(11)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(7)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(43)
TESTES

Sense strand
TCTTGCTGGCGAGTTGGGCCTCTACAAGTGGTGATTCTCATATCGCCTCAGGGTTATTGTTAGTGAATCAAAGAGTGGATGTTTTACAACATAACATGGAACAGATGATGGATGTCCTACAAATGAGTTGTGTGGCATCAACCCTGCATATGTGCATTACTCCCATTAGGTATGTTAATATTCTTTTATTAAACGTACAGATTTATCGAATTATCTGAAGGGGAACTGGTCGCAGGAGCTGGACAGGTTG
.......................................................................................((((((..((((...........((((((.(((((.....))))).)))))).....((((....))))......))))....))))))..........................................................................
......................................................................................87........................................................................................177.......................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATGTCatat.................................................................................................................................. 29 atat 59.00 0.00 15.00 24.00 19.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TACAACATAACATGGAACAGATGATGGATt........................................................................................................................................ 30 t 19.00 0.00 14.00 1.00 2.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGAAGGGGAACTGGTCGCAGGAGCTGt........ 27 t 13.00 0.00 - 3.00 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - 2.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TACAACATAACATGGAACAGATGATGGt.......................................................................................................................................... 28 t 12.00 0.00 4.00 5.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TACAACATAACATGGAACAGATGATGGATtt....................................................................................................................................... 31 tt 6.00 0.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATGTCatt................................................................................................................................... 28 att 6.00 0.00 1.00 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................CAACATAACATGGAACAGATGATGGATGTCt..................................................................................................................................... 31 t 5.00 0.00 4.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATGTCt..................................................................................................................................... 26 t 4.00 0.00 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................ACATAACATGGAACAGATGATGGATGTCt..................................................................................................................................... 29 t 3.00 0.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................CAACATAACATGGAACAGATGATGGATt........................................................................................................................................ 28 t 2.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................ACATGGAACAGATGATGGATtt....................................................................................................................................... 22 tt 2.00 0.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATGTCaa.................................................................................................................................... 27 aa 2.00 0.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TACAAATGAGTTGTGTGGCATCcacc........................................................................................................... 26 cacc 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................AACTGGTCGCAGGAGCTGGAgt..... 22 gt 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TATCTGAAGGGGAACTGGTCGCAGGAa............ 27 a 2.00 0.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TACAACATAACATGGAACAGATGATGt........................................................................................................................................... 27 t 2.00 0.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGAAGGGGAACTGGTCGCAGGAGaa.......... 25 aa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TACAACATAACATGGAACAGATGATtt........................................................................................................................................... 27 tt 2.00 0.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................CAACATAACATGGAACAGATGATGGATa........................................................................................................................................ 28 a 2.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................CATATGTGCATTACTCCCATTAGGTAT............................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATGTCCT.................................................................................................................................... 27 2 1.50 1.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATGTCCTA................................................................................................................................... 28 2 1.50 1.50 - 1.00 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................GAACTGGTCGCAGGAGCTGGgt...... 22 gt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TAGTGAATCAAAGAGTGGAaa......................................................................................................................................................................... 21 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TACAACATAACATGGAACAGATGATGta.......................................................................................................................................... 28 ta 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGAGTTGTGTGGCATCAACCCTGCATA.................................................................................................... 27 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGAAGGGGAACTGGTCGCAGGAGCTaa........ 27 aa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................CAACATAACATGGAACAGATGATGGATGTCtt.................................................................................................................................... 32 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................GAAGGGGAACTGGTCGCAGGAGCTGt........ 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TTTTACAACATAACATGGAACAGATGc.............................................................................................................................................. 27 c 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATGTCC..................................................................................................................................... 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - -
........................................TATCGCCTCAGGGTTATTGTTAGTGAATCt.................................................................................................................................................................................... 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGAGTTGTGTGGCATCcacc........................................................................................................... 20 cacc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGAAGGGGAACTGGTCGCAGGAGCTGaga...... 29 aga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TACAACATAACATGGAACAGATGATGGATta....................................................................................................................................... 31 ta 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................CGAATTATCTGAAGGGGAACTGGccgc................. 27 ccgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TACAACATAACATGGAACAGATaatg............................................................................................................................................ 26 aatg 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TACAACATAACATGGAACAGATGATGGATa........................................................................................................................................ 30 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................AAGGGGAACTGGTCGCAGGAGCTGGAt...... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................AAGGGGAACTGGTCGCAGGAGCTGt........ 25 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TCTGAAGGGGAACTGGTCGCAGGAGCat......... 28 at 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................CATGGAACAGATGATGGATGTCatat.................................................................................................................................. 26 atat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATGTCaaa................................................................................................................................... 28 aaa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................AGATTTATCGAATTATCTGAAGGGGAACTGt..................... 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................AACATGGAACAGATGATGGATGTCaaa................................................................................................................................... 27 aaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................ACTGGTCGCAGGAGCTGGAgcg.... 22 gcg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGAAGGGGAACTGGTCGCAGGAGCTGtt....... 28 tt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................TCAACCCTGCATATGTGCATTACTCCCATTt.................................................................................. 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TACAACATAACATGGAACAGATGATGc........................................................................................................................................... 27 c 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TACAGATTTATCGAATTATCTGAAGGtg........................... 28 tg 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................AACATGGAACAGATGATGGAc......................................................................................................................................... 21 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................CTCATATCGCCTCAGGGTTt.................................................................................................................................................................................................. 20 t 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TTTTACAACATAACATGGAACAGATGct............................................................................................................................................. 28 ct 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................CAACATAACATGGAACAGATGATGGAaaa....................................................................................................................................... 29 aaa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................ACTGGTCGCAGGAGCTGGACAGGTTGcat 29 cat 1.00 0.50 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................CAACATAACATGGAACAGATGATa............................................................................................................................................ 24 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................CTTTTATTAAACGTACAGA................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TACAGATTTATCGAATTATCTGAAGGag........................... 28 ag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................ATGGAACAGATGATGGATGTCCTAC.................................................................................................................................. 25 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................GGAACTGGTCGCAGGAGCTGGAgcg.... 25 gcg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TTACAACATAACATGGAACAGATtgat............................................................................................................................................ 27 tgat 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................AGATTTATCGAATTATCTGAAGGGGAACTGc..................... 31 c 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................AGGGGAACTGGTCGCAGGAGCTtgga...... 26 tgga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................CCTACAAATGAGTTGTGTGGCATCcact........................................................................................................... 28 cact 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATGTCtt.................................................................................................................................... 27 tt 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TACAAATGAGTTGTGTGGCATCAACactg........................................................................................................ 29 actg 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATGTCCTAC.................................................................................................................................. 29 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................GGAACAGATGATGGATGTCCTACAAATGA............................................................................................................................ 29 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATGTCataa.................................................................................................................................. 29 ataa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................GAACTGGTCGCAGGAGCTGGAta..... 23 ta 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................CAACATAACATGGAACAGATGATGt........................................................................................................................................... 25 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATca....................................................................................................................................... 24 ca 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................GGAACAGATGATGGATGTCCTACAAATGAGa.......................................................................................................................... 31 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................AGGGGAACTGGTCGCAGGAGCTGGAtt..... 27 tt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TACAACATAACATGGAACAGATGATGGttt........................................................................................................................................ 30 ttt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................CAACATAACATGGAACAGATGATGGATGa....................................................................................................................................... 29 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TTACAACATAACATGGAACAGATGATGt........................................................................................................................................... 28 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TATCGCCTCAGGGTTATTGTTt............................................................................................................................................................................................ 22 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TACAACATAACATGGAAa.................................................................................................................................................... 18 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................GAACTGGTCGCAGGAGCTGGACAGG... 25 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................GAATTATCTGAAGGGGAACTtgtc................... 24 tgtc 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATGTCatc................................................................................................................................... 28 atc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................AACATAACATGGAACAGATGATGGATt........................................................................................................................................ 27 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................GAAGGGGAACTGGTCGCAGGAGCTaa........ 26 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................ACATGGAACAGATGATGGATGTCatat.................................................................................................................................. 27 atat 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TTTACAACATAACATGGAACAGATGATGt........................................................................................................................................... 29 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................CAACATAACATGGAACAGATGATGGAag........................................................................................................................................ 28 ag 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATGTCCTACA................................................................................................................................. 30 2 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TTTTACAACATAACATGGAACAGATGATGGt.......................................................................................................................................... 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TTACAACATAACATGGAACAGATGATtga.......................................................................................................................................... 29 tga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAACATGGAACAGATGATGGATGTCagac.................................................................................................................................. 29 agac 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................GAACTGGTCGCAGGAGCTGGAgc..... 23 gc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGAGTTGTGTGGCATCAACCCTGCA...................................................................................................... 25 3 0.67 0.67 - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................ACTGGTCGCAGGAGCTGGACAGGTTG 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................GGAACAGATGATGGATGTCCTACAAATGAGT.......................................................................................................................... 31 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - -
......................................................................................................AGATGATGGATGTCCTACAAATGAGTT......................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TACAAGTGGTGATTCTCATATCGCCTCAGGG..................................................................................................................................................................................................... 31 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................GGAACAGATGATGGATGTCCTACAA................................................................................................................................ 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................GGAACAGATGATGGATGTCCTACAAATGAGTT......................................................................................................................... 32 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGGAACAGATGATGGATGTCCTACAAATGA............................................................................................................................ 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
.........................................................................................................TGATGGATGTCCTACAAATGAGTTGTG...................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGGAACAGATGATGGATGTCCTACAA................................................................................................................................ 26 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................CATGGAACAGATGATGGATGTCCTACAA................................................................................................................................ 28 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGGAACAGATGATGGATGTCCTACAAATG............................................................................................................................. 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - -
..............................................................................................CATGGAACAGATGATGGATGTCCTAC.................................................................................................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................AGGGGAACTGGTCGCAGGAGCTGGACA..... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................ACTGGTCGCAGGAGCTGGACAGGTTGcact 30 cact 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................GGAACAGATGATGGATGTCCTACAAAT.............................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TACAAATGAGTTGTGTGGCATCAACCCT......................................................................................................... 28 6 0.50 0.50 - - - 0.33 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................ACTGGTCGCAGGAGCTGGACAGGTTGg 27 g 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................CAGATGATGGATGTCCTACAAATGAGTTG........................................................................................................................ 29 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGGAACAGATGATGGATGTCCTA................................................................................................................................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................ATGGAACAGATGATGGATGTCCTACAAATG............................................................................................................................. 30 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGAGTTGTGTGGCATCAACCCTGCATATGT................................................................................................. 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................ACTGGTCGCAGGAGCTGGACAGGTT. 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGAGTTGTGTGGCATCAACCCTGCATAT................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................CTGGTCGCAGGAGCTGGACAGG... 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................GGGAACTGGTCGCAGGAGCTGGAC...... 24 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................GAACTGGTCGCAGGAGCTGGACAGGT.. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................GGGGAACTGGTCGCAGGAGCTGGAC...... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGGAACAGATGATGGATGTCCTACAAATGAGT.......................................................................................................................... 32 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TGGATGTCCTACAAATGA............................................................................................................................ 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - -
........................................TATCGCCTCAGGGTTATTGTTAGTG......................................................................................................................................................................................... 25 5 0.40 0.40 - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - -
........................................................TTGTTAGTGAATCAAAGAGTGGATGTT....................................................................................................................................................................... 27 3 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................TATTGTTAGTGAATCAAAGAGTGGATGTT....................................................................................................................................................................... 29 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TACAAATGAGTTGTGTGGCATCAACCCTG........................................................................................................ 29 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TACAAATGAGTTGTGTGGCATCAACCCTGCA...................................................................................................... 31 3 0.33 0.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................TATTGTTAGTGAATCAAAGAGTGGATGT........................................................................................................................................................................ 28 3 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TACAAATGAGTTGTGTGGCATCAACCCTGC....................................................................................................... 30 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................CAGGGTTATTGTTAGTGAA....................................................................................................................................................................................... 19 7 0.29 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - -
........................................TATCGCCTCAGGGTTATTGTTAGTGAAT...................................................................................................................................................................................... 28 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - -
......................................................TATTGTTAGTGAATCAAAGAGTGGATG......................................................................................................................................................................... 27 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - -
......................................................TATTGTTAGTGAATCAAAGAGTGGA........................................................................................................................................................................... 25 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - -
...........................................CGCCTCAGGGTTATTGTTAGTGAATCAAAG................................................................................................................................................................................. 30 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGAGTTGTGTGGCATCAACCCT......................................................................................................... 22 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TACAAATGAGTTGTGTGGCATCAACCCTtc....................................................................................................... 30 tc 0.17 0.50 - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................AGTGAATCAAAGAGTGGATGTTTTACAACAT.............................................................................................................................................................. 31 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TAGTGAATCAAAGAGTGGATGTTTTA.................................................................................................................................................................... 26 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14
.........................................................TGTTAGTGAATCAAAGAGTGGATGTTT...................................................................................................................................................................... 27 7 0.14 0.14 - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TAGTGAATCAAAGAGTGGATGTTTTACA.................................................................................................................................................................. 28 7 0.14 0.14 - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TAGTGAATCAAAGAGTGGATGTTTTACAACA............................................................................................................................................................... 31 7 0.14 0.14 - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................TTAGTGAATCAAAGAGTGGATGT........................................................................................................................................................................ 23 7 0.14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................GTGAATCAAAGAGTGGATGTTTTACAAC................................................................................................................................................................ 28 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................AAAGAGTGGATGTTTTACAACATAAC........................................................................................................................................................... 26 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TAGTGAATCAAAGAGTGGATG......................................................................................................................................................................... 21 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TCTTGCTGGCGAGTTGGGCCTCTACAAGTGGTGATTCTCATATCGCCTCAGGGTTATTGTTAGTGAATCAAAGAGTGGATGTTTTACAACATAACATGGAACAGATGATGGATGTCCTACAAATGAGTTGTGTGGCATCAACCCTGCATATGTGCATTACTCCCATTAGGTATGTTAATATTCTTTTATTAAACGTACAGATTTATCGAATTATCTGAAGGGGAACTGGTCGCAGGAGCTGGACAGGTTG
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GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
............................................................................................................................................................................................................AATTATCTGAAGGGGAACTGGTCGCAtgaa................ 30 tgaa 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CCTCTACAAGTGGTatgg.......................................................................................................................................................................................................................... 18 atgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................CGAATTATCTGAAGGGGAACTGGTCGCAct................ 30 ct 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................AATTATCTGAAGGGGAACTGGTCGCAtgt................ 29 tgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................ATTACTCCCATTAGGTATGTTAATATTC................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................CATATCGCCTCAGGGTTATTGTTAGTGAA....................................................................................................................................................................................... 29 5 0.60 0.60 - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - -
..............................GTGATTCTCATATCGCCTCAGGGTTA.................................................................................................................................................................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TATCGCCTCAGGGTTATTGTTAGTGAA....................................................................................................................................................................................... 27 5 0.40 0.40 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................ATCGCCTCAGGGTTATTGTTAGTGAATCA.................................................................................................................................................................................... 29 5 0.40 0.40 - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................CGCCTCAGGGTTATTGTTAGTGAATCA.................................................................................................................................................................................... 27 6 0.33 0.33 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - -
...................................TCTCATATCGCCTCAGGGTTATTGTTA............................................................................................................................................................................................ 27 6 0.33 0.33 - - - 0.17 - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TATCGCCTCAGGGTTATTGTTAGTGAATCA.................................................................................................................................................................................... 30 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 -
....................................CTCATATCGCCTCAGGGTTATTGTTA............................................................................................................................................................................................ 26 6 0.17 0.17 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TTCTCATATCGCCTCAGGGTTATTGTTA............................................................................................................................................................................................ 28 6 0.17 0.17 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................CGCCTCAGGGTTATTGTTAGTGAATCActa.................................................................................................................................................................................... 30 cta 0.17 0.00 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -