGGAGAGCCTAGGCTGA............................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.....................................TAGGTCAGCGTCACTCCGCCTCCA............................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................TTAGCTGTCCCTGTGGCTCTGCCCAGG........................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCatcc.............................................................................................................................................................................................. 26 atcc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....CTGTACTGGAGAGCCTAGGCTGACTGC........................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................CCCGGACCGCTGGACG.................................................................................................... 16 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................AGAACGTTGACGTGGAGCGGTa 22 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GCTGGACGGACCGGGTGTATTGCCTGt................................................................................. 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGCAAGAACGTTGACGTGGAGCGata 26 ata 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................GGACGGACCGGGTGTATTGCCTG.................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TATTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCT................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTtt............................................................. 27 tt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGCTTt.......................................................... 26 t 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................AGGGCTGCAAGAACGTTGACGTGGAGC... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
......................................................................................................................................................................TGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGCTTCAC........................................................ 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TCCTGCTAGGTCAGCGTCACTCCccc................................................................................................................................................................................................. 26 ccc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................CCTCCAGGTTGGAAC.................................................................................................................................................................................... 15 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GGGCCTGTACTGGAGAGCCTAGGCTGACTGCTCCTGCTAGGTCAGCGTCACTCCGCCTCCAGGTTGGAACTGGCTCCCACCTTCGGCCTGGCTCCTGCAGTGCTTTTGCCTGGCCACCGCGGCCCCTCATCCCGCCCGGACCGCTGGACGGACCGGGTGTATTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTCTGCTTCACTTTTAGCTGTCCCTGTGGCTCTGCCCAGGGCTGCAAGAACGTTGACGTGGAGCGGT
..........................................................((((((((((..(((...)))..))))))))))...((((((.((........((((.....))))........(((((((.(((.....))).)))))))....)))))))).((((........))))..............................................................
..........................................................59...........................................................................................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
................................................................................................................................................................ATTGCCTGCAGCCAGACGGTTCTCTC................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -