(2)
OTHER.mut
(5)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(23)
TESTES

Sense strand
ACCAACTGTAATTCCAGTTCTAAGGGAGCCAACATTTTCTCTGACCTTCTCAGGCAGCCACATATGTGGTACACAAATTGGCATGTGAGCATGTATGCACACACACAGTAAAACAAACTCAATATTTTTAAGTTTTCATGTAAATATCCACATACTGTTTGCCTAGTATTTCACTGTAAACACTAATTATTTTGTTTCAGGTGGCACATTTAGAACGAACGGGGCATTATTTAACTGTGAAAGATAACCA


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363963(GSM822765)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
........................................................................................................ACAGTAAAACAAACTCAATATTTTTAAGTTTTCATGTAAATATCCACATACT.............................................................................................. 52 1 98.00 98.00 98.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TAGAACGAACGGGGCATTATTTAACTG............. 27 1 14.00 14.00 - 7.00 2.00 - 1.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TAGAACGAACGGGGCATTATTTAACT.............. 26 1 12.00 12.00 - 1.00 4.00 - 2.00 - 2.00 - - 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TTAGAACGAACGGGGCATTATTTAACT.............. 27 1 9.00 9.00 - 2.00 1.00 - 2.00 - - 1.00 - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TAGAACGAACGGGGCATTATTTAACTGT............ 28 1 5.00 5.00 - 1.00 - - 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGCACATTTAGAACGAACGGGGCATT...................... 27 1 5.00 5.00 - 2.00 - 1.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TTAGAACGAACGGGGCATTATTTAAC............... 26 1 4.00 4.00 - - - - - - - 1.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGCACATTTAGAACGAACGGGGCA........................ 25 1 3.00 3.00 - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................ACATTTAGAACGAACGGGGCATTATTT.................. 27 1 3.00 3.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TTAGAACGAACGGGGCATTATTTAACTG............. 28 1 3.00 3.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TTTAGAACGAACGGGGCAT....................... 19 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................ACATTTAGAACGAACGGGGCATTATTTAA................ 29 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................ACATTTAGAACGAACGGGGCATTATTTA................. 28 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GTGGCACATTTAGAACGAACGGGGCAT....................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................CACATTTAGAACGAACGGGGCATTAT.................... 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................ATTTAGAACGAACGGGGCATTATTT.................. 25 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TAGAACGAACGGGGCATTA..................... 19 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................ATTTAGAACGAACGGGGCATTATTTA................. 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................CACATTTAGAACGAACGGGGCATT...................... 24 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TTTAGAACGAACGGGGCATTATTTAAC............... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TAGAACGAACGGGGCATTATTTAACTa............. 27 a 1.00 12.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TTTAGAACGAACGGGGCATTATT................... 23 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................CATTTAGAACGAACGGGGCATTATTTA................. 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TTTAGAACGAACGGGGCATT...................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................CACATTTAGAACGAACGGGGt......................... 21 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
............................................................................................................................................................................................................CACATTTAGAACGAACGGGGCATTATTTA................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................AGAACGAACGGGGCATTATTTt................. 22 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................AGAACGAACGGGGCAT....................... 16 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................GAACGAACGGGGCATTATTTAACTGTG........... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TTAGAACGAACGGGGCATTATTaact............... 26 aact 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TTAGAACGAACGGGGCATTATTTAACTGa............ 29 a 1.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................ATTTAGAACGAACGGGGCATTATTTAACTGTGA.......... 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
..................................................................................................................................................................................AACACTAATTATTTTGTTTCAGa................................................. 23 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
..................................................................................................................................................................................................................TAGAACGAACGGGGCATT...................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GTGGCACATTTAGAACGAACGGGGCATT...................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................ATTTAGAACGAACGGGGCATT...................... 21 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TTTAGAACGAACGGGGCATTATTTAA................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GTGGCACATTTAGAACGAACGGGGCATTA..................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................GGCACATTTAGAACGAACGGGGCATT...................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TAGAACGAACGGGGCATTATTTAACTGTGc.......... 30 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GTGGCACATTTAGAACGAACGGGGCATTATT................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................ACATTTAGAACGAACGGGGCATTAT.................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GTGGCACATTTAGAACGAACGGGGCA........................ 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................CGGGGCATTATTTAACTGTGAAAGATAACC. 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................AGAACGAACGGGGCATTATTTAAgtg............. 26 gtg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TTTAGAACGAACGGGGCATTATTTAAaa.............. 28 aa 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TTTAGAACGAACGGGGCATTATTTAACT.............. 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................ATTTAGAACGAACGGGGCATTATTTAACT.............. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TTAGAACGAACGGGGCATTATTTAA................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TAGAACGAACGGGGCATTATTTAACTGTGAA......... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................ACATTTAGAACGAACGGGGCATTA..................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TAGAACGAACGGGGCATTATTTAAC............... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................AGAACGAACGGGGCATTA..................... 18 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TTAGAACGAACGGGGCAT....................... 18 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................CACATTTAGAACGAACGGGGCATTA..................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................AACGGGGCATTATTTAACTGTGAAAGATAA... 30 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................AGAACGAACGGGGCATTATTTAACT.............. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TAGAACGAACGGGGCATTATTTAACTGTGt.......... 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TAGAACGAACGGGGCATTtttt.................. 22 tttt 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
.................................................................................................................................................................................................................TTAGAACGAACGGGGCATTATTTAACTGT............ 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................ACATTTAGAACGAACGGGGCATT...................... 23 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TAGAACGAACGGGGCATTATTTAA................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
ACCAACTGTAATTCCAGTTCTAAGGGAGCCAACATTTTCTCTGACCTTCTCAGGCAGCCACATATGTGGTACACAAATTGGCATGTGAGCATGTATGCACACACACAGTAAAACAAACTCAATATTTTTAAGTTTTCATGTAAATATCCACATACTGTTTGCCTAGTATTTCACTGTAAACACTAATTATTTTGTTTCAGGTGGCACATTTAGAACGAACGGGGCATTATTTAACTGTGAAAGATAACCA


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363963(GSM822765)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR037902(GSM510438)
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GSM509279(GSM509279)
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.........................................CTTCTCAGGCAGCCAaaaa.............................................................................................................................................................................................. 19 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -