(7)
OTHER.mut
(7)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(36)
TESTES

Sense strand
TGTTTGGTGATGTTGTGCAAGAGCTTTTGCCTGAGTACAAGGAGAAGGAGGTAGGTGGCTGGTTTGTTTCTGAGCTCGTCTGCCTCGTGCCCTGTTTTCTTTCTCTGTCCTGCCTCTCGCCTTTTCTTTCTTTTAGGTGGTGAATAAGGATGTCTTAGATGTTTACATTGAACACCGGCTGATGAT
....................................................((((((..(((........((((.((.......)).))...........))........)))..))))))................................................................
..................................................51...................................................................................136................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363964(GSM822766)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
..................................................GTAGGTGGCTGGTTTGTTTCTGAGCTCGTCTGCCTCGTGCCCTGTTTTCTTT.................................................................................... 52 1 112.00 112.00 112.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TAGATGTTTACATTGAACACCGGCT...... 25 2 10.50 10.50 - 5.00 - - 1.00 0.50 2.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TAGATGTTTACATTGAACACCGGCTG..... 26 2 6.00 6.00 - - - - 2.50 0.50 - 1.00 - - - - - 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - -
..........................................................................................................................................................TTAGATGTTTACATTGAACACCGGCT...... 26 1 5.00 5.00 - 1.00 1.00 - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAAGGATGTCTTAGATGTTTACATTGA............... 27 1 5.00 5.00 - - - - - - - 2.00 - - - - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TGTTTACATTGAACACCGGCTGATGAT 27 2 3.50 3.50 - - - 1.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 0.50 - - - - -
..................................................................................................................................................................TTACATTGAACACCGGCTGATGATggt 27 ggt 2.00 0.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TTGTTTCTGAGCTCGTCTGCC...................................................................................................... 21 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAAGGATGTCTTAGATGTTTACAT.................. 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................AATAAGGATGTCTTAGATGTTTACATTG................ 28 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAAGGATGTCTTAGATGTTTACATTGAA.............. 28 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TCTTAGATGTTTACATTGAACACCGGC....... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................GATGTTTACATTGAACACCGGCTGA.... 25 2 1.50 1.50 - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 -
...........................................................................................................................................................TAGATGTTTACATTGAACACCGGC....... 24 2 1.50 1.50 - 1.00 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGAGCTTTTGCCTGAGTACAAGGAGA............................................................................................................................................. 26 2 1.50 1.50 - - 0.50 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................TTAGATGTTTACATTGAACACCGGCTGATGA. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TACATTGAACACCGGCTGATGATggg 26 ggg 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................GATGTTTACATTGAACACCGGCTGATGA. 28 2 1.00 1.00 - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................GTGGCTGGTTTGTTTCTGAGC............................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................AATAAGGATGTCTTAGATGTTTACATTGt............... 29 t 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..................................................GTAGGTGGCTGGTTTGTTTCTGAGCTt............................................................................................................. 27 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAGGTGGCTGGTTTGTTa..................................................................................................................... 19 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TGTCTTAGATGTTTACATTGAACACCGGC....... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GGTGATGTTGTGCAAGAGCTTTTG............................................................................................................................................................. 24 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GGATGTCTTAGATGTTTACATTGAACA............ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AAGGATGTCTTAGATGTTTttt................... 22 ttt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................GAGCTCGTCTGCCTCGTGCC............................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TTGGTGATGTTGTGCAAGAGCTTTTGCCT.......................................................................................................................................................... 29 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - -
...TTGGTGATGTTGTGCAAGAGCTTTTGC............................................................................................................................................................ 27 2 1.00 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAGGTGGCTGGTTTGTTTCTG.................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................GATGTTTACATTGAACACCGGCTGATG.. 27 2 1.00 1.00 - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGGATGTCTTAGATGTTTACATTGAAC............. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TGTTGTGCAAGAGCTTTTGCCTGAGT...................................................................................................................................................... 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAAGGATGTCTTAGATGTTTACA................... 23 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAAGGATGTCTTAGATGTTTACATTGAACA............ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................AATAAGGATGTCTTAGATGTTTACATTGA............... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TAGATGTTTACATTGAACACCGGCTGATGt. 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TCTTAGATGTTTACATTGAACACCGGCT...... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................AGGTGGCTGGTTTGTTTCTGAGCTagtc.......................................................................................................... 28 agtc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...TTGGTGATGTTGTGCAAGAGCTTTTGCC........................................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................ACATTGAACACCGGCTGA.... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
.......................CTTTTGCCTGAGTACAAGGAGAAGGA......................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - -
...............TGCAAGAGCTTTTGCCTGAGTACAAGGt............................................................................................................................................... 28 t 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................AGATGTTTACATTGAACACCGGCTG..... 25 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......GTGATGTTGTGCAAGAG................................................................................................................................................................... 17 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GTTTGGTGATGTTGTGCAAGA.................................................................................................................................................................... 21 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................GATGTTTACATTGAACACCGGCTGATGAT 29 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTTGCCTGAGTACAAGGAGAAGGAGG....................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGAGCTTTTGCCTGAGTACAAGGAGAAG........................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TGTTTACATTGAACACCGGCTGATGA. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TTTTGCCTGAGTACAAGGAG.............................................................................................................................................. 20 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TGCAAGAGCTTTTGCCTGAGTACAAGG................................................................................................................................................ 27 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................ATGTTTACATTGAACACCGGCTGAT... 25 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TAGATGTTTACATTGAACACCGGCTGA.... 27 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGTGATGTTGTGCAAGAGCTTTTGCC........................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................AGATGTTTACATTGAACACCGGCTGATGAT 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - -
............................................................................................................................................................AGATGTTTACATTGAACACCGGCTGA.... 26 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TGTTGTGCAAGAGCTTTTGCCTGAGTA..................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................GATGTTTACATTGAACACCGGCTGAT... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........GATGTTGTGCAAGAGCTTTTGCCTGAGT...................................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TAGATGTTTACATTGAACACCGGCTGATGA. 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TGAACACCGGCTGATGA. 17 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - -
..........................TTGCCTGAGTACAAGGAGAAGGAGGT...................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................AGTACAAGGAGAAGGAG........................................................................................................................................ 17 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25

Antisense strand
TGTTTGGTGATGTTGTGCAAGAGCTTTTGCCTGAGTACAAGGAGAAGGAGGTAGGTGGCTGGTTTGTTTCTGAGCTCGTCTGCCTCGTGCCCTGTTTTCTTTCTCTGTCCTGCCTCTCGCCTTTTCTTTCTTTTAGGTGGTGAATAAGGATGTCTTAGATGTTTACATTGAACACCGGCTGATGAT
....................................................((((((..(((........((((.((.......)).))...........))........)))..))))))................................................................
..................................................51...................................................................................136................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363964(GSM822766)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)