(9)
OTHER.mut
(2)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(35)
TESTES

Sense strand
GGCTCACGCCTTTAATCCCAACAGTTGGGAGGTAGAGGCCAGATGGACCTCTAGTGGGTGGCCACCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGACTACATAGCGAAACCCTGTCTCAAACAAATAAACAAAAAGTTTAAAAAAGTTGAACAGTTTGTAATGTTATTAAATAATGTACCTTTTCATATTTATACAGAGCTCTCAATGAAATGTGGAAATGTCAGAACATGCTTCGAAGTCATGTGC


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
........................................................................TACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGA....................................................................................................................................................... 27 6 19.67 19.67 2.33 2.00 3.83 1.17 2.17 0.33 0.83 2.83 - 0.50 0.17 - 0.83 0.17 - - - - - - - - - - - 0.83 0.17 0.50 0.17 0.17 0.17 - - 0.17 0.17 0.17 -
........................................................................TACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGAga..................................................................................................................................................... 29 ga 5.17 19.67 2.83 0.33 0.83 - - - - - - - - - 0.33 0.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................CAATGAAATGTGGAAATGTCAGAACATGCTT............. 31 1 3.00 3.00 - - - - - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGAgg..................................................................................................................................................... 29 gg 1.33 19.67 1.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TGGTCTACAAAGTGAGTTCGAGGACAGaa.......................................................................................................................................................... 29 aa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................ACAAAGTGAGTTCGAGGACAataa......................................................................................................................................................... 24 ataa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAta....................................................................................................................................................... 27 ta 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TGGTCTACAAAGTGAGTTCGAGGAaaga........................................................................................................................................................... 28 aaga 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCgggg...................................................................................................................................................... 28 gggg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCacga....................................................................................................................................................... 27 acga 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................CAATGAAATGTGGAAATGTCAGAACATGC............... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................ATGTGGAAATGTCAGAACATGCTTCGA.......... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGt....................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................GGAAATGTCAGAACATGCTTCGAAGTCATG... 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................ACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCaa......................................................................................................................................................... 24 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGGAAATGTCAGAACtcg................ 18 tcg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................CAATGAAATGTGGAAATGTCAGAACATGCTTt............ 32 t 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TGTGGAAATGTCAGAACATGCTTCGAAGTCA..... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TGAAATGTGGAAATGTCAGAACATGC............... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TGTGGAAATGTCAGAACATGCTTCGAAGTCt..... 31 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................CAATGAAATGTGGAAATGTCAGAAC................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TGAGTTCGAGGACAGCtc......................................................................................................................................................... 18 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................ACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGggcc.................................................................................................................................................... 29 ggcc 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................CTCAATGAAATGTGGAAATGTCAGAAC................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAtagc..................................................................................................................................................... 29 tagc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................ATGAAATGTGGAAATGTCAGA..................... 21 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TGTGGAAATGTCAGAACA.................. 18 3 0.67 0.67 - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................ACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGA....................................................................................................................................................... 26 6 0.67 0.67 - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - 0.17 0.17 - - - -
........................................................................TACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGAa...................................................................................................................................................... 28 a 0.50 19.67 - 0.17 - - 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................AGTGAGTTCGAGGACAGCCAGA....................................................................................................................................................... 22 12 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGAgca.................................................................................................................................................... 30 gca 0.33 19.67 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................GTGAGTTCGAGGACAGCCAGA....................................................................................................................................................... 21 12 0.17 0.17 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGAgta.................................................................................................................................................... 30 gta 0.17 19.67 - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGAgaa.................................................................................................................................................... 30 gaa 0.17 19.67 - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................AAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGA....................................................................................................................................................... 23 7 0.14 0.14 - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................AAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGA....................................................................................................................................................... 24 7 0.14 0.14 - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................AGTGAGTTCGAGGACAGCCAGAgat.................................................................................................................................................... 25 gat 0.08 0.50 - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................AGTGAGTTCGAGGACAGCCAGAgaaa................................................................................................................................................... 26 gaaa 0.08 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08

Antisense strand
GGCTCACGCCTTTAATCCCAACAGTTGGGAGGTAGAGGCCAGATGGACCTCTAGTGGGTGGCCACCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGACTACATAGCGAAACCCTGTCTCAAACAAATAAACAAAAAGTTTAAAAAAGTTGAACAGTTTGTAATGTTATTAAATAATGTACCTTTTCATATTTATACAGAGCTCTCAATGAAATGTGGAAATGTCAGAACATGCTTCGAAGTCATGTGC


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
............................................................CCCTGGTCTACAAAGTGAgggc........................................................................................................................................................................ 22 gggc 2.00 0.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................GTCTACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGa........................................................................................................................................................ 30 a 2.00 0.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................CCCTGGTCTACAAAGTGAcct........................................................................................................................................................................ 21 cct 2.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TACAAAGTGAGTTCGAGGACAGCCAGt........................................................................................................................................................ 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................CCTGGTCTACAAAGTGAGTTCGActta.................................................................................................................................................................. 27 ctta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GGGAGGTAGAGGCCAGtttt................................................................................................................................................................................................................ 20 tttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................CCCTGGTCTACAAAGTGAgta........................................................................................................................................................................ 21 gta 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................CCCTGGTCTACAAAGTGAgat........................................................................................................................................................................ 21 gat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
TCACGCCTTTAATCCCAACagaa.................................................................................................................................................................................................................................... 23 agaa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................GCCACCCTGGTCTACAAAGTgtta.......................................................................................................................................................................... 24 gtta 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
CTCACGCCTTTAATCCCAaaaa...................................................................................................................................................................................................................................... 22 aaaa 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................CCTGGTCTACAAAGTGAGTTCGAGctt................................................................................................................................................................. 27 ctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..............................................................CCCTGGTCTACAAAGTGAcc........................................................................................................................................................................ 20 cc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....CACGCCTTTAATCCCAACAGT................................................................................................................................................................................................................................. 21 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - -
....CACGCCTTTAATCCCAACAGTTGG.............................................................................................................................................................................................................................. 24 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - -